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基于SSR、InDel分子标记的红甜菜遗传多样性分析 预览
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作者 刘蕊 刘乃新 +3 位作者 吴玉梅 吴则东 兴旺 王秋红 《中国农学通报》 2019年第22期47-52,共6页
旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记,对21份红甜菜遗传多样性进行研究。结果表明,InDel标记共得到25个基因位点,24个位点具有多态性,Shannon’s信息指数平均值为0.583,Nei’s基因多样性指... 旨在了解21份国内外红甜菜品种的遗传多样性及其演化地位。利用Indel和SSR分子标记,对21份红甜菜遗传多样性进行研究。结果表明,InDel标记共得到25个基因位点,24个位点具有多态性,Shannon’s信息指数平均值为0.583,Nei’s基因多样性指数平均值为0.370,等位基因K为2~4个,平均2.4个,平均观测杂合度为0.235,期望杂合度0.398,多态信息含量PIC值为0.330;SSR标记共扩增出28个基因位点,全部具有多态性,平均每个标记扩增出3.5个多态性基因位点,Shannon’s信息指数平均值为0.926,Nei’s基因多样性指数平均值为0.548,等位基因K为2~7个,平均4.625个,平均观测杂合度0.399,期望杂合度0.587,多态信息含量PIC值为0.523。本研究发现,红甜菜品种大多因亲缘关系较近,因此在选育新品种时,建议尽量选择遗传距离较远的品种作为亲本。 展开更多
关键词 红甜菜 INDEL SSR 遗传多样性 分子标记
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甘蓝型油菜桔黄花色基因的QTL-seq遗传分析及InDel分子标记开发
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作者 丁戈 陈伦林 +4 位作者 邹小云 李书宇 熊洁 邹晓芬 宋来强 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3983-3992,共10页
本研究以甘蓝型油菜黄色花株系16G097和桔黄色花株系J为亲本,回交获得BC1F1世代花色分离群体。对该分离群体的花色差异单株,通过混池分离分析法(BSA)与全基因组重测序(QTL-seq)技术,对桔黄色花性状调控基因进行初步的遗传分析。结果表明... 本研究以甘蓝型油菜黄色花株系16G097和桔黄色花株系J为亲本,回交获得BC1F1世代花色分离群体。对该分离群体的花色差异单株,通过混池分离分析法(BSA)与全基因组重测序(QTL-seq)技术,对桔黄色花性状调控基因进行初步的遗传分析。结果表明,一个主要的候选区域位于甘蓝型油菜的C09染色体区域(C09:4.64~8.28 Mb)。根据该区域的插入/缺失(InDel)变异位点,开发InDel分子标记,经过筛选获得与桔黄色花性状连锁的共显性分子标记2个(BnaC0919, BnaC0934),这个结果也验证了桔黄花色调控基因的候选区域。这些研究结果有利于进一步分离桔黄花色调控基因的候选区段,并为甘蓝型油菜遗传学研究和分子育种提供有价值的资源。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜(Brassica NAPUS L.) 桔黄花 QTL-seq INDEL
基于转录组测序的水稻品种间InDel标记开发
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作者 张倩倩 袁泽科 +1 位作者 赵焕焕 孙红正 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期5334-5341,共8页
多态性分子标记是图位克隆和分子标记技术的基础,为了开发水稻品种间有多态性的分子标记,本研究利用转录组测序技术寻找水稻粳型亚种拉木加和水晶3号两品种间有多态性的InDel标记并进行实验验证,以期为水稻品种间分子标记开发提供参考... 多态性分子标记是图位克隆和分子标记技术的基础,为了开发水稻品种间有多态性的分子标记,本研究利用转录组测序技术寻找水稻粳型亚种拉木加和水晶3号两品种间有多态性的InDel标记并进行实验验证,以期为水稻品种间分子标记开发提供参考。研究结果发现通过测序原始序列比对参考基因组后对得到的InDel以测序深度大于2 (DP>2)、等位基因频率等于100%(AF1=1)进行过滤后得到的多态性InDel可信度较高,而通过转录组组装序列比对比较两品种间的InDel假阳性率比较高。利用该方法两个品种转录组数据共发现多态性InDel 279个,随机选取其中24个InDel进行验证,阳性率为91%。本研究利用转录组测序技术开发水稻亚种内品种间InDel标记效率较高,可用于基因图位克隆、品种指纹图谱构建等。 展开更多
关键词 水稻(Oryza SATIVA L.) 转录组 分子标记 INDEL
基于基因组测序揭示香稻Badh2基因的变异信息 预览
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作者 刘之熙 朱克永 +2 位作者 闵军 刘三雄 陈彦成 《湖南农业科学》 2019年第8期1-4,共4页
香稻是一种具有芳香气味的特种稻资源,具有较高的营养价值和经济价值。利用二代测序技术对3个香稻品种XW13、YZX及XW17进行全基因组测序,发现3个香稻品种的Badh2基因序列一致,在编码区无明显变异的情况下,启动子区有1个8 bp的插入突变,... 香稻是一种具有芳香气味的特种稻资源,具有较高的营养价值和经济价值。利用二代测序技术对3个香稻品种XW13、YZX及XW17进行全基因组测序,发现3个香稻品种的Badh2基因序列一致,在编码区无明显变异的情况下,启动子区有1个8 bp的插入突变,这种变异类型在已测序并公开发表的76份香稻资源的Badh2基因序列中也有发现,命名为badh2-p。 展开更多
关键词 香稻品种 Badh2基因变异 启动子 SNP INDEL
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CENPA基因在不同鸡种上的序列比较分析 预览
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作者 郑圣晗 陈颖 +1 位作者 陈国宏 常国斌 《上海农业学报》 2019年第4期75-79,共5页
为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个... 为找出不同鸡种CENPA基因序列上的差异,为鸡抗病育种研究提供基础材料,利用目标区域捕获测序技术对25个鸡种的CENPA基因进行序列测定.以NCBI网站上Gallus_gallus-5.0(GCF_000002 315.4)的CENPA基因序列为参照,利用MEGA 6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和InDel位点,并构建系统进化树.结果表明:CENPA的外显子没有丰富的多态性,CENPA内含子的丰富多态性主要体现在Intron4上.CENPA基因在Exon3具有保守性,在鸡的进化历史中稳定遗传.25个鸡种大致可被分为4大类,表明我国的地方鸡品种资源丰富,且之间的同源性较低,可为抗病育种的研究提供丰富的样本. 展开更多
关键词 CENPA基因 SNPS INDEL 进化树
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水稻功能性插入缺失标记(InDel)的筛选与应用
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作者 王钰 马卉 +3 位作者 许学 秦瑞英 杨剑波 汪秀峰 《作物杂志》 CAS 北大核心 2019年第4期84-93,共10页
开展水稻品种纯度和真实性鉴定对水稻遗传育种和种子生产有着重要的意义。以245个长江中下游主推水稻品种为研究材料,从643个插入缺失(InDel)位点中筛选出124个功能性多态性位点,建立了InDel高效检测体系。进一步利用InDel标记vf0121641... 开展水稻品种纯度和真实性鉴定对水稻遗传育种和种子生产有着重要的意义。以245个长江中下游主推水稻品种为研究材料,从643个插入缺失(InDel)位点中筛选出124个功能性多态性位点,建立了InDel高效检测体系。进一步利用InDel标记vf0121641804和SSR标记RM7120分析水稻样品的纯度,同时选用覆盖12条染色体的24对InDel引物和48对SSR标准引物分析水稻品种真实性,结果表明,采用InDel标记检测水稻品种纯度和真实性的结果与采用SSR标记检测结果一致,说明水稻功能性InDel标记也可用于水稻品种纯度和品种真实性的鉴定。在此基础上,鉴定了245个水稻品种124个InDel标记的基因型遗传多样性并进行了聚类分析,结果表明,水稻材料间存在明显的群体结构,基本反映了不同品种间的亲缘关系。水稻功能性InDel标记的筛选与应用,不仅为品种纯度和真实性鉴定、遗传多样性分析提供了新方法;而且可用于分子辅助育种,提高强优势组合的预见性。 展开更多
关键词 水稻 INDEL 多态性位点 品种纯度 品种真实性 遗传多样性
基于茄子基因组重测序的InDel标记开发及应用
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作者 吉康娜 郅俊杰 +4 位作者 林丹妮 颜爽爽 田时炳 曹必好 邱正坤 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1278-1288,共11页
茄子是我国重要的蔬菜作物,然而相比于其他茄果类蔬菜,分子标记在茄子中的应用较少。本研究基于2份在果实与抗性上存在显著差异的茄子的全基因重测序数据,鉴定出151327个InDel位点,随机选择并设计了180个InDel标记,利用重测序材料及其... 茄子是我国重要的蔬菜作物,然而相比于其他茄果类蔬菜,分子标记在茄子中的应用较少。本研究基于2份在果实与抗性上存在显著差异的茄子的全基因重测序数据,鉴定出151327个InDel位点,随机选择并设计了180个InDel标记,利用重测序材料及其杂交一代进行有效性鉴定,结果显示:180个InDel标记均可获得PCR扩增产物,其中62个标记具有多态性,多态率为34.7%。基于62个InDel标记聚类分析结果揭示出24份紫红长茄自交系的遗传多样性,其中46个标记表现出多态性,每个标记的Nei′s基因多样性指数在0.0799~0.4991之间,Shannon′s多样性指数分布在0.1732~0.6923之间。基于24个InDel标记聚类分析结果揭示出143份茄子品种的遗传多样性,在遗传相似系数0.65处,143份茄子品种大体可以分为Ⅰ~Ⅶ七大类群。基于2对InDel标记的茄子品种纯度鉴定结果与田间鉴定结果相吻合。 展开更多
关键词 茄子 分子标记 INDEL 种质分析 品种纯度鉴定
Large scale identification of SSR marker in perilla by next generation sequencing 预览
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作者 Qi Shen He Wen +5 位作者 Tianyuan Zhang Jing Xu Xianping Wang Shimei Yang Caifu Du Degang Zhao 《Oil Crop Science-中国油料作物学报英文版》 2019年第2期100-109,共10页
Perilla frutescens (L.) is an edible, medicinal crop, and most popular in East Asia. Its molecular breeding and research are hampered by the paucity of molecular markers. Simple sequence repeat (SSR) markers are ubiqu... Perilla frutescens (L.) is an edible, medicinal crop, and most popular in East Asia. Its molecular breeding and research are hampered by the paucity of molecular markers. Simple sequence repeat (SSR) markers are ubiquitous and widely used in eukaryotic genomes. EST-SSRs identification of perilla was performed in 116,387 reads generated by Illumina paired-end sequencing technology. In total 25,449 unigenes containing SSR and 33,867 SSR loci were identified, and 19,400 primer pairs were designed. Polymorphism of SSR primers was conducted by searching for insertions and deletions (INDELs), and 1,567 unique SSRs were predicted. Totally, 200 SSR primer pairs were selected for polymorphic validation among 23 perilla accessions. Results showed that 175 primer pairs produced amplicons, and 30 pairs exhibited polymorphism. Polymorphic ratio was higher by using INDEL method than using conventional primers. Phylogenetic analysis showed the 2 distinct groups: P. frutescens var. frutescens and P. frutescens var. crispa. Wrinkled leaf trait and seed trait were distinct between these 2 groups. However, no clear leaf color or geographic relationship was detected. The large scale development and identification of SSR marker in this research laid a foundation for genetic analysis and marker assisted breeding of cultivated perilla. 展开更多
关键词 PERILLA frutescens L. simple sequence REPEATS (SSR) NEXT generation SEQUENCING INDEL marker-assisted BREEDING
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Identification of SNP and InDel variations in the promoter and 5′ untranslated regions of γ-tocopherol methyl transferase (ZmVTE4) affecting higher accumulation of α-tocopherol in maize kernel 预览
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作者 Abhijit Kumar Das Rashmi Chhabra +3 位作者 Vignesh Muthusamy Hema Singh Chauhan Rajkumar Uttamrao Zunjare Firoz Hossain 《作物学报:英文版》 CAS CSCD 2019年第4期469-479,共11页
Deficiency of vitamin-E or tocopherol causes neurological and cardiovascular disorders in humans. Though maize kernel is rich in total tocopherol, the level of α-tocopherol possessing the highest vitamin-E activity i... Deficiency of vitamin-E or tocopherol causes neurological and cardiovascular disorders in humans. Though maize kernel is rich in total tocopherol, the level of α-tocopherol possessing the highest vitamin-E activity is low. Mutant allele of ZmVTE4 with deletion of 7 bp and 118 bp (0/0: most favorable haplotype) in 5′UTR and promoter region, respectively significantly enhances α-tocopherol in maize kernel than wild type haplotype (7/118).α- tocopherol estimation in 15 diverse inbreds revealed that mean α-/γ-tocopherol and α-/ total-tocopherol was much higher in genotypes with favorable haplotype (1.51 and 0.41) than unfavorable class (0.19 and 0.13), respectively. However even within favorable class,α- tocopherol ranged from 4.76 to 30.07 μg g 1. Sequence analysis of part of 5′UTR and promoter of ZmVTE4 among the genotypes with favorable haplotype revealed 14 SNPs (SNP1 to SNP14) and eight InDels (InDel1 to InDel8). SNP7 at 606 bp (G to A), and InDels viz., InDel1 (27 bp), InDel4 (27 bp) and InDel8 (14 bp) differentiated low and high α-tocopherol accumulating inbreds with favorable haplotype. Hence the newly identified SNP and InDels in addition to the already reported InDels can be useful in selection of favorable genotypes with higher α-tocopherol in maize. 展开更多
关键词 MAIZE Vitamin-E INDEL SNP BIOFORTIFICATION
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黄牛LYST基因InDel检测及其与生长性状的关联分析 预览
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作者 邬明丽 李世鹏 +7 位作者 高源 赖振雨 樊英智 黄永震 蓝贤勇 雷初朝 陈宏 党瑞华 《家畜生态学报》 北大核心 2019年第2期21-26,共6页
以LYST基因作为候选基因,基于GeneBank提供的序列,以鲁西牛、南阳牛、秦川牛、郏县红牛4个品种共计602个个体为试验材料,利用DNA池测序结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对LYST基因的插入缺失(InDel)进行探索验证,并对不同个体进行基因分型,再结... 以LYST基因作为候选基因,基于GeneBank提供的序列,以鲁西牛、南阳牛、秦川牛、郏县红牛4个品种共计602个个体为试验材料,利用DNA池测序结合聚丙烯酰胺凝胶电泳对LYST基因的插入缺失(InDel)进行探索验证,并对不同个体进行基因分型,再结合体尺数据分析不同基因型与生长性状的关系。结果表明:(1)黄牛LYST基因的第44内含子上检测到一段InDel,片段长度为22bp;(2)LYST基因内含子区P2InDel突变位点在郏县红牛、秦川牛、鲁西牛群体中均存在Ⅱ、ID、DD共3种基因型,而在南阳牛群体中仅存在野生纯合基因型DD和杂合子ID两种基因型,无Ⅱ基因型存在;(3)LYST基因第28号内含子区InDel位点多态性与郏县红牛的体高、胸围、体重、重高比及体躯指数之间存在显著相关性,可以作为候选分子标记用于郏县红牛分子标记辅助选择。结论:本研究在LYST基因第28内含子发现一个能显著影响郏县红牛生长性状的22bp插入突变,该突变可作为郏县红牛生长性状的潜在分子标记。 展开更多
关键词 黄牛 LYST基因 插入缺失 生长性状 关联分析
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不同鸡品种BTN2基因SNP和INDEL分析 预览
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作者 王统苗 郑圣晗 +6 位作者 张莘 陈博雯 刘本帅 张扬 王志秀 常国斌 陈国宏 《四川农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第3期380-385,共6页
【目的】研究BTN2基因多态性,为鸡的免疫和抗病育种研究提供候选基因。【方法】选取26个不同鸡品种,对BTN2基因进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的BTN2基因序列号(NC_006103.4)为参照,使用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,... 【目的】研究BTN2基因多态性,为鸡的免疫和抗病育种研究提供候选基因。【方法】选取26个不同鸡品种,对BTN2基因进行目标捕获测序,以NCBI中Gallus gallus的BTN2基因序列号(NC_006103.4)为参照,使用MEGA6软件进行不同鸡种基因序列比对,筛选出BTN2基因外显子和内含子中的SNP、INDEL以及氨基酸的变化,最后制成系统发育进化树。【结果】26个不同鸡种中,BTN2基因的外显子筛选出28个SNP位点,且SNP位点大多发生在Exon8上,氨基酸突变大多为错义突变;内含子筛选出48个SNP位点,多数发生在Intron7上;插入缺失多发生在外显子上。聚类分析图结果表明:26个鸡种分为3大类,文昌鸡、SPF-来航鸡、太湖鸡、萧山鸡等聚为一类,他们都具有耐粗饲、适应性强等特点;溧阳鸡、北京油鸡、如皋鸡等聚为一类,他们都具有肉质鲜美等优点;茶花鸡、仙居鸡、固始鸡、大骨鸡等聚为一类。【结论】不同鸡种中BTN2基因的具有遗传多样性,第8外显子中138 264~138 986位点的SNP可以作为鸡免疫特性的候选标记。 展开更多
关键词 BTN2基因 SNP INDEL 进化树
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基因特异性分子标记在植物育种中的研究进展 预览
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作者 张丹丹 周延清 杨珂 《湖北农业科学》 2018年第11期5-9,共5页
基因特异性分子标记是基于基因序列中功能性单核苷酸多态性(SNP)或插入和缺失(InDels)位点开发而成,具有选择效率高、共显性、与目标基因共分离、不受遗传背景影响等优点,且与生物表型性状高度相关,在生物表型性状的鉴定中更突显出... 基因特异性分子标记是基于基因序列中功能性单核苷酸多态性(SNP)或插入和缺失(InDels)位点开发而成,具有选择效率高、共显性、与目标基因共分离、不受遗传背景影响等优点,且与生物表型性状高度相关,在生物表型性状的鉴定中更突显出其准确性和直接性,可以准确地跟踪、定位不同遗传背景下的目标等位基因,是农作物分子标记辅助选择育种中理想的分子标记类型。对基因特异性分子标记的原理、开发及在植物育种的应用进行论述,并探讨了基因特异性分子标记的发展趋势,以期为分子标记辅助育种提供参考依据。 展开更多
关键词 SNP INDEL PCR检测 分子标记辅助育种 基因特异性分子标记
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应用InDel标记进行软枣猕猴桃杂交子代真实性鉴定 预览 被引量:2
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作者 孙世航 林苗苗 +3 位作者 齐秀娟 孙雷明 钟云鹏 方金豹 《果树学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期32-37,共6页
【目的】对杂交后代进行真实性鉴定是进行猕猴桃分子遗传学研究的前提。通过筛选InDel引物对软枣猕猴桃2个杂交后代群体进行InDel标记研究,以鉴定杂种后代的真实性。【方法】采用高通量磁珠法提取软枣猕猴桃‘永丰1号’(早)、‘RB-3... 【目的】对杂交后代进行真实性鉴定是进行猕猴桃分子遗传学研究的前提。通过筛选InDel引物对软枣猕猴桃2个杂交后代群体进行InDel标记研究,以鉴定杂种后代的真实性。【方法】采用高通量磁珠法提取软枣猕猴桃‘永丰1号’(早)、‘RB-3’(早)、‘11-17’(d)、‘魁绿雄’(F)亲本基因组DNA,以及‘RB-3’ב魁绿雄’子代175株和‘永丰1号’ב11-17’子代531株的基因组DNA;根据重测序数据设计InDel引物,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳在4个亲本中进行多态性验证,选择扩增带型清晰、稳定以及在父本中出现特异性条带的引物用于杂种子代鉴定,根据所选引物中InDel片段长度选择琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳,对‘RB-3’ב魁绿雄’和‘永丰1号’ב11—17’2个杂交F1代群体进行真实性鉴定。【结果】在‘RB-3’ב魁绿雄’的杂交组合中,共筛选出4对引物,作为杂种鉴定的标记,鉴定杂交后代的真杂种比率为92.00%。在‘永丰1号’ב11-17’杂交组合中,同样筛选到4对,杂交后代的真杂种比率为99.24%。【结论】InDel标记可有效地对猕猴桃杂交后代进行真实性鉴定,真杂种的鉴定为后续的分子标记辅助育种、遗传图谱构建等奠定基础。 展开更多
关键词 软枣猕猴桃 杂交 INDEL 分子标记
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基于叶绿体InDel标记对玉米杂交种正反交的鉴定
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作者 王蕊 于倩倩 +12 位作者 田红丽 许理文 晏朋涛 易红梅 薛宁宁 葛建镕 董文攀 杨扬 任洁 王璐 周世良 赵久然 王凤格 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第17期5660-5666,共7页
玉米的正反交杂交种在有些表型性状上存在差异,在有些品种中甚至直接影响总体产量。为了避免之前的鉴定正反交方法在取样类型和时间上存在的一定的局限性,本研究以玉米叶绿体基因组Insertion/Deletion(In Del)标记为基础开发引物,使... 玉米的正反交杂交种在有些表型性状上存在差异,在有些品种中甚至直接影响总体产量。为了避免之前的鉴定正反交方法在取样类型和时间上存在的一定的局限性,本研究以玉米叶绿体基因组Insertion/Deletion(In Del)标记为基础开发引物,使用玉米叶片材料进行检测。结果显示CPMIDP01和CPMIDP03两个位点可分别鉴定玉米杂交种郑单958和京科968的正反交组合,并可组合成效果稳定的二重PCR,从而得到一种对玉米正反交种的快速鉴定方法。此方法可应用于中国主要玉米品种正反交鉴定中,作为核基因组检测的补充,进一步完善品种真实性及品系溯源信息。 展开更多
关键词 正反交 INDEL 叶绿体 玉米杂交种 毛细管电泳
利用分子标记对‘淮稻5号’进行品种真实性鉴定
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作者 顾伟航 田佳琪 +5 位作者 朱明超 文正怀 严卫古 王兴龙 张大兵 袁政 《植物生理学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期265-272,共8页
‘淮稻5号’具有抗倒性强、高产稳产、米质优良等优点,自推广以来,以其独有的优越性在粳稻市场中占有重要竞争份额。因此,开发可用于该品种真实性鉴定的分子标记具有重要的经济和应用价值。本研究利用前期筛选获得的99对水稻InDel分子... ‘淮稻5号’具有抗倒性强、高产稳产、米质优良等优点,自推广以来,以其独有的优越性在粳稻市场中占有重要竞争份额。因此,开发可用于该品种真实性鉴定的分子标记具有重要的经济和应用价值。本研究利用前期筛选获得的99对水稻InDel分子标记对‘淮稻5号’标准品(H1)和4个生产中与‘淮稻5号’无明显表型差异的供测品种进行基因型分析,筛选获得4对‘淮稻5号’品种特异性InDel分子标记:chr13386-1、chr5751、chr86491-1和chr115641-0。为进一步验证这4对分子标记鉴定结果的可靠性,对供测品种基因组进行了2b-RAD测序分析,测序结果与In Del分子标记检测结果一致,供测品种H2、H4虽然表型与其他供测品种几乎一致,但与标准品(H1)及其他供测品种(H3、H5)在基因型上存在明显差异。在此基础上,利用这4对In Del分子标记对来自不同地区以及举报的‘淮稻5号’问题材料进行了基因型检测,结果进一步验证本研究获得的4对分子标记可用于‘淮稻5号’品种真实性的快速检测鉴定。因此,本研究结果为加强‘淮稻5号’品种权的保护及种子质量监测工作提供了理论依据和技术支持。 展开更多
关键词 '淮稻5号’ 分子标记 INDEL 2b-RAD 真实性
上海白猪(上系)基因组遗传变异检测与功能注释分析 预览
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作者 盛中华 陈国宏 +2 位作者 潘玉春 王起山 张哲 《畜牧兽医学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期887-896,共10页
拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太... 拟通过全基因组范围内遗传变异的检测和注释分析,深入了解上海白猪(上系)群体的遗传现状,以便更好地进行提纯复壮与开发利用。本研究应用基因组简化测序平台—GGRS,对上海白猪(上系)群体(99头)进行基因组测序,并综合实验室前期太湖地方猪种和西方引进品种共计447头测序数据进行SNP和InDel等遗传变异检测和功能注释分析。结果显示,上海白猪基因组测序平均覆盖度为2.87%,平均测序深度为3.9倍,共检测到328 586个SNPs、693 220个InDels。进一步分析表明,SNP和Indel在染色体上的分布相对均一,但在不同染色体上数量和密度的分布存在一定差异。结构注释显示,SNP和InDel对应基因的数量分别为11 496个和13 216个,按照基因的结构区域分类,SNP和InDel在各类功能基因区间的分布特点一致,绝大多数的SNP和InDel变异都分布在基因间区,分别为74.61%和83.38%。内含子中次之,分别为22.76%和14.98%。基因富集分析结果表明,SNP主要与蛋白代谢过程和高分子代谢过程等相关,InDel多在组织、器官发育和疾病相关的通路中发生富集。此外还发现,含有高密度SNP和InDel等遗传变异的QTL主要集中在肉质与胴体性状和健康性状。本研究利用先进的简化基因组测序技术对上海白猪(上系)全基因组范围内的遗传变异进行了普查,并通过对太湖流域地方猪种和西方引进品种的合并比较分析,阐释了这些遗传变异的染色体分布特征,基因区间分布规律和功能注释信息,为后续的开发利用奠定了坚实的基础。 展开更多
关键词 上海白猪(上系) 猪基因组 SNP INDEL
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不同鸡种BF1基因SNP和Indel比对分析 预览
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作者 陈博雯 郑圣晗 +5 位作者 张莘 王统苗 王志秀 张扬 陈国宏 常国斌 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期1087-1094,共8页
鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个... 鸡BF1基因多态性与传染性疾病的抗性有很大关系。鸡BF1基因多态性及功能尚不清楚。本研究直接测定了25个鸡种BF1基因序列,并与从NCBI下载的红色原鸡BF1基因进行了比较,构建系统进化树进行分析。结果显示,在这25个鸡种中共检测到了171个单核苷酸多态性(SNP),其中外显子上发现了108个SNP。这些外显子中SNP位点编码氨基酸166个,其中有58个氨基酸发生变异,氨基酸序列同源性高于核苷酸。外显子4和外显子1的SNP数量最多,占46%以上,第5、第6、第7、第8外显子属于保守区域。核苷酸序列缺失主要发生在外显子1和内含子5上。25个鸡种根据地理位置和气候环境大致可被分为3大类。说明,BF1基因在核苷酸多态性水平上存在较高的变异性,为鸡抗病育种提供了基础。 展开更多
关键词 鸡MHC BF1基因 SNP INDEL
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基于名优谷子品种晋谷21全基因组重测序的分子标记开发 预览 被引量:5
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作者 赵庆英 张瑞娟 +4 位作者 王瑞良 高建华 韩渊怀 杨致荣 王兴春 《作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第5期686-696,共11页
小米因其营养丰富日益受到重视,而小米的品质是民众选择小米时最为关注的指标。晋谷21米质优异,但由于缺少基因组信息,严重阻碍了其优异米质形成机制的研究。本研究利用高通量测序技术,对晋谷21全基因组进行重测序,获得了14.95 Gb高质... 小米因其营养丰富日益受到重视,而小米的品质是民众选择小米时最为关注的指标。晋谷21米质优异,但由于缺少基因组信息,严重阻碍了其优异米质形成机制的研究。本研究利用高通量测序技术,对晋谷21全基因组进行重测序,获得了14.95 Gb高质量测序数据。进一步将其与豫谷1号参考基因组比较,发掘了169 037个In Del位点和1 167 555个SNP位点,其中长度在13~50 bp之间适于琼脂糖凝胶电泳检测的In Del位点为14 578个。选择其中1个SNP位点和68个In Del位点验证,表明利用二代测序技术开发的In Del和SNP标记真实可靠。基于名优谷子晋谷21重测序数据开发的In Del和SNP分子标记具有通用性,可用于其他谷子、狗尾草和谷莠子等种质资源的相关研究。同时,开发了一个晋谷21特异的In Del标记2G5501976,利用该标记即可快速鉴定待测材料是否为晋谷21及其衍生品种。本研究初步揭示了晋谷21的基因组特征,不仅为深入解析其优异米质形成的分子机制奠定了基础,而且为相关分子标记辅助育种、遗传分析和基因克隆提供了分子标记资源。 展开更多
关键词 谷子 晋谷21 INDEL SNP 分子标记 基因组重测序
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基于重测序开发的InDel标记定位陆地棉矮化突变体 预览 被引量:1
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作者 季高翔 何守朴 +6 位作者 潘兆娥 龚文芳 贾银华 王立如 王朋朋 耿晓丽 杜雄明 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2018年第6期448-454,共7页
【目的】利用重测序开发的InDel标记实现陆地棉矮化突变体基因AS98的定位。【方法】利用1个极端矮化材料AS98与其野生型LHF10构建F2群体,根据突变体及其野生型的重测序数据开发InDel标记,并利用新开发的分子标记对矮化性状进行定位。【... 【目的】利用重测序开发的InDel标记实现陆地棉矮化突变体基因AS98的定位。【方法】利用1个极端矮化材料AS98与其野生型LHF10构建F2群体,根据突变体及其野生型的重测序数据开发InDel标记,并利用新开发的分子标记对矮化性状进行定位。【结果】挑选新开发的位于初步定位区间内的InDel标记114对,用2个材料进行标记多态性检测,筛选出具有多态性的标记20对;利用多态性标记在包含223个单株的F2群体中进行聚合酶链式反应,结合表型把矮化基因AS98定位于染色体D12上,与其最近的分子标记是InDel-50,遗传距离为6.9cM。【结论】本试验证实了利用重测序数据开发InDel标记,并在陆地棉矮化材料衍生的分离群体中进行基因定位的可行性,为进一步精细定位及分子辅助选择育种提供参考。 展开更多
关键词 陆地棉 INDEL 矮化 定位
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民猪全基因组序列测定与分析 预览
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作者 张冬杰 何鑫淼 +2 位作者 王文涛 汪亮 刘娣 《东北农业大学学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期9-17,共9页
民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊。为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标... 民猪是我国优良地方猪品种,具有高繁殖、耐粗饲、抗逆和肉质优良等特性,但遗传背景模糊。为合理保护和利用民猪资源,利用Illumina Hiseq2000测序平台,采用双末端测序方法,测定10头民猪和4头东北野猪全基因组序列,统计分析SNPs和InDel标记信息,利用NCBI数据库中已知的50个不同个体的SNPs信息作主成分分析并构建分子进化树,使用θπ和Fst两个参数筛选民猪和东北野猪基因组内受选择基因。结果表明,民猪基因组内检测8255874个SNPs,大量的SNPs发生在基因间区及内含子区;与猪dbSNP数据库相比,新发现7739173个SNPs;检测到739647个InDel位点,其中纯合多于杂合位点。民猪在遗传距离上介于亚洲猪种和欧洲猪种之间,说明民猪在品种形成过程中,曾引入欧洲猪血统,东北野猪则与亚洲家猪和亚洲野猪聚为一类,符合其地理分布。民猪基因组内共181个基因受到选择,涉及能量代谢、脂质转运、脊椎及视神经发育等。东北野猪基因组内共411个基因受到选择,涉及神经系统、免疫应答、繁殖、线粒体能量代谢等。 展开更多
关键词 民猪 SNPS INDEL 主成分分析 分子进化树
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