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意大利蜜蜂幼虫肠道在球囊菌侵染前期的差异表达microRNA及其调控网络 预览
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作者 郭睿 杜宇 +9 位作者 童新宇 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 王海朋 耿四海 周丁丁 郭意龙 吴素珍 陈大福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期166-180,共15页
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类重要的基因表达调控因子,可影响宿主与病原间的互作过程。蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂... 【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类重要的基因表达调控因子,可影响宿主与病原间的互作过程。蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)是一种特异性侵染蜜蜂幼虫的致死性真菌病原。本研究旨在对意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道在球囊菌胁迫前期的差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,在miRNA组学水平探究意蜂幼虫在球囊菌侵染前期的胁迫应答,并通过构建显著DEmiRNA的调控网络筛选出与宿主应答相关的关键miRNA。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对正常及球囊菌侵染的意蜂4日龄幼虫肠道(AmCK和AmT)进行高通量测序,首先对原始数据进行质控和评估,随后将过滤后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对;将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,得出已知miRNA的表达量;通过TPM(tags per million)算法对各样本中miRNA的表达量进行归一化处理,以|log2 fold change|≥1且P≤0.05作为标准筛选得到显著DEmiRNA;利用TargetFinder软件预测显著DEmiRNA的靶基因,并对其进行GO和KEGG代谢通路(pathway)富集分析。利用Cytoscape软件对miRNA-mRNA调控网络进行可视化。最后,利用茎环反转录PCR(Stem-loop RT-PCR)和荧光定量PCR(qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】AmCK和AmT样品的测序分别得到13 553 302和10 777 534条原始读段(raw reads),经严格过滤后得到的有效读段(clean reads)数分别为13 186 921和10 480 913条。各样品的生物学重复间的Pearson相关性系数分别在0.9822和0.9508以上。共有10个显著DEmiRNA,包括4个上调miRNA和6个下调miRNA。显著DEmiRNA在AmT的整体表达水平低于AmCK。10个显著DEmiRNA可靶向结合3 788个靶基因,其中上调miRNA的1 240个靶基因可注释到GO数据库中的39个GO条目,主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和应激反应等;下调miRNA的749个靶基因可注释到34个GO条目, 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 发育 差异表达微小RNA 调控网络
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玉米 C 型细胞质雄性不育花药不同发育时期的转录组分析 预览
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作者 薛亚东 杨露 +5 位作者 杨慧丽 李冰 林亚楠 张怀胜 郭战勇 汤继华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1308-1323,共16页
[目的]通过分析玉米 C 型胞质雄性不育“三系”材料花药不同发育时期的转录组数据,以期阐明玉米 C 型胞质的不育和恢复机制,并解析不育基因与恢复基因之间相互作用的调控网络,为玉米 C 型细胞质雄性不育在不育化制种中的利用提供理论依... [目的]通过分析玉米 C 型胞质雄性不育“三系”材料花药不同发育时期的转录组数据,以期阐明玉米 C 型胞质的不育和恢复机制,并解析不育基因与恢复基因之间相互作用的调控网络,为玉米 C 型细胞质雄性不育在不育化制种中的利用提供理论依据。[方法]以中国玉米生产上的骨干自交系豫自 87-1 为背景的 C 型胞质不育系、保持系、恢复系为材料,通过对 3 种材料减数分裂的前期Ⅰ、中期Ⅰ及末期Ⅱ(四分体)时期的花药进行转录组测序并利用 hisat2、ballgown 及 DESeq2 等工具进行生物信息学分析,寻找三系花药不同时期、相同时期不同材料间以及发育时序中差异表达的基因,预测 C 型胞质不育机制与育性恢复的调控网络;同时通过实时定量PCR 对测序分析结果进行验证;通过酶活测定验证推测的 C 型胞质不育及恢复假说。[结果]所有材料的转录组测序共产生 156.59 Gb 的序列数据,比对并组装共得到 53 035 个基因;在恢复系与不育系、保持系与不育系以及“三系”花药不同时期之间共筛选出非重复差异基因 5 676 个,其中发育阶段差异基因 4 705 个,同时期材料间差异基因 2 693 个,发育时序差异基因 135 个。GO 分子功能分析显示 ATP 和 DNA 结合相关的基因和锌离子结合基因得到高度富集;细胞组分中膜基本组分、核内及质膜内的基因得到富集;以 DNA 为模板的转录、转录调控、氧化还原及初级代谢等生物学过程中的基因得到富集。KEGG 分析表明,差异基因主要富集于氧化磷酸化、碳代谢及糖酵解等能量代谢相关的途径中。不育系相对保持系而言,多个与氧化磷酸化相关的基因下调表达,而恢复系中不但相应基因的表达水平得到恢复,而且同时协调调节了同一能量代谢途径中的其他基因,定量分析显示差异基因的表达差异及趋势与转录组测序结果基本一致。ATP 酶活结果表明 展开更多
关键词 玉米 C 型细胞质雄性不育 转录组 差异表达基因 调控网络
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中华蜜蜂幼虫肠道响应球囊菌胁迫的microRNA应答分析
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作者 杜宇 童新宇 +9 位作者 周丁丁 陈大福 熊翠玲 郑燕珍 徐国钧 王海朋 陈华枝 郭意龙 隆琦 郭睿 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1747-1764,共18页
【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在... 【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种能够侵染中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫的致死性真菌病原。微小RNA(microRNA,miRNA)可通过在转录后水平靶向抑制或降解mRNA而参与宿主与病原互作过程。本研究旨在对球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道的差异表达miRNA(DEmiRNA)及其靶基因进行深入分析,进而揭示DEmiRNA在中蜂响应球囊菌胁迫应答过程中的作用。【方法】利用Illumina MiSeq平台对正常及球囊菌胁迫的中蜂6日龄幼虫肠道(AcCK和AcT)进行测序,通过相关生物信息学软件预测DEmiRNA及其靶基因。通过Blast将靶基因注释到GO和KEGG数据库。利用Cytoscape软件构建DEmiRNA与其靶mRNA的调控网络。通过Stem-loop RT-PCR和qPCR验证测序数据的可靠性。【结果】本研究共预测出537个miRNA,其长度分布介于16–35 nt之间,且不同长度的miRNA首位碱基偏向性差异明显。通过Stem-loop RT-PCR证实了10个novel miRNA的表达。AcCK vs AcT比较组共有54个DEmiRNA,包含31个上调和23个下调miRNA,可分别靶向结合6170和8199个靶基因。GO分类结果显示上调和下调miRNA的靶基因分别涉及47和47个条目,富集基因数最多的皆为结合细胞进程和催化活性。KEGG代谢通路(pathway)富集分析结果表明上调和下调miRNA的靶基因分别富集在134和126条pathway,富集基因数最多的均为内吞作用和内质网中的蛋白质加工。调控网络分析结果表明,DEmiRNA及其靶mRNA形成十分复杂的调控关系;31个DEmiRNA可靶向结合51个与泛素介导的蛋白水解相关的mRNA,18个DEmiRNA可靶向结合14个与Jak-STAT信号通路相关的mRNA;miR-1277-x、miR-26-x、miR-27-y、miR-30-x、miR-6052-x等16个miRNA共同参与了上述两条免疫通路的调控。最后,随机挑选3个DEmiRNA进行qPCR验证,结果证明了测序数据的可靠性。【结论】本研究提供了中蜂幼虫肠道在球囊菌胁迫后期的miRNA的表达谱和差异表� 展开更多
关键词 中华蜜蜂 幼虫 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
蜜蜂球囊菌的microRNA鉴定及其调控网络分析 被引量:2
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作者 郭睿 王海朋 +5 位作者 陈华枝 熊翠玲 郑燕珍 付中民 赵红霞 陈大福 《微生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期1077-1089,共13页
【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物... 【目的】本研究利用small RNA-seq技术对球囊菌的纯培养进行测序,对球囊菌的micro RNAs miRNAs)进行预测、鉴定和分析,进而构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【方法】利用Illumina Hiseq Xten平台对球囊菌菌丝与孢子进行测序,通过相关生物信息学软件对球囊菌的miRNAs进行预测和分析,通过茎环(Stem-loop)PCR对部分miRNAs进行鉴定,利用Cytoskype软件构建miRNAs-mRNAs的调控网络。【结果】本研究共获得48268696条clean reads,预测出118个球囊菌的miRNAs,它们的长度分布介于18–25 nt之间,不同长度的mi RNA的首位碱基偏好性差异明显。Stem-loop PCR验证结果显示共有10个miRNAs能够扩增出符合预期的目的片段,说明多数miRNAs可能真实存在。共预测出6529个球囊菌miRNAs的靶基因,其中5725个能够注释到Nr、Swissprot、KOG、GO和KEGG数据库。进一步分析结果显示有24个靶基因注释在MAPK信号通路。Cytoskype软件分析结果显示球囊菌的miRNAs与mRNAs之间存在复杂的调控网络,绝大多数的miRNAs处于调控网络的内部且同时结合多个mRNAs。【结论】本研究率先对球囊菌的miRNAs及miRNAs-mRNAs调控网络进行全面分析,研究结果丰富了对球囊菌miRNAs的认识,为其基础生物学信息提供了有益补充,也为阐明球囊菌致病的分子机理打下了一定基础。 展开更多
关键词 蜜蜂 球囊菌 MICRORNA 靶基因 调控网络
意大利蜜蜂幼虫肠道发育过程中的差异表达microRNA及其调控网络 预览 被引量:1
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作者 郭睿 杜宇 +10 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 王海朋 陈华枝 耿四海 周丁丁 石彩云 赵红霞 陈大福 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第21期4197-4209,共13页
【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmi... 【目的】微小RNA(microRNA,miRNA)是一类在转录后水平对mRNA进行负调控的关键调控因子。本研究旨在通过分析意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫肠道发育过程中差异表达miRNA(differentially expressed miRNA,DEmiRNA)及其调控网络,提供miRNA的表达谱和差异表达信息,揭示DEmiRNA在幼虫肠道发育中的作用。【方法】利用small RNA-seq(sRNA-seq)技术对意蜂4、5和6日龄幼虫肠道样品(Am4、Am5和Am6)进行测序,将质控后的数据与西方蜜蜂(Apis mellifera)参考基因组进行比对,然后将比对上的序列标签(tags)注释到miRBase数据库,并利用TPM(tags per million)算法归一化处理所得miRNA的表达量,再通过相关生物信息学软件对miRNA进行表达量聚类、前体二级结构预测及差异表达分析。利用TargetFinder软件预测DEmiRNA的靶基因,使用Blast软件对靶基因进行GO和KEGG数据库注释,进而通过Cytoscape软件构建mi RNA-m RNA的调控网络。采用茎环实时荧光定量PCR(Stem-loop RT-qPCR)验证测序数据的可靠性。【结果】意蜂幼虫肠道样品的测序分别得到10 841 644、12 037 678和9 230 496条有效序列标签;Am4 vs Am5比较组包含16个上调和10个下调mi RNA,Am5 vs Am6比较组包含5个上调和7个下调mi RNA。其中,novel-m0031-3p为两个比较组所共有,并结合5个与蜕皮激素诱导蛋白相关的靶基因;二者的特有DEmi RNA数分别为25和11个。Am4 vs Am5的26个DEmi RNA结合5 742个靶基因,其中2 725个靶基因可注释到GO数据库中的46个GO term,并主要富集在结合、细胞进程、代谢进程和单组织进程等;Am5 vs Am6的12个DEmi RNA结合3 733个靶基因,且其中2 725个靶基因富集在结合、细胞进程、单组织进程和代谢进程等41个GO term;此外,两个比较组中的DEmi RNA分别有1 046和676个靶基因可注释到116和92条KEGG代谢通路,且Am4 vs Am5比较组的DEmi RNA的靶基因富集在Wnt信号通路、H 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 幼虫肠道 发育 微小RNA 靶基因 调控网络
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意大利蜜蜂工蜂中肠发育过程中的差异表达环状RNA及其调控网络分析 预览 被引量:1
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作者 郭睿 陈华枝 +9 位作者 熊翠玲 郑燕珍 付中民 徐国钧 杜宇 王海朋 耿四海 周丁丁 刘思亚 陈大福 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第23期4575-4590,共16页
[目的]环状RNA (circular RNA,circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能.本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中circRNA的表达谱及其发育过程中的差异表达circRN... [目的]环状RNA (circular RNA,circRNA)在可变剪接、转录调控和来源基因的表达调控等方面具有重要功能.本研究旨在探究意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)工蜂中肠发育过程中circRNA的表达谱及其发育过程中的差异表达circRNA (differentially expressedcircRNA,DEcircRNA),进而在转录组水平探究DEcircRNA在中肠发育中的作用.[方法]基于前期获得的意蜂7和1 0日龄工蜂中肠样品(Am7和Am10)的全转录组数据,利用find_circ软件从质控后的数据中预测circRNA.采用RPM算法归一化处理得到circRNA的表达量.利用DEGseq软件对circRNA进行差异分析,按照差异倍数(fold change)≥2、P< 0.05及错误发现率(false discovery rate,FDR)<0.05条件筛选DEcircRNA.通过BLAST比对GO和KEGG数据库,对DEcircRNA的来源基因进行功能和代谢通路注释.利用TargetFinder软件预测DEcircRNA-miRNA及DEcircRNA-miRNA-mRNA调控网络,通过Cytoscape v.3.2.1软件对调控网络进行可视化.通过实时荧光定量PCR (RT-qPCR)验证测序数据的可靠性.[结果]意蜂中肠各样品比对上参考基因组的短序列读段数平均为19 616 356条.Am7与Am10的组内Pearson相关系数均≥0.950.共预测出256个DEcircRNA,包括105个上调circRNA和151个下调circRNA.Novel_circ_009675和novel_circ_013879分别在Am7和Am10中高量表达.DEcircRNA的来源基因可注释到包括结合、单组织进程及细胞进程在内的32个GO条目,其中分别有35、35和7个来源基因注释到催化活性、代谢进程和应激反应.上述来源基因还可注释到35条KEGG代谢通路,其中分别有5、5和4个来源基因注释到Hippo信号通路、内吞作用和吞噬体;进一步分析发现分别有1、2和2个来源基因注释到磷酸肌醇代谢、淀粉和蔗糖代谢和半乳糖代谢等物质代谢通路,5、4、3、1和1个来源基因注释到内吞作用、吞噬体、溶酶体、泛素介导的蛋白水解和MAPK信号通路等免疫通路.上述结果表明相应的DEcirc 展开更多
关键词 意大利蜜蜂 中肠 环状RNA 调控网络 发育
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成脂调控网络(ARN)数据库的分析和预测功能
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作者 黄艳 王力 昝林森 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期1790-1800,共11页
脂肪组织中脂类的过量积累会导致肥胖,进而引发心血管疾病、二型糖尿病和其他疾病。成脂是指干细胞分化为能够积聚脂滴的脂肪细胞的过程,受到一个复杂且高度协调的基因表达网络的调节,为促进成脂调控中关键基因和通路的发现,探索脂肪生... 脂肪组织中脂类的过量积累会导致肥胖,进而引发心血管疾病、二型糖尿病和其他疾病。成脂是指干细胞分化为能够积聚脂滴的脂肪细胞的过程,受到一个复杂且高度协调的基因表达网络的调节,为促进成脂调控中关键基因和通路的发现,探索脂肪生成的分子调控机理,在之前的研究中,本实验室通过对成脂相关文献进行文本挖掘构建出一个包含3万多条成脂相关数据和信息的成脂调控网络(Adipogenesis Regulation Network,ARN)数据库(http://210.27.80.93/arn/)。为了进一步充分发掘ARN数据库促进成脂相关研究的潜在价值,本研究通过"开放的"和"闭合的"两种构建假说的原理,设计出能够用于分析成脂分化相关试验数据或构建科学假说的在线分析工具-ARN-analysis。另外,通过对成脂调控网络中各节点(基因和小分子RNA)的互作关系数、差异表达记录数和互作关系预测数进行统计分析,计算得到体现各节点重要性的节点影响值(impact factor,IF)。最后,通过对成脂调控网络中各节点的互作关系进行统计分析和作图,探索了成脂调控网络的拓扑结构。结果显示,ARN数据库的分析工具能够有效分析"节点相关"、"表达相关"及"用户录入"3类数据,帮助科研人员分析试验数据或构建科学假说。节点的IF值能够帮助科研人员快速识别重要的节点或假说,对调控网络拓扑结构的分析能加深对成脂调控机理的认识。本研究对成脂专业数据库的分析和预测功能的探索,为专业研究人员分析数据和构建假说提供了新的途径,探索了运用过去积累的大量科研数据促进未来的科研实践的可能性。 展开更多
关键词 肥胖 成脂 调控网络 数据库 大数据
基于高通量测序的结直肠癌 miRNA表达谱分析 预览 被引量:1
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作者 梁高峰 李俊生 +1 位作者 何向峰 陈宝安 《郑州大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2015年第5期618-623,共6页
目的:研究结直肠癌组织中miRNA表达谱的差异及其相关信号通路。方法:采用SOLiD高通量测序技术对10例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织进行测序,然后利用生物信息学方法分析miRNA-mRNA相互作用的通路。结果:筛选出194个结直肠癌差异... 目的:研究结直肠癌组织中miRNA表达谱的差异及其相关信号通路。方法:采用SOLiD高通量测序技术对10例结直肠癌组织和10例癌旁正常组织进行测序,然后利用生物信息学方法分析miRNA-mRNA相互作用的通路。结果:筛选出194个结直肠癌差异表达的miRNA,这些miRNA广泛参与基因表达的转录后调控,如MAPK、WNT、TGF-β信号通路。结论:结直肠癌miRNA的差异表达可能暗示着有不同功能或来源的miRNA通过调控不同的靶基因来协同、精细调控某些特定的信号通路。 展开更多
关键词 微小RNA 结直肠癌 表达谱 调控网络
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Mining the key regulatory genes of chicken inosine 5'-monophosphate metabolism based on time series microarray data 预览
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作者 Teng Ma Lu Xu +4 位作者 Hongzhi Wang Jing Chen Lu Liu Guobin Chang Guohong Chen 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CSCD 2015年第3期280-290,共11页
IMP(inosine 5’-monophosphate) is a compound that enhances the flavor of poultry meat.IMP has become a new breeding trait to improve poultry meat quality.We tried to identify several potential regulatory genes,and con... IMP(inosine 5’-monophosphate) is a compound that enhances the flavor of poultry meat.IMP has become a new breeding trait to improve poultry meat quality.We tried to identify several potential regulatory genes,and construct their predicted regulatory relationships.Time series gene expression profiles of thigh muscle tissues of Rugao chicken,a famous indigenous breed in China,were performed for analysis of genes that are co-expressed or correlated with the concentration of IMP.We found 15 crucial co-expression genes,which are Hspa2,Pten,Gabpa,Bpi,Mkl1,Srf,Cd34,Hspa4,Etv6,Bmpr2,Gde1,Igfbp5,Cd28,Pecam1 and Gja1,that may directly or indirectly regulate IMP metabolism.Eventually,we computed the correlation coefficient between 19 IMP Genes and 15 CGs(15co-expression genes),and we identified and constructed a predicted regulation network.In conclusion,variation of IMP concentration was primarily connected with the muscle development process.During this process,15 CGs were identified that may have significant influence on IMP metabolism.In particular,Bmpr2,Pten and co-expression genes correlated with Entpd8 might play important roles in regulating IMP de novo synthesis,decomposition and salvage synthesis. 展开更多
关键词 调控基因 时间序列 酸代谢 肌苷 磷酸 列数据 PTEN基因 挖掘
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lncRNA 在绝经后骨质疏松症肾阴虚证中的表达特征及调控网络分析 预览 被引量:10
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作者 陈娟 谢丽华 +3 位作者 李生强 许惠娟 胡智旭 葛继荣 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期553-559,共7页
目的:探讨绝经后骨质疏松症肾阴虚证中lncRNAs的表达特征及基因调控网络。方法随机选择绝经后骨质疏松症受试者,分为肾阴虚证组3例和肾阳虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例为正常对照组,采用基因芯片技术检测外周血单个核细胞lncR... 目的:探讨绝经后骨质疏松症肾阴虚证中lncRNAs的表达特征及基因调控网络。方法随机选择绝经后骨质疏松症受试者,分为肾阴虚证组3例和肾阳虚证组3例,并选择健康绝经后妇女3例为正常对照组,采用基因芯片技术检测外周血单个核细胞lncRNAs的表达水平。肾阴虚证组分别与其他2组比较,筛选共同差异表达lncRNAs,并构建lncRNA调控网络;实时荧光定量PCR检测LINC00334、LINC00189和LOC101929378的表达,验证基因芯片结果。结果肾阴虚证组与正常对照组和肾阳虚证组比较,筛选出8个共同差异表达 lncRNAs:LINC00334、LINC00189、LOC101929378、XLOC_013921、ENSG00000237489.2、ENSG00000225278.2、AK125437和RNA95672;这些差异lncRNAs参与Jak/STAT、MAPK、胰岛素通路和钙离子代谢等12条信号转导通路的调控;实时荧光定量PCR证实,与正常对照组比较,LINC00189在绝经后骨质疏松症肾阴虚证表达下调(FC=4.71,P=0.007);LINC00334(FC=6.83,P=0.005)和LOC101929378绝经后骨质疏松症肾阴虚证表达上调(FC=4.51,P =0.035),变化趋势与芯片结果相一致。结论 LINC00334、LINC00189、LOC101929378、XLOC_013921、AK125437、ENSG00000237489.2、ENSG00000225278.2和RNA95672等8条lncRNAs可能通过调控Jak/STAT、MAPK、胰岛素通路和钙离子代谢等信号通路参与绝经后骨质疏松症肾阴虚证的发生发展过程。 展开更多
关键词 中西医结合 肾阴虚证 绝经后骨质疏松症 基因芯片 调控网络
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基于基因芯片构建鸡肌肉肌苷酸合成通路中关键酶基因的网络调控 被引量:1
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作者 栾德琴 常国斌 +2 位作者 王克华 窦套存 陈国宏 《中国家禽》 北大核心 2015年第9期12-15,共4页
研究运用Perl语言和皮尔森系数方程求解相关基因线性相关,结合Cytoscape软件生成肌苷酸相关基因的网络图,并基于KEGG数据库,结合肌苷酸各周龄含量的数据构建鸡肌肉肌苷酸基因及其相关基因网络调控图,运用cytoscape和GO将肌苷酸关键酶相... 研究运用Perl语言和皮尔森系数方程求解相关基因线性相关,结合Cytoscape软件生成肌苷酸相关基因的网络图,并基于KEGG数据库,结合肌苷酸各周龄含量的数据构建鸡肌肉肌苷酸基因及其相关基因网络调控图,运用cytoscape和GO将肌苷酸关键酶相关基因的网络调控图进行功能分类。分析各个基因之间的具体调控关系,最后运用GO分类推测与肌苷酸相关基因相关的其他基因的功能。 展开更多
关键词 基因芯片 肌肉生长 肌苷酸 KEGG GO分析 网络调控
番茄果实成熟相关转录因子的研究进展 被引量:8
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作者 汪莹 孔俊花 +2 位作者 陈微微 周婷 赖童飞 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1811-1820,共10页
对近年来通过高通量测序、基因结构预测、成熟突变体筛选、比较组学分析等手段获得的番茄(Solanum lycopersicum Mill.)果实成熟相关转录因子的研究进展进行了综述,为进一步阐明果实成熟相关转录调控网络作用机制的研究提供参考。
关键词 番茄 果实成熟 转录因子 调控网络
猪多能干细胞建系的培养条件及其分子调控网络研究 预览
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作者 王华岩 于童 +2 位作者 刘亚军 万千惠 王传振 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1057-1064,共8页
多能干细胞(pluripotent stem cells,PSCs)作为一类重要的细胞资源,成为目前国内外的研究热点,获得这类细胞在当今医学研究和生物技术的发展及应用中具有重要的意义.猪(Sus scrofa)由于其生理结构和代谢特征与人(Homo sapiens)较... 多能干细胞(pluripotent stem cells,PSCs)作为一类重要的细胞资源,成为目前国内外的研究热点,获得这类细胞在当今医学研究和生物技术的发展及应用中具有重要的意义.猪(Sus scrofa)由于其生理结构和代谢特征与人(Homo sapiens)较为相似,成为动物多能干细胞建系的重点研究对象.然而目前,猪多能干细胞建系工作仍存在很多难题.本文将从猪多能干细胞建系研究的进展和存在的问题入手,对照小鼠(Mus musculus)和人相关研究的成功经验,总结目前已经报道的猪多能干细胞的培养条件、调控因子、信号通路和基因表达特征,以期为建立猪胚胎干细胞和诱导多能干细胞系提供参考. 展开更多
关键词 多能干细胞 原始态 调控网络 基因表达
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MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱构建 预览
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作者 路伏增 褚晓红 +4 位作者 戴丽荷 陈绍孟 傅春泉 胡锦平 徐如海 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2013年第6期1220-1224,共5页
为进一步阐述仔猪腹泻发生的分子机制,应用生物信息学方法构建了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱,并对其中的基因进行基因功能聚类分析。首先,选择物种为猪,通过STRING 数据库分析发现与MUC13相关联的有10种蛋白(MUC4,MUC20... 为进一步阐述仔猪腹泻发生的分子机制,应用生物信息学方法构建了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络图谱,并对其中的基因进行基因功能聚类分析。首先,选择物种为猪,通过STRING 数据库分析发现与MUC13相关联的有10种蛋白(MUC4,MUC20,LRCH3,FLJ33471,ACK,ZDHHC19,CTPCT,APOD,Msp, CD71);其次,根据筛选到的蛋白,构建了仔猪腹泻调控网络,并从中找到了MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络,该网络包括MUC13,MUC4,MUC1,MUC2,MUC3,TFF3,NOD1,TNFSF10,FGFR1,CDH2等10个基因;最后,采用DAVID数据库对图谱中的这10个基因进行基因功能注释分析,发现富集相关程度较高的一些基因聚类条目有上皮生长因子( EGF)序列、SEA模块、跨膜结构域、胞质尾区等,因此推测MUC13基因结构的特异性决定了其在仔猪腹泻发展过程中具有特定的功能。文章建立的MUC13基因参与的仔猪腹泻调控网络具有一定的真实性,可以用来描述仔猪腹泻症发生发展过程中分子的相互作用。 展开更多
关键词 MUC13 仔猪腹泻 调控网络
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小鼠内耳发育核心转录因子的保守性及调控网络的比较分析 预览
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作者 陈志强 韩新焕 +2 位作者 魏钦俊 邢光前 曹新 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2013年第10期1198-1208,共11页
在脊椎动物内耳发育中,Six1、Six4、Pax2、Pax8、Foxi1、Dlx5、Gbx2、Irx2/3、Msx1等基因作为该心调控基因参与听基板的诱导过程.文章通过生物信息学方法,对小鼠内耳发育的核心转录因子进行保守性分析并研究其相互调控关系,得到小鼠内... 在脊椎动物内耳发育中,Six1、Six4、Pax2、Pax8、Foxi1、Dlx5、Gbx2、Irx2/3、Msx1等基因作为该心调控基因参与听基板的诱导过程.文章通过生物信息学方法,对小鼠内耳发育的核心转录因子进行保守性分析并研究其相互调控关系,得到小鼠内耳发育过程中核心转录因子的基因调控网络.与文献中已知的小鼠内耳发育基因调控关系相比,Pax2、Pax8、Foxi1、Dlx5基因在内耳发育中仍然起主要调控者的角色,Six1则处于被多个转录因子调节的地位,Gbx2、Irx2/3、Msx1在调控网络中也起到重要作用.对出现的差异进行了合理的分析,同时结合构建的调控网络预测了可能存在的Msx1对Six1、Gbx2的调控作用.序列预测结果也发现了一些新的调控关系,所涉及的转录因子包括Sox5、Lhx2、Rax、Otx1、Otx2、Pitx1、Pitx2、Nkx2-5、Irx4、Irx6、Dlx2、Hmx 1/2/3、Pou4f3、Pax4、Tlx2.文章为深入了解内耳发育调控机制提供了基础信息. 展开更多
关键词 内耳发育 转录因子 调控网络
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MicroRNA参与肿瘤发生发展的调控机制 预览 被引量:7
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作者 赵然 周鸣 +3 位作者 王贺冉 熊炜 李小玲 李桂源 《中南大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2013年第12期1282-1288,共7页
MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调... MicroRNAs(miRNAs)具有瘤基因或抑瘤基因的功能,其表达异常影响细胞增殖、凋亡、侵袭和转移等肿瘤恶性表型,从而参与肿瘤的发生发展及其转录调控网络。转录因子与miRNA,miRNA与靶基因之间一对多及多对一的调控关系,增加了miRNA调控的复杂性,从而影响肿瘤的生物学特征;miRNA加工过程中,Drosha和Dicer的表达和活性影响成熟miRNA的加工合成;竞争性内源RNA(ceRNA)与miRNA的靶基因竞争相同的miRNA,从而作为miRNA的拮抗子影响miRNA功能的发挥,ceRNA表达和结构异常是肿瘤发生发展的又一重要分子机制。这种多维调控模式构成了miRNA调控的复杂网络,参与肿瘤发生发展的精细调控,从而为肿瘤诊断和治疗提供了新的靶点。 展开更多
关键词 MICRORNA 肿瘤 转录因子 靶基因 竞争性内源RNA 网络调控
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果蝇昼夜节律调控网络的一个修正模型 预览
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作者 谭宁 李晓艳 陈玲莉 《动力学与控制学报》 2012年第3期268-272,共5页
PER和TIM是果蝇两个重要的生物钟蛋白.以往的研究一直认为PER和TIM是在细胞质中结合为二聚体并以二聚体的形式进入细胞核.但2006年PabloMeyer等人的实验研究表明,PER/TIM复合物在细胞质中分离,然后PER和TIM在很短的时间内独立进入... PER和TIM是果蝇两个重要的生物钟蛋白.以往的研究一直认为PER和TIM是在细胞质中结合为二聚体并以二聚体的形式进入细胞核.但2006年PabloMeyer等人的实验研究表明,PER/TIM复合物在细胞质中分离,然后PER和TIM在很短的时间内独立进入细胞核.根据该项实验结果,我们对果蝇昼夜节律调控模型进行了修正,修正模型反映了per和tim基因的转录翻译及蛋白质的翻译后修饰过程,二次磷酸化的蛋白质PER(P2)、TIM(他)分别独立进入细胞核并参与后续的调控过程.计算了修正模型的振荡周期并由此确定了新模型所引入的参数值.对修正模型的振荡节律进行数值分析,发现修正模型振荡节律在DD、LD条件下均产生了近于24h的持续周期振荡而在LL条件下呈现出振荡衰减,这些结果与原模型相似,反映出所建模型的合理性.但修正模型对参数对称性的依赖性则更加强烈,具体解释还有待于进一步的工作. 展开更多
关键词 昼夜节律 调控网络 动力学
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Proteome reference map and regulation network of neonatal rat cardiomyocyte
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作者 Zi-jian LI Ning LIU +1 位作者 Qi-de HAN You-yi ZHANG 《中国药理学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2011年第9期 1116-1127,共12页
瞄准: 仔细看并且建立一张 proteome 引用地图和新生的老鼠 cardiomyocyte 的规定网络。
关键词 心肌细胞 蛋白质组 调控网络 乳鼠 聚丙烯酰胺凝胶电泳 电离飞行时间质谱 基质辅助激光解吸 可扩展标记语言
寄生疫霉菌侵染拟南芥相关microRNA靶标调控网络分析 预览
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作者 张伟 徐珂 +2 位作者 王秦虎 王晓龙 单卫星 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2011年第12期 124-128,共5页
【目的】分析寄生疫霉菌侵染胁迫下拟南芥表达的microRNA,为探明microRNA对应靶标基因的调控网络及其可能的病理学和生物学功能奠定基础。【方法】以寄生疫霉菌(Phytophthora parasitica)和模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)为... 【目的】分析寄生疫霉菌侵染胁迫下拟南芥表达的microRNA,为探明microRNA对应靶标基因的调控网络及其可能的病理学和生物学功能奠定基础。【方法】以寄生疫霉菌(Phytophthora parasitica)和模式植物拟南芥(Arabidopsis thaliana)为材料,鉴定在病菌侵染胁迫下拟南芥表达的microRNA,构建其靶标调控网络,并进行Gene Ontology和蛋白质结构域富集分析。【结果】在寄生疫霉菌侵染拟南芥的Solexa测序文库中鉴定39条拟南芥microRNA,筛选出了5个转录因子相关的调控网络;Gene Ontology富集结果表明,在生物学过程中,转录调控相关的基因显著富集;蛋白质结构域富集结果表明,靶基因中转录因子显著富集。【结论】拟南芥响应寄生疫霉菌microRNA靶标基因的功能主要集中在转录因子的调控功能上。 展开更多
关键词 MICRORNA 生物胁迫 调控网络 GO分析
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植物抗逆反应中的转录因子网络研究进展 预览 被引量:19
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作者 陈儒钢 巩振辉 +2 位作者 逯明辉 李大伟 黄炜 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期 126-134,共9页
植物生长发育过程中会经历各种生物及非生物胁迫,转录因子所介导的基因表达调控网络在植物抵御各种胁迫反应中起着重要的作用。目前已鉴定的与植物抗胁迫有关的转录因子及家族主要有碱性域亮氨酸拉链(basic-domain leucine-zipper,bZI... 植物生长发育过程中会经历各种生物及非生物胁迫,转录因子所介导的基因表达调控网络在植物抵御各种胁迫反应中起着重要的作用。目前已鉴定的与植物抗胁迫有关的转录因子及家族主要有碱性域亮氨酸拉链(basic-domain leucine-zipper,bZIP)、禽成髓细胞瘤病毒致癌基因同源物类(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog,MYB)、乙烯应答元件组合蛋白/因子(APELATA2/ethylene-responsive element binding proteins/factors,AP2/EREBP)、WRKY和NAC等。这些转录因子与特定的顺式作用元件结合组成调控网络,特异地调控植物胁迫反应中各种相关抗性功能基因的表达,提高植物对环境胁迫的适应能力。 展开更多
关键词 转录因子 调控网络 逆境胁迫
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