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河南省小黄黝鱼群体遗传多样性 预览
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作者 汪曦 曾会玲 +7 位作者 孟晓林 王先锋 宋东蓥 张建新 顾钱洪 汤永涛 周传江 聂国兴 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期96-105,共10页
小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江... 小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(Hd)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势;Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。 展开更多
关键词 河南省 小黄黝鱼 COI基因 遗传多样性 群体遗传结构
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基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构 预览
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作者 刘彬 沈林園 +5 位作者 陈映 李强 廖坤 郭芝忺 张顺华 朱砺 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期260-269,共10页
为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行... 为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.2604±0.0252),26头种公猪的遗传距离为(0.2633±0.0237)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity,ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 展开更多
关键词 SNP芯片 青峪猪 群体遗传结构
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基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析 预览
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作者 赵文溪 刘莹 +5 位作者 于超勇 王丽娟 宋爱环 刘洪军 张树东 官曙光 《广西科学院学报》 2019年第4期308-318,共11页
为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野... 为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。 展开更多
关键词 大泷六线鱼 线粒体DNA 遗传多样性 线粒体基因控制区 细胞色素B基因 群体遗传结构
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南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析 预览
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作者 高天翔 王志杨 +1 位作者 宋娜 宋林 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期159-165,共7页
密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,8... 密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。 展开更多
关键词 密斑马面鲀 南沙群岛 控制区 遗传多样性 群体遗传结构
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基于SSR标记的华南野生蓖麻遗传多样性分析
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作者 汪亚菲 陆建农 +4 位作者 施玉珍 陈森 李文秀 何晓琳 殷学贵 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期910-916,共7页
国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检... 国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检测到等位基因4.819个、有效等位基因2.410个,平均多态性信息含量(PIC)为0.481,平均Shannon’s信息指数(I)为1.007,平均期望杂合度(He)为0.525,均高于以往报道结果。按地理来源分析,来自广东的材料遗传多样性最高,广西的次之,海南的最低。群体遗传结构分析将240份材料划分为3个类群,每个类群遗传背景独特,与地理分布基本一致,类群间存在一定程度的基因交流。聚类分析在遗传相似系数为0.404时,将240份材料分为4个组,组间亲缘关系与地理分布没有直接联系,但随着遗传相似系数的增大,同一地区的材料有聚到一起的趋势。以上结果证明中国华南野生蓖麻材料遗传多样性较为丰富,是比较独特的一类蓖麻种质资源,应进一步加强保护、研究和利用。本研究对华南野生蓖麻的高效保护和研究利用提供了数据参考。 展开更多
关键词 蓖麻 遗传多样性 群体结构 聚类分析 SSR
南海鸢乌贼的遗传差异:种群分化还是种间分化 预览 被引量:1
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作者 李敏 张鹏 +2 位作者 张俊 张魁 陈作志 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期133-140,共8页
利用线粒体ND2、COI和16SrDNA序列,对2012年9月至2015年9月采自南海的鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)样本进行了种群遗传结构的分析。系统发育关系显示鸢乌贼中型群和微型群各自形成了单系群分支,而分支内没有形成与地理群体或季... 利用线粒体ND2、COI和16SrDNA序列,对2012年9月至2015年9月采自南海的鸢乌贼(Sthenoteuthis oualaniensis)样本进行了种群遗传结构的分析。系统发育关系显示鸢乌贼中型群和微型群各自形成了单系群分支,而分支内没有形成与地理群体或季节群体对应的支系。分子方差分析同样表明,地理群体或季节群体之间不存在明显的遗传分化,而中型群和微型群之间具有极显著的遗传分化(FST=0.94092~0.9899,P<0.0001)。遗传多样性分析显示,鸢乌贼中型群和微型群均呈现出较高的单倍型多样性(0.9465和0.8545)和较低的核苷酸多样性(0.0051和0.0021),中型群的遗传多样性指数要高于微型群。基于ND2、COI和16S rDNA序列计算的中型群和微型群之间的遗传距离分别达到了14.0%、9.6%和8.8%,远大于类群内的遗传分化(平均<1%)。研究结果表明,南海鸢乌贼存在分布高度重合且有显著遗传分化的两个种群,即中型群和微型群。中型群和微型群之间的遗传差异达到了种间分化的水平,提示体型较大、具有背部发光器的中型群鸢乌贼(典型鸢乌贼)与体型较小、背部发光器缺失的微型群鸢乌贼可能是两个相互独立的种类。 展开更多
关键词 鸢乌贼 种群遗传结构 遗传多样性 线粒体DNA序列 南海
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广西地方鸡品种群体遗传结构及其遗传关系分析
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作者 杨秀荣 蒋和生 +8 位作者 徐文文 贾银海 杨祝良 孙甜甜 曾令湖 邹乐勤 肖聪 王娟 邓继贤 《中国家禽》 北大核心 2019年第3期6-9,共4页
为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种... 为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种的平均等位基因数(NA)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、品种的杂交情况和群体间的遗传距离进行分析,构建了基于NJ和UPGMA的进化树。结果显示:广西9个地方品种的平均等位基因数为5.26~8.86;观察杂合度最高的是XY,而期望杂合度最高的是GXM;多态信息含量最高的是GXM,最低的是LHS。除了LHS的PIC小于0.5外,其它品种均高于0.5;品种归属分析显示,NDY、LSF、LSX和LHS 4个品种的归属比率都为100%;XY、GXM、LYW和SH。9个品种中SH、XY、LSX和DLW处于Hardy-Weinberg不平衡。群体进化树分析显示,龙胜凤鸡和六画山鸡是一个相对独立的类群,其余7个品种聚为一个较为复杂的大类群。结果表明,广西大部分地方鸡品种的保种效果较理想,保种方案可行,广西地方品种形成与品种所处的地理环境可能存在某种联系。 展开更多
关键词 广西 地方鸡品种 群体遗传结构 微卫星分子标记 遗传多样性
基于线粒体cytb序列的花斑蛇鲻种群遗传结构研究 预览
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作者 李敏 黄梓荣 +1 位作者 许友伟 陈作志 《南方水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期41-48,共8页
文章利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因全序列作为分子标记,分析了中国近海和陆架的花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)的遗传结构特征。从8个采样点266尾样本中共检测到142种单倍型,各采样点均表现出很高的单倍型多样性(0.9251~0... 文章利用线粒体细胞色素b(cytochrome b,cytb)基因全序列作为分子标记,分析了中国近海和陆架的花斑蛇鲻(Saurida undosquamis)的遗传结构特征。从8个采样点266尾样本中共检测到142种单倍型,各采样点均表现出很高的单倍型多样性(0.9251~0.9929)和较低的核苷酸多样性(0.003145~0.003852)。单倍型的中间连接网络图呈现以4个优势共享单倍型为中心的星状发散结构,未发现与地理群体对应的谱系结构。分子方差分析表明花斑蛇鲻的遗传变异绝大部分(99.79%)来自种群内的个体之间,而群体之间几乎没有贡献遗传变异。成对遗传分化系数(FST)显示花斑蛇鲻群体间基因交流频繁,不存在明显的遗传差异,是一个随机交配群。中性检验表明种群历史动态显著偏离稳定种群模型,核苷酸错配分布表明花斑蛇鲻历史上曾经历过种群的快速扩张,扩张时间推算约在距今4万~10万年之前。研究结果表明,中国近海和陆架的花斑蛇鲻遗传分化不显著,在渔业上可以作为一个单元来管理。 展开更多
关键词 花斑蛇鲻 种群遗传结构 遗传多样性 细胞色素B 渔业管理
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粉尘螨不同地理种群的遗传结构研究 预览
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作者 叶长江 陈成 +4 位作者 郑凌霄 刘啸 陶香林 杨邦和 孙恩涛 《安徽工程大学学报》 CAS 2019年第4期19-23,29共6页
对粉尘螨不同地理种群进行种群遗传多样性和遗传结构分析,为制定有效的防治粉尘螨策略提供种群分子遗传学方面的依据。根据中国动物地理区划进行储藏物粉螨样品采集工作,应用系统地理学的分析方法,以线粒体COI基因序列为分子标记,分析... 对粉尘螨不同地理种群进行种群遗传多样性和遗传结构分析,为制定有效的防治粉尘螨策略提供种群分子遗传学方面的依据。根据中国动物地理区划进行储藏物粉螨样品采集工作,应用系统地理学的分析方法,以线粒体COI基因序列为分子标记,分析粉尘螨不同地理种群的遗传多样性和种群遗传分化。扩增了2017年采集自中国3个省4个地理种群的37个粉尘螨线粒体COI基因序列,在COI基因709 bp序列中共检测到16种单倍型,物种水平的单倍型多样性(h)为0.847、核苷酸多样性(Pi)为0.021 08,表明粉尘螨在物种水平上具有较高的遗传多样性;在种群水平上,安徽芜湖地区种群的遗传多样性最高,可能与其种群大小有关;AMOVA的结果表明群体间的遗传变异(87.34%)大于种群内的遗传变异(12.66%),种群间遗传分化显著(P<0.001);中性检验结果表明芜湖地区的粉尘螨种群可能经历了历史的扩张;单倍型网状进化分析无明显的谱系地理结构,可能与面粉贸易有关。粉尘螨不同地理种群的遗传多样性丰富,种群间遗传分化明显,人为干扰可能导致其不同地理种群交流频繁。 展开更多
关键词 粉尘螨 COI基因 种群遗传结构 遗传多样性 系统地理学
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海南南繁区水稻纹枯病菌的遗传多样性与致病力分化 预览 被引量:1
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作者 朱名海 彭丹丹 +1 位作者 舒灿伟 周而勋 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期176-185,共10页
【目的】为明确南繁区水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solaniAG-1IA)的遗传分化及遗传多样性与致病力的关系,【方法】采用AFLP分子标记技术和离体叶片接种法对南繁核心区(三亚、乐东、陵水)和非核心区(琼中、屯昌和定安)共60株水稻纹枯病菌... 【目的】为明确南繁区水稻纹枯病菌(Rhizoctonia solaniAG-1IA)的遗传分化及遗传多样性与致病力的关系,【方法】采用AFLP分子标记技术和离体叶片接种法对南繁核心区(三亚、乐东、陵水)和非核心区(琼中、屯昌和定安)共60株水稻纹枯病菌的遗传多样性、遗传结构和致病力分化进行了测定,并分析了遗传多样性与致病力之间的关系。【结果】聚类分析结果表明,核心区菌株的遗传多样性相对更高;群体遗传结构分析表明,核心区群体的多态性位点百分率(PPL)、Nei基因多样性指数(H)、Shannon信息指数(I)和基因流(Nm)分别为82.24%、0.1932、0.3062和2.5627,高于非核心区群体的67.49%、0.1535、0.2447和0.9365;而核心区群体的基因分化系数(Gst)为0.1633,低于非核心区群体的0.3481。【结论】核心区菌株的遗传变异程度比非核心区菌株高;核心区不同群体间存在较多的基因交流,而非核心区菌体间的基因交流较少,但遗传变异均主要来自于群体内;总体而言,核心区菌株的遗传分化程度更高。菌株的致病力及其与菌株遗传多样性的相关性分析表明,核心区菌株以中等致病型为主,而非核心区菌株则以中、强致病型为主,但与菌株的AFLP谱系之间的相关均未达显著水平。 展开更多
关键词 南繁区 水稻纹枯病菌 遗传多样性 遗传结构 致病力分化 AFLP
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江西亚洲柑橘木虱的种群遗传结构研究 预览 被引量:1
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作者 罗育发 吴凯 +2 位作者 付丹 王艾平 徐兵 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期55-59,共5页
亚洲柑橘木虱 Diaphorina citri Kuwayama是芸香科Rutaceae植物新梢期的重要害虫,也是黄龙病Huanglongbing的主要传播媒介,严重威胁江西柑橘产业的发展。本文利用线粒体基因标记,研究江西10个地点亚洲柑橘木虱的种群遗传结构和多态性。... 亚洲柑橘木虱 Diaphorina citri Kuwayama是芸香科Rutaceae植物新梢期的重要害虫,也是黄龙病Huanglongbing的主要传播媒介,严重威胁江西柑橘产业的发展。本文利用线粒体基因标记,研究江西10个地点亚洲柑橘木虱的种群遗传结构和多态性。扩增了2个线粒体 CO Ⅰ基因片段,长度为1 431 bp 。其中多态性位点2个(均为非同义突变,A/G转换),单倍型3个(Hap-1,Hap-2和Hap-3)。最常见的单倍型是Hap-1(占总样本数的91.7%),发生在所有采样点;其次为Hap-3(6.3%),分布在大余和崇义;Hap-2(2.0%)仅在兴国出现。单一直线型的单倍型网络结构模式、小而不显著的HR(Harpending’s raggedness)指数值,以及单峰型错配分布曲线均表明:江西地区的亚洲柑橘木虱是近期入侵并经历了快速的种群动态扩张。 展开更多
关键词 亚洲柑橘木虱 柑橘黄龙病 种群遗传结构 CO Ⅰ基因 江西
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海南橡胶树白粉菌的群体遗传结构研究 预览
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作者 曹学仁 车海彦 罗大全 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期121-124,共4页
白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)... 白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)均有分布;三亚种群的单倍型多样性和核苷酸多样性最高。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。遗传分化指数(Fst)表明三亚种群与白沙、儋州、海口和琼中等四市(县)种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的89.66%。因此海南橡胶树白粉菌菌株间虽存在一定的遗传分化,但整体遗传多样性偏低。 展开更多
关键词 橡胶树白粉病 橡胶树粉孢 ITS序列 群体遗传结构
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基于原噬菌体类型的我国柑橘黄龙病菌种群遗传结构分析 被引量:1
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作者 李嘉慧 郑正 邓晓玲 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期334-342,共9页
柑橘黄龙病是柑橘生产上最严重的病害之一,由难培养的候选韧皮部杆菌亚洲种('Candidatus Liberibacter asiaticus',CLas)引起。目前,已报道的与CLas相关的原噬菌体有3种,并且不同的CLas样品中可以检测到不同类型的原噬菌体或不... 柑橘黄龙病是柑橘生产上最严重的病害之一,由难培养的候选韧皮部杆菌亚洲种('Candidatus Liberibacter asiaticus',CLas)引起。目前,已报道的与CLas相关的原噬菌体有3种,并且不同的CLas样品中可以检测到不同类型的原噬菌体或不同类型的组合。本研究基于原噬菌体类型特异引物对从我国南方8省收集的548个黄龙病样品进行原噬菌体类型的鉴定和分析。结果表明,基于原噬菌体类型,在548个样品中共鉴定了7种类型的菌株,分别为Type 1(7.12%)、Type 2(60.22%)、Type 3(3.83%)、Type 1+Type 2(3.28%)、Type 1+Type 3(17.34%)、Type 1+Type 2+Type 3(3.47%)和None类型(不含上述3种类型原噬菌体)(4.74%),其中只携带Type 2类型原噬菌体菌株为华南地区优势种群。此外,基于遗传多样性和遗传距离对我国南方地区的CLas种群进行种群结构分析发现,我国南方地区的CLas种群可以分为3个组,即Ⅰ组(广东、江西、广西、福建)、Ⅱ组(浙江和湖南)以及Ⅲ组(云南和海南),其中Ⅰ组和Ⅱ组又可聚为一大组。该结果可为研究我国柑橘黄龙病流行规律提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 原噬菌体 种群遗传结构
中国不同地区群体遗传结构差异及调整策略研究
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作者 朱猛 吕筠 +9 位作者 余灿清 靳光付 郭彧 卞铮 Robin Walters Iona Millwood 陈铮鸣 沈洪兵 胡志斌 李立明 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期20-25,共6页
目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘... 目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘制主成分二维图,并与样本地区来源相比较,分析我国不同地区样本的遗传结构特征。以CKB队列数据为基础,生成存在遗传结构差异、亲缘关系等队列样本特征的模拟数据集,探索并评价不同分析策略对膨胀因子(λ)的控制效果。结果我国不同地区人群存在显著的群体遗传结构差异,人群遗传结构主成分分布与项目地区的地理分布基本一致,第一主成分对应不同地区的纬度,第二主成分对应不同地区的经度。生成的模拟数据集,直接进行关联分析假阳性率较高(λ=1.16),即使调整遗传结构主成分或根据地区进行亚组分析仍无法有效控制λ(λ>1.05);使用混合线性模型引入亲属关系矩阵作为随机效应量后,无论是否进一步调整遗传结构主成分,λ均得到有效控制(λ=0.99).结论我国不同地区人群遗传结构存在较大差异,在分子流行病学研究中需要谨慎处理群体遗传结构造成的研究偏倚;针对大队列数据遗传结构复杂、亲缘关系广泛等特征,需要使用混合线性模型进行关联分析。 展开更多
关键词 分子流行病学 群体遗传结构 地区差异 混合线性模型
基于线粒体Cytb基因的口虾蛄种群遗传结构研究 预览
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作者 隋宥珍 刘连为 +1 位作者 徐开达 周永东 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期355-361,共7页
为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体Z... 为促进口虾蛄Oratosquilla oratoria资源的可持续利用及遗传多样性保护,采用线粒体DNA细胞色素b(Cytb)基因序列分析方法,对口虾蛄黄海群体(连云港群体LYG)、东海群体(南韭山群体NJS、南麂岛群体NJD、福州群体FZ)和南海群体(珠江口群体ZJK)进行了遗传变异分析,进而确立了其种群遗传结构。结果表明:所有群体总的单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.976±0.010、0.039 25±0.019 13,其中福州群体的单倍型多样性指数最高(0.987±0.035),南麂岛群体最低(0.931±0.046),珠江口群体的核苷酸多样性指数最高(0.064 84±0.033 02),连云港群体最低(0.003 59±0.002 17);分子方差分析结果显示,遗传变异主要来自组群间,且遗传分化极显著(变异系数为73.88%,P<0.01),连云港群体、东海群体及珠江口群体内遗传分化均不显著(P>0.05);两两群体间的遗传分化系数(Fst)分析表明,连云港群体、珠江口群体与其他地理群体间遗传分化均显著(P<0.05);单倍型邻接系统树和最小跨度树均显示,存在明显的系统发育谱系结构,即谱系A、B、C存在于口虾蛄群体中,3个谱系单倍型类群间也存在显著的遗传分化(Fst=0.695~0.842,P<0.01);中性检验和核苷酸不配对分析结果显示,谱系C群体大约在11.0万年前经历扩张事件。研究表明,口虾蛄的种群遗传结构模式可能与其栖息地海洋环境条件及自身的生活史特征相关,系统发育地理格局模式可能与更新世冰期-间冰期气候变化有关,建议在渔业管理上将口虾蛄黄渤海群体、东海群体、南海群体看作3个独立的管理单元。 展开更多
关键词 口虾蛄 细胞色素B基因 种群遗传结构 系统发育类群
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基于DNA条形码技术的湖南省柑橘主产区实蝇幼虫分子鉴定
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作者 张岳 张佳峰 +2 位作者 秦誉嘉 曾译影 李志红 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期71-81,共11页
为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16... 为明确湖南省柑橘主产区的实蝇入侵为害现状,从该省7个市(自治州)22个地点收集柑橘蛆果中的幼虫,利用DNA条形码技术对其进行分子鉴定,并以DNA条形码序列作为分子标记探究橘大实蝇Bactrocera minax的20个中国地理种群(湖南省6个组群共16个种群、其它3省市4个种群)以及1个印度地理种群间的亲缘地理关系,分析橘大实蝇在我国的遗传进化关系。结果表明,仅采集自邵阳市城步苗族自治县柑橘蛆果中的5头幼虫被鉴定为蜜柑大实蝇B.tsuneonis,其余21个地点采集的595头幼虫均被鉴定为橘大实蝇。21个橘大实蝇地理种群的平均单倍型多样性为0.75,核苷酸多样性为0.0032,核苷酸差异数为2.13,中国所有地理种群均具有较高的遗传多样性;单倍型网络进化图显示湖南、重庆、贵州种群共享的单倍型H3为原始单倍型,表明其为比较原始的种群;AMOVA分析结果显示种群内个体间遗传变异占总体变异的59.04%,是遗传变异的主要来源;遗传分化结果表明湖南省6个组群间均出现了中度至高度的遗传分化,FST在0.0521~0.7795之间。表明DNA条形码技术可用于蜜柑大实蝇和橘大实蝇幼虫的分子鉴定及其种群遗传进化分析。 展开更多
关键词 蜜柑大实蝇 橘大实蝇 DNA条形码技术 种群遗传结构
丹霞梧桐群体遗传结构及其遗传分化
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作者 武星彤 陈璐 +5 位作者 王敏求 张原 林雪莹 李鑫玉 周宏 文亚峰 《生物多样性》 CSCD 北大核心 2018年第11期1168-1179,共12页
丹霞梧桐(Firmiana danxiaensis)是分布于我国韶关地区北部丹霞地貌的特有物种, 其分布范围狭窄, 种群数量小。本文利用EST-SSR分子标记位点, 分析丹霞梧桐群体(丹霞山组群和南雄组群)的遗传多样性和遗传结构, 研究群体的分化历史, 探... 丹霞梧桐(Firmiana danxiaensis)是分布于我国韶关地区北部丹霞地貌的特有物种, 其分布范围狭窄, 种群数量小。本文利用EST-SSR分子标记位点, 分析丹霞梧桐群体(丹霞山组群和南雄组群)的遗传多样性和遗传结构, 研究群体的分化历史, 探讨该物种的可能分布和科学保护策略。结果表明: 丹霞梧桐总的遗传多样性中等(Ht = 0.631), 群体内遗传多样性较高(Hs = 0.546), 遗传变异主要存在于群体内(79.66%), 但不同地理组群间存在显著的遗传分化(FST = 0.150)。长期地理隔离和现代人为干扰是形成丹霞梧桐当前遗传变异模式的主要原因。STRUCTURE分析可将研究群体划分为清晰的两个基因库(gene pool), 其遗传结构与系统发育地理格局之间有密切关系。丹霞梧桐不同地理群体经历了独立的进化路线, 但丹霞山群体的杂合性高, 遗传背景更为复杂。近似贝叶斯运算法(Approximate Bayesian Computation, ABC)分析表明, 丹霞山和南雄地理群体在10万年前由同一个祖先群体分化而来, 分化时有效群体大小分别为7,290和5,550。结合丹霞梧桐的遗传变异和生态位信息, 可推测丹霞梧桐曾广泛分布于南岭地区, 受第四纪第三次亚冰期的影响, 南岭北部的丹霞梧桐群体因气候剧烈变化而灭绝, 仅在南岭南部适宜的环境中得以保存并繁衍至今, 丹霞山和南雄是丹霞梧桐最主要的两个冰期避难所。在全面掌握丹霞梧桐的自然分布, 开展就地保护的基础上, 通过建立种质资源圃、人工种苗扩繁、自然回归试验等措施, 对于该物种的异地保护、种群恢复和开发利用具有重要意义。 展开更多
关键词 群体遗传结构 遗传分化 遗传多样性 近似贝叶斯算法 微卫星标记 丹霞梧桐
基于mtCOI基因序列的DNA条形码技术在江苏沿江长角血蜱鉴定中的应用 预览 被引量:3
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作者 杨鹏飞 燕清丽 +9 位作者 苏琦 何芳 唐丽 邢亚东 刘纯成 邵忠贤 蔡蓉 胡锦流 姚海波 何南江 《江苏预防医学》 CAS 2018年第2期135-139,共5页
目的了解长角血蜱在盱眙地区(JS种群)的遗传多样性和不同地理种群间的分子进化关系,为该地区长角血蜱及其携带的病原体防控提供理论依据。方法采集盱眙县1例发热伴血小板减少综合征(SFTSV)确诊病例家附近的长角血蜱,并对其mt COI基因序... 目的了解长角血蜱在盱眙地区(JS种群)的遗传多样性和不同地理种群间的分子进化关系,为该地区长角血蜱及其携带的病原体防控提供理论依据。方法采集盱眙县1例发热伴血小板减少综合征(SFTSV)确诊病例家附近的长角血蜱,并对其mt COI基因序列进行系统进化分析、种群遗传多样性分析及遗传结构分析。结果采集寄生蜱20只,游离蜱23只。JS种群的mtCOI基因的核苷酸同源性为97.00%~100.00%,属“Compound”进化谱系枝。JS种群共有5个单倍型,单倍型多样性Hd=0.917,核苷酸多样性为π=0.005,多态性位点S=9。Tajima's D值为-1.456,核苷酸错配分布图为单峰。结论江苏沿江地区长角血蜱JS种群可能经历种群的扩张。 展开更多
关键词 长角血蜱 系统进化树 种群遗传多样性 种群遗传结构
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基于线粒体COⅡ基因序列推测黄脊竹蝗谱系地理结构 预览
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作者 刘华宣 严李云 +4 位作者 杨华 高尚 洪芳 刘娜娜 蒋国芳 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期413-424,共12页
黄脊竹蝗是危害我国南方竹林的重要害虫。该蝗虫的幼虫和成虫主要以竹叶为食,经常引起大面积的竹林死亡,导致毛竹产量锐减。尽管人们对其生物学特性已经有了较为深入的了解,然而,关于其种群遗传结构以及种群发生、发展和迁移的历史研究... 黄脊竹蝗是危害我国南方竹林的重要害虫。该蝗虫的幼虫和成虫主要以竹叶为食,经常引起大面积的竹林死亡,导致毛竹产量锐减。尽管人们对其生物学特性已经有了较为深入的了解,然而,关于其种群遗传结构以及种群发生、发展和迁移的历史研究极少,这对其灾害的预测十分不利。因此,我们研究黄脊竹蝗不同地理种群的遗传变异,探讨其遗传多样性和种群遗传结构。线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)是在系统发生学和系统地理学研究中最受欢迎的分子标记之一,本研究即应用线粒体COⅡ基因作为遗传标记对中国黄脊竹蝗分布范围内的种群进行了初步的谱系地理学分析,以期对今后该物种的生物防治提供基础资料。研究结果显示:1)AMOVA分析表明黄脊竹蝗存在明显的种群遗传结构;2)黄脊竹蝗经历了一个近期集群和种群扩张,种群扩张时间估计为0.014百万年前,这处于末次冰期Ⅲ和新冰期Ⅰ之间的间冰期;3)系统发生树与中间-连接网络图的结果相一致,即大部分地理距离较近的种群,在系统发生树中聚集为一支,亲缘关系相近;4)本研究获得的具有浅显世系关系的系统发生分析结果,是邻近区域之间的高迁移率、集群过程和长距离迁移的证据。第四纪盛冰期阶段的气候和生态或环境状况的巨大波动可能对该蝗的遗传多样性和种群动态具有重要影响。 展开更多
关键词 黄脊竹蝗 COⅡ基因 遗传多样性分析 种群遗传结构 单元型网络图
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河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性 预览
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作者 刘慧芬 张超 +8 位作者 王静 顾钱洪 周传江 孟晓林 张建新 宋东蓥 李学军 孔祥会 聂国兴 《中国水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期269-277,共9页
为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体COI基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性... 为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体COI基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 COI 遗传多样性 群体遗传结构
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