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Gordon Life Science Institute and Its Impacts on Computational Biology and Drug Development 认领
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作者 Kuo-Chen Chou 《自然科学期刊(英文)》 2020年第3期125-161,共37页
Gordon Life Science Institute is the first Internet Research Institute ever established in the world. It is a non-profit institute. Those scientists who really dedicate themselves to science and loving science more th... Gordon Life Science Institute is the first Internet Research Institute ever established in the world. It is a non-profit institute. Those scientists who really dedicate themselves to science and loving science more than anything else can become its member. In the friendly door-opened Institute, they can maximize their time and energy to engage in their scientific creativity. They have also believed that science would be more truthful and wonderful if scientists do not have to spend a lot of time on funding application, and that great scientific findings and creations in history were often made by those who were least supported or funded but driven by interesting imagination and curiosity. Recollected in this review article is its establishing and developing processes, as well as its philosophy and accomplishments. Particularly, its productive and by-productive outcomes have covered the following five very hot topics in bioinformatics and drug development: 1) PseAAC and PseKNC;2) Disported key theory;3) Wenxiang diagram;4) Multi-label system prediction;5) 5-steps rule. Their impacts on the proteomics and genomics as well as drug development are substantially and awesome. 展开更多
关键词 BIOINFORMATICS Drug Development Reform And OPENING Free Communication Sweden CRADLE San Diego BOSTON Door-Opening Productive and Bi-Productive Outcomes
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HOTAIR与miRNA-148b-3p交互作用初步探究 认领
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作者 张卫建 张晖 《西南医科大学学报》 2020年第2期140-145,共6页
目的:通过生物信息学分析结合双荧光素酶实验探讨HOTAIR与hsa-miR-148b-3p是否存在结合,为下一步探究两者调控机制提供方向。方法:本研究于TCGA数据库中下载高通量表达miRNA数据,根据cut-off标准(P<0.05,log2FC>2.0),乳腺肿瘤与... 目的:通过生物信息学分析结合双荧光素酶实验探讨HOTAIR与hsa-miR-148b-3p是否存在结合,为下一步探究两者调控机制提供方向。方法:本研究于TCGA数据库中下载高通量表达miRNA数据,根据cut-off标准(P<0.05,log2FC>2.0),乳腺肿瘤与正常标本共检测到112个有差异性表达的miRNAs。从miRcode数据库中筛选HOTAIR靶标miRNA,其中包括miRNA-148b-3p在内55种miRNA。将上诉两组数据通过Veen diagram鉴别出重叠基因即miR-148b-3p、miR-204-5p、miR-375。用Kaplan-Meier曲线和对数秩和检验对上述三种miRNA进行生存分析。结果表明miR-148b-3p、miR-204-5p对乳腺癌患者生存有明显影响,而miR-375无明显差异。进而在starBase数据库中注意到其中只有miRNA-148b-3p与HOTAIR的超保守区域显示出>10个碱基的互补性。最终双荧光素酶实验验证HOTAIR是否与hsa-miR-148b-3p结合。结果:通过Veen diagram对差异表达miRNAs和HOTAIR靶标miRNAs进行重叠数据筛选,然后进行生存分析,最终得出miR-148b-3p、miR-204-5p既在乳腺癌标本中有显著表达差异又对乳腺癌患者生存有明显影响,然而在starBase数据库中发现只有miRNA-148b-3p与HOTAIR结合。双荧光素酶实验表明HOTAIR与miR-148b-3p存在结合关系。结论:HOTAIR可能作为竞争性内源RNA(ceRNA)干扰miRNA-148b-3p对其靶基因的调控,从而影响乳腺癌的发生发展。 展开更多
关键词 HOTAIR miRNA-148b-3p 乳腺癌 BIOINFORMATICS
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文章速递猪流行性腹泻病毒3C样蛋白酶(3CLpro)的真核表达及生物信息学分析 认领
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作者 梁荣 丁芳艺 +2 位作者 宋海鑫 张金秋 费荣梅 《畜牧与兽医》 北大核心 2020年第9期80-87,共8页
3C样蛋白酶(3CLpro)是冠状病毒的主蛋白酶,在病毒复制及致病过程中发挥重要作用。本研究旨在对猪流行性腹泻病毒3C样蛋白酶(PEDV 3CLpro)进行真核表达,并对其结构和功能进行生物信息学分析。根据GenBank上PEDV 3CLpro基因的序列设计并... 3C样蛋白酶(3CLpro)是冠状病毒的主蛋白酶,在病毒复制及致病过程中发挥重要作用。本研究旨在对猪流行性腹泻病毒3C样蛋白酶(PEDV 3CLpro)进行真核表达,并对其结构和功能进行生物信息学分析。根据GenBank上PEDV 3CLpro基因的序列设计并合成特异性引物,通过RT-PCR方法进行3CLpro基因的扩增,亚克隆至pEGFP-N1真核表达载体中,并转染至HEK 293T细胞,通过荧光观察和Western blot鉴定该蛋白的表达。并利用生物信息学软件对3CLpro进行序列分析、结构和功能预测。结果显示:PEDV 3CLpro能够在真核细胞中稳定高效表达,大小约为43 kDa,共编码302个氨基酸,分子式为C1446H2250N400O437S15,亲水性平均系数为0.058,不稳定指数为33.19,含有丰富的糖基化位点及磷酸化位点。其二级结构包含20.53%的α螺旋、38.41%的β折叠以及41.06%的无规则卷曲,对应的2个催化位点分别为41位的组氨酸(His)和144位的半胱氨酸(Cys)。上述结果为进一步研究PEDV 3CLpro在病毒与宿主互作中的生物学功能提供数据支撑。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒(PEDV) 3C样蛋白酶(3CLpro) 真核表达 生物信息学
文章速递生物信息学分析筛查并探讨WNT6与FZD7在前列腺癌中表达的意义 认领
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作者 贺子秋 杜丹(指导) +3 位作者 张志 付海波 胡忠贵 舒峰 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第14期1756-1761,共6页
目的:筛选前列腺癌组织与正常前列腺组织的差异表达基因(DEGs),探讨基因WN76与FZD7基因在人前列腺癌组织中的蛋白表达水平并进行临床分析。方法:公共基因芯片数据库中下载2组前列腺癌表达谱芯片数据,筛选出前列腺癌组织与正常前列腺组织... 目的:筛选前列腺癌组织与正常前列腺组织的差异表达基因(DEGs),探讨基因WN76与FZD7基因在人前列腺癌组织中的蛋白表达水平并进行临床分析。方法:公共基因芯片数据库中下载2组前列腺癌表达谱芯片数据,筛选出前列腺癌组织与正常前列腺组织DEGs,进行差异基因的功能注释、通路分析及蛋白互作网络分析,筛选出存在上下调关系的2个基因。收集2018年1月~2019年8月于我院就诊的40例前列腺癌患者及40例良性前列腺增生患者的组织标本,分为观察组(前列腺癌组织)及对照组(前列腺增生组织),Western blot和免疫组化法检测蛋白表达水平,统计学分析验证其与前列腺癌临床病理参数的关系。结果:筛选出286个DEGs,主要参与细胞黏附、细胞或亚细胞运动等生物学进程,富集于黏附斑激酶通路及WNT信号通路,WNT6及其假定受体FZD7均为前列腺癌的下调基因,富集于WNT信号通路。WNT6在前列腺增生组织中的阳性表达率为92.5%(37/40),在前列腺癌组织中的阳性表达率为37.5%(15/40)(P<0.01);FZD7在前列腺增生组织中的阳性表达率为47.5%(19/40),在前列腺癌组织中的阳性率为20.0%(8/40)(P<0.05)。WNT6及FZD7的阳性表达与前列腺癌患者的年龄及临床分期无关(P>0.05),与术前血清PSA水平及Gleason评分相关(P<0.05)。结论:前列腺癌相关基因芯片数据的生物信息学分析为深入研究前列腺癌的相关分子机制提供了理论依据。WNT6及FZD7下调可能是前列腺癌发生的原因之一,可作为前列腺癌预后的分子标志,为前列腺癌的诊断及预后评估提供了新思路。 展开更多
关键词 前列腺癌 生物信息学 WNT6 FZD7
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文章速递静原鸡miR-107的靶基因预测及生物信息学分析 认领
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作者 禹保军 何金童 +9 位作者 姚婷婷 吴昊 樊希雅 虎红红 王卫振 郭菊 顾亚玲 蔡正云 辛国省 张娟 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第9期2695-2705,共11页
为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过Targe... 为探究miR-107在静原鸡肌肉组织肌苷酸特异性沉积过程中的调控机制,本研究利用相关生物信息学软件和数据库对静原鸡miR-107进行了靶基因预测与生物信息学分析。通过转录组测序获取静原鸡miR-107序列,进行序列比对和保守性分析;通过TargetScan、miRDB和PicTar预测结果的交集并结合miRTarbase中已证实的靶基因集合,取二者并集,采用OmicShare工具对基因集合进行GO功能富集和信号通路富集分析,并讨论HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达水平。结果显示,miR-107序列在各物种间高度保守,miR-107调控的靶基因GO功能富集主要包括细胞过程、生物调节、代谢过程、刺激反应等生物学过程和结合、催化活性、转录调节活性等分子功能;靶基因存在于细胞的多个组分中,包括细胞器、细胞膜、含蛋白质复合物。信号转导通路显著富集于癌症中的microRNAs途径(microRNAs in cancer)、人乳头瘤病毒感染(human papillomavirus infection)、癌症中途径(pathways in cancer)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)中(P<0.05)。miRNA-靶基因互作分析发现,miR-107主要通过与靶基因mRNA的非翻译区靶向结合抑制靶基因的表达。根据HMED数据库中miR-107在不同组织和疾病中的表达数据,发现miR-107在黑素瘤(melanoma)中的表达水平最高,在扁桃体(tonsil)和肌肉(muscle)等组织中表达水平较低。通过对静原鸡miR-107靶基因的生物信息学分析,为miR-107功能及调控机制的深入研究提供参考依据,也为进一步研究miR-107在静原鸡肌肉发育中的作用奠定基础。 展开更多
关键词 静原鸡 miR-107 靶基因 生物信息学
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文章速递基于高通量芯片对小儿急性髓系白血病的生物信息学分析 认领
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作者 张曦 翟丽 +4 位作者 孙运艳 杨伟 高艳章 雷鸣 潘玉卿 《吉林大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期1036-1042,I0007,共8页
目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs... 目的:通过生物信息学工具筛选小儿急性髓系白血病(AML)相关的差异表达基因(DEGs),探讨小儿AML的核心基因并阐明其发病机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载符合本研究要求的小儿AML的转录组数据,采用基因表达分析工具(GEO2R)进行DEGs的筛选。利用基因本体功能注释(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析DEGs功能及通路富集情况;利用STRING数据库构建蛋白质互作网络(PPI)并利用Cytoscape软件及插件iRegulon筛选相关的核心基因(Hub genes)及转录因子,通过生物技术信息基因云(GCBI)在线数据库分析前5位的核心基因。结果:本研究共筛选出600个DEGs,其中407个基因上调,193个基因下调。GO分析,相关的DEGs主要参与细胞成分的组成,包括核浆、细胞质、核膜和核斑点。KEGG分析,DEGs主要在肿瘤坏死因子(TNF)、细胞因子受体相互作用及Jak激酶/信号转导与转录激活子(Jak-STAT)信号通路中富集。通过STRING数据库及Cytoscape软件共筛选出甲酰肽受体2(FPR2)、磷酸肌醇3激酶调节亚单位1(PIK3R1)、E1A结合蛋白p300(EP300)、热休克蛋白90α家族(HSP90AA1)和NRAS原癌基因(NRAS)等前20个连接度最高的核心基因,其中EP300、HSP90AA1和NRAS参与了白血病的发生发展。iRegulon共筛选出TP63、NFE2L1和TBX等55个作用于Hub基因的转录因子。结论:筛选出的核心基因和转录因子可能参与小儿AML的发生发展,并可能成为小儿AML的治疗新靶点。 展开更多
关键词 生物信息学 急性髓系白血病 差异基因 基因芯片
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文章速递探究式教学在生物信息学综合实验中的实践探索 认领
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作者 谢小芳 何华勤 +3 位作者 许卫锋 连玲丽 陶欢 杨佳翰 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期120-123,共4页
生物信息学综合实验是生物信息学专业本科生的核心实践课程之一,以专业综合能力培养为导向的实践教学改革对该课程的教学提出了更高的要求。提出了基于专业综合能力培养的探究式教学实践,从专题的选择、任务实施过程和考核评价等方面进... 生物信息学综合实验是生物信息学专业本科生的核心实践课程之一,以专业综合能力培养为导向的实践教学改革对该课程的教学提出了更高的要求。提出了基于专业综合能力培养的探究式教学实践,从专题的选择、任务实施过程和考核评价等方面进行了阐述,并以转录组分析LOC_Os05g01710基因介导的水稻细条病抗性机理的教学案例来展示该教学法的应用。学生从数据的处理、差异表达基因筛选和功能分析,以及差异表达基因参与的代谢途径等方面展开训练,综合分析LOC_Os05g01710基因与水稻细条病抗性的关系。从教学效果可以看出,探究式教学巩固了学生的生物信息学专业课程知识,促进了专业核心能力提升,提高了科研兴趣和自主学习的能力,为其他生物学专业的相关实践课程改革拓宽了思路。 展开更多
关键词 生物信息学 实验 探究性教学 教学探索
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文章速递豆科家族中的木糖异构酶基因分析 认领
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作者 杨平 张边江 +3 位作者 王立科 扶庆权 唐宁 陈全战 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第19期23-27,共5页
通过生物信息学方法研究豆科植物中木糖异构酶基因家族分类、系统进化关系。从美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)网站筛选出34条豆科植物木糖异构酶基因序列,利用WoLF PSORT、MEME、NCBI、ExP... 通过生物信息学方法研究豆科植物中木糖异构酶基因家族分类、系统进化关系。从美国国家生物信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)网站筛选出34条豆科植物木糖异构酶基因序列,利用WoLF PSORT、MEME、NCBI、ExPASy、Predict Protein以及MEGA等软件分析豆科植物的木糖异构酶基因的亚细胞定位、基序(Motif)、保守区、一级结构、二级结构和进化树。结果表明:从豆科植物中共筛选出34条木糖异构酶基因序列,大部分的序列长度在1 410~1 440 bp;亚细胞定位的主要位置在线粒体、细胞质、内质网;Motif分析显示,34个不同物种中的木糖异构酶可以分为15类Motif;一级结构分析显示,大部分氨基酸的分子质量的范围是52 952.24~54 793.33 Da,等电点的范围为p H 5.52~7.95;二级结构数据显示,无规则卷曲的占比最高;进化树分析显示,34个蛋白序列在进化树上有5个可信度高的分支。研究结论为深入研究豆科植物中木糖异构酶基因的功能奠定了理论基础。 展开更多
关键词 生物信息学 豆科植物 木糖异构酶 亚细胞定位 进化树
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文章速递不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点筛选及其生物信息学分析 认领
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作者 简华锋 祖盘玉 +6 位作者 李洪林 牟腾慧 龙广丽 饶永超 林家栋 李辉 张福平 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1823-1831,共9页
【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异... 【目的】揭示刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP)SNP位点突变与不同鸡种羽色差异形成机制的关联性,筛选出与鸡种羽色相关的辅助育种分子标记。【方法】参考NCBI已公布的红色原鸡ASIP基因序列(登录号NC_006107.5),运用Primer Premier 5.0设计特异性引物,以罗曼蛋鸡、泰和乌骨鸡、兴义矮脚鸡白羽系、赤水乌骨鸡、贵州黄鸡和瑶山鸡为研究对象,通过DNA混合池及PCR直接测序法筛选不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点;估算各SNP位点等位基因频率后,使用RNAfold、NetPhos 2.0、NetOGlyc 4.0、SOPMA和SWISS-MODEL等在线软件进行生物信息学分析,探究不同羽色鸡种ASIP基因SNP位点突变对基因mRNA二级结构、ASIP蛋白翻译后修饰位点及其二、三级结构的影响。【结果】从6个鸡种ASIP基因中检测到7个SNPs位点,分别为Exon-2-G17C、Exon-2-T168C、Exon-2-C3032T、Exon-2-T3203G、Exon-2-G3287A、Exon-2-G3313T和Exon-2-C3350T。其中,Exon-2-T3203G只出现在罗曼蛋鸡上,Exon-2-G3287A只出现在瑶山鸡上。Exon-2-T168C只出现在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系且位于编码区,该位点突变导致编码氨基酸改变[苏氨酸(Thr)→甲硫氨酸(Met)],且能导致ASIP基因mRNA二级结构改变,最小自由能增加,稳定性降低。Exon-2-T168C位点突变还导致ASIP蛋白激酶磷酸化位点数量和位置发生改变,但糖基化位点未发生改变;Exon-2-T168C位点突变后ASIP蛋白二级结构中α-螺旋、β-转角和延伸链的占比增加,而无规则卷曲占比降低,且蛋白三级结构预测结果与二级结构预测结果一致。【结论】在贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系ASIP基因上检测到Exon-2-T168C位点,且该位点突变能引起ASIP基因m RNA二级结构、蛋白激酶磷酸化位点数量和位置及ASIP蛋白二、三级结构均发生改变,但并不是影响贵州黄鸡和兴义矮脚鸡白羽系羽色差异的内在机制。 展开更多
关键词 羽色 刺豚鼠信号蛋白基因(ASIP) SNP位点 生物信息学
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利用TCGA数据库筛选食管鳞状细胞癌免疫相关mRNA 认领
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作者 孟玉娟 亓民 +5 位作者 马军 袁翎 任凯凯 马佳康 侯明宇 张中冕 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2020年第3期250-254,共5页
目的筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因。方法基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组。应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织... 目的筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因。方法基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组。应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织中的基质细胞和免疫细胞进行分组效应评估,并应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫表型相关的共表达基因模块,挑选最相关模块中的节点基因,分析其与患者预后的相关性。结果利用ssGSEA算法,81例肿瘤样本分为高免疫组(14例)、中等免疫组(46例)和低免疫组(21例),并用HLA-I和PD-L1基因验证了分组效果。利用WGCNA获得了与免疫相关的模块,在此模块中找到6个免疫相关hub基因,其中HAVCR2 mRNA与ESCC患者生存相关。结论HAVCR2作为免疫相关基因,可能参与了ESCC的发生、发展,是ESCC潜在预后标志物。 展开更多
关键词 食管鳞状细胞癌 生物信息学 免疫 预后 TCGA HAVCR2
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QDPR基因克隆及其在乌蒙凤鸡不同生长阶段组织表达研究 认领
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作者 莫先艇 张勇 +4 位作者 骆科印 黄明捷 王天松 郭勇 杨红 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1196-1206,共11页
旨在克隆乌蒙凤鸡醌型二氢生物喋呤还原酶(quinoid dihydropteridine reductase,QDPR)基因,并检测其在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中的表达差异,以研究QDPR基因在乌蒙凤鸡生长发育过程中的调控作用。本试验对乌蒙凤鸡QDPR基因CD... 旨在克隆乌蒙凤鸡醌型二氢生物喋呤还原酶(quinoid dihydropteridine reductase,QDPR)基因,并检测其在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中的表达差异,以研究QDPR基因在乌蒙凤鸡生长发育过程中的调控作用。本试验对乌蒙凤鸡QDPR基因CDS区进行PCR扩增和克隆,并对得到的序列进行生物信息学分析,通过实时荧光定量PCR检测QDPR基因在4、12、20和28周龄乌蒙凤鸡公鸡及母鸡的心、肝、脾、肺、肾、胸肌和腿肌组织中的相对表达量。结果表明,QDPR基因开放阅读框长度为417 bp,共编码139个氨基酸,编码蛋白为酸性不稳定蛋白,乌蒙凤鸡的QDPR基因序列与原鸡、日本鹌鹑和珠鸡的QDPR基因同源性较高;QDPR基因在不同性别乌蒙凤鸡不同生长阶段各组织中均有表达,其中,公鸡4、12和20周龄肺组织中QDPR基因表达量最高,极显著高于同一周龄其他组织(P<0.01),母鸡4周龄肝、脾、肺中QDPR基因相对表达量为所有时期最高,极显著高于12、20周龄(P<0.01),公鸡大多数组织中QDPR基因表达量随时间增长总体呈现出先升后降的趋势,母鸡为先降后升。结果显示,QDPR基因在乌蒙凤鸡内脏组织中的表达均高于肌肉组织,且公母鸡不同时期表达情况有所差异,试验结果可为进一步研究QDPR基因在鸡生长发育中的调控作用提供参考。 展开更多
关键词 QDPR基因 乌蒙凤鸡 生长发育 克隆 组织表达 生物信息学
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人髓样分化因子88的生物信息学分析 认领
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作者 王道 施晓波 陈建林 《激光生物学报》 CAS 2020年第3期252-259,共8页
人髓样分化因子88(MyD88)属于Toll样受体和IL-1受体家族成员下游的炎症信号通路的中心因子。为了研究人MyD88的蛋白结构和功能,本文利用重要数据库进行了生物信息学分析。研究表明,人MyD88基因全长为5670 bp,位于染色体3p22.2,共编码29... 人髓样分化因子88(MyD88)属于Toll样受体和IL-1受体家族成员下游的炎症信号通路的中心因子。为了研究人MyD88的蛋白结构和功能,本文利用重要数据库进行了生物信息学分析。研究表明,人MyD88基因全长为5670 bp,位于染色体3p22.2,共编码296个氨基酸。人MyD88蛋白具有较高的保守性,其等电点为5.64,不存在信号肽,并且含有2个苏木化位点、15个丝氨酸磷酸化位点、6个苏氨酸磷酸化位点和4个酪氨酸磷酸化位点。该蛋白主要定位在细胞核和细胞质中,而且在血液、脾脏和肺较多,其二级结构含有145个α-螺旋和30个β-折叠,拉曼图表明三级结构模型A是可信的。与人MyD88相互作用的蛋白主要是Toll样受体和白介素相关蛋白,并且参与炎症反应、细胞凋亡等重要的免疫过程。本研究为阐明人MyD88基因结构特点和生物学功能奠定了理论基础,也为其相关疾病诊断和治疗提供了新思路。 展开更多
关键词 人髓样分化因子88 结构 功能 生物信息学
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新型冠状病毒基因组学初探 认领 被引量:1
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作者 张乐海 王莹 盖中涛 《国际流行病学传染病学杂志》 CAS 2020年第3期207-211,共5页
新型冠状病毒肺炎疫情正成为全球关注的焦点。作为一种新发现的病毒,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的来源、是否变异、感染途径等问题尚待研究。此文通过对GISAID平台发布中的SARS-CoV-2核苷酸序列进行分析,并就目前关于SARS-CoV-2的病毒起... 新型冠状病毒肺炎疫情正成为全球关注的焦点。作为一种新发现的病毒,新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的来源、是否变异、感染途径等问题尚待研究。此文通过对GISAID平台发布中的SARS-CoV-2核苷酸序列进行分析,并就目前关于SARS-CoV-2的病毒起源、核酸序列、遗传关系、传播途径和感染机制等分子生物学方面的研究结合笔者对基因组序列分析进行了综述。 展开更多
关键词 冠状病毒属 来源 变异 生物信息学
致尤文肉瘤转移的关键基因及预后、调控分析 认领
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作者 卜祥博 潘彬 +8 位作者 朱先任 霍添群 李子昂 罗选翔 经历 郭迪 高啸 曲哲 冯虎 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第19期1505-1510,共6页
目的使用生物信息学技术分析转移性尤文肉瘤的关键基因及其预后、调控。方法基于高通量数据筛选出了与尤文肉瘤(ES)转移相关的差异表达基因(DEGs),并将DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将... 目的使用生物信息学技术分析转移性尤文肉瘤的关键基因及其预后、调控。方法基于高通量数据筛选出了与尤文肉瘤(ES)转移相关的差异表达基因(DEGs),并将DEGs进行基因本体(GO)功能注释及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。将富集结果结合基因表达水平验证及癌症基因组图谱(TCGA)数据库的生存分析,筛选关键基因。使用EWS-FLI1敲低的A673细胞系基因序列进行关键基因与EWS-FLI1之间表达量的相关性分析,并初步分析与ES转移相关的miRNA调控网络。结果筛选出DEGs为380个。得到2条与ES转移相关的重要通路:错配修复(MMR)通路(P=0.048)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路(P=0.037);4个关键基因:MSH2、MSH6、CACNA2D2和MET。有61种miRNAs可能调控着关键基因的表达。ES患者的生存分析结果显示,4个关键基因的高表达量组5年生存率均低于低表达量组;TCGA数据库中肉瘤患者生存分析结果显示,4个关键基因的高表达也同样降低了患者的生存率,其在肉瘤的疾病进展中是危险因素。此外,与EWS-FLI1之间表达量的相关性分析显示,EWS-FLI1融合基因可能调控着4个关键基因的表达。结论目前的研究结果表明,MMR、MAPK通路及关键基因MSH2、MSH6、CACNA2D2和MET对ES增殖、侵袭和迁移有促进作用,并且与尤文肉瘤患者的预后相关。 展开更多
关键词 尤文肉瘤 生物信息学 信号通路 生存分析 调控分析
赤桉(Eucalyptus camaldulensis)Ec005592基因的生物信息分析 认领
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作者 马生健 王键 +1 位作者 文春兰 刘金祥 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期4930-4935,共6页
赤桉(Eucalyptus camaldulensis)为桃金娘科桉属下的一个种,抗逆性强。为了了解赤桉Ec005592基因,本研究运用一系列生物信息学方法对该基因及其蛋白进行分析,结果显示:该基因具有4个开放阅读框,分子量为47 084.15 Da,理论等电点为5.03,... 赤桉(Eucalyptus camaldulensis)为桃金娘科桉属下的一个种,抗逆性强。为了了解赤桉Ec005592基因,本研究运用一系列生物信息学方法对该基因及其蛋白进行分析,结果显示:该基因具有4个开放阅读框,分子量为47 084.15 Da,理论等电点为5.03,总亲水性平均值为-0.107,脂肪族氨基酸指数高达82.24:Ec005592蛋白中含有三个保守结构域,分别是Malectinlike结构域、Malectin结构域和LRRNT2结构域。二级结构预测得出Ec005592蛋白主要由57.71%无规则卷曲(Randon coil)、26.17%的延伸链(Extended strand)、12.15%α-螺旋(Alpha helix)和3.97%的β-转角(Beta turn)组成。三级结构的预测结果显示含有α-螺旋、β-折叠和β-转角。该蛋白质定位细胞外,包括细胞壁中,存在信号肽序列,为分泌性蛋白,共含有9个磷酸化位点。推测赤桉Ec005592蛋白为富含亮氨酸重复序列类型受体丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。本研究结果为今后进一步深入研究赤桉Ec005592基因的功能及其改造提供了理论基础。 展开更多
关键词 赤桉 Ec005592基因 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶 生物信息学
贵州6个地方鸡FSHβ基因多态性及生物信息学分析 认领
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作者 王天松 黄明捷 +3 位作者 郭勇 莫先艇 陆静 张勇 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第9期15-20,167,168,共8页
为了研究促卵泡素β亚基(follicle stimulating hormone,FSHβ)基因在贵州6个地方鸡种中的多态性并进行FSHβ基因生物信息学分析,试验以矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡、竹乡鸡为研究对象,分别构建DNA混池,用PCR产物直接... 为了研究促卵泡素β亚基(follicle stimulating hormone,FSHβ)基因在贵州6个地方鸡种中的多态性并进行FSHβ基因生物信息学分析,试验以矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡、竹乡鸡为研究对象,分别构建DNA混池,用PCR产物直接测序法检测FSHβ基因多态性,对FSHβ蛋白二级结构、三级结构及基本性质进行生物信息学分析。结果表明:矮脚鸡、白宜黑鸡、乌蒙凤鸡、高脚鸡、威宁鸡和竹乡鸡分别有11,6,7,6,6,3个SNP位点。FSHβ蛋白不稳定且为分泌蛋白,含有信号肽序列,但不是跨膜蛋白。亚细胞定位在分泌通路S上,有一个卷曲螺旋结构(置信值低)和疏水区域,保守结构域在17~123位氨基酸之间。说明贵州6个地方鸡种FSHβ基因具有较高的遗传多样性。 展开更多
关键词 FSHΒ基因 单核苷酸多态性 生物信息学 地方鸡种 遗传多样性 分子育种
辣椒FAR1基因家族的全基因组分析 认领
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作者 夏承东 方大伟 《安徽农业科学》 CAS 2020年第14期97-102,共6页
FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1(FAR1)基因在植物生长发育中起着重要的调控作用。该研究采用生物信息学的方法,从辣椒基因组中鉴定得到20个CaFAR1转录因子家族成员,系统进化分析表明,20个CaFAR1基因分为6个亚家族,其中18个CaFAR1基因分布... FAR-RED IMPAIRED RESPONSE 1(FAR1)基因在植物生长发育中起着重要的调控作用。该研究采用生物信息学的方法,从辣椒基因组中鉴定得到20个CaFAR1转录因子家族成员,系统进化分析表明,20个CaFAR1基因分为6个亚家族,其中18个CaFAR1基因分布在8条染色体上,8号染色体上有3个,2号、6号、7号、12号染色体各分布1个,6号和10号染色体上各分布2个,3号染色体上有6个。GO功能注释表明,20个CaFAR1蛋白序列基于氨基酸的相似性被分为三大类:生物过程(BP)、细胞成分(CC)和分子功能(MF)。 展开更多
关键词 辣椒 FAR基因家族 生物信息学 全基因组分析
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TLR4基因结构和功能的生物信息学分析 认领
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作者 郑洋 王佳慧 +2 位作者 梁天坚 汪磊 赵铁建 《中华中医药学刊》 CAS 北大核心 2020年第1期157-160,I0028,I0029共6页
目的运用生物信息学的各种方法,对TLR4基因的结构和功能进行深入分析。方法依托生物信息学的各种软件,对TLR4基因启动子及其所编码的氨基酸理化性质、信号肽、跨膜结构、蛋白质的二级结构、蛋白质三级结构、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相... 目的运用生物信息学的各种方法,对TLR4基因的结构和功能进行深入分析。方法依托生物信息学的各种软件,对TLR4基因启动子及其所编码的氨基酸理化性质、信号肽、跨膜结构、蛋白质的二级结构、蛋白质三级结构、蛋白质翻译后修饰、蛋白质相互作用进行生物信息学分析。结果 TLR4基因只有一个启动子;TLR4蛋白属于亲水的不稳定蛋白,等电点为5.88;TLR4蛋白大多数位于膜外的分泌蛋白并且有信号肽;二级结构以α螺旋和无规则卷曲为主;三级结构稳定可靠;N-糖基化位点和O-糖基化位点各有10和4位;磷酸化的位点有Ser:21,Thr:6,Tyr:7;TLR4蛋白可以与10个蛋白发生作用。结论深入分析TLR4基因的结构和功能,研究其与肝脏疾病之间的关系有很大的意义。 展开更多
关键词 TLR4 结构 功能 生物信息学
肿瘤内科学专业学位研究生医学公共大数据运用能力培养 认领
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作者 贾罄竹 高伊星 张岸梅 《中华医学教育探索杂志》 2020年第5期551-554,共4页
目前,探索性思维和利用医学公共大数据能力的培养易被忽视,导致肿瘤内科学专业学位研究生在科研实践中利用公共大数据发掘、证实临床新现象、新规律的能力明显不足。本研究通过介绍TCGA等常用医学公共大数据库的访问与下载工具,引入重... 目前,探索性思维和利用医学公共大数据能力的培养易被忽视,导致肿瘤内科学专业学位研究生在科研实践中利用公共大数据发掘、证实临床新现象、新规律的能力明显不足。本研究通过介绍TCGA等常用医学公共大数据库的访问与下载工具,引入重复经典分析案例的学习方法,提出利用公共大数据验证临床猜想的研究方法。期望为提高肿瘤内科学专业学位研究生发现临床问题、总结科学规律的研究能力提供有益启示和参考。 展开更多
关键词 "双轨合一"培养模式 肿瘤学专业学位研究生 医学公共大数据 生物信息学
沙棘HrCYP85A1基因生物信息及表达分析 认领
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作者 王昭玉 封润霞 +3 位作者 苏智 魏建荣 李臻 刘建凤 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第15期4952-4957,共6页
沙棘具有重要的生态价值及经济价值,油菜素内酯(BR)对植物抵御非生物胁迫具有响应作用,同时,CYP85A1是参与油菜素内酯合成反应的关键基因。因此,为了解析HrCYP85A1基因在沙棘抵御干旱胁迫中的作用,本研究以中国沙棘为试验材料,利用生物... 沙棘具有重要的生态价值及经济价值,油菜素内酯(BR)对植物抵御非生物胁迫具有响应作用,同时,CYP85A1是参与油菜素内酯合成反应的关键基因。因此,为了解析HrCYP85A1基因在沙棘抵御干旱胁迫中的作用,本研究以中国沙棘为试验材料,利用生物信息学软件对HrCYP85A1基因特点及蛋白结构进行了分析,并且利用荧光定量PCR技术分析了在干旱胁迫下HrCYP85A1基因的表达。结果表明,HrCYP85A1基因具有3个基序(motif),与多个物种的CYP85A1序列具有高度同源性;HrCYP85A1基因编码的蛋白位于质膜位置,且其为亲水性蛋白;HrCYP85A1参与NaCl、PEG与ABA等非生物胁迫的响应,说明其与沙棘多种非生物胁迫密切相关。本研究结果将为今后研究沙棘CYP家族基因功能提供了依据,并为林木抗逆研究及分子育种提供科学依据。 展开更多
关键词 沙棘(Hippophae rhamnoides L.) 油菜素内酯 HrCYP85A1 生物信息 基因表达
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