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田间施药对自然发酵葡萄酒酵母菌群落结构的影响
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作者 许维娜 刘希萌 +3 位作者 孔祥君 陈熙 李梅 耿常乐 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期721-728,共8页
【背景】酵母菌是葡萄酒发酵过程中一类非常重要的微生物,其多样性及群体组成对葡萄酒的质量有重要贡献。影响葡萄酒中酵母菌组成的因素有很多,但目前尚未见葡萄园田管理对葡萄酒酵母菌群落结构影响方面的报道。【目的】探索田间施药对... 【背景】酵母菌是葡萄酒发酵过程中一类非常重要的微生物,其多样性及群体组成对葡萄酒的质量有重要贡献。影响葡萄酒中酵母菌组成的因素有很多,但目前尚未见葡萄园田管理对葡萄酒酵母菌群落结构影响方面的报道。【目的】探索田间施药对自然发酵葡萄酒酵母菌群落结构的影响。【方法】采用分离培养、常规分子生物学鉴定和Illumina MiSeq宏基因组测序结合的方法分析不同样品中的酵母菌群落结构情况。【结果】从不使用内吸收型化学农药的葡萄样品自然发酵液中分离鉴定出Pichia、Hanseniaspora、Schizosaccharomyces、Candida、Saccharomyces、Zygoascus、Issatchenkia等7个属8个种的酵母菌,宏基因组测序结果表明有Pichia(29.42%)、Saccharomyces(21.91%)、Issatchenkia(17.99%)、 Hanseniaspora(12.10%)、 Candida(7.47%)、 Zygosaccharomyces(5.32%)、Schizosaccharomyces (3.07%)、Aureobasidium (0.29%)等属的酵母菌参与发酵;使用常规化学农药的葡萄样品自然发酵液中分离鉴定出Pichia、Hanseniaspora、Schizosaccharomyces、Candida、Cryptococcus等5个属6个种的酵母菌,宏基因组测序结果表明有Pichia (41.66%)、Hanseniaspora (21.54%)、Candida(19.11%)、 Zygosaccharomyces(7.78%)、 Schizosaccharomyces(4.04%)、 Cryptococcus(3.21%)、Saccharomyces (1.12%)、Aureobasidium (0.49%)等属的酵母菌参与发酵。【结论】两样品中酵母菌比例有显著差异,表明在酿酒葡萄的园田管理中化学农药的使用对自然发酵葡萄酒的酵母菌群落结构有较大影响。 展开更多
关键词 田间施药 酵母菌群落结构 葡萄酒 自然发酵 MiSeq宏基因组测序
再生水中不同材质水泥内衬的生物膜细菌群落结构及腐蚀特征
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作者 杨帆 苑宏英 +5 位作者 李春喜 张伟玉 杨磊 鲍振博 聂家民 倪唯娜 《腐蚀科学与防护技术》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期396-404,共9页
利用Miseq高通量测序技术分析模拟再生水管网SA1和SA2中具有不同水泥/矿渣粉比例的水泥砂浆试片A1 (5:5)和A2 (6:4)表面微生物群落结构,定期监测管网出水的关键指标,利用失重和X射线衍射(XRD)测试表征水泥内衬。结果表明,A1和A2表面生... 利用Miseq高通量测序技术分析模拟再生水管网SA1和SA2中具有不同水泥/矿渣粉比例的水泥砂浆试片A1 (5:5)和A2 (6:4)表面微生物群落结构,定期监测管网出水的关键指标,利用失重和X射线衍射(XRD)测试表征水泥内衬。结果表明,A1和A2表面生物膜均含有较高丰度的变形菌门、拟杆菌门和酸杆菌门等,但其优势菌门含量变化趋势不同。A2表面生物膜中优势腐蚀菌属Bacillus、Pseudomonas和Lactococcus含量较A1的高,且A2失重量和失重率较A1也高。SA2出水pH值、TOC、Ca2+和总硅含量较SA1出水高,XRD结果也表明A2腐蚀程度较A1高。具有较高掺量矿渣粉的A1试片抗化学和微生物腐蚀的能力较强,这可能与其成分和结构性质有关。 展开更多
关键词 Miseq高通量测序 再生水 微生物群落结构 水泥砂浆内衬 水泥/矿渣比例 腐蚀特征
扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响 预览
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作者 王玉荣 杨成聪 +3 位作者 葛东颖 尚雪娇 张振东 郭壮 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期134-140,共7页
在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1~V2区、V3~V4区和V4~V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4~V5区的非特异性序... 在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1~V2区、V3~V4区和V4~V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4~V5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V1~V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V3~V4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4~V5区。 展开更多
关键词 鲊广椒 引物 扩增区域 MiSeq测序 细菌多样性
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放牧蒙古羊瘤胃细菌随季节变化规律的研究 预览
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作者 范文斌 李长青 +1 位作者 高仙灵 刘永斌 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第8期2315-2321,共7页
试验旨在研究北方典型草原放牧蒙古羊瘤胃细菌菌群结构和多样性随季节变化的规律。随机选取北方典型草原上终年放牧不补饲的6只蒙古羊,在冬季(1月)、春季(4月)、夏季(6月牧草生长期和8月牧草旺盛期)和秋季(10月中旬),通过口腔采取瘤胃液... 试验旨在研究北方典型草原放牧蒙古羊瘤胃细菌菌群结构和多样性随季节变化的规律。随机选取北方典型草原上终年放牧不补饲的6只蒙古羊,在冬季(1月)、春季(4月)、夏季(6月牧草生长期和8月牧草旺盛期)和秋季(10月中旬),通过口腔采取瘤胃液,利用MiSeq测序技术分析了不同季节、不同牧草生长时期瘤胃细菌种群的结构和多样性。结果表明,放牧蒙古羊瘤胃细菌在夏季牧草生长旺盛期操作分类单元(OTU)和多样性最高,冬季最少,瘤胃细菌夏季和冬季OTU和多样性都差异显著(P<0.05)。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes,56.93%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,21.52%)为蒙古羊瘤胃中的优势细菌种群;厚壁菌门OTU在8月达到最大值,拟杆菌门OTU在6月达到最大值,均与其他月份差异显著(P<0.05)。在科水平上,瘤胃菌科(Ruminococcaceae,19.09%)、毛螺菌科(Lachnospiraceae,16.98%)、克里斯蒂娜科(Christensenellaceae,12.11%)、普雷沃氏菌科(Prevotellaceae,8.51%)和理研菌科(Rikenellaceae,8.27%)是蒙古羊瘤胃中的优势种群,分别在夏季(6月或8月)数量达到峰值。在属水平上,普雷沃氏菌属(Prevotella,4.79%)、丁酸弧菌属(Butyrivibrio,1.77%)和瘤胃球菌属(Ruminococcus,1.27%)含量最高。因此,北方牧区放牧蒙古羊瘤胃细菌以厚壁菌门的瘤胃菌科数量最高,是典型的消化纤维素细菌,符合以牧草为饲的放牧羊的特征。 展开更多
关键词 蒙古羊 瘤胃细菌 MiSeq测序 季节变化 多样性
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不同油菜品种对盐碱土壤理化性质与微生物多样性的影响 预览
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作者 刘东洋 徐接亮 张凤华 《新疆农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期246-257,共12页
【目的】研究不同油菜品种对土壤细菌群落和结构的影响并分析对土壤理化性质的影响为新疆地区盐碱地种植油菜提供理论依据。【方法】以不同油菜品种1、16-P22外、华5号和金油158为研究对象,应用Illumina MiSeq测序技术。,筛选出更适宜... 【目的】研究不同油菜品种对土壤细菌群落和结构的影响并分析对土壤理化性质的影响为新疆地区盐碱地种植油菜提供理论依据。【方法】以不同油菜品种1、16-P22外、华5号和金油158为研究对象,应用Illumina MiSeq测序技术。,筛选出更适宜盐碱地种植的油菜品种。【结果】种植油菜品种16-P22外对降低盐碱地土壤pH值、提高碱解氮、速效磷、有机质含量效果最显著(P<0.05);土壤样品微生物群落丰富度间无显著性差异,微生物群落多样性指数最大为1。不同油菜品种土壤中优势菌门为Proteobacteria、Actinobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi,Pontibacter耐盐菌属相对丰度大小顺序为16-P22外>1>金油158>华5号;PCA主成分分析显示细菌群落中相似性最高在16-P22外与华5号之间;土壤碱解氮和速效磷与土壤细菌群落分布显著相关。【结论】油菜品种16-P22外更适宜盐碱地上进行种植,促进盐碱土壤优势菌群的形成。 展开更多
关键词 油菜 盐碱地 优势菌群 MiSeq测序 细菌群落
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基于MiSeq测序分析酸性农作物土壤细菌群落结构与多样性 预览
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作者 王怡 常彬河 +4 位作者 刘月 梁建军 薛芷筠 张泽文 何冬兰 《环境科学研究》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1575-1583,共9页
为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异... 为分析酸性农田土壤中微生物群落结构,探寻酸化土壤的综合治理途径,以湖北恩施土家族苗族自治州利川市酸性农作物土壤为研究对象,应用Illumina MiSeq高通量测序技术,测定酸性土壤中总细菌和经驯化的可培养细菌的16S rRNA基因V3~V4变异区序列,确定不同农作物土壤中总细菌和可培养细菌的群落结构,并探讨土壤理化因子对土壤总细菌群落结构的影响.结果表明:白菜地、烟草地、山药地、草莓地、玉米地及莴苣地这6种农作物土壤中总细菌和可培养细菌在97%的相似水平下得到的OTUs(operational taxonomic units,操作分类单元)数量分别为4 008和97个.在门水平上,土壤总细菌中有12个门类的细菌相对丰度大于1%,Proteobacteria、Acidobacteria和Chloroflexi为优势菌门细菌;可培养细菌中仅有3个门类细菌相对丰度高于1%,即Firmicutes、Proteobacteria和Bacteroidetes.在OTU水平上,土壤总细菌沿pH梯度将6种土壤样品分为2类,即pH<5.5的玉米地、山药地和莴苣地和pH>5.5的烟草地、白菜地和草莓地.此外,冗余分析(RDA)结果显示,Acidobacteria的相对丰度与pH呈正相关,Firmicutes和Roteobacter的相对丰度均与w(TN)、w(TP)、w(TC)呈正相关.系统进化树分析表明,相对丰度位于前30位的细菌与亚洲地区发现细菌的16S rRNA基因序列同源性较高.研究显示,Illumina MiSeq测序能够较为全面地解析酸性土壤中总细菌和可培养细菌的多样性,驯化过程极大地减少了细菌的种类;同时,发现细菌群落结构的相似性可能因样本来源的地理距离的增加而衰减. 展开更多
关键词 酸性土壤 MiSeq测序 理化因子 细菌群落 可培养细菌 土壤总细菌
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异养硝化-好氧反硝化菌富集驯化过程中微生物种群演变特征——典型城市景观水系 预览
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作者 周石磊 张艺冉 +7 位作者 孙悦 杨文丽 黄廷林 李再兴 罗晓 崔建升 周子振 李扬 《中国环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第11期4831-4839,共9页
为了研究不同异养硝化-好氧反硝化菌富集驯化过程中水体微生物群落的演变,利用Miseq高通量测序法对景观水系沉积物富集驯化样本的微生物信息进行统计,对其微生物群落的α多样性以及β多样性进行分析,同时基于微生物属的信息进行了微生... 为了研究不同异养硝化-好氧反硝化菌富集驯化过程中水体微生物群落的演变,利用Miseq高通量测序法对景观水系沉积物富集驯化样本的微生物信息进行统计,对其微生物群落的α多样性以及β多样性进行分析,同时基于微生物属的信息进行了微生物网络分析.结果显示,两种类型培养基在富集驯化完成后氮素得到有效去除,脱氮效果明显;富集驯化过程中的OUT主要属于7个,分别是变形菌门(Protebacterice)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria),与此同时,富集驯化过程中有关氮循环的细菌有上升的变化过程;主成分分析(PCA),非度量多维尺度分析(NMDS)以及主坐标分析(PCoA)表明异养硝化-好氧反硝化菌富集驯化过程中不同温度压力下的细菌群落组成存在明显差异,而培养基的类别带来的影响相对较小;网络分析显示模块核心和网络核心均为低丰度的稀有物种;膨胀因子分析(VIF)和冗余分析(RDA)得出温度、氨氮和硝酸盐氮是影响群落结构演变的关键环境因子.综上可知,Miseq高通量测序研究异养硝化-好氧反硝化菌富集驯化过程中微生物种群演变可行,为实现微生物菌剂“定向-精准-高效”的筛选提供技术支撑. 展开更多
关键词 异养硝化-好氧反硝化 景观水系 Miseq测序 生物信息分析 微生物群落
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人工干预对黄河源区沙化草地土壤微生物群落的影响 预览
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作者 张文娟 薛娴 +4 位作者 彭飞 尤全刚 潘晶 李成阳 赖炽敏 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第4期970-979,I0009共11页
土壤微生物作为生态系统的重要组成部分,其群落变化可以反映土壤变化并有效指示退化土地的恢复成效。本研究以黄河源区沙化草地为对象,应用IlluminaMiSeq测序技术对无任何人工干预措施的对照样地(CK)、播草种样地(P1)、4年砾石方格沙障... 土壤微生物作为生态系统的重要组成部分,其群落变化可以反映土壤变化并有效指示退化土地的恢复成效。本研究以黄河源区沙化草地为对象,应用IlluminaMiSeq测序技术对无任何人工干预措施的对照样地(CK)、播草种样地(P1)、4年砾石方格沙障+播草种样地(P2)和12年砾石方格沙障+播草种样地(P3)的土壤细菌和真菌群落进行了高通量测序,分析了不同干预措施(沙障+播草种/播草种)和干预时间(4年/12年)对沙化草地土壤细菌和真菌群落组成的影响。结果发现:1)细菌群落在CK和P1样地聚为一组,P2和P3样地聚为另一组,真菌群落在CK、P1和P2样地聚为一组,P3单独为一组;2)表层土壤有机碳和硝态氮含量在P3样地中显著高于CK和P2样地(P<0.05),而土壤铵态氮在各样地间无显著差异(P>0.05);3)植被盖度在P3样地中显著高于CK和P2样地(P<0.05),杂类草地上生物量在P3样地中显著高于CK样地(P<0.05)。研究认为,砾石方格沙障+播草种的干预措施促进了黄河源区沙化草地表层养分的积累,改变了土壤微生物群落结构,有利于植被的定殖和生长,且随措施实施年限的延长,改善成效愈加明显,是高寒地区严重沙化土地治理的一种有效措施。 展开更多
关键词 砾石沙障 细菌群落 真菌群落 Miseq测序 生态恢复
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酱醅与豆酱微生物关系研究 预览
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作者 张鹏飞 乌日娜 +2 位作者 张平 姜静 武俊瑞 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第7期101-106,113共7页
为探究酱醅与豆酱微生物之间的关系,以两份自然发酵酱醅和一份工业发酵酱醅为对象,应用Miseq测序对酱醅及其发酵豆酱进行微生物测序分析。结果表明:在门水平上,酱醅和豆酱的优势菌门都为子囊菌门(Ascomycota)和厚壁菌门(Firmicutes);在... 为探究酱醅与豆酱微生物之间的关系,以两份自然发酵酱醅和一份工业发酵酱醅为对象,应用Miseq测序对酱醅及其发酵豆酱进行微生物测序分析。结果表明:在门水平上,酱醅和豆酱的优势菌门都为子囊菌门(Ascomycota)和厚壁菌门(Firmicutes);在属水平上,酱醅与豆酱中的优势真菌都为青霉菌(Penicillium)和毛霉菌(Mucor),但优势细菌的组成不同,其中两份酱醅样品(LK和SK)的优势菌属为芽孢杆菌(Bacillus)和乳杆菌(Lactobacillus),另一份酱醅样品(FK)的优势菌属为乳杆菌(Lactobacillus)、枝芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短乳杆菌(Lactobacillus brevis);在后期发酵过程中,虽然不同样品发酵前期细菌的群落组成不同,但随着发酵的进行,优势菌都为四联球菌(Tetragenococcus)。本研究阐明了酱醅与豆酱之间的微生物关系,为豆酱发酵过程控制提供了理论基础。 展开更多
关键词 Miseq测序 酱醅 豆酱 微生物 四联球菌
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The diazotrophic community in oat rhizosphere: effects of legume intercropping and crop growth stage
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作者 Yadong YANG Xiaomin FENG +1 位作者 Yuegao HU Zhaohai ZENG 《农业科学与工程前沿:英文版》 2019年第2期162-171,共10页
In this study, the abundance, diversity and structure of the diazotrophic community in oat rhizosphere soil in three cropping systems and at two oat growth stages were investigated using real-time PCR and Illumina MiS... In this study, the abundance, diversity and structure of the diazotrophic community in oat rhizosphere soil in three cropping systems and at two oat growth stages were investigated using real-time PCR and Illumina MiSeq sequencing. The nifH gene abundance in oat-soybean intercropping (OSO) and oat-mungbean intercropping (OMO) was significantly greater than that in sole oat (O), but the nifH gene abundance significantly decreased at the later stage in all the treatments. Alpha diversity indices in OSO and OMO were higher at the heading stage, but lower at the maturity stage than that in O. Bradyrhizobium and Skermanella were the dominant genera identified in all samples, with an average proportion of 35.8% and 12.4%, respectively. The proportion of dominant genera showed significant differences and varied with cropping system and growth stage. Principal component analysis showed that growth stage had a stronger effect than intercropping on the diazotrophic community structure. However, Mantel test and redundancy analysis showed there was no environmental factor significantly correlated to the diazotrophic community structure. Our results demonstrate that intercropping had a weaker effect than growth stage on the abundance, diversity and structure of the diazotrophic community in oat rhizosphere soil. 展开更多
关键词 COMMUNITY composition Illumina MiSeq sequencing NIFH gene oat-legume INTERCROPPING RHIZOSPHERE soil
对不同公司 16S rRNA 基因 MiSeq 测序数据的一致性分析
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作者 何世耀 胡万金 +4 位作者 肖玲 李慧琴 朱嫚 马燕天 吴兰 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2648-2661,共14页
[背景]高通量测序技术已经广泛应用于环境微生物研究的各个领域。不同原理的测序平台以及众多生物公司的出现为各个科研团队提供了各具特色的测序技术支持,在满足了不同研究需要的同时,也产生了多种多样的测序数据。这些基于不同测序平... [背景]高通量测序技术已经广泛应用于环境微生物研究的各个领域。不同原理的测序平台以及众多生物公司的出现为各个科研团队提供了各具特色的测序技术支持,在满足了不同研究需要的同时,也产生了多种多样的测序数据。这些基于不同测序平台,以及同一测序平台下不同测序公司所产生的数据之间是否具有通用性,一直以来都是广大科研学者所关注的。[目的]探究同一样品在基于MiSeq测序平台下,不同测序环境以及不同测序深度对实验数据的影响,并进一步探究造成差异的原因,以及这些差异对实验结果的影响。[方法]从鄱阳湖松门山、南矶山、饶河、白沙洲采集底泥沉积物样品,分别在2个公司进行不同测序深度16SrRNA基因V3?V4区高通量测序,并比较分析2组测序数据。[结果]2组数据反映的微生物群落结构在实验样地间的分布规律具有高度的相似性,但稀有微生物的差异导致他们在PCoA以及聚类分析中被分为两簇。关系网络关联分析发现具有较高测序深度的B组数据反映了更为复杂的微生物间相互作用,部分稀有微生物如Deferribacteres(脱铁杆菌门)、Lentisphaerae(黏胶球形菌门)等在群落中发挥着重要的作用。METAGENassist功能预测发现了他们在Atrazine metabolism、Chitin degradation、Sulfate reducer、Nitrogen fixation等14类功能上存在差异。[结论]不同的测序环境对实验数据造成的影响可以通过数据质控过程减弱甚至排除,而测序深度的不同则会对测序数据产生显著影响。这种影响主要体现在较深的测序深度会显著增加稀有微生物的丰富度,进而有利于增强我们对环境微生物群落整体功能的认识。 展开更多
关键词 高通量测序技术 MiSeq 测序深度 稀有种 多样性
不同酸碱性紫色土的硝化活性及微生物群落组成 预览 被引量:5
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作者 曹彦强 闫小娟 +2 位作者 罗红燕 贾仲君 蒋先军 《土壤学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期194-202,共9页
为研究紫色土中的硝化作用、总微生物和硝化微生物的群落结构,以重庆永川的酸性紫色土(p H=5.3)和中性紫色土(p H=7.2)以及四川盐亭的石灰性紫色土(p H=8.5)为研究对象,采用稳定性同位素标记技术进行培养实验,并通过Miseq测序对... 为研究紫色土中的硝化作用、总微生物和硝化微生物的群落结构,以重庆永川的酸性紫色土(p H=5.3)和中性紫色土(p H=7.2)以及四川盐亭的石灰性紫色土(p H=8.5)为研究对象,采用稳定性同位素标记技术进行培养实验,并通过Miseq测序对三种紫色土微生物群落结构进行分析。每种土样共设有三种处理,包括^13CO2标记处理、^12CO2对照处理和^13CO2+C2H2对照处理。结果表明,中性紫色土(p H=7.2)和石灰性紫色土(p H=8.5)经过56 d的培养后发生了强烈的硝化作用,而酸性紫色土(p H=5.3)中未发生明显的硝化作用,并且硝化作用类型都以自养硝化为主。三种紫色土中都存在着变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和芽单胞菌门(Gemmatimonadetes),其中变形菌门在三种紫色土中都大约占有20%的比例。中性紫色土和石灰性紫色土各处理中硝化螺旋菌门(Nitrospirae)百分比大于酸性紫色土各处理。三种紫色土各处理中的氨氧化细菌(Ammonia-oxidizing bacteria,AOB)主要以亚硝化螺菌属(Nitrosospira)为主,亚硝酸氧化细菌(Nitrite-oxidizing bacteria,NOB)主要以硝化螺菌属(Nitrospira)为主。且NOB/AOB的值在三种紫色土各处理中最高可达到13,这意味着全程氨氧化细菌(Comammox)可能在紫色土的硝化作用中占据重要贡献。 展开更多
关键词 紫色土 氨氧化细菌 亚硝酸氧化细菌 Miseq测序 微生物 硝化作用
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深圳湾和大鹏湾微生物群落结构及其功能预测比较分析 预览 被引量:1
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作者 路璐 《西昌学院学报:自然科学版》 2018年第2期31-35,129,130共6页
多样性丰富的微生物对海洋生态系统的稳定起着主导作用,采用IlluminaMiseq测序技术,针对深圳大鹏湾和深圳湾,综合比较分析两者的表层海水微生物多样性,预测其微生物生态功能差异。结果表明大鹏湾水体微生物群落的Shannon、Simpson、Chao... 多样性丰富的微生物对海洋生态系统的稳定起着主导作用,采用IlluminaMiseq测序技术,针对深圳大鹏湾和深圳湾,综合比较分析两者的表层海水微生物多样性,预测其微生物生态功能差异。结果表明大鹏湾水体微生物群落的Shannon、Simpson、Chao1和ACE多样性指数及菌群OTUs高于深圳湾的水体。大鹏湾和深圳湾的微生物群落在门水平分别有24和10个菌门,两者主导菌门都为蓝藻细菌门、变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、厚壁菌门、浮霉菌门,这六个分别占其总微生物群落的99.3%和99.9%。然而各菌门在2个水体中的相对丰度不同,且在纲、目、科、属等分类水平的菌群结果也表明群落组成差异显著,在属水平发现隶属于蓝藻菌门的原绿球藻(60%)主导了深圳湾的表层水体,而大鹏湾的主导蓝藻菌属为未被分离出纯菌株的菌群。代谢功能预测初步揭示了大鹏湾和深圳湾水体微生物的代谢功能有所差异,主要体现在生物降解功能、脂质代谢、酶系统和碳水化合物代谢等方面。该研究为认识海洋微生物多样性与海域生态系统的保护修复提供基础数据和理论支撑。 展开更多
关键词 微生物多样性 生态环境 Miseq测序技术 基因预测
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开垦对盐渍化弃耕地土壤细菌群落组成和结构的影响 预览
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作者 杨磊 张玉龙 +1 位作者 姜同轩 张凤华 《新疆农业科学》 CSCD 北大核心 2018年第4期726-736,共11页
【目的】新疆盐碱弃耕地开垦后用于棉花的种植,研究比较开垦前后土壤细菌群落的变化,分析开垦对土壤质量和功能的影响。【方法】通过Illumina MiSeq测序,比较弃耕地与开垦后种植棉花的土壤细菌群落的组成和多样性;探索菌群所具有的特定... 【目的】新疆盐碱弃耕地开垦后用于棉花的种植,研究比较开垦前后土壤细菌群落的变化,分析开垦对土壤质量和功能的影响。【方法】通过Illumina MiSeq测序,比较弃耕地与开垦后种植棉花的土壤细菌群落的组成和多样性;探索菌群所具有的特定功能。【结果】开垦显著地降低了土壤电导率和速效钾含量,显著地增加了土壤有机质、碱解氮和速效磷含量。弃耕地开垦为棉田后增加了细菌物种的丰富度和多样性。Proteobacteria和Firmicutes是弃耕地土壤中主要的细菌门。开垦降低了Firmicutes的相对丰度,但是增加了Chloroflexi,Acidobacteria和Actinobacteria的相对丰度。聚类分析显示弃耕地与开垦后农田的细菌群落有明显的差异性。【结论】开垦后进行棉花生产提高了土壤理化特性,改变了土壤细菌群落组成和结构。 展开更多
关键词 开垦 土壤细菌群落 MiSeq测序 细菌多样性
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应用MiSeq测序分析自然发酵豆酱酱块中微生物的多样性 预览 被引量:2
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作者 姜静 解梦汐 +3 位作者 安飞宇 武俊瑞 唐筱扬 乌日娜 《食品工业科技》 CSCD 北大核心 2018年第16期92-97,共6页
为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在... 为探究传统自然发酵豆酱酱块中微生物多样性,本文首次应用Miseq测序对采自沈阳胡台的6家传统自然发酵成熟酱块样品进行微生物测序分析。结果表明,在门水平上,细菌的优势菌门为厚壁菌门(Firmicutes),真菌为子囊菌门(Ascomycota);在属水平上,主要细菌为乳杆菌属(Lactobacillus)、肠球菌属(Enterococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc),主要真菌为青霉菌属(Penicillium)、毛霉菌属(Mucor)。主成分分析(Principal component analysis,PCA)结果显示,同一地区不同农家制作的酱块,绝大多数样品的微生物细菌菌群之间都存在紧密联系。 展开更多
关键词 Miseq测序 自然发酵 豆酱酱块 微生物多样性
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Variations in microbial community during nitrogen removal by in situ oxygen-enhanced indigenous nitrogen-removal bacteria 预览
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作者 Shi-lei Zhou Yue Sun +4 位作者 Yi-ran Zhang Ting-lin Huang Zai-xing Li Kai-kai Fang Chun-hua Zhang 《水科学与水工程:英文版》 EI CAS CSCD 2018年第4期276-287,共12页
In this study, the enclosure system exhibited perfect nitrogen removal performance with in situ oxygen-enhanced indigenous aerobic denitrifying bacteria in an enclosure experiment. We explored changes in the microbial... In this study, the enclosure system exhibited perfect nitrogen removal performance with in situ oxygen-enhanced indigenous aerobic denitrifying bacteria in an enclosure experiment. We explored changes in the microbial community during the nitrogen removal process using the MiSeq high-throughput sequencing technology. The results revealed a total of 7974 and 33653 operational taxonomic units (OTUs) for water and sediment systems, respectively, with 97% similarity. The OTUs were found to be affiliated with eight main phyla (Proteobacteria, Actinobacteria, Cyanobacteria, Bacteroidetes, Planctomycetes, Chloroflexi, Firmicutes, and Actinobacteria). The diversity of the enhanced system was found to be higher than that of the control system. Principal component analysis (PCA) revealed that significant spatial and temporal differences were exhibited in the microbial community during nitrogen removal in the enclosure experiment. Redundancy analysis (RDA) indicated that physical parameters (temperature, dissolved oxygen, and pH), nitrogen (total nitrogen and nitrate), functional genes (nirK and nirS ), and dissolved organic carbon (DOC) were the most important factors affecting bacterial community function and composition. Lastly, the results suggested that the variation in the microbial community could be analyzed through the MiSeq high-throughput sequencing technology, which may provide technical support for future field tests. 展开更多
关键词 NITROGEN REMOVAL MiSeq HIGH-THROUGHPUT sequencing technology In situ ENCLOSURE RDA Drinking water reservoir
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Variations regularity of microorganisms and corrosion of cast iron in water distribution system
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作者 Wei Qiu Weiyu Li +3 位作者 Junguo He Hongyu Zhao Xiuming Liu Yixing Yuan 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第12期177-185,共9页
关键词 腐蚀行为 微生物 水供应 生铁 分发系统 金属表面 生物资源 水质量
Revealing the anaerobic acclimation of microbial community in a membrane bioreactor for coking wastewater treatment by Illumina Miseq sequencing
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作者 Jiadi Zhu Lujun Chen +1 位作者 Yan Zhang Xiaobiao Zhu 《环境科学学报:英文版》 SCIE EI CAS CSCD 2018年第2期139-148,共10页
关键词 环境适应 废水处理 微生物 膜生物反应器 厌氧 定序 社区 动态变化
利用高通量测序技术分析川中黑山羊瘤胃纤毛虫种群结构 预览
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作者 刘旗 陈芸 +4 位作者 邓俊良 任志华 杨颜铱 高爽 陈憧 《动物营养学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期1574-1581,共8页
本试验旨在应用高通量测序技术研究川中黑山羊瘤胃纤毛虫种群结构。选取3只4月龄川中黑山羊[体重(15.53±0.21)kg],正常饲喂20 d后采集瘤胃液(A)样品,间隔40 d后再次采集瘤胃液(F)样品,提取样品总DNA后,扩增真核生物18S rRNA... 本试验旨在应用高通量测序技术研究川中黑山羊瘤胃纤毛虫种群结构。选取3只4月龄川中黑山羊[体重(15.53±0.21)kg],正常饲喂20 d后采集瘤胃液(A)样品,间隔40 d后再次采集瘤胃液(F)样品,提取样品总DNA后,扩增真核生物18S rRNA V4区,扩增产物使用Illumina MiSeq平台测序。结果表明:1)共获得高质量有效序列242 321条,聚类后得1 650个操作分类单位(OTU)。2)A样品、F样品在alpha多样性Chao、ACE、Shannon和Simpson指数上,差异不显著(P〉0.05)。3)在纲水平分类上,2个时间点样品相对丰度最高的均为纤毛门,侧口纲(A样品为46.0%、F样品为44.7%),2个样品的相对丰度差异不显著(P〉0.05)。4)在科水平分类上,A样品优势科为头毛科(31.8%),其次为均毛科(14.2%);F样品优势科为头毛科(42.8%);并且F样品头毛科相对丰度显著高于A样品(P〈0.05),A样品均毛科相对丰度显著高于F样品(P〈0.05)。5)在属水平分类上,A样品与F样品相对丰度最高的属均为多加多泡双毛属(A样品为20.9%、F样品为25.4%),无显著差异(P〉0.05);存在显著性差异的属是均毛属、头毛属、腹甲双毛属、刺甲双毛属相对丰度,其中A样品均毛属(14.1%vs.1.9%)、腹甲双毛属相对丰度(2.8%vs.1.5%)显著高于F样品(P〈0.05),而头毛属(6.7%vs.12.5%)、刺甲双毛属相对丰度(0.3%vs.2.5%)显著低于F样品(P〈0.05)。本试验结果表明,幼龄川中黑山羊瘤胃液纤毛虫相对丰度最高的种属为多加多泡双毛属,瘤胃中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的真核生物,需要进一步研究, 展开更多
关键词 川中黑山羊 瘤胃纤毛虫 种群结构 多样性 MiSeq测序
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16S rRNA高通量测序方法检测羊圈空气微生物群落结构及多样性 预览 被引量:5
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作者 孙翠丽 张阁 +3 位作者 程汝佳 朱良全 丁家波 常维山 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1314-1322,共9页
以羊圈空气微生物为研究对象,了解羊圈空气中细菌群落结构以及致病菌属特征。将来自10个不同羊场的羊圈空气样本,应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定羊圈空气中细菌的16SrRNAV3-V4变异区序列,分析不同空气样本细菌群落组成。结果显... 以羊圈空气微生物为研究对象,了解羊圈空气中细菌群落结构以及致病菌属特征。将来自10个不同羊场的羊圈空气样本,应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定羊圈空气中细菌的16SrRNAV3-V4变异区序列,分析不同空气样本细菌群落组成。结果显示:空气样本中的细菌在97%的相似水平下共得到OTU个数为33 408,涵盖了25门、66纲、123目、253科、547属、444种的细菌。通过微生物多样性进行分析以及羊圈空气样本菌群中丰度较高的病原菌属的统计,以期为羊场的消毒和用药提供依据。本研究解析了羊圈空气样本中微生物的多样性、丰度及主要病原菌属的特征,对羊场疾病防控有一定指导意义。 展开更多
关键词 羊圈空气 微生物群落及多样性 MiSeq测序
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