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2015-2018年上海市普陀区手足口病病原谱及柯萨奇病毒基因特征分析 认领
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作者 李晓君 唐海丰 +2 位作者 何鑫 胡焰 顾文超 《国际病毒学杂志》 2020年第1期57-60,共4页
目的研究2015—2018年上海市普陀区手足口病病原谱,并对鉴定为柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)的VP1基因特征进行分析,以掌握本地区CVA6的分子流行病学特征。方法采用实时荧光定量PCR法对收集的标本进行肠道病毒通用基因和分型... 目的研究2015—2018年上海市普陀区手足口病病原谱,并对鉴定为柯萨奇病毒A6型(coxsackievirus A6,CVA6)的VP1基因特征进行分析,以掌握本地区CVA6的分子流行病学特征。方法采用实时荧光定量PCR法对收集的标本进行肠道病毒通用基因和分型基因检测,对鉴定为CVA6型病毒进行VP1基因测序并分析。结果2015—2018年共检测943份手足口标本,肠道病毒通用基因阳性522份(55.36%),其中CVA6阳性332份(63.60%),柯萨奇病毒A16型(coxsackievirus A16,CVA16)阳性110份(21.07%),肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)阳性56份(10.73%),柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)阳性11份(2.11%),其他肠道病毒13份(2.49%)。20株CVA6型病毒的VP1基因之间核苷酸同源性为92.9%~100.0%,氨基酸同源性为98.4%~100.0%,都属于D3亚型。结论2015—2018年上海市普陀地区引起手足口病的病原体主要有CVA6、CVA16、EV71和CVA10,CVA6已成为上海市普陀地区手足口病的主要病原体,其中优势基因型为D3亚型。 展开更多
关键词 手足口病 病原谱 CVA6 VP1基因
脑心肌炎病毒VP1基因的克隆与原核表达 预览 认领
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作者 阮峥 王彤彤 +3 位作者 常心雨 于璐 李焕荣 贾红 《北京农学院学报》 2020年第1期95-98,共4页
【目的】为获得重组脑心肌炎病毒VP1蛋白。【方法】利用RT-PCR方法对脑心肌炎病毒的VP1基因进行特异性扩增,并在pEASY-Blunt Zero载体中进行克隆。测序正确后,用Nde I和Hind III对重组质粒进行双酶切,将目的片段连接入原核表达载体pET-3... 【目的】为获得重组脑心肌炎病毒VP1蛋白。【方法】利用RT-PCR方法对脑心肌炎病毒的VP1基因进行特异性扩增,并在pEASY-Blunt Zero载体中进行克隆。测序正确后,用Nde I和Hind III对重组质粒进行双酶切,将目的片段连接入原核表达载体pET-30a,提取质粒pET-30a-VP1,将质粒转化进大肠杆菌BL21(DE3)中,IPTG诱导表达和纯化。【结果】重组的结构蛋白VP1以包涵体的形式存在,纯化后获得的重组蛋白,SDS-PAGE和Western blotting双重鉴定,均在31.5kD处出现条带,说明纯化后的蛋白为重组蛋白pET-30a-VP1。【结论】以原核系统成功表达脑心肌炎病毒VP1蛋白,进一步为犬的脑心肌炎病毒的血清学检测奠定基础。 展开更多
关键词 脑心肌炎病毒 VP1基因 克隆 原核表达
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基因C型鸭甲肝病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析 认领
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作者 李娇 祖立闯 孟凡生 《中国家禽》 北大核心 2020年第3期106-109,共4页
为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物... 为确定发病鸭场的致病原,并掌握该致病原的遗传进化特征,进行了临床病料的RT-PCR检测、病毒分离与鸭胚病变特征观察、分离毒株半数致死量(ELD50)测定、动物回归试验、VP1基因序列分析等研究。结果显示:临床病料样品经DHAV-C特异性引物检测为阳性,病料样品可引起10日龄鸭胚规律性死亡以及肝脏肿大、出血等特征性病变,分离毒株对鸭胚的ELD50为10^-6.32/0.1mL,分离毒株对雏鸭的致死率达100%,并可引起雏鸭精神沉郁、运动障碍、肝脏肿大出血等典型症状,分离毒株VP1基因序列与GenBank中登录的DHAV-C VP1基因的同源性在96.5%~100%之间,遗传进化关系中分离毒株与DHAV-C各毒株处于同一个分支,而与DHAV-A、DHAV-B处于不同分支。试验结果为研制针对DHAV-C流行毒株的诊断试剂和新型疫苗奠定了基础。 展开更多
关键词 基因C型鸭甲肝病毒 分离鉴定 VP1基因 序列分析
塞内卡病毒A VP1基因原核表达及蛋白纯化 预览 认领
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作者 贺大芳 邱文英 +2 位作者 陈奕帆 邹瑶 王德 《养猪》 2020年第1期98-101,共4页
试验以猪塞内卡病毒A(SVA)VP1基因为研究对象,利用基因重组技术构建原核表达载体pET-28a(+)-VP1。重组质粒转化E. coli BL21(DE3)后经1 mmol/L异丙基β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)在37℃条件下诱导6 h,后经15%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺(SDS-... 试验以猪塞内卡病毒A(SVA)VP1基因为研究对象,利用基因重组技术构建原核表达载体pET-28a(+)-VP1。重组质粒转化E. coli BL21(DE3)后经1 mmol/L异丙基β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)在37℃条件下诱导6 h,后经15%十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺(SDS-PAGE)凝胶电泳进行检测。结果:SVAVP1基因能在BL21(DE3)中成功表达,融合蛋白相对分子质量约36 kDa;表达的融合蛋白以可溶性蛋白和包涵体两种形式存在,以包涵体为主要存在形式。以上研究结果为后续SVAVP1蛋白的免疫原性的研究及塞内卡病毒病抗体ELISA方法的建立奠定了基础。 展开更多
关键词 塞内卡病毒 VP1基因 原核表达 蛋白纯化
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2018年云南省6地州(市)手足口病病原检测及柯萨奇病毒A6型的基因特征分析 认领
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作者 张勇 伏晓庆 +5 位作者 田炳均 徐闻 姜黎黎 寸建萍 周晓芳 向以斌 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期885-891,共7页
目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒... 目的对2018年云南省6个地州(市)510份手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例粪便标本进行基因检测并对柯萨奇病毒A6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)完整VP1区基因特征进行分析。方法用病毒RNA提取试剂盒从粪便标本中直接提取病毒RNA,用MD91/OL68-1引物对病毒VP4区基因进行RT-PCR和测序,确定病毒型别,再用相关引物扩增肠道病毒VP1区全序并测序;按参考文献下载基因库中CV-A6病毒完整VP1区基因参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株的核苷酸和氨基酸差异率,并构建系统进化树,进行基因特征和分子流行病学分析。结果从510份标本中获得57份标本的VP4和VP1区基因,核酸检测阳性率为11.17%(57/510),其中CV-A643份,阳性率为8.43%(43/510),CV-A106份,阳性率为1.17%(6/510),EV-A712份,阳性率为0.39%(2/510),CV-A92份,阳性率为0.39%(2/510),另外检测到CV-A4、CV-A5、CV-B1和E11各1株,阳性率均为0.19%(1/510)。基因进化分析表明,云南43株CV-A6均为基因型D的D3亚型。结论510份标本中,CV-A6的检出率最高(8.43%),占阳性数的75.44%(43/57),CV-A10检出率为1.17%(6/510),EV-A71的检出率为0.39%(2/510),2018年云南省发生了以CV-A6为主的HFMD大暴发。基因特征分析表明,跟往年全国的情况一样,云南省2018年暴发的CV-A6为D3基因亚型。 展开更多
关键词 手足口病 病原体 柯萨奇病毒A6型 VP4基因 VP1基因 基因特征分析
1株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子使用偏性分析 预览 认领
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作者 殷茵 闫艳新 +2 位作者 张灿 任慧英 刘文华 《青岛农业大学学报:自然科学版》 2019年第1期45-50,共6页
为了解临床分离的1株3型鸭甲肝病毒的结构蛋白VP1和VP3基因的密码子使用特性,本文对该毒株的VP1和VP3基因与从NCBI下载的同源性较高的3型鸭甲肝病毒进行了密码子偏性分析。结果表明,该毒株的VP1和VP3与所比对的5株3型鸭甲肝病毒VP1和VP... 为了解临床分离的1株3型鸭甲肝病毒的结构蛋白VP1和VP3基因的密码子使用特性,本文对该毒株的VP1和VP3基因与从NCBI下载的同源性较高的3型鸭甲肝病毒进行了密码子偏性分析。结果表明,该毒株的VP1和VP3与所比对的5株3型鸭甲肝病毒VP1和VP3基因密码子使用模式基本一致,分别确定了12种和13种高频密码子,且偏爱以A或U结尾。通过6株3型鸭甲肝病毒的VP1和VP3基因的密码子偏性比较和聚类分析发现,其中4株分类地位相近。 展开更多
关键词 3型鸭甲肝病毒 VP1基因 VP3基因 密码子偏性
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云南省柯萨奇病毒B2型VP1区3′端序列的基因特征分析 认领
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作者 周永明 徐闻 +5 位作者 付晓庆 向以斌 周晓芳 寸建萍 姜黎黎 田炳均 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期492-498,共7页
目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足... 目的对云南省柯萨奇病毒B组2型(coxsackievirus B2,CV-B2)不同时间分离的15株病毒VP1区3′端编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2005—2006年从急性迟缓性麻痹(acute flaccid paralysis,AFP)病例、2013年从健康儿童和2014年从手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中分离到的15株CV-B2的VP1区3′端进行基因扩增和测序;根据文献从GenBank下载CV-B2VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.2软件计算不同毒株间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1区3′端编码序列基因特征和分子流行病学分析。结果2005年云南省从232例AFP病例中分离到1株CV-B2,2006年从240例AFP病例中分离到1株CV-B2,2013年从400名健康儿童中分离到12株CV-B2,2014年从500例HFMD病例中分离到1株CV-B2。对15株CV-B2基因特征分析表明,CV-B2可分为5个基因型。基因型1(genotype1)由原型株(prototype)Ohio-1和1988年中国台湾分离株01-1组成;基因型2由2006、2007和2010年法国株组成;基因型3由云南株、山东株、河南株、福建株和中国台湾株组成;基因型4由俄罗斯分离株、云南2005及2006年AFP分离株和印度株组成;基因型5由中国台湾分离株、山东株和澳大利亚新南威尔士株组成。CV-B2的基因型分布具有地理多样性的特点。结论云南省从健康儿童中分离的12株和从HFMD病例中分离到的1株CV-B2为基因型3,从AFP病例中分离到的2株CV-B2为基因型4。健康儿童分离株与HFMD分离株之间的nt差异率仅为0.76%,aa差异率仅为0.03%,它们具有同一进化来源。而健康儿童分离株、HFMD分离株(基因型3)与2005年、2006年两株AFP分离株(基因型4)的nt差异率为15.11%和15.25%,aa差异率为2.76%和2.72%。CV-B2与AFP和HFMD的致病关系值得深入研究。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒B2型 VP1基因 基因特征分析
云南省2010—2013年病毒性脑膜炎病例中埃可病毒30型的VP1基因特征分析 认领
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作者 何丽芳 李徽 +3 位作者 李凯 赵智娴 丁峥嵘 田炳均 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期158-162,共5页
目的对云南省2010—2013年病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)病例中分离到的9株埃可病毒30型(echovirus 30, E-30)VP1编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2010—2013年VM病例中分离到的9株E-30病毒的VP1区进行基因扩增和测序;从Gen... 目的对云南省2010—2013年病毒性脑膜炎(viral meningitis,VM)病例中分离到的9株埃可病毒30型(echovirus 30, E-30)VP1编码序列基因特征进行分析。方法对云南省2010—2013年VM病例中分离到的9株E-30病毒的VP1区进行基因扩增和测序;从GenBank下载E-30病毒参考株(reference)和原型株(prototype)VP1编码序列作为参考序列,用MEGA5.1软件计算9株病毒之间及它们与原型株和参考株之间的核苷酸(nucleotide,nt)和氨基酸(amino acid,aa)差异率,并构建系统进化树,进行VP1编码序列基因特征和分子流行病学分析。结果2010—2013年云南省从553例VM病例中共分离到79份肠道病毒(enterovirus,EV),其中E-30病毒9株,占11.39%(9/79),E-30的阳性检出率为1.63%(9/553)。基因特征分析表明,E-30病毒可分为A、B、C、D基因型(genotype),D基因型又分为7个亚型,本次云南的E-30病毒分离株均为D7基因亚型(sub-genotype D7), 9株病毒分布在3个不同的进化分支中。其中,5株2010年7月下旬分离到的病毒形成1个单独的进化分支,结合流行病学分析,这些病毒株可确定为引起当年昆明市周边地区一起E-30 VM暴发流行的病因;2011年的1株E-30病毒和2013年分离株与2010年云南省边境健康儿童分离株共同形成了第2个进化分支,3株E-30病毒之间亲缘较近,具有同一进化来源,以上2个分支均为云南省特有的进化分支;2011年的另外2株病毒则和2003年中国山东、江苏、浙江省VM暴发流行时分离到的病毒形成了第3个进化分支,这些病毒株可能具有同一进化来源。结论本次云南的9株E-30病毒分离株均为D7基因亚型,但9株病毒具有不同的进化来源,可见不同时间E-30病毒的同一基因亚型进化分支可在不同地区间流行。 展开更多
关键词 埃可病毒30型 VP1基因 基因特征分析
灰飞虱内生病毒HiPV外壳蛋白VP1多克隆抗体的制备及在病毒检测中的应用 预览 认领
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作者 朴君 许春玲 +2 位作者 朴敬爱 周益军 李硕 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期823-829,共7页
【目的】前期发现水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)可与介体灰飞虱Laodelphax striatellus体内的HiPV病毒(Himetobi P virus,HiPV)互作。本研究旨在制备HiPV外壳蛋白VP1的多克隆抗体,并评估其在HiPV病毒检测中的可用性,以为深入研究... 【目的】前期发现水稻条纹病毒(rice stripe virus,RSV)可与介体灰飞虱Laodelphax striatellus体内的HiPV病毒(Himetobi P virus,HiPV)互作。本研究旨在制备HiPV外壳蛋白VP1的多克隆抗体,并评估其在HiPV病毒检测中的可用性,以为深入研究HiPV-RSV和HiPV-灰飞虱的互作机制提供技术支持。【方法】以RT-PCR方法从灰飞虱成虫体内扩增HiPV主要外壳蛋白基因VP 1,然后将VP 1基因亚克隆至原核表达载体pET-32a中,构建表达载体pET-VP 1。将重组质粒转化大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3),经IPTG诱导、Ni 2+-NTA亲和层析纯化,获得重组蛋白,免疫新西兰大白兔,制备抗体。【结果】从灰飞虱体内克隆到774 bp的HiPV外壳蛋白基因VP 1,经原核表达、纯化,获得分子量约47.5 kD的融合蛋白,免疫新西兰大白兔后获得VP1多克隆抗体。该抗体间接ELISA效价达1∶819 200,与HiPV外壳蛋白VP1有特异性反应,而与灰飞虱蛋白无交叉反应。利用该多克隆抗体建立了检测单头灰飞虱成虫体内HiPV的Western blot和免疫捕获RT-PCR方法,检测结果显示HiPV在携带和不携带RSV的灰飞虱高亲和性群体内均广泛存在。【结论】利用制备的HiPV的VP1多克隆抗体可特异性检测灰飞虱体内HiPV。本研究为HiPV病毒的快速检测以及HiPV-RSV互作、HiPV-灰飞虱互作研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 灰飞虱 HiPV病毒 VP1基因 原核表达 多克隆抗体 病毒检测
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四川地区一株猪塞内加谷病毒的分离鉴定及VP1基因的序列分析 预览 认领
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作者 陈瑛琪 蔡瑶 +6 位作者 龚双燕 李小璟 李雨濛 李幽幽 徐逸飞 徐志文 朱玲 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第6期1390-1396,共7页
猪塞内加谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一种新出现的小RNA病毒科病毒,感染该病毒的猪群,尤其是仔猪可能出现严重的病理症状甚至死亡。2015年之前,该病毒主要流行于美国、加拿大及巴西等地区,并于2015年3月传入中国[1],给养猪业带... 猪塞内加谷病毒(Seneca Valley virus,SVV)是一种新出现的小RNA病毒科病毒,感染该病毒的猪群,尤其是仔猪可能出现严重的病理症状甚至死亡。2015年之前,该病毒主要流行于美国、加拿大及巴西等地区,并于2015年3月传入中国[1],给养猪业带来了严重的经济损失。2018年2月,本实验室检测并收集了阳性病料,采用PK-15细胞对病料进行病毒分离,并通过观察细胞CPE(细胞病变效应)、RT-PCR扩增和VP1基因序列测定进行鉴定。结果显示,成功分离到四川地区第一株SVV并将其命名为CH-MS-2018。对VP1基因的扩增测序及序列分析结果表明,本次分离得到的CH-MS-2018株VP1基因与GenBank上分别于2015年分离的2株和2016年分离的3株美国株的亲缘关系较近,同源性为98.6%。而与最早分离的SVV原始株关系较远,仅为88.0%~89.8%。本研究结果为进一步探索四川地区SVV的生物学性质奠定了基础。 展开更多
关键词 猪塞内加谷病毒 分离 鉴定 VP1基因 序列分析
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泰安市2017-2018年柯萨奇病毒A4型分离株全基因组特征 认领
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作者 韦庆娟 刘建生 +3 位作者 李娟 姚雪 周宏 史卫峰 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期347-353,共7页
目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道... 目的分析2017—2018年泰安市柯萨奇病毒A4型(Coxsackievirus A4,CV-A4)分离株的基因组特征。方法收集2017—2018年到泰安市妇幼保健院就诊且临床表征为手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)特征的患儿咽拭子样本共60份,利用肠道病毒(enterovirus,EV)通用引物,经荧光定量PCR进行鉴定。核酸阳性样本进行高通量测序。通过Mega5.05、RaxML软件进行全基因组序列及VP1基因系统发育分析,并进行同源性及氨基酸突变位点分析。结果4条CV-A4全基因组序列,标本来自17~19月龄幼儿。系统进化分析表明,除了MG550920/AA/Henan/2016以外,包括4株泰安株以内的中国CV-A4毒株(97.2%)均位于Group 3分支。根据VP1基因可划分为4个基因型,98.5%的国内毒株均位于基因型D分支,4株泰安株位于基因型D2。值得注意的是,分离株A1/Taian同澳大利亚株(C179、C062)的全长序列及VP1基因进化关系均较近,且均与本实验室2016年烟台分离株YT184R高度同源。与CV-A4原型株High Point相比,4个泰安株在结构蛋白编码区即P1区共有18个位点发生氨基酸突变。结论4株泰安CV-A4分离株同国内多数CV-A4株的全基因组及VP1基因均位于同一进化分支,为近期国内流行株,与原型株相比其P1区发生了多个氨基酸变异,值得进一步研究。 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A4型 手足口病 VP1基因 系统进化分析
基于A型塞尼卡病毒结构蛋白VP1间接ELISA检测方法的建立及初步应用 预览 认领
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作者 赵月龙 闫若潜 +5 位作者 王淑娟 马震原 班付国 赵雪丽 谢彩华 杨朋霞 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期818-823,共6页
为建立A型塞尼卡病毒(SVA)血清学检测方法,本研究根据GenBank中SVA基因序列设计引物,PCR扩增其VP1基因,将目的片段克隆于p ET-32a(+)表达载体中,在大肠杆菌BL21(DE3+)中诱导表达。利用纯化的重组VP1 (rVP1)蛋白作为包被抗原,通过矩阵法... 为建立A型塞尼卡病毒(SVA)血清学检测方法,本研究根据GenBank中SVA基因序列设计引物,PCR扩增其VP1基因,将目的片段克隆于p ET-32a(+)表达载体中,在大肠杆菌BL21(DE3+)中诱导表达。利用纯化的重组VP1 (rVP1)蛋白作为包被抗原,通过矩阵法优化ELISA反应条件,初步建立了SVA的间接ELISA抗体检测方法。对该方法的特异性、敏感性和重复性进行检测;利用该方法对43份背景清晰的猪血清进行检测,并与中和试验结果进行比较;同时对205份临床猪血清样品进行检测。结果显示,本研究正确表达了约51.0 ku的可溶性重组蛋白,western blot试验表明纯化的r VP1蛋白具有良好的反应原性,以r VP1蛋白建立了间接ELISA方法。特异性试验结果显示该ELISA方法可以检测SVA抗体,而与FMDV (O/A/Asia I)、 PEDV、 PCV2、PRRSV、PRV等病原的抗血清均无交叉反应;敏感性试验结果显示样品经1∶800倍稀释后折OD450nm值仍大于临界值;批内、批间的重复性试验变异系数均小于10%,具有较好的重复性和稳定性。43份猪血清样品的检测结果与中和试验符合率为93.02%。205份临床猪血清样品的阳性检出率为5.37%。本研究为SVA血清学检测提供了技术手段。 展开更多
关键词 A型塞尼卡病毒 VP1基因 表达 间接ELISA
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广西猪细小病毒6型VP1基因序列进化分析 认领
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作者 尹柏双 赵翠青 +2 位作者 刘立明 沙万里 李国江 《畜牧与兽医》 北大核心 2019年第4期70-73,共4页
为研究广西地区是否存在猪细小病毒6型(PPV6)毒株流行,分析PPV6毒株遗传进化和分子特征,采用PCR技术对广西地区采集的猪组织样品进行PPV6基因片段检测。结果表明,广西地区猪群存在PPV6,感染率为36%(27/75),同时也存在着PPV6与猪圆环病毒... 为研究广西地区是否存在猪细小病毒6型(PPV6)毒株流行,分析PPV6毒株遗传进化和分子特征,采用PCR技术对广西地区采集的猪组织样品进行PPV6基因片段检测。结果表明,广西地区猪群存在PPV6,感染率为36%(27/75),同时也存在着PPV6与猪圆环病毒2型(PCV2)混合感染现象,感染率为32%;5株PPV6 VP1基因与中国参考株TJ株、韩国参考株KSU1-AZ-2014株、美国参考株U18-4株、波兰参考株P15-1株核苷酸序列同源性分别为99.3%~99.8%,99.3%~99.8%,98.9%~99.8%,99.3%~99.8%;VP1基因遗传进化分析表明,PPV6包含两个基因亚群,5株PPV6与中国参考株BJ、SC、JS、TJ株及波兰参考株处在G2亚群,而美国U18-4株则单独处于一个G1亚群。本研究为中国PPV6毒株流行病学及其病毒致病性研究提供研究基础。 展开更多
关键词 猪细小病毒6型 VP1基因 遗传进化 广西
脑心肌炎病毒GS01株VP1基因表达载体的构建及酵母表达 认领
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作者 李向茸 李倩 +4 位作者 马瑞仙 李生军 谢晶莹 王兴陇 冯若飞 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2019年第6期629-633,共5页
目的构建脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)GS01株衣壳蛋白VP1的真核表达载体,并利用酵母真核表达系统获得具有抗原性的分泌性VP1成熟多肽。方法扩增EMCV GS01株VP1基因,与酵母表达载体pPIC9K重组,构建表达质粒p PIC9K-VP1... 目的构建脑心肌炎病毒(encephalomyocarditis virus,EMCV)GS01株衣壳蛋白VP1的真核表达载体,并利用酵母真核表达系统获得具有抗原性的分泌性VP1成熟多肽。方法扩增EMCV GS01株VP1基因,与酵母表达载体pPIC9K重组,构建表达质粒p PIC9K-VP1;用醋酸锂转化法转化酵母菌GS115,在MD平板上筛选重组克隆,用G418快速筛选高拷贝转化子;阳性克隆经甲醇诱导表达后,利用SDS-PAGE及Western blot鉴定培养上清中VP1蛋白的表达情况及抗原性。结果重组质粒pPIC9K-VP1经酶切及测序鉴定证明构建正确,表达的VP1蛋白相对分子质量约34 000,为分泌性表达,能被兔抗EMCV盐析血清特异性识别,具有天然VP1蛋白的反应原性。结论实现了EMCV GS01株VP1蛋白的酵母真核表达,为在体外研究VP1与宿主细胞的相互作用机制及EMCV基因工程疫苗的研制奠定了基础。 展开更多
关键词 脑心肌炎病毒 VP1基因 酵母表达 反应原性
2015—2017年东北地区PKV流行情况调查及其VP1基因的遗传变异分析 认领
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作者 齐珊珊 苏明俊 +3 位作者 李春秋 翟军军 孔凡志 孙东波 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第10期69-73,共5页
为了解我国东北地区猪嵴病毒(PKV)的流行情况及其VP1基因的遗传进化特征,试验通过巢式RT-PCR法对2015—2017年采集自中国东北地区(黑龙江省、吉林省、辽宁省)的122份样品进行PKV检测,分析PKV感染与腹泻的相关性,并针对PKV VP1基因进行... 为了解我国东北地区猪嵴病毒(PKV)的流行情况及其VP1基因的遗传进化特征,试验通过巢式RT-PCR法对2015—2017年采集自中国东北地区(黑龙江省、吉林省、辽宁省)的122份样品进行PKV检测,分析PKV感染与腹泻的相关性,并针对PKV VP1基因进行遗传进化分析。结果表明:利用RT-PCR法检测本试验采集的122份样品,扩增PKV 3D基因的PCR产物经1.2%琼脂糖凝胶电泳,得到的目的片段与预期大小相符。PKV总检出率为88.5%(108/122),其中腹泻样品和健康样品的阳性率分别为87.9%(94/107)和93.3%(14/15)。通过卡方检验分析发现,PKV的感染与腹泻发生不存在统计学相关性(P>0.05)。本试验鉴定的7株PKV的VP1基因核苷酸同源性为80.8%~99.9%,推导氨基酸同源性为86.6%~99.6%。PKV毒株被划分为4个进化分支,本试验鉴定的7株PKV毒株在1,3,4分支均有分布。说明PKV在中国东北地区猪群中有较高的感染率,且其毒株呈现出遗传多样性。 展开更多
关键词 猪嵴病毒(PKV) VP1基因 巢式RT-PCR 遗传进化 腹泻
2016-2017年盐城市手足口病CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征 预览 认领
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作者 许晓庆 陈国清 +2 位作者 王瑶 安然 邵荣标 《江苏预防医学》 CAS 2019年第3期269-271,353共4页
目的研究2016-2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸... 目的研究2016-2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果2016-2017年盐城市共检测1 002例疑似病例标本,肠道病毒核酸阳性率38.32%,主要型别为EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他肠道病毒共178例(占46.35%)。检出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分别为94.7%、99.3%,与原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分别为80.4%~81.3%、92.7%;与引起其他症状各代表株(包括无症状健康儿童携带者)的核苷酸、氨基酸同源性为81.1%~97.2%、94.0%~99.3%。遗传进化树分析显示2毒株在C4分支中构成2条明显的传播链:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于单独的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016与2016年无症状健康儿童携带者四川株(LC361283)聚集成簇构成另一传播链。共检测31例重症病例,13例肠道病毒通用核酸阳性,阳性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。结论2016-2017年盐城市引起手足口病的CVA9病毒属于散在流行,非手足口病流行的主要基因型别,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化共循环,与引起其他症状类型的CVA9毒株存在差异。 展开更多
关键词 手足口病 人类肠道病毒 CVA9 VP1基因 序列分析 分子流行病学
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手足口病柯萨奇病毒A组16型VP1基因遗传变异 认领
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作者 王杨 李祎 +4 位作者 彭传梅 王佳 付晓野 陈婉婷 高辉 《中华传染病杂志》 CAS CSCD 2019年第3期163-166,共4页
目的探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16, CV-A16)分离株VP1基因变异情况。方法选择2015年1月至2017年6月昆明地区手足口病(hand, foot, and mouth disease,HFMD)CV-A16阳性患者160例,采用实时荧光PCR检测患者粪便标本中的CV-A1... 目的探讨柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirus A16, CV-A16)分离株VP1基因变异情况。方法选择2015年1月至2017年6月昆明地区手足口病(hand, foot, and mouth disease,HFMD)CV-A16阳性患者160例,采用实时荧光PCR检测患者粪便标本中的CV-A16病毒核酸,对CV-A16阳性样本进行反转录PCR扩增VP1基因,扩增阳性产物进行测序和序列比对,分析同源性并确定其所属基因亚型,构建种系遗传进化发育树,并进行同源建模。结果160株CV-A16毒株均为B2亚型。CV-A16毒株与福建省、北京市、南京市等地区CV-A16型流行毒株遗传距离为0.76,与马来西亚流行毒株的遗传距离为0.78,与澳大利亚流行毒株的遗传距离为1.86。同源建模发现CV-A16 VP1基因的氨基酸序列发生了G227R突变。结论CV-A16毒株3年间未发生大的基因遗传变异,毒株亲缘关系与国内北京市、福建省等地区和马来西亚地区分离毒株的遗传距离近,与澳大利亚地区的流行毒株遗传距离远。 展开更多
关键词 手足口病 柯萨奇病毒A组16型 VP1基因 系统发育树 同源建模
金山区柯萨奇病毒A组6型基因特征分析 预览 认领
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作者 董兆鹏 孙箐爽 +4 位作者 臧昊 王唐 蔡光 宋灿磊 李淑华 《预防医学》 2019年第11期1136-1139,共4页
目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(CoxA6)VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据.方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株CoxA6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分... 目的分析上海市金山区2017—2018年分离的柯萨奇病毒A组6型(CoxA6)VP1基因特征和氨基酸位点突变,为手足口病防控提供依据.方法对金山区2017—2018年采集并分离到16株CoxA6分离株VP1全长基因进行扩增、测序、序列比对,构建系统发生树,分析核苷酸和氨基酸同源性以及氨基酸位点突变.结果金山区16株CoxA6分离株均属于E2亚型同一个进化分支,16株间VP1基因核苷酸同源性为92.3%~97.7%,氨基酸同源性为98.4%~100.0%.与金山区16株分离株同源性最高的是2018年山东分离株MK357081/CHN/SD/JN/2018,核苷酸和氨基酸同源性分别为95.7%~99.3%和98.7%~99.7%.13株CoxA6分离株VP1氨基酸序列存在氨基酸位点变异,涉及8个氨基酸变异位点,但在抗原表位重要位点201D、243H、245R、247Y、248M和249R均未检测到抗原漂移.结论 16株CoxA6分离株核苷酸和氨基酸序列高度同源且位于E2亚型同一进化分支;CoxA6 E2亚型可能是金山区2017—2018年流行的主导基因型,金山区CoxA6 VP1存在氨基酸突变位点但未涉及关键的抗原表位. 展开更多
关键词 柯萨奇病毒A组6型 VP1基因 系统发育分析 同源性分析 抗原表位
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1型鸭甲肝病毒和鸭坦布苏病毒液相芯片抗体检测方法的建立 认领 被引量:1
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作者 王樱历 张连芝 +6 位作者 路化梅 孙俊颖 崔言顺 李建亮 黄兵 马秀丽 宋敏训 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第8期1496-1503,共8页
为建立1型鸭甲肝病毒(duck hepatitis A virustype l,DHAV-1)和鸭坦布苏病毒(duck Tembusuvirus,DTMUV)抗体的液相芯片检测方法,应用RT-PCR从鸭尿囊液中扩增获得714bp的DHAV-1VPl序列和l503bp的DTMUVE序列,将其分别克隆至原核... 为建立1型鸭甲肝病毒(duck hepatitis A virustype l,DHAV-1)和鸭坦布苏病毒(duck Tembusuvirus,DTMUV)抗体的液相芯片检测方法,应用RT-PCR从鸭尿囊液中扩增获得714bp的DHAV-1VPl序列和l503bp的DTMUVE序列,将其分别克隆至原核表达载体pCold Ⅲ和pET-28a(+)并进行表达。通过SDS-PAGE验证DHAV1-VPl和DTMUVE蛋白能够有效表达,通过Westernblot进一步验证表达的蛋白均可与其对应的阳性血清发生反应。根据xMAP液相芯片技术原理,以表达的重组蛋白为抗原分别与不同编号的微球偶联,获得偶联复合体作为捕获载体,建立DHAV-1和DTMUV抗体单一和双重液相蛋白芯片检测方法。结果表明,DHAV-1和DT-MUV的临界值分别为190.30和223.29,灵敏性检测2种阳性血清的抗体水平分别为1:51200和1:6400,重复性验证批内和批间变异系数分别为1.44%和3.94%,为DHAV-1和DTMUV抗体监测提供了高通量、重复性好、特异性高的抗体检测体系。 展开更多
关键词 1型鸭甲肝病毒 鸭坦布苏病毒 VP1基因 E基因 抗体 液相芯片
广东地区口蹄疫病毒VP1和3A基因的序列分析 预览 认领
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作者 李琪 谢增胜 +8 位作者 石庆伟 陈耀 孙彦阔 冯松林 汪志 冀池海 刘艺兴 邢秀琳 张桂红 《华南农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期13-18,共6页
【目的】了解广东地区口蹄疫病毒(FMDV)的遗传变异情况,为我国FMDV流行病学的研究及防控提供基础数据。【方法】对2015—2016年间收集的广东地区猪的病料进行FMDV VP1和3A基因的扩增测序和序列分析。【结果】11株O型FMDV均属耿马谱系... 【目的】了解广东地区口蹄疫病毒(FMDV)的遗传变异情况,为我国FMDV流行病学的研究及防控提供基础数据。【方法】对2015—2016年间收集的广东地区猪的病料进行FMDV VP1和3A基因的扩增测序和序列分析。【结果】11株O型FMDV均属耿马谱系毒株,7株A型FMDV均属Asia型毒株。11株O型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,GD-MM-3株与O/BY/CHA/2010株序列相似性最高,为95.3%;GD-1株、GD-MM-1株和GD-MM-3株与O/MYA/1/98株序列相似性最高,为90.8%。7株A型FMDV的VP1基因与流行毒株相比,A/GDMM/CHA/2013株与GD-3株序列相似性最高,为99.8%;A/HuBWH/CHA/2009株与GD-3株序列相似性最高,为91.4%。11株O型FMDV的3A蛋白不存在氨基酸的缺失,7株A型FMDV的3A蛋白存在较多氨基酸的缺失。【结论】广东部分地区FMDV基因型复杂,预防控制困难。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 VP1基因 3A基因 序列相似性 遗传变异
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