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基于网络药理学探讨菊叶香藜精油药理活性及作用机制 预览
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作者 付苏宏 张勇群 +2 位作者 郝豆豆 张鹏飞 施静 《中成药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2359-2365,共7页
目的基于网络药理学探讨菊叶香藜精油的药理活性及作用机制。方法通过文献调研获取精油的化学成分组成,然后采用BATMAN-TCM获取靶点蛋白并进行疾病富集分析,通过Cytoscape构建靶点蛋白的PPI网络图,利用DAVID对靶点蛋白进行GO功能和KEGG... 目的基于网络药理学探讨菊叶香藜精油的药理活性及作用机制。方法通过文献调研获取精油的化学成分组成,然后采用BATMAN-TCM获取靶点蛋白并进行疾病富集分析,通过Cytoscape构建靶点蛋白的PPI网络图,利用DAVID对靶点蛋白进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 39种化学成分得到了126个对应的潜在作用靶点。生物功能分析显示,与分子功能、生物过程、细胞组分相关的GO条目分别为35、69、8个;KEGG通路共25条,其中较显著的有刺激神经组织的配体-受体交互作用、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路;总共富集到59类TTD疾病类型,主要与心血管疾病、疼痛、神经精神疾病相关,并构建"化学成分-靶点-疾病"网络。结论菊叶香藜精油可能具有治疗心血管疾病、疼痛、神经精神类疾病的功效,与KCNQ1、GUCY1B3、KCND3、DLG4、ESR1有关。本研究为阐明菊叶香藜精油的药理活性及其作用机制研究提供了可靠的科学依据。 展开更多
关键词 菊叶香藜精油 网络药理学 PPI网络 功能富集 药理活性 作用机制
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重症肌无力患者血清microRNA-146a水平变化及其生物信息学分析 预览
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作者 黄攀 徐敏 +1 位作者 何晓英 王淳 《山东医药》 2018年第48期9-12,28共5页
目的 观察重症肌无力(MG)患者血清microRNA-146a水平变化,并采用生物信息学方法分析micro-RNA-146a在MG发病中的分子调控网络。方法 选取初诊MG患者108例(MG组)及同期体检健康者50例(对照组),采用RT-PCR法检测血清microRNA-146a。采用U... 目的 观察重症肌无力(MG)患者血清microRNA-146a水平变化,并采用生物信息学方法分析micro-RNA-146a在MG发病中的分子调控网络。方法 选取初诊MG患者108例(MG组)及同期体检健康者50例(对照组),采用RT-PCR法检测血清microRNA-146a。采用UCSC基因组在线工具分析microRNA-146a在人类基因组中的位置及保守性,采用Targetscan和CoMeTa数据库预测microRNA-146a的交集靶基因,采用DAVID数据库分析microRNA-146a靶基因的功能富集(GO富集)和信号通路富集(KEGGPathway)。结果 MG组血清microRNA-146a相对水平为2.13±0.63,高于对照组的0.86±0.38(P<0.05);microRNA-146a核苷酸序列具有高度保守性,其潜在靶基因有ERBB4、NUMB、CD80、TRAF6、IRAK1等88种;GO富集结果显示,microRNA-146a靶基因功能主要富集于细胞增殖调控、神经元分化、磷代谢反应、免疫炎症反应、细胞因子合成等过程;KEGGPathway结果显示,microRNA-146a靶基因主要富集于Toll样受体信号通路、神经递质调节信号通路、EB信号通路等。结论 MG患者血清microRNA-146a水平升高,其可通过作用于多条信号通路参与MG的发病。 展开更多
关键词 重症肌无力 微小RNA-146a 生物信息学分析 靶基因 功能富集 信号通路富集
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Three-microRNA signature identified by bioinformatics analysis predicts prognosis of gastric cancer patients 预览
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作者 Cheng Zhang Chun-dong Zhang +1 位作者 Ming-hui Ma Dong-qiu Dai 《世界胃肠病学杂志:英文版》 SCIE CAS 2018年第11期1206-1215,共10页
AIM To identify multiple microRNAs(miRNAs)for predicting the prognosis of gastric cancer(GC)patients by bioinformatics analysis.METHODS The original microarray dataset GSE93415,which included 20 GC and 20 tumor adjace... AIM To identify multiple microRNAs(miRNAs)for predicting the prognosis of gastric cancer(GC)patients by bioinformatics analysis.METHODS The original microarray dataset GSE93415,which included 20 GC and 20 tumor adjacent normal gastric mucosal tissues,was downloaded from the Gene Expression Omnibus database and used for screening differentially expressed miRNAs(DEMs).The cutoff criteria were P<0.05 and fold change>2.0.In addition,we acquired the miRNA expression profiles and clinical information of 361 GC patients from The Cancer Genome Atlas database to assess the prognostic role of the DEMs.The target genes of miRNAs were predicted using TargetScan,miRDB,miRWalk,and DIANA,and then the common target genes were selected for functional enrichment analysis.RESULTS A total of 110 DEMs including 19 up-regulated and 91 down-regulated miRNAs were identified between 20 pairs of GC and tumor adjacent normal tissues,and the Kaplan-Meier survival analysis found that a threemiRNA signature(miR-145-3p,miR-125b-5p,and miR-99a-5p)had an obvious correlation with the survival of GC patients.Furthermore,univariate and multivariate Cox regression analyses indicated that the three-miRNA signature could be a significant prognostic marker in GC patients.The common target genes of the three miRNAs are added up to 108 and used for Gene Functional Enrichment analysis.Biological Process and Molecular Function analyses showed that the target genes are involved in cell recognition,gene silencing and nucleic acid binding,transcription factor activity,and transmembrane receptor activity.Cellular Component analysis revealed that the genes are portion of nucleus,chromatin silencing complex,and TORC1/2 complex.Biological Pathway analysis indicated that the genes participate in several cancer-related pathways,such as the focal adhesion,PI3K,and mTOR signaling pathways.CONCLUSION This study justified that a three-miRNA signature could play a role in predicting the survival of GC patients. 展开更多
关键词 Gene functional ENRICHMENT PROGNOSIS BIOINFORMATIC analysis DIFFERENTIALLY EXPRESSED miRNAs Gastric cancer
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Identifying key genes associated with Hirschsprung's disease based on bioinformatics analysis of RNA-sequencing data
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作者 Wei-Kang Pan Ya-Fei Zhang +5 位作者 Hui Yu Ya Gao Bai-Jun Zheng Peng Li Chong Xie Xin Ge 《世界儿科杂志(英文版)》 2017年第3期267-273,共7页
Background:Hirschsprung's disease (HSCR) is a type of megacolon induced by deficiency or dysfunction of ganglion cells in the distal intestine and is associated with developmental disorders of the enteric nervous ... Background:Hirschsprung's disease (HSCR) is a type of megacolon induced by deficiency or dysfunction of ganglion cells in the distal intestine and is associated with developmental disorders of the enteric nervous system.To explore the mechanisms of HSCR,we analyzed the RNA-sequencing data of the expansion and the narrow segments of colon tissues separated from children with HSCR.Methods:RNA-sequencing of the expansion segments and the narrow segments of colon tissues isolated from children with HSCR was performed.After differentially expressed genes (DEGs) were identified using the edgeR package in R,functional and pathway enrichment analyses of DEGs were carried out using DAVID software.To further screen the key genes,protein-protein interaction (PPI) network and module analyses were conducted separately using Cytoscape software.Results:A total of 117 DEGs were identified in the expansion segment samples,including 47 up-regulated and 70 down-regulated genes.Functional enrichment analysis suggested that FOS and DUSP1 were implicated in response to endogenous stimulus.In the PPI network analysis,FOS (degree=20),EGR1 (degree=16),ATF3 (degree=9),NOS1 (degree=8),CCL5 (degree=8),DUSP1 (degree=7),CXCL3 (degree=6),VIP (degree=6),FOSB (degree=5),and NOS2 (degree=4) had higher degrees,which could interact with other genes.In addition,two significant modules (module 1 and module 2) were identified from the PPI network.Conclusion:Several genes (including FOS,EGR1,ATF3,NOS1,CCL5,DUSP1,CXCL3,VIP,FOSB,and NOS2) might be involved in the development of HSCR through their effect on the nervous system. 展开更多
关键词 DIFFERENTIALLY EXPRESSED genes functional and pathway ENRICHMENT analysis Hirschsprung's disease PROTEIN-PROTEIN interaction network
基因功能富集分析的研究进展 被引量:3
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作者 王潇 尹天舒 +5 位作者 李柏逸 江熹霖 孙慧 窦亚光 倪琦 田卫东 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2016年第4期363-373,共11页
基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义.目前已有上百种基因功能富集分析的方法和工具.根据所解决的问题和算法的原理,这些方法可大体分为过代表分析、功能集打分、基于通路拓扑... 基因功能的富集分析已成为高通量组学数据分析的常规手段,对于揭示生物医学分子机制具有重要意义.目前已有上百种基因功能富集分析的方法和工具.根据所解决的问题和算法的原理,这些方法可大体分为过代表分析、功能集打分、基于通路拓扑结构和基于网络拓扑结构4大类.本文对这4大类方法的原理及其中的典型方法进行了综述,并讨论了基因功能富集分析结果的冗余性问题及建立标准数据集的必要性. 展开更多
关键词 组学数据 功能富集 冗余性 标准数据集
榕小蜂基因共表达研究
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作者 崔东亚 孙旭斌 +6 位作者 王佳佳 张鹏 孙宝发 陈小伟 Robert W. Murphy 何顺民 黄大卫 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2016年第1期83-89,共7页
榕小蜂的雌雄个体之间存在很大表型差异,以至于很难将雌雄个体彼此联系在一起.以对叶榕传粉榕小蜂作为材料,利用“加权基因共表达网络分析”软件(WGCNA),对榕小蜂的基因组和转录组进行分析,结果发现,5个基因共表达模块,分别用... 榕小蜂的雌雄个体之间存在很大表型差异,以至于很难将雌雄个体彼此联系在一起.以对叶榕传粉榕小蜂作为材料,利用“加权基因共表达网络分析”软件(WGCNA),对榕小蜂的基因组和转录组进行分析,结果发现,5个基因共表达模块,分别用蓝色、蓝绿色、棕色、绿色和黄色标识,其中2个模块偏爱在雌蜂中表达,3个模块偏爱在蛹中表达.基因本体(GO)分析发现在蓝绿色和黄色表达模块中发现3个功能富集的基因集合.在蓝绿色基因表达模块中发现2个基因集合,分别与细胞周期和核苷酸结合活性有关;在黄色基因表达模块中发现1个基因结合,与细胞分化有关,尤其是与神经发育有关. 展开更多
关键词 共表达 网络 功能富集
基于 RNA-seq 技术的黄连水煎液对多耐药尿道致病性大肠埃希菌的转录组学研究 被引量:3
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作者 朱健铭 翁幸鐾 +1 位作者 吴晋兰 姜如金 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期776-782,共7页
目的 探讨中药黄连抑制多耐药尿道致病性大肠埃希菌作用的分子机制. 方法 应用RNA-seq技术分析黄连对尿道致病性大肠埃希菌( uropathogenic Escherichia coli,UPEC)临床分离株( NB8株)转录组的影响. 琼脂稀释法测定黄连水煎液对UPE... 目的 探讨中药黄连抑制多耐药尿道致病性大肠埃希菌作用的分子机制. 方法 应用RNA-seq技术分析黄连对尿道致病性大肠埃希菌( uropathogenic Escherichia coli,UPEC)临床分离株( NB8株)转录组的影响. 琼脂稀释法测定黄连水煎液对UPEC临床分离株( NB8株)的最低抑菌浓度( MIC) ,检测黄连水煎液对病原菌生长曲线的影响;用10倍MIC的黄连水煎液作用于UPEC NB8株菌30 min后,提取UPEC NB8株菌总RNA,去除rRNA,反转录合成cDNA,在HiSeq2000测序平台上进行转录组测序,通过分析软件(tophat+cufflinks)构建转录本并计算表达量,并将得到的表达谱进行差异表达、GO功能富集以及KEGG代谢通路分析,另使用生理盐水处理UPEC NB8株菌为阴性对照.结果 黄连水煎液对UPEC NB8株的MIC为12.5 mg/ml. UPEC NB8株菌黄连处理组有3665个基因表达,生理盐水对照组有3430个基因表达,差异表达基因共有1428个,其中上调基因921个、下调基因507个,差异基因主要富集在结合与催化模块中,细胞黏附、凋亡及多细胞过程中的基因上调,参与酶活性调节的基因下调;KEGG代谢通路富集分析发现,脂多糖合成通路相关基因呈显著上调、与DNA复制相关的修复聚合酶Ⅲ呈现较显著的上调趋势,脂肪酸代谢、组氨酸代谢、硫胺代谢及叶酸代谢、核糖体合成的铁载体组呈现整体下调趋势. 结论 获得了黄连水煎液作用于UPEC的表达谱,阐述了黄连抑制UPEC生长的分子机制,主要机制在于破坏UPEC的细胞壁、影响DNA的复制以及蛋白质的转录和翻译等,说明黄连水煎液对于UPEC的抑制是多方面多层次的. 展开更多
关键词 大肠埃希菌 转录组 黄连水煎液 差异表达基因 功能富集
线虫区系分析指示土壤食物网结构和功能研究进展 预览 被引量:9
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作者 陈云峰 韩雪梅 +1 位作者 李钰飞 胡诚 《生态学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1072-1084,共13页
土壤食物网结构复杂,功能众多,直接测定土壤食物网各功能群生物量并结合数学模型来推断土壤食物网结构和功能,工作量大且分析过程繁琐。线虫生态学的发展为土壤食物网的研究开辟了一条新的思路,即利用线虫区系分析来定性推断食物网... 土壤食物网结构复杂,功能众多,直接测定土壤食物网各功能群生物量并结合数学模型来推断土壤食物网结构和功能,工作量大且分析过程繁琐。线虫生态学的发展为土壤食物网的研究开辟了一条新的思路,即利用线虫区系分析来定性推断食物网的结构和功能。线虫作为土壤中数量最丰富的后生动物,占据着土壤食物网的中心位置,其物种多样性、食性多样性、生活史策略多样性、功能团多样性奠定了其作为土壤食物网结构和功能指示生物的生态学基础。线虫区系分析根据发展历史可以分为个体分类、生活史策略分类、功能团分类和代谢足迹分类四个时期,其中后两个时期主要用于推断土壤食物网结构和功能。基于功能团的线虫区系分析将线虫的食性和生活史策略结合起来,发展出一系列指数来判断土壤食物网的连通性、食物网链长度、外界养分投入情况、分解途径及对外界干扰的响应等。基于代谢足迹的线虫区系分析在功能团分析基础上,加入线虫能流分析,从而定性反映了土壤食物网功能的大小。两者在指示土壤食物网自下而上调节及对植物线虫控制等方面起着重要的作用。 展开更多
关键词 功能团 富集指数 结构指数 通道指数 代谢足迹
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GOMA:functional enrichment analysis tool based on GO modules 预览
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作者 Qiang Huang Ling-Yun Wu +1 位作者 Yong Wang Xiang-Sun Zhang 《癌症:英文版》 SCIE CAS CSCD 2013年第4期195-204,共10页
Analyzing the function of gene sets is a critical step in interpreting the results of high-throughput experiments in systems biology. A variety of enrichment analysis tools have been developed in recent years, but mos... Analyzing the function of gene sets is a critical step in interpreting the results of high-throughput experiments in systems biology. A variety of enrichment analysis tools have been developed in recent years, but most output a long list of significantly enriched terms that are often redundant, making it difficult to extract the most meaningful functions. In this paper, we present GOMA, a novel enrichment analysis method based on the new concept of enriched functional Gene Ontology (GO) modules. With this method, we systematically revealed functional GO modules, i.e., groups of functionally similar GO terms, via an optimization model and then ranked them by enrichment scores. Our new method simplifies enrichment analysis results by reducing redundancy, thereby preventing inconsistent enrichment results among functionally similar terms and providing more biologically meaningful results. 展开更多
关键词 GO ENRICHMENT analysis modules FUNCTIONAL redundancy network RELATIONSHIPS
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结合多数据源预测蛋白质复合物 预览
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作者 汤希玮 李勇帆 胡秋玲 《计算机工程与应用》 CSCD 2012年第27期105-108,共4页
蛋白质相互作用数据具有较高的假阳性率和假阴性率,这直接导致计算方法从中预测蛋白质复合物会产生较大的误差。为了弥补数据的这种先天性不足,通过结合多数据源,一种新的蛋白质复合物预测算法被提出。匹配分析和GO功能富集分析被用于... 蛋白质相互作用数据具有较高的假阳性率和假阴性率,这直接导致计算方法从中预测蛋白质复合物会产生较大的误差。为了弥补数据的这种先天性不足,通过结合多数据源,一种新的蛋白质复合物预测算法被提出。匹配分析和GO功能富集分析被用于评估算法的性能。测试结果表明,新算法远优于以前的其他算法。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 基因表达谱 关键蛋白质 蛋白质复合物 匹配统计 基因本体 功能富集
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蛋白质复合物预测方法分析与比较 预览 被引量:2
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作者 汤希玮 王建新 胡秋玲 《计算机应用研究》 CSCD 北大核心 2011年第10期 3611-3614,共4页
分析和比较了五种蛋白质复合物预测的典型计算方法,并讨论了该领域一些有希望的研究方向。实验结果显示各种计算方法预测出的复合物能较好地匹配真实的复合物。如果恰当地考虑蛋白质相互作用数据的质量而将数据源的噪声最小化并将各种... 分析和比较了五种蛋白质复合物预测的典型计算方法,并讨论了该领域一些有希望的研究方向。实验结果显示各种计算方法预测出的复合物能较好地匹配真实的复合物。如果恰当地考虑蛋白质相互作用数据的质量而将数据源的噪声最小化并将各种生物特征结合到预测过程中去,计算方法的性能将进一步改善。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 蛋白质相互作用网络 蛋白质复合物 匹配统计 基因本体 功能富集
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基于功能一致性预测冠心病致病基因 被引量:1
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作者 孙立中 张良才 +3 位作者 陈丽娜 赵研 尚玉奎 王倩 《现代生物医学进展》 CAS 2009年第4期733-736,共4页
目的:为了解疾病致病机理和改进临床治疗,基于功能一致性挖掘潜在的疾病致病基因。方法:本文基于功能一致性基因的共定位特性,结合蛋白质互作网络拓扑结构,获取疾病候选基因集,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出... 目的:为了解疾病致病机理和改进临床治疗,基于功能一致性挖掘潜在的疾病致病基因。方法:本文基于功能一致性基因的共定位特性,结合蛋白质互作网络拓扑结构,获取疾病候选基因集,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因。结果:挖掘得到的59个冠心病致病基因通过文献证实绝大部分基因与疾病的发生发展存在着联系。结论:本方法具有可行性,研究者能够在此基础上很好地进行疾病致病机理的研究。 展开更多
关键词 蛋白质互作网络 共定位特性 功能富集分析 功能一致性
基于功能一致性和网络拓扑属性预测冠心病致病基因 预览 被引量:5
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作者 赵研 陈丽娜 +4 位作者 张良才 王倩 尚玉奎 王宏 李琬 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2009年第6期 781-786,共6页
基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并... 基于功能一致性利用蛋白质互作网络挖掘潜在的疾病致病基因,对于了解疾病致病机理和改进临床治疗至关重要.基于基因功能一致性和其在蛋白质互作网络中的拓扑属性将基因与疾病之间建立关联,对疾病风险位点内的基因进行了致病风险预测,并通过GO及KEGG功能富集分析方法进一步筛选,预测出新的致病基因.预测出了51个新的冠心病致病基因,分析发现大部分基因参与了冠心病的致病过程.为疾病基因的挖掘提出一个新的思路,从而有助于复杂疾病致病机理的研究. 展开更多
关键词 网络拓扑性质 共定位特性 功能富集分析 功能一致性
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全自动顺序注射在线四道样品/试剂引入装置的研制及应用 预览
14
作者 江林 田芹 +1 位作者 裴晓华 王建华 《现代科学仪器》 2008年第4期 60-66,共7页
论述在国家“十五”期间科学仪器研制项目中样品自动化前处理仪器设备的研制与开发情况。在此基础上,介绍了一种利用顺序注射分析技术研制的四道样品/试剂引入装置及其配套的3种样品在线预处理功能模块,通过该装置和其配套的一种微... 论述在国家“十五”期间科学仪器研制项目中样品自动化前处理仪器设备的研制与开发情况。在此基础上,介绍了一种利用顺序注射分析技术研制的四道样品/试剂引入装置及其配套的3种样品在线预处理功能模块,通过该装置和其配套的一种微填充柱固相萃取样品在线预处理模块与石墨炉原子吸收联用对普通海水样品中微量铜的测定方法进行了应用研究,结果表明:该方法的采样频率达26样/h,富集倍率为20,检出限为0.015μg/L,相对标准偏差为1.8%(0.5μg,/L Cu、n=7),线性范围为0.05~1.0μg/L,完全能满足此类样品快速、准确、高效的分析要求。 展开更多
关键词 顺序注射分析 在线预处理 功能模块 富集 试剂引入
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乳腺癌致病microRNA调控网络的识别与生物信息学分析 预览
15
作者 蒙俊桦 郎梅 +3 位作者 康冉 张茵 唐飞 郭志云 《生物技术通讯》 CAS 2019年第3期378-384,共7页
目的:构建并解析乳腺癌致病microRNA(miRNA)调控网络,探究其在乳腺癌发生发展中的调控机制。方法:整合TCGA、ENCODE、Fantom等公共数据库资源,得到miRNA、转录因子和基因候选调控关系数据,结合差异表达、变异系数与PCA,构建乳腺癌miRNA... 目的:构建并解析乳腺癌致病microRNA(miRNA)调控网络,探究其在乳腺癌发生发展中的调控机制。方法:整合TCGA、ENCODE、Fantom等公共数据库资源,得到miRNA、转录因子和基因候选调控关系数据,结合差异表达、变异系数与PCA,构建乳腺癌miRNA调控网络,解析调控网络的度中心性与聚类系数,使用DAVID进行功能富集分析,构建Cox回归模型作生存曲线。结果:共识别miRNA调控网络262个,其中包含5个显著差异表达miRNA,8个转录因子和130个基因。通过功能富集分析发现这些miRNA靶基因显著参与细胞周期、细胞分化、细胞生长、转移等转录后调控的肿瘤生物进程,并与FoxO信号通路、p53信号通路、基因监测通路等信号通路高度相关。通过分析生存曲线发现hsa-mir-144与hsa-mir-133a-2显著与乳腺癌患者生存相关。结论:识别的乳腺癌致病miRNA调控网络中miRNA之间有相互作用,且网络整体功能不仅受hub网络影响,也受元件自身特性影响,这些miRNA靶基因显著富集于肿瘤相关生物学进程与信号通路中。 展开更多
关键词 MICRORNA 调控网络 功能富集分析 生存分析
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布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测与功能富集性分析 预览
16
作者 赵宇 罗艺晨 +8 位作者 顾国靖 李博文 李文杰 周志雄 帅学宏 伍莉 陈吉轩 黄庆洲 焦寒伟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期2843-2850,共8页
为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集... 为进行布鲁氏菌介导的mmu-miR-671-5p的靶基因预测,本试验利用布鲁氏菌(Brucella)感染RAW264.7细胞后,分别运用miRanda和TargetScan软件进行差异表达的mmu-miR-671-5p靶基因的预测,预测的靶基因分别有11 953和9 252个,将预测结果取交集进行韦恩(Venn)分析,重叠部分的靶基因有3 681个;利用GO与KEGG进行功能富集性分析,再利用PicTar软件进一步对mmu-miR-671-5p的靶基因进行预测,将预测结果与Venn分析结果进一步取交集,结果显示,mmu-miR-671-5p的预测靶基因有7个;实时荧光定量PCR分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因相对表达量极显著降低(P<0.01);在RAW264.7细胞中转染mmu-miR-671-5p inhibitors,分别验证7个预测靶基因的相对表达量发现,Tnfrsf1b与Tnip 1基因的相对表达量极显著升高(P<0.01);对mmu-miR-671-5p与Tnfrsf1b和Tnip1的3′非翻译区(3′UTR)结合靶位点分别进行预测,结果初步表明,mmu-miR-671-5p的靶基因为Tnfrsf1b与Tnip 1,其预测结合靶位点均只有1个,分别位于Tnfrsf1b和Tnip1 3′UTR全长位置的91和305 bp。本研究结果为进一步揭示mmu-miR-671-5p在布鲁氏菌感染RAW264.7细胞过程中的功能提供科学依据。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 RAW264.7细胞 mmu-miR-671-5p 靶基因预测 功能富集性分析
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巨噬细胞极化相关差异基因的筛选及其在脓毒症中的潜在治疗价值 预览
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作者 杨蕊萍 钟武 《新乡医学院学报》 CAS 2019年第2期147-150,154共5页
目的运用生物信息学方法寻找巨噬细胞极化成M1、M2型的差异基因,为临床筛选脓毒症的免疫调节治疗靶点提供理论依据。方法从综合性基因表达(GEO)数据库下载2套基因芯片数据,以在γ-干扰素(IFN-γ)及脂多糖(LPS)作用下极化为M1型巨噬细胞... 目的运用生物信息学方法寻找巨噬细胞极化成M1、M2型的差异基因,为临床筛选脓毒症的免疫调节治疗靶点提供理论依据。方法从综合性基因表达(GEO)数据库下载2套基因芯片数据,以在γ-干扰素(IFN-γ)及脂多糖(LPS)作用下极化为M1型巨噬细胞,白细胞介素-4(IL-4)作用下极化为M2型巨噬细胞为条件筛选样本,并提交至GEO2R平台进行在线分析,将筛选出的差异基因取交集作为最终的差异基因。利用DAVID软件对差异基因进行GO富集分析及KEGG信号通路分析,同时在STRING数据库行蛋白质交互作用分析。结果共筛选出1241个差异基因,其中在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因有591个,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因有650个。功能富集分析结果显示,在M1型巨噬细胞中表达上调而在M2型巨噬细胞中表达下调的基因主要涉及炎症反应、细胞凋亡等功能,在M1型巨噬细胞中表达下调而在M2型巨噬细胞中表达上调的基因主要涉及能量代谢、氧化磷酸化等生物途径。STRING数据库分析结果显示,NDUFS3、ATP5D、ATP5I、NDUFB10等基因为相对核心的基因。结论本研究通过生物信息学筛选出的巨噬细胞极化核心差异基因,为脓毒症的免疫学治疗提供新的方向。 展开更多
关键词 脓毒症 巨噬细胞极化 差异基因 功能富集分析 蛋白质交互作用
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Wfs1基因敲除小鼠肝脏芯片数据的生物信息学分析 预览
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作者 胡瑞玮 陈淑芹 +4 位作者 白宁宁 张菁 高新雨 严寒 方启晨 《江苏大学学报:医学版》 CAS 2019年第2期103-107,共5页
目的:通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法:从美国国立生物技术信息中心GEO数据库下载基因表达谱芯片数据(GSE55143),利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线... 目的:通过生物信息学方法分析Wfs1基因敲除小鼠肝脏的基因表达谱芯片,探讨WFS1基因突变的潜在致病机制。方法:从美国国立生物技术信息中心GEO数据库下载基因表达谱芯片数据(GSE55143),利用分析工具GEO2R进行差异表达基因筛选,通过在线富集分析网站进行差异表达基因的GO以及KEGG通路富集分析,并使用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质相互作用网络。结果:筛选出198个差异表达基因,其中有96个上调基因,102个下调基因。GO和KEGG富集分析表明差异表达基因主要富集于脂肪酸生物合成和初级胆汁酸生物合成这两条信号通路。蛋白质相互作用网络分析发现26个核心基因。结论:本研究筛选出的差异表达基因及相关富集分析可促进对WFS1基因突变致病机制的进一步理解。 展开更多
关键词 WFS1基因 生物信息学 差异表达基因 富集分析
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hsa-miR-367-3p靶基因预测及功能分析 预览
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作者 张新生 郭琳琳 +4 位作者 刘超群 许何丽 窦文静 刘梦瑶 张越 《中国医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期393-397,共5页
目的通过生物信息学方法预测hsa-miR-367-3p的靶基因及其靶基因的功能。方法运用miRbase 在线数据库、 miRGator v3.0在线数据库TargetScan、 miRDB在线数据库和DAVID在线数据库进行预测和分析。结果 hsa-miR-367-3p在多个物种之间具有... 目的通过生物信息学方法预测hsa-miR-367-3p的靶基因及其靶基因的功能。方法运用miRbase 在线数据库、 miRGator v3.0在线数据库TargetScan、 miRDB在线数据库和DAVID在线数据库进行预测和分析。结果 hsa-miR-367-3p在多个物种之间具有高度保守性;在干细胞中表达丰富度较高;功能富集分析发现, hsa-miR-367-3p的靶基因涉及心室发育、转录调节等38个生物过程(P < 0.05),富集在神经元等21个细胞组分( P < 0.05)。结论 hsa-miR-367-3p个别预测出来的靶基因与通路已经被证实,更多的预测结果需要进一步的研究加以验证。本研究为将来验证hsa-miR-367-3p的靶基因和可能调控的通路指明了方向。 展开更多
关键词 hsa-miR-367-3p 靶基因 功能富集分析
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hsa-miR-429的靶基因预测及功能分析
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作者 吴嘉美 刘梦瑶 +8 位作者 许何丽 窦文静 张新生 王喜燕 丁健 谭洪友 马恩鑫 严疆豪 张越 《解剖科学进展》 2019年第3期312-315,共4页
目的通过生物信息学方法预测hsa-miRNA-429的靶基因及其靶基因的可能功能。方法通过miRbase和Clustal在线数据库对miR-429的碱基序列及序列在各物种间的保守性和进化发展进行分析;应用TargetScan和miRDB数据库预测hsa-miR-429的靶基因;... 目的通过生物信息学方法预测hsa-miRNA-429的靶基因及其靶基因的可能功能。方法通过miRbase和Clustal在线数据库对miR-429的碱基序列及序列在各物种间的保守性和进化发展进行分析;应用TargetScan和miRDB数据库预测hsa-miR-429的靶基因;将预测得到的两个数据库的靶基因交集用DAVID在线数据库进行组织器官表达程度分析、功能富集分析和信号转导通路富集分析。结果 miR-429在人、大猩猩、鼠等多个物种之间具有高度保守性;人的miR-429与猕猴的hsa-miR-429-3p更为接近。两个靶基因预测软件预测的靶基因取交集后共有252个,在血管、肾组织中表达丰富度较高;涉及转录调控、心脏血管平滑肌细胞发育、心肌细胞增殖等51个生物过程,影响蛋白结合、DNA结合、转录因子结合等17个分子功能,显著富集于癌症通路、肾细胞癌、心肌细胞肾上腺素能信号转导等16个信号通路中。结论 hsa-miR-429的靶基因参与体内多种生物活动,且在癌症及心血管疾病的进展中起着重要作用。 展开更多
关键词 hsa-miRNA-429 信号转导通路 功能富集分析
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