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禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰性状、脂代谢及盲肠微生物的影响
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作者 王亚东 孙帅杰 +6 位作者 薛明明 黄涛 周建设 许会芬 王建平 孙桂荣 李明 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1388-1393,共6页
旨在研究禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰指标及脂代谢及盲肠微生物的影响。选取12只平均体质量为(0.91±0.12)kg的28日龄断奶新西兰白兔,随机分为A、B 2组,每组6个重复。其中A组为对照组,正常饲养;B组为试验组,戴项... 旨在研究禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰指标及脂代谢及盲肠微生物的影响。选取12只平均体质量为(0.91±0.12)kg的28日龄断奶新西兰白兔,随机分为A、B 2组,每组6个重复。其中A组为对照组,正常饲养;B组为试验组,戴项圈禁食软粪。预试期7d,正式试验60d,每天称量采食量,每周称1次体质量。结果表明:1)禁食软粪显著降低了生长期新西兰白兔体增重、日增重、料重比(P<0.05)。2)与对照组相比,禁食软粪极显著降低了试验组新西兰白兔毛皮长度、毛皮宽度、毛皮质量(P<0.01),被毛长度和毛皮厚度差异不显著(P>0.05)。3)禁食软粪极显著降低了新西兰白兔全净膛质量和半净膛质量(P<0.01)。4)禁食软粪对新西兰白兔屠宰后45min和24h的pH值、剪切力、蒸煮损失、滴水损失无显著性影响(P>0.05)。5)与对照组相比,禁食软粪对试验组新西兰白兔高密度脂蛋白胆固醇、白蛋白差异极显著(P<0.01),对总胆固醇差异显著(P<0.05),对低密度脂蛋白胆固醇、甘油三酯及总蛋白差异不显著(P>0.05)。6)对2组兔子盲肠微生物进行宏基因组测序,结果表明:与对照组相比,试验组厚壁菌门(Firmicutes)丰度无显著性变化(P>0.05),拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度增加,放线菌门(Actinobacteria)丰度减少。综合考虑本试验所测指标,禁食软粪降低了新西兰白兔的生长性能、毛皮质量、屠宰指标及肉品质。这为研究其他小型哺乳动物食粪行为提供了依据。 展开更多
关键词 禁食软粪 新西兰白兔 生长性能 毛皮质量 屠宰性状 肉品质 脂代谢 宏基因组
基于宏基因组测序技术分析连作对杨树人工林土壤微生物群落的影响
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作者 张瑛 马雪松 +4 位作者 敬如岩 马风云 郭建曜 王延平 王华田 《山东大学学报:理学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期36-46,共11页
为了了解连作人工林土壤微生物群落的演变动态,以Ⅰ代和连作Ⅱ代杨树人工林为研究对象,提取土壤微生物基因组DNA并进行宏基因组测序分析,结合土壤酚酸含量测定,分析阐明连作杨树人工林土壤微生物群落演变动态及其与土壤酚酸类化感物质... 为了了解连作人工林土壤微生物群落的演变动态,以Ⅰ代和连作Ⅱ代杨树人工林为研究对象,提取土壤微生物基因组DNA并进行宏基因组测序分析,结合土壤酚酸含量测定,分析阐明连作杨树人工林土壤微生物群落演变动态及其与土壤酚酸类化感物质累积的相关性。结果表明:杨树人工林土壤中共检测到细菌域微生物类群8个门63属,其中芽孢杆菌属(Bacillus)为优势菌群,Ⅰ代和连作Ⅱ代林之间土壤微生物群落多样性和均匀性没有显著变化。连作Ⅱ代林土壤中9属微生物丰度显著升高(P<0.05),7属微生物丰度显著下降(P<0.05),连作对杨树人工林土壤微生物群落组成和丰度有显著影响(P<0.05);参与DNA修复与蛋白重组,次生代谢物的合成、转运与代谢等代谢功能的基因丰度显著下降(P<0.05)。连作Ⅱ代林土壤酚酸总量显著升高(P<0.05),并与土壤微生物群落组成和丰度显著相关。 展开更多
关键词 杨树人工林 连作 宏基因组测序 微生物 酚酸
不同碳源对凡纳滨对虾育苗标粗水体生物絮团的结构、营养成分、细菌群落及其水质的影响 预览
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作者 张哲 杨章武 +2 位作者 葛辉 陈辉辉 卓吓晃 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期639-649,共11页
为研究凡纳滨对虾育苗标粗阶段生物絮团形成所需要的适合碳源,设计3种不同碳源添加组(葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组),每个处理组设置3个重复,实验期20d,以分析不同碳源添加后对水体生物絮团的形成、营养成分、细菌群落结构及水质指标的影... 为研究凡纳滨对虾育苗标粗阶段生物絮团形成所需要的适合碳源,设计3种不同碳源添加组(葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组),每个处理组设置3个重复,实验期20d,以分析不同碳源添加后对水体生物絮团的形成、营养成分、细菌群落结构及水质指标的影响。结果显示,在碳源添加量均为投喂量的80%时,形成的生物絮团可有效调节水质,降低水体中的氨氮和亚硝酸盐氮水平。3个碳源添加组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显著低于对照组,淀粉组水样中氨氮、亚硝酸盐氮和硝酸盐氮浓度显著高于葡萄糖组和蔗糖组;最终对虾存活率统计结果显示,葡萄糖组、淀粉组、蔗糖组和对照组分别为72.9%、54.2%、69.8%和44.3%;淀粉组的生物絮团沉降体积(BFV)显著低于葡萄糖组,蔗糖组BFV最高,在13~15d后3组均趋于稳定;葡萄糖组和蔗糖组的粗蛋白含量均显著高于淀粉组,葡萄糖组和蔗糖组则差异不显著;葡萄糖组和蔗糖组生物絮团中组氨酸、精氨酸、蛋氨酸等必需氨基酸和天冬氨酸、谷氨酸、丙氨酸等非必需氨基酸含量都显著高于淀粉组;葡萄糖组、淀粉组和蔗糖组的必需氨基酸指数(EAAI)值分别为0.93、0.89和0.92。3种类型生物絮团在门级水平的细菌群落共有18余种,其中变形菌门和拟杆菌门在各组占有比例均最高,淀粉组拟杆菌门含量显著高于其他2组,蔗糖组浮霉菌门和放线菌门含量显著高于葡萄糖组和淀粉组。研究表明,添加不同碳源可影响水体生物絮团的形成、营养成分、细菌群落结构和多样性,不同程度地改善水质。以必须氨基酸指数及存活率为评价指标,则葡萄糖和蔗糖都是凡纳滨对虾育苗标粗水体中适宜的碳源选择。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 生物絮团 碳源 氨基酸 群落结构 宏基因组测序
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环境微生物组多样性及功能研究进展 预览 被引量:1
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作者 吴波 冯凯 +15 位作者 职晓阳 何强 许玫英 邓晔 肖凡书 汪善全 于玲 鲁祺鸿 连英丽 罗丽娟 原珂 陈保卫 颜庆云 仇荣亮 栾天罡 贺志理 《中山大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2017年第5期1-11,共11页
快速发展的测序技术和各种高通量手段使我们能够深入探索环境微生物的多样性及其功能。本文中提及的环境微生物组(environmental microbiome)界定为特定环境中所有微生物基因组的集合。环境微生物组研究的主要目的是解读特定环境中微... 快速发展的测序技术和各种高通量手段使我们能够深入探索环境微生物的多样性及其功能。本文中提及的环境微生物组(environmental microbiome)界定为特定环境中所有微生物基因组的集合。环境微生物组研究的主要目的是解读特定环境中微生物的多样性、结构、功能、相互作用和进化,以及它们与环境因子和生态系统功能之间的关系等。本文重点关注土壤、水体及空气中的微生物组研究,回顾了目前的高通量测序技术和主要的环境微生物组学数据分析工具,然后综述了不同的生态环境中微生物组研究的主要的进展,最后,提出了环境微生物组研究中的关键科学问题,并突出了在未来环境微生物组研究中微生物功能和生态机制的重要性。 展开更多
关键词 环境微生物组 微生物功能 宏基因组 生物信息学工具
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基于宏基因组测序的烟叶表面微生物多样性分析 被引量:2
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作者 苏加坤 徐达 +4 位作者 郭磊 罗娟敏 邵灯寅 云帆 蔡继宝 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2017年第4期1538-1545,共8页
对来源于不同地区和不同叶片部位的7种烟叶样品,利用宏基因组测序技术,鉴定其表面微生物,通过OUT聚类分析、韦恩图分析、物种注释等进行微生物多样性分析,获得陈化烟叶表面的优势菌。结果显示,芽孢杆菌属菌株,主要是蜡样芽孢杆菌(Bacil... 对来源于不同地区和不同叶片部位的7种烟叶样品,利用宏基因组测序技术,鉴定其表面微生物,通过OUT聚类分析、韦恩图分析、物种注释等进行微生物多样性分析,获得陈化烟叶表面的优势菌。结果显示,芽孢杆菌属菌株,主要是蜡样芽孢杆菌(Bacillus cereus)在陈化烟叶中为主要优势菌,对提高陈化烟叶的品质具有一定功能;假单胞菌属是烟叶样品中另一较多的类群,这一大类的细菌有生物防治、微生态调节等较多的生物功能。本研究获得的烟叶表面优势菌种在烟叶陈化发酵过程中的应用,对于提高烟叶品质具有一定的应用意义。 展开更多
关键词 烟叶表面微生物 宏基因组测序 多样性分析
抑郁症患者肠道菌群丰度和种类及基因功能通路的病例对照研究 被引量:6
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作者 荣晗 徐丹 +5 位作者 刘铁榜 王明帮 赵杰 刘泱慧 杨海晨 张建 《中华精神科杂志》 CSCD 北大核心 2017年第3期208-213,共6页
目的探讨抑郁症患者的肠道菌群丰度和种类及基因功能通路情况。方法采用鸟枪法宏基因组测序方法,对18例抑郁症患者(抑郁症组)及24名健康对照者(对照组)的肠道菌群丰度和种类及基因功能通路情况进行分析。结果抑郁症和对照组在菌群... 目的探讨抑郁症患者的肠道菌群丰度和种类及基因功能通路情况。方法采用鸟枪法宏基因组测序方法,对18例抑郁症患者(抑郁症组)及24名健康对照者(对照组)的肠道菌群丰度和种类及基因功能通路情况进行分析。结果抑郁症和对照组在菌群丰度上差异无统计学意义(t=0.33,P=0.74),而在细菌种类水平上差异有统计学意义(t=-4.37,P〈0.01)。氨基酸球菌属、发酵型氨基酸球菌、发酵氨基酸球菌DSM20731、糖解梭菌WM1、瘤胃菌属、嗜中温螺旋杆菌为抑郁症组较对照组表达较多的6种细菌(F=19.50、15.50、26.46、26.72、13.57、14.59,均P〈0.01),而嗜二氧化碳噬细胞菌、绿色糖单孢菌、猫螺杆菌ATCC_49179为抑郁症组较对照组表达较少的3种细菌(F=19.95、12.66、69.52,均P〈0.01)。2组在菌群基因的功能通路上差异有统计学意义(均P〈0.01),抑郁症组较对照组表达较高的2种通路为泛酸酯和辅酶A合成、色氨酸代谢通路(F=12.84、10.46),抑郁症组较对照组表达较低的通路为P53信号通路(F=13.35)。结论抑郁症患者肠道菌群的表达失调,这可能与泛酸酯和辅酶A合成、色氨酸代谢、P53信号通路表达差异有关,提示肠道菌群种类的表达失调可能参与了抑郁症的发病。 展开更多
关键词 抑郁症 肠道菌群 宏基因组学 鸟枪法测序
杨树人工林连作与轮作对土壤解磷微生物类群的影响 被引量:3
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作者 马雪松 王文波 +2 位作者 王延平 王华田 伊文慧 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1877-1885,共9页
采用宏基因组测序技术,研究了杨树人工林Ⅰ代林地和连作Ⅱ代林地根际土和非根际土、Ⅱ代林地主伐后轮作花生地和轮荒地土壤中解磷微生物类群特征及磷酸酶基因丰度变化.结果表明:参与磷循环微生物共9属,芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势菌... 采用宏基因组测序技术,研究了杨树人工林Ⅰ代林地和连作Ⅱ代林地根际土和非根际土、Ⅱ代林地主伐后轮作花生地和轮荒地土壤中解磷微生物类群特征及磷酸酶基因丰度变化.结果表明:参与磷循环微生物共9属,芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势菌群.土壤解磷微生物丰度大小顺序为轮荒地〉轮作花生地〉Ⅱ代林地〉Ⅰ代林地;主伐更新后轮作花生地和轮荒地芽孢杆菌属和假单胞菌属丰度显著升高,节杆菌属、慢生根瘤菌属、链霉菌属丰度显著降低;但在人工林根际土壤中,与Ⅰ代林根际相比,Ⅱ代林根际土壤与此规律相反.在根际与非根际土壤中,芽孢杆菌属和假单胞菌属丰度为根际小于非根际,节杆菌属、慢生根瘤菌属、链霉菌属丰度为根际大于非根际.磷酸酶基因总丰度为Ⅰ代林地〉轮荒地〉Ⅱ代林地〉轮作花生地,且在Ⅰ、Ⅱ代林中根际效应明显,但Ⅱ代林根际与非根际差异缩小且部分磷酸酶基因的根际丰度低于非根际丰度.解磷微生物数量与酚酸含量呈显著负相关,与p H值呈正相关. 展开更多
关键词 连作人工林 酚酸 宏基因组测序 解磷微生物 磷酸酶基因
母乳性黄疸患儿肠道菌群宏基因组学研究
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作者 周建利 周少明 +6 位作者 王明帮 程勇卫 代东伶 蔡华波 朱忠生 邹瑜 丁娟 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2016年第8期893-898,共6页
目的探讨母乳性黄疸(BMJ)患儿的肠道菌群情况。方法采用鸟枪法宏基因组测序方法,对16例BMJ患儿及16例正常婴儿的肠道菌群进行研究。结果 BMJ组与对照组中样品菌种丰度及菌群种类总的水平上差异无统计学意义(P〉0.05);在部分菌种上... 目的探讨母乳性黄疸(BMJ)患儿的肠道菌群情况。方法采用鸟枪法宏基因组测序方法,对16例BMJ患儿及16例正常婴儿的肠道菌群进行研究。结果 BMJ组与对照组中样品菌种丰度及菌群种类总的水平上差异无统计学意义(P〉0.05);在部分菌种上有差异,双歧杆菌、脆弱拟杆菌及多形拟杆菌在BMJ组中较对照组少(P〈0.05);在菌群基因的功能通路上差异也有统计学意义(P≤0.05),尤其是在糖合成和代谢基因功能通路中,BMJ组比对照组表达较少些,差异有统计学意义(P〈0.05)。结论 BMJ患儿肠道菌群的种类、丰度与正常同龄婴儿总体上差异不大,在菌种上有部分差异,双歧杆菌、脆弱拟杆菌及多形拟杆菌在BMJ患儿肠道中含量较少,可补充双歧杆菌、拟杆菌制剂使BMJ患儿的肠道菌群平衡。同时,在基因功能通路表达上,BMJ患儿与正常同龄婴儿有显著差别,特别是糖合成和代谢通路,可深入研究。 展开更多
关键词 母乳性黄疸 肠道菌群 宏基因组学 鸟枪法测序
宏基因组分类问题中的特征提取及其降维研究 预览
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作者 陈波 徐云 《计算机系统应用》 2015年第11期31-37,共7页
宏基因组测序序列分类问题是宏基因组学研究的一个重点问题.影响宏基因组分类性能的主要因素是特征向量的提取问题,如何提取并产生合适的特征向量对于提高宏基因组分类问题的分类精度和运行时间有着重大影响.因此,针对宏基因组分类问题... 宏基因组测序序列分类问题是宏基因组学研究的一个重点问题.影响宏基因组分类性能的主要因素是特征向量的提取问题,如何提取并产生合适的特征向量对于提高宏基因组分类问题的分类精度和运行时间有着重大影响.因此,针对宏基因组分类问题的数据特点,利用三阶马尔可夫模型的性质,提出了一种基于转移概率矩阵的特征提取方法,并采用基于互信息的特征选择算法对提取后的特征向量进行降维处理,最后将新提出的特征向量应用到SVM分类算法中,并与相关算法进行了性能对比.结果显示,新提出的特征向量在不同的宏基因组物种之间有着良好的区分度,特别适用于大规模宏基因组数据的分类问题. 展开更多
关键词 宏基因组 测序序列 转移概率矩阵 降维 SVM算法
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应用宏基因组测序技术检测UHT牛乳中的微生物 预览 被引量:2
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作者 黄卫强 张家超 张和平 《中国乳品工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第7期55-58,共4页
以A和B两份国内不同品牌的成品超高温瞬时灭菌(Ultra High Temperature吐eated,UHT)牛乳为研究对象,通过基于宏基因组DNA16SrRNA基因V1一V3可变区的高通量测序手段对样品中微生物多样性丰度进行了研究。分类学门水平的微生物群落结... 以A和B两份国内不同品牌的成品超高温瞬时灭菌(Ultra High Temperature吐eated,UHT)牛乳为研究对象,通过基于宏基因组DNA16SrRNA基因V1一V3可变区的高通量测序手段对样品中微生物多样性丰度进行了研究。分类学门水平的微生物群落结构显示,两份UHT牛乳中的微生物主要隶属于厚壁菌门(Firmicutes),拟杆菌门(Bacteroidetes),变形菌门(Proteobacteria)和放线菌门(ActinDb口cteria)四个菌门。分类学属水平的微生物群落结构显示,两份uHT牛乳中的微生物多样性丰度存在一定的差异,但差异不显著。本研究虽无法准确定位导致差异的因素,但仍可为后续UHT乳的理论研究及原料乳和UHT牛乳产品处理工艺的提升提供一定的数据基础。同时,该研究也侧面反映宏基因组测序技术在UHT牛乳中微生物多样性的检测方面具有很大的优势,可作为相关实际生产中重要的配套技术进行应用推广。 展开更多
关键词 UHT牛乳 宏基因组测序 微生物多样性 群落结构
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基于宏基因组测序技术分析凡纳滨对虾育苗中生物絮团细菌群落结构 预览 被引量:8
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作者 杨章武 杨铿 +2 位作者 张哲 李正良 葛辉 《福建水产》 2015年第2期91-97,共7页
在凡纳滨对虾育苗生产中,以蔗糖作为添加碳源促进育苗水体形成生物絮团。基于宏基因组测序技术对生物絮团细菌群落结构进行分析。在门、纲和属的水平上,通过检测絮团的细菌物种丰度及优势菌种的结果,表明实验组和对照组基本相同,但所占... 在凡纳滨对虾育苗生产中,以蔗糖作为添加碳源促进育苗水体形成生物絮团。基于宏基因组测序技术对生物絮团细菌群落结构进行分析。在门、纲和属的水平上,通过检测絮团的细菌物种丰度及优势菌种的结果,表明实验组和对照组基本相同,但所占比例有所差异。其中具有清污作用的变形菌纲在实验组所占比例为16.2%,对照组为14.4%,实验组高于对照组;而作为常见病原菌的假交替单胞菌属和弧菌属,在实验组所占比例分别是1.3%和0%,而在对照组分别为1.4%和0.1%,实验组的病原菌比例低于对照组。本文为生物絮团技术在对虾育苗生产中的应用提供基础资料。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 育苗 生物絮团 细菌群落 宏基因组测序
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Solexa测序法研究肺炎克雷伯菌质粒基因组的耐药基因 被引量:3
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作者 李劲松 高升杰 +3 位作者 周铁丽 夏士林 唐小丽 包其郁 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期1140-1143,共4页
目的通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系。方法菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌。提取所有菌的全部质粒DNA,Solexa高通量测序获得大规模的短序列。SOAP软件对质粒基因进行分析拼接,分析结果与相关数... 目的通过Solexa高通量测序法研究肺炎克雷伯菌的质粒与耐药性的关系。方法菌株为7年临床分离的206株肺炎克雷伯菌。提取所有菌的全部质粒DNA,Solexa高通量测序获得大规模的短序列。SOAP软件对质粒基因进行分析拼接,分析结果与相关数据库进行比对。MAQ软件分析质粒基因组包含的超广谱β-内酰胺酶(ESBL)多样性及单核苷酸多态性(SNP)情况。结果肺炎克雷伯菌质粒基因组中已知的直接与耐药相关的基因就有13种。质粒基因组中存在多个ABC主动外排转运系统。发现4种编码β-内酰胺酶的ORF,其中SHV型ESBLs分布最广。系统分析了206株肺炎克雷伯菌质粒基因组中SHV型ESBLs的SNPs位点,发现存在着大量的非同义替换SNPs位点。结论发现质粒中SHV型ESBLs基因可能受到选择压力,存在着大量的非同义替换SNPs位点。肺炎克雷伯菌质粒存在外排药物耐药方式,从而形成低水平的非特异多重耐药。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 质粒基因组 Solexa测序 SHV—ESBL
厌氧消化污泥微生物组研究方法及应用
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作者 余泽晖 梁志伟 +2 位作者 李浩聪 鲁祺鸿 汪善全 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2053-2068,共16页
污泥厌氧消化是在消化污泥微生物组的协调下将剩余污泥中有机物转化为甲烷的微生物过程。与传统厌氧消化过程不同,污泥厌氧消化系统的进料底物为含有大量微生物细胞及胞外多聚物等复杂大分子有机物的剩余污泥。因此,厌氧消化污泥微生物... 污泥厌氧消化是在消化污泥微生物组的协调下将剩余污泥中有机物转化为甲烷的微生物过程。与传统厌氧消化过程不同,污泥厌氧消化系统的进料底物为含有大量微生物细胞及胞外多聚物等复杂大分子有机物的剩余污泥。因此,厌氧消化污泥微生物组的种群组成、功能及种群间互作关系等异常复杂,使厌氧消化污泥微生物组分析成为难点问题。但近年来高通量测序技术及生物信息学分析方法的快速发展为消化污泥微生物组研究提供了契机,并迅速推动了该研究领域的发展。本文从4个方面梳理、总结厌氧消化污泥微生物组的研究及应用现状:剩余活性污泥结构、组成及其厌氧消化;基于16SrRNA基因序列测序的微生物组研究;基于宏基因组及宏转录组分析的微生物组研究;厌氧消化污泥微生物组研究案例分析。最后我们提出了厌氧消化污泥微生物组研究亟待解决的关键科学问题。 展开更多
关键词 剩余污泥 厌氧消化 微生物组 宏基因组 高通量测序
献血者血液传播性病原体宏基因组检测技术的研究进展
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作者 戴潇青 徐罡 +1 位作者 胡伟 朱发明 《国际输血及血液学杂志》 CAS 2019年第5期369-373,共5页
血液传播性病原体可引起输血传播性疾病。采供血机构对血液传播性病原体检测能力的高低与血液安全水平密切相关,阐明献血者血液传播性病原体的宏基因组学,有助于制定输血传播性疾病的防治策略,提升血液安全。笔者拟就基于高通量测序的... 血液传播性病原体可引起输血传播性疾病。采供血机构对血液传播性病原体检测能力的高低与血液安全水平密切相关,阐明献血者血液传播性病原体的宏基因组学,有助于制定输血传播性疾病的防治策略,提升血液安全。笔者拟就基于高通量测序的血液传播性病原体宏基因组检测技术及其基本流程、献血者血液传播性病原体宏基因组检测情况进行介绍,并且对血液传播性病原体宏基因组检测技术的发展进行展望。 展开更多
关键词 血液传播性病原体 宏基因组 高通量核苷酸测序 血液 血液安全 献血者
孕晚期妇女的社会经济学因素、营养素摄入、肠道菌群和孕期增重的关系 预览 被引量:1
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作者 马良坤 薛勇 +1 位作者 何婷超 张玉梅 《中国医学科学院学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期630-636,共7页
目的 研究孕晚期妇女的社会经济学因素、营养素摄入、肠道菌群和孕期增重的关系。方法 招募2015年10月至2016年5月于北京协和医院妇产科行产检的健康孕晚期妇女98人,采用结构式问卷调查年龄、民族、身高、孕前体质量和文化程度等,采用2... 目的 研究孕晚期妇女的社会经济学因素、营养素摄入、肠道菌群和孕期增重的关系。方法 招募2015年10月至2016年5月于北京协和医院妇产科行产检的健康孕晚期妇女98人,采用结构式问卷调查年龄、民族、身高、孕前体质量和文化程度等,采用24 h膳食回顾法评估孕妇营养素摄入状况,收集粪便样本,记录临分娩前体质量。依据世界卫生组织成人体质量指数(BMI)分类标准和美国医学研究所孕期增重推荐值(2009)评价孕前BMI和孕期增重,采用宏基因组测序技术检测肠道菌群。结果 孕期增重不足和过量者分别占15.3%和50.0%。孕期增重是否合理与年龄(F=2.495,P=0.088)、民族(χ2=0.065,P=0.968)、文化程度(χ2=0.827,P=0.661)、孕前BMI(F=0.121,P=0.887)无关,但与脂肪(F=3.113,P=0.049)、碳水化合物(F=3.750,P=0.027)、膳食纤维(F=4.499,P=0.014)摄入有关。孕期增重过量组Akkermansia muciniphila、Atopobium parvulum和Alistipes indistinctus丰度显著高于孕期增重适宜组,而Lactobacillus rhamnosus、Weissella unclassified、Eubacterium ventriosum、Ruminococcus torques和Bacteroides uniformis丰度则较低;孕期增重不足组Dialister invisus、Alistipes unclassified、Peptoniphilus harei、Escherichia unclassified、Parvimonas unclassified、Campylobacter ureolyticus、Lactobacillus crispatus和Fusobacterium nucleatum丰度显著高于孕期增重适宜组,而Eubacterium ventriosum丰度则较低。结论 孕妇孕期增重不合理现象比较普遍,除脂肪、碳水化合物、膳食纤维摄入外,肠道菌群和孕期增重也存在显著关联。 展开更多
关键词 孕前体质量 孕期增重 肠道菌群 宏基因组测序
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基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒 预览
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作者 黄晟 姜敬哲 +1 位作者 王江勇 许新 《南方水产科学》 CSCD 北大核心 2017年第5期39-46,共8页
建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 6... 建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。 展开更多
关键词 牡蛎 病毒宏基因组 高通量测序
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高脂饮食诱发小鼠肥胖及其对肠道菌群结构影响的研究 预览 被引量:2
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作者 杨凤啸 卢敏莹 《现代医院》 2017年第6期863-866,871共5页
目的 探讨高脂饮食对小鼠体重、血脂以及肠道菌群结构的影响。方法 将20只C57BL/6J雌性小鼠随机分为正常对照组(10只)和高脂饮食组(10只),分别给予普通饮食和高脂饮食。饲喂12周后,称量小鼠体重,测定小鼠血清总胆固醇(TC)、甘油... 目的 探讨高脂饮食对小鼠体重、血脂以及肠道菌群结构的影响。方法 将20只C57BL/6J雌性小鼠随机分为正常对照组(10只)和高脂饮食组(10只),分别给予普通饮食和高脂饮食。饲喂12周后,称量小鼠体重,测定小鼠血清总胆固醇(TC)、甘油三脂(TG)、高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)的含量。采集小鼠粪便,提取细菌总DNA,PCR扩增获得16S r DNA基因V4标签片段,用于Hi Seq 2500高通量测序,基于QIIME平台比较小肠内容物菌群结构多样性。结果 高脂饮食组小鼠体重及血清TC、TG、HDL-C、LDL-C均显著高于正常对照组。正常对照组小鼠粪便菌群多样性高于高脂饮食的小鼠。高脂饮食组小鼠的粪便中含有的厚壁菌较正常组显著升高,但是拟杆菌门数量显著低于正常对照组。结论 高脂饮食能诱导小鼠肥胖,改变小鼠肠道菌群结构。 展开更多
关键词 高脂饮食 肥胖 肠道菌群 宏基因组 高通量测序
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宁夏部分地区野鸟携带病毒的宏基因组分析 预览
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作者 于春微 施建忠 王靖飞 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期443-447,共5页
为了解宁夏野鸟携带病毒的自然本底和多样性,发现潜在感染人或畜禽的病毒,本研究利用病毒宏基因组学技术对在宁夏石嘴山市、中宁市和青铜峡市采集的14种119只野鸟粪便样品进行了分析。提取全部样品核酸,经随机引物扩增后进行Illumina高... 为了解宁夏野鸟携带病毒的自然本底和多样性,发现潜在感染人或畜禽的病毒,本研究利用病毒宏基因组学技术对在宁夏石嘴山市、中宁市和青铜峡市采集的14种119只野鸟粪便样品进行了分析。提取全部样品核酸,经随机引物扩增后进行Illumina高通量测序,利用SOAPdenove软件将获得的32 385 000个读长(reads)拼接成163 192个重叠序列(Contig),再与NCBI病毒数据库中的序列进行比对,分析样本中病毒的种类及丰度。通过序列注释分析显示,0.4%重叠序列与病毒相关,能够进一步注释到19个病毒科,其中63%的病毒序列为噬菌体,33%的为脊椎动物病毒,3%的为昆虫病毒,1%的为植物病毒,在注释到的脊椎动物病毒中包含有禽流感病毒、札幌病毒等人畜共患性病毒。本研究结果丰富了野鸟携带病毒的基础数据资源,同时提示宁夏地区野鸟存在传播一些重要人兽共患病的潜在风险。 展开更多
关键词 病毒宏基因组 野鸟 高通量测序
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基于宏基因组学技术的开菲尔粒中细菌组成分析 被引量:3
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作者 高洁 崔璐 +2 位作者 袁昕蕾 何国庆 霍军生 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第6期225-230,共6页
开菲尔粒是一种天然存在的混菌发酵体系,为乳白色、胶质状颗粒,对牛奶、羊奶等有发酵作用,其发酵产品"开菲尔"是世界许多国家或地区的传统食品。本文采用宏基因组学技术提取开菲尔粒中总DNA,通过高通量测序和生物信息学分析方法得到8... 开菲尔粒是一种天然存在的混菌发酵体系,为乳白色、胶质状颗粒,对牛奶、羊奶等有发酵作用,其发酵产品"开菲尔"是世界许多国家或地区的传统食品。本文采用宏基因组学技术提取开菲尔粒中总DNA,通过高通量测序和生物信息学分析方法得到8个菌属及其组成比例。试验结果表明,乳酸菌和醋酸菌是开菲尔粒中的优势菌相,占细菌总数的90%;而其余5个菌属,包括链球菌属、希瓦氏菌属、明串珠菌属、假单胞菌属和不动杆菌属,占细菌总数的10%左右。 展开更多
关键词 开菲尔粒 宏基因组 高通量测序 菌相组成
杨树人工林连作与轮作对土壤氮素细菌类群和氮素代谢的影响 预览 被引量:4
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作者 王文波 王延平 +2 位作者 王华田 马雪松 伊文慧 《林业科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2016年第5期45-54,共10页
【目的】氮素是影响杨树人工林生产力的最重要元素,研究杨树人工林连作和轮作氮素循环细菌类群演变动态及氮素代谢结构特征,有助于从养分循环角度揭示杨树人工林连作障碍机制。【方法】采用宏基因组测序技术,研究杨树人工林Ⅰ代林地、... 【目的】氮素是影响杨树人工林生产力的最重要元素,研究杨树人工林连作和轮作氮素循环细菌类群演变动态及氮素代谢结构特征,有助于从养分循环角度揭示杨树人工林连作障碍机制。【方法】采用宏基因组测序技术,研究杨树人工林Ⅰ代林地、连作Ⅱ代林地、Ⅱ代林地主伐后轮作花生地和轮荒地土壤中氮素循环细菌类群及氮素代谢随不同连作代数及不同轮作模式的演变规律。【结果】发现参与氮素循环细菌4类11属,其中固氮细菌有拜叶林克氏菌属、慢生根瘤菌、根瘤菌属和弗兰克氏菌属,硝化细菌有硝化杆菌属和亚硝化螺菌属,反硝化细菌有假单胞菌属、罗尔斯通菌属、伯克氏菌属、芽孢杆菌属和链霉菌属,氨化细菌有芽孢杆菌属和假单胞菌属;杨树人工林连作1代后,土壤中参与氮素循环细菌总数增加4.73%,土壤中氮素细菌的种类没有增减,固氮细菌的相对丰度增加53.44%,硝化细菌的相对丰度没有变化,反硝化细菌的相对丰度增加0.14%,氨化细菌的相对丰度增加1.33%;与Ⅱ代林相比,花生地土壤中的氮素细菌的种类没有增减,固氮细菌的相对丰度减少71.14%,硝化细菌、反硝化细菌和氨化细菌的相对丰度分别增加120%,15.63%和20.76%;轮荒地中的土壤氮素循环细菌缺少了硝化细菌,固氮细菌的相对丰度减少79.10%,反硝化细菌和氨化细菌的相对丰度分别增大17.39%和24.56%;杨树人工林连作1代后,土壤中的固氮细菌代谢活性增强,硝化细菌中的硝化杆菌属的代谢活性减弱,亚硝化螺菌属的代谢活性增强,氨化细菌代谢活性减弱;与Ⅱ代林相比,轮作花生地中仅有硝化细菌的代谢活性增加,其他3种氮素代谢功能菌的活性都降低;轮荒地中,所有的氮素循环细菌的代谢活性均比杨树Ⅱ代林地低。【结论】杨树人工林连作1代后,土壤中参与氮素循环的细菌总数增加,但代谢活性降低;轮作� 展开更多
关键词 杨树人工林 连作障碍 宏基因组测序技术 细菌类群 氮素代谢
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