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Expression profile of circular RNAs in myocardial ischemia/reperfusion with and without intermittent hypobaric hypoxia preconditioning
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作者 Jiliang Tan Shanshan Gu +1 位作者 Yanjun Zheng Huangtian Yang 《中国科学:生命科学英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第8期1104-1106,共3页
Dear Editor,Myocardial injury following ischemia/reperfusion(I/R)is a common clinical scenario in patients suffering from ischemic heart disease(Hausenloy et al.,2016).The involvement of proteins and signaling pathway... Dear Editor,Myocardial injury following ischemia/reperfusion(I/R)is a common clinical scenario in patients suffering from ischemic heart disease(Hausenloy et al.,2016).The involvement of proteins and signaling pathways is well studied in myocardial I/R injury and protection(Hausenloy et al.,2016;Yang et al.,2012),however,more than 98%of the transcriptional output in mammals are noncoding RNAs(ncRNAs).These products range from short microRNAs(miRNAs)to long noncoding RNAs(lncRNAs,Das et al.,2018)and modulate critical pathophysiologic mechanisms,such as apoptosis,oxidative stress,Ca2+overload and inflammation,during myocardial I/R injury and protection(Das et al.,2018). 展开更多
关键词 circRNA Expression PROFILE of CIRCULAR RNAS in myocardial ISCHEMIA/REPERFUSION with and without INTERMITTENT hypobaric hypoxia PRECONDITIONING PROFILE
意大利蝗卵发育过程中血蓝蛋白基因表达分析 预览
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作者 王香香 闫蒙云 +9 位作者 张敏 余成敏 于非 王晗 扈鸿霞 袁亮 何岚 王伟亮 季荣 叶小芳 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期912-920,共9页
【目的】意大利蝗Calliptamus italicus是新疆草原的主要优势危害种,以卵在土壤中越冬。呼吸代谢可反映蝗卵的生理状态,呼吸蛋白对于呼吸系统不完善的蝗卵尤为重要。本研究旨在明确意大利蝗卵发育过程中血蓝蛋白基因的表达情况。【方法... 【目的】意大利蝗Calliptamus italicus是新疆草原的主要优势危害种,以卵在土壤中越冬。呼吸代谢可反映蝗卵的生理状态,呼吸蛋白对于呼吸系统不完善的蝗卵尤为重要。本研究旨在明确意大利蝗卵发育过程中血蓝蛋白基因的表达情况。【方法】采用实时荧光定量PCR方法检测不同发育阶段的蝗卵以及1龄蝗蝻的血蓝蛋白2个亚基基因Hc1和Hc2的表达量。【结果】根据解剖形态观察,将意大利蝗越冬卵的整个发育过程分为10个阶段,包括9个卵发育阶段(C-Ⅰ-C-Ⅹ)和1龄蝗蝻阶段(C-Ⅹ)。Hc1和Hc2在越冬蝗卵各发育阶段以及1龄蝗蝻中均有表达。其中,在蝗卵早期发育阶段(C-Ⅰ,C-Ⅱ和C-Ⅲ),Hc1表达量逐渐增加,C-Ⅲ阶段表达量显著高于C-Ⅰ和C-Ⅱ阶段;滞育阶段(C-Ⅳ,C-Ⅴ和C-Ⅵ),胚胎发育停滞,Hc1表达量较C-Ⅲ,C-Ⅶ和C-Ⅷ阶段低;滞育后发育阶段(C-Ⅶ和C-Ⅷ),蝗卵解除滞育,快速发育,Hc1表达量较早期发育阶段和滞育阶段高,其中,C-Ⅷ阶段Hc1表达量最高(212.3156±10.5470),显著高于其他所有阶段;1龄蝗蝻(C-Ⅹ)的Hc1表达量最低,为0.4017±0.1010。Hc2表达量在C-Ⅴ阶段最高(679.7511±54.5719),显著高于其他所有阶段;除C-Ⅴ阶段外,其他各阶段之间Hc2表达量差异均不显著。Hc1在蝗卵滞育后阶段高表达,而Hc2在蝗卵滞育阶段高表达。【结论】血蓝蛋白亚基基因Hc1和Hc2在整个意大利蝗卵发育过程均有表达,且具有阶段特异性。Hc1与Hc2协同作用为蝗卵发育供氧,其中,Hc1主要负责蝗卵滞育后发育期间的氧气运载,而Hc2主要维持滞育期间的氧气运载,且载氧效率较低。研究结果可为进一步探讨意大利蝗卵的抗逆机制提供科学依据。 展开更多
关键词 意大利蝗 越冬卵 胚胎发育 血蓝蛋白 基因表达 表达谱
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京海黄鸡FSHR基因组织表达谱及表达规律的研究 预览
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作者 陈兰 王亚男 +7 位作者 张涛 殷学梅 娄秋宏 陈福祥 吴鹏飞 张跟喜 谢恺舟 王金玉 《扬州大学学报:农业与生命科学版》 CAS 北大核心 2019年第3期41-45,共5页
为探讨促卵泡素受体(FSHR)基因mRNA在不同组织中的相对表达量和表达规律,探究其调控机制,根据原鸡FSHR基因的编码序列,跨内含子设计1对荧光定量引物,采用qRT-PCR技术检测,研究组织表达谱及其在性腺轴中的表达规律。结果表明:FSHR基因在... 为探讨促卵泡素受体(FSHR)基因mRNA在不同组织中的相对表达量和表达规律,探究其调控机制,根据原鸡FSHR基因的编码序列,跨内含子设计1对荧光定量引物,采用qRT-PCR技术检测,研究组织表达谱及其在性腺轴中的表达规律。结果表明:FSHR基因在卵巢和睾丸中高表达,极显著高于其他组织。FSHR基因的表达呈不断变化的趋势,在母鸡卵巢中出壳时最高,持续下降至16周龄时最低,20周龄稍有回升;FSHR表达量在公鸡睾丸中也于出壳时最高,持续下降至16周龄时表达量最低。在公母鸡的垂体组织中,FSHR基因表达呈小幅上升,母鸡较公鸡上升幅度稍大,卵巢中的表达量略高于睾丸。这一研究为进一步研究FSHR基因的作用机制和表达调控提供了素材。 展开更多
关键词 京海黄鸡 FSHR基因 表达谱 表达规律
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续随子二酰甘油酰基转移酶2基因(ElDGAT2)克隆与功能分析
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作者 任国鹏 葛丽萍 +2 位作者 孙超超 刘宝玲 李润植 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1156-1166,共11页
本文从续随子发育种子中分离编码二酰甘油酰基转移酶2的cDNA克隆(ElDGAT2),采用生物信息学工具解析ElDGAT2酶蛋白的理化性质、高级结构、亚细胞定位及系统发育等特性。利用qRT-PCR研究该基因在续随子不同器官组织的表达谱。构建ElDGAT2... 本文从续随子发育种子中分离编码二酰甘油酰基转移酶2的cDNA克隆(ElDGAT2),采用生物信息学工具解析ElDGAT2酶蛋白的理化性质、高级结构、亚细胞定位及系统发育等特性。利用qRT-PCR研究该基因在续随子不同器官组织的表达谱。构建ElDGAT2的组成型植物表达载体(pCAMBIA1303-ElDGAT2),通过农杆菌介导烟草瞬时表达鉴定ElDGAT2基因的功能。结果显示,续随子ElDGAT2cDNA全长1939bp,ORF为984bp,编码327个氨基酸。ElDGAT2蛋白定位于内质网上,二级结构主要结构元件为α-螺旋(37.00%)和无规则卷曲(34.25%)。DGAT2蛋白系统发育树分析揭示,续随子ElDGAT2与同科植物蓖麻、油桐、麻疯树的DGAT2蛋白亲缘关系较近。基因表达分析表明,ElDGAT2基因在续随子不同器官中均有表达,而且在种子中的表达量显著高于其他器官。在种子发育中期(花后30d)即油脂快速合成积累时期的表达量最高,ElDGAT2表达量约为叶片的12.83倍。与野生型和空载体转化烟叶相比,ElDGAT2瞬时表达的烟叶组织总油脂含量提高1.59%,饱和脂肪酸减少,油酸等不饱和脂肪酸增加。研究表明,ElDGAT2编码一个具有催化活性的DGAT2酶蛋白,异源表达可提高宿主组织总油脂和不饱和脂肪酸的合成积累,显示ElDGAT2对油酸等不饱和脂肪酸有底物偏好性。 展开更多
关键词 续随子 二酰甘油酰基转移酶2 基因克隆 表达谱 烟草瞬时表达
飞蝗发育相关基因Omb的克隆、原核表达及时空表达分析 预览
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作者 张晓红 冯莉 +2 位作者 刘亚超 乔宁 印红 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期33-40,共8页
【目的】本研究克隆飞蝗Locusta migratoria发育相关的optomotor-blind(Omb)基因,并对其进行序列和表达分析,旨在更好地了解Omb基因在飞蝗翅发育中的作用及为进一步蝗灾的治理和防治提供新的理论依据。【方法】利用RT-RCR扩增飞蝗Omb基... 【目的】本研究克隆飞蝗Locusta migratoria发育相关的optomotor-blind(Omb)基因,并对其进行序列和表达分析,旨在更好地了解Omb基因在飞蝗翅发育中的作用及为进一步蝗灾的治理和防治提供新的理论依据。【方法】利用RT-RCR扩增飞蝗Omb基因cDNA序列,采用生物信息学软件分析该基因的核苷酸和氨基酸序列,利用MEGA 6.0构建昆虫纲分子系统进化树;构建重组表达载体pET-30a/LmOmb,转化到大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3)中,SDS-PAGE及Western blot鉴定重组表达蛋白;基于qPCR技术分析Omb基因在飞蝗不同发育时期及成虫不同组织中的表达谱。【结果】克隆获得飞蝗Omb基因部分cDNA序列,命名为LmOmb(GenBank登录号:MG867658),其长792 bp,编码264个氨基酸,在第37-219位氨基酸之间存在一个T-box superfamily保守结构域。同源序列比对分析表明LmOmb与褐飞虱Nilaparvata lugens NlOmb氨基酸序列一致性为93%。在IPTG诱导下目标蛋白以6×His标签融合蛋白的形式在宿主菌中得到稳定表达。荧光定量PCR结果显示LmOmb基因在飞蝗不同发育时期均有表达,其中胚胎期的表达量最高,进入若虫期后表达量下降,且各龄若虫之间表达量相对平稳。LmOmb基因在雌性和雄性成虫的胸部、足、腹部和翅中都有表达,且雌性和雄性之间表达量明显不同。【结论】LmOmb基因可能参与了飞蝗的胚胎发育。研究结果为进一步研究飞蝗LmOmb的功能提供了依据。 展开更多
关键词 飞蝗 Omb 基因克隆 原核表达 表达谱
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棉铃虫激活增强子结合蛋白AP-4基因的原核表达、多克隆抗体制备、表达谱分析及功能鉴定 预览
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作者 王婷婷 索倩 +4 位作者 孙晓燕 马跃敏 刘凯于 彭建新 彭蓉 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1028-1037,共10页
【目的】激活增强子结合蛋白4(activating enhancer binding protein 4, AP-4)是近年来备受关注的一类功能广泛的转录因子,参与Wnt/β-catenin信号通路的调控。本研究旨在研究棉铃虫Helicoverpa armigera HaAP-4基因的原核表达并制备多... 【目的】激活增强子结合蛋白4(activating enhancer binding protein 4, AP-4)是近年来备受关注的一类功能广泛的转录因子,参与Wnt/β-catenin信号通路的调控。本研究旨在研究棉铃虫Helicoverpa armigera HaAP-4基因的原核表达并制备多克隆抗体,明确HaAP-4基因的时空表达谱,初步探究HaAP-4对棉铃虫胆固醇载体蛋白2(sterol carrier protein-2, SCP-2)基因(HaSCP-2)表达的调控作用。【方法】通过PCR扩增棉铃虫HaAP-4基因片段,将其克隆至pET-28a原核表达载体,转化至大肠杆菌Escherichia coli BL21,经IPTG诱导表达,采用镍柱纯化重组蛋白,免疫新西兰兔制备多克隆抗体。运用RT-qPCR检测HaAP-4基因在棉铃虫不同发育阶段(卵、幼虫、预蛹、蛹和成虫)以及5龄幼虫和预蛹不同组织(中肠、脂肪体、头和表皮)中的表达水平。设计并合成HaAP-4 siRNA,转染棉铃虫Ha细胞,通过RT-qPCR检测和分析使用HaAP-4 siRNA进行RNA干扰后Ha细胞中HaAP-4和HaSCP-2基因mRNA的表达情况。【结果】成功构建pET-28a-HaAP-4重组表达质粒,在大肠杆菌细胞中获得高效表达的可溶性蛋白,目的蛋白大小约为55 kD,经纯化获得了纯度较高的重组蛋白,免疫新西兰兔成功制备了多克隆抗体,通过Western blotting检测显示抗体具有较好的特异性,ELISA分析表明抗体效价较高。发育阶段特异性表达结果显示,HaAP-4基因在棉铃虫不同发育阶段均有表达,其中在卵期、5龄幼虫期和预蛹期的表达量较高。组织表达结果表明,HaAP-4基因在5龄幼虫和预蛹不同组织中均有表达,且在中肠和头部具有高表达,而在表皮和脂肪体中表达量较低。RNA干扰实验发现,HaAP-4基因的敲降对HaSCP-2基因转录有显著影响,HaSCP-2基因mRNA表达水平下降了约55%。【结论】利用pET-28a原核表达系统能有效地在体外表达可溶性的HaAP-4,并制备了较好的多克隆抗体。RNAi实验结果提示,在中肠内高表达的HaAP-4基因能促进H 展开更多
关键词 棉铃虫 激活增强子结合蛋白 原核表达 多克隆抗体 表达谱 RNA干扰
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CREB-H基因在猪不同组织中表达谱及肝脏中的表达规律 预览
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作者 郭晓红 刘翠翠 +7 位作者 李萌 张万锋 秦本源 刘敏 蔡春波 高鹏飞 曹果清 李步高 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期2543-2550,共8页
本研究旨在分析环腺苷酸应答元件结合蛋白H(cyclic AMP-responsive element-binding protein 3-like 3,CREB-H)在猪不同组织中的表达谱及其在马身猪和大白猪肝脏中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测1日... 本研究旨在分析环腺苷酸应答元件结合蛋白H(cyclic AMP-responsive element-binding protein 3-like 3,CREB-H)在猪不同组织中的表达谱及其在马身猪和大白猪肝脏中的发育性表达规律。采用实时荧光定量PCR和Western blotting技术检测1日龄猪12个组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、小脑、下丘脑、背最长肌、股肌和腰肌)中CREB-H基因的表达谱,以及CREB-H在1、30、60、90、120、150和180日龄马身猪和大白猪肝脏中的表达规律。结果显示,CREB-H基因mRNA在马身猪的12个组织中广泛表达,其中在肝脏和小肠中高表达;CREB-H蛋白在肝脏组织中的表达量显著高于其他组织(P<0.05),在心脏、脾脏和小脑中不表达。猪肝脏CREB-H基因mRNA和蛋白的发育表达受日龄、品种、品种与日龄相互作用的影响(P<0.01)。马身猪和大白猪肝脏中CREB-H基因mRNA和蛋白的表达量均在1日龄时达到最大值。在各发育阶段,马身猪CREB-H蛋白的表达量均极显著高于大白猪(P<0.01),且CREB-H主要在猪肝脏中表达。CREB-H在两猪种肝脏中的表达存在时空差异,可能与猪在不同发育期的脂质代谢能力有关,本试验结果为研究猪的脂质代谢调控机制提供一定的理论依据。 展开更多
关键词 CREB-H基因 肝脏 表达谱 发育性表达规律
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脑梗死患者circRNA表达谱的研究 预览
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作者 李满棠 罗成宏 +1 位作者 许鹏杰 金雅 《临床医药文献电子杂志》 2019年第19期1-2,4共3页
目的分析健康对照组和脑梗死患者循环circRNA表达谱的差异性,研究脑梗死的表观遗传学发病机制,为寻找治疗脑梗死的新靶点提供一定的理论依据。方法选取2016年12月~2017年12月入住我院神经内科的急性脑梗死患者40例作为脑梗死组,并选取... 目的分析健康对照组和脑梗死患者循环circRNA表达谱的差异性,研究脑梗死的表观遗传学发病机制,为寻找治疗脑梗死的新靶点提供一定的理论依据。方法选取2016年12月~2017年12月入住我院神经内科的急性脑梗死患者40例作为脑梗死组,并选取体检中心健康人群40例作为健康组。脑梗死组于治疗前(脑梗死发生72小时内)于清晨空腹时抽取血标本5mL,健康组于清晨空腹时抽取血标本5mL。各血清样本通过高通量技术测定循环circRNA表达谱并分析其差异性,对有显著差异的circRNA建立GO、KEGC分析。结果与健康组相比,有348种已知的差异表达的circRNA,其中有186种上调,162种下调,通过生物信息学分析,脑梗死患者血液中差异表达的circRNA主要富集于mRNA监视通路、胆碱能信号通路等。结论脑梗死组患者的circRNA表达谱与健康组有差异,支持circRNA可能与脑梗死的发生、发展和修复有着密切的关系。 展开更多
关键词 脑梗死 circRNA 表达谱 生物信息学分析
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牛HSL基因的克隆和生物信息学分析 预览
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作者 刘燕 李赞 田万年 《畜牧与饲料科学》 2019年第6期9-12,共4页
旨在克隆牛HSL基因的CDS序列,并对该基因进行生物信息学、组织表达谱分析。根据GenBank登录的牛HSL基因序列(NM_001080220)设计1对引物,对牛组织样品中的HSL基因CDS序列进行RT-PCR扩增及序列测定;利用半定量RT-PCR方法检测HSL基因在牛... 旨在克隆牛HSL基因的CDS序列,并对该基因进行生物信息学、组织表达谱分析。根据GenBank登录的牛HSL基因序列(NM_001080220)设计1对引物,对牛组织样品中的HSL基因CDS序列进行RT-PCR扩增及序列测定;利用半定量RT-PCR方法检测HSL基因在牛各组织中的表达情况;利用生物信息学软件对其所编码的牛HSL蛋白进行分析。结果显示,获得的牛HSL基因CDS全长为2271bp,编码756个氨基酸,与GenBank登录的牛HSL基因同源性最高,为99.9%。HSL蛋白含有一个HSL-Nsuperfamily保守结构域,无信号肽结构,具有疏水性。半定量RT-PCR显示,HSL基因在检测的心脏、脾脏、肺脏、肾脏、肝脏、大网膜、皮下脂肪、肌肉8种组织中均有表达,其中在大网膜和皮下脂肪中表达量较高,在肾脏、脾脏、肝脏、肺脏、肌肉和心脏中度表达。该试验可为研究牛HSL蛋白的结构和功能提供参考。 展开更多
关键词 克隆 分析 HSL基因 生物信息学 表达谱
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槐耳清膏对乳腺癌细胞microRNA表达谱的影响 预览
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作者 鲁明骞 陆海燕 +5 位作者 冯雪松 高嫣 李莉娥 李薇 张蓉 孔庆志 《山东医药》 CAS 2019年第11期26-29,共4页
目的探讨槐耳清膏对乳腺癌MCF-7和MBA-MD-231细胞系微小RNA(microRNA)表达谱的影响,为槐耳清膏治疗乳腺癌的分子机制提供依据。方法 选择乳腺癌细胞MCF-7及MDA-MB-231,分为槐耳清膏处理组和对照组。以两组MCF-7及MBA-MD-231细胞系总RNA... 目的探讨槐耳清膏对乳腺癌MCF-7和MBA-MD-231细胞系微小RNA(microRNA)表达谱的影响,为槐耳清膏治疗乳腺癌的分子机制提供依据。方法 选择乳腺癌细胞MCF-7及MDA-MB-231,分为槐耳清膏处理组和对照组。以两组MCF-7及MBA-MD-231细胞系总RNA为模板,应用半定量PCR方法(qRT-PCR)反转录后得到cDNA模板,利用特异性定量PCR引物,凝胶电泳,对microRNA表达量进行分析,以荧光信号强度的比值log2(ratio)得到差异性表达的microRNA。结果 槐耳清膏使乳腺癌MCF-7细胞中表达上调的microRNA有6个,表达下调的有21个;使MDA-MB-231细胞中表达上调的microRNA有3个,表达下调的有24个。其中表达上调显著的microRNA有MCF-7细胞系中的miR-7-5p、miR-21-5p、miR-126-3p和MBA-MD-231细胞系中的miR-10b-5p、miR-21-5p。结论 槐耳清膏使乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞中miR-7-5p、miR-21-5p、miR-126-3p与miR-10b-5p、miR-21-5p表达显著上调,其异常表达的microRNA有可能作为乳腺癌药物治疗潜在的新的靶点。 展开更多
关键词 槐耳清膏 乳腺癌 微小RNA 表达谱
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亚洲小车蝗触角转录组及化学感受蛋白基因表达谱分析 预览
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作者 周渊涛 李玲 +2 位作者 庞保平 单艳敏 张卓然 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期21-32,共12页
【目的】化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)是一类小分子的可溶性蛋白,在昆虫中发挥多种作用。本研究旨在组装中国北方主要草原害虫之一--亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus的触角转录组,鉴定出化学感受蛋白基因以及分析其在成虫不... 【目的】化学感受蛋白(chemosensory proteins,CSPs)是一类小分子的可溶性蛋白,在昆虫中发挥多种作用。本研究旨在组装中国北方主要草原害虫之一--亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus的触角转录组,鉴定出化学感受蛋白基因以及分析其在成虫不同组织中的表达水平。【方法】利用RNA-Seq对亚洲小车蝗成虫触角进行转录组测序和组装;通过筛选转录组数据库、克隆及测序,鉴定出化学感受蛋白基因;应用qPCR分析CSP基因在成虫不同组织(触角、去除触角和口器的头、上唇、去掉下唇须的下唇、下唇须、下颚须、胸部、跗节、翅和腹部)中的表达模式。【结果】成功构建了亚洲小车蝗成虫触角转录组,共获得61 629个unigenes,平均长度为733 nt,总长度和N50分别为45 175 449和1 130 nt。其中26 064个unigenes(42.29%)注释到6个数据库(NR,NT,Swiss-Prot,KEGG,COG和GO)。通过Blast验证、克隆和测序鉴定出17个CSP基因;BlastP和系统发育分析表明亚洲小车蝗CSPs(OasiCSPs)与东亚飞蝗Locusta migratoria CSPs(LmigCSPs)和沙漠蝗Schistocerca gregaria CSPs(SgreCSPs)关系最密切。qPCR分析表明,8个CSP基因在成虫不同组织中的表达水平存在显着差异,特别是,OasiCSP 8在下唇须和下颚须中高表达,而OasiCSP 11和OasiCSP 13在触角中表达量最高。OasiCSP 15在化学感受器官(触角、上唇、去掉下唇须的下唇、下唇须、下颚须和跗节)中的表达量远高于非化学感受器官(去掉触角和口器的头部、胸部、翅和腹部)中的表达量,而OasiCSP 12在几乎所有测定的组织中具有相似的表达分布。【结论】OasiCSPs在亚洲小车蝗化学感受和发育过程中可能起着多种作用,这些结果为进一步研究这些化学感受蛋白在亚洲小车蝗中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 亚洲小车蝗 触角 转录组 化学感受蛋白 表达谱
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莲草直胸跳甲OBP51的克隆及表达分析 预览
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作者 胡军 付丽 +4 位作者 王亚茹 张彬 刘艳红 贾栋 马瑞燕 《山西农业科学》 2019年第7期1126-1130,共5页
莲草直胸跳甲在防治入侵性杂草喜旱莲子草中发挥重要作用。莲草直胸跳甲主要通过气味寻找宿主植物;气味结合蛋白是昆虫气味反应的第一步。研究克隆得到莲草直胸跳甲OBP51的全长序列,进行生物信息学分析,并分析其在不同组织中的相对表达... 莲草直胸跳甲在防治入侵性杂草喜旱莲子草中发挥重要作用。莲草直胸跳甲主要通过气味寻找宿主植物;气味结合蛋白是昆虫气味反应的第一步。研究克隆得到莲草直胸跳甲OBP51的全长序列,进行生物信息学分析,并分析其在不同组织中的相对表达量。结果表明,OBP51的cDNA全长为489bp,ORF为411bp,编码136个氨基酸,具有18个氨基酸残基的信号肽;AhygOBP51编码的成熟蛋白为脂溶性蛋白,主要为α-螺旋结构,占68.6%,无规则卷曲占28.8%。定量PCR分析表明,其在触角、后足中高表达,且雄虫后足高于雌虫后足,提示AhygOBP51在触角和后足气味识别过程中发挥重要作用。 展开更多
关键词 莲草直胸跳甲 气味结合蛋白 表达谱
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花生FAD2基因家族表达分析及其对低温胁迫的响应 预览
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作者 薛晓梦 李建国 +6 位作者 白冬梅 晏立英 万丽云 康彦平 淮东欣 雷永 廖伯寿 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1586-1594,共9页
为了探究FAD2在花生低温响应中的作用,本研究从普通油酸花生中花16(ZH16)和高油酸花生中花413(ZH413)中克隆得到花生AhFAD2家族的全部基因,共7个。通过分析这些基因的表达模式发现,在ZH16和ZH413中各FAD2基因表达模式相似,AhFAD2-1A/B... 为了探究FAD2在花生低温响应中的作用,本研究从普通油酸花生中花16(ZH16)和高油酸花生中花413(ZH413)中克隆得到花生AhFAD2家族的全部基因,共7个。通过分析这些基因的表达模式发现,在ZH16和ZH413中各FAD2基因表达模式相似,AhFAD2-1A/B主要在花和发育的种子中表达,AhFAD2-3A/B主要在营养组织中表达,AhFAD2-4A/B主要在根和花中表达,表明AhFAD2基因在花生不同发育阶段和不同组织中发挥各自的生物学功能。在15℃下发芽6d发现,ZH413的发芽率未显著下降,而ZH16的发芽率显著下降。种子萌发过程中,AhFAD2-1A/B和AhFAD2-4A/B均受低温诱导表达。在ZH16中AhFAD2-1A/B在低温诱导第6天开始显著上调表达,而在ZH413中第1天显著上调表达;在ZH16中AhFAD2-4A/B在低温诱导第3天出现显著上调表达,之后表达量下降,但在ZH413中第1天就显著上调表达,且始终维持在高水平表达。基于以上研究结果推测,高油酸花生在受到低温胁迫时,AhFAD2-1A/B编码蛋白失活,但AhFAD2-4A/B的高量表达在一定程度上弥补了这部分功能。同时也说明AhFAD2-1A/B功能的缺失并不是决定花生耐寒性的主要因素。本研究的开展为培育抗寒的高油酸花生品种奠定了理论基础,为高油酸花生在高纬度、高海拔地区推广提供了理论支持。 展开更多
关键词 脂肪酸脱氢酶(FAD2) 基因克隆 低温胁迫 基因表达
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家蚕微孢子虫丙酮酸激酶基因的克隆与表达特征分析
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作者 张志林 齐静茹 +3 位作者 尚瑞沙 陈红丽 张轶岭 沈中元 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期212-217,共6页
丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)在糖酵解最后一步起着不可逆的作用,可以催化磷酸烯醇式丙酮酸将高能磷酸基团转移给ADP生成ATP和丙酮酸。通过在NCBI和家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)数据库中对丙酮酸激酶基因的比对分析,选择家蚕微孢... 丙酮酸激酶(pyruvate kinase,PK)在糖酵解最后一步起着不可逆的作用,可以催化磷酸烯醇式丙酮酸将高能磷酸基团转移给ADP生成ATP和丙酮酸。通过在NCBI和家蚕微孢子虫(Nosema bombycis)数据库中对丙酮酸激酶基因的比对分析,选择家蚕微孢子虫丙酮酸激酶M2亚型的一个基因(NbPK-2,GenBank登录号EOB11679.1)进行克隆。生物信息学分析显示,该基因序列长度为1 359 bp,包含一个完整的开放阅读框,编码452个氨基酸,预测蛋白质等电点为7.13,相对分子质量为51.7 kD,没有信号肽;NbPK-2蛋白的二级结构预测显示其含有38%的螺旋、21%的延伸片段和40%无规则卷曲。通过qRT-PCR检测感染微孢子虫后家蚕不同发育时期的NbPK-2表达水平,发现该基因在感染后24 h内处于相对较高的表达水平,而此后表达水平开始降低,至144 h达到最低值,在168 h又有所升高。研究结果可促进对家蚕微孢子虫糖酵解途径的研究,为家蚕微粒子病的防控奠定理论基础。 展开更多
关键词 家蚕微孢子虫 丙酮酸激酶 基因克隆 生物信息学分析 表达谱
中间球海胆乳酸脱氢酶基因克隆及其对海水酸化的响应 预览
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作者 崔东遥 任丽媛 +4 位作者 邢冬飞 孙景贤 李莹莹 常亚青 湛垚垚 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1423-1437,共15页
为明确中间球海胆乳酸脱氢酶(LDH)基因序列及表达特征,研究其对海水酸化胁迫的响应,实验利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中间球海胆LDH基因(命名为SiLDH)的全长cDNA,并且比较了海水酸化胁迫下,中间球海胆不同组织SiLDH基因表达及总... 为明确中间球海胆乳酸脱氢酶(LDH)基因序列及表达特征,研究其对海水酸化胁迫的响应,实验利用cDNA末端快速扩增(RACE)技术获得中间球海胆LDH基因(命名为SiLDH)的全长cDNA,并且比较了海水酸化胁迫下,中间球海胆不同组织SiLDH基因表达及总LDH活性的变化情况。结果显示:①SiLDH基因的cDNA全长为1 499 bp,包含133 bp的5′非编码区,349 bp的3′非编码区和1 017 bp编码338个氨基酸的开放阅读框(ORF)。SiLDH编码蛋白的相对分子量为36.40 ku,理论等电点为6.55,属于无信号肽的非跨膜、温和疏水蛋白。②生物信息学分析显示,SiLDH蛋白序列与紫球海胆LDH X4蛋白序列一致性最高(90.88%)。③实时荧光定量PCR(qRT-PCR)发现,SiLDH基因在检测的4种组织中均有表达,相对表达量从高到低为性腺>管足>肠>体腔液;总LDH活性检测显示,中间球海胆总LDH活性从高到低为性腺>管足>体腔液>肠;④海水酸化处理60 d后发现,与自然海水组(pH 8.06±0.01)相比,SiLDH基因在中间球海胆性腺、管足和肠道中呈现总体降低趋势,在体腔液中则呈现随海水pH降低先降低后显著升高的趋势;总LDH活性在性腺、管足和体腔液中呈现随海水pH降低而降低的趋势,在肠道中则呈现随海水pH降低先降低后显著升高的趋势。研究表明,中间球海胆面对海水酸化时可能通过调节SiLDH基因的表达和LDH活性来缓解海水酸化带来的负面影响。 展开更多
关键词 中间球海胆 乳酸脱氢酶 海水酸化 基因克隆 基因表达 酶活性
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肺腺癌患者外周血环状RNA差异表达谱研究
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作者 穆银玉 谢服役 +2 位作者 徐国栋 汪春年 方建晨 《中国卫生检验杂志》 CAS 2019年第2期211-214,共4页
目的筛选肺腺癌患者外周血中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并进行生物信息学分析,以探讨外周血circRNA在肺腺癌发病中的作用。方法采用Illumina公司Solexa高通量测序对5例肺腺癌患者和5例健康对照者的外周血中的circRNA进... 目的筛选肺腺癌患者外周血中差异表达的环状RNA(circular RNA,circRNA),并进行生物信息学分析,以探讨外周血circRNA在肺腺癌发病中的作用。方法采用Illumina公司Solexa高通量测序对5例肺腺癌患者和5例健康对照者的外周血中的circRNA进行筛查,用R软件包对数据进行归一化及后续数据处理,通过log2foldchange和P值进行筛选,采用t检验,寻找2组样本间差异表达的circRNA,并对差异表达的circRNA进行生物信息学分析。结果高通量测序筛查结果提示,有4390个circRNA在肺腺癌组和对照组之间差异有统计学意义(P<0.05),3009个circRNA上调,1381个circRNA下调。对这些circRNAs所涉及的基因进行基因本体论(GO)分析,结果显示,这些基因主要参与生物学调控、细胞分化、代谢过程等。对每个差异表达的circRNA的靶miRNA进行预测。结论肺腺癌患者外周血中出现许多差异表达的circRNA,circRNA可能参与肺腺癌的调控机制。 展开更多
关键词 肺腺癌 生物信息学 环状RNA 表达谱
人口腔鳞状细胞癌干细胞中microRNAs差异表达研究 预览
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作者 胡雪刚 邱在玲 +4 位作者 曾建钗 林诗晗 樊丽娜 吕红兵 傅升 《实用口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期398-402,共5页
目的:探究微小RNA(miRNAs)在人口腔鳞状细胞癌(OSCC)干细胞中的表达及其意义。方法:以CD133为表面标志,应用免疫磁珠法分选TCA-8113细胞中的干细胞、流式细胞术检测,通过克隆形成实验和transwell侵袭实验检测干细胞特性。应用二代测序... 目的:探究微小RNA(miRNAs)在人口腔鳞状细胞癌(OSCC)干细胞中的表达及其意义。方法:以CD133为表面标志,应用免疫磁珠法分选TCA-8113细胞中的干细胞、流式细胞术检测,通过克隆形成实验和transwell侵袭实验检测干细胞特性。应用二代测序检测并筛选差异表达的miRNAs。对差异表达miRNAs运用生物信息学方法进行靶基因预测和功能分析。结果:筛选分析得到TCA-8113中的CD133+细胞,较CD133-TCA-8113细胞表达上调超过1.5倍的miRNA有2个;表达下调的有10个。miRanda和RNAhybrid靶基因预测共得到2 490个靶基因,GO注释显示他们主要涉及干细胞分化、血管生成、细胞增殖等功能。Pathway注释显示主要参与Wnt信号途径、癌症途径、FC受体信号途径等信号通路。结论:miRNAs在口腔鳞癌干细胞中存在特异性的表达谱,差异表达miRNAs调控多种具有不同细胞功能和参与不同信号通路的基因。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌(OSCC) 肿瘤干细胞(CSCs) 微小RNA 二代测序 表达谱
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家蚕超长链脂肪酸延长酶基因Bmelo424的克隆及功能分析
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作者 左伟东 康宁 +4 位作者 李春林 栾悦 童晓玲 代方银 鲁成 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期435-444,共10页
超长链脂肪酸延长酶家族基因影响生物体的多种生理功能。文中克隆了家蚕的一个该家族成员Bmelo424基因,其ORF为558 bp。该基因的蛋白序列预测有4个跨膜结构域,并有6个丝氨酸磷酸化位点、8个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点,其亚... 超长链脂肪酸延长酶家族基因影响生物体的多种生理功能。文中克隆了家蚕的一个该家族成员Bmelo424基因,其ORF为558 bp。该基因的蛋白序列预测有4个跨膜结构域,并有6个丝氨酸磷酸化位点、8个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点,其亚细胞定位于内质网中,二级结构分析结果显示其α-螺旋和β-折叠股分别占26.7%和20%。荧光定量PCR结果显示Bmelo424基因在家蚕各组织均有表达,尤其在头部表达量最高。通过在酿酒酵母中异源表达Bmelo424基因的方法研究其对脂肪酸延伸的作用,GC-MS结果表明,携带pYES2-Bmelo424重组质粒的酿酒酵母的C16:1n-7脂肪酸含量有显著提高,而C16:0、C18:0和C18:1n-9的含量下降。温度胁迫结果显示,Bmelo424基因能够提高酿酒酵母的低温适应能力,但却降低其高温适应能力。这为探究家蚕Bmelo424基因的功能提供了参考。 展开更多
关键词 家蚕 超长链脂肪酸延长酶 表达特征 酿酒酵母 温度胁迫
人表皮生长因子受体2亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞环状RNA表达谱的差异分析
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作者 李林海 肖斌 +1 位作者 木合塔尔·阿米尔 孙朝晖 《中华肿瘤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期331-337,共7页
目的探讨环状RNA(circRNA)在人表皮生长因子受体2(HER-2)亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞中的表达差异,为开发新型HER-2亚型乳腺癌诊断或治疗的标志物奠定基础。方法分别提取HER-2亚型乳腺癌细胞SK-BR-3和正常乳腺细胞MCF10A的总RNA,使用N... 目的探讨环状RNA(circRNA)在人表皮生长因子受体2(HER-2)亚型乳腺癌细胞与正常乳腺细胞中的表达差异,为开发新型HER-2亚型乳腺癌诊断或治疗的标志物奠定基础。方法分别提取HER-2亚型乳腺癌细胞SK-BR-3和正常乳腺细胞MCF10A的总RNA,使用NanoDrop ND-1000对总RNA进行质量检测,用核糖核酸酶R除去线性RNA并富集circRNA。采用随机引物法扩增富集的circRNA并转录成荧光带有荧光的互补RNA,与circRNA微阵列芯片上的circRNA探针进行杂交反应,通过扫描读取芯片上的荧光信号得到不同细胞中circRNA的表达谱。提取原始数据并对采集到的阵列图像进行分位数归一化及聚类分析和火山图分析。采用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)方法对差异倍数(FC)较大的circRNA进行鉴定。利用生物信息学方法,预测差异circRNA富集的基因本体论(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路和靶向微小RNA(miRNA)。结果从SK-BR-3和MCF10A细胞中提取的总RNA完整性较好、纯度较高。荧光表达信号显示,SK-BR-3与MCF10A细胞中的circRNA表达谱明显不同。与MCF10A细胞相比,SK-BR-3细胞的6 584条circRNA表达水平上调,6 254条表达水平下调。|log2FC|≥2的circRNA有348条,其中153条上调,195条下调。|log2FC|≥5的circRNA有8条,其中5条上调,分别是hsa_circRNA_074595(|log2FC|=7.84)、hsa_circRNA_074598(|log2FC|=6.50)、hsa_circRNA_085362(|log2FC|=5.86)、hsa_circRNA_101379(|log2FC|=5.71)和hsa_circRNA_406683(|log2FC|=5.34);3条下调,分别是hsa_circRNA_021714(|log2FC|=5.46)、hsa_circRNA_100777(|log2FC|=5.40)和hsa_circRNA_100796(|log2FC|=5.03)。经RT-qPCR鉴定,hsa_circRNA_074595、hsa_circRNA_074598和hsa_circRNA_100777的差异表达趋势与芯片结果相符。GO分析显示,差异表达circRNA主要富集于心脏发育进程中(P<0.001),集中在细胞黏附相关功能区域(P<0.001),与蛋白质的丝氨酸/苏氨酸激酶调控活性显著相关(P<0.001)。KEGG分析显示,差 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 人表皮生长因子受体2 环状RNA 表达谱 微阵列分析
肝癌转移中脂代谢-免疫相关基因的筛选 预览
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作者 王永坤 李保国 《软件》 2019年第3期144-150,共7页
肝癌转移是肝癌患者治疗失败和死亡的主要原因,寻找与肝癌发生转移相关的基因对于研究肝癌转移的分子机制,及时诊断、防治肝癌转移具有重要的生物学意义。我们在前期研究中已经发现脂肪代谢可能与免疫微环境存在关联。本研究从GEO数据... 肝癌转移是肝癌患者治疗失败和死亡的主要原因,寻找与肝癌发生转移相关的基因对于研究肝癌转移的分子机制,及时诊断、防治肝癌转移具有重要的生物学意义。我们在前期研究中已经发现脂肪代谢可能与免疫微环境存在关联。本研究从GEO数据库下载27例伴有高低转移的肝细胞癌样本的表达谱信息,比较高低转移样本之间基因表达谱的差异,从中筛选出91个脂代谢相关的差异表达基因。通过脂代谢基因的表达谱数据,我们计算了22种免疫细胞在这27例转移样本中的免疫细胞占比,并通过皮尔森相关性分析筛选出脂代谢-免疫相关基因,进一步探究脂代谢与与免疫微环境之间的关系。最后,通过KEGG通路Pathway功能富集分析以及预后分析发现CYP4A11、CYP3A5、CYP2C8、ALDH2、BDH1、ALDH7A1等脂代谢-免疫相关基因可能在肝癌侵袭和转移中发挥重要作用。 展开更多
关键词 肝癌转移 脂代谢 免疫细胞 表达谱
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