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The Analysis of Human Papillomavirus Type 16 E6/E7 Genetic Variability in Jingjiang, Jiangsu Province, China 认领
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作者 Xiaoyue Dai Yunling Zhu +4 位作者 Wen Xia Longkun Ding Yue Xi Liang Wu Chengxue Yi 《生物科学与医学(英文)》 2020年第3期89-103,共15页
Human papillomavirus 16 (HPV-16) is a major high-risk type causing cervical cancer. The E6 and E7 genes in HPV-16 are the major virulent genes in HPV, and we wanted to investigate the polymorphism of E6 and E7 genes o... Human papillomavirus 16 (HPV-16) is a major high-risk type causing cervical cancer. The E6 and E7 genes in HPV-16 are the major virulent genes in HPV, and we wanted to investigate the polymorphism of E6 and E7 genes of HPV-16 originated from Jingjiang, Jiangsu province. In research, HPV-16 sample was collected, and the E6 and E7 genes fragments were amplified by PCR assay. The sequences of E6 and E7 genes were used for phylogenetic analysis by Mega 5.0 software. By comparison, the major mutations of E6 gene were T178G (41.67%) and G658A (17%), as well as C58G, T61A and G188C (14%), T61C and C656A (11%). The mutation of E7 gene was mainly C491A and T935A (23%);G514C, G937C and G519C (11%). The 68 nucleotide site deficiency (69.4%) of E6 and 535 nucleotide site deficiency (23%) of E7 were dominant. In our study, we did not find the relevance between the E6 and E7 genes mutations and pathologic severity. But we think the E6 and E7 genes mutation of HPV-16 might affect vaccine prevention and treatment effect. 展开更多
关键词 Human PAPILLOMAVIRUS E6 E7 Gene Mutation PHYLOGENETIC ANALYSIS
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PCR Based Detection and Phylogenetic Analysis of Fowl Adenovirus Strains Isolated from 2019 Epidemic from Punjab and Sindh, Pakistan 认领
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作者 Nadeem Sharif Muhammad Danish Mehmood +5 位作者 Syed Zeeshan Haider Naqvi Huma Anwar ul-Haq Syed Shoaib Ahmed Muhammad Usman Ghani Muhammad Shoaib Mubashir Hussain 《美国分子生物学期刊(英文)》 2020年第3期246-258,共13页
Hydro-Pericardium Hepatitis (HPH) is an emerging infectious disease of commercial poultry, caused by different serotypes of Fowl Adeno Virus. The vertical transmission of the virus into the progeny may results in deva... Hydro-Pericardium Hepatitis (HPH) is an emerging infectious disease of commercial poultry, caused by different serotypes of Fowl Adeno Virus. The vertical transmission of the virus into the progeny may results in devastating damage, causing huge economic losses to its farmers. In present study, molecular typing is performed on basis of partially conserved hexon gene sequences, using a unique set of primers having common reverse oligo for simultaneous detection of FAdV1, FAdV-4 and FAdV-11. A total of 14 fowl adeno virus strains were isolated from 100 suspected adeno virus liver samples, collected from different districts in Pakistan, between 2018 and 2019. FASTA’s sequence alignment and phylogenetic analysis revealed that out of the 14, one isolate which belonged to group A showed 27% similarity with FAdV-1, while three isolates showed 99%, 95% & 45% similarity to FAdV-4 (Group C). Whereas, ten isolates showed more than 99% similarity to FAdV-11 (Group D). The serotypes FAdV1, FAdV-4 and FAdV-11 are prevailing in the breeder and broilers. These results hold great importance in rapid, reliable and simultaneous detection of the three FAdV serotypes. Therefore, fowl adeno virus vaccine production for commercial poultry shall be according to the prevalent field serotypes. 展开更多
关键词 Hydro-Pericardium Hepatitis (HPH) Hexon Gene Polymerase Chain Reaction Phylogenetic Analysis Sanger’s Sequence
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Similarity Studies of Corona Viruses through Chaos Game Representation 认领
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作者 Dipendra C. Sengupta Matthew D. Hill +1 位作者 Kevin R. Benton Hirendra N. Banerjee 《计算分子生物学(英文)》 2020年第3期61-72,共12页
The novel coronavirus (SARS-COV-2) is generally referred to as Covid-19 virus has spread to 213 countries with nearly 7 million confirmed cases and nearly 400,000 deaths. Such major outbreaks demand classification and... The novel coronavirus (SARS-COV-2) is generally referred to as Covid-19 virus has spread to 213 countries with nearly 7 million confirmed cases and nearly 400,000 deaths. Such major outbreaks demand classification and origin of the virus genomic sequence, for planning, containment, and treatment. Motivated by the above need, we report two alignment-free methods combing with CGR to perform clustering analysis and create a phylogenetic tree based on it. To each DNA sequence we associate a matrix then define distance between two DNA sequences to be the distance between their associated matrix. These methods are being used for phylogenetic analysis of coronavirus sequences. Our approach provides a powerful tool for analyzing and annotating genomes and their phylogenetic relationships. We also compare our tool to ClustalX algorithm which is one of the most popular alignment methods. Our alignment-free methods are shown to be capable of finding closest genetic relatives of coronaviruses. 展开更多
关键词 Covid-19 Chaos Game Representation Deoxyribonucleic Acid Phylogenetic Analysis Shannon Entropy
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石榴WRKY基因家族全基因组鉴定与表达分析 认领 被引量:1
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作者 任媛 赵玉洁 +2 位作者 张心慧 招雪晴 苑兆和 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期218-231,共14页
WRKY蛋白是一类在植物生长发育过程及生物与非生物胁迫过程中起重要调控作用的转录因子。该研究利用石榴全基因组数据,采用生物信息学的方法,对石榴WRKY转录因子家族成员蛋白理化性质、系统进化、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋... WRKY蛋白是一类在植物生长发育过程及生物与非生物胁迫过程中起重要调控作用的转录因子。该研究利用石榴全基因组数据,采用生物信息学的方法,对石榴WRKY转录因子家族成员蛋白理化性质、系统进化、基因结构、保守基序、顺式作用元件、蛋白互作及基因共表达和转录组表达模式进行系统分析。结果共鉴定出69个PgWRKY基因;分组鉴定和进化分析显示WRKY蛋白可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ共三大类型。顺式作用元件分析表明,PgWRKY基因广泛参与到非生物胁迫中;蛋白互作网络与共表达分析暗示PgWRKY基因在同一胁迫应答中可能作用一致并同时诱导表达;RNA-Seq数据分析表明,PgWRKY基因有一定的组织表达特异性,广泛参与植物营养、生殖生长以及根部逆境胁迫应答过程。 展开更多
关键词 石榴 WRKY基因家族 进化分析 表达分析
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云南省楚雄市2015-2018年肾综合征出血热流行特征及宿主动物调查 认领
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作者 胡挺松 胡秋凌 +8 位作者 李绍雄 黄勇 胡海梅 高丽芬 罗琼梅 何永芝 周永存 张海林 张富强 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2020年第2期152-157,163共7页
目的调查云南省楚雄市肾综合征出血热(HFRS)流行特征、鼠类分布及其携带汉坦病毒(HV)的分子进化特征。方法收集HFRS病例资料,采用描述流行病学方法进行分析。用笼夜法捕鼠,计算鼠种构成比和鼠密度。鼠肺标本用反转录-聚合酶链式反应(RT-... 目的调查云南省楚雄市肾综合征出血热(HFRS)流行特征、鼠类分布及其携带汉坦病毒(HV)的分子进化特征。方法收集HFRS病例资料,采用描述流行病学方法进行分析。用笼夜法捕鼠,计算鼠种构成比和鼠密度。鼠肺标本用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测HV核酸及L基因部分片段,并进行序列测定,使用ClastalX 1.83和MEGA 6.0等生物信息学软件进行HV同源性分析和构建系统进化树。结果2015-2018年楚雄市共报告HFRS病例186例,年平均发病率为7.74/10万。楚雄市14个乡镇均有HFRS病例报告,其中鹿城和东瓜镇发病数占发病总数的75.27%(140/186),为主要流行区。全年各月均有病例发生,男女性别比例为2.1∶1,以青壮年和农民居多。2015-2018年的5-10月在楚雄市居住区共捕获鼠类3种1053只,其中褐家鼠、黄胸鼠和斯氏家鼠的构成比依次为97.06%、1.80%和1.14%,鼠密度依次为2.57%、0.05%和0.03%,以鹿城和东瓜镇褐家鼠密度最高(3.09%)。2016年在楚雄市采获的50只褐家鼠肺脏组织标本经RT-PCR检测,HV核酸阳性2份(CX04-06和CX07-09),带病毒率为4.00%。L基因部分序列同源性分析表明,CX04-06和CX07-09病毒株与8株HV汉城型病毒(SEOV)的核苷酸同源性为72.34%~93.52%,其中,与云南省祥云县DLR2株和老挝L0199株同源性最高(92.39%~93.52%),但仍存在明显差异;与汉滩型病毒和普马拉病毒的核苷酸同源性分别仅为69.54%~71.76%和51.19%~54.44%。系统进化分析表明,CX04-06和CX07-09株与来自云南省祥云县和老挝等地的SEOV参考株具有较近的亲缘关系。结论楚雄市HFRS高发,褐家鼠为居民区室内优势鼠种并携带SEOV,流行株具有地域特征。楚雄市HFRS疫情上升与褐家鼠广泛分布及其种群密度增高密切相关。 展开更多
关键词 肾综合征出血热 流行特征 啮齿动物 汉坦病毒 同源性分析 进化分析
茶树CsGME1基因的克隆与逆境胁迫响应分析 认领 被引量:1
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作者 杨雅焯 李辉 +3 位作者 林士佳 刘婧愉 滕瑞敏 庄静 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期232-239,共8页
该研究基于茶树转录组和基因组信息,以茶树‘龙井43’为实验材料,从其cDNA中克隆获得茶树CsGME1基因,并对其蛋白序列特征、基因表达模式及其在不同非生物胁迫下的表达水平进行实时荧光定量分析。结果显示:(1)茶树CsGME1开放阅读框长度为... 该研究基于茶树转录组和基因组信息,以茶树‘龙井43’为实验材料,从其cDNA中克隆获得茶树CsGME1基因,并对其蛋白序列特征、基因表达模式及其在不同非生物胁迫下的表达水平进行实时荧光定量分析。结果显示:(1)茶树CsGME1开放阅读框长度为1131 bp,编码376个氨基酸;该序列与多个相关物种的GME氨基酸序列一致性为94.25%,均含有NAD结合域。(2)进化树分析表明,茶树CsGME1基因与番茄SlGME1亲缘关系较近,与水稻OsGME2亲缘关系最远。(3)CsGME1蛋白属于亲水性蛋白,理论相对分子量为42046.84 Da,理论等电点为5.73,具有4个无序化区域,无序化程度较低;CsGME1蛋白二级结构由39.25%α-螺旋,13.26%延伸主链,5.84%β-转角和41.38%随机卷曲组成;三级结构分析结果显示,CsGME1包含螺旋和随机卷曲,与二级结构吻合。(4)荧光定量分析结果显示,在高温(38℃)、低温(4℃)、干旱(20%PEG)和高盐(200 mmol·L-1 NaCl)4种非生物胁迫处理下,茶树CsGME1基因均有响应,且表达存在差异,推测CsGME1参与了茶树的逆境胁迫响应过程。 展开更多
关键词 茶树 CsGME1 多序列比对 进化分析 非生物胁迫 表达分析
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水稻直立短穗突变体esp的转录组研究 认领
7
作者 周坤能 夏加发 +4 位作者 云鹏 王元垒 马廷臣 张彩娟 李泽福 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1081-1094,共14页
【目的】克隆水稻直立短穗基因Erect and Short Panicle(ESP),分析其参与的基因调控途径,解析ESP控制株型、穗长等农艺性状的分子机理。【方法】以直立短穗突变体esp及其野生型为材料,成熟期进行株高、穗长、粒长等表型测定;构建籼粳杂... 【目的】克隆水稻直立短穗基因Erect and Short Panicle(ESP),分析其参与的基因调控途径,解析ESP控制株型、穗长等农艺性状的分子机理。【方法】以直立短穗突变体esp及其野生型为材料,成熟期进行株高、穗长、粒长等表型测定;构建籼粳杂交F2定位群体,挑选与突变表型一致的F2单株,利用与突变性状连锁的分子标记对目的基因进行定位;对野生型和突变体进行基因组测序,结合定位结果,找到突变位点,克隆ESP;利用生物信息学软件进行进化树和基因表达分析;提取野生型和突变体幼穗中的RNA并建库,GO(gene ontology)聚类分析表达差异基因,同时根据KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)数据库,分析野生型和突变体中植物激素信号转导和内质网蛋白加工相关基因的表达变化,并通过qRT-PCR验证。【结果】通过表型观察和农艺性状调查,与野生型相比,直立短穗突变体esp株高降低,穗长变短,穗型由弯曲变为直立,每穗粒数减少,粒长变短,粒宽和千粒重增加;有效穗数无显著差异。利用突变体esp与PA64构建籼粳F2定位群体,将目的基因定位于水稻第7染色体长臂标记C7-11和C7-14之间7.58 Mb区间内,基因组测序发现LOC_Os07g42410第6内含子与第7外显子连接位点由碱基G变异为A,导致第6内含子不能被剪切,蛋白翻译提前终止;该基因与已报道的OsDEP2/OsEP2为等位基因。进化分析显示该基因广泛存在于单子叶和双子叶植物中;表达分析表明ESP在茎秆、花序、雌蕊、内外稃和子房中高度表达,其表达水平随着子房变大而逐渐降低。利用转录组分析突变体和野生型幼穗中的基因表达,结果表明,与野生型相比,esp突变体中表达差异显著(差异>1.5倍)的基因630个,其中235个表达上调,395个表达下调。GO分析显示植物激素信号转导和内质网蛋白加工相关基因受到不同程度地调控,利用qRT-PCR进行验证,结果与转录组数据 展开更多
关键词 水稻 直立短穗突变体 基因克隆 进化分析 转录组分析
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桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA克隆及其生物信息学分析 认领
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作者 王颢 段文波 +2 位作者 李芬 李为争 吴少英 《中国生物防治学报》 CSCD 北大核心 2020年第3期443-451,共9页
克隆获得桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA序列,明确钠离子通道的典型特征,为研究桃蚜抗性分子机理奠定基础。采用的实验技术主要有RT-PCR和PCR,克隆桃蚜钠离子通道基因cDNA序列,利用相关软件对其序列进行生物信息学分析。克隆得到两段c... 克隆获得桃蚜电压门控钠离子通道基因cDNA序列,明确钠离子通道的典型特征,为研究桃蚜抗性分子机理奠定基础。采用的实验技术主要有RT-PCR和PCR,克隆桃蚜钠离子通道基因cDNA序列,利用相关软件对其序列进行生物信息学分析。克隆得到两段cDNA序列MpNa_v-Ⅰ(NCBI登录号:MN124170)和MpNa_v-Ⅱ(NCBI登录号:MN176136)。MpNa_v-Ⅰ长度为3546 bp,包括3486 bp的完整开放阅读框,共编码1161个氨基酸;MpNa_v-Ⅱ长度为2945 bp,包括2877 bp的完整开放阅读框,共编码958个氨基酸。MpNa_v-Ⅰ和MpNa_v-Ⅱ共同组成桃蚜的钠离子通道α亚基,MpNa_v-Ⅰ包含同源结构域Ⅰ和同源结构域Ⅱ,MpNa_v-Ⅰ包含同源结构域Ⅲ和同源结构域Ⅳ。同源比对发现,桃蚜与豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)和高粱蚜(Melanaphis sacchari)钠离子通道基因相似度分别高达97.67%和97.65%,所克隆序列包含昆虫钠离子通道α亚基典型特征,具有MFM模块,并含有蚜虫类钠通道特有模块DENS。成功克隆桃蚜钠离子通道基因,为阐明其对拟除虫菊酯类药剂产生靶标抗性的分子机制奠定基础。 展开更多
关键词 桃蚜 钠离子通道 基因克隆 生物信息分析 系统发育分析
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高粱COBRA基因家族全基因组的鉴定和表达分析 认领
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作者 元志成 柯余生 +2 位作者 吴富进 王建平 肖乃衍 《河南农业科学》 北大核心 2020年第10期33-41,共9页
利用生物信息学和比较基因组学方法对高粱COBRA基因家族进行鉴定,并对其基因结构、系统进化、选择压力和表达模式进行分析,为进一步研究COBRA基因功能奠定基础。结果表明,在高粱基因组中共鉴定出10个COBRA基因,分别命名为SbBC1和SbBC1L1... 利用生物信息学和比较基因组学方法对高粱COBRA基因家族进行鉴定,并对其基因结构、系统进化、选择压力和表达模式进行分析,为进一步研究COBRA基因功能奠定基础。结果表明,在高粱基因组中共鉴定出10个COBRA基因,分别命名为SbBC1和SbBC1L1—SbBC1L9,其中5个成员分布于1号染色体,4个成员分布于2号染色体,仅SbBC1L6分布于6号染色体,同时明确了SbBC1L1和SbBC1L3、SbBC1和SbBC1L4、SbBC1L2和SbBC1L5共6个成员是由3次串联复制事件产生。此外,这些基因编码蛋白质在N端都具有信号肽和CCVS保守结构域,除SbBC1L5外,其他9个成员C端都有GPI锚定蛋白的ω-位点。系统进化分析显示,COBRA基因家族可以分为两组,第一组包含A、B亚组;第二组包含C、D、E和F亚组。其中,B亚组产生于单子叶和双子叶植物分化之后,属于单子叶植物特有类群,而C亚组在单子叶和双子叶植物中都发生COBRA基因丢失。Ka(非同义替换率)/Ks(同义替换率)值揭示,所有高粱COBRA基因在进化过程中都受到了纯化选择。表达分析显示,在高粱的11个检测样本中,所有家族成员存在差异表达,其中SbBC1L1在11个样本中都有很高的表达量;SbBC1、SbBC1L3和SbBC1L4在ABA(脱落酸)处理的根、雌蕊和新生花序中表达量较高;SbBC1L5和SbBC1L6在花药中的表达量较高。 展开更多
关键词 高粱 COBRA基因家族 全基因组鉴定 系统发育分析 表达分析
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花花柴抗逆相关转录因子WRKY的鉴定及分析 认领
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作者 余从巧 邓芳 +2 位作者 赵红山 徐靖辰 王彦芹 《塔里木大学学报》 2020年第1期28-35,共8页
WRKY转录因子作为参与生物或非生物胁迫应答的重要基因家族,在植物逆境胁迫的响应过程中起着重要作用。花花柴作为沙漠植物,具有极强的广谱抗逆性,发掘并应用花花柴的抗逆基因资源对研究植物逆境生物学及抗逆性分子育种具有重要意义。... WRKY转录因子作为参与生物或非生物胁迫应答的重要基因家族,在植物逆境胁迫的响应过程中起着重要作用。花花柴作为沙漠植物,具有极强的广谱抗逆性,发掘并应用花花柴的抗逆基因资源对研究植物逆境生物学及抗逆性分子育种具有重要意义。本研究通过对沙漠植物花花柴的转录组学分析,筛选出与高温胁迫相关的15个差异表达的WRKY基因。并将这15个基因与拟南芥、水稻的WRKY基因构建系统发育树,通过对同亚族同源性较高的基因功能及其顺式作用元件的功能预测,推测花花柴WRKY基因可能参与了极端温度、干旱、高盐、病原菌等逆境胁迫响应,并对与高温胁迫响应相关的2个花花柴WRKY基因进行表达模式分析。该结果将为荒漠植物及其基因资源的发掘利用提供一定的参考价值。 展开更多
关键词 沙漠植物 花花柴 WRKY转录因子 系统发育分析 表达模式分析
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ACE2在不同物种间的同源性分析及其对2019-nCoV宿主范围的启示 认领
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作者 李彦君 陈娇珊 +2 位作者 赵锦 闻子钰 孙彩军 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期525-529,共5页
目的分析不同物种间ACE2的同源性,并探讨2019-nCoV利用其作为受体在人与动物间跨物种传播的可能性。方法从NCBI网站中下载不同物种ACE2的氨基酸序列,使用MEGA 7软件和在线程序BLAST和iTOL进行分析。结果ACE2全长氨基酸序列(1-805)在哺... 目的分析不同物种间ACE2的同源性,并探讨2019-nCoV利用其作为受体在人与动物间跨物种传播的可能性。方法从NCBI网站中下载不同物种ACE2的氨基酸序列,使用MEGA 7软件和在线程序BLAST和iTOL进行分析。结果ACE2全长氨基酸序列(1-805)在哺乳动物中(尤其是非人灵长类动物)同源性较高。进一步分析与2019-nCoV的S蛋白结合的ACE2肽酶结构域(ACE2-PD)序列(19-615),发现反刍动物(牛、羊)和猫与人类ACE2-PD的识别率进一步提高,而蝙蝠略有下降。ACE2蛋白上与S蛋白直接相互作用的20个关键氨基酸(接口氨基酸)序列比对发现,猕猴与人类的接口氨基酸序列完全相同,反刍动物(牛、羊)和猫的接口氨基酸与人类相似。结论灵长类动物可作为良好的动物感染模型,反刍动物(牛、羊)和猫也有可能是2019-nCoV的潜在感染动物。因此,应积极推进动物间2019-nCoV的病原学和血清学检测。 展开更多
关键词 血管紧张素转化酶2(ACE2) 2019-nCoV 同源性分析 系统发育分析 跨物种传播
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欧李DREB基因家族的鉴定与分析 认领
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作者 汪泽文 杨依维 +4 位作者 王鹏飞 张建成 穆霄鹏 付鸿博 杜俊杰 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期413-422,共10页
DREB蛋白在应对非生物胁迫中发挥重要作用,是植物的重要调控因子。欧李是中国特有的树种,对非生物胁迫具有很强的耐受性,但至今未对欧李DREB基因家族进行过系统的研究。这篇文章利用欧李基因组初步测序的结果,结合课题组已有转录组信息... DREB蛋白在应对非生物胁迫中发挥重要作用,是植物的重要调控因子。欧李是中国特有的树种,对非生物胁迫具有很强的耐受性,但至今未对欧李DREB基因家族进行过系统的研究。这篇文章利用欧李基因组初步测序的结果,结合课题组已有转录组信息,鉴定了39个欧李DREB基因。对所有基因进行了详细的分析,包括基因分类、保守基序的确定、系统发育评价和低温诱导的表达分析。系统发育分析表明ChDREB蛋白分为六个亚群(A1~A6)。ChDREB基因分布在基因组8条染色体中的7条。利用qRT-PCR研究了ChDREB基因在低温下的表达情况,结果表明A1组对低温的响应最敏感。本次研究为欧李DREB基因的深入研究提供了理论基础。 展开更多
关键词 非生物胁迫 欧李 DREB 表达分析 进化树分析
陆地棉Dof基因家族的全基因组鉴定及分析 认领
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作者 琚龙贞 赵汀 +2 位作者 方磊 胡艳 张天真 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2020年第4期279-291,共13页
【目的】单锌指DNA结合蛋白(DNA binding with one finger, Dof)是1类植物特有的转录因子,在植物生长发育与非生物胁迫响应中发挥非常重要的作用。本研究旨在对陆地棉Dof转录因子家族进行全基因组分析,为深入研究Dof基因参与植物生长发... 【目的】单锌指DNA结合蛋白(DNA binding with one finger, Dof)是1类植物特有的转录因子,在植物生长发育与非生物胁迫响应中发挥非常重要的作用。本研究旨在对陆地棉Dof转录因子家族进行全基因组分析,为深入研究Dof基因参与植物生长发育的调控机制提供参考。【方法】基于最新发布的陆地棉基因组数据,利用生物信息学手段对陆地棉Dof基因家族进行全基因组鉴定,并系统分析Dof基因家族成员的理化性质、序列特征、基因复制、系统进化和表达谱。【结果】陆地棉中一共鉴定出118个Dof基因。经聚类分析将其分成9个亚家族,同一亚家族的陆地棉Dof基因有相似的内含子/外显子和基序分布模式。基因复制分析表明,全基因组复制可能导致陆地棉Dof基因的扩增。陆地棉Dof基因启动子区域存在不同植物激素和逆境胁迫响应元件。转录组分析表明,陆地棉Dof基因在不同的组织、发育时期和逆境胁迫下聚为3个表达模式不同的类群,暗示了其功能多样性。【结论】陆地棉Dof基因家族的全基因组鉴定和分析,有助于了解其进化和功能,为后续研究提供重要参考。 展开更多
关键词 陆地棉 Dof基因 系统发育分析 表达分析
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柑橘亲环蛋白基因家族的鉴定与生物信息学分析 认领
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作者 李悦 李雨婷 罗峰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期2799-2813,共15页
亲环蛋白(CYP)基因家族是一类含有CLD保守结构域的蛋白质,参与多种生物过程,在蛋白质运输、受体信号转导、mRNA剪接、细胞凋亡及生物与非生物胁迫的应激反应中发挥重要作用。目前,已在多种植物中对亲环蛋白基因家族进行了鉴定和分析,但... 亲环蛋白(CYP)基因家族是一类含有CLD保守结构域的蛋白质,参与多种生物过程,在蛋白质运输、受体信号转导、mRNA剪接、细胞凋亡及生物与非生物胁迫的应激反应中发挥重要作用。目前,已在多种植物中对亲环蛋白基因家族进行了鉴定和分析,但未见柑橘CYP基因家族筛选和鉴定的报道。本研究从美国柑橘和中国甜橙中分别筛选出30个和32个亲环蛋白基因家族成员,根据结构域的不同,将62个成员分成7个亚家族。进化分析结果表明,具有相似结构域的基因聚在一起,表明亲环蛋白基因家族可能在物种分化前已经分化。在美国柑橘和中国甜橙CYP中均含有2个基因簇并筛选出26对同源基因。这些CYP基因在不同的组织中表达谱不同,7种组织中表达量最高的基因可能与免疫抑制、蛋白质运输、根系的生长及光调控功能相关,表明这些亲环蛋白可能在生物过程中起重要作用,本研究结果为进一步研究柑橘基因功能和进化提供科学依据。 展开更多
关键词 柑橘 CYP 进化分析 表达谱分析
千里光苯丙氨酸解氨酶基因克隆与系统进化分析 认领
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作者 李林 左青青 +4 位作者 谢欣 刘朝波 陈立 张俊 钱刚 《遵义医科大学学报》 2020年第3期305-309,共5页
目的对具有良好抗菌性的千里光进行pal基因克隆,进行序列结构与系统进化分析,揭示该酶生物学功能与进化地位。方法以千里光转录组数据库中分离得到pal基因核酸序列设计引物,PCR扩增全长验证,运用SignalP、MEGA等系列生物信息学软件进行... 目的对具有良好抗菌性的千里光进行pal基因克隆,进行序列结构与系统进化分析,揭示该酶生物学功能与进化地位。方法以千里光转录组数据库中分离得到pal基因核酸序列设计引物,PCR扩增全长验证,运用SignalP、MEGA等系列生物信息学软件进行核酸序列信息、氨基酸结构特征与系统进化分析。结果克隆获得长度为2159 bp的核酸序列,ORF分析表明该基因编码708个氨基酸,无信号肽,是非跨膜蛋白。与近缘物种pal基因blast分析表明其氨基酸序列与黑心菊、雪莲等相似度达92.22%,具有相同的活性位点和保守结构域。系统进化树分析表明,千里光与菊科植物青蒿、雪莲归于一个亚支,表明3种植物pal在进化上具有较近的亲缘关系。结论千里光pal基因序列结构与其他14种PAL酶家族成员相似度高,在进化上与菊科植物较近。 展开更多
关键词 千里光 生物信息学分析 苯丙氨酸裂解酶(PAL) 进化分析
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甜瓜VQ家族基因鉴定及白粉病菌响应分析 认领
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作者 孙建磊 董玉梅 +3 位作者 王崇启 肖守华 高超 焦自高 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2416-2424,共9页
VQ家族基因是植物特有的一类基因,其编码蛋白主要与WRKY蛋白相互作用协同调控下游基因表达,在植物生长发育及抵御各种外界环境胁迫中起重要作用。为揭示甜瓜VQ家族基因在抗白粉病中的功能,本研究采用生物信息学方法从甜瓜基因组中鉴定... VQ家族基因是植物特有的一类基因,其编码蛋白主要与WRKY蛋白相互作用协同调控下游基因表达,在植物生长发育及抵御各种外界环境胁迫中起重要作用。为揭示甜瓜VQ家族基因在抗白粉病中的功能,本研究采用生物信息学方法从甜瓜基因组中鉴定到26个VQ家族基因,这些基因不均匀地分布在甜瓜11条染色体上。系统进化分析表明,该家族成员分布于不同的分支中,分别与拟南芥VQ家族蛋白不同成员聚在一起。基因结构分析表明,甜瓜VQ家族基因序列均无内含子,只有1个外显子。组织表达分析表明,1个甜瓜VQ家族基因组成性表达,23个甜瓜VQ家族基因组织特异性表达。此外,白粉病菌侵染之后,6个VQ家族基因呈现不同程度的响应。本研究结果为进一步研究甜瓜VQ家族基因在甜瓜抗白粉病中的功能奠定了理论基础。 展开更多
关键词 甜瓜 VQ 进化分析 表达分析 白粉病
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犬体内两种人兽共患棘口吸虫的分子鉴定 认领
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作者 邱鸿宇 兰卓 +5 位作者 果馨儒 吴婷婷 姜岩 金程佳 张晓轩 王春仁 《黑龙江八一农垦大学学报》 2020年第6期43-47,69,共6页
为了准确鉴定采自黑龙江省自然感染犬小肠内的两种吸虫,在对虫体进行形态学初步鉴定后,采取PCR方法扩增两种虫体的核糖体内转录间隔区(ITS)序列,并与棘口科相关序列进行比对和进化分析。结果表明:两种吸虫的ITS序列长度分别为1233 bp和1... 为了准确鉴定采自黑龙江省自然感染犬小肠内的两种吸虫,在对虫体进行形态学初步鉴定后,采取PCR方法扩增两种虫体的核糖体内转录间隔区(ITS)序列,并与棘口科相关序列进行比对和进化分析。结果表明:两种吸虫的ITS序列长度分别为1233 bp和1046 bp。序列分析发现虫体A与GenBank上来自越南的日本棘隙吸虫(KT873311.1)ITS2序列同源性为99.5%;吸虫B与来自日本的圆圃似颈吸虫(圆圃棘口吸虫的同物异名AB189982.1)和中国的圆圃棘口吸虫(KX832896.1)同源性均为100%。基于ITS2序列的进化分析显示棘口科吸虫形成两个大的分支,棘隙属与冠孔属为一分支,其它属虫体形成另一分支。虫体A与5条日本棘隙吸虫,虫体B与圆圃似颈吸虫和圆圃棘口吸虫分别形成独立分支,亲缘关系最近。因此鉴定这两种吸虫分别为日本棘隙吸虫和圆圃似颈吸虫。 展开更多
关键词 日本棘隙吸虫 圆圃似颈吸虫 内转录间隔区 序列分析 进化分析 分子鉴定
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贵州省余庆县茶褐枯病病原菌的鉴定 认领
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作者 王雪 王勇 +6 位作者 尹桥秀 李冬雪 任亚峰 江仕龙 王德炉 宋宝安 陈卓 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期101-106,共6页
为鉴定引起茶褐枯病的病原菌,本研究对病原菌进行分离、纯化和培养,通过柯赫氏法则验证菌株的致病性,并观察病原菌的形态特征,依据病原菌rDNA-ITS、ACT、CAL和TUB2基因进行多基因系统发育分析。结果显示:病原菌分生孢子呈淡蓝色,表面光... 为鉴定引起茶褐枯病的病原菌,本研究对病原菌进行分离、纯化和培养,通过柯赫氏法则验证菌株的致病性,并观察病原菌的形态特征,依据病原菌rDNA-ITS、ACT、CAL和TUB2基因进行多基因系统发育分析。结果显示:病原菌分生孢子呈淡蓝色,表面光滑,无隔膜,圆柱状,两端钝或向底部变窄,水滴状斑点,大小为(11.7~29.5)μm×(3.9~7.7)μm,平均为(19.4±4.4)μm×(5.4±0.8)μm,分生孢子梗形成于气生菌丝上,透明,具有隔膜;附着胞为棒状等不规则形状,颜色呈棕色到深棕色,单生。基于病原菌形态学鉴定和多基因系统发育分析结果,将病原菌确定为山茶刺盘孢Colletotrichum camelliae。 展开更多
关键词 茶褐枯病 山茶刺盘孢 形态特征 致病性分析 系统发育分析
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鸡TRAFs家族成员鉴定及生物信息学分析 认领
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作者 孟婕 任一帆 +3 位作者 张贝 耿立英 张传生 李祥龙 《河北科技师范学院学报》 CAS 2020年第2期31-37,共7页
利用基因组数据库(ensemble数据库),以分子生物学手段对鸡TRAFs家族进行了成员鉴定和生物信息学分析。通过Pfam蛋白家族数据库下载TRAF(PF00917,PF02176)的隐马可夫模型,利用TBtools工具在鸡基因组中比对,同时利用Pfam,SMART工具进一步... 利用基因组数据库(ensemble数据库),以分子生物学手段对鸡TRAFs家族进行了成员鉴定和生物信息学分析。通过Pfam蛋白家族数据库下载TRAF(PF00917,PF02176)的隐马可夫模型,利用TBtools工具在鸡基因组中比对,同时利用Pfam,SMART工具进一步验证,采用MEGA,MEME,TBtools等工具分析鸡TRAFs家族成员蛋白理化性质,构建系统进化树,分析其基因结构,直系、旁系同源基因,定位染色体。本次研究在鸡基因组中鉴定获得了7条鸡TRAFs,命名为ChTRAF1~ChTRAF7。ChTRAF蛋白长度跨度较大,是不稳定蛋白且均为亲水蛋白。ChTRAF1,ChTRAF6,ChTRAF7蛋白的pI小于7,证明其可能是酸性蛋白。该基因家族分为7个亚家族,分别含有1个TRAF,基因结构及蛋白结构域差别显著。鸡、鸭和鹅等3个物种间TRAFs家族成员存在共线性,提示TRAFs家族在物种间进化具有一定保守性。 展开更多
关键词 TRAFs家族 生物信息学分析 系统进化分析
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5株类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒全基因组测序及分析 认领
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作者 顾瑞恒 常亚飞 +4 位作者 李天宇 谭菲菲 王同燕 李向东 田克恭 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第11期2100-2107,共8页
为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的基因组变化情况与分子流行病学特征,对本实验室已鉴定为类NADC30阳性样品进行全基因组测序,共得到5个类NADC30 PRRSV全基因组,并... 为了解类NADC30猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)的基因组变化情况与分子流行病学特征,对本实验室已鉴定为类NADC30阳性样品进行全基因组测序,共得到5个类NADC30 PRRSV全基因组,并依次命名为180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5。对5株类NADC30毒株的NSP2蛋白进行氨基酸序列比对结果表明:与VR2332株对比,5株毒株在NSP2蛋白322~432,483,504~522位均存在111+1+19个氨基酸的不连续缺失,与已报道类NADC30毒株的缺失特征相同。其中,180546-27毒株在NSP2蛋白除具有与NADC30相同的氨基酸缺失以外,在毒株NSP2蛋白中位置18~23,805~806含有额外的6+2个氨基酸缺失。核苷酸同源性分析结果表明:180049-1,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5全基因与CH-1a(谱系8)的核苷酸同源性分别为93.3%,84.8%,86.0%,83.9%和84.4%;与JXA1(谱系8)的同源性分别为96.6%,84.4%,86.3%,83.1%和84.0%;与NADC30(谱系1)的同源性分别为85.7%,93.4%,91.9%,93.7%和93.8%;与QYYZ(谱系3)的同源性分别为86.5%,82.4%,83.0%,81.6%和82.0%;与VR2332(谱系5)的同源性分别为89.0%,85.2%,85.3%,85.0%和85.3%。对ORF5基因和全基因组遗传演化分析表明:180049-1毒株属于谱系8,180770-16,180546-27,180450-1,180253-5毒株属于谱系1中的类NADC30亚群。重组结果表明,180450-1可能由NADC30与VR2332样毒株重组而来,而180049-1,180770-16,180546-27,180253-5可能由NADC30与HP-PRRSV样病毒重组而来。本试验结果为PRRSV流行株的重组、演化分析和防控提供借鉴意义。 展开更多
关键词 PRRSV 类NADC30 遗传演化分析 重组分析
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