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多功能基因递送系统促进内皮细胞增殖
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作者 白凌闯 赵静 冯亚凯 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2019年第2期300-310,共11页
由于自体血管供应不足,人工血管在心血管疾病的临床治疗中发挥着非常重要的作用。人工血管由于表面缺乏活性内皮层,经常面临术后再狭窄等问题,严重限制了其在临床中的应用。人工血管内皮化能够提高其血液相容性并维持其长期通畅率。大... 由于自体血管供应不足,人工血管在心血管疾病的临床治疗中发挥着非常重要的作用。人工血管由于表面缺乏活性内皮层,经常面临术后再狭窄等问题,严重限制了其在临床中的应用。人工血管内皮化能够提高其血液相容性并维持其长期通畅率。大量研究表明,多功能基因递送系统可以促进血管内皮细胞增殖,从而实现人工血管快速内皮化。近年来,功能多肽和阳离子聚合物为开发低毒且高效的多功能基因递送系统提供了有效途径。本文详细介绍了目前用于血管内皮细胞基因转染的功能多肽和聚阳离子基因载体,重点阐述了促进内皮细胞增殖的多功能逐级靶向基因递送系统的研究进展,对采用基因转染方式促进人工血管快速内皮化进行了分析和展望。 展开更多
关键词 人工血管 内皮化 基因递送系统 功能多肽 基因载体
Global Quantitative Mapping of Enhancers in Rice by STARR-seq
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作者 Jialei Sun Na He +5 位作者 Longjian Niu Yingzhang Huang Wei Shen Yuedong Zhang Li Li Chunhui Hou 《基因组蛋白质组与生物信息学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第2期140-153,共14页
Enhancers activate transcription in a distance-,orientation-,and position-independent manner,which makes them difficult to be identified. Self-transcribing active regulatory region sequencing (STARR-seq) measures the ... Enhancers activate transcription in a distance-,orientation-,and position-independent manner,which makes them difficult to be identified. Self-transcribing active regulatory region sequencing (STARR-seq) measures the enhancer activity of millions of DNA fragments in parallel. Here we used STARR-seq to generate a quantitative global map of rice enhancers. Most enhancers were mapped within genes,especially at the 5' untranslated regions (5'UTR) and in coding sequences. Enhancers were also frequently mapped proximal to silent and lowly-expressed genes in transposable element (TE)-rich regions. Analysis of the epigenetic features of enhancers at their endogenous loci revealed that most enhancers do not co-localize with DNase I hypersensitive sites (DHSs) and lack the enhancer mark of histone modification H3K4me1. Clustering analysis of enhancers according to their epigenetic marks revealed that about 40%of identified enhancers car-ried one or more epigenetic marks. Repressive H3K27me3 was frequently enriched with positive marks,H3K4me3 and/or H3K27ac,which together label enhancers. Intergenic enhancers were also predicted based on the location of DHS regions relative to genes,which overlap poorly with STARR-seq enhancers. In summary,we quantitatively identified enhancers by functional analysis in the genome of rice,an important model plant. This work provides a valuable resource for further mechanistic studies in different biological contexts. 展开更多
关键词 Plant ENHANCER FUNCTIONAL analysis EPIGENETIC MODIFICATION Gene expression
基于生物分子网络分析的精神分裂症功能模块挖掘 预览
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作者 廖苑君 陈应坚 +4 位作者 赵小蕾 孙胜南 林帆 覃继恒 饶绍奇 《生命科学研究》 CAS CSCD 2019年第5期384-392,共9页
精神分裂症(schizophrenia, SCZ)是一种影响人类生命健康和生存质量的复杂性精神疾病,其遗传机制涉及多个生物分子的相互作用。本研究从分子水平挖掘与SCZ相关的功能模块,可为SCZ的基础研究提供新思路。首先,通过蛋白质-蛋白质互作知识... 精神分裂症(schizophrenia, SCZ)是一种影响人类生命健康和生存质量的复杂性精神疾病,其遗传机制涉及多个生物分子的相互作用。本研究从分子水平挖掘与SCZ相关的功能模块,可为SCZ的基础研究提供新思路。首先,通过蛋白质-蛋白质互作知识引导扩展SCZ风险基因,构建SCZ特异性基因网络;随后,利用Newman分解算法挖掘功能模块,并通过拓扑学分析及泊松分布检验确定每个功能模块的拓扑属性和核心基因;最后,对功能模块进行功能学分析,根据富集到的通路类别评估功能模块之间的相互作用。结果显示,共提取了14个功能模块,均具备无标度网络性质。对所得功能模块进行拓扑学分析,共挖掘出102个核心基因,包括已知与精神分裂症相关的基因(例如EGFR、HAX1、IL1R1、RALGDS等)和尚未有相关报道的基因(例如SVIL、DNAJA1、RABAC1、STX6等)。通过富集分析发现这些功能模块参与多条生物学通路,包括细胞凋亡、ErbB信号通路、细胞周期、磷脂酶D信号通路、PI3K-Akt信号通路等。功能模块分析显示,大部分功能模块不是单独发挥作用的,它们共同影响SCZ的发生发展,具有共享的发病机制。 展开更多
关键词 精神分裂症(SCZ) 功能模块 蛋白质-蛋白质互作知识 核心基因 生物学通路
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基于产品基因的无人探测小车概念设计方法 预览
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作者 李盼 任延昭 王国新 《北京理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第5期454-459,共6页
为解决概念设计阶段由于设计约束和关键信息模糊不全,导致设计者在进行设计时具有一定的盲目性,且设计出的方案可行性难以保证的问题,提出一种基于产品基因的概念设计方法,创建了概念设计过程模型.在此基础上,提出了产品基因的概念和结... 为解决概念设计阶段由于设计约束和关键信息模糊不全,导致设计者在进行设计时具有一定的盲目性,且设计出的方案可行性难以保证的问题,提出一种基于产品基因的概念设计方法,创建了概念设计过程模型.在此基础上,提出了产品基因的概念和结构及一种基于功能元的产品基因编码方法.以无人探测小车为例对基于产品基因的概念设计方法进行了说明.结果表明该方法能够使影响概念设计的关键产品信息明确化,降低设计的盲目性,从而提高设计方案的可行性和设计效率. 展开更多
关键词 概念设计 功能建模 产品基因
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药用植物分子遗传学研究
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作者 陈士林 吴问广 +4 位作者 王彩霞 向丽 师玉华 张栋 胡灏禹 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2421-2432,共12页
随着现代生物技术的发展,药用植物分子遗传学研究逐步成为学术界的热点。该文首次提出了药用植物分子遗传学的研究体系,从遗传资源、基因组、基因功能和研究方法方面阐述了药用植物分子遗传学体系的基础;探讨了药用植物品种鉴定、分子... 随着现代生物技术的发展,药用植物分子遗传学研究逐步成为学术界的热点。该文首次提出了药用植物分子遗传学的研究体系,从遗传资源、基因组、基因功能和研究方法方面阐述了药用植物分子遗传学体系的基础;探讨了药用植物品种鉴定、分子育种以及生物合成方面的主要应用范围;指出药用植物分子遗传学的主要研究方向,重点推进千种草药基因组计划,建立以药用模式物种及突变体库为主体的功能基因研究平台,构建药用植物活性成分异源合成体系基因原件库及专一底盘细胞,通过分子育种培育高有效成分高抗性的药用植物新品种等。 展开更多
关键词 药用植物 分子遗传学 遗传资源 功能基因 生物合成 分子育种 千种草药基因组
水稻粒形的遗传研究进展 预览
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作者 杨维丰 詹鹏麟 +3 位作者 林少俊 苟亚军 张桂权 王少奎 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期203-210,共8页
粒形不仅是影响水稻产量的要素,还与稻米的外观品质密切相关,是决定稻米品质的重要因素。随着现代遗传学和基因组学相关理论和技术的发展,人们对粒形的遗传研究日趋深入,目前已有数十个控制水稻粒形的基因被克隆。本文概述了水稻粒形遗... 粒形不仅是影响水稻产量的要素,还与稻米的外观品质密切相关,是决定稻米品质的重要因素。随着现代遗传学和基因组学相关理论和技术的发展,人们对粒形的遗传研究日趋深入,目前已有数十个控制水稻粒形的基因被克隆。本文概述了水稻粒形遗传研究主要进展,同时也指出了水稻粒形遗传研究中存在的主要问题,分析了粒形遗传研究的前景。 展开更多
关键词 水稻 粒形 遗传 功能基因 分子育种
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药用大黄幼苗转录组高通量测序及蒽醌类生物合成基因筛选
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作者 黑小斌 李欢 +7 位作者 李依民 王光辉 徐进 彭亮 邓翀 颜永刚 郭顺星 张岗 《中国药学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期526-535,共10页
目的获得药用大黄(Rheum officinale Baill.)转录组信息特征及蒽醌类生物合成通路基因。方法采用高通量测序平台Illumina Hi SeqTM2000 150PE进行大黄幼苗转录组测序并进行系统的生物信息学分析,结合文献报道筛选蒽醌类生物合成通路基... 目的获得药用大黄(Rheum officinale Baill.)转录组信息特征及蒽醌类生物合成通路基因。方法采用高通量测序平台Illumina Hi SeqTM2000 150PE进行大黄幼苗转录组测序并进行系统的生物信息学分析,结合文献报道筛选蒽醌类生物合成通路基因。结果转录组测序共得到9. 34 Gb有效数据(clean data),62 240 114条高质量读长(reads)(SRA数据库注册号SRP160410)。Trinity组装成82 229个单基因(unigene),平均长度1 082 nt。BLAST分析显示64 361条unigene(78. 23%)在NR、NT、Swiss-port、PFAM、KOG数据库得到注释信息;基因本体论(gene ontology,GO)分类的生物过程、细胞组分和分子功能进一步分为57分支;KEGG分析发现1 253条unigenes参与17个次生代谢标准通路。195条基因编码蒽醌类生物合成相关的MVA、MEP、莽草酸和聚酮途径关键酶,166条CYP450基因、66条糖基转移酶基因可能参与次生代谢物的修饰。MISA分析发现转录组包含16 378个简单重复序列(simple sequence repeats,SSRs)。结论利用高通量测序技术和生物信息分析获得药用大黄转录组信息特征,为后期功能基因鉴定、次生代谢途径解析及其调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 大黄 转录组 蒽醌 功能基因 代谢通路
胡杨分子生物学研究进展
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作者 张胜利 代金玲 姜海燕 《世界林业研究》 CSCD 北大核心 2019年第1期22-27,共6页
胡杨具有抗盐碱、抗旱等特性,是极端干旱沙漠地区唯一的乔木树种,对于维持荒漠地区生态平衡具有重要作用。胡杨对多种逆境的高抗性和良好适应性成为近年来研究的热点。关于胡杨分子生物学方面的研究,相对于其他模式植物研究开展较晚。... 胡杨具有抗盐碱、抗旱等特性,是极端干旱沙漠地区唯一的乔木树种,对于维持荒漠地区生态平衡具有重要作用。胡杨对多种逆境的高抗性和良好适应性成为近年来研究的热点。关于胡杨分子生物学方面的研究,相对于其他模式植物研究开展较晚。文中综述了近年来国内外胡杨分子生物学研究的阶段性进展,包括分子标记开发、遗传多样性检测、基因组和转录组的研究以及重要的抗逆相关功能基因的分析等;讨论了目前胡杨分子水平研究存在的不足,并对胡杨分子生物学研究的发展前景作出展望,旨在为胡杨的保护和育种提供更多的科学参考。 展开更多
关键词 胡杨 分子标记 转录组 非生物胁迫 功能基因
铁皮石斛基因组学、转录组学与功能基因研究进展
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作者 詹忠根 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期3979-3989,共11页
铁皮石斛Dendrobium officinale是兰科石斛属药用植物中最为珍稀名贵的物种,内含多糖、茋类、联苄类、生物碱类等化学成分,具有抗氧化、抗肿瘤、增强免疫力、减轻肝损伤、降血糖等功效。其巨大的药用价值、科学价值和商业价值掀起了相... 铁皮石斛Dendrobium officinale是兰科石斛属药用植物中最为珍稀名贵的物种,内含多糖、茋类、联苄类、生物碱类等化学成分,具有抗氧化、抗肿瘤、增强免疫力、减轻肝损伤、降血糖等功效。其巨大的药用价值、科学价值和商业价值掀起了相关研究热潮,尤其是近5年,铁皮石斛在核酸分子生物学方面的研究取得了越来越多的成果。从铁皮石斛基因组学研究、转录组学研究和功能基因克隆等方面的研究进展进行综述,以期为铁皮石斛功能基因的进一步深入研究提供参考。 展开更多
关键词 铁皮石斛 基因组学 转录组学 功能基因 克隆
土壤有机碳和微生物群落结构对多年不同耕作方式与秸秆还田的响应
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作者 傅敏 郝敏敏 +3 位作者 胡恒宇 丁文超 翟明振 张海依 《应用生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期3183-3194,共12页
土壤有机碳对维持陆地生态系统功能和缓解土壤退化问题至关重要,土壤微生物参与土壤有机碳的循环过程,而耕作方式与秸秆还田影响土壤有机碳和微生物群落.本试验采用裂区试验设计,耕作方式为主区,分别设深松(ST)和旋耕(RT)处理,副区为秸... 土壤有机碳对维持陆地生态系统功能和缓解土壤退化问题至关重要,土壤微生物参与土壤有机碳的循环过程,而耕作方式与秸秆还田影响土壤有机碳和微生物群落.本试验采用裂区试验设计,耕作方式为主区,分别设深松(ST)和旋耕(RT)处理,副区为秸秆还田量,分别设秸秆全还田(F)和秸秆不还田(0)处理,采用Illumina测序技术测定土壤微生物群落结构和固碳功能基因,并测定了2012—2017试验年间土壤有机碳含量.结果表明:1)深松耕作和秸秆还田均显著提高了pH、微生物生物量碳、总氮、粉粒含量、黏粒含量,而显著降低了砂粒含量;2)试验年间各处理的土壤有机碳(SOC)含量均呈增加趋势,但与旋耕耕作和秸秆不还田处理相比,深松耕作和秸秆还田处理的平均有机碳增量分别显著提高30.6%和33.2%;3)土壤中最丰富的细菌类型为变形菌门,其次为酸杆菌门和芽单胞菌门;4)深松秸秆还田处理(STF)具有较高的微生物多样性;5)除砂粒含量外,土壤pH、微生物生物量碳、总氮、粉粒和黏粒含量均促使深松秸秆全还田处理下的微生物群落结构向着有利于有机碳积累的方向发生变异;6)除二糖和寡糖代谢途径外,CO2固定、发酵、主要碳水化合物代谢、一碳代谢、糖醇、有机酸、糖苷水解酶类的代谢功能基因丰度均表现为深松耕作显著高于旋耕,且均与土壤有机碳呈正相关关系.因此,深松结合秸秆还田能够改善土壤基本性质与土壤微生物群落结构,有利于增加土壤固碳能力和解决土壤退化问题. 展开更多
关键词 耕作方式 秸秆还田 土壤有机碳 Illumina测序 微生物群落结构 功能基因
冈田绕眼果蝇基因组序列特征研究
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作者 王莉君 马培玉 +5 位作者 蔡娟 黄琳 王灵军 刘晖 曹建平 郑明辉 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第8期925-929,934共6页
目的了解冈田绕眼果蝇(Amiota okadai, A. o)基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结... 目的了解冈田绕眼果蝇(Amiota okadai, A. o)基因组序列特征。方法采用Genscan、Augustus、Glimmer、HMM、GeneID和SNAP等软件对冈田绕眼果蝇基因组测序数据进行从头预测;用GeMoMa软件进行同源预测,利用EVM软件对预测结果进行整合,并结合已获得的冈田绕眼果蝇RNA-seq数据对冈田绕眼果蝇基因进行结构优化、以预测其基因组全部基因并在公共数据库及专有数据库中进行注释。结果对冈田绕眼果蝇基因组进行注释及优化分析,共得到11 510个具有较高可信度的基因;在公共数据库中进行BLAST比对,98.53%的基因得到注释,其中NR数据库中注释的基因数目(占98.20%)较多,可富集到KEGG的基因数目(占43.15%)较少;通过KOG数据库分析功能基因,共得到4 967个功能基因。在3个专有数据库中(TCDB、CAZyme和PHI)中进行比对,分别注释获得了291、359和2 574个基因,其中PHI数据库中可注释的基因(2 574个)较多。结论初步揭示了冈田绕眼果蝇基因组序列特征和注释信息,共得到11 510个基因,为其基因组序列特征研究奠定了基础。 展开更多
关键词 冈田绕眼果蝇 基因组 序列分析 功能基因
根癌农杆菌介导的遗传转化及其在稻瘟病菌中的应用 预览
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作者 何丽云 张树林 +3 位作者 崔百元 朱庆锋 刘圣杰 刘文华 《广东农业科学》 CAS 2019年第3期93-100,共8页
根癌农杆菌介导的遗传转化(ATMT)技术是近20年发展起来的真菌研究中最具变革性的技术之一,它作为一种转化工具已被广泛应用于真菌基因功能研究中,使人们对真菌基因组学的理解有了很大的改变。利用ATMT获得随机的T-DNA插入突变体库,结合... 根癌农杆菌介导的遗传转化(ATMT)技术是近20年发展起来的真菌研究中最具变革性的技术之一,它作为一种转化工具已被广泛应用于真菌基因功能研究中,使人们对真菌基因组学的理解有了很大的改变。利用ATMT获得随机的T-DNA插入突变体库,结合突变体菌株表型筛选,使许多过程的遗传基础得到阐明。ATMT法具有操作简单,转化受体广泛,转化效率高以及转化子遗传稳定性高等优势。稻瘟病菌是植物十大重要真菌之一,是引发水稻稻瘟病的病原真菌。目前,培育水稻抗病品种是控制稻瘟病最经济和环保的方法。通过克隆稻瘟病菌相关致病基因并研究其功能,在解释致病机理和生理特性,以及培育抗病品种方面具有重要的理论和实践意义。以根癌农杆菌为介导的遗传转化为稻瘟病菌的插入突变、基因敲除和标记克隆等方面研究提供了一个重要工具。针对根癌农杆菌介导的遗传转化原理、特点、步骤、影响因素以及该技术在稻瘟病菌功能基因组学研究中的应用进行综述,以期能够为稻瘟病菌等真菌的遗传转化方面研究提供相关的参考。 展开更多
关键词 根癌农杆菌 遗传转化 稻瘟病菌 功能基因 突变体库
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Effect of diets supplemented with linseed alone or combined with vitamin E and selenium or with plant extracts,on Longissimus thoracis transcriptome in growing-finishing Italian Large White pigs 预览
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作者 Rubina Sirri Marika Vitali +5 位作者 Paolo Zambonelli Giulia Giannini Martina Zappaterra Domenico Pietro Lo Fiego Dalal Sami Roberta Davoli 《畜牧与生物技术杂志:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期159-171,共13页
Background: Supplementing farm animals diet with functional ingredients may improve the nutritional quality of meat products.Diet composition has been also demonstrated to influence the gene expression with effect on ... Background: Supplementing farm animals diet with functional ingredients may improve the nutritional quality of meat products.Diet composition has been also demonstrated to influence the gene expression with effect on biological processes and pathways.However,the knowledge on the effect of nutrients at the molecular level is scant.In particular,studies on the effects of antioxidants and polyphenols dietary supplementation have been investigated mainly in rodents,and only scarcely in farm animals so far.RNA-Seq with next-generation sequencing is increasingly the method of choice for studying changes in the transcriptome and it has been recently employed also in pig nutrigenomics studies to identify diet-induced changes in gene expression.The present study aimed to investigate the effect of diets enriched with functional ingredients(linseed,vitamin E and plant extracts) on the transcriptome of pig Longissimus thoracis to elucidate the role of these compounds in influencing genes involved in muscle physiology and metabolism compared to a standard diet.Results: Eight hundred ninety-three significant differentially expressed genes(DEGs)(FDR adjusted P-value ≤ 0.05)were detected by RNA-Seq analysis in the three diet comparisons(D2-D1,D3-D1,D4-D1).The functional analysis of DEGs showed that the diet enriched with n-3 PUFA from linseed(D2) mostly downregulated genes in pathways and biological processes(BPs) related to muscle development,contraction,and glycogen metabolism compared to the standard diet.The diet supplemented with linseed and vitamin E/Selenium(D3) showed to mostly downregulate genes linked to oxidative phosphorylation.Only few genes involved in extracellular matrix(ECM)organization were upregulated by the D3.Finally,the comparison D4-D1 showed that the diet supplemented with linseed and plant extracts(D4) upregulated the majority of genes compared to D1 that were involved in a complex network of pathways and BPs all connected by hub genes.In particular,IGF2 was a hub gene connecting protein metabolism,ECM 展开更多
关键词 Diet supplementation Functional analysis Gene expression LINSEED Muscle TRANSCRIPTOME n-3 PUFA Pigs Plant extracts POLYPHENOLS Vitamin E
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千里光橙花叔醇合酶SsNES的功能鉴定
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作者 谌琴琴 王丽平 +2 位作者 梁瑾 刘丽君 王强 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1334-1340,共7页
通过对千里光转录组数据筛选得到一个较短的萜类合酶基因。对其进行系统进化树和序列比对分析,初步确定为一个橙花叔醇合酶,命名为SsNES (GenBank登录号MH518312)。通过蛋白同源建模表明SsNES虽然序列较短,但具有完整的保守功能域,并且... 通过对千里光转录组数据筛选得到一个较短的萜类合酶基因。对其进行系统进化树和序列比对分析,初步确定为一个橙花叔醇合酶,命名为SsNES (GenBank登录号MH518312)。通过蛋白同源建模表明SsNES虽然序列较短,但具有完整的保守功能域,并且能正确折叠。通过对该基因的克隆,原核表达载体的构建,成功在大肠杆菌中表达出可溶性蛋白;用大肠杆菌代谢工程鉴定SsNES的体外催化功能,结果表明SsNES可以催化反式法尼烯焦磷酸(FPP)生成反式橙花叔醇。在千里光茎叶的提取物中也检测到反式橙花叔醇,表明该基因作为橙花叔醇合酶在千里光中行使功能;通过RT-PCR表达模式的分析,SsNES在茎中表达最高,其次是花、叶,在根中不表达;在水杨酸(SA)、茉莉酸甲酯(MeJA)、丙甲菌素(Ala)的处理后该基因均能在6 h时就被诱导表达,表明该基因可能参与到千里光应对胁迫响应的防御过程中。SsNES生化功能的鉴定不仅为倍半萜合酶的研究提供多样性,也解析了千里光中橙花叔醇的生物合成,为千里光萜类化合物介导的病虫害防御提供理论基础。 展开更多
关键词 橙花叔醇 同源建模 代谢工程 功能鉴定 基因表达
山西太子滩温泉土壤放线菌多样性及功能基因筛选的研究 预览
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作者 郑洁 庹利 +1 位作者 李伟 保玉心 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第9期49-53,共5页
收集太子滩温泉周围的4份土壤样品,用6种分离培养基对土壤中的细菌进行分离,再通过分析16SrRNA基因序列对分离菌株进行初步分类鉴定。采用PCR技术和琼脂糖凝胶电泳检测放线菌是否具有抗生素生物合成基因NRPS、PKSⅠ、PKSⅡ。从4个土壤... 收集太子滩温泉周围的4份土壤样品,用6种分离培养基对土壤中的细菌进行分离,再通过分析16SrRNA基因序列对分离菌株进行初步分类鉴定。采用PCR技术和琼脂糖凝胶电泳检测放线菌是否具有抗生素生物合成基因NRPS、PKSⅠ、PKSⅡ。从4个土壤样品中共分离出104株放线菌,主要分布于放线菌域的3目5科12属,包括链霉菌属(Streptomyces)、微杆菌属(Microbacterium)、壤霉菌属(Agromyces)等;菌株M6W4-7-2与发表菌株Streptomyces ruberNRRC 14600^T的16SrRNA基因序列相似性为98.58%,可能为链霉菌科链霉菌属的潜在新种。太子滩温泉附近土壤有着丰厚的放线菌资源,且放线菌的抗生素合成基因的阳性率较高,具备从中发现放线菌新物种及新抗生素的潜力。 展开更多
关键词 温泉 土壤 放线菌 多样性 功能基因
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酸性矿业废水对土壤剖面中氮代谢功能基因丰度的影响 预览
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作者 李慧 查建军 孙庆业 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期249-256,共8页
土壤中微生物介导的氮转化过程一直是环境土壤学和土壤微生物学研究的热点,土壤污染能显著影响土壤中氮的转化过程。强酸、高盐和富含重金属的酸性矿业废水(Acid mine drainage,AMD)的排放导致农田土壤污染严重,但目前 AMD 对土壤中氮... 土壤中微生物介导的氮转化过程一直是环境土壤学和土壤微生物学研究的热点,土壤污染能显著影响土壤中氮的转化过程。强酸、高盐和富含重金属的酸性矿业废水(Acid mine drainage,AMD)的排放导致农田土壤污染严重,但目前 AMD 对土壤中氮代谢的影响还鲜有报道。以安徽铜陵一处受 AMD 污染的稻田土壤为对象,基于分子生物学技术,测定 AMD 污染稻田土壤剖面中微生物量及参与 N 转化的功能基因丰度,探讨了受 AMD 污染的稻田土壤中影响功能基因丰度的主要因素。结果表明:AMD 污染的稻田土壤中,细菌和古菌的生物量随剖面深度的增加而降低,表层土壤(0-10 cm)中参与 N 转化的功能基因丰度最高;土壤剖面中 amoA-AOA 基因的丰度大于 amoA-AOB,nirK 基因丰度大于 nirS,amoA-AOA 和 nirK 是 AMD 污染土壤剖面中氨氧化和反硝化作用的主要功能基因;与未污染土壤相比,AMD 污染的稻田土壤剖面中 nifH 基因丰度显著降低,而 nirS 基因丰度显著升高;pH 与 nirS、amoA-AOA 及 HZO 呈极显著负相关,铁的含量与细菌和古菌数量,以及功能基因 nosZ、amoA-AOA 和 HZO 丰度呈极显著负相关。酸性矿业废水污染农田土壤中功能基因丰度与剖面深度和土壤理化性质关系密切。 展开更多
关键词 酸性矿业废水 土壤剖面 氮代谢 功能基因
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Exaptation at the molecular genetic level
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作者 Jürgen Brosius 《中国科学:生命科学英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第4期437-452,共16页
The realization that body parts of animals and plants can be recruited or coopted for novel functions dates back to,or even predates the observations of Darwin.S.J.Gould and E.S.Vrba recognized a mode of evolution of ... The realization that body parts of animals and plants can be recruited or coopted for novel functions dates back to,or even predates the observations of Darwin.S.J.Gould and E.S.Vrba recognized a mode of evolution of characters that differs from adaptation.The umbrella term aptation was supplemented with the concept of exaptation.Unlike adaptations,which are restricted to features built by selection for their current role,exaptations are features that currently enhance fitness,even though their present role was not a result of natural selection.Exaptations can also arise from nonaptations;these are characters which had previously been evolving neutrally.All nonaptations are potential exaptations.The concept of exaptation was expanded to the molecular genetic level which aided greatly in understanding the enormous potential of neutrally evolving repetitive DNA-including transposed elements,formerly considered junk DNA-for the evolution of genes and genomes.The distinction between adaptations and exaptations is outlined in this review and examples are given.Also elaborated on is the fact that such distinctions are sometimes more difficult to determine;this is a widespread phenomenon in biology,where continua abound and clear borders between states and definitions are rare. 展开更多
关键词 exaptation ADAPTATION aptation NEOFUNCTIONALIZATION subfunctionalization non-protein coding RNA cooptation RECRUITMENT novel functional gene MODULES de novo GENES retrogenes
RNA-Seq在AM真菌研究中的应用
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作者 邓杰 李芳 +1 位作者 张伟珍 段廷玉 《生态学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3542-3550,共9页
丛枝菌根(arbuscular mycorrhizas,AM)真菌是农业生态系统中重要的微生物成员之一,可与约80%的维管束植物建立共生关系,这种共生关系一直伴随植物的进化过程,是影响植物生长及多样性的关键因素。转录组测序技术已广泛用于植物-AM真菌共... 丛枝菌根(arbuscular mycorrhizas,AM)真菌是农业生态系统中重要的微生物成员之一,可与约80%的维管束植物建立共生关系,这种共生关系一直伴随植物的进化过程,是影响植物生长及多样性的关键因素。转录组测序技术已广泛用于植物-AM真菌共生互作中信号传导、代谢、蛋白合成等生物过程的分子机理的研究。本文归纳了AM真菌与植物共生过程中参与植物胁迫防御、蛋白合成、蛋白折叠和降解、能量代谢、信号转导、转录等相关功能基因研究进展,如磷酸盐转运蛋白、凝集素前体、谷胱甘肽硫-转移酶、Mtha1质膜ATP酶、核糖体蛋白等相关基因,总结了相关研究中基因功能特征。为进一步深入研究AM真菌与植物共生机制提供理论依据。 展开更多
关键词 AM真菌 农业生态系统 植物 共生 功能基因
关联分析及其在果树育种研究中的应用 被引量:1
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作者 赵惠 房玉林 +4 位作者 张颖 樊秀彩 孙海生 姜建福 刘崇怀 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第7期2291-2299,共9页
果树在中国农业发展中具有重要作用,而且其经济性状大多属于数量性状。基于连锁分析的QTL作图是研究这些复杂性状的有效手段,但尚存在一定的局限性。随着分子生物学的发展,关联分析已然成为发掘性状控制基因的重要手段之一,它以连锁不... 果树在中国农业发展中具有重要作用,而且其经济性状大多属于数量性状。基于连锁分析的QTL作图是研究这些复杂性状的有效手段,但尚存在一定的局限性。随着分子生物学的发展,关联分析已然成为发掘性状控制基因的重要手段之一,它以连锁不平衡为基础,发掘生物性状与遗传标记之间的对应关系,寻找控制性状的关键候选基因。本研究全面论述了关联分析的基本概念、原理、方法及其优越性。并综述了关联分析在果树数量性状、标记开发及功能基因挖掘方面的最新研究进展,进而,探讨关联分析在果树种质资源中的发展方向,并对其应用前景提出展望。 展开更多
关键词 关联分析 连锁不平衡 数量性状 功能标记 功能基因
Fe(Ⅱ)对反硝化过程及其功能微生物群落的影响 预览 被引量:1
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作者 李爽 李晓敏 李芳柏 《中国环境科学》 CSSCI CSCD 北大核心 2018年第1期263-274,共12页
以华南稻田土壤为研究对象,通过室内模拟控制实验,研究了Fe(Ⅱ)对厌氧稻田土壤中反硝化过程及其功能微生物群落结构组成与相对丰度的影响.结果表明,加入Fe(Ⅱ)减缓了土壤中NO3-的还原,但促进了NO2-的还原和N2O的生成;同时Fe(Ⅱ)只... 以华南稻田土壤为研究对象,通过室内模拟控制实验,研究了Fe(Ⅱ)对厌氧稻田土壤中反硝化过程及其功能微生物群落结构组成与相对丰度的影响.结果表明,加入Fe(Ⅱ)减缓了土壤中NO3-的还原,但促进了NO2-的还原和N2O的生成;同时Fe(Ⅱ)只在Soil+Fe(Ⅱ)+NO-3^-处理中发生氧化.通过定量PCR结果发现,Fe(Ⅱ)的加入提高了亚硝酸盐还原基因nir S和N2O还原基因nos Z的拷贝数;但降低了细胞膜硝酸盐还原基因nar G的拷贝数.通过高通量和克隆文库分析发现,Fe(Ⅱ)的加入主要对nap A-周质硝酸盐还原微生物群落结构有明显影响,Soil+NO3^-处理中优势菌是Dechloromonas,而Soil+Fe(Ⅱ)+NO3^-处理中为Azonexus、Dechloromonas和Azospira.Fe(Ⅱ)对厌氧稻田中的反硝化过程及其功能微生物群落具有显著影响,这对了解华南红壤地区稻田体系中的氮元素循环与铁元素转化的关系具有重要意义. 展开更多
关键词 Fe(Ⅱ) 反硝化过程 功能基因 功能微生物 稻田土壤
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