应用ＲＡＰＤ标记检测了１６个四川省及其它地区的杂交水稻骨干保持系之间的遗传差异。１０个随机引物共扩增出８４条带，品种间的多成性频率为７２。６２％。保持系间的遗传距离小，在０．０５２６￣０．２１５２之间。１６个保持系按ＲＰＧＭＡ聚类法可聚为三类。大多数保持系聚为一类，表明其遗传差异小。增大保持系的遗传多样性是四川省杂交水稻育种的重要任务之一。

用１００个ＲＡＰＤ引物分析了具有广泛遗传资源代表性和较大应用面积的２４个水稻雄性不育系、３个保持系和３个生产中应用最广的恢复系。其中７２个引物具有多态性。从中筛选出１４个ＲＡＰＤ引物，可检测出重演性较好的多态性片段４７带，能够有铲地区分所有供试的雄性不育系及恢复系。杂交水稻亲本的聚类分析结果表明；（１）我国水稻雄性不育系遗传资源比较丰富，但生产中主要应用的不育系遗传背景单一，（２）在籼粳内部，不育

利用ＲＡＰＤ技术，从５００个随机寡核苷酸引物（１０聚体）中筛选出８个引物能在３个主栽的汕优系统杂交稻组合汕优６３、汕优６４和汕优晚３及其亲本之间稳定地扩增出１２个强的多态性标记。利用这些多态性标记能够有铲地区别汕优６３、汕优６４和汕优晚３及其亲本。

应用ＲＦＬＰ技术，研究了红莲型不育系、保持系、杂种一代及野败型、马协型不育系的线粒体基因。结果表明，红莲型育系与保持系线粒体基因组之间在多外基因区域存在明显差异，为红莲型细胞质雄性不育分子机理研究提供了线索；红莲型不育系与野败型不育系的线粒体基因组之间存在显著差异，马协型不育系与野败型不育系的线粒体基因组之间存在一定差异，在分子水平揭示了不育胞质的多样性。

用１５对水稻微卫星引物，对１３个不同类型及来源的水稻基因型材料进行了简单序列重复片段长度的多态性分析，并与不同的检测和分析方法进行了比较。聚丙烯酰胺凝胶电泳无论是放射性自显影分析还是荧光标记的自动测序仪分析都比高度的琼脂糖电泳有效。利用荧光标记自动测序系统的ＳＳＬＰｓ分析较之传统的＾３２Ｐ标记的丙烯酰胺凝胶电泳分析，具有以下优点：（１）借助于荧光染料标记的丰富内标，可以区别几个ｂｐ之差的ＳＳＬＰｓ

提取62份杂交籼稻三系和F1胚乳贮藏蛋白中总蛋白、醇溶蛋白及谷蛋白样品，用SDS－PAGE分析。结果表明，3类样品中谷蛋白的多态性最高，醇溶蛋白最弱，保持系和不育系的谱带相同。根据双亲和F1的谷蛋白谱带特征，可以试用于样品（组合）的真实性和纯度的检测。

用258个RAPD引物分析了我国杂交水稻35个主要恢复系，其中42个引物具有多态性，从中筛选出13个RAPD引物，可检测出重演性较好的多态性片段93条，能够有效地区分所有供试的恢复系材料，聚类分析显示：在GS＝0．57附近，可将35个恢复系材料聚为4类，大部分材料的遗传相似系数在0．80以上，表明我国杂交水稻恢复资源比较丰富，但其遗传差异较小，遗传背景比较单一，从而在很大程度上限制了我国水稻杂种优劣的利用。

利用RAPD引物对我国杂交稻主要的31个恢复系进行了DNA多态性分析。从152个随机引物中筛选出48个引物扩增恢复系的基本组DNA，选取9个引物的扩增结果进行分析，共获得78条带，其中61条带为多态性标记，每个引物平均提供8.7个标记信息。由UPMGA方法得到的聚类分析结果表明了31个恢复系间的亲缘关系，聚类结果与它们的系谱关系基本吻合。

以水稻红莲型（HL）粤泰细胞质雄性不育系A和保持系B及杂种一代F1为研究材料，以在DNA和RNA水平均存在差异的atp6基因为探针，筛选A和B的线粒体基因组文库，找到了与红莲型细胞质雄性不育相关的嵌合基因orfH79。该基因位于atp6基因的下游，由coxI的部分编码序列以及一段未知来源的序列构成。PCR和Southern分析均证实了orfh79不育胞质线粒体的特异性。

选用分布于水稻（Oryza sativaL.)12条染色体上的25对SSR（Simple sequence repeats)引物，分析了生产中广泛应用的35个杂交 水稻恢复系，在35个杂交水稻恢复系材料间共检测出65个等位基因（alleles)，平均每对SSR引物可检测到2.6个等位基因，PIC（Polymorphism index content）值的变动范围为0.206-0.682，平均值为0.414。聚类分析表明，我国杂交 水稻恢复系资源比较丰富，但其遗传差异较小，遗传背景单一，从而在很大程度上限制了我国水稻杂种优势的利用。

利用16对水稻功能基因的SSR引物研究了23份世界5个国家不同来源的水稻种质资源的遗传多样性，共检测出78个等位基因变异，每对引物可检测2－10个等位基因变异，平均为5．2个，品种间遗传相似系数在0．13－0．64之间。UPGMA聚类分析表明，在相似系数0．13处可以将材料分为2大类，来自巴西、日本和中国的粳稻全部聚为第Ⅰ类，巴西陆稻和原产科特迪瓦的陆稻聚在第Ⅰ类的第三小群；第Ⅱ类全为籼稻，来源于巴基斯坦的籼稻和1个来源于韩国的籼稻分布在第Ⅱ类，说明水稻功能基因在不同亚种、不同产地来源和不同生态类型的水稻之间存在差异，也进一步证实水稻功能基因的SSR标记是研究水稻种质资源分类、地理分布、生态类型和系谱分析的有效工具。

利用RAPD技术，从248个随机寡聚核苷酸（10bp）中筛选出13个引物能在供试的三组三系杂交水稻及亲本间扩增出43条稳定性较好的多态性片段，其中6个引物能在供试杰材料间扩增出20个强的多态性标记。利用这些标记能有效地区分各组合中不育系、保持系、恢复系和F1，并能看出各组合中不育系与保持系，不育系与恢复系、F1与亲本间的遗传关系。

用30对SSR引物比较了52份不同生态型的栽培稻和34份不同省（区）的普通野生稻（简称CWR）的遗传多样性，发现在284条多态性带中，有栽培稻特异带15条（5.2%），普通野生稻特异带117条（41.2%)，栽培稻与普通野生稻的差异主要来自野生稻。栽培稻和普通野生稻的平均基因多样性分别为0.67和0.9，每一位点在栽培稻中的等位基因平均为5.3，而在野生稻中平均为9.6，栽培稻中的等位基因数仅为野生稻的62%；野生稻材料间的平均遗传距离为0.8011，远大于栽培稻品种之间的0.6603，说明野生稻的遗传多样性大于栽培稻。此外，籼稻品种与粳稻品种之间的平均遗传距离也明显大于籼、粳亚种内品种间的遗传距离，表明籼粳分化是亚洲栽培稻遗传分化的主流。聚类分析结果表明，SSR标记既能较好地将栽培稻与野生稻分开，又能较好地进行籼粳稻的分类。

研究建立了简便快速微量提取油菜DNA的方法，并从370个随机引物中筛选出5个可明显区分CMS杂交油菜品种杂油59及其亲本系的引物。利用两个引物将杂油59杂种和目前生产上应用或即净将应用的22个品种组合或自交系得以完全区别开，并用其中1个引物对油菜杂交种的种子纯度进行了分析。结果表明，选择合适的引物进行RAPD分析，不权是杂交品种子纯度分析的有效手段，而且通过多种引物的交互使用，也是进行品种之间鉴别和资源保护的重要方法之一。

本研究以遗75—14，中黄14，中品662和中品661共4个品种为试验材料，利用不同连锁群上的SSR引物对其随机选择个体进行分析，以确定分析品种纯度所需的引物数，为大豆品种资源的保存及品种指纹图谱的建立提供理论依据。通过11对SSR引物对遗75—14，中黄14，中品662各10个单株的检测，发现中品662纯度最高，遗75～14次之，而中黄14的纯度最低。用SSR引物对中品661和中品662每10个单株混合样品分析并经单株检测验证，其纯度分别为99．0％和98．3％，研究结果表明，10个植株混合时，即使有一个单株为杂合位点也能被检测出来，并发现用3—5对位于不同连锁群的SSR引物可以对随机或混合样品进行快速、准确的纯度鉴定。