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基于特征选择和支持向量机的HIV-1型蛋白酶剪切位点预测 预览
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作者 袁哲明 张弘杨 陈渊 《吉林大学学报:工学版》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第2期639-646,共8页
为了提高HIV-1型蛋白酶剪切位点的预测准确性,提出一种基于特征选择和支持向量机的剪切位点预测模型。首先,通过对5830个样本的HIV-1型蛋白酶剪切位点数据集进行分析,根据最小冗余最大相关理念,采用可自动终止法选择剪切位点的特征向量... 为了提高HIV-1型蛋白酶剪切位点的预测准确性,提出一种基于特征选择和支持向量机的剪切位点预测模型。首先,通过对5830个样本的HIV-1型蛋白酶剪切位点数据集进行分析,根据最小冗余最大相关理念,采用可自动终止法选择剪切位点的特征向量;然后,将特征向量输入到支持向量机进行学习和训练,建立HIV-1型蛋白酶剪切位点的分类模型;最后,采用Matlab 2014的仿真工具箱进行仿真测试。实验结果表明:本文模型在特征最少的条件下,剪切位点预测精度优于参比模型及文献报道,且所选择的特征向量具有较好的可解释性及生物学意义。 展开更多
关键词 生物物理学 剪切位点预测 特征选择 最小冗余最大相关 支持向量机
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基于三类特征融合的O-糖基化位点预测
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作者 向妍 陈渊 +1 位作者 谭泗桥 袁哲明 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第7期691-698,共8页
糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信... 糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ^2pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ^2pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景. 展开更多
关键词 O-糖基化位点预测 卡方差表特征 伪氨基酸序列进化信息 无方向的k间隔氨基酸对组分 加权投票
醇酚类化合物毒性的QSAR研究 被引量:1
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作者 邓小龙 陈渊 +1 位作者 谭泗桥 袁哲明 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第12期4490-4499,共10页
摘要:化合物毒性与描述符通常呈现为非线性关系。量子化学计算的化合物分子描述符中包含诸多无关特征与冗余特征.最大相关最小冗余(mRMR)是应用较广泛的特征选择方法,但当前的mRMR对连续型因变量不适用,且存在相关性测度与冗余性... 摘要:化合物毒性与描述符通常呈现为非线性关系。量子化学计算的化合物分子描述符中包含诸多无关特征与冗余特征.最大相关最小冗余(mRMR)是应用较广泛的特征选择方法,但当前的mRMR对连续型因变量不适用,且存在相关性测度与冗余性测度不可比的缺陷.定量构效关系(QSAR)研究中因变量(毒性)与自变量(描述符)多为连续型变量,本文以非线性的距离相关系数(dCor)取代线性的Pearson相关系数(R),在非线性条件下实现了相关性测度与冗余性测度可比,由此提出了新的特征选择方法mRMR-dCor.3个醇酚类化合物毒性QSAR数据集的分析表明.基于mRMR-dCor选择特征的支持向量回归(SVR)模型独立预测Q。分别为0.954、0.941、0.981,明显优于参比模型与文献报道,mRMR-dCor选择的多数保留分子描述符得到文献报道支持.mRMR-dCor在化合物QSAR、定量构质关系等研究中有广泛应用前景. 展开更多
关键词 最小冗余最大相关 特征选择 定量构效关系 距离相关 支持向量回归
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杂草抗药性及其治理策略研究进展 预览 被引量:11
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作者 邱芳心 杜桂萍 +2 位作者 刘开林 毛爱星 罗坤 《杂草科学》 2015年第2期1-6,共6页
综述了杂草抗药性产生机理、杂草抗药性演化影响因素,并对其治理途径进行阐述,为杂草抗药性治理提供参考。除草剂抗药机制分为靶标抗性、非靶标抗性,其中靶标抗性包括除草剂作用位点改变、基因倍增及过量表达;非靶标抗性主要包括代谢解... 综述了杂草抗药性产生机理、杂草抗药性演化影响因素,并对其治理途径进行阐述,为杂草抗药性治理提供参考。除草剂抗药机制分为靶标抗性、非靶标抗性,其中靶标抗性包括除草剂作用位点改变、基因倍增及过量表达;非靶标抗性主要包括代谢解毒能力增强、屏蔽作用或与作用位点的隔离作用等。杂草抗药性演化受多种因素共同影响,不仅包括抗药性突变频率、除草剂选择压、杂草适合度及杂草种子库寿命四大因素,还与基因突变和遗传特征直接相关。在未来的杂草治理中,要经常进行田间杂草调查与鉴定,正确使用除草剂(交替使用、混用),并辅以合理的农艺管理措施来减缓杂草抗药性的演化速度。同时,应加强植物间化感作用的基础研究。 展开更多
关键词 杂草 除草剂 抗药性
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2010年江华县水稻南方黑条矮缩病发生特点及影响因子的探讨 预览 被引量:2
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作者 赵明平 朱俊子 +3 位作者 钟石春 周倩 蒋章富 高必达 《湖南农业科学》 2011年第12期 98-100,104,共4页
为了有效地防控南方黑条矮缩病(SRBSDV),于2010年调查了该病在江华县早、中、晚稻上的发生情况、主要症状。结果表明:早稻SRBSDV发生面积虽大,但发病程度轻,主要因为感染局限在本田;中稻发病重是因为在秧田3叶期遇上了传毒飞虱... 为了有效地防控南方黑条矮缩病(SRBSDV),于2010年调查了该病在江华县早、中、晚稻上的发生情况、主要症状。结果表明:早稻SRBSDV发生面积虽大,但发病程度轻,主要因为感染局限在本田;中稻发病重是因为在秧田3叶期遇上了传毒飞虱成虫迁入的高峰。根据调查结果分析了传毒昆虫、栽培方式、气象条件以及化学防治对SRBSDV发生的影响,并讨论了江华县SRBSDV病株的3种特殊症状。最后提出了监测病情,“治虱防矮”,抓住2—4叶关键防治时期等防控建议。 展开更多
关键词 水稻南方黑条矮缩病 主要症状 白背飞虱 病害流行因子 防治对策
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荧光蛋白报告基因在植物寄生真菌研究中的应用 预览 被引量:1
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作者 高必达 钟杰 赵慧茹 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第9期32-38,43共8页
综述菌根真菌、植物内生菌和植物病原真菌等植物寄生真菌转荧光蛋白基因研究现状。介绍转化载体的构建、转化方法及转基因的检测方法,以及转荧光蛋白基因技术在植物寄生真菌侵染过程研究中的应用,指出真菌转荧光蛋白基因存在的问题和展望。
关键词 真菌 荧光蛋白 转基因
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油茶食叶害虫角胸叶甲性选择和交配、产卵等行为学(英文) 预览
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作者 杨柳君 马玲 +3 位作者 刘晓玉 冯睿 朱桂兰 曾爱平 《林业科学》 CSCD 北大核心 2018年第1期74-80,共7页
【目的】角胸叶甲(鞘翅目:叶甲科)是危害油茶叶子的重要害虫。研究角胸叶甲性选择和交配及产卵等行为学特性,为性干扰诱杀技术提供理论依据。【方法】从湖南永安镇油茶林土壤中挖出越冬代幼虫在室内连续繁殖,羽化后单头饲养,配对后... 【目的】角胸叶甲(鞘翅目:叶甲科)是危害油茶叶子的重要害虫。研究角胸叶甲性选择和交配及产卵等行为学特性,为性干扰诱杀技术提供理论依据。【方法】从湖南永安镇油茶林土壤中挖出越冬代幼虫在室内连续繁殖,羽化后单头饲养,配对后观察其交配行为(记录交配前、交配和交配后3个阶段的交配行为)、交配产卵日节律(统计白昼和夜晚的交配次数和产卵量)、长期配对下成虫体质量及交配经历对性选择的影响。【结果】成虫羽化5~6天后开始交配,日平均交配(5±4.2)次,交配持续时间最短1 min,最长可达40 min,平均交配持续时间(18.88±9.3)min。交配后6~7天开始产卵,平均每雌产卵量为(275.5±131.4)粒。交配活动在10:00次数最多,其次在16:00、18:00较为密集。在下午有2个明显的产卵高峰期,分别为16:00和18:00,另外,在14:00、22:00及2:00产卵量相对较多,其他时间产卵量极少。雌虫喜欢选择体型小的雄虫进行交配,雄虫喜欢与有交配经历的雌虫进行交配。【结论】角胸叶甲成虫可进行多次交配,成虫体型对性选择有一定影响,成虫的交配经历也是影响性选择的一个重要因素。 展开更多
关键词 角胸叶甲 性选择 交配行为 产卵行为
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