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VTCN1调控结肠癌细胞长链非编码RNA和mRNA的全基因表达谱分析 预览
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作者 褚以忞 周锋利 +5 位作者 徐莹 蒯榕 李吉 侯照远 杨大明 彭海霞 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期270-277,共8页
目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1... 目的·探讨含V-set域T细胞激活抑制因子(V-set domain containing T cell activation inhibitor 1,VTCN1)在结肠癌中对下游长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和mRNA的调控作用。方法·利用慢病毒质粒在结肠癌细胞株SW1116中过表达VTCN1,抽提RNA并测序,与阴性对照组比较分析差异表达的lncRNA和m RNA,并任意选取差异表达的lncRNA(3条)和mRNA(2条)进行实时定量PCR(qRT-PCR)验证RNA测序结果的准确性。通过BLAST2GO和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)分析预测这些差异表达lncRNA和m RNA的相关功能。利用线上平台GEPIA18(Gene Expression Profiling Interactive Analysis)分析差异表达lncRNA与结直肠癌患者生存期的相关性。结果·通过RNA测序在过表达VTCN1的SW1116细胞中发现了167条差异基因,包括39条lncRNA和128条m RNA。qRT-PCR检验结果与RNA测序结果变化趋势一致。生物信息学分析结果显示这些受VTCN1调控的差异基因可能参与了内质网中的蛋白处理、mRNA监控信号通路。另外,在过表达VTCN1的结肠癌细胞中明显上调的3条lncRNA(DNAJC9-AS1、HCG27和RP11-339B21.13),同时也是预测结直肠癌患者总生存期的独立因子。结论·在结肠癌细胞中VTCN1对下游多条lncRNA和mRNA具有调控作用,这些lncRNA和mRNA可能参与了内质网中的蛋白处理和mRNA监控信号通路。 展开更多
关键词 含V-set域T细胞激活抑制因子 结肠癌 长链非编码RNA RNA测序 生物信息学分析
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肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶转基因小鼠肝脏核糖核酸测序差异表达基因分析研究 预览
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作者 胡蒙亮 任航江 +3 位作者 韩亭亭 满永 黎健 李国平 《心肺血管病杂志》 2019年第7期781-787,共7页
目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基... 目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基因。方法:构建肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠;收集野生型和肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠的肝脏组织;油红O染色观察肝脏组织脂质蓄积情况;酶法测定肝脏组织三酰甘油含量;利用蛋白免疫印迹检测脂代谢相关蛋白表达情况;提取两组小鼠肝脏RNA,通过RNA-seq构建mRNA和lncRNA差异表达谱;通过GO和KEGG PATHWAY分析对差异表达的基因进行生物学过程的富集和脂质代谢通路的分析,筛选出与脂代谢相关的差异显著的mRNA和lncRNA;通过实时荧光定量PCR验证肝脏组织中部分差异显著的与脂代谢相关的基因表达水平。结果:肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠相比野生型小鼠,肝脏高度表达11β-HSD1蛋白,模型构建成功。与野生型小鼠相比,肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积,脂质合成通路激活。RNA-seq测序显示,两组样本中有323条差异表达的lncRNA和825条差异表达的mRNA。其中123条lncRNA表达上调,200条lncRNA表达下调;表达上调和下调的mRNA数目分别为376和449。进一步对其进行GO富集分析,结果显示差异表达的RNA主要参与脂质代谢、脂质生物合成和脂肪酸代谢等生物学过程。实时荧光定量PCR验证部分基因表达水平的结果与RNA-seq测序一致。结论:本研究获取了全面的肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠转录组信息,加深了对肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积的理解,为脂肪肝的防治提供理论依据。 展开更多
关键词 Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶 核糖核酸测序 信使核糖核酸 长链非编码核糖核酸 非酒精性脂肪肝
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sRNA_EsR240调控迟缓爱德华菌胞内生存及其毒力 预览
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作者 张圆圆 夏养敏 +5 位作者 贾莹婷 朱运霈 王燕 房正邹 高大庆 陆承平 《东南大学学报:医学版》 CAS 2019年第4期563-571,共9页
目的:探讨非编码小RNA(sRNA_EsR240)调控迟缓爱德华菌( Edwardsiella tarda , Et )胞内生存和毒力的作用。方法:根据转录组测序,结合生物信息学方法分析ET13菌sRNA。采用RT - PCR检测在不同应激(低酸、营养缺乏、氧化和高盐)条件下sRNA... 目的:探讨非编码小RNA(sRNA_EsR240)调控迟缓爱德华菌( Edwardsiella tarda , Et )胞内生存和毒力的作用。方法:根据转录组测序,结合生物信息学方法分析ET13菌sRNA。采用RT - PCR检测在不同应激(低酸、营养缺乏、氧化和高盐)条件下sRNA的转录水平,筛选高表达的sRNA;Northern blotting和RACE试验检测EsR240的长度及转录起始和终止位点。采用BLAST软件对EsR240的保守性进行分析;IntaRNA软件预测EsR240靶基因;qRT - PCR检测这些靶基因的表达水平。采用自杀质粒同源重组的方法构建ET13菌的EsR240缺失株和互补株。比较野生株ET13、EsR240缺失株和互补株在胞外不同应激条件下的存活率,及其在巨噬细胞胞内存活能力和对小鼠毒力的差异。结果:根据ET13菌RNA测序的结果,与蛋白库注释基因相比对;比对不上的候选sRNA与sRNA库比对;用软件发现13个具有启动子和ρ-非依赖型终止子新的sRNA,RT - PCR显示其中8个sRNA在各种应激条件下的转录水平不一,EsR128、EsR139和EsR240转录水平均较高。Northern blotting验证了EsR240在 Et 生长期和稳定期均转录,大小是596 bp。RACE试验确定了EsR240的转录起始和终止位点。BLAST软件分析显示,EsR240在 Et 中普遍存在,符合sRNA的特征。 IntaRNA软件预测EsR240靶基因及qRT - PCR结果显示,EsR240调控大部分预测靶基因的表达,这些靶基因注释可能为三磷酸腺苷结合盒(ATP binding cassette,ABC)- F转运体、FtsH蛋白酶的调控子YccA、Na +/H +反向转运体和糖苷水解酶等;在不同条件下,EsR240调控靶基因数目不同。EsR240的缺失明显影响 Et 在胞外不同应激条件下存活率和胞内生存能力,而且影响 Et 对小鼠的毒力。结论: EsR240通过调控靶基因影响 Et 的胞内生存,是一个正调控 Et 对小鼠毒力的sRNA。 展开更多
关键词 迟缓爱德华菌 RNA测序 胞内生存 非编码小RNA 毒力
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陆地棉无绒突变体miRNA的鉴定及其靶标基因分析 预览
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作者 王金金 马启峰 +1 位作者 倪志勇 范术丽 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期220-232,共13页
【目的】棉花纤维突起影响纤维的产量和品质,挖掘纤维起始相关的小RNA及其靶基因对于研究纤维起始机制至关重要。【方法】本研究以新乡小吉的野生型(Wild type,WT)及其无绒有絮突变体(Fuzzless mutant,FLM)开花当天的胚珠为材料,构建6个... 【目的】棉花纤维突起影响纤维的产量和品质,挖掘纤维起始相关的小RNA及其靶基因对于研究纤维起始机制至关重要。【方法】本研究以新乡小吉的野生型(Wild type,WT)及其无绒有絮突变体(Fuzzless mutant,FLM)开花当天的胚珠为材料,构建6个小RNA文库并进行高通量测序,以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)基因组序列作为参考。【结果】共发现459个mi RNA,包括301个保守的mi RNA和158个新mi RNA。共得到13个差异表达的mi RNA,预测并分析了它们的靶基因。通过对靶基因的生物信息学分析结果显示,预测的这些靶基因侧重于编码HD-ZIP (Homeodomain-leucine zipper)、GRAS (Gibberellic acid insensitive,Repressor of GAI,Scarecrow)、AP2 (APETALA2)家族的转录因子,功能集中在转录和转录后调控阶段。对靶基因进行Gene Ontology (GO)注释发现,它们参与细胞分化、花药发育、花器官发育等生物学过程。随机选出4个mi RNA进行荧光定量PCR验证,结果证实了测序数据的可靠性。【结论】mi RNA通过负调控靶标转录因子和激素相关基因来影响纤维细胞的起始发育。 展开更多
关键词 陆地棉 纤维起始发育 MIRNA RNA测序 靶基因预测
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走向国际科技前沿的中国RNA研究
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作者 郑凌伶 戚益军 屈良鹄 《中国科学:生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第10期1323-1335,共13页
自核酸发现以来已有150年的历史,这段历史可以划分为4个阶段.本文分别概括每个阶段的重要科学发现,同时结合我国在各个阶段取得的成绩,总结和回顾了我国RNA研究的发展历程.中国RNA研究经历了一个快速发展的过程,从早期的跟随,逐步积累... 自核酸发现以来已有150年的历史,这段历史可以划分为4个阶段.本文分别概括每个阶段的重要科学发现,同时结合我国在各个阶段取得的成绩,总结和回顾了我国RNA研究的发展历程.中国RNA研究经历了一个快速发展的过程,从早期的跟随,逐步积累到创新引领,终于走上国际科技前沿.当今中国RNA研究主要在计算RNA组学、RNA生物学与医学以及RNA技术及基因资源方面纵深布局,形成了较为完整的RNA科学研究与创新格局. 展开更多
关键词 RNA研究 核酸 测序 加工 RNA组学
应用转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤中基因表达与突变的差异
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作者 王志刚 刘伟 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期8-12,共5页
目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软... 目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软件包对RNA-seq原始基因水平的reads数目数据进行差异表达分析。使用Cytoscape插件Clue GO进行不同年龄组别差异表达基因功能富集分析。结果 GBM致病基因在两组之间大部分基因表达趋势一致,但存在差异基因。在中低龄组中差异基因主要和神经前体细胞增殖相关,而高年龄组偏重于代谢方面。在两组中高突变的基因有很多重叠。样本突变率不同的基因主要为中低年龄组特有,且具有高样本突变率的基因。结论中低年龄组和高龄组GBM患者在基因表达和基因突变上存在明显差异。 展开更多
关键词 转录组测序 年龄 胶质母细胞瘤 全外显子组测序
荧光定量PCR对FEN1敲低细胞株转录组测序结果的验证 预览
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作者 苏倩 吴洁 +4 位作者 杜佳慧 杨凡 袁濮玉 刘松柏 邱秀芹 《重庆医学》 CAS 2019年第15期2528-2531,共4页
目的探讨DNA分枝结构特异性内切酶-1(FEN1)基因敲低细胞株及对照细胞株的差异表达基因,用实时荧光定量PCR方法进行结果验证。方法从293T野生型及293T FEN1敲低细胞株中提取RNAs,并反转录成cDNA;挑选10个转录组测序中差异表达的基因,设... 目的探讨DNA分枝结构特异性内切酶-1(FEN1)基因敲低细胞株及对照细胞株的差异表达基因,用实时荧光定量PCR方法进行结果验证。方法从293T野生型及293T FEN1敲低细胞株中提取RNAs,并反转录成cDNA;挑选10个转录组测序中差异表达的基因,设计引物,利用SYBR Green染料法,定量检测挑选基因的表达情况。结果挑选的10个差异表达基因中,成功扩增了其中7个基因;通过实时荧光定量PCR方法对两组细胞的7个基因进行定量检测发现,与转录组测序结果相比较,其中有2个没有明显差异,另外5个基因荧光定量方法的检测结果与转录组测序结果一致。结论在细胞内基因表达水平检测中,为提高转录组测序结果的可靠性,还需通过实时荧光定量PCR方法对其结果进一步验证。 展开更多
关键词 荧光定量PCR FEN1 RNA 信使 转录组 测序 基因敲低技术
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3个时期牛肌肉组织中长链非编码RNA表达谱的生物信息学分析 预览
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作者 张晓娟 陈明明 +5 位作者 辛向博 刘新峰 张林林 丁向彬 郭宏 李新 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第1期1-9,共9页
试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方... 试验旨在分析不同时期牛肌肉组织中长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNAs)的表达谱,并筛选出可能参与肌肉发育过程的相关的lncRNAs。采集3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体的肌肉组织RNA样品进行高通量测序,通过生物信息学方法对鉴定到的lncRNAs进行分析筛选,对lncRNAs靶基因和3个时期差异mRNAs进行Veen分析,并对Veen结果进行GO和KEGG富集分析,筛选与肌肉发育相关的lncRNAs及靶标mRNA。结果显示,高通量测序共鉴定到212 851条新的未注释的lncRNAs,其中在不同时期差异表达的有9 913条,分属于基因间型、正义链型、反义链型和双向型4种类型,在各染色体上均有分布,其中正义链型lncRNAs在各个染色体上分布数量最多,分布范围最广。分析其结构发现这些lncRNAs具有开放阅读框短、表达水平低、编码能力弱、分布广、数量大等特征。通过GO和KEGG富集分析,最终筛选出3月龄胚胎、6月龄胚胎和9月龄出生个体肌肉中差异表达并与肌生成有密切关系的55条lncRNAs和38条候选靶标mRNA。本研究不仅提供了3个时期牛肌肉组织中lncRNAs的表达模式,而且通过预测lncRNAs与mRNA的相互作用关系极大地缩小了与牛肌肉发育相关的lncRNAs的研究范围,为揭示牛肌肉发育的功能提供了重要的靶点。 展开更多
关键词 牛肌肉组织 RNA测序 生物信息学分析 lncRNAs
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基于转录组测序探索创伤弧菌MO6-24/O小RNA 预览
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作者 周亚男 李宗城 +3 位作者 张晓彤 胡成进 应晓敏 曹源 《生物技术通讯》 CAS 2019年第3期354-359,共6页
目的:基于转录组测序注释,探索创伤弧菌MO6-24/O小RNA(sRNA)。方法:在海洋培养基2216E中培养创伤弧菌MO6-24/O,收集从对数生长期到静止期不同时间点的细菌,提取细菌RNA,通过富集sRNA以及去除核糖体RNA进行建库和测序,然后将读段匹配到... 目的:基于转录组测序注释,探索创伤弧菌MO6-24/O小RNA(sRNA)。方法:在海洋培养基2216E中培养创伤弧菌MO6-24/O,收集从对数生长期到静止期不同时间点的细菌,提取细菌RNA,通过富集sRNA以及去除核糖体RNA进行建库和测序,然后将读段匹配到创伤弧菌MO6-24/O基因组并进行注释,最后进行验证。结果:发现59个顺式编码sRNA、102个反式编码sRNA,并进行了部分验证。结论:鉴定出创伤弧菌MO6-24/OsRNA。 展开更多
关键词 创伤弧菌 RNA 转录组测序
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单细胞转录组测序在自身免疫病的潜在应用价值 预览
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作者 李璐 刘金晶 郑文洁 《中华临床免疫和变态反应杂志》 2019年第3期236-241,共6页
单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平上获得全转录组表达谱,在发现新的细胞亚群,确定细胞异质性及疾病标志性致病基因以及细胞转化过程中发挥重要作用。本文对scRNA-seq技术的核心步骤和在自身免... 单细胞转录组测序(single cell RNA sequencing,scRNA-seq)是在单个细胞水平上获得全转录组表达谱,在发现新的细胞亚群,确定细胞异质性及疾病标志性致病基因以及细胞转化过程中发挥重要作用。本文对scRNA-seq技术的核心步骤和在自身免疫病领域的应用进行了详细阐述。此项技术可以拓展到自身免疫病更多深入研究中,未来逐渐指导临床诊断、治疗。 展开更多
关键词 单细胞 转录组 RNA测序 自身免疫病
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铝诱导的茶树根系转录组变化分析 预览
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作者 黄丹娟 谭荣荣 +4 位作者 陈勋 王红娟 龚自明 王友平 毛迎新 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期506-520,共15页
探讨茶树响应铝(Aluminum,Al)的基因调控网络和表达模式,确定一些关键候选基因,为茶树耐Al分子机制研究奠定基础。测定了0、0.2、1、2、4 mmol·L^-1 5个Al^3+浓度处理7 d的福鼎大白茶根系抗氧化酶活性和Al含量变化,并提取0 mmol... 探讨茶树响应铝(Aluminum,Al)的基因调控网络和表达模式,确定一些关键候选基因,为茶树耐Al分子机制研究奠定基础。测定了0、0.2、1、2、4 mmol·L^-1 5个Al^3+浓度处理7 d的福鼎大白茶根系抗氧化酶活性和Al含量变化,并提取0 mmol·L^-1(R0)、1 mmol·L^-1(R1)和4 mmol·L^-1(R4)3个浓度下的茶树根系总RNA,通过Illumina Hiseq Xten平台进行高通量转录组测序。结果表明,随着Al^3+浓度的升高,根系POD(Peroxidase,过氧化物酶)活性逐渐下降,APX(Ascorbic acid peroxidase,抗坏血酸过氧化物酶)活性则逐渐升高。SOD(Superoxide dismutase,超氧化物歧化酶)活性在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时最高,CAT(Catalase,过氧化氢酶)活性在各处理间无显著差异。根系中Al含量随着Al^3+浓度的升高呈先上升后下降趋势,在Al^3+浓度为1 mmol·L^-1时达到最高。经筛选得到R1 VS R0,R4 VS R0,R4 VS R1的DEGs(Differentially expressed genes)分别为1 894、2 439个和1 384个,显著上调(下调)的差异表达基因分别有733(1 161)、846(1 593)个和628(756)个。GO富集分析表明,3个处理组在生物学途径中富集最多的类别均为刺激响应。在分子功能和细胞组件方面,R1 VS R0和R4 VS R0富集最多的类别均为核酸结合转录因子活性和细胞外围,R4 VS R1富集最多的类别为氧化还原酶活性相关基因和膜区域。KEGG富集分析表明,R1 VS R0、R4 VS R0、R4 VS R1分别显著富集了29、41条和19条Pathway,它们包括转录因子、转运蛋白、植物-病原菌互作、苯丙烷生物合成途径等,鉴定到多个参与调控活性氧代谢、有机酸或金属转运蛋白、转录因子及细胞壁结构修饰等生理过程的基因在Al诱导后上调或抑制表达,显示这些基因与茶树耐Al分子机制密切相关。 展开更多
关键词 茶树 AL 根系 差异表达基因 RNA测序
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基于RNA-Seq技术的云南榧树转录组分析
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作者 张金丽 李靖 +3 位作者 周炳江 赵友杰 胥辉 马长乐 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1147-1153,共7页
本研究基于RNA-Seq技术对云南榧树扦插苗叶片的转录组进行测序并对生物信息学进行相关分析。研究结果表明,经组装分析获得164 808个长度大于200 bp的transcript,进一步处理得到123 085个Unigene,进一步将获得的Unigene与SWISS-PROT、TRE... 本研究基于RNA-Seq技术对云南榧树扦插苗叶片的转录组进行测序并对生物信息学进行相关分析。研究结果表明,经组装分析获得164 808个长度大于200 bp的transcript,进一步处理得到123 085个Unigene,进一步将获得的Unigene与SWISS-PROT、TREMBL、CDD、PFAM、NR和KOG数据库进行同源比对,共有11 911个Unigene被注释上25种KOG分类。对Unigene进行了KEGG注释,其中有278基因共注释上157个KO,261个基因共注释上111个通路。进一步对GO功能分类进行预测,被注释上GO分类的有21 786个Unigene。从164 808个transcript中查找到1 260个SSR位点,并合成100对引物进行PCR和毛细管电泳验证,最终筛选出10对多态性较好的引物。研究结果可为榧树属植物基因的挖掘和后期SSR分子生物学研究提供科学依据。 展开更多
关键词 云南榧树 RNA-SEQ 转录组测序 SSR
乳腺癌癌旁组织特异性表达基因分析 预览
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作者 禹奇超 宋彬 +4 位作者 邹轩轩 王岭 刘德权 李波 马昆 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期625-633,共9页
癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour,NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因... 癌症研究中常用癌旁组织(normal tissues adjacent to the tumour,NAT)作对照,而癌旁组织与无肿瘤的正常组织的基因表达谱是有差异的。癌旁组织特异性表达基因的存在通常会干扰传统的转录图谱研究,然而目前关于癌旁与无肿瘤组织的基因表达谱差异的研究相对较少。本研究对14例乳腺癌患者的癌组织、癌旁组织和对侧正常乳腺组织样本进行高深度RNA测序和分析,发现癌旁组织相比对侧正常乳腺组织有102个差异表达基因。基因富集和蛋白-蛋白互作分析揭示这些差异表达基因显著富集在肿瘤坏死因子(tumour necrosis factor,TNF)和上皮间质转化(epithelial-mesenchymal transition,EMT)等癌症相关的基因集中。通过比较癌旁组织与癌组织、癌旁组织与对侧正常乳腺组织的转录图谱,发现23个癌旁组织特异性高表达的基因,即癌旁特异性激活(tumour-adjacent speci c activation,TASA)基因。这些基因显著富集在TNF基因集中,其中15个是新发现的基因。结果表明,TASA基因在乳腺癌癌旁组织中普遍存在,并且与免疫系统的TNF信号有关。癌旁中存在类肿瘤型表达模式的基因,这些基因可能与肿瘤形成有关,但是往往在肿瘤癌旁成对研究中被遗漏。 展开更多
关键词 乳腺癌 癌旁特异激活基因 RNA测序 基因表达谱
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创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型转录组水平的变化研究
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作者 柳柏梅 刘阳 +4 位作者 王立 侯春胜 陈凌峰 吕营 安美文 《医用生物力学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期384-392,共9页
目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA... 目的利用RNA测序技术(RNA-seq)研究创伤愈合及压力治疗过程中巴马小型猪瘢痕动物模型转录组水平的变化。方法通过背部取皮建立巴马小型猪瘢痕模型,取皮第60 d开始加压(3.4 kPa)治疗,在取皮第0、14、30、60和90 d分别提取瘢痕组织总RNA进行测序。将所得序列映射到猪参考基因组并进行转录组重建,寻找差异表达基因(DEGs),利用生物信息学方法进一步对所得DEGs进行GO分析和KEGG通路富集性分析,同时挑选部分基因用qRT-PCR进行验证。结果测序数据经过预处理,各组均有78%以上的读段能准确比对到参考序列。DEGs鉴定结果表明,压力治疗前后有568个基因差异表达,其中上调289个,下调279个。GO富集分析发现,各组DEGs主要与细胞外基质、组织发展和皮肤发展相关。KEGG富集分析表明,创伤愈合过程中各组DEGs主要富集于细胞外基质-受体相互作用、黏着斑和凋亡通路;压力治疗前后的DEGs除了富集于以上通路,还富集于MAPK和PI3K信号通路。qRT-PCR检测表明,6个DEGs的表达模式与RNA-Seq分析结果一致,证实RNA-seq结果的可靠性。结论 RNA-seq分析鉴定出创伤愈合及压力治疗过程中瘢痕动物模型的差异表达基因,为临床瘢痕的治疗研究提供实验依据。 展开更多
关键词 巴马小型猪 瘢痕 压力治疗 RNA测序 动物模型
转录组在植物抗逆中的研究 预览
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作者 李小凡 张雯宇 翟晓巧 《河南林业科技》 2019年第2期7-10,共4页
逆境胁迫一直是限制植物生长发育的重要因素,对植物逆境胁迫的研究是植物研究的热点难点。转录组学的发展是研究基因转录调控的重要手段,利用转录组学技术对探究植物在非生物胁迫以及生物胁迫中基因的表达调控网络,研究参与逆境胁迫的... 逆境胁迫一直是限制植物生长发育的重要因素,对植物逆境胁迫的研究是植物研究的热点难点。转录组学的发展是研究基因转录调控的重要手段,利用转录组学技术对探究植物在非生物胁迫以及生物胁迫中基因的表达调控网络,研究参与逆境胁迫的分子机制有重要意义。对转录组学及其在植物抗逆中的研究进行总结。 展开更多
关键词 转录组学 抗逆 RNA测序
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α-黑素细胞刺激素作用后高糖高脂下视网膜血管内皮细胞差异表达基因分析 预览
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作者 吴绵绵 郭芳 +2 位作者 李亚红 刘珂 张琰 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期694-700,共7页
目的探讨α-黑素细胞刺激素(α-MSH)对高糖高脂刺激下视网膜血管内皮细胞中mRNA及长链非编码RNA(lncRNA)表达的影响。方法对恒河猴视网膜血管内皮细胞系(RF/6A)进行培养,将细胞分为正常对照组、模型对照组、0.1μmol/Lα-MSH处理组、0.5... 目的探讨α-黑素细胞刺激素(α-MSH)对高糖高脂刺激下视网膜血管内皮细胞中mRNA及长链非编码RNA(lncRNA)表达的影响。方法对恒河猴视网膜血管内皮细胞系(RF/6A)进行培养,将细胞分为正常对照组、模型对照组、0.1μmol/Lα-MSH处理组、0.5μmol/Lα-MSH处理组和1.0μmol/Lα-MSH处理组。各组细胞进行CM-H2DCFDA染色,检测细胞抗氧化能力,筛选α-MSH的最佳工作浓度。正常对照组、模型对照组和α-MSH处理组细胞处理后24 h,收集各组细胞提取总RNA,经高通量RNA测序(RNA-seq)构建RNA测序文库并进行生物信息学分析。结果0.5μmol/Lα-MSH组细胞荧光强度明显低于模型对照组,差异有统计学意义(P<0.05),选择0.5μmol/L为α-MSH的最佳作用浓度并进行后续实验。RNA-seq结果显示,与模型对照组相比,α-MSH处理组中243个mRNAs表达下调,81个mRNAs表达上调,53个lncRNAs表达上调,6个lncRNAs表达下调。生物信息学分析结果显示,α-MSH处理组表达下调的基因中主要富集的通路包括转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、局部黏附通路和细胞外基质(ECM)受体相互作用通路,主要参与的生物过程为调节小三磷酸鸟苷酶(small GTPase)介导的信号转导。α-MSH处理组中表达上调的共表达lncRNA主要富集通路包括ECM受体互作通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)通路等,主要参与轴突导向、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正向调节等生物过程。结论α-MSH处理后,高糖、高脂刺激的视网膜血管内皮细胞主要表现为lncRNA表达上调及mRNA表达下调,提示α-MSH可能通过上调lncRNA的表达来下调下游基因的mRNA表达. 展开更多
关键词 Α-黑素细胞刺激素 糖尿病视网膜病变 RNA测序 基因表达 高血糖 高血脂 棕榈酸钠
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Small RNA深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒
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作者 黄艳岚 张道微 +2 位作者 董芳 张超凡 邹学校 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期3641-3649,共9页
本研究利用Small RNA深度测序对长沙、永州、邵阳等地采集的甘薯种质资源病毒症状样品进行鉴定,发现样品中含有与甘薯曲叶病毒同源的系列。设计引物进行PCR扩增,鉴定出24个SPLCV-AC1基因片段序列,经NCBI-Blast比对,与10个不同株系SPLCV... 本研究利用Small RNA深度测序对长沙、永州、邵阳等地采集的甘薯种质资源病毒症状样品进行鉴定,发现样品中含有与甘薯曲叶病毒同源的系列。设计引物进行PCR扩增,鉴定出24个SPLCV-AC1基因片段序列,经NCBI-Blast比对,与10个不同株系SPLCV同源性达96%以上。为进一步获得SPLCV全长序列,设计背靠背引物,经PCR扩增、鉴定,获得3个SPLCV全长序列。系列进化分析显示,这3个SPLCV分离物聚为同一分支,其中SPLCV(76)序列大小2 774 bp,与甘薯乔治亚曲叶病毒中国分离物、甘薯金脉病毒具有较高同源性;SPLCV(47)序列大小2 777 bp,与甘薯河南曲叶病毒分离物具有较高同源性;SPLCV(68)序列大小2 832 bp,与甘薯广西曲叶病毒分离物具有96%的同源性。以上同源系列与Small RNA测序显示结果相一致。本研究结果为甘薯病毒病防控提供理论依据。 展开更多
关键词 Small RNA 深度测序 甘薯曲叶病毒 双生病毒 病毒鉴定
适合转录组测序的芒果不同组织RNA试剂盒提取方法研究 预览
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作者 张宇 黄国弟 +3 位作者 莫永龙 龙凌云 张继 唐玉娟 《经济林研究》 北大核心 2019年第1期32-36,共5页
为了探寻能够满足芒果各组织转录组测序要求的高质量RNA提取方法,以‘桂热芒82号’的叶片、花和果实为材料,从RNA提取质量和产率、琼脂糖电泳和RT-PCR结果分析、RNA测序质量评价这3个方面,对常用的3种试剂盒的提取效果进行了实验研究和... 为了探寻能够满足芒果各组织转录组测序要求的高质量RNA提取方法,以‘桂热芒82号’的叶片、花和果实为材料,从RNA提取质量和产率、琼脂糖电泳和RT-PCR结果分析、RNA测序质量评价这3个方面,对常用的3种试剂盒的提取效果进行了实验研究和评价分析。结果表明:以来自于天根生化科技有限公司的DP419试剂盒提取的芒果各组织的RNA质量均较好,提取的RNA产率远高于其余两种试剂盒的提取产率;除以美伯生物医药技术有限公司的RM103试剂盒提取芒果各组织所得RNA,经琼脂糖电泳未见有5S条带出现外,以其余两种试剂盒提取的芒果各组织的RNA都存在28S、18S、5S条带且RT-PCR分析结果理想;对以3种试剂盒提取所得的RNA进行完全测序,结果表明,3种试剂盒提取的RNA完全测序都大于98.99%,能满足RNA-Seq分析的要求。文中综合上述评判因素分析认为,天根生化科技有限公司的DP419试剂盒是适用于芒果叶片、花和果实RNA提取的最优试剂盒。 展开更多
关键词 芒果 RNA 试剂盒 测序
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Trizol试剂法提取金鱼藻总RNA的技术方法改进 预览
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作者 姬亚丽 《高原科学研究》 CSCD 2019年第2期51-58,共8页
Trizol试剂法是一种简单有效的总RNA提取方法,由于基因的表达在不同植物或同种植物的不同组织中具有特异性,同种方法很难应用到所有植物中来获得高质量的总RNA,而由于水生植物叶片通常较薄,沉水叶片又常裂为丝状等特点。和陆生植物相比... Trizol试剂法是一种简单有效的总RNA提取方法,由于基因的表达在不同植物或同种植物的不同组织中具有特异性,同种方法很难应用到所有植物中来获得高质量的总RNA,而由于水生植物叶片通常较薄,沉水叶片又常裂为丝状等特点。和陆生植物相比,在提取水生植物总RNA的过程中,经常出现RNA降解的问题。文章以金鱼藻为实验材料,对Trizol法提取金鱼藻总RNA过程中的若干关键步骤进行了探索,优化了适用于提取金鱼藻总RNA提取的实验方法,得到了可用于转录组分析的高得率、纯度好和完整性高的总RNA,为深入开展后续分子生物学研究提供基础保障。 展开更多
关键词 TRIZOL法 RNA提取 转录组 金鱼藻
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利用转录组测序筛选低切应力作用下人脐静脉内皮细胞的差异表达基因
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作者 生欣 生燕 +2 位作者 谢夏丹 王俊华 郜双林 《现代生物医学进展》 CAS 2019年第7期1233-1240,共8页
目的:通过转录组测序分析获得不同切应力作用下人脐静脉内皮细胞的基因的表达谱,为进一步探索切应力影响内皮细胞形态和功能的机制提供依据。方法:以人脐静脉内皮细胞为材料,通过Streamer系统建立6通道可调控切应力的流体动力学细胞模型... 目的:通过转录组测序分析获得不同切应力作用下人脐静脉内皮细胞的基因的表达谱,为进一步探索切应力影响内皮细胞形态和功能的机制提供依据。方法:以人脐静脉内皮细胞为材料,通过Streamer系统建立6通道可调控切应力的流体动力学细胞模型,以层流切应力(15 dynes/cm~2)为对照,以低切应力(0.1 dynes/cm~2)为实验组,分别加载细胞18 h。提取总RNA逆转录合成cDNA,建立文库,以二代测序平台Illumina HiSeq中进行扩增和测序。结果:序列比对结果显示,有19986个基因比对上,新转录本分析显示各组新转录本数约占总转录本数的50%。基因表达差异分析显示,较对照组,低切应力组表达上调基因983个,表达下调基因701个。GO分析显示,有18499个基因得到了归类注释,绝大多数基因富集到生物学过程。KEGG分析显示,富集Top20的信号通路与细胞周期、DNA复制和细胞分裂、细胞应激和凋亡等生物学过程相关。结论:低切应力作用不仅仅激活内皮细胞中细胞的增殖相关基因,同时也涉及到DNA损伤修复和凋亡相关基因。 展开更多
关键词 人脐静脉内皮细胞 切应力 转录组测序 GO分析 KEGG分析
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