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锤胁跷蝽触角转录组分析
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作者 宋月芹 孙会忠 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期545-550,共6页
为了获得锤胁跷蝽(Yemma signatus Hsiao)触角基因信息,本研究使用Illumina HiSeq TM 4 000高通量测序技术对锤胁跷蝽成虫触角进行转录组测序和生物学信息分析。共获得61 080 938条clean reads,包括9.16 G (GenBank登录号:SRR3348966)... 为了获得锤胁跷蝽(Yemma signatus Hsiao)触角基因信息,本研究使用Illumina HiSeq TM 4 000高通量测序技术对锤胁跷蝽成虫触角进行转录组测序和生物学信息分析。共获得61 080 938条clean reads,包括9.16 G (GenBank登录号:SRR3348966)。拼接115 491条unigenes,平均长度为578 bp,N50为863 bp。在7大数据库中注释到46 224条unigenes,其中在NR数据库中注释的基因最多,为32 842 (28.43%)条,与内华达古白蚁(Zootermopsis nevadensis)相似度最高(9.0%)。转录组数据分析鉴定出125个与嗅觉相关的基因,其中66个嗅觉受体、11个味觉受体、1个离子型受体、3个感觉神经元膜蛋白、30个气味结合蛋白和14个化学感受蛋白基因。本研究首次获得锤胁跷蝽触角转录组数据,并鉴定出嗅觉相关基因,本研究为今后利用嗅觉基因靶标防治害虫提供了分子生物学信息数据。 展开更多
关键词 锤胁跷蝽 触角转录组 高通量测序 基因注释 嗅觉相关基因
云斑天牛成虫触角转录组及嗅觉相关基因分析
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作者 胡佳萌 徐丹萍 +3 位作者 卓志航 杨伟 杨桦 郑奕然 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1037-1047,共11页
【目的】 建立云斑天牛Batocera horsfieldi (Hope)成虫触角转录组数据库,深入挖掘云斑天牛的基因数据信息。【方法】 采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)对云斑天牛成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】 云斑... 【目的】 建立云斑天牛Batocera horsfieldi (Hope)成虫触角转录组数据库,深入挖掘云斑天牛的基因数据信息。【方法】 采用高通量测序平台(Illumina HiSeq)对云斑天牛成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】 云斑天牛成虫触角转录组共获得137 485条Transcript序列和69 214条Unigene序列;其中,Transcript序列平均长度1 142 bp,Unigene序列平均长度1 983 bp。将Unigene分别比对到NR、NT、SwissProt、KO、PFAM、GO、KOG数据库进行基因功能注释,NR注释41 636条,NT注释14 895条,KO注释19 287条,SwissProt注释33 442条,PFAM注释34 687条,GO注释35 321条,KOG注释20 582条。NR注释表明,72.0%的云斑天牛Unigene与赤拟谷盗Tribolium castaneum和中欧山松大小蠹Dendroctonus ponderosae具有相似性。基因功能注释分类表明,云斑天牛成虫触角转录组在GO数据库三大类中包含5个最主要功能,分别是细胞过程、代谢过程、单有机体过程、结合和催化活性,分别占20 912、19 086、17 202、21 477和15 823条Unigenes;云斑天牛转录组在KOG数据库26个功能目录共注释20 585条Unigenes,其中,翻译后修饰、蛋白质转换和伴侣共有1 977条,一般功能预测3 285条(最多),信号传导机制3 053条,合计8 315条占全部Unigenes 40.39%;总共19 287条Unigenes分至5个KEGG功能类别,其中细胞过程6 793条,环境信息处理6 255条,遗传信息处理3 038条,代谢3 852条,有机系统3 508条。进一步基因功能注释分析筛选得到161个嗅觉相关基因,包含96个气味结合蛋白(Odorant binding protein,OBP),34个化学感受蛋白(Chemosensory protein,CSP)和31个气味受体(Odorant receptor,OR)。【结论】 本研究获得了云斑天牛成虫触角转录组数据库,为进一步研究云斑天牛的基因功能分析及嗅觉感受机制奠定了分子基础。 展开更多
关键词 云斑天牛 触角转录组 嗅觉相关基因 基因组注释 高通量测序
绿豆象触角转录组及嗅觉相关基因的分析 预览 被引量:2
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作者 郑海霞 张耀文 +1 位作者 张仙红 杨美红 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期168-177,共10页
【目的】建立绿豆象Callosobruchus chinensis触角转录组数据库,挖掘绿豆象的基因数据。【方法】采用高通量测序平台(Illumina Hiseq)对绿豆象成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】共获得51.10Gb的cleandata... 【目的】建立绿豆象Callosobruchus chinensis触角转录组数据库,挖掘绿豆象的基因数据。【方法】采用高通量测序平台(Illumina Hiseq)对绿豆象成虫触角进行转录组测序、序列组装及生物信息学分析。【结果】共获得51.10Gb的cleandata(NCBISRA数据库登录号:SRPll9884)及83535条unigenes,长度在1kb以上的unigenes有15075条,unigenes的N50为1492bp。使用BIAST软件将绿豆象触角Unigene序列与公共数据库比对,共注释到22148条unigenes,其中NR数据库注释的unigenes最多,为18744条,且与赤拟谷盗Triboliumcastaneum的相似基因最多,达39.57%。通过GO数据库注释,将unigenes功能分为细胞组分、分子功能与生物学过程三大类54个分支,其中参与代谢进程以及结合与催化活性的unigenes比例较大。KEGG代谢途径分析表明,9084条unigenes形成289条代谢通路,其中核糖体代谢通路所含unigene最多,为516条。进一步基因注释分析筛选到140个嗅觉相关基因,包括12个气味结合蛋白(odorant binding protein,OBP)基因,4个化学感受蛋白(ehemosensory protein,CSP)基因,116个气味受体(odorantreceptor,Or)基因,1个离子型受体(ionotropicreceptor,IR)基因和7个感觉神经元膜蛋白(sensory neuron membrane protein,SNMP)基因,并用FPKM值对基因表达量进行评估。【结论】本研究获得了绿豆象触角转录组数据,为进一步研究绿豆象的基因功能分析及嗅觉感受机制奠定分子基础。 展开更多
关键词 绿豆象 触角转录组 高通量测序 基因注释 嗅觉相关基因
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悬铃木方翅网蝽触角气味结合蛋白基因鉴定 预览
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作者 杨海博 胡镇杰 +2 位作者 李定旭 朱品红 董钧锋 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期1121-1131,共11页
【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq TM 4000高通量测... 【目的】悬铃木方翅网蝽Corythucha ciliata是专性危害悬铃木属Platanus植物的外来入侵害虫,本研究旨在获得该害虫触角中气味结合蛋白(OBPs)基因信息,以期寻求有效控制害虫的嗅觉分子靶标。【方法】利用Illumina HiSeq TM 4000高通量测序技术对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角进行转录组测序并对测序结果进行生物信息学分析;通过实时荧光定量PCR(qPCR)方法,分析OBP基因在悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角中的表达模式。【结果】对悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角6个样品的转录组测序,共获得40.87 Gb clean reads,各样品的序列长度均达到6.31 Gb。转录组数据分析共鉴定出26个推测的悬铃木方翅网蝽OBP基因,其编码蛋白中24个(CcilOBP1-24)属于Classic OBPs,CcilOBP25/26属于Plus-C OBPs;与半翅目其他昆虫相关OBPs系统发育分析表明,大部分CcilOBPs形成独立一簇,少数与其他半翅目昆虫OBPs直系同源。qPCR分析显示,有11个OBP基因在雌雄成虫触角中表达量差异显著,其中有9个OBP基因(CcilOBP 5/6/9/10/17/18/21/24/25)在雄成虫触角中显著高表达,有2个OBP基因(CcilOBP 14/16)在雌成虫触角中显著高表达。【结论】本研究获得了悬铃木方翅网蝽成虫触角气味结合蛋白基因信息,研究结果为生物控制该害虫提供了重要基础数据和候选分子靶标。 展开更多
关键词 悬铃木方翅网蝽 触角转录组 高通量测序 气味结合蛋白 实时荧光定量PCR
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灭字脊虎天牛触角转录组中气味结合蛋白基因的鉴定及表达谱分析 预览 被引量:1
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作者 吉帅帅 庄翔麟 刘乃勇 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期193-202,共10页
【目的】发掘灭字脊虎天牛(XylotrechusquadripesChevrolat)成虫触角中的OBP基因,明确OBP基因在成虫不同组织的表达情况.【方法】采用IlluminaHiSeqTM2000测序平台对灭字脊虎天牛的触角进行转录组测序,利用BLAST同源搜索的方法鉴定OB... 【目的】发掘灭字脊虎天牛(XylotrechusquadripesChevrolat)成虫触角中的OBP基因,明确OBP基因在成虫不同组织的表达情况.【方法】采用IlluminaHiSeqTM2000测序平台对灭字脊虎天牛的触角进行转录组测序,利用BLAST同源搜索的方法鉴定OBP基因,采用RT-PCR技术研究OBP基因的表达谱.【结果】从灭字脊虎天牛的触角转录组中共鉴定到24个OBP基因,所有OBP基因均具有全长开放阅读框(123-180个氨基酸)和信号肽序列(16-23个氨基酸).多序列比对结果表明,不同OBP间一致性较低,其平均值为19.4%.序列比对和进化树分析结果表明,9个OBP具有6个保守的半胱氨酸,属于ClassicOBPs家族;15个OBP具有4个保守的半胱氨酸,属于Minus-COBPs家族.RT-PCR结果表明,XquaOBP4、OBP8、OBP18和OBP21在触角特异表达;XquaOBP2、OBP3、OBP7和OBP20在触角高表达,另外在其他组织中也有表达;其他OBPs基因在检测的两个或多个组织中均有不同程度的表达.【结论】从灭字脊虎天牛触角转录组中共鉴定得到24个OBP基因,其中部分基因在触角特异或高表达,很可能参与嗅觉功能;部分基因在非嗅觉组织中有表达,很可能具有非嗅觉功能. 展开更多
关键词 灭字脊虎天牛 触角转录组 气味结合蛋白 表达谱
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悬铃木方翅网蝽触角转录组及嗅觉相关基因分析
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作者 杨海博 胡镇杰 +2 位作者 李定旭 朱品红 董钧锋 《农业生物技术学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2109-2120,共12页
悬铃木方翅网蝽(Corythucha ciliata)是专一性危害悬铃木(Platanus acerifolia)的重要害虫。本研究的目的是建立悬铃木方翅网蝽成虫触角转录组数据库,获得与嗅觉相关的基因信息。以悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角为材料,利用高通量测序平台... 悬铃木方翅网蝽(Corythucha ciliata)是专一性危害悬铃木(Platanus acerifolia)的重要害虫。本研究的目的是建立悬铃木方翅网蝽成虫触角转录组数据库,获得与嗅觉相关的基因信息。以悬铃木方翅网蝽雌雄成虫触角为材料,利用高通量测序平台Illumina HiSeqTM4000进行转录组测序,并进行生物信息学分析。得到平均长度为1 036 bp,N50为1 809 bp,共65 943条单基因簇(Unigenes)。通过同源性比对,成功注释16 600条Unigenes,其中,在NCBI蛋白数据库(NCBI Non-redundant Protein Sequences, Nr)注释的Unigenes与内华达古白蚁(Zootermopsis nevadensis)Unigenes的相似基因序列最多,为14.40%。与基因本体数据库(Gene Ontology, GO)比对发现,6 435条Unigenes,根据其功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物过程3大类52亚类,与代谢进程、细胞进程、催化活性和结合相关的Unigenes较多。基因表达分析发现,一共得到1 116个差异表达基因,其中有1 096个基因上调,有20个基因下调。京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)富集分析表明,6 309条Unigenes归属于255个通路,有346个差异表达基因,参与碳代谢的基因最多(20个)。进一步筛选获得194个嗅觉相关基因,包括77个气味受体基因(odorant receptor, OR),64个气味降解酶基因(odorant degrading enzyme, ODE),26个气味结合蛋白基因(odorant binding protein, OBP),11个离子型受体基因(ionotropic receptor, IR),14个化学感受蛋白基因(chemosensory protein, CSP)和2个感觉神经元膜蛋白基因(sensory neuron membrane protein, SNMP),并用FPKM (fragments per kilobase per million reads)值对基因表达量进行评估。本研究初步阐明悬铃木方翅网蝽成虫触角转录组的整体表达模式,为进一步研究悬铃木方翅网蝽嗅觉调控机理提供了资料基础。 展开更多
关键词 悬铃木方翅网蝽 触角转录组 高通量测序 基因注释 嗅觉基因
点蜂缘蝽触角转录组及化学感受相关基因的分析 预览 被引量:3
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作者 宋月芹 董钧锋 +2 位作者 陈庆霄 胡振杰 孙会忠 《昆虫学报》 CSCD 北大核心 2017年第10期1120-1128,共9页
【目的】点蜂缘蝽Riptortus pedestris主要为害豆科作物,成虫和若虫刺吸汁液,造成严重损失,目前对该虫的研究较少,基因信息缺乏。本研究旨在获得点蜂缘蝽的触角转录组数据,开发基于嗅觉防治害虫的新方法。【方法】利用Illumina HiS... 【目的】点蜂缘蝽Riptortus pedestris主要为害豆科作物,成虫和若虫刺吸汁液,造成严重损失,目前对该虫的研究较少,基因信息缺乏。本研究旨在获得点蜂缘蝽的触角转录组数据,开发基于嗅觉防治害虫的新方法。【方法】利用Illumina HiSeqTM 4000高通量测序技术测定了点蜂缘蝽成虫触角转录组,并进行了生物学信息分析。【结果】共获得45 802 812条clean reads,包括6.87 Gb(GenBank登录号: SRR4429103)。拼接92 259条unigenes,平均长度为618 bp,N50为1 013 bp。在7大数据库中注释到21 365条unigenes。通过进一步转录组数据分析,我们鉴定出219个点蜂缘蝽化学感受相关基因,包括188个嗅觉受体、6个味觉受体、2个离子型受体、4个感觉神经元膜蛋白、8个气味结合蛋白和11个化学感受蛋白。氨基酸序列分析发现,RpedOBP1和RpedOBP2在第6个保守的半胱氨酸后又多了3个保守的半胱氨酸位点,属于加Plus-C气味结合蛋白家族。【结论】本研究获得了点蜂缘蝽触角转录组数据,并鉴定出嗅觉相关基因,结果为今后利用嗅觉基因靶标防治点蜂缘蝽提供了重要的分子生物学信息数据。 展开更多
关键词 点蜂缘蝽 触角转录组 高通量测序 基因注释 化学感受相关基因
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