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SSR和形态标记在叶用莴苣品种鉴定上的应用 认领
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作者 魏仕伟 陈海荣 +5 位作者 葛国军 火国涛 倪玺超 刘鸿艳 罗利军 龙萍 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第13期4350-4360,共11页
利用SSR标记和形态学标记对27个叶用莴苣品种进行DNA指纹图谱分析和遗传多样性分析。从50对引物中筛选出22对引物对叶用莴苣资源进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。形态学鉴定主要调查了26个主要的指标,主要包括叶片性状和植株性状。... 利用SSR标记和形态学标记对27个叶用莴苣品种进行DNA指纹图谱分析和遗传多样性分析。从50对引物中筛选出22对引物对叶用莴苣资源进行指纹图谱构建和遗传多样性分析。形态学鉴定主要调查了26个主要的指标,主要包括叶片性状和植株性状。变性聚丙烯酰胺和毛细管电泳相结合的结果显示共扩增出187种多态性基因型,平均每对引物扩增出8.31种。引物多态信息量(PIC)分布范围为0.42~0.92,平均为0.75。用形态标记和分子标记对27个品种进行聚类分析的结果表明,分子标记聚类分析的结果均可将27份材料分为4组,而形态标记可将材料分为2组,本研究结果为叶用莴苣的品种鉴定提供了科学依据。 展开更多
关键词 叶用莴苣(Lactuca sativa L.) 形态标记 SSR标记 聚类分析
基于转录组数据的三峡库区消落带适生狗牙根SNPs和SSRs分析 认领
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作者 李彦杰 贾洪沅 +2 位作者 李庆天 白艺旋 刘芸杉 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期524-528,共5页
【目的】SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用。【方法】利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs。【结果】基于转录组数据搜索到297542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18982条Unig... 【目的】SNPs和SSRs标记在功能基因的识别和定位等方面具有重要作用。【方法】利用GATK和MISA软件分别分析狗牙根转录组测序数据的SNPs和SSRs。【结果】基于转录组数据搜索到297542个SNP位点,主要以转换型为主;搜索到分布于18982条Unigene中的22154个SSR位点,发生频率为12.89%,SSR位点主要以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主,三者合计占比为94.99%,其中AG/CT和CCG/CGG分别在二核苷酸和三核苷酸重复中占比最高;基序长度在12~20 bp的SSRs数量最多,占比达78.52%。【结论】狗牙根转录组中的SNPs和SSRs位点具有数量多、类型丰富和多态性较好等特点,或可为后续遗传多样性分析、品质鉴定和抗性相关性状解析等提供参考。 展开更多
关键词 三峡库区消落带 狗牙根 转录组数据 SNP标记 SSR标记
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文章速递基于SSR标记分析山西地方花生种质遗传多样性 认领
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作者 白冬梅 薛云云 +4 位作者 张鑫 王鹏冬 黄莉 田跃霞 姜慧芳 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期753-759,共7页
用90对多态性SSR引物评价了山西省不同地理来源的72份花生地方种质资源的遗传多样性,结果表明,90对多态性引物共扩增出317个等位基因,平均每对引物3.5222个;基因多样性指数变化幅度0.1823~0.7711,平均0.4537;多态信息含量指数变异范围0.... 用90对多态性SSR引物评价了山西省不同地理来源的72份花生地方种质资源的遗传多样性,结果表明,90对多态性引物共扩增出317个等位基因,平均每对引物3.5222个;基因多样性指数变化幅度0.1823~0.7711,平均0.4537;多态信息含量指数变异范围0.3283~0.7378,平均0.4047;Shannon′s信息指数变异范围0.1657~1.6734,平均0.8092。聚类分析结果表明,72份种质资源可分为三大类群,类群Ⅰ以多粒型为主,类群Ⅱ以普通型为主,类群Ⅲ以珍珠豆型为主,聚类结果与花生的植物学分类基本一致。进一步对不同类型种质差异进行分析,结果表明,珍珠豆型的遗传多样性最为丰富,其次是多粒型,普通型最小。该结果从分子水平上揭示了山西省花生地方种质资源的遗传多样性,为花生优异种质发掘及资源高效利用提供理论基础。 展开更多
关键词 花生 地方种质 遗传多样性 SSR标记
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文章速递基于SSR标记的山西高粱地方品种遗传多样性和遗传结构分析 认领
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作者 李萌 秦慧彬 +2 位作者 王宇楠 闫建俊 穆志新 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第18期6068-6076,共9页
为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变... 为了从分子水平分析山西省高粱地方品种的遗传多样性和遗传结构,本研究从140对SSR引物中筛选到22对条带清晰且多态性稳定的引物,对来自于山西省11个地区66个县市的158份高粱材料进行了遗传多样性分析,结果共检测到147个等位基因的位点变异,平均等位基因数为6.68。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)平均为0.635,变异范围为0.168~0.870,表明山西高粱的地方品种具有较丰富的多态性。针对11个不同地理居群的遗传多样性分析表明,不同的地理居群间遗传分化水平差异较大,地理居群间存在不同程度的基因交流。无论从等位基因数、有效等位基因数还是Shannon's信息指数上,都可以看出忻州居群的遗传多样性最高,而阳泉居群的最低。针对不同地理居群间遗传距离的分析结果表明,忻州居群和晋中居群的遗传距离最小,两个群体的亲缘关系较近,基因交流比较频繁。而阳泉居群和其他居群间的遗传距离都较大,显示阳泉居群与其他居群之间的基因交流阻隔,进一步显示了阳泉居群的独特性。基于模型的遗传结构分析和基于遗传距离的N-J聚类分析都将种质材料划分为2个类群,不同地区高粱资源居群间的遗传关系远近与其地理信息并没有明显的相关性。本研究旨在为高粱种质资源的收集、鉴定与创新提供理论依据。 展开更多
关键词 SSR标记 高粱 遗传多样性 遗传结构 地方品种
文章速递基于甘草全基因组序列的SSR分子标记开发 认领
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作者 詹海仙 王颖莉 +4 位作者 杜晨晖 张丹 李睿 杨梦茹 张朔生 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第18期6093-6100,共8页
由于不同基原和产地的甘草有效成分差异较大,开发甘草特异分子标记对于种质资源鉴定意义重大。本研究以甘草全基因组序列为基础,检测到193 207个SSR位点,发生频率为73.52%。单核苷酸重复类型最多(60.73%),其次为二核苷酸(26.11%)和三核... 由于不同基原和产地的甘草有效成分差异较大,开发甘草特异分子标记对于种质资源鉴定意义重大。本研究以甘草全基因组序列为基础,检测到193 207个SSR位点,发生频率为73.52%。单核苷酸重复类型最多(60.73%),其次为二核苷酸(26.11%)和三核苷酸重复单元(10.95%)。分析重复序列位点发现,甘草SSR中包含284种类型重复基元,具有碱基偏好性,主要以A/T为主要重复单元,优势基元依次为A/T (58.28%)、AG/CT (10.48%)、AT/AT (10.48%)、AC/GT (5.12%)、AAT/ATT (3.57%)。优选140 294个重复位点设计出701 302对SSR引物,随机选取100对引物进行有效性检测,63对引物均扩增出目标条带,其中,12对引物能在材料间扩增出特异性条带,可用于对不同产地甘草进行区分。本研究开发的大量SSR标记不仅可用于甘草种质资源的鉴定分析,也将用于进一步的甘草分子标记辅助中。 展开更多
关键词 甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.) 基因组 重复序列 SSR标记 开发
小麦产量相关性状的全基因组关联分析 认领
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作者 张东 张政 +5 位作者 史雨刚 王曙光 曹亚萍 范绍强 杨斌 孙黛珍 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期434-443,共10页
为挖掘小麦产量相关性状的优异等位变异,利用筛选的106对多态性SSR标记扫描236份小麦种质资源组成的自然群体,并进行遗传多样性分析。结果表明,利用106对引物共检测到874个等位变异,每对引物平均为8.24个,变化范围为2~23个;主要等位变... 为挖掘小麦产量相关性状的优异等位变异,利用筛选的106对多态性SSR标记扫描236份小麦种质资源组成的自然群体,并进行遗传多样性分析。结果表明,利用106对引物共检测到874个等位变异,每对引物平均为8.24个,变化范围为2~23个;主要等位变异频率的变化范围为0.177~0.987,平均为0.545;多态性信息指数(PIC)的变化范围0.026~0.895,平均0.550。采用混合线性模型对4个环境的株高、穗长、主穗粒数、单株穗数和千粒重进行关联分析后,共关联到20对SSR标记,有26个显著关联位点(P<0.01),其表型解释率范围为6.25%~18.97%。其中,标记Xgwm164(1A)在4个环境下均与株高显著关联;Xgwm55(6D)同时与株高和穗长两个性状显著关联;Xwmc415(5B)在2个环境下与单株穗数显著关联。通过对等位变异表型效应的解析筛选出各关联位点的优异等位变异,包括可以降低株高4.24 cm的优异等位变异Xgwm164-1A118、可以增加穗长0.75 cm的优异等位变异Xgwm429-2B207、可以增加单株穗数1.07个的优异等位变异Xwmc415-5B154、可以增加主穗粒数1.93粒的优异等位变异Xgwm232-1D138及可以增加千粒重0.92 g的优异等位变异Xgwm610-4A170。 展开更多
关键词 小麦 产量相关性状 关联分析 优异等位变异 SSR标记
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茶树‘云抗10号’全基因组SSR信息分析及4CL基因引物开发 认领
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作者 彭靖茹 檀业维 +4 位作者 黄寿辉 温立香 张芬 冯春梅 李嫄 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第16期5411-5418,共8页
SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学及统计学的方法,对已成功绘制了高质量基因组图谱的‘云抗10号’茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记。通过对这些SS... SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在茶树的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学及统计学的方法,对已成功绘制了高质量基因组图谱的‘云抗10号’茶树全基因组进行分析,获得428 654个具有引物片段的SSR标记。通过对这些SSR区段进行分析,发现不同碱基数目的重复单元之间具有较大的差异:含有二核苷酸的重复单元最多,占总数的54.04%;其次为三核苷酸重复单元,占总数的31.52%。经比较,在茶树与可可的基因组SSR中,二核苷酸SSR重复单元数量最少的都是CG/GC基元;三核苷酸SSR重复单元中数量较少的都有CCG/CGC/GCC基元类型;四核苷酸SSR重复单元最多的都是AAAT/TTTA基元。为进一步研究及验证所设计SSR引物的有效性及多态性,对茶树酚类合成途径中关键酶4-香豆酸乙酰连接酶(4CL)进行SSR引物开发并进行生物信息学分析,获得17对引物。其中13对SSR引物扩增的区域有分布在基因间区,2对在内含子区及2对在5'上游非翻译区。挑选其中的6对引物进行多态性的研究,发现位于内含子区的2对引物具有多态性,其它不表现。在茶树全基因组中大规模开发SSR标记,将为茶树的进化、分类和育种研究提供参考。 展开更多
关键词 茶树 云抗10号 基因组 SSR标记 4-香豆酸乙酰连接酶
基于SSR标记的朝天椒种质遗传多样性分析 认领
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作者 张曼 任佳佳 +4 位作者 王钦 安朝龙 吴培云 谢龙安 李伟 《河南农业科学》 北大核心 2020年第7期101-109,共9页
探究以贵州为主的西南地区朝天椒种质遗传多样性,为朝天椒种质的保续、利用与分子标记辅助选择提供准确参考依据。利用20个SSR(简单串联重复序列)分子标记,对112份西南地区朝天椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,20对SSR引物共检... 探究以贵州为主的西南地区朝天椒种质遗传多样性,为朝天椒种质的保续、利用与分子标记辅助选择提供准确参考依据。利用20个SSR(简单串联重复序列)分子标记,对112份西南地区朝天椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,20对SSR引物共检测出65个等位变异,每对引物的等位变异为2~4个,平均每对引物3.25个等位变异,平均有效等位基因数为1.8294,平均多态性信息量(PIC)为0.5440,平均Shannon’s信息指数(I)为0.7234,观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Nei’s期望杂合度的平均值分别为0.4920、0.4337、0.4318,所筛选出的20对SSR引物多态性较高,能较好地反映朝天椒不同地方种间的遗传多样性信息。聚类结果表明,供试材料居群间遗传相似系数(GS)值为0.5692~0.9538,平均值为0.7733,朝天椒种质间的遗传相似性相对较高,材料间的亲缘关系比较接近。在GS值0.7670处将供试材料分为4类,显示出112份朝天椒材料总体情况与地理分布有一定关联,但也存在区域间和省内外间的互相渗透,每个类别均聚集了不同地理来源的种质。 展开更多
关键词 朝天椒 种质资源 SSR标记 遗传多样性 亲缘关系
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68个大豆品种(系)遗传多样性分析 认领
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作者 白志元 杨玉花 +2 位作者 武国平 卫一超 张瑞军 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期17-24,共8页
为保持大豆杂种优势利用中亲本的遗传差异,利用64对SSR引物对68个大豆品种(系)包括53个中国品种(系)和15个美国品种进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,共检测到375个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位变异数为5.86个,变化范... 为保持大豆杂种优势利用中亲本的遗传差异,利用64对SSR引物对68个大豆品种(系)包括53个中国品种(系)和15个美国品种进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明,共检测到375个等位基因变异,平均每个位点检测到的等位变异数为5.86个,变化范围为2~12个,其中53个中国品种(系)检测到373个等位基因变异,平均为5.83个,变化范围为2~12个,15个美国品种检测到288个等位基因变异,平均为4.50个,变化范围为2~9个;总的位点多态性信息含量(PIC)变化范围为0.366~0.900,平均为0.677,其中53个中国品种(系)变化范围为0.370~0.909,平均为0.682,15个美国品种变化范围为0.309~0.817,平均为0.590。聚类分析表明:68个大豆品种(系)的遗传相似系数(GS)变幅为0.529~0.973,平均GS值0.707,在相似系数0.65处,可将供试的品种(系)聚为2大类,第Ⅱ类在相似系数0.69处又可分为5个亚类。 展开更多
关键词 大豆 SSR标记 遗传多样性 聚类分析 亲缘关系
利用SSR标记技术鉴定西瓜杂交种纯度的研究 认领
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作者 韩道杰 冯锡鸿 +4 位作者 马长河 孙德祥 申太荣 钱瑾 董建力 《宁夏农林科技》 2020年第5期9-11,共3页
为快速高效鉴定西瓜杂交种纯度,利用SSR标记技术对西瓜新品种“中青5号”杂交种进行鉴定。结果表明:筛选出SSR25引物在150 bp处扩增出父、母本和杂交种共有的条带,在160 bp和180 bp处扩增出杂交种特征带。SSR25标记适用于“中青5号”杂... 为快速高效鉴定西瓜杂交种纯度,利用SSR标记技术对西瓜新品种“中青5号”杂交种进行鉴定。结果表明:筛选出SSR25引物在150 bp处扩增出父、母本和杂交种共有的条带,在160 bp和180 bp处扩增出杂交种特征带。SSR25标记适用于“中青5号”杂交种纯度鉴定,SSR鉴定结果的准确性高于大田鉴定结果。研究结果为生产应用提供科学依据。 展开更多
关键词 西瓜 SSR标记 杂交种 纯度鉴定
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利用SSR标记对水稻7组衍生品种的遗传多样性分析 认领
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作者 马菊 赵锦祥 +5 位作者 林郑希 谢永波 陈志伟 毛大梅 周彬 官华忠 《福建农林大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2020年第3期289-294,共6页
采用53对SSR引物对水稻7组衍生品种及其亲本进行遗传多样性和标记鉴定效率分析.结果表明,53对SSR引物中47对具有多态性,占88.68%;共检测到135个等位位点,每个标记平均2.8720个等位位点,变幅为2~5;多态性信息含量(PIC)平均值为0.4821,变... 采用53对SSR引物对水稻7组衍生品种及其亲本进行遗传多样性和标记鉴定效率分析.结果表明,53对SSR引物中47对具有多态性,占88.68%;共检测到135个等位位点,每个标记平均2.8720个等位位点,变幅为2~5;多态性信息含量(PIC)平均值为0.4821,变幅为0.2142~0.7891,其中14对引物具有高的PIC值(>0.6).聚类分析表明,7组供试衍生品种能按来源被准确分类.比较24对引物(NY/T 1433-2007)和48对引物(NY/T 1433-2014)的鉴定效率发现,标记数增加能提高鉴定准确性. 展开更多
关键词 水稻 SSR标记 遗传多样性
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基于甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列的微卫星位点鉴定和SSR标记开发 认领
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作者 徐志军 赵胜 +3 位作者 胡小文 孔冉 苏俊波 刘洋 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期722-729,共8页
分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。... 分子标记缺乏是制约甘蔗分子标记技术发展的重要因素。本研究利用甘蔗AP85-441和R570基因组参考序列,使用MISA软件分别鉴定出512835和97839个微卫星位点,分别占割手密基因组(AP85-441)和甘蔗基因组(R570)高质量参考序列的0.32%和0.35%。在2个基因组序列中,优势重复单元均为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,各重复单元均以AT富集的基元为主。割手密和甘蔗基因组序列中分别有472117和89748个位点可以开发SSR标记。对割手密、甘蔗与高粱基因进行同源性分析,分别鉴定出16691个和13271个对应到高粱1~10号染色体上的同源基因,利用基因序列中的SSR位点,开发出13224和7624对SSR引物。对开发的引物分别以割手密和甘蔗基因组为模板进行e-PCR检测,这些引物在割手密基因组中以多位点扩增为主,在2个基因组中的有效标记比例分别为79.35%和36.13%、79.01%和93.36%。部分SSR引物在基因组中表现出特异性扩增,有1368对仅在AP85-441中单扩增,有1420对仅在R570序列中单扩增,共有752对SSR引物可在2个基因组中单扩增,且这些SSR的扩增位点和来源基因均分布于所在基因组的全部染色体上。在禾本科作物基因组中e-PCR检测表明,开发的单扩增SSR标记具有较好的特异性。本研究鉴定的SSR位点,有助于进一步丰富甘蔗的分子标记;开发的3540对SSR引物对于栽培种甘蔗遗传图谱构建中遗传来源区分和同源连锁群确定具有重要的参考意义。 展开更多
关键词 甘蔗 微卫星序列 同源基因 SSR标记 特异扩增
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浙江开化县茶树种质资源的遗传多样性及亲缘关系分析 认领
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作者 余书平 徐礼羿 +5 位作者 吴荣梅 王丽鸳 吴立赟 韦康 成浩 汪永奇 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期341-351,共11页
收集了浙江省开化县的不同茶树种质资源,利用SSR标记对资源的遗传多样性及个体间的遗传关系进行评估,筛选适于分子鉴别的核心标记组合,并分析样本的亲缘关系。研究结果显示:(1)14个SSR标记在供试样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基... 收集了浙江省开化县的不同茶树种质资源,利用SSR标记对资源的遗传多样性及个体间的遗传关系进行评估,筛选适于分子鉴别的核心标记组合,并分析样本的亲缘关系。研究结果显示:(1)14个SSR标记在供试样本中具有多态性,每个SSR位点的等位基因数为3~6个,平均等位基因数为4.14个,平均有效等位位点数为2.927个;(2)14个SSR位点的基因分型组合能精确的识别出每份种质资源,基于复合位点分析,成功筛选出10个核心SSR位点作为简化的组合,以该组合检测本试验的36份种质资源,其PE-1和PE-3分别超过0.99,PE-2超过0.95;(3)基于UPGMA构建进化树,将36份样本分为3个类群,并通过亲缘分析初步推测样本组中5个组合可能存在亲子关系。研究表明开化的茶树种质资源具有区别于现有育成品种的遗传背景,遗传多样性丰富。 展开更多
关键词 SSR标记 遗传背景 亲缘分析 开化县 茶树
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“红阳”猕猴桃全基因组SSR标记与基因密码子偏性分析 认领
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作者 王宇 唐冬梅 +2 位作者 仲伟敏 马玉华 张敏 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2020年第5期920-927,共8页
【目的】为"红阳"猕猴桃种质资源鉴定与分子标记进行辅助育种提供理论基础。【方法】基于红阳猕猴桃全基因组数据,对其进行SSR标记分析以及基因密码子偏性分析。通过生物信息学方法,分别以全基因组及碱基数不小于300 bp的蛋... 【目的】为"红阳"猕猴桃种质资源鉴定与分子标记进行辅助育种提供理论基础。【方法】基于红阳猕猴桃全基因组数据,对其进行SSR标记分析以及基因密码子偏性分析。通过生物信息学方法,分别以全基因组及碱基数不小于300 bp的蛋白质编码序列为研究对象,利用GMATA、Codon W和SPSS对红阳猕猴桃进行SSR标记与基因密码子使用偏性分析。【结果】扫描红阳猕猴桃全基因组得到的247012个SSR单元中,二核苷酸重复单元最多,占87.7%;长度为10 bp的SSR占比最高,为33.4%。红阳猕猴桃基因的GC平均含量、GC12含量和GC3含量分别为47.10%、47.6%和45.87%;红阳猕猴桃的密码子使用模式与大肠杆菌和酿酒酵母密码子使用模式差异较大,与毕赤酵母较接近;中性作图表明,GC3s与GC12无明显相关性;ENC作图表明,大部分基因位于曲线周围;红阳猕猴桃28个最优密码子中,除CGA以A结尾外,其他密码子均以C或G结尾,说明红阳猕猴桃最优密码子偏好使用以C/G结尾的密码子。【结论】红阳猕猴桃全基因组具有丰富的SSR位点,可用于高效、快速地进行SSR引物的开发。红阳猕猴桃基因密码子使用模式受压力突变和自然选择等多重因素的影响;选取毕赤酵母作为红阳猕猴桃基因的异源表达宿主较合适。 展开更多
关键词 红阳猕猴桃 SSR标记 密码子偏性
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北京油松人工林遗传结构变异及与山西山系种群差异分析 认领
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作者 贺快快 武文斌 +4 位作者 张子杰 胡现铬 韩方旭 钮世辉 李悦 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期33-42,共10页
【目的】本研究旨在揭示与阐明北京主要油松人工林种群的遗传多样性、遗传结构与亲缘关系,引种地对种群遗传结构及生长的影响,尝试追溯其可能的种源,为北京地区油松人工林培育与种质遗传管理提供参考。【方法】试验采用7对多态性高且扩... 【目的】本研究旨在揭示与阐明北京主要油松人工林种群的遗传多样性、遗传结构与亲缘关系,引种地对种群遗传结构及生长的影响,尝试追溯其可能的种源,为北京地区油松人工林培育与种质遗传管理提供参考。【方法】试验采用7对多态性高且扩增稳定的核基因组EST-SSR引物,以北京地区20世纪营造的油松人工林8个种群和皇家园林的古油松3个种群及山西省五大山系的油松种群为试验对象,分析种群遗传多样性、遗传结构和种群间的遗传距离等。【结果】结果表明:3类种群中,北京人工林种群间遗传结构差异最大(FST=0.066),山西五山系群体间遗传结构差异次之(FST=0.033),古油松种群遗传结构差异最小(FST=0.023);北京油松人工林和古油松种群均偏离Hardy-Weinberg平衡,且呈现杂合子过剩状态,其中古油松种群杂合子过剩更多;在遗传距离0.020处北京人工林、古油松和山西五山系共16个油松种群聚为3类,各种群之间的遗传距离较近,遗传差异较小,相似程度较高;EST-SSR位点J10、J20、J42和J50在北京人工林、古油松和山西五山系中位点扩增频率差别大可用于未知种源的油松种群种源溯源。【结论】北京油松人工林种群较古油松种群有更丰富的遗传多样性和更大的遗传结构差异;外来种质在引入地胁迫生境下的适合度差异导致部分植株被淘汰,因此保留下来的种群遗传结构发生一定程度的改变;试验为后续北京地区油松人工林的评价、培育和种质种源管理打下了基础。 展开更多
关键词 油松人工林 古油松 SSR标记 遗传多样性 遗传结构 种源溯源
入侵我国中南三省(区)草地贪夜蛾的单倍体型和群体遗传结构分析 认领 被引量:2
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作者 王佳丽 韦加奇 +2 位作者 孙志秀 徐汉虹 林菲 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期9-16,共8页
【目的】揭示入侵我国中南三省(区)的草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda种群间可能存在的遗传变异,探讨其入侵来源、入侵路线和扩散方式,为制定有效控制和阻击草地贪夜蛾的方案提供理论依据和遗传信息。【方法】利用分子标记技术从线粒体... 【目的】揭示入侵我国中南三省(区)的草地贪夜蛾Spodoptera frugiperda种群间可能存在的遗传变异,探讨其入侵来源、入侵路线和扩散方式,为制定有效控制和阻击草地贪夜蛾的方案提供理论依据和遗传信息。【方法】利用分子标记技术从线粒体DNA和核DNA角度研究草地贪夜蛾种群的遗传多样性和种群结构。对采集自我国广东、广西和湖南3个省(区)的草地贪夜蛾,利用CO I和Tpi基因片段进行了单倍体型分析,利用9个微卫星标记分析种群间的遗传结构和遗传多样性。【结果】供试样品中,除了湖南张家界群体有2个样品为CO I玉米型单倍体型、1个样品为杂合型,其他群体的个体均为CO I水稻型单倍体型。基于SSR标记的群体遗传分析结果表明,被检测的群体遗传多样性较巴西等国家的美洲群体低,各群体遗传分化不明显。广东东莞群体与湖南张家界群体的遗传距离最近,与广西南宁群体的遗传距离较远。【结论】遗传距离与实际距离之间不一定呈正相关,通过遗传结构的分析有助于推测草地贪夜蛾扩散过程中,天气背景场、地理隔离和人为传播各自所起的作用。入侵湖南省张家界的草地贪夜蛾出现了低频率CO I玉米型和高频率的CO I水稻型单倍体型,说明虫源的非单一性;草地贪夜蛾在入侵地定殖时间较短,目前未形成明显的遗传分化。 展开更多
关键词 草地贪夜蛾 单倍体型 SSR标记 遗传多样性
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玉米S4和S6代株系遗传变异分析 认领
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作者 夏清清 石海春 +2 位作者 余学杰 蔡林 柯永培 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期3649-3654,共6页
研究世代间株系遗传变异能有效指导玉米自交系及杂交种的选育。本研究以50个S4和42个S6代株系及其与2个骨干系组配的杂交种为材料,利用分子标记技术研究不同世代株系的遗传差异,及其与产量杂种优势和配合力的相关性。结果表明,40对SSR... 研究世代间株系遗传变异能有效指导玉米自交系及杂交种的选育。本研究以50个S4和42个S6代株系及其与2个骨干系组配的杂交种为材料,利用分子标记技术研究不同世代株系的遗传差异,及其与产量杂种优势和配合力的相关性。结果表明,40对SSR引物在50个S4株系和42个S6代株系中分别检测到68和65个基因型,以及72和77个等位基因;以遗传相似系数0.89为阈值,通过类平均法(UPGMA)将2个测验种、S4及S6代株系分别划分为7个及5个类群,聚类结果与系谱来源基本一致;遗传差异分析显示,相同S2来源的S4代株系或同一S4衍生的S6代株系间的差异位点数均小于不同来源的株系,仅有8%的S4代株系间差异位点数为"1",具有提早稳定的趋势,而61.9%的S6代株系间的差异位点数≤1,大部分株系趋于纯合或可能已纯合,株系内株高及穗位高变异系数也表现出相同的趋势;相关性分析结果,SSR标记遗传距离与产量杂种优势及产量特殊配合力(SCA)的相关系数多数均不显著。本研究从分子水平上证明,育种实践中在S2代之前应增加选择株数以保持群体多样性,而S4代之后可减少株系内自交株数;亲本间的SSR标记遗传距离不足以预测杂交种的产量杂种优势和产量SCA。 展开更多
关键词 玉米(Zea mays L.) 自交系 遗传变异 SSR标记
黑龙江省部分有色稻种质资源的遗传多样性分析 认领
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作者 徐丽丽 刘书涵 +5 位作者 李世伟 康绍玲 王敬国 付俊生 韩笑 孙健 《种子》 北大核心 2020年第8期34-39,共6页
为阐明黑龙江省有色稻资源的遗传基础,为有色稻资源的有效利用及育种的亲本组配提供参考,利用58对SSR(Simple Sequence Repeats)引物对黑龙江省41份有色水稻资源和1份云南有色籼稻资源进行遗传多样性分析。共检测出等位基因224个,平均... 为阐明黑龙江省有色稻资源的遗传基础,为有色稻资源的有效利用及育种的亲本组配提供参考,利用58对SSR(Simple Sequence Repeats)引物对黑龙江省41份有色水稻资源和1份云南有色籼稻资源进行遗传多样性分析。共检测出等位基因224个,平均每对引物检测出3.86个。SSR位点的遗传多态性信息含量(PIC,polymorphic information content)在0.0454~0.3744之间,平均值为0.1443,基因多样性值为0.1617。不加权成对群算术平均数方法(UPGMA,Unweight pair group method using arithmetic averages)聚类分析结果显示,所选用的42个有色稻米品种的遗传相似性系数在0.21处可以分为两大类,在0.53处可以分为三大类,供试品种间相似系数大部分在0.70以上,最高可达0.95。结果表明,选用的41个黑龙江省有色稻米品种总体的遗传多样性差异较小,遗传背景大体相似,说明黑龙江有色稻米的遗传基础较为狭窄,在育种工作中应该注意加强资源创新,扩大黑龙江省有色稻米的种质资源库。 展开更多
关键词 黑龙江 有色稻 种质资源 SSR标记 遗传多样性分析
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基于菜心(Brassica campestris)基因组Survey测序开发多态性SSR标记 认领
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作者 张润霖 夏岩石 +3 位作者 卢宇鹏 李荣华 张华 郭培国 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1901-1908,共8页
为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记。两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads... 为解决菜心SSR标记数量不足、已开发的位点多态性差等问题,本研究利用高通量测序技术,对‘四九-19’和‘3T6’两份菜心材料进行基因组Survey测序,规模化开发多态性SSR标记。两个菜心材料分别获得55 649 657个和59 300 433个Clean reads,分开拼接组装得到430 483个和499 876个Contig。在两个材料的Contig中搜索到共有的SSR位点为30 696个,其中以二和三核苷酸重复基序最为丰富,占总SSR位点的67%。分析比较发现,3 652个(12%) SSR位点在两份测序材料间具有潜在多态性,随机挑选50个SSR位点进行PCR扩增验证,48对(96%)引物在4份菜心材料中扩增出清晰的条带,其中31对(62%)引物在两份测序样品间具有多态性,19对(38%)引物在另两份菜心材料间具有多态性。结果表明,利用基因组Survey测序能开发SSR标记和开发具有多态性的SSR标记,本研究开发的多态SSR标记将进一步为菜心分子标记的发展和应用提供基础。 展开更多
关键词 菜心(Brassica campestris) Survey测序 SSR标记 多态性
基于SSR序列的江西省不同生态地区稻瘟病菌遗传多样性分析 认领
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作者 兰波 孙强 +2 位作者 杨迎青 李湘民 霍光华 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期292-301,共10页
为明确江西省稻瘟病菌Magnaporthe oryzae群体遗传结构及其多样性水平,选用13对SSR引物对分离自5个不同生态地理县(市)水稻穗颈瘟标样的稻瘟病菌单孢菌株的全基因组进行PCR扩增,利用最长距离法和POPGENE 32生物学软件对其进行聚类分析... 为明确江西省稻瘟病菌Magnaporthe oryzae群体遗传结构及其多样性水平,选用13对SSR引物对分离自5个不同生态地理县(市)水稻穗颈瘟标样的稻瘟病菌单孢菌株的全基因组进行PCR扩增,利用最长距离法和POPGENE 32生物学软件对其进行聚类分析和群体遗传多样性分析。结果显示,共分离获得189株稻瘟病菌菌株,13对SSR引物对其均能扩增出1条大小相同且清晰的条带,多态性位点百分率高达100.00%。供试189株稻瘟病菌菌株在相似系数为0.74时可划分为15个遗传宗谱,其中宗谱JXL01包含71株菌株,占总菌株数的37.57%,为优势宗谱;宗谱JXL02、JXL14为亚优势宗谱,分别包含31、26株菌株,占总菌株数的16.40%和13.76%;宗谱JXL03、JXL08、JXL10为次要宗谱,包含10~17株菌株;其它9个宗谱为小宗谱,包含菌株都在5株以下。在群体水平上,来源于不同生态型地区的5个稻瘟病菌群体的Nei’s基因多样性指数为0.375,Shannon信息指数为0.558,具有丰富的遗传多样性,且群体间差异较大;这5个种群基于非加权配对平均法大多聚为一类,种群遗传谱系与地理区域分布呈一定相关性,群体遗传多样性均值为0.373,存在一定的遗传分化,且群体内多样性大于群体间多样性,总遗传变异的64.56%存在于群体内。表明江西省稻瘟病菌群体结构既包含明显的优势宗谱,又存在复杂多变的特异性小宗谱,遗传多样性丰富,且与地理分布有一定的相关性。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 遗传多样性 SSR标记 遗传分化
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