期刊文献+
共找到512篇文章
< 1 2 26 >
每页显示 20 50 100
肝癌细胞系PLC/PRF/5中染色质重塑蛋白ATRX表达的调控作用 预览
1
作者 刘宏超 梁俊波 +1 位作者 李光宇 王晓月 《基础医学与临床》 CSCD 2019年第6期781-785,共5页
目的探讨肝癌细胞中地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因(ATRX)对基因表达的影响及其可能机制。方法利用CRISPR/Cas9技术敲除PLC/PRF/5细胞中的ATRX。全转录组测序技术(RNA-seq)检测ATRX敲除前后的基因表达水平,并用DESeq2软件得出差异... 目的探讨肝癌细胞中地中海贫血伴精神发育迟滞综合征基因(ATRX)对基因表达的影响及其可能机制。方法利用CRISPR/Cas9技术敲除PLC/PRF/5细胞中的ATRX。全转录组测序技术(RNA-seq)检测ATRX敲除前后的基因表达水平,并用DESeq2软件得出差异表达基因。最后利用转座酶可及性核染色质区域分析技术(ATAC-seq)对差异基因的染色质可及性进行分析。结果分析得到2754个差异表达基因,其中MUC16和CXCL8均在ATRX缺失后表达显著上调(P<0.05),且两基因附近都存在升高的染色质可及性的区域。结论在肝癌细胞中,ATRX调控大量基因的表达,且可能直接参与了MUC16与CXCL8的抑制,为进一步研究ATRX在肝癌发生中的作用提供了新的线索。 展开更多
关键词 ATRX RNA-SEQ ATAC-seq
在线阅读 下载PDF
高通量RNA-seq技术开发文冠果目的基因SSR标记
2
作者 董旭 阮成江 +3 位作者 刘祾悦 闫蕊 韩平 庞延 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2943-2949,共7页
文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge)是中国北方重要的集药用、食用、观赏和绿化于一身的多用途经济树种。利用MISA软件从文冠果根、叶、花和果实高通量转录组库的45 335条Unigenes中,搜索挖掘出12 606个SSR标记。在这些SSR标记中,有... 文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge)是中国北方重要的集药用、食用、观赏和绿化于一身的多用途经济树种。利用MISA软件从文冠果根、叶、花和果实高通量转录组库的45 335条Unigenes中,搜索挖掘出12 606个SSR标记。在这些SSR标记中,有34.29%的单核苷酸重复、32.82%的二核苷酸重复、29.22%的三核苷酸重复、0.69%的四核苷酸重复、1.59%的五核苷酸重复和1.39%的六核苷酸重复。Unigenes中的408条涉及调控文冠果花色、叶色、果实开裂、成熟期、心室数、种子生长发育、大小和粒重等目的性状,从这些目的基因中共搜索挖掘到64个SSR标记,以辽冠1号叶片DNA为模板从这些SSR标记中共筛选出42对具有清晰扩增条带的SSR标记。以选取的5份表型性状差异明显的文冠果种质叶片为材料,通过对初筛的42对SSR引物的多态性筛选,获得了18对文冠果多态性SSR引物。本研究利用高通量RNA-seq开发的文冠果目的基因SSR标记,可为文冠果指纹图谱构建、遗传多样性分析和标记辅助选择育种等提供分子标记,对文冠果研究和开发利用具有重要意义。 展开更多
关键词 文冠果 RNA-SEQ 目的基因 SSR 多态性标记
猪circ0015292的鉴定及其在卵泡中的表达研究 预览
3
作者 谢苏 李梦寻 +4 位作者 邱梅玉 公红斌 孙义姗 孙晓梅 黄涛 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第3期756-763,共8页
试验旨在通过高通量测序及生物信息学分析circRNA在猪卵泡发育过程中的作用及其可能的机制,为进一步探索circRNA对猪卵泡发育的调控机理奠定生物学基础。采集梅山和杜洛克猪不同级别的卵泡及各组织样本,提取总RNA,采用RNA-Seq技术对卵... 试验旨在通过高通量测序及生物信息学分析circRNA在猪卵泡发育过程中的作用及其可能的机制,为进一步探索circRNA对猪卵泡发育的调控机理奠定生物学基础。采集梅山和杜洛克猪不同级别的卵泡及各组织样本,提取总RNA,采用RNA-Seq技术对卵泡中差异表达的circRNA进行筛选,同时验证并分析其在梅山猪和杜洛克猪卵泡中的表达情况,并用实时荧光定量PCR进行组织表达谱分析。结果显示:试验证实了circ0015292的存在,且其在肌肉、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、卵巢、输卵管、子宫、垂体及下丘脑中均有不同程度的表达,在心脏、脾脏、肺脏、卵巢中的表达量相对较高;circ0015292在梅山猪S卵泡中的表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01),在杜洛克猪M1、M2、L卵泡中的表达量均显著高于梅山猪(P<0.05);其潜在靶基因GADD45G、CCR2、IL20RB、CFL1、LAMB3与猪的卵泡发育相关。综合试验结果,circ0015292在不同组织、不同时期卵泡中均有不同水平的表达;部分靶标基因参与细胞周期及卵巢发育相关信号通路,提示其可能通过对靶基因的调控作用间接参与卵泡发育过程,这为猪繁殖机理的研究提供了新思路。 展开更多
关键词 circ0015292 组织表达谱 RNA-SEQ
在线阅读 下载PDF
基于RNA-Seq技术筛选影响猪肌纤维性状的候选基因 预览
4
作者 成志敏 张宁芳 +8 位作者 王媛媛 乐宝玉 张万锋 宋鹏康 郭晓红 高鹏飞 蔡春波 曹果清 李步高 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期918-929,共12页
旨在探究影响肌纤维性状的候选基因和信号通路。本研究以马身猪和大白猪为研究对象,采用HE染色法分析6月龄马身猪和大白猪背最长肌肌纤维直径和密度,利用RNA-Seq分析马身猪和大白猪背最长肌组织中基因表达情况,并对差异表达基因进行GO和... 旨在探究影响肌纤维性状的候选基因和信号通路。本研究以马身猪和大白猪为研究对象,采用HE染色法分析6月龄马身猪和大白猪背最长肌肌纤维直径和密度,利用RNA-Seq分析马身猪和大白猪背最长肌组织中基因表达情况,并对差异表达基因进行GO和KEGG富集分析,再通过qRT-PCR验证RNA-Seq结果的准确性。结果显示,马身猪背最长肌肌纤维直径极显著低于大白猪(P<0.01),而肌纤维密度极显著高于大白猪(P<0.01)。转录组测序结果显示,在6月龄马身猪和大白猪背最长肌中,差异倍数在2倍以上的基因共105个,其中,马身猪相对于大白猪上调的基因有55个,下调的基因有50个。GO富集分析表明,差异表达基因主要富集在与线粒体相关的细胞组分和骨骼肌分化有关的生物学过程中;KEGG分析结果显示,这些差异表达基因主要参与到与氧化磷酸化有关的信号途径。qRT-PCR和RNA-Seq对6个DEGs表达情况的检测结果表明它们的表达趋势相同,说明RNA-Seq结果准确可靠。结合差异基因表达丰度、GO和KEGG富集分析结果,本研究发现,MYL3、MYH3、MYH6基因通过影响肌纤维的组成而影响肌纤维特性,ND6基因通过参与线粒体氧化磷酸化过程影响肌纤维类型,MICU2基因通过维持线粒体Ca2+浓度的稳态影响细胞功能,编码转录因子的EGR1和FOS基因通过调节细胞增殖、分化和凋亡等过程影响肌肉生长发育。本研究初步揭示了造成马身猪和大白猪肌纤维性状差异的主要原因,为猪肉品质的改善提供了相应的理论依据。 展开更多
关键词 肌纤维性状 候选基因 RNA-SEQ
在线阅读 免费下载
MT和FGF5调控辽宁绒山羊绒毛生长相关LncRNA的筛选及鉴定 预览
5
作者 金梅 张丽娟 +1 位作者 曹倩 郭鑫英 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期738-754,共17页
【目的】筛选出辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞中与绒毛生长相关的LncRNA,为绒毛生长相关LncRNA的功能及机制研究提供基础性数据。【方法】提取MT和FGF5处理的辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞总RNA,通过样品总RNA电泳检测、测序数据质量评估、Mapp... 【目的】筛选出辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞中与绒毛生长相关的LncRNA,为绒毛生长相关LncRNA的功能及机制研究提供基础性数据。【方法】提取MT和FGF5处理的辽宁绒山羊皮肤成纤维细胞总RNA,通过样品总RNA电泳检测、测序数据质量评估、Mapping比对、样品间相关性检查对提取的总RNA进行质量检测。筛选出差异表达的LncRNA并预测其靶基因,通过GO和KEGG富集分析,筛选出与绒毛生长相关的LncRNA,并通过Real-time PCR对目标LncRNA进行表达验证。【结果】(1)样品总RNA质量检测结果显示:RNA完整性良好、GC含量相对较高,序列较稳定、样品间表达水平相关性均较高、符合测序要求。(2)差异表达LncRNA的筛选结果显示:1.0g·L-1 24h组差异表达LncRNA有32个,其中4个表达上调,28个表达下调;0.2g·L-1 24h组差异表达LncRNA有10个,其中4个表达上调,6个表达下调;0.2g·L-1 72h组差异表达LncRNA有113个,其中5个表达上调,108个表达下调。10-4 g·L-1 24 h组差异表达LncRNA有164个,其中有70个上调,94个下调;10-4g·L-1 72 h差异表达LncRNA有189个,其中有78个上调,111个下调;10-6 g·L-1 24 h组差异表达的LncRNA有123个,其中有27个上调,96个下调。(3)靶基因GO富集分析结果显示:1.0g·L-1 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的negative regulation of transcription from RNA polymerase Ⅱ promoter;0.2g·L-1 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的GO term;0.2g·L-1 72h组差异表达LncRNA靶基因富集在GO的cellular metabolicprocess biologicalprocess,binding molecularfunction,FGF5处理组中只有10-4 g·L-1 72 h组差异表达LncRNA靶基因富集在cell cellularcomponent、cell part cellularcomponent、intracellular cellularcomponent、binding molecularfunction等6个条目。(4)靶基因KEGG富集分析结果显示:1.0g·L-1 24h组差异表达LncRNA靶基因富集在Steroid biosynthesis pathway;0.2g·L-1 24h组无差异表达LncRNA靶基因富集的Pathway term;0.2g·L-1 72h组� 展开更多
关键词 辽宁绒山羊 褪黑激素 FGF5 LncRNA RNA-SEQ 信号通路
在线阅读 下载PDF
中间砧‘南通小方柿’嫁接柿转录组测序及分析
6
作者 申妍颖 李雪涵 +1 位作者 李飞鸿 渠慎春 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1454-1466,共13页
本研究通过Illumina HiseqTM4000高通量测序对嫁接甜柿(‘山东君迁子’/‘南通小方柿’/‘甘秋’,‘山东君迁子’/‘甘秋’)的5个嫁接部位茎中提取的总RNA进行测序,分别分析以‘南通小方柿’作中间砧致矮过程中,接穗(‘甘秋’)和基砧(... 本研究通过Illumina HiseqTM4000高通量测序对嫁接甜柿(‘山东君迁子’/‘南通小方柿’/‘甘秋’,‘山东君迁子’/‘甘秋’)的5个嫁接部位茎中提取的总RNA进行测序,分别分析以‘南通小方柿’作中间砧致矮过程中,接穗(‘甘秋’)和基砧(‘山东君迁子’)中相关基因表达的变化。测序结果按倍性不同组装后分别获得119 573 (六倍体)和63 245(二倍体)个Unigenes的序列及在不同数据库中的注释信息,并在接穗和基砧中筛选到了9 863和7 805个差异表达基因。综合这些差异基因在接穗和基砧中GO和Pathway的分析结果表明,它们主要注释到包括代谢和植物激素信号转导在内的20条通路,其中二萜生物合成、色氨酸代谢和油菜素内酯生物合成途径中多个酶基因,以及GA、IAA和BR等激素信号转导通路中的一系列受体及作用元件基因,可能在矮化中间砧对树体生长的影响中起着关键作用。研究表明,‘南通小方柿’作中间砧的矮化作用是由于茎生长发育相关代谢通路中基因表达量变化引起的。本研究丰富了柿树的转录组信息,为进一步挖掘‘南通小方柿’中间砧矮化过程中的关键基因及其矮化机理提供重要依据,并为今后研究中间砧在植株生长发育过程中的分子作用机制提供科学依据。 展开更多
关键词 甜柿 南通小方柿 转录组测序 RNA-SEQ 嫁接
角鳖RNA-seq转录组分析及生长相关基因筛选
7
作者 罗志嘉 李潇 +3 位作者 曾丹 王佩 彭娜 王晓清 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1480-1487,共8页
角鳖是一种具有极高经济价值的淡水动物,市场开发潜力较大。其生长上存在的显著差异,制约了角鳖养殖业的健康可持续发展。为了探索角鳖生长发育的相关分子机制,本研究以生长存在显著差异的快长组和慢长组角鳖肝脏为材料,采用Illumina Hi... 角鳖是一种具有极高经济价值的淡水动物,市场开发潜力较大。其生长上存在的显著差异,制约了角鳖养殖业的健康可持续发展。为了探索角鳖生长发育的相关分子机制,本研究以生长存在显著差异的快长组和慢长组角鳖肝脏为材料,采用Illumina HiSeq TM 2500高通量测序平台进行转录组分析,经过拼接组装共获得264 757 372条Clean reads,148 093个Unigene,序列平均长度为900.8 bp。将Unigene与NR、SWISSPROT、KOG、KEGG和GO进行比对,共有34 666条得到了注释结果。通过以快长组为对照组,慢长组为实验组进行基因表达情况对比,结果显示有2 246个基因表达存在差异,其中显著性上调的基因1 264个,显著性下调的基因982个。通过KEGG pathway分析,Fox O信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡、TGF-beta信号通路及胰岛素信号通路等生长发育相关代谢途径的部分基因表达存在显著的差异。本研究为进一步揭示角鳖生长发育的相关分子机制、生长相关基因克隆和表达等研究及奠定了坚实的基础,也为后续开展龟鳖类分子生物学研究提供了宝贵的基因数据来源。 展开更多
关键词 角鳖 RNA-SEQ 转录组 生长基因筛选
利用生物信息学方法解析自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的动态表达 预览
8
作者 徐长禄 赵艳红 +8 位作者 马艺戈 王冰蕊 王鼎 郭青 佟静媛 高洁 李亚朴 刘金花 石莉红 《生物技术进展》 2019年第3期271-276,共6页
为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶... 为了探究自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达概况,利用生物信息学方法对人体终末分化各阶段红细胞转录组测序(RNA sequencing,RNA-Seq)数据中自噬相关基因的表达进行提取并分析。结果表明,自噬相关基因在红细胞终末分化各阶段呈现不同的表达模式;在红细胞终末分化的早期,超过50%的自噬相关基因呈现高表达状态;原始红细胞及早幼红细胞中高表达的自噬相关基因富集的生物学过程主要包括细胞自噬及其调节、蛋白质的磷酸化及囊泡的运输,而线粒体自噬相关基因主要在中幼红细胞及晚幼红细胞阶段高表达。研究发现,自噬相关基因在人体红细胞终末分化各阶段的表达呈现动态变化;不同阶段的红细胞中高表达的自噬相关基因及其富集的生物学过程均不同。 展开更多
关键词 自噬相关基因 红细胞终末分化 RNA-SEQ 红细胞成熟 生物信息学分析
在线阅读 下载PDF
LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿外周血单个核细胞基因表达谱的RNA-Seq分析 预览
9
作者 朱兰玉 覃霞 +2 位作者 方玲 舒伟 林有坤 《广西医科大学学报》 CAS 2019年第5期803-808,共6页
目的:分析LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿外周血单个核细胞基因表达谱的转录组测序(RNA-seq)结果。方法:将3例LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿作为病例组,1例正常儿童为对照组,应用RNA-seq技术对两组外周血单个核细胞进行全转录组测... 目的:分析LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿外周血单个核细胞基因表达谱的转录组测序(RNA-seq)结果。方法:将3例LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿作为病例组,1例正常儿童为对照组,应用RNA-seq技术对两组外周血单个核细胞进行全转录组测序,分析差异表达基因,并对这些差异基因进行GO功能和Pathway显著性富集分析。结果:病例组与对照组差异表达基因共有135个,其中下调91个,上调44个。差异基因功能涉及DNA复制、能量代谢、信号转导、炎症等方面,其中MCM、GINS2、CDC45与DNA复制有关;IL-8、FOS、CXCR2等与炎症有关;TOP2A、ABCG1、KIF4A、KIF2C、KIF20A、KIF14、KIF11、KIF18B、KIFC1、KIF15等与细胞能量代谢有关;BUB1、AURKB、BUB1B、PKMYT1、MELK与蛋白激酶活性有关。GO功能显著性富集分析结果显示:差异基因的功能主要包括生物学行为调控、细胞组分形成及分子功能,集中表现在生物学过程部分行为的调控。Pathway显著性富集分析10条具有显著性差异的通路,其中细胞周期及细胞衰老通路明显富集。结论:调控细胞周期的相关基因的表达量改变可能参与LMNA基因R527C纯合突变早老症患儿疾病的发生和发展。 展开更多
关键词 儿童早老症 RNA-SEQ R527C LMNA
在线阅读 免费下载
不同糖源对葡萄试管苗蛋白激酶相关基因表达的影响 预览
10
作者 梁国平 李文芳 +6 位作者 陈佰鸿 左存武 马丽娟 何红红 万鹏 安泽山 毛娟 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1119-1135,共17页
【目的】探究不同外源糖对葡萄试管苗生长发育及蛋白激酶基因转录调控的影响,应用转录组测序挖掘蛋白质磷酸化过程中的基因,为葡萄蛋白激酶相关基因功能的验证奠定一定基础。【方法】在基本培养基中分别添加2%的蔗糖、葡萄糖和果糖,以... 【目的】探究不同外源糖对葡萄试管苗生长发育及蛋白激酶基因转录调控的影响,应用转录组测序挖掘蛋白质磷酸化过程中的基因,为葡萄蛋白激酶相关基因功能的验证奠定一定基础。【方法】在基本培养基中分别添加2%的蔗糖、葡萄糖和果糖,以无糖为对照,分别命名为S20、G20、F20和CK,经过37 d培养后,测定不同处理的地上和地下鲜重,并采用Illumina HiSeqTM 2000对各处理叶片进行转录组测序,通过综合生物信息学分析(参考基因组比对、差异基因(DEGs)筛选、COG(Cluster of Orthologous Groups of proteins)注释、GO(Gene Ontology)注释等)筛选出蛋白激酶相关基因,通过qRT-PCR分析该蛋白激酶相关基因的表达特性。【结果】F20、G20和S20处理下的葡萄(‘红地球’)试管苗与CK相比,地上鲜重具有明显差异,且F20最高,而G20地下鲜重最高。SNP统计发现,转换是主要的变异类型,颠换次之,且发生在基因间区的SNP数量最多,其次是下游;剪接位点供体和同义终止发生的基因数量最少且相等。4个样品中共获得了2 633个差异基因,3个处理与CK相比,共有差异基因180个且被聚类为3组,第一组中127个基因仅在CK中高表达,第二组19个基因仅在G20下高表达,而第三组34个基因在3个处理下表达模式不尽相同。这些共有的差异基因在COG中注释到了26个基因并分在11个功能类别中,且主要注释在一般的功能类别中。在GO分类中,共有的基因分别被注释在分子功能、生物学过程和细胞组分的14、22和13个功能类别中。共筛选出7种蛋白激酶,分别为葡萄糖激酶(Glucokinase,GK)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated protein kinases,MAPKs)、钙调蛋白激酶(Calcineurin protein kinase,CBL)、蛋白磷酸酶2(Protein phosphatase 2,PP2A)、己糖激酶(Hexokinase,HXK)、组氨酸蛋白激酶(Histidine protein kinase,HPK)和酪氨酸激酶(Tyrosine kinase,TK),其不同激酶的基因在不同处理� 展开更多
关键词 RNA-SEQ 外源糖 蛋白激酶 信号转导
在线阅读 下载PDF
小麦近等基因系幼穗二棱期转录组分析 预览
11
作者 李文静 赵新颖 +4 位作者 纪萌琦 郭鑫 郭红 邓志英 田纪春 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期18-28,共11页
抽穗期是与小麦适应性直接相关的一个很重要的性状,直接或间接影响小麦的产量和抗性。为明确控制抽穗期的关键表达基因,以抽穗期分别为196 d和184 d的小麦近等基因系Y57和96-2为材料,对其二棱期幼穗分别构建转录组测序文库,利用Illumina... 抽穗期是与小麦适应性直接相关的一个很重要的性状,直接或间接影响小麦的产量和抗性。为明确控制抽穗期的关键表达基因,以抽穗期分别为196 d和184 d的小麦近等基因系Y57和96-2为材料,对其二棱期幼穗分别构建转录组测序文库,利用Illumina HiSeq 2500平台进行RNA-seq测序;将获得的clean read与中国春参考序列比对,得到unique read,采用FPKM法计算基因表达量,对差异表达基因进行功能注释、GO和COG功能分类以及KEGG通路分析。结果表明,供试材料经过测序获得质量不低于30的碱基比例(Q30)均高于85.5%;Y57和96-2分别有60 246 194和60 963 580条clean read,其中63.11%和69.51%能与参考基因组序列匹配。共筛选到395个差异表达基因,有382个基因得到功能注释;有298个基因获得GO功能注释,主要涉及细胞组分、结合、细胞反应和代谢过程;COG注释的基因主要涉及一般功能、信号转导机制和转录;KEGG功能注释分析发现,显著富集在光合作用-天线蛋白通路上的基因均上调表达。编码丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶2A的基因在Y57中几乎不表达,而在96-2中表达量较高。进一步分析发现,多个与生长发育、抽穗开花相关的转录因子在两个材料中的表达差异显著。此结果可为深入研究抽穗期相关基因和穗发育调控机制奠定基础。 展开更多
关键词 小麦 幼穗 近等基因系 二棱期 RNA-SEQ
在线阅读 下载PDF
东方蜜蜂微孢子虫的基因结构优化及新基因鉴定 预览
12
作者 熊翠玲 童新宇 +7 位作者 陈华枝 耿四海 庄天艺 郑燕珍 付中民 陈大福 赵红霞 郭睿 《环境昆虫学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期373-379,共7页
东方蜜蜂微孢子虫 Nosema ceranae 是一种寄生于蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对蜜蜂的健康危害严重,给世界各国的养蜂业造成较大损失。本研究基于前期获得的 N. ceranae 孢子的转录组数据对其已注释基因进行结构优化,并对未注释基因... 东方蜜蜂微孢子虫 Nosema ceranae 是一种寄生于蜜蜂中肠上皮细胞的单细胞真菌,对蜜蜂的健康危害严重,给世界各国的养蜂业造成较大损失。本研究基于前期获得的 N. ceranae 孢子的转录组数据对其已注释基因进行结构优化,并对未注释基因进行预测和分析。通过将测序得到的clean reads比对参考基因组和转录本重构,共对10个 N. ceranae 的已注释基因的5 端或3 端进行了延长。利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共鉴定出27个新基因,随机挑选9个新基因进行RT-PCR验证,均能扩增出符合预期的目的片段,表明预测出的新基因真实存在。有6个新基因能够注释到GO数据库和6个基因注释到KEGG数据库。进一步分析结果显示上述新基因注释到细胞等10个GO条目上,它们可能在 N. ceranae 的生命活动中具有重要功能。研究结果为 N. ceranae 的基因结构和功能注释信息的完善提供了有益补充,也为新基因的功能研究打下了基础。 展开更多
关键词 东方蜜蜂微孢子虫 RNA-SEQ 已注释基因 结构优化 新基因
在线阅读 下载PDF
基于中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂基因组的基因结构优化及新基因鉴定
13
作者 熊翠玲 王海朋 +6 位作者 郑燕珍 付中民 徐国钧 童新宇 赵红霞 陈大福 郭睿 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期86-93,共8页
利用前期获得的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定:利用Cufflink软件对reads进行转录本重构,通过与参考转录本序列进行比... 利用前期获得的中华蜜蜂(Apis cerana cerana)幼虫肠道转录组数据对东方蜜蜂(Apis cerana)基因组的已注释基因进行结构优化、对未注释的新基因进行预测、分析和鉴定:利用Cufflink软件对reads进行转录本重构,通过与参考转录本序列进行比较,共对3366个东方蜜蜂的基因结构进行了优化;利用Cuffcompare软件将重构转录本与参考基因组进行比对,共预测出527个东方蜜蜂的新基因,其中234个新基因在Nr数据库中存在注释信息;随机选取12个新基因进行PCR鉴定,有11个能够扩增出符合预期的目的片段,表明多数预测出的新基因真实存在;GO分类和KEGG代谢通路分析结果显示上述新基因可能在东方蜜蜂的生长发育、物质代谢、遗传信息传递等方面具有重要功能。本研究结果丰富和完善了东方蜜蜂基因组的基因结构与功能注释信息,也为新基因的功能研究打下基础。 展开更多
关键词 东方蜜蜂 基因组 RNA-SEQ 基因结构优化 新基因鉴定
利用RNA-seq数据分析肝细胞癌差异表达基因及蛋白相互作用
14
作者 张建华 应安娜 +1 位作者 俞梦琪 俞冰楠 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期461-467,共7页
RNA-Seq已成为当前转录组学研究的强有力工具,尤其在肿瘤差异表达基因的筛选方面有重要的应用价值。为进一步阐明肝细胞癌(HCC)的分子机制,本研究对GEO中1个包括12对HCC组织标本的RNA-Seq数据集(GSE63863)进行了生物信息学分析。采用ed... RNA-Seq已成为当前转录组学研究的强有力工具,尤其在肿瘤差异表达基因的筛选方面有重要的应用价值。为进一步阐明肝细胞癌(HCC)的分子机制,本研究对GEO中1个包括12对HCC组织标本的RNA-Seq数据集(GSE63863)进行了生物信息学分析。采用edgeR、DESeq2、voom等3种不同算法的软件进行统计分析,共获得976个差异表达基因(adj. p-value<0.01或FDR<0.01,|logFC|≥2),其中上调表达422个(43.2%),下调554个(56.8%)。GO富集分析显示这些差异表达基因主要涉及离子结合、氧化还原酶活性等分子功能以及氧化还原、细胞分裂等生物学过程;KEGG通路分析显示,这些差异表达基因主要涉及细胞周期、视黄醇等代谢通路。STRING分析显示,共有654个基因编码的蛋白质存在相互作用,进一步利用MCODE分析显示,169个基因编码蛋白构成4个子网络,相应的中心节点基因分别为UBE2C、GNG4、TTR、FOS,这些基因的异常表达可能在HCC的发生发展过程中具有重要作用。上述研究结果将为进一步阐明HCC分子发病机制、寻找新型生物标志物提供初步的依据。 展开更多
关键词 肝细胞癌 RNAseq 差异表达基因 蛋白质相互作用网络
空心李RNA-seq SSR信息分析及分子标记开发
15
作者 丁健 阮成江 +3 位作者 吴茂宏 胡国均 张绍阳 韩平 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2579-2586,共8页
为开发适用于空心李的目的基因SSR分子标记。基于空心李果实中果皮转录组测序数据,利用Trinity软件组装45 389条Unigene,其中32 822条获得功能注释。通过KEGG代谢通路分析发现817条Unigene与碳水化合物代谢相关。利用MISA软件在所有Unig... 为开发适用于空心李的目的基因SSR分子标记。基于空心李果实中果皮转录组测序数据,利用Trinity软件组装45 389条Unigene,其中32 822条获得功能注释。通过KEGG代谢通路分析发现817条Unigene与碳水化合物代谢相关。利用MISA软件在所有Unigene中共检测到9 797个SSR位点,分布于7 963条Unigene中,其占总Unigene数的17.54%。优势重复基序为二核苷酸(占总SSR位点数的40.57%)、单核苷酸(39.34%)和三核苷酸(18.58%)。AG/CT是二核苷酸中最多的重复类型(32.40%),三核苷酸重复类型以AAG/CTT为主(5.87%)。根据已注释的与果实品质(大小,糖和酸合成等)相关Uningene序列,挖掘到47个目的基因SSR分子标记,以‘李子王30号’空心李种质叶片基因组DNA为模板对这些SSR标记进行有效性验证,39对引物能扩增出清晰条带,其中11对引物在5份不同空心李种质中表现出多态性。开发的空心李目的基因SSR标记为空心李种质遗传多样性分析、指纹图谱构建和果实品质性状关联分析提供有效标记。 展开更多
关键词 空心李 RNA-SEQ 目的基因 SSR 分子标记
基于工程化转座酶的少量细胞RNA-seq文库构建的研究
16
作者 许昊 刘小亮 +4 位作者 胡玲 于海礼 黄毅 李洪涛 万瑛 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期866-870,共5页
目的优化Tn5转座酶纯化和组装过程,建立少量细胞高质量转录组深度测序文库(RNA-Seq)的构建策略。方法构建Tn5转座酶表达载体pSUMO-Tn5,优化Tn5转座酶表达、亲和纯化和组装过程,比较不同组装方式的Tn5转座酶构建少量RAW264.7细胞RNA-seq... 目的优化Tn5转座酶纯化和组装过程,建立少量细胞高质量转录组深度测序文库(RNA-Seq)的构建策略。方法构建Tn5转座酶表达载体pSUMO-Tn5,优化Tn5转座酶表达、亲和纯化和组装过程,比较不同组装方式的Tn5转座酶构建少量RAW264.7细胞RNA-seq文库效率。结果pSUMO-Tn5转化细菌高效表达可溶性Tn5转座酶,亲和纯化获得高纯度Tn5蛋白,超滤纯化的Tn5转座体显著降低少量细胞RNA-Seq中的无效数据(P<0.05)。结论成功表达和纯化Tn5转座酶,超滤后Tn5转座体可降低少量细胞RNA-seq文库构建中的非特异扩增,建立一种高效的少量细胞RNA-Seq策略。 展开更多
关键词 Tn5转座酶 RNA-SEQ 文库构建
miR-127-3p对C2C12细胞成肌分化和转录组的影响 预览
17
作者 宋天增 李杰 +6 位作者 马金英 蒋婧 王高富 付琳 周鹏 马友记 任航行 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期8-16,共9页
前期研究表明,miR-127-3p参与骨骼肌细胞分化的调控,但对于miR-127-3p调控的靶基因及其在成肌分化中的作用还不清楚。应用qRT-PCR与细胞形态学方法研究过表达miR-127-3p对C2C12成肌细胞分化及成肌标志基因MyoD、MyoG和Myosin表达的影响;... 前期研究表明,miR-127-3p参与骨骼肌细胞分化的调控,但对于miR-127-3p调控的靶基因及其在成肌分化中的作用还不清楚。应用qRT-PCR与细胞形态学方法研究过表达miR-127-3p对C2C12成肌细胞分化及成肌标志基因MyoD、MyoG和Myosin表达的影响;RNA-Seq分析过表达miR-127-3p对成肌细胞转录组的影响,鉴定差异表达基因并对其功能进行初步研究。结果表明,过表达miR-127-3p显著促进C2C12细胞的成肌分化与MyoD、MyoG和Myosin表达;RNA-Seq分析共鉴定到3个差异基因,均为下调基因,其中包括2个转录因子(Irf7和Ddit3)。GO与KEGG分析显示,这些差异基因显著富集于免疫和能量代谢过程/信号通路。生物信息学分析发现,miR-127-3p可与Ddit3基因的CDS区发生碱基互补配对,进而抑制其表达。表明在转录组水平上,miR-127-3p可能通过直接靶向Ddit3基因/转录因子调控免疫与能量代谢类基因的表达,进而调节成肌细胞分化。 展开更多
关键词 RNA-SEQ microRNA 过表达 C2C12 成肌分化
在线阅读 下载PDF
OsHsp18.0-CI调控水稻对白叶枯病的抗性
18
作者 左丽萍 张瑞华 +4 位作者 金桂秀 巨延虎 田红娟 储昭辉 丁新华 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期90-100,共11页
热激蛋白广泛存在于各种生物中,响应多种生物胁迫和非生物胁迫。前期研究结果显示,在水稻中超量表达小热激蛋白OsHsp18.0-CI基因,能通过增强水稻的基础防卫反应提高对水稻细菌性条斑病的抗性。本研究发现,OsHsp18.0-CI基因也能够受到白... 热激蛋白广泛存在于各种生物中,响应多种生物胁迫和非生物胁迫。前期研究结果显示,在水稻中超量表达小热激蛋白OsHsp18.0-CI基因,能通过增强水稻的基础防卫反应提高对水稻细菌性条斑病的抗性。本研究发现,OsHsp18.0-CI基因也能够受到白叶枯病菌的诱导表达,超量表达OsHsp18.0-CI的转基因水稻也增强了对多个白叶枯病致病菌株的抗性。转录组测序分析发现,OsHsp18.0-CI基因介导的水稻对白叶枯病的抗病信号途径有部分类似于其介导的对细菌性条斑病的抗性路径,同时也有大量新的未知功能基因的参与。以上结果表明,OsHsp18.0-CI基因受到病原菌的侵染时,也能通过增强水稻的基础防卫反应来提高对白叶枯病的抗性。 展开更多
关键词 水稻 白叶枯病 热激蛋白 OsHsp18.0-CI RNA-SEQ
基于RNA-seq技术的活血化瘀法治疗乳腺癌关键基因的筛选和验证
19
作者 赵利南 赵益 孙有智 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期101-108,共8页
目的:研究活血化瘀治法(the medicine group of promoting blood circulation and removing stasis,PBCRS)对7,12-二甲基苯蒽[7,12-dimethylbenz(a) anthracene,DMBA]诱发性大鼠乳腺癌的抑制作用,及运用转录组测序技术(RNA sequencing,R... 目的:研究活血化瘀治法(the medicine group of promoting blood circulation and removing stasis,PBCRS)对7,12-二甲基苯蒽[7,12-dimethylbenz(a) anthracene,DMBA]诱发性大鼠乳腺癌的抑制作用,及运用转录组测序技术(RNA sequencing,RNA-seq)和信号网络分析(ingenuity pathway analysis,IPA)软件筛选关键基因和验证。方法:将96只SD大鼠随机分为空白组,DMBA模型组,枸橼酸他莫昔芬(Tamoxifen,TAM)组(1.9 mg·kg-1·d-1),PBCRS高、中、低剂量组(12.96,6.48,3.24 g·kg-1·d-1)。药物干预1周后,除空白组外,采用DMBA诱导大鼠乳腺癌模型(灌服2次,间隔1周,剂量100 mg·kg-1)。给药10周后,观察大鼠荷瘤重、荷瘤体积变化,用总RNA提取试剂盒提取总RNA,从DMBA模型组和PBCRS中剂量组各取3个RNA样品进行基因检测,筛选出关键差异基因,用实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证关键基因。结果:与DMBA模型组比较,PBCRS中剂量组荷瘤重和荷瘤体积均明显降低(P<0.05),PBCRS高、低剂量组荷瘤重和荷瘤体积虽有降低,但与DMBA模型组比较差异均无统计学意义;基于RNA-seq技术及IPA分析软件筛选出果糖1,6二磷酸酶1 (fructose-1,6-bisphosphatase1,FBP1),浦肯野细胞蛋白4(purkinje cell protein 4,PCP4),肌红蛋白(myoglobin,MB) 3个关键基因;与DMBA模型组比较,PBCRS高、中剂量组FBP1 mRNA表达均明显升高(P<0.05),PBCRS低剂量组FBP1 mRNA表达升高,但差异无统计学意义,PBCRS高、中、低剂量组PCP4 mRNA的表达增高,但无统计学差异,PBCRS低剂量组MB mRNA的表达虽降低,差异无统计学意义。结论:PBCRS可能通过干预乳腺癌组织中FBP1的表达,抑制乳腺癌的发生。 展开更多
关键词 乳腺癌 RNA-SEQ 活血化瘀法 果糖1 6二磷酸酶1(FBP1) 浦肯野细胞蛋白4(PCP4) 肌红蛋白(MB)
RNA-seq技术开发紫斑牡丹目的基因SSR标记
20
作者 韩平 阮成江 +5 位作者 丁健 董旭 王海明 熊朝伟 刘文浩 王国辉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3665-3673,共9页
紫斑牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.var.papaveracea)是中国北方主栽的油用牡丹品种。基于高通量转录组测序技术(RNA-seq),利用MISA软件从紫斑牡丹种子转录组库中共获得115 922条Unigenes,从中挖掘出16 900个SSR标记。这些SSR标记中... 紫斑牡丹(Paeonia suffruticosa Andr.var.papaveracea)是中国北方主栽的油用牡丹品种。基于高通量转录组测序技术(RNA-seq),利用MISA软件从紫斑牡丹种子转录组库中共获得115 922条Unigenes,从中挖掘出16 900个SSR标记。这些SSR标记中的单核酸苷酸重复占59.14%、二核苷酸重复占28.61%、三核苷酸重复占11.27%、四以上核苷酸重复占0.98%。在涉及调控紫斑牡丹油脂合成和脂肪酸积累、种子大小和粒重及角鲨烯等目的性状相关目的基因的功能注释unigenes中,共搜索到71对SSR标记引物;以优良无性系DL1叶片DNA为模板对这些SSR引物的有效性验证结果表明,共有46对引物能扩增出清晰的目的条带。以7个牡丹种质的叶片为材料,对46对已扩增出目的条带的SSR引物进行多态性验证,获得了44对具有多态性的SSR标记引物,占总引物的95.65%。利用RNA-seq技术新开发的目的基因SSR标记可为紫斑牡丹的遗传多样性分析和标记辅助选择育种等提供科学基础。 展开更多
关键词 紫斑牡丹 RNA-SEQ 目的基因 SSR 多态性标记
上一页 1 2 26 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈