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预测DNA序列中短CpG岛新方法
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作者 范钰琨 孙卫涛 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第7期2900-2905,共6页
在基因表达调控中,长度在200~500bp之间的短CpG岛具有非常重要的作用,然而目前并没有一种非常好的方法寻找短CpG岛。基于给定长度DNA片段上碱基随机分布的排列组合算法,我们定义了一种计算CpG观察预期比的新方法。结合DNA片段长度和GC... 在基因表达调控中,长度在200~500bp之间的短CpG岛具有非常重要的作用,然而目前并没有一种非常好的方法寻找短CpG岛。基于给定长度DNA片段上碱基随机分布的排列组合算法,我们定义了一种计算CpG观察预期比的新方法。结合DNA片段长度和GC含量这两个参数,该方法给出了人类21号和22号染色体上CpG岛分布的预测结果。根据CpG岛与基因功能区、Alu重复序列和UCSC的CpG岛对比分析,本研究给出了新的CpG岛判断准则:(1)CpG岛不小于200bp;(2)GC占比不小于50%;(3)CpG观察预期比不小于1.4。通过与Takai方法的对比分析显示,新方法能够显著地排除Alu重复序列对CpG岛预测的影响,并且能够准确预测具有更短长度的CpG岛在DNA片段上的分布。多基因转录起始位点基因分析结果表明,短CpG岛是UCSC的CpG岛的核心组成部分,短CpG岛是参与基因表达调控的核心元件。本研究为预测和分析短CpG岛在人类基因调控中的作用提供了必要的手段。 展开更多
关键词 短CpG岛 碱基随机分布算法 CpG观察预期比 DNA序列
摸石头过河算法与分布估计混合算法 预览
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作者 高尚 曹存根 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2016年第1期81-84,共4页
依据摸石头过河算法与分布估计算法的优点,提出了一种混合算法。该算法以一个解为起点,向该起点附近邻域随机搜索若干个解,找出这些解中最好的一个解;并挑选部分优秀个体的中心与最好解进行交叉操作,以此解作为下次迭代的结果,然后以此... 依据摸石头过河算法与分布估计算法的优点,提出了一种混合算法。该算法以一个解为起点,向该起点附近邻域随机搜索若干个解,找出这些解中最好的一个解;并挑选部分优秀个体的中心与最好解进行交叉操作,以此解作为下次迭代的结果,然后以此点为起点,再向附近邻域随机搜索若干个解,以此类推。对几个经典测试函数进行实验的结果表明,利用摸石头过河与分布估计算法能够极大地提高收敛速度和精度。 展开更多
关键词 随机优化算法 连续空间优化 摸石头过河 分布估计算法
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关于线性时间复损码的研究 预览 被引量:1
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作者 慕建君 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2002年第1期 122-125,共4页
本文对基于随机二部图的复损码进行了深入的研究。提出了给定度分布对的复损码成功译码时可接受最大损失δ的一上界, 通过对此上界的详细分析提出了求解复损码度分布对的一种算法。这就从理论上说明了具有如上算法选取度分布对的复损... 本文对基于随机二部图的复损码进行了深入的研究。提出了给定度分布对的复损码成功译码时可接受最大损失δ的一上界, 通过对此上界的详细分析提出了求解复损码度分布对的一种算法。这就从理论上说明了具有如上算法选取度分布对的复损码,应该优于文[2]所给度分布对的复损码。而且证明了具有某一确定度分布对的复码损能以线性时间可编码和可成功地译码。 展开更多
关键词 复损码 随机二部图 编译码复杂度 度分布对算法
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二维联合正态分布伪随机数生成算法的研究与实现 预览 被引量:2
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作者 王瑞庆 《电脑学习》 2008年第2期 9-11,共3页
分析了线性同余和Box-Mulles算法的实现机制。给出了一种基于Cholesky因子分解利用标准正态分布随机数产生二维联合正态分布随机数的方法.并给出了该算法的C语言程序实现。
关键词 伪随机数 均匀分布 标准正态分布 联合正态分布 生成算法
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在闭凸集上随机连续型场址的最优选择 预览
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作者 高乘云 《曲阜师范大学学报:自然科学版》 CAS 1996年第2期 15-19,共5页
考虑带约束的随机连续型场址的最优选择问题,证明了随机目标函数的每个样本函数是连续可微的凸函数,给出了选择随机最优场址的算法,并证明了其收敛性,最后,指出随机最优场址及随机最优值的期望值都是有限的。
关键词 随机连续型 最优场址 分布问题 算法 闭凸集
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