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丙型肝炎病毒E2蛋白的生物信息学分析
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作者 李滚 张甜甜 +2 位作者 李蓓 张涛 卢香香 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第5期511-514,共4页
目的探讨研究丙型肝炎病毒E2蛋白的生物学特征。方法从NCBI数据库中获取丙型肝炎病毒E2蛋白氨基酸序列,利用在线分析软件分析其生物学特征,包括分子式、半衰期、疏水性、跨膜区、信号肽,磷酸化位点、二级结构特征等,通过综合分析丙型肝... 目的探讨研究丙型肝炎病毒E2蛋白的生物学特征。方法从NCBI数据库中获取丙型肝炎病毒E2蛋白氨基酸序列,利用在线分析软件分析其生物学特征,包括分子式、半衰期、疏水性、跨膜区、信号肽,磷酸化位点、二级结构特征等,通过综合分析丙型肝炎病毒E2蛋白的各类性质,得到最佳抗原表位区域,并对丙型肝炎病毒E2蛋白氨基酸序列预测结果进行了比对分析。结果丙肝病毒E2蛋白由344个氨基酸组成,分子式为C1696H2543N463O490S21,不稳定系数为35.6,理论等电点为7.2,总体平均亲水性为-0.131,为稳定性亲水蛋白质,E2蛋白二级结构中主要成分为无规则卷曲(占比43.6%)。该蛋白无信号肽且无跨膜区,约存在50个磷酸化位点,最佳抗原区域位于95-100氨基酸位置。结论生物信息学方法预测丙型肝炎病毒E2蛋白属于稳定性亲水蛋白,含有抗原表位区域,可为丙型肝炎表位疫苗的研制提供参考依据。 展开更多
关键词 丙型肝炎病毒 E2蛋白 抗原表位 生物信息学
蚁群优化算法构建乳腺癌中miRNA调控的关键基因互作网络 预览
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作者 张蕴显 王雅梅 周萍 《北京生物医学工程》 2019年第4期369-376,383共9页
目的筛选ER阳性乳腺癌中受miRNA调控的关键基因,以此构建乳腺癌中miRNA-mRNA互作网络,进而了解ER阳性乳腺癌的调控机制,为筛选ER阳性乳腺癌诊断预后的生物标志物和治疗靶点打下基础。方法利用MCF-7细胞系的AGO-IP(HITS-CLIP Protocol fo... 目的筛选ER阳性乳腺癌中受miRNA调控的关键基因,以此构建乳腺癌中miRNA-mRNA互作网络,进而了解ER阳性乳腺癌的调控机制,为筛选ER阳性乳腺癌诊断预后的生物标志物和治疗靶点打下基础。方法利用MCF-7细胞系的AGO-IP(HITS-CLIP Protocol for Argonaute)高通测序实验数据,发现miRNA对mRNA的真实调控关系,并以此构建基于RNAs诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISCs)miRNA-mRNA调控模组。根据调控模组利用蚁群优化算法在基因互作网络中筛选关键基因,构建ER阳性乳腺癌中miRNA调控下的关键基因互作网络,并对关键基因进行功能分析。结果本研究筛选出106个关键基因,244个调控关键基因的miRNA。根据乳腺癌中miRNA调控的关键基因互作网络识别出了 YWHAG、EP300、CHEK1、SMAD2、SMAD1、SYK、FGFR1、PIK3R2、IRS1、TGFBR2、CHUK和CSDE1等12个hub基因;并发现了hsa-miR-940、hsa-miR-545-3p、hsa-miR-3065-5p、hsa-miR-15a-5p、hsa-miR-181b-5p、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-765、hsa-miR- 4723-5p 、hsa-miR-454-3p、hsa-miR-374a-5p、hsa-miR-34a-5p、hsa-miR-30e-5p、hsa-miR-19a-3p、hsa-miR-15b-5p、hsa-miR-149-5p和hsa-miR-128-3p等16个hub miRNA。这些基因主要对肿瘤细胞的增殖、侵袭、化疗抗性、放疗抗性和耐药性起重要作用。结论本研究筛选出的关键基因及调控关键基因的miRNA对ER阳性乳腺癌的耐药性、化疗抗性、放疗抗性及肿瘤细胞的增殖、侵袭有重要调控作用,对ER阳性乳腺癌临床治疗及预后起到重要参考作用。 展开更多
关键词 生物信息学 基因互作网络 富集分析 蚁群算法 乳腺癌
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细粒棘球绦虫Eg95-5蛋白生物信息学分析及鉴定
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作者 胡尊楠 马忠臣 +3 位作者 何金科 徐明国 陈创夫 王震 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期26-30,176,177共7页
为了制备一定纯度和浓度细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg) Eg95-5蛋白,进一步开发新型疫苗和建立新的疾病诊断方法,试验采用生物信息学分析、pMD19-T-Eg95-5与pET30a-Eg95-5载体的构建、Eg95-5蛋白诱导表达及纯化、免疫印迹技... 为了制备一定纯度和浓度细粒棘球绦虫(Echinococcus granulosus,Eg) Eg95-5蛋白,进一步开发新型疫苗和建立新的疾病诊断方法,试验采用生物信息学分析、pMD19-T-Eg95-5与pET30a-Eg95-5载体的构建、Eg95-5蛋白诱导表达及纯化、免疫印迹技术(Western-blot)对Eg95-5蛋白序列和反应原性进行研究。结果表明:Eg95-5蛋白无信号肽和跨膜结构,蛋白含有6个抗原决定簇和12个磷酸化位点,二级结构以无规则卷曲(39. 25%)、延伸链(33. 64%)和α-螺旋(21. 50%)为主,并获得了Eg95-5的三级结构模型;成功克隆并构建Eg95-5重组表达载体,获得了高纯度的Eg95-5蛋白,该蛋白可与患病动物血清发生特异性反应。说明Eg95-5蛋白结构较为保守,是无信号肽和非跨膜蛋白,作为抗原可以引起良好的免疫反应。 展开更多
关键词 棘球蚴 细粒棘球绦虫 Eg95-5 生物信息学 原核表达 WESTERN-BLOT
铁棍山药SUS基因CDS区克隆与生物信息学分析
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作者 刘苏伟 文艺 +5 位作者 张骆琪 高素霞 刘玉霞 王飞 鲁传涛 刘红彦 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期136-143,共8页
目的:对铁棍山药蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)基因的编码区域(coding sequence,CDS)进行克隆和蛋白质结构分析,为该基因的调控机制与山药多糖的合成机制提供理论依据。方法:提取铁棍山药总RNA并反转录为cDNA第一链,根据本实验室铁... 目的:对铁棍山药蔗糖合成酶(sucrose synthase,SUS)基因的编码区域(coding sequence,CDS)进行克隆和蛋白质结构分析,为该基因的调控机制与山药多糖的合成机制提供理论依据。方法:提取铁棍山药总RNA并反转录为cDNA第一链,根据本实验室铁棍山药基因组数据经注释得到的SUS基因序列设计一对特异性引物,利用基因克隆技术获得SUS基因的编码区域并通过蛋白质预测分析软件分析蛋白质序列特征。结果:克隆得到一个长度2 448 bp的基因序列,具有一个完整的开放阅读框架(open reading frame,ORF),命名为DoSUS1。DoSUS1的分子式为C4209H6534N1115O1205S23,相对分子质量9 788.32,共815个氨基酸,理论等电点(PI)6.10,消光系数为110 505,脂溶性指数(AI)为94.15,不稳定指数为32.18,平均亲水指数(GRAVY)为-0.225,属于稳定可溶性酸性蛋白质。DoSUS1氨基酸序列存在多个磷酸化位点,不存在跨膜区与信号肽。蛋白质二级结构与三级结构结果显示DoSUS1属于全α类蛋白质。功能域预测结果显示DoSUS1有蔗糖合成与糖基转移两个功能域。同源性比对结果显示DoSUS1的氨基酸序列与所比对单子叶植物的氨基酸序列相似性均>80%。系统进化树显示DoSUS1与单子叶植物的SUS进化关系较近。结论:首次从铁棍山药中克隆出SUS基因的编码序列,并对其蛋白质结构进行了分析,为进一步阐明SUS在山药生长发育和多糖合成机制中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 铁棍山药 蔗糖合成酶基因 基因克隆 编码区域 生物信息学
野野村放线菌ATCC 39727的双组份信号转导系统的生物信息学分析 预览
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作者 岳雪 王帅 +2 位作者 李大成 王勇健 董惠钧 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2019年第4期413-421,共9页
双组份信号转导系统是放线菌中重要的全局调控系统之一,参与细胞形态分化、氮磷代谢、次级代谢产物合成和其他生理代谢过程。本文采用生物信息学方法系统分析了Nonomuraea sp.中双组份信号转导系统(two-component signal transduction s... 双组份信号转导系统是放线菌中重要的全局调控系统之一,参与细胞形态分化、氮磷代谢、次级代谢产物合成和其他生理代谢过程。本文采用生物信息学方法系统分析了Nonomuraea sp.中双组份信号转导系统(two-component signal transduction system,TCS)的分布、系统分类、结构与功能,初步构建了部分TCS调控网络,旨在揭示Nonomuraea sp.中次级代谢产物合成与TCS之间的关系,为提高糖肽抗生素A40926效价和发现新的潜在生物活性物质奠定基础。 展开更多
关键词 野野村放线菌 双组份信号转导系统 A40926 调控网络 生物信息学
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Molecular Characterization and Expression Analysis of ftrO1,ftr42,and ftr58 in Zebrafish(Danio rerio)
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作者 Wanmeng Liu Ming Kuang +2 位作者 Ze Zhang Yuanan Lu Xueqin Liu 《中国病毒学:英文版》 CAS CSCD 2019年第4期434-443,共10页
Tripartite motif(TRIM)proteins were shown to play an important role in innate antiviral immunity.FinTRIM(ftr)is a new subset of TRIM genes that do not possess obvious orthologs in higher vertebrates.However,little is ... Tripartite motif(TRIM)proteins were shown to play an important role in innate antiviral immunity.FinTRIM(ftr)is a new subset of TRIM genes that do not possess obvious orthologs in higher vertebrates.However,little is known about its function.In this study,we used bioinformatic analysis to examine the phylogenetic relationships and conserved domains of zebrafish(Danio rerio)fir01,fir42,and fir58.as well as qualitative real-time PCR to examine their expression patterns in zebrafish embryonic fibroblast(ZF4)cells and zebrafish tissues.Sequence analysis showed that the three finTRIMs are highly conserved,and all contain a RING domain.B-box domain,and SPRY-PRY domain.In addition,fr42 and fir58 had one coiled-coil domain(CCD),whereas ftrol had two CCDs.Tissue expression analysis revealed that the mRNA level of ftr01 was the highest in the liver,whereas those of ftr42 and ftr58 were the highest in the gill;the expression of thesefinTRIMs was clearly upregulated not in the eyes,but in the liver,spleen,kidney,gill,and brain of zebrafish following spring viremia of carp virus(SVCV)infection.Similarly,the expression of these three finTRIM genes also increased in ZF4 cells after SVCV infection.Our study revealed that fir01,fr42,and fir58 may play an important role in antiviralimmune responses,and these findings validate the need for more in-depth research on the finTRIM family in the future. 展开更多
关键词 FinTRIM Tissue distribution Expression patterns BIOINFORMATICS analysis Spring VIREMIA of CARP virus(SVCV)-Zebrafish
胰腺癌转移相关基因的生物信息学分析 预览
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作者 曹俊宇 肖莹 +5 位作者 秦涛 孙联康 段万星 徐勤鸿 马清涌 马振华 《西安交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期235-242,共8页
目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析... 目的 通过对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行生物信息学分析,为探索胰腺癌转移的分子机制提供理论依据。方法 从基因芯片公共数据库(GEO)下载胰腺癌转移相关基因芯片数据,经R语言数据预处理及筛选差异表达基因后,分别通过DAVID在线分析软件、STRING在线数据库、Cytoscape软件和GEPIA在线分析工具进行差异表达基因的功能注释、通路分析、蛋白互作网络分析及预后分析。结果 共筛选出109个胰腺癌转移差异表达基因,其中上调49个,下调60个;功能注释和通路分析发现,这些基因主要集中在急性炎症反应、蛋白质活化级联、细胞外基质构建、细胞外基质分解等生物学过程,以及补体和凝血级联、PPAR信号通路、PI3K-Akt信号通路、ECM受体相互作用等通路。蛋白互作网络分析获得2个关键模块和10个关键基因,分别为ORM1、IGFBP1、HPX、F2、APOA1、ALB、PLG、SERPINC1、KNG1和INS。预后分析得到4个基因的表达水平与胰腺癌患者总生存时间显著相关,分别是SCG5、CRYBA2、CPE和CHGB。结论 通过生物信息学的方法对胰腺癌转移相关基因芯片数据进行数据挖掘,为深入研究胰腺癌转移的相关分子机制提供了理论依据。 展开更多
关键词 胰腺癌 转移 生物信息学 基因芯片 差异表达基因
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半监督分类学习问题在生物信息学中的研究进展——以间谍算法为例 预览
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作者 赵琪 张越 +1 位作者 胡桓 刘宏生 《辽宁大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第1期25-30,共6页
近年来,随着生命科学研究的不断发展,生物信息学这个利用智能算法处理生物数据的新型交叉学科越来越受到科研工作者的关注。机器学习在智能算法的研究中占据极其重要的地位,而机器学习中的半监督分类学习在生物信息学中有着广泛应用.以... 近年来,随着生命科学研究的不断发展,生物信息学这个利用智能算法处理生物数据的新型交叉学科越来越受到科研工作者的关注。机器学习在智能算法的研究中占据极其重要的地位,而机器学习中的半监督分类学习在生物信息学中有着广泛应用.以半监督分类学习中的间谍算法为例,首先回顾了半监督分类学习的发展历程,分析了该方法的研究现状,然后描述了间谍算法在生物信息学研究中的应用,最后总结了间谍算法的优势和局限性,并且讨论了可以改进的方向和未来的发展。 展开更多
关键词 生物信息学 智能算法 半监督分类学习 间谍算法
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棉铃虫围食膜的蛋白质组鉴定 预览
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作者 梁振普 王亮 +3 位作者 李鹏娟 王朝兴 肖宇博 张小霞 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期181-192,共12页
【目的】围食膜(peritrophic membrane,PM)是昆虫抵御随食物摄入的病原微生物入侵的第一道天然屏障。本研究旨在鉴定出农业重大害虫棉铃虫Helicoverpa armigera围食膜的总蛋白成分,为进一步揭示昆虫围食膜的形成机制及研发新颖的害虫控... 【目的】围食膜(peritrophic membrane,PM)是昆虫抵御随食物摄入的病原微生物入侵的第一道天然屏障。本研究旨在鉴定出农业重大害虫棉铃虫Helicoverpa armigera围食膜的总蛋白成分,为进一步揭示昆虫围食膜的形成机制及研发新颖的害虫控制策略奠定基础。【方法】剥离棉铃虫5龄幼虫PM,用三氟甲磺酸(trifluoromethane-sulfonic acid,TFMS)处理,采用液质联用技术(LC-MS/MS)鉴定围食膜蛋白质组,然后对鉴定结果进行生物信息学分析。【结果】本研究共鉴定出棉铃虫幼虫围食膜蛋白质169个,是目前鉴定最多的棉铃虫围食膜蛋白。通过GO分析,可以将这些鉴定的蛋白分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类;KEGG富集结果显示,鉴定蛋白可以富集在12条代谢通路中;蛋白互作分析(protein-protein interaction,PPI)结果表明,以ACC和CG3011等蛋白为核心可以形成蛋白互作网络。【结论】本研究鉴定了169个棉铃虫幼虫围食膜蛋白质,并对其进行了GO,KEGG和PPI分析,结果有助于人们全面理解昆虫围食膜的分子结构和功能。 展开更多
关键词 棉铃虫 围食膜 蛋白质组 液质联用技术 生物信息学
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玉米Alfin-like转录因子ZmAL5a生物信息和表达分析
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作者 王姣姣 孙宁 刘征 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期4859-4864,共6页
Alfin-like基因家族是植物中特有的一类转录调控因子,目前已明确该类转录因子在调控植物生长发育、非生物胁迫响应等过程中起重要作用,但其对生物胁迫的响应仍知之甚少。本研究运用一系列生物信息学方法和基因表达谱对C4作物玉米ZmAL5a... Alfin-like基因家族是植物中特有的一类转录调控因子,目前已明确该类转录因子在调控植物生长发育、非生物胁迫响应等过程中起重要作用,但其对生物胁迫的响应仍知之甚少。本研究运用一系列生物信息学方法和基因表达谱对C4作物玉米ZmAL5a基因及其蛋白进行了结构及功能分析。结果表明,玉米ZmAL5a蛋白中的二级构象主要有两种,即α-螺旋和无规则卷曲,各自所占比例分别为43.57%和31.73%。启动子和基因表达分析进一步表明ZmAL5a和β-1,3-GA2基因不但响应非生物胁迫(盐,干旱),而且对病原菌胁迫也产生响应,表明其参与了玉米对病原菌入侵的信号响应通路。本研究为深入探讨玉米ZmAL5a因子的功能及抗病原菌机理提供线索。 展开更多
关键词 玉米(Zea mays L.) Alfin-like转录因子 生物信息
人CDC73基因编码蛋白的理化性质及功能研究
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作者 王星宇 徐玥 +3 位作者 戴欣池 付欣 王茜 许世磊 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期333-341,共9页
采用生物信息学方法对人CDC73 (cell division cycle 73)基因编码蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区域、信号肽区域、二级结构、三级结构、蛋白质之间的相互作用、亚细胞定位进行预测分析。使用多种分析软件对人CDC73基因编码蛋白进行... 采用生物信息学方法对人CDC73 (cell division cycle 73)基因编码蛋白的理化性质、亲疏水性、跨膜区域、信号肽区域、二级结构、三级结构、蛋白质之间的相互作用、亚细胞定位进行预测分析。使用多种分析软件对人CDC73基因编码蛋白进行预测分析。研究可知,人CDC73基因属于抑癌基因,该基因编码一个由531个氨基酸组成的肿瘤抑制因子Parafibromin,其等电点为9.63,半衰期为30 h且在哺乳动物中高度保守;二级结构预测发现13个α螺旋和10个β折叠片层,三级结构预测结果的可靠性达69.01%,亚细胞定位主要分布于细胞质及细胞核。由本研究可知,人CDC73基因编码蛋白是一个存在核定位序列的不稳定亲水蛋白,在细胞内广泛分布并参与多种生命活动过程,且能够抑制肿瘤的产生。对人CDC73基因编码蛋白结构和功能的预测分析,可为其进一步的研究提供一定的理论依据,也为相关疾病的诊治提供新的思路。 展开更多
关键词 CDC73 生物信息学 抑癌基因 肿瘤抑制因子
陆地棉14-3-3基因家族的鉴定及逆境胁迫应答
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作者 张书芹 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3468-3476,共9页
为了揭示棉花14-3-3家族的功能,本研究在陆地棉里鉴定了31个14-3-3蛋白,分析了它们的保守结构域、系统进化、理化性质、基因结构、保守motif以及基因的组织表达模式和逆境表达模式。结果显示,陆地棉31个14-3-3蛋白都有9个反向平行的α-... 为了揭示棉花14-3-3家族的功能,本研究在陆地棉里鉴定了31个14-3-3蛋白,分析了它们的保守结构域、系统进化、理化性质、基因结构、保守motif以及基因的组织表达模式和逆境表达模式。结果显示,陆地棉31个14-3-3蛋白都有9个反向平行的α-螺旋,系统进化分为ε类和非ε类,ε类有12个14-3-3蛋白,含有4~5个蛋白编码区,非ε类有19个14-3-3蛋白,含有3~7个蛋白编码区。28个基因在所有组织中均有表达,但是表达丰度有差异,分别有5个基因在10 d的纤维中表达量较其它组织中高,表明14-3-3基因在纤维发育早期有重要作用。28个基因在高温、低温、盐和PEG处理表达量与对照相比有显著变化,并且这28个基因在高温或低温处理时表达量与对照相比均有差异,说明14-3-3蛋白对温度变化比较敏感。本研究解决了棉花14-3-3家族的基本信息,为棉花14-3-3基因家族的克隆和功能鉴定提供了指导意义。 展开更多
关键词 陆地棉(Gossypium hirsutum) 14-3-3 生物信息学
骨关节炎关键基因与治疗药物的生物信息学筛选
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作者 丁晓 史晨辉 +5 位作者 孟德峰 王海英 韩飞 蒲沛东 王梦雨 王维山 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期189-196,共8页
目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎(OA)关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车(GEO)下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全... 目的:利用生物信息学方法探寻骨关节炎(OA)关键基因及潜在治疗药物。方法:利用基因表达大棚车(GEO)下载GSE55235芯片数据,R语言3.5.0筛选差异表达基因,David在线数据库对差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析,String 10.5在线数据库构建分析蛋白质之间的相互作用,Cytoscape v3.6.1软件进行可视化编辑,MCODE插件进行子网络模块分析,筛选出OA发生过程中的核心基因。最后根据关联性图谱(CMap)分析具有潜在治疗OA的小分子药物。结果:筛选出556个差异基因,其中上调252个,下调304个,这些差异基因主要参与细胞外基质组织、炎症反应、细胞黏附、免疫应答以及胶原结合等方面;KEGG通路分析发现差异基因主要参与细胞外基质受体相互作用,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路及破骨细胞分化;蛋白质相互作用发现白细胞介素-6(IL-6),JUN,血管内皮生长因子α(VEGFA),FOS,MYC和早期生长反应蛋白-1(EGR-1),转录激活因子-3(ATF-3)等关键基因;筛选出了一些潜在治疗OA的小分子药物,如石蒜碱和茴香霉素等。结论:所筛选的关键基因可能成为诊断OA的标志物或潜在治疗OA的靶点;筛选出来的小分子药物可作为治疗OA的关键药物进行研发。 展开更多
关键词 骨关节炎 生物信息学 基因芯片 关联性图谱 石蒜碱 茴香霉素 差异表达
甘蓝型油菜钙离子转运蛋白CAX家族基因生物信息学及其对镉胁迫响应表达分析
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作者 廖琼 周婷 +5 位作者 肖燕 唐天骄 宋海星 官春云 华营鹏 张振华 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期596-608,共13页
CAXs(Cation/H+ exchanger antiporter)是一类重要的阳离子跨膜转运蛋白,在调控植物Ca2+平衡,参与转运金属离子Cd2+和Mn2+中发挥了重要作用,但在甘蓝型油菜中尚缺乏系统研究。本文利用生物信息学的方法对甘蓝型油菜CAX家族成员的基因拷... CAXs(Cation/H+ exchanger antiporter)是一类重要的阳离子跨膜转运蛋白,在调控植物Ca2+平衡,参与转运金属离子Cd2+和Mn2+中发挥了重要作用,但在甘蓝型油菜中尚缺乏系统研究。本文利用生物信息学的方法对甘蓝型油菜CAX家族成员的基因拷贝数、系统进化、进化选择压力、分子特征、保守基序、染色体定位、基因结构及其启动子区域所能结合的顺式作用元件进行了预测和分析;同时采用荧光定量PCR分析了甘蓝型油菜BnaCAXs的组织表达模式及其对Cd2+胁迫的响应。结果表明,甘蓝型油菜CAX家族共包含17个成员,系统进化分析结果表明BnaCAXs与拟南芥进化相似,并且明显地分为5个亚家族。BnaCAXs家族所有基因成员的Ka/Ks值均小于0.3,受到强烈的纯化选择作用。大部分BnaCAXs均属于稳定的疏水蛋白,并包含8~11个跨膜结构域。基因结构差异明显,内含子数目从6~11不等,并且Dof、MYB以及W-BOX是其启动子上丰度较大的顺式作用元件,可能参与到BnaCAX抗逆过程的调控。荧光定量PCR结果表明,甘蓝型油菜CAX基因主要在地下部表达;BnaC4.CAX1-2和BnaC3.CAX2-2是该家族的核心基因,并受到Cd2+胁迫的显著诱导。 展开更多
关键词 CAX(Cation/H+ EXCHANGER antiporter) 甘蓝型油菜 镉胁迫 生物信息学
导师定制的个性化生物信息学课程教学研究 预览
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作者 徐鑫 《安徽农业科学》 CAS 2019年第15期274-275,277共3页
生物信息学是生命科学领域重要的研究工具,但在非生物信息学专业研究生的课程教学中存在实用性等方面的问题。针对上述问题,开展了导师定制的个性化生物信息学课程教学,有效提高了生物信息学的教学质量,能更好地为研究生后继的课题研究... 生物信息学是生命科学领域重要的研究工具,但在非生物信息学专业研究生的课程教学中存在实用性等方面的问题。针对上述问题,开展了导师定制的个性化生物信息学课程教学,有效提高了生物信息学的教学质量,能更好地为研究生后继的课题研究及论文写作发表服务,适用于农林、医药等相关生命科学领域。 展开更多
关键词 导师定制 生物信息学 研究生课程教学
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陆地棉GRF基因家族的鉴定和生物信息学分析
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作者 张书芹 乐愉 武斐 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3817-3824,共8页
为了揭示陆地棉生长调控因子(growth-regulating factors, GRF)家族的功能,本研究利用全基因组信息在陆地棉基因组中鉴定了 33个GRF蛋白,并对这些家族成员进行了保守结构域分析、蛋白的基本理化性质分析、进化分析、基因的结构分析、染... 为了揭示陆地棉生长调控因子(growth-regulating factors, GRF)家族的功能,本研究利用全基因组信息在陆地棉基因组中鉴定了 33个GRF蛋白,并对这些家族成员进行了保守结构域分析、蛋白的基本理化性质分析、进化分析、基因的结构分析、染色体定位、保守基序分析和组织表达模式分析。研究表明,陆地棉GRF均含有QLQ和WRC 2个保守结构域,系统进化分为4个亚家族,基因定位在19条染色体上,基因上有2~19个蛋白编码区域,大多数的基因在柱头、子房和20 d的种子中高量表达。本研究弄清了棉花GRF家族的基本信息,为进一步研究棉花GRF家族成员的功能提供了理论指导。 展开更多
关键词 陆地棉(Gossypium hirsutum) 生长调控因子(GRF) 生物信息学
口腔鳞状细胞癌淋巴转移关键基因的筛选与鉴定
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作者 陈英 罗丽 +1 位作者 钟雅静 曾钦 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1149-1155,共7页
目的筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)发生淋巴转移的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载OSCC表达谱芯片GSE2280,利用在线工具GEO2R对表达差异... 目的筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)发生淋巴转移的关键基因,并对其进行生物信息学分析及鉴定。方法从基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载OSCC表达谱芯片GSE2280,利用在线工具GEO2R对表达差异基因(differentially expressed genes,DEGs)进行筛选。基于DAVID数据库对DEGs进行GO分析及KEGG通路分析,运用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白相互作用网络。使用CytoHubba插件鉴定枢纽基因,并使用肿瘤基因图谱数据库(the cancer genome atlas,TCGA)在口腔肿瘤病例中进行枢纽基因突变的生存分析比较。结果在OSCC发生淋巴转移与未发生淋巴转移的患者中共筛选出131个DEGs,其中74个上调基因,57个下调基因。上调基因GO功能主要富集在消化降解(GO:0007586)、中间丝细胞骨架(GO:0045111)、受损的DNA结合(GO:0003684),主要参与胰腺分泌(hsa04972)和代谢途径(hsa01100),下调基因GO功能富集在细胞外基质组成(GO:0030198)、胶原三聚体(GO:0005581)和细胞外基质结构成分(GO:0005201),主要参与细胞外基质受体相互作用(hsa04512)及蛋白质消化吸收(hsa04974)。关键的枢纽基因包括:DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN。枢纽基因分析结果显示:TP63突变的患者出现生存率降低的趋势(P=0.717),VCAN突变的患者呈现生存率升高的趋势(P=0.568),但生存率差异均无统计学意义。结论 DHCR24、ALDH3A1、COL5A1、HSPG2、APOE、TP63、VCAN关键基因在OSCC淋巴转移中具有潜在的基础和临床研究价值。 展开更多
关键词 口腔鳞状细胞癌 淋巴转移 差异表达基因 生物信息学
乳腺导管原位癌浸润性进展相关基因的生物信息学研究 预览
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作者 周军 麻怀露 +2 位作者 丁晓飞 梁勇 陈光 《浙江医学》 CAS 2019年第12期1249-1252,I0007共5页
目的筛选介导乳腺导管原位癌(DCIS)浸润性进展的相关基因。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片(GEO)数据库下载含正常乳腺(NC)、DCIS和微小浸润乳腺癌(IBC)这3种类型样本的基因芯片;使用R软件包limma分析IBC与DCIS、DCIS... 目的筛选介导乳腺导管原位癌(DCIS)浸润性进展的相关基因。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)公共基因芯片(GEO)数据库下载含正常乳腺(NC)、DCIS和微小浸润乳腺癌(IBC)这3种类型样本的基因芯片;使用R软件包limma分析IBC与DCIS、DCIS与NC之间的差异表达基因;使用STEM软件对上述两组差异表达基因进行趋势分析,筛选出随着NC-DCISIBC的趋势表达水平逐渐变化的基因;对筛选出的差异表达的基因进行KEGG信号通路富集分析。结果通过对差异基因的趋势分析,筛选出12个随着NC-DCIS-IBC的趋势表达显著下调的基因,以及10个显著上调的基因,其中运动神经元和胰腺同源盒1(MNX1)、基质金属蛋白酶1(MMP-1)可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因。信号通路富集分析结果显示,磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)、黏附和细胞外基质/受体相互作用3个信号通路分子异常在DCIS发生及浸润性进展中均存在显著异常调控。结论MNX1、MMP-1可能为介导DCIS浸润性进展的相关基因,PI3K/AKT信号通路可能参与介导MNX1/MMP-1促进DCIS浸润性进展。 展开更多
关键词 乳腺癌 乳腺导管原位癌 浸润性癌 生物信息分析
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拟南芥微管结合蛋白MAP70-4的生物信息学分析 预览
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作者 吕毅 商澎 《科技通报》 2019年第8期59-63,共5页
微管结合蛋白对微管蛋白的结构及功能至关重要。为能较全面地揭示拟南芥微管结合蛋白MAP70-4的结构和功能,利用生物信息学方法对该蛋白的理化性质、亲水/疏水性,信号肽,跨膜区域,磷酸化位点,卷曲螺旋结构,蛋白质二级、三级结构,亚细胞定... 微管结合蛋白对微管蛋白的结构及功能至关重要。为能较全面地揭示拟南芥微管结合蛋白MAP70-4的结构和功能,利用生物信息学方法对该蛋白的理化性质、亲水/疏水性,信号肽,跨膜区域,磷酸化位点,卷曲螺旋结构,蛋白质二级、三级结构,亚细胞定位,表达模式,分子功能及其参与的生物学功能,以及与其它蛋白的相互作用关系进行了预测分析。结果显示,拟南芥MAP70-4蛋白是一种无信号肽,不含跨膜螺旋区域的不稳定蛋白质,属于碱性、亲水性蛋白质,翻译后会产生磷酸化修饰,该蛋白二级结构含有11个α螺旋区和5个β折叠,以及7个卷曲螺旋结构。亚细胞定位显示该蛋白主要分布在细胞质中,具有促进微管结合等功能,和其有相互作用关系的蛋白可能与叶绿体生命活动及胚胎、种子发育有关。从表达模式上看,该蛋白主要在花、果实、叶片中大量表达,根中有少量表达。通过对拟南芥微管结合蛋白MAP70-4进行系统性预测分析,可为下一步对该蛋白功能的深入研究提供理论基础和借鉴。 展开更多
关键词 拟南芥 微管结合蛋白 MAP70-4 生物信息学 蛋白质结构和功能预测
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软枣猕猴ICE1基因克隆与生物信息学分析
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作者 张庆田 范书田 +2 位作者 李昌禹 艾军 秦红艳 《生物技术》 CAS 2019年第3期210-214,230共6页
[目的]为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础。[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因。[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸。... [目的]为研究软枣猕猴桃ICE1基因的生物学功能及抗寒分子机制奠定基础。[方法]以4℃低温处理24 h的软枣猕猴桃(Actinidia arguta Planch) c DNA为模板,通过反转录PCR技术克隆ICE1基因。[结果]该基因c DNA长1524 bp,可编码507个氨基酸。生物信息学分析显示ICE1基因是编码MYC2型的b HLH转录因子,编码蛋白是定位于细胞核的非跨膜亲水蛋白。推导的氨基酸序列与中华猕猴桃(Actinidia chinensis var. chinensis)和山葡萄(Vitis amurensis) ICE1存在着较高的同源性。[结论]成功克隆到软枣猕猴桃抗寒转录因子命名为AaICE1。 展开更多
关键词 软枣猕猴桃 转录因子 基因克隆 生物信息学
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