目的：筛选并克隆丙型肝炎病毒（HCV)核心蛋白的肝细胞结合蛋白基因，并对新基因转染肝癌细胞的基因表达谱进行分析，探索该基因表达对肝细胞基因表达的调节机制．方法：应用酵母双杂交技术，以HCV的核心蛋白作为“诱饵(bait)”，筛选鉴定与其结合的肝细胞中蛋白的编码基因．应用生物信息学(bioinformatics)技术，分析其中筛选得到的人HCV核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)基因的全长编码序列，并构建HCBP6基因的真核表达载体pcDNA3．1(-)-HCBP6．应用基因表达谱芯片技术对重组表达质粒pcDNA3．1(—)—HCBP6转染的HepG2细胞和空载体处理的相同细胞差异表达的mRNA进行检测．结果：通过酵母双杂交技术的筛选和鉴定，结合生物信息学分析，确定人的HCBP6基因由456nt组成，编码152aa的蛋白．基因表达谱芯片所检测的1152条目的基因均为GenBank中登录的基因，HCBP6表达质粒转染的细胞有20条差异表达基因，其中13条基因表达增强，7条基因表达降低．这些差异表达的基因与细胞信号转导、增生、分化及生长调节密切相关．结论：酵母双杂交技术结合生物信息学技术，是克隆蛋白结合蛋白的有效方法，基因表达谱芯片技术对于初步全面探索新基因的功能提供重要的资料．本实验结果为进—步阐明HCV核心蛋白与Hcbp6相互作用后的肝细胞生物大分子变换提供了理论依据。

发现—种新的基因，同时把其编码的新蛋白的结构与生物学功能、与生物学和临床医学之间的相互关系、以及新基因表达调节的机制阐明，是目前基因的分子生物学研究领域中最具挑战性的工作。首先利用酵母双杂交（yeast two-hybrid)技术、酵母单杂交技术（yeast one-hybrid)、抑制性消减杂交(SSH，suppression subtractive hybridization)技术、基因芯片(DNA chip)技术、噬菌体表面展示(phage display)技术等获得蛋白结合蛋白的编码基因、差异表达的基因、DNA／RNA结合的蛋白基因等，或利用生物信息学技术获得推测的编码基因。然后，利用分子生物学技术和生物信息学技术相结合的手段，阐明新基因的功能、结构和新蛋白的生物学功能，以及这种基因研究的可能临床医学意义。生物信息学技术与分子生物学技术的结合，是目前基因的分子生物学研究领域中的重要、有效的研究技术和方法．

目的：克隆丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白结合的肝细胞的蛋白基因，对新发现的基因及编码产物的结构与功能，及其基因表达的调节机制的结构基础进行生物信息学分析．方法：应用酵母双杂交技术，以HCV的核心蛋白作为“诱饵(bait)”，筛选鉴定与其结合的肝细胞中蛋白的编码基因．应用生物信息学(bioinformatics)技术，对其中筛选得到的人HCV核心蛋白结合蛋白6(HCBP6)全长基因及其编码产物的一级结构序列，进行生物信息学分析．获得该基因的基因组序列，并利用同源基因序列的比对，确定该基因在染色体上的定位，并确定人HCBP6基因的内含子序列．对其编码上游的基因组DNA序列进行分析，获得该基因启动子序列的一些信息．同时，根据同源基因序列的比较，确定了小鼠HCBP6的基因序列和氨基酸残基序列．通过对氨基酸残基序列的疏水性特点的分析，确定了HCBP6蛋白的潜在的抗原结构位点．通过蛋白质一级结构的在线计算机软件的分析，对人HCBP6蛋白质一级结构潜在的功能性结构位点进行了计算机辅助分析预测．结果：通过酵母双杂交技术的筛选和鉴定，结合生物信息学分析，证实人HCBP6基因由456nt组成，编码产物由152aa组成．人HCBP6的基因组DNA是没有内含子序列的DNA结构．通过生物信息学技术分析，确定人HCBP6基因组DNA定位于人22号染色体上．在对人HCBP6基因启动子序列的生物信息学分析中发现了几段可能的启动子序列结构，以及可能的转录因子蛋白潜在的结合位点．利用同样的技术，确定了小鼠的HCBP6的基因序列和蛋白质一级结构序列．对人HCBP6的蛋白质一级结构序列进行分析，发现在其序列中第80—110氨基酸残基序列之间存在疏水性结构位点，提示抗原位点所在，对其进行免疫学分析提供了可能，利用在线软件，对人的HCBP6蛋白质结构中潜在的功能位点进行了初步的预测，为进一步研究HCBP6蛋白的生物学功能的实验研究，提供了丰富的信息．这些生物信息学分析的结果，虽然目前还只是初步的，有些还不能被实验所证实，但是，对新基因的结构与功能的研究来说，毕竟这种生物信息学分析，能够提供一些线索，对下一步结构与功能分析实验的设计，具有很大的帮助．结论：酵母双杂交技术结合生物信息学技术，是克隆、分析蛋白结合蛋白的基因，对于其功能结构域的预测的有效工具，由病毒性肝炎的致病机制研究中具有重要应用前景．

目的：Hcbp6是与核心蛋白相结合的未知功能蛋白基因，为了初步提示他的生物学功能和在细胞中的存在形式采用酵母双杂交体系寻找与他相互作用的肝细胞蛋白，探讨Hcbp6的生物功能、方法：应用酵母双杂交系统3，构建Hcbp6诱饵质粒并转化酵母AHl09，与含人肝细胞cDNA文库质粒的酵母Y187进行配合，在涂有x—α—gal营养缺陷型培养基（SD／—Trp-Leu—His—Ade)上筛选生长．挑选蓝色克隆，提取此酵母克隆的质粒，转化大肠杆菌提取质粒DNA后进行测序，然后进行生物信息学分析．结果：筛选出4种与Hcbp6特异性相互作用的蛋白，包括Paralemmin(PALM)、Ran结合蛋白2(Ranbp2)、跨膜运输蛋白21(Tmp21)和血清白蛋白．结论：推测该蛋白可能为一分泌性蛋白，或与分泌蛋白的形成有关，进一步的生物学功能的研究需要更多的实验加以探讨．

目的：HBeAg被认为与HBV引起免疫耐受、免疫系统功能障碍有关．筛选并克隆人肝细胞cDNA文库中与乙型肝炎病毒e抗原（HBeAg)相互作用蛋白的基因，明确其具体作用机制．方法：应用酵母双杂交系统3，将多聚酶链反应（PCR)法扩增的HBeAg基因连接入酵母表达裁体pGBKT7中构建诱饵质粒，转化酵母细胞AHl09并在其内表达，然后与转化了人肝cDNA文库质粒pACT2的酵母细胞Y187进行配合，在营养缺陷型培养基和X—α—半乳糖(X—α—gal)上进行双重筛选阳性菌落，提取阳性酵母菌落的质粒转化大肠杆菌，接种在氨苄青霉素—LB平板上选择并测序，结果 在GenBank中进行生物信息学分析．结果：成功克隆出HBeAg基因并在酵母细胞中表达，与肝cDNA文库配合后选出既能在四缺(SD／—Trp—Leu—Ade—His)培养基又能在铺有X—α—gal的四缺培养基上生长，并变成蓝色的真阳性菌落39个，其中有5个未知基因，3个含金属硫蛋白2A基因的菌落，8个补体8α基因，1个补体因子H，1个其他lq，1个维甲酸受体应答元件2基因、2个细胞色素b基因、3个铁蛋白轻链，2个NND(P)H脱氢酶亚基，1个3—羟基类固醇表位酶，1个3—经基，3—甲基戊二酰辅酶A合成酶，1个双—特异性酪氨酸—Y—磷酸化调节激酶1A转录子突变体，1个Syndecans—1，3个2胺氧化酶，4个醒缩酶B，1个CD8l，1个ATP合成酶6基因．结论：成功克隆出乙型肝炎病毒e抗原的结合蛋白，为进一步研究HBeAg在病毒装配、分泌、影响宿主免疫系统功能等方面的具体作用提供了新线索．