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西瓜全基因组SSR位点的特征及其在比较遗传作图和遗传多样分析中的应用 预览
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作者 朱华玉 杨路明(编译) +5 位作者 宋芃垚 Dal-Hoe Koo 郭禄芹 李严曼 孙守如 Yiqun Weng 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2019年第8期180-181,共2页
目的与意义:随着新一代全基因组测序技术的快速发展,越来越多的物种开发了大量的覆盖全基因组的SSR标记.虽然在西瓜上也开发了一些SSR标记,并已经在连锁图谱和遗传多样性研究中得到应用,但仍存在多态性低、基因组覆盖率低等问题.本研究... 目的与意义:随着新一代全基因组测序技术的快速发展,越来越多的物种开发了大量的覆盖全基因组的SSR标记.虽然在西瓜上也开发了一些SSR标记,并已经在连锁图谱和遗传多样性研究中得到应用,但仍存在多态性低、基因组覆盖率低等问题.本研究从西瓜全基因组水平分析了不同类型SSR序列的分布及频率.并开发了覆盖全基因组的SSR标记,同时通过电子PCR的方法确定了在甜瓜、黄瓜中通用的SSR分子标记,并利用这些通用SSR标记进一步明确了西瓜与黄瓜以及甜瓜3个物种之间的染色体共线性关系.本研究同时筛选了32对高多态性SSR标记对134份西瓜材料进行了遗传多样性及群体结构分析. 展开更多
关键词 全基因组 SSR位点 遗传作图 西瓜 应用 SSR标记 SSR分子标记 遗传多样性
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水稻温敏核不育系HD9802S不育基因的SSR标记定位 预览
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作者 陈喜红 温权州 +3 位作者 甘丹阳 许守桐 邓婕红 居超明 《湖北大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期234-240,共7页
使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定... 使用分子标记辅助选择可以获得目标性状的个体从而提高育种效率.以HD9802S/(HD9802S/R287) BC1群体为材料,利用BC1群体中随机选择的32个高度不育单株和32个高度可育单株,以及涵盖水稻12条染色体的22个SSR标记,通过连锁分析进行染色体定位,将温敏核不育基因(HDtms)定位于第2号染色体上;利用软件QTL Ici Mapping 3. 0进行染色体分群,HDtms被划分到第2号染色体上.在第2号染色体上覆盖筛选得到10个SSR标记,以回交群体中428个单株为材料绘制连锁图谱,图谱全长112. 21 cM,平均图距为11. 21 cM,HDtms在标记RM5897与RM12783之间.在此区间内筛选到与HDtms连锁紧密的SSR标记.其中RM12747是得到筛选率最高的分子标记,为90. 135%,且在HD9802S与R287间具有多态性.说明对温敏不育性的分子标记辅助选择可初步使用该分子标记. 展开更多
关键词 水稻 温敏核不育基因 SSR标记 标记定位
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美国花生种质资源果腐病抗性分子标记的筛选及分析
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作者 刘阳杰 何美敬 +4 位作者 崔顺立 杨鑫雷 穆国俊 Charles Y CHEN 刘立峰 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期743-751,共9页
花生(Arachis hypogaea)果腐病(pod rot)是一种由真菌引起的严重病害,直接影响花生的产量及品质。抗病育种是该病害防治最经济、有效的途径,而抗性相关分子标记的筛选和利用又是提高选择效率和加快育种进程的重要手段。本研究以引进的7... 花生(Arachis hypogaea)果腐病(pod rot)是一种由真菌引起的严重病害,直接影响花生的产量及品质。抗病育种是该病害防治最经济、有效的途径,而抗性相关分子标记的筛选和利用又是提高选择效率和加快育种进程的重要手段。本研究以引进的77份美国花生种质资源为材料,利用12对SSR标记和48对插入缺失(insertion-deletion, InDel)标记,通过Pearson相关分析和多元线性逐步回归筛选与花生果腐病抗性相关的标记,并利用构建的分离群体对相关标记进行了验证。结果表明,美国种质资源遗传多样性丰富,具有不同抗性级别的材料。利用12对SSR引物对77份美国种质资源进行扩增,共获得103条多态性条带,多态性比率在20%~100%,平均79.23%。从受害指数进行相关和多元线性回归分析,获得了4个与花生果腐病抗性显著相关的SSR标记,分别为3A8、GM1760、PM163和14H6。分离群体验证结果表明获得的4对SSR标记可用于花生果腐病抗性分子标记的深入研究。15对InDel标记在材料中具有多态性,通过果腐病抗性-标记相关性分析获得了2对InDel标记,分别是InDel-004和InDel-020。花生果腐病抗性相关分子标记的获得为分子辅助选择育种及抗病相关基因的挖掘提供了重要参考。 展开更多
关键词 花生 果腐病 SSR标记 INDEL标记
紫苏SSR标记筛选及遗传关系分析
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作者 温贺 王仙萍 +4 位作者 杨森 徐静 商志伟 王涛 沈奇 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2285-2290,共6页
为开发适宜于紫苏的SSR标记,对紫苏遗传多样性及种群划分进行研究,本研究采用已报道的紫苏及近源种中的66对SSR引物对不同来源的42份紫苏材料进行扩增。结果表明:15对引物在42份材料中具有多态性,共扩增获得54个条带,平均每对引物扩增条... 为开发适宜于紫苏的SSR标记,对紫苏遗传多样性及种群划分进行研究,本研究采用已报道的紫苏及近源种中的66对SSR引物对不同来源的42份紫苏材料进行扩增。结果表明:15对引物在42份材料中具有多态性,共扩增获得54个条带,平均每对引物扩增条带3.6个,51个条带具有多态性,占扩增总条带的94.4%。使用UPGMA方法进行聚类分析,在SM=0.67处,供试紫苏分为2个主要聚类群。类群Ⅰ为紫苏原变种(Perilla frutescens var. frutescents),类群Ⅱ为回回苏变种(Perilla frutescens var. crispa),类群Ⅰ又可进一步划分为5个亚类群,各亚类群间表型具有一定的特征差异。本研究可为紫苏种质亲缘关系及资源鉴定研究提供参考依据。 展开更多
关键词 紫苏 SSR标记 标记筛选 遗传多样性
利用SSR和SRAP标记分析油菜骨干亲本的遗传多样性 预览 被引量:1
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作者 臧珊 张云霄 +1 位作者 郭媛 胡胜武 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2019年第5期7-14,共8页
【目的】分析甘蓝型油菜骨干亲本的遗传多样性,揭示参试材料的遗传差异。【方法】利用筛选到的8对SSR引物和12对SRAP引物,对30份甘蓝型油菜骨干亲本材料及1份芥菜型油菜和1份白菜型油菜材料进行遗传多样性分析,结合聚类分析、主成分分... 【目的】分析甘蓝型油菜骨干亲本的遗传多样性,揭示参试材料的遗传差异。【方法】利用筛选到的8对SSR引物和12对SRAP引物,对30份甘蓝型油菜骨干亲本材料及1份芥菜型油菜和1份白菜型油菜材料进行遗传多样性分析,结合聚类分析、主成分分析、群体结构分析以及分子方差分析揭示参试材料之间的遗传多样性。【结果】在参试材料中,8对SSR引物共扩增出49条多态性条带,多态性比率为96.08%,平均每对引物扩增6.1条,平均多态性信息含量(PIC)为0.43,遗传距离均值0.34;12对SRAP引物共扩增出77条多态性条带,多态性比率为98.72%,平均每对引物扩增6.4条,PIC为0.59,遗传距离均值0.46。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.65处,大部分参试材料被分为两大类,第Ⅰ类包括19份材料,其中14份为恢复系,5份为保持系;第Ⅱ类包括9份材料,均为保持系。主成分分析、群体结构分析的结果与聚类分析结果基本一致。分子方差分析结果显示,参试甘蓝型油菜群体内变异系数为95.46%,群体间变异系数仅为4.54%。保持系与恢复系材料间差异为2.03%。【结论】参试甘蓝型油菜骨干亲本间存在一定的遗传差异,恢复系和保持系群体内部遗传变异大于群体间的遗传变异。 展开更多
关键词 油菜 骨干亲本 遗传多样性 SSR标记 SRAP标记
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谷子SSR标记在狗尾草中的有效性检测 预览
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作者 相吉山 贾斌 +7 位作者 张佳乐 王冬雪 永辉 王春苗 赵舒楠 王伟平 赖佳成 王宇 《农业技术与装备》 2019年第4期17-21,共5页
狗尾草(S.viridis(L.)Beauv.)为一年生草本植物,是谷子(S.italica(L.)P.Beauv.)的祖本植物。本研究采集赤峰地区狗尾草种质资源,随机挑选40份材料,利用种子发芽并提取叶片基因组DNA,构建混池。利用361对谷子SSR标记对狗尾草基因组DNA混... 狗尾草(S.viridis(L.)Beauv.)为一年生草本植物,是谷子(S.italica(L.)P.Beauv.)的祖本植物。本研究采集赤峰地区狗尾草种质资源,随机挑选40份材料,利用种子发芽并提取叶片基因组DNA,构建混池。利用361对谷子SSR标记对狗尾草基因组DNA混池进行PCR检测,有311对(86.15%)标记能够扩增出目的片段。其中,1号~9号染色体SSR标记依次为38对、42对、43对、34对、42对、34对、8对、26对、44对,平均距离依次为1.11Mbp、1.17Mbp、1.18Mbp、1.19Mbp、1.13Mbp、1.06Mbp、4.50Mbp、1.57Mbp、1.34Mbp。相比较而言,1号染色体上的SSR标记在检测狗尾草时有效性最高(100.00%),7号染色体上的有效性最低(24.24%),说明谷子不同染色体上的SSR标记在狗尾草中的有效性不同。这些有效的SSR标记可作为狗尾草遗传相关研究的核心引物。 展开更多
关键词 青狗尾草 SSR标记 有效性
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高通量RNA-seq技术开发梵净山重楼SSR标记
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作者 王海明 阮成江 +6 位作者 梁玖华 韩平 闫蕊 董旭 刘祾悦 帅小春 刘贺贺 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第18期6059-6065,共7页
梵净山重楼(Paris polyphylla Smith var. chinensis)是中国重要的中草药之一。本研究利用MISA软件从重楼块根高通量转录组数据库的38 802条Unigenes中共搜索挖掘出6 333个SSR标记。66.76%的二核苷酸重复是这些SSR标记的主要重复类型,... 梵净山重楼(Paris polyphylla Smith var. chinensis)是中国重要的中草药之一。本研究利用MISA软件从重楼块根高通量转录组数据库的38 802条Unigenes中共搜索挖掘出6 333个SSR标记。66.76%的二核苷酸重复是这些SSR标记的主要重复类型,然后是18.77%的三核苷酸重复、11.50%的单核酸苷酸重复及2.97%的四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。在所有被功能注释的Unigenes中,481条Unigenes涉及调控重楼皂苷、黄酮、种子萌发和种子生长发育,从这些Unigenes共搜索挖掘到90个SSR标记。通过对这90个SSR标记的有效性验证,获得具有清晰扩增条带的SSR标记20对。以选取的14份重楼种质为材料,对扩增出清晰条带的20对SSR标记进行多态性检测后,获得16对具有多态性的SSR标记引物。引物多态性信息含量指数(polymorphism information content, PIC)介于0.067~0.561,平均值为0.293;14个重楼种质聚类在两个不同类群。本研究结果可为梵净山重楼种质资源鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助选择育种提供SSR标记。 展开更多
关键词 重楼(Paris polyphylla Smith var. chinensis) RNA-SEQ SSR标记
云南双江勐库大叶种茶树基因型和种群结构分析
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作者 徐礼羿 王丽鸳 +6 位作者 苏静静 吴立赟 戎玉廷 刘福桥 阮丽 韦康 成浩 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1052-1064,共13页
大叶种茶树在长期的自然演化过程中,形成了众多表型且表型的变异非常大,是研究茶树进化关系和育种的重要材料。云南省独特的地理和生态环境使其具有丰富大叶种茶树资源。勐库大叶茶(Camellia sinensis var. assamica ‘Mengkudayecha’... 大叶种茶树在长期的自然演化过程中,形成了众多表型且表型的变异非常大,是研究茶树进化关系和育种的重要材料。云南省独特的地理和生态环境使其具有丰富大叶种茶树资源。勐库大叶茶(Camellia sinensis var. assamica ‘Mengkudayecha’)是原产于云南省双江县勐库镇的有性系国家良种,具有芽叶生育力强、持嫩性强等特点,作为主栽品种之一广泛栽培于云南西部、南部各产茶县。本研究收集取自云南省双江县11个区域的235份勐库大叶种茶树资源,结合SSR标记评估这些资源的遗传多样性及个体间的遗传关系,筛选合适的核心标记组合,并分析种群遗传结构。结果显示:SSR标记在待测样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为2~7个,平均等位基因数为3.84,观察杂合度Ho范围为0.18~0.74,均值0.47;25个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,赋予每份资源唯一的指纹码,并成功筛选出8个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测235份种质资源,样本组两个随机样本存在同一基因型组合的概率仅为8.1e^-5~7.7e^-3;结合群体遗传结构分析,11个区域的235个样本被分为5个亚群(Sub-population R,G,Y,Pi,Pu)和3个组(Group Pu+Y,R+G,Pi+Y),并初步推测慕烈和冰岛区域的R亚群血统主要由南榔区域茶树资源向北部区域迁徙引入;Group Pu+Y和Group Pi+Y两个组所在区域的原生血统为Y亚群,且由于懂过区域茶树资源的迁徙而引入Pu和Pi亚群的血统。 展开更多
关键词 大叶种茶树 SSR标记 指纹图谱 遗传结构分析
秦巴山地玉米种质资源的SSR标记遗传多样性分析 预览
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作者 李勤 张选明 +4 位作者 李航兵 李培江 张秀英 张增川 葛红心 《湖南农业科学》 2019年第6期1-4,共4页
为了明确秦巴山地玉米自交系的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对26份玉米自交系进行了遗传多样性分析,以遗传相似系数0.6245为标准,将自交系分为5个类群,初步确定其遗传关系.结果表明:在供试材料中共检测到212个等位基因变异,平均每对引... 为了明确秦巴山地玉米自交系的亲缘关系,采用SSR分子标记方法对26份玉米自交系进行了遗传多样性分析,以遗传相似系数0.6245为标准,将自交系分为5个类群,初步确定其遗传关系.结果表明:在供试材料中共检测到212个等位基因变异,平均每对引物检测到的等位基因变异为8.83个,变异为4~11个,平均多态性信息量PIC值为0.75,变化范围为0.31~0.93;自交系HSZ-3R被划分到第Ⅲ类群里,与其他25份材料的遗传相似系数范围在0.4079~0.6711之间,HSZ-3R与其他4个类群的玉米自交系配置组合具有一定的杂种优势;自交系HB41065被划分到第Ⅴ类群,与其余25份参试自交系材料的遗传相似系数为0.4025~0.6000,遗传距离较远,杂种优势较强,在秦巴玉米组合选配中可作为重点材料加以利用. 展开更多
关键词 SSR标记 玉米 种质资源 遗传多样性
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60Co-γ和EMS诱变“天隆一号”突变体库变异特征的初步分析
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作者 张鑫 苏彤 +5 位作者 顾玉阳 张艺 姚陆铭 王彪 朱骏 顾大国 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期517-524,共8页
为培育新的适应长江流域气候类型的大豆品种,利用60Co-γ射线和EMS分别对大豆天隆一号的种子进行诱变处理,构建大豆突变体库。对350份有表型变异的株系进行连续两年田间鉴定,运用60对SSR标记进行分子检测,并对籽粒表型变化明显的突变株... 为培育新的适应长江流域气候类型的大豆品种,利用60Co-γ射线和EMS分别对大豆天隆一号的种子进行诱变处理,构建大豆突变体库。对350份有表型变异的株系进行连续两年田间鉴定,运用60对SSR标记进行分子检测,并对籽粒表型变化明显的突变株进行苯基丙酸类代谢主要酶qPCR分析。结果表明:350份材料中有145份在株高、叶形、花色、种皮色、结荚习性等方面有稳定可见的表型变异,101份材料中检测到与野生型天隆一号存在至少1个SSR位点差异,其中M3-SD-1与M3-SD-2有超过10个标记的差异。SSR分析表明,表型发生变异的突变体主要是由DNA变化引起的,且突变体发生了多位点变异,突变位点也彼此不同。qPCR检测结果显示,种皮色、脐色等发生突变的3个材料苯基丙酸类代谢途径中关键基因的表达量发生显著变化。研究结果既可以为大豆品种改良提供新的种质资源,也有助于大豆功能基因组的研究。 展开更多
关键词 60Co-γ EMS 大豆 突变体库 SSR标记 qPCR
黑龙江省建三江地区主栽粳稻DNA指纹图谱构建研究 预览
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作者 陈羽红 李志江 张东杰 《黑龙江八一农垦大学学报》 2019年第1期14-20,共7页
利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共... 利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。 展开更多
关键词 粳稻 SSR标记 分子身份证 指纹图谱
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南方红豆杉群体基因流比较分析
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作者 王敏求 武星彤 +1 位作者 王利宝 文亚峰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第19期6269-6275,共7页
为探索基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,本研究筛选了10个高多态性EST-SSR位点,对3个南方红豆杉群体进行了遗传变异和父本分析。根据群体间遗传分化系数计算历史基因流,利用父本分析结果估测雄性繁殖贡献率、有效... 为探索基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,本研究筛选了10个高多态性EST-SSR位点,对3个南方红豆杉群体进行了遗传变异和父本分析。根据群体间遗传分化系数计算历史基因流,利用父本分析结果估测雄性繁殖贡献率、有效花粉传播距离等现实基因流参数。结果显示:10对EST-SSR引物共检测到80个等位基因,南方红豆杉群体的期望杂合度为0.785,群体间遗传分化系数为0.188,历史基因流为1.080。种群内亲代群体间、子代群体间基因流分别为1.140和0.923,亲子代群体间的固定指数存在显著差异。父本分析结果表明,3个自然授粉群体的雄性繁殖贡献率分别为37.50%、84.00%和18.91%,有效花粉传播距离为10.00~25.00 m,花粉传播无明显固定模式。南方红豆杉群体遗传多样性较高,群体间遗传分化显著。随着繁殖世代的升高,群体间基因流有逐渐降低的趋势。人为干扰、生境片段化和种群隔离等因素是引起基因流变化的主要原因。南方红豆杉保护实践中应注意防范基因流减少引起的遗传结构变化和遗传多样性降低风险。通过对自然授粉状态下南方红豆杉群体历史基因流和现实基因流的比较分析,了解基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,为南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)种群保护提供科学依据。 展开更多
关键词 基因流 父本分析 SSR标记 南方红豆杉
基于SSR标记的柱花草种质资源遗传多样性与群体结构分析 预览
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作者 卞华 申晴 +3 位作者 韦海燕 蒋亚君 丁西朋 白昌军 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第3期729-743,共15页
种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等... 种质资源遗传多样性和群体结构分析为复杂性状关联分析提供基础。本研究通过SSR分子标记技术,对68份柱花草(Stylosanthes spp.)种质资源的遗传多样性与群体结构进行分析。结果表明,30个多态性SSR标记在68份柱花草种质中共检测到146个等位基因,平均为4.867个,每个SSR标记的Shannon信息指数(I)和多态性信息含量(PIC)分别为0.676~1.690和0.363~0.764,平均为1.195和0.577。根据SSR标记数据进行遗传多样性分析,可将68份柱花草种质资源分为6类,群体结构分析中在ΔK达到最大时,K=6,因此将68份柱花草材料划分为6个群体,与遗传多样性分析结果基本一致。本研究将为柱花草遗传背景研究、种质资源评价和优良种质筛选提供依据。 展开更多
关键词 柱花草 种质资源 SSR标记 遗传多样性 群体结构
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利用SSR分析浙南地区甜玉米自交系的遗传多样性 预览
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作者 岳高红 潘彬荣 +4 位作者 刘永安 梅喜雪 许立奎 张宗宸 周志辉 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第7期1029-1036,共8页
为评价浙南地区甜玉米自交系的遗传多样性,指导甜玉米新品种的选育,本研究利用SSR分子标记对37份浙南地区甜玉米自交系进行了分析。结果显示,37个多态性SSR标记共检测到209个等位基因变异,平均为5.65个。SSR标记的多态性信息量PIC值为0.... 为评价浙南地区甜玉米自交系的遗传多样性,指导甜玉米新品种的选育,本研究利用SSR分子标记对37份浙南地区甜玉米自交系进行了分析。结果显示,37个多态性SSR标记共检测到209个等位基因变异,平均为5.65个。SSR标记的多态性信息量PIC值为0.62~0.95,平均为0.82。自交系间的相似性系数为0.12~0.94,平均为0.40,说明这些甜玉米自交系之间亲缘关系较远,具有丰富的遗传多样性。UPGMA聚类分析将37份甜玉米自交系划分为3个类群,划分结果与其系谱及地理分布基本吻合。 展开更多
关键词 浙南地区 甜玉米 自交系 SSR标记 遗传多样性
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分子标记技术在宜机收玉米品种选育中应用策略
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作者 王瑞英 杨美丽 +4 位作者 王静 王志红 郭华 秦贵文 王帮太 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期917-922,共6页
推广玉米全程机械化操作,关键在于由机械收穗向机械收粒转型,是节约成本、增加效益的有效手段。选育宜机收品种主要应从抗倒性强、成熟期一致、穗位整齐、籽粒成熟后脱水速率快、苞叶宜脱离等性状进行入手。本研究从宜机收品种特征特性... 推广玉米全程机械化操作,关键在于由机械收穗向机械收粒转型,是节约成本、增加效益的有效手段。选育宜机收品种主要应从抗倒性强、成熟期一致、穗位整齐、籽粒成熟后脱水速率快、苞叶宜脱离等性状进行入手。本研究从宜机收品种特征特性分析,收集整理分子标记技术在相关性状方面研究成果,提出分子标记检测在宜机收品种选育中起到的作用。针对宜机收品种特征相关性状研究规律,提出了分子标记检测在玉米宜机收品种改良选育方向。研究结果为快速进行玉米宜机收品种选育提供综合的参考依据。 展开更多
关键词 玉米 宜机收 QTL SSR标记
基于SSR标记的80份烟草种质指纹图谱的构建及遗传多样性分析
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作者 陈芳 徐世晓 +5 位作者 李晓辉 刘超 周建飞 王袁 田培 杨铁钊 《作物杂志》 CAS 北大核心 2019年第1期22-31,共10页
利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和... 利用均匀分布于烟草24个连锁群上的48个SSR标记对80份烟草材料进行分析。结果显示,48个SSR标记共扩增出211个等位基因,平均每个标记4.396个,Shannon′s信息指数I为1.034,多态信息含量值为0.229~0.905,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei′s多样性指数(H)平均值分别为0.320、0.572、0.431。聚类结果表明,在遗传距离为0.68时可以将80份烟草种质分为2个类群。5个烟草居群间的遗传一致度在0.643~0.765范围内,遗传距离分布在0.268~0.442。筛选4对核心引物构建了不同烟草种质资源的数字指纹图谱,可将这80份烟草种质资源全部区分开。本研究在分子水平上为筛选优质烟草种质资源、挖掘重要基因以及拓宽烟草育种遗传基础等工作提供科学依据。 展开更多
关键词 烟草 SSR标记 指纹图谱 遗传多样性 种质资源
楸树SSR标记在滇楸中的可转移性与应用 预览
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作者 彭婵 陈慧玲 +2 位作者 张新叶 樊孝萍 麻文俊 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期50-55,共6页
利用开发的13对楸树SSR引物,对其在近缘物种滇楸中的可转移性与应用进行研究。将13对楸树SSR引物对75份滇楸无性系进行PCR扩增,所使用的引物对滇楸的扩增成功率与引物多态性比例均为100%,表明楸树SSR标记对近缘种滇楸具有较高的可转移... 利用开发的13对楸树SSR引物,对其在近缘物种滇楸中的可转移性与应用进行研究。将13对楸树SSR引物对75份滇楸无性系进行PCR扩增,所使用的引物对滇楸的扩增成功率与引物多态性比例均为100%,表明楸树SSR标记对近缘种滇楸具有较高的可转移性和多态性。共检测到76个多态位点,平均有效等位基因数(N e)为2.364 4个,平均期望杂合度(H e)为0.550 2,Nei’s基因多样性指数(H)为0.013 2~0.833 5,平均值0.446 8,结果显示滇楸无性系中遗传差异处于中间水平,各无性系之间亲缘关系较近。UPGMA聚类将75个无性系划分为5个类群,类群中地域性聚集不明显、亚群地域性聚集较明显。 展开更多
关键词 滇楸 SSR标记 可转移性 遗传多样性
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基于NY/T 1433—2014推荐SSR标记检测不同世代恢复系配制杂交种的纯度研究
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作者 王慧 张从合 +7 位作者 陈金节 黄艳玲 申广勒 严志 王林 周桂香 张云虎 庞战士 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2019年第2期59-62,共4页
采用田间性状稳定的不同世代恢复系YR179(F8、F9和F10代)、YR092(F8和F9代)和YR018(F8和F9代)及其与稳定不育系03S配制的杂交种为材料,利用《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》(NY/T 1433—2014)中推荐的48对SSR引物检测各世代恢复系的... 采用田间性状稳定的不同世代恢复系YR179(F8、F9和F10代)、YR092(F8和F9代)和YR018(F8和F9代)及其与稳定不育系03S配制的杂交种为材料,利用《水稻品种鉴定技术规程SSR标记法》(NY/T 1433—2014)中推荐的48对SSR引物检测各世代恢复系的纯合位点数,通过室内分子鉴定与田间植株性状鉴定的一一对应检测,研究不同世代恢复系所配杂交种种子室内分子鉴定纯度结果与田间种植鉴定纯度结果的吻合度,并对各杂株类型进行一一对应分析。结果表明,当YR179、YR092和YR018分别选育至F10、F9和F9代时,全部48个位点均已完全纯合,此时,其对应杂交种室内分子鉴定纯度与田间种植鉴定纯度吻合率分别为99.4%、99.4%和100%,且各杂株类型的室内与田间鉴定结果也基本一致。说明当恢复系完全纯合时,可用室内SSR分子标记鉴定替代田间种植鉴定来鉴定其杂交种的纯度。 展开更多
关键词 杂交水稻 恢复系 SSR标记 纯度 鉴定
基于SSR标记的杨树新品种鉴定及核心引物筛选
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作者 王世杰 王雪婷 +3 位作者 杜向前 陈洪刚 张会恰 杨敏生 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期101-110,共10页
【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,... 【目的】利用经过长期筛选的11对SSR引物对50份杨树新品种(系)进行扩增,探究11对引物的品种鉴定能力和核心引物的筛选依据,为杨树新品种的鉴定、育种工作和核心引物的筛选工作奠定基础。【方法】使用毛细管电泳技术对扩增结果进行检测,计算等位重复序列数、Shannon信息指数和引物多态性信息指数等。按0/1矩阵记录扩增条带的有无,并通过非加权组平均法(UPGMA)进行聚类分析。计算单个引物和11对引物组合的遗传相似系数,分析遗传相似系数之间的相关性,剔除相关性较低的引物,再对剩余的引物组合进行聚类分析。【结果】11对引物共扩增出122个DNA片段,平均每对引物扩增的等位重复序列数为11.091个;不同引物PIC值的变化范围是0.530~0.908,平均值为0.803。11对引物的聚类结果显示,当支距为0.40时,参试样品可以分为2个大类;当支距为0.37时,可分为4个亚类,聚类结果与品种(系)的谱系来源基本吻合。在11对现有引物的基础上,通过分析单个引物和11对引物的遗传相似系数之间的相关性,优化得到9对核心引物。相关性分析和聚类分析表明,优化后的9对引物具有高效鉴定能力和亲缘关系聚类效果。【结论】本研究证实SSR分子标记可以有效鉴定杨树新品种,并较好反映品种之间的亲缘关系;同时,利用遗传相似系数的相关性可优化现有的引物,为杨树的育种及核心引物的筛选工作提供了参考。 展开更多
关键词 杨树新品种 SSR标记 核心引物
利用SSR标记构建我国亚麻品种DNA指纹图谱及遗传多样性分析 预览
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作者 潘根 张义 +8 位作者 赵立宁 陈安国 李建军 黄思齐 唐慧娟 常丽 张翠萍 邓勇 李德芳 《中国麻业科学》 2019年第4期145-150,共6页
亚麻是中国重要的经济作物之一,其品种间遗传变异对亚麻产量和品质改良具有重要的指导意义。研究利用亚麻基因组序列所设计的96对SSR引物对24份来源于中国的亚麻品种进行遗传多样性分析,同时构建DNA指纹数据库。结果表明:96对SSR引物共... 亚麻是中国重要的经济作物之一,其品种间遗传变异对亚麻产量和品质改良具有重要的指导意义。研究利用亚麻基因组序列所设计的96对SSR引物对24份来源于中国的亚麻品种进行遗传多样性分析,同时构建DNA指纹数据库。结果表明:96对SSR引物共检测到128个等位变异,每对引物检测出1~5个等位变异,利用具有多态性的24对SSR引物能将24份亚麻品种鉴定出来。24份亚麻材料遗传相似系数变幅为0.25~0.87,平均遗传相似系数为0.56。进一步基于SSR基因型聚类结果可将24份亚麻品种分为三大类。以上研究结果可为亚麻的亲本选择及杂交组配提供理论依据。 展开更多
关键词 亚麻 SSR标记 指纹图谱 遗传多样性
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