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高通量测序技术在食品微生物检测中的应用
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作者 李桂澜 匡华 《食品安全质量检测学报》 CAS 2019年第15期5091-5097,共7页
微生物超标及食源性致病菌引发的生物污染是影响国家公共卫生的主要因素.新一代的高通量测序技术因其高覆盖度、高灵敏度、高准确性和低成本等特点,已经作为食品安全检测最重要技术逐渐替代常规DNA诊断和微生物分型方法.本文通过综述测... 微生物超标及食源性致病菌引发的生物污染是影响国家公共卫生的主要因素.新一代的高通量测序技术因其高覆盖度、高灵敏度、高准确性和低成本等特点,已经作为食品安全检测最重要技术逐渐替代常规DNA诊断和微生物分型方法.本文通过综述测序的发展历史和二代测序原理及流程,着重论述以高通量测序为基础的16S rRNA、全基因组、宏基因组以及宏转录组分析在现代食品安全实验室中的应用,展现了高通量测序技术在食品微生物检测、食源性致病菌监控及食品发酵工艺等方面的巨大优势. 展开更多
关键词 高通量测序技术 食品微生物检测 16S RRNA 全基因组测序 宏基因组测序 宏转录组测序
Chemical genomics reveals inhibition of breast cancer lung metastasis by Ponatinib via c-Jun
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作者 Wei Shao Shasha Li +5 位作者 Lu Li Kequan Lin Xinhong Liu Haiyan Wang Huili Wang Dong Wang 《蛋白质与细胞:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期161-177,共17页
Metastasis is the leading cause of human cancer deaths.Unfortunately,no approved drugs are available for antimetastatic treatment.In our study,high-throughput sequencing-based high-throughput screening(HTS^2)and a bre... Metastasis is the leading cause of human cancer deaths.Unfortunately,no approved drugs are available for antimetastatic treatment.In our study,high-throughput sequencing-based high-throughput screening(HTS^2)and a breast cancer lung metastasis(BCLM)-associated gene signature were combined to discover anti-metastatic drugs.After screening of thousands of compounds,we identified Ponatinib as a BCLM inhibitor.Ponatinib significantly inhibited the migration and mammosphere formation of breast cancer cells in vitro and blocked BCLM in multiple mouse models.Mechanistically,Ponatinib represses the expression of BCLM-associated genes mainly through the ERK/c-Jun signaling pathway by inhibiting the transcription of JUN and accelerating the degradation of c-Jun protein.Notably,JUN expression levels were positively correlated with BCLM-associated gene expression and lung metastases in breast cancer patients.Collectively,we established a novel approach for the discovery of anti-metastatic drugs,identified Ponatinib as a new drug to inhibit BCLM and revealed c-Jun as a crucial factor and potential drug target for BCLM.Our study may facilitate the therapeutic treatment of BCLM as well as other metastases. 展开更多
关键词 anti-metastatic drug discovery gene expression SIGNATURE HIGH-THROUGHPUT sequencing-based HIGH-THROUGHPUT screening PONATINIB breast cancer lung metastasis C-JUN
中试SBBR内厌氧氨氧化的快速启动及微生物特性
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作者 刘福长 张健 +2 位作者 陈益明 李俊 张新颖 《中国给水排水》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期6-13,共8页
采用中试规模的序批式生物膜反应器(SBBR),在温度为25~32℃、pH值=7. 6~8. 3、投加少量厌氧氨氧化(Anammox)菌的条件下,经过120 d的培养,成功启动Anammox工艺。反应器稳定运行期间,对NH4+-N和NO2--N的去除率分别为81. 45%和99. 00%,平... 采用中试规模的序批式生物膜反应器(SBBR),在温度为25~32℃、pH值=7. 6~8. 3、投加少量厌氧氨氧化(Anammox)菌的条件下,经过120 d的培养,成功启动Anammox工艺。反应器稳定运行期间,对NH4+-N和NO2--N的去除率分别为81. 45%和99. 00%,平均总氮去除负荷达0. 41 kgN/(m3·d)。NH4+-N、NO2--N去除量与NO3--N生成量之比为1∶1. 39∶0. 25,与理论值接近。反应器中以Anammox反应为主导作用并伴有微弱的亚硝酸盐反硝化,Anammox速率达0. 103 kgN/(kgVSS·d)。填料上生物膜的Anammox菌联氨氧化酶活性明显高于反应器中的悬浮污泥,表明填料对Anammox菌具有较好的富集效果。经过驯化培养,SBBR内污泥群落结构及丰度发生明显变化,稳定运行阶段Anammox菌属含量达23. 57%,成为反应器中的优势菌种。 展开更多
关键词 序批式生物膜反应器 厌氧氨氧化 生物膜 联氨氧化酶 高通量测序
增强子预测及靶向测序技术研究进展 预览
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作者 王锦 赵正伟 +1 位作者 马丽娜 马青 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1308-1315,共8页
增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解... 增强子在传统上被定义为不依赖转录方向及与目标启动子的相对位置来调控一个或多个基因转录的基因组顺式调控序列,其活性对生长发育、基因表达多样性、进化及人类疾病发生起到关键的调控作用,因此,了解增强子的功能特性不仅有利于理解基因表达的时空特异性,也有助于最终揭示细胞分化、物种进化及非编码区域变异导致疾病等关键的生物学问题。随着高通量测序技术的快速发展,增强子的预测鉴定、识别及功能注释的方法和工具也呈现出多样性,包括序列基序分析、转录因子和辅因子的体内结合位点、特征染色质和组蛋白修饰、大规模并行增强子分析,以及CRISPR(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)相关技术。文章就高通量测序技术在全基因组水平上利用调节因子结合位点、染色质可接近性、组蛋白修饰、增强子与启动子的相互作用、增强子RNAs(eRNAs)和体外荧光素酶等技术对增强子鉴定、识别、预测的6种方法进行了综述,并就如何利用基因编辑技术靶向研究增强子进行了详细阐述,最后展望了全基因组水平上的增强子研究和个体研究增强子的作用,并详细描述了靶向预测增强子的方法,比较了每种方法的优势和局限性,为深入开展该领域的研究工作提供参考。 展开更多
关键词 增强子 高通量测序 靶向测序 CRISPR
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厌氧氨氧化SBBR启动过程中菌群演替分析
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作者 何承兴 储昭瑞 +3 位作者 谭炳琰 黄晓遇 苏一魁 荣宏伟 《水处理技术》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期93-96,共4页
采用序批式生物膜反应器(SBBR),以混合污泥作为接种污泥,研究了反应器启动过程中菌群演替规律。结果表明,通过逐步提高进水NH4^+-N和NO2^--N含量的方式将SBBR的N容积负荷由0.10 g/(L·d)提升至1.164 g/(L·d),经过144 d成功启... 采用序批式生物膜反应器(SBBR),以混合污泥作为接种污泥,研究了反应器启动过程中菌群演替规律。结果表明,通过逐步提高进水NH4^+-N和NO2^--N含量的方式将SBBR的N容积负荷由0.10 g/(L·d)提升至1.164 g/(L·d),经过144 d成功启动厌氧氨氧化SBBR,TN去除率达93.92%,厌氧氨氧化活性为5.86 mg/(g·h)。在反应器启动过程中,厌氧氨氧化菌的丰度不断升高,其它非功能菌的丰度逐渐降低。稳定运行期,浮霉菌门在活性污泥和生物膜上的丰度有显著的差异,前者为8.83%,后者为24.21%。3种检出的厌氧氨氧化菌属在活性污泥和生物膜上的差异也十分明显,Candidatus Jettenia、Candidatus Brocadia和Candidatus Kuenenia在活性污泥中的丰度分别为2.89%、2.29%和0.65%,而在生物膜的丰度分别为10.04%、5.93%、2.22%。 展开更多
关键词 序批式生物膜反应器(SBBR) 厌氧氨氧化 高通量测序 菌群演替规律
基于高通量测序浓香型和芝麻香型白酒酒曲真菌群落结构的分析 预览
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作者 李斌 胡俊杰 +3 位作者 张兰兰 李绍亮 李学思 郭书贤 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第10期96-100,共5页
该研究应用高通量测序(HTS)技术研究浓香型白酒中高温酒曲和芝麻香型白酒高温酒曲的真菌菌群结构,分析酒曲中真菌的种类、相对丰度和功能。结果表明,浓香型白酒中高温酒曲的优势真菌群(相对丰度≥1%)主要有假丝酵母(Candida)、嗜热子囊... 该研究应用高通量测序(HTS)技术研究浓香型白酒中高温酒曲和芝麻香型白酒高温酒曲的真菌菌群结构,分析酒曲中真菌的种类、相对丰度和功能。结果表明,浓香型白酒中高温酒曲的优势真菌群(相对丰度≥1%)主要有假丝酵母(Candida)、嗜热子囊菌属(Thermoascus)、根毛霉属(Rhizomucor)等。芝麻香型白酒高温酒曲的优势真菌群主要有假丝酵母(Candida)、曲霉属(Aspergillus)、威克汉姆酵母(Wickerhamomyces)等。随着浓香型白酒中高温酒曲贮存时间的延长,假丝酵母(Candida)的相对丰度逐渐增加,其在两种酒曲中都是优势真菌,此属中许多种具有酒精发酵能力。HTS技术为建立浓香型和芝麻香型白酒酒曲微生物信息数据库、优化酒曲的发酵工艺和提升品质提供了理论依据。 展开更多
关键词 高通量测序 真菌群落结构 浓香型中高温曲 芝麻香型高温曲
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高盐高碱环境下硝化反硝化过程及N2O产生特征
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作者 代伟 赵剑强 +1 位作者 丁家志 刘双 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第8期3730-3737,共8页
采用稳定运行在高盐高碱环境厌氧/好氧/缺氧(An/O/A)模式下的序批式生物膜反应器(SBBR),考察在不同碳氮比(C/N)条件下,硝化反硝化过程及N2O产生特征.结果表明,在C/N为5、2和对照组(C/N=0)时,总氮去除率分别为(98. 17±0. 42)%、(65.... 采用稳定运行在高盐高碱环境厌氧/好氧/缺氧(An/O/A)模式下的序批式生物膜反应器(SBBR),考察在不同碳氮比(C/N)条件下,硝化反硝化过程及N2O产生特征.结果表明,在C/N为5、2和对照组(C/N=0)时,总氮去除率分别为(98. 17±0. 42)%、(65. 78±2. 47)%和(44. 08±0. 27)%;N2O的产生量分别为(32. 07±2. 03)、(21. 81±0. 85)和(17. 32±0. 95) mg·L^-1;N2O转化率(N2O产生量在去除总氮中的比例)分别为(29. 75±0. 93)%、(30. 04±2. 17)%和(41. 69±0. 80)%.高盐高碱条件下,亚硝酸盐氧化菌(NOB)受到很强的抑制作用,硝化过程基本停留在亚硝酸盐阶段.由于高盐高碱环境对N2O还原酶活性的抑制,使得异养反硝化过程产生了大量N2O,随着碳氮比的增大,有更多的碳源用于反硝化过程,因而总氮去除率和N2O产生量均随之增加.随着碳氮比的增大,N2O转化率随之降低,这可能是由于异养反硝化过程氮素还原酶对电子的竞争所形成的,碳氮比越高,电子竞争越弱.高通量测序表明:在SBBR中,氨氧化细菌(AOB)被富集,而几乎不存在NOB;优势异养反硝化菌属主要是Thauera、Azoarcus和Gemmobacter. 展开更多
关键词 高盐高碱 硝化反硝化 N2O 序批式生物膜反应器(SBBR) 高通量测序
高通量测序技术在遗传性白内障诊断中的应用研究
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作者 张玉薇 娄桂予 +6 位作者 杨科 秦利涛 时伟丽 王莉红 王秀华 张颖 郑丽华 《中华实用诊断与治疗杂志》 2019年第6期542-544,共3页
目的探讨高通量测序技术在遗传性白内障诊断中的应用价值。方法提取先证者(34岁先天性白内障孕妇)及其家系18例家庭成员外周血全基因组DNA,采用高通量测序法筛查先证者可疑致病突变位点,采用Sanger测序方法验证先证者及其他家庭成员的... 目的探讨高通量测序技术在遗传性白内障诊断中的应用价值。方法提取先证者(34岁先天性白内障孕妇)及其家系18例家庭成员外周血全基因组DNA,采用高通量测序法筛查先证者可疑致病突变位点,采用Sanger测序方法验证先证者及其他家庭成员的可疑致病位点,在先证者孕16周时进行羊水穿刺,提取胎儿DNA并采用Sanger测序法进行验证。结果先证者和家系另10例患者均存在GJA3基因(NM021954.3)c.176 C>T位点错义杂合突变,8例表型正常的家系成员和胎儿均未检测到该位点突变。结论 GJA3基因c.176 C>T位点错义杂合突变为该家系致病基因突变,该突变位点具有致病性;高通量测序结合Sanger测序技术是一种成本相对较低、速度较快、结果可靠的分子诊断方法,可应用到先天性白内障的诊断及家庭成员的生育指导。 展开更多
关键词 先天性白内障 基因检测 产前诊断 高通量测序 Sanger测序
高通量基因测序技术在淋巴瘤中的应用进展
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作者 王欣 《山东大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2019年第7期50-54,共5页
近年来,基于全基因组的高通量测序技术发展迅速,由于其速度快、准确率高、成本低等优点,目前已广泛应用在临床医学的各个领域,为亚型众多、治疗复杂的淋巴瘤研究带来了革命性变化,为筛选淋巴瘤的特异性诊断标志、研究疾病的发病机制、... 近年来,基于全基因组的高通量测序技术发展迅速,由于其速度快、准确率高、成本低等优点,目前已广泛应用在临床医学的各个领域,为亚型众多、治疗复杂的淋巴瘤研究带来了革命性变化,为筛选淋巴瘤的特异性诊断标志、研究疾病的发病机制、寻找预后指标及促进新药研发起到了极大的推动作用. 展开更多
关键词 淋巴瘤 高通量测序 基因组测序
氧化石墨烯对污水生物处理的长期影响 预览
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作者 杨丰铭 杨武 《长春大学学报》 2019年第4期27-32,共6页
通过向序批示活性污泥反应器(SBR)中添加不同浓度的氧化石墨烯(GO)并进行常规水质指标检测与高通量测序等实验,来探究GO对污水生物处理效果及微生物群落结构的长期影响。结果表明:经过45d的暴露后,1mg/LGO对污泥微生物的影响并不明显,... 通过向序批示活性污泥反应器(SBR)中添加不同浓度的氧化石墨烯(GO)并进行常规水质指标检测与高通量测序等实验,来探究GO对污水生物处理效果及微生物群落结构的长期影响。结果表明:经过45d的暴露后,1mg/LGO对污泥微生物的影响并不明显,而高浓度GO会对系统脱氮除磷性能产生明显抑制。5mg/LGO会使丝硫菌(Thiothrix)产生富集并导致污泥膨胀;10mg/LGO对微生物脱氮除磷能力的抑制作用略低于5mg/LGO,但仍会使脱氮除磷功能菌丰度下降。 展开更多
关键词 氧化石墨烯 SBR反应器 高通量测序 微生物群落结构
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酱香高温大曲、酒醅和窖泥的真菌多样性分析 预览
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作者 沈毅 程伟 +4 位作者 邓小波 陈波 王西 甘浪飞 张亚东 《酿酒科技》 2019年第3期17-23,共7页
基于HiSeq2500高通量测序技术,利用rDNA-ITS1序列解析酱香高温大曲、酒醅和窖泥中真菌微生物的组成及其多样性。结果表明,本研究收集的高温大曲、酒醅和窖泥样品共产出236,402条cleantags,有效序列的平均长度分别为304bp、258bp和280bp... 基于HiSeq2500高通量测序技术,利用rDNA-ITS1序列解析酱香高温大曲、酒醅和窖泥中真菌微生物的组成及其多样性。结果表明,本研究收集的高温大曲、酒醅和窖泥样品共产出236,402条cleantags,有效序列的平均长度分别为304bp、258bp和280bp;在分类操作单元(OTU)水平上得到各样品的OTU个数分别为83、70和308,其中三者共有的OTU个数为13;窖泥中真核微生物具有最高的丰富度和多样性,酒醅的多样性高于高温大曲。研究表明,酱香高温大曲、酒醅和窖泥之间的真菌菌群组成和多样性差异明显。酱香高温大曲主要由优势菌属嗜热丝孢菌属(Thermomyces)和嗜热子囊菌属(Thermoascus)组成。酒醅中优势菌属包括假丝酵母属(Candida)、拟青霉属(Paecilomyces)和嗜热丝孢菌属(Thermomyces)。上述研究是首次对郎酒生产过程中的主要真菌微生物的组成进行鉴定和多样性分析,为酱香型高温制曲、高温堆积发酵、厌氧发酵等工艺的改进和完善提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 真菌菌群 高温大曲 酒醅 窖泥 高通量测序
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饲喂高蛋白饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群的影响 预览
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作者 李曼曼 丁雪东 +6 位作者 贺濛初 王志 李玉 王希春 冯士彬 李锦春 吴金节 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期6-13,共8页
【目的】研究饲喂不同蛋白质质量分数的饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群结构和数量的影响。【方法】选取1 日龄雁鹅72 只,随机分成3 组:A、B 和C 组分别饲喂质量分数为16%、20%和24%的粗蛋白。在第14 天每组取6 只雁鹅盲肠内容物,进行细菌培... 【目的】研究饲喂不同蛋白质质量分数的饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群结构和数量的影响。【方法】选取1 日龄雁鹅72 只,随机分成3 组:A、B 和C 组分别饲喂质量分数为16%、20%和24%的粗蛋白。在第14 天每组取6 只雁鹅盲肠内容物,进行细菌培养、分离和计数;另每组取3 只雁鹅盲肠内容物,根据细菌16S rDNA 的保守性设计引物,采用IlluminaHiSeq 测序平台对细菌16S rDNA 的V4 区基因进行测序,根据序列进行微生物物种多样性分析。【结果】A、B 和C 组共获得1 066 175 条高质量的细菌16S rDNA 序列,3 组共有操作分类单元(OTU)数目为1 013 个,主成分1(PC1)对检测到的总微生物的贡献率为46.64%,主成分2(PC2)的贡献率为16.46%。门水平上的优势菌群为放线菌门Actinobacteria、拟杆菌Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria 和疣微菌门Verrucomicrobia 等;科水平上的优势菌群为拟杆菌科Bacteroidaceae、肠杆菌科Enterobacteriaceae、毛螺菌科Lachnospiraceae、疣微菌科Ruminococcacea 和理研菌科Rikenellaceae;属水平上的优势菌群为艾克曼菌属Akkermansia、拟杆菌属Bacteroides、棒状杆菌Corynebacterium 和乳酸菌属Lactococcus。与A 组相比,C 组双歧杆菌Bifidobacterium 的数量显著降低(P<0.05),C 组大肠埃希菌Escherichia coli 和沙门氏菌Salmonella 数量显著升高(P<0.05)。【结论】饲喂高蛋白饲粮使雏鹅盲肠微生物菌群多样性和丰度发生变化,使双歧杆菌和乳酸杆菌的数量减少,使大肠埃希菌和沙门氏菌数量增加。 展开更多
关键词 高蛋白饲粮 雏鹅 盲肠 微生物菌群 高通量测序
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高温大曲发酵过程中微生物多样性研究 预览
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作者 付绍鸿 赵荣寿 +1 位作者 杨柳 周蔺 《酿酒科技》 2019年第3期76-79,共4页
利用高通量测序技术对在发酵和储存过程中的高温大曲微生物的多样性进行研究分析。经研究发现:大曲内细菌的多样性呈波浪形变化,在门、纲、目、科、属级水平上,厚壁菌门、芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、芽孢杆菌科、高温放线菌科、乳杆菌科... 利用高通量测序技术对在发酵和储存过程中的高温大曲微生物的多样性进行研究分析。经研究发现:大曲内细菌的多样性呈波浪形变化,在门、纲、目、科、属级水平上,厚壁菌门、芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、芽孢杆菌科、高温放线菌科、乳杆菌科、明串珠菌科、乳杆菌属和魏斯氏菌属占优势。 展开更多
关键词 高温大曲 高通量测序 微生物 多样性
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耐受高浓度糖蜜酒精废液的细菌群落的多样性分析
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作者 林丽华 汤宏赤 +2 位作者 郭媛 樊少林 庞浩 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1629-1635,共7页
广西的甘蔗糖蜜酒精发酵废液的COD高达100 000 mg/L,同时含有15 000 mg/L的硫酸根离子,属于高盐高浓度有机废水,严重抑制微生物的沼气化过程。为了获得耐受高COD和高硫酸盐的细菌群落的多样性数据,对特异性耐受高浓度糖蜜酒精废液的细... 广西的甘蔗糖蜜酒精发酵废液的COD高达100 000 mg/L,同时含有15 000 mg/L的硫酸根离子,属于高盐高浓度有机废水,严重抑制微生物的沼气化过程。为了获得耐受高COD和高硫酸盐的细菌群落的多样性数据,对特异性耐受高浓度糖蜜酒精废液的细菌群落进行分析。提取高浓度糖蜜酒精废液沼气池中淤泥样品的总DNA,应用IIIumina MiSeq高通量测序技术测定各样品中的细菌16S rDNA V3-V4变异区序列,并进行测序数据处理、OTUs聚类及物种注释,分析样品中细菌的复杂度和多样品间细菌组成差异。结果显示:沼气池各样品的优势菌群均是厚壁菌门(Firmicute)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和变形菌门(Proteobacteria)。在废水消化旺盛区域的微生物种群含有泉古菌门(Crenarchaeota)和热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)等与硫酸根降解转化相关的菌株。本研究表明,特异性硫酸根转化菌株的富集揭示了这个细菌群落耐受高硫酸根废液的原因。高通量测序技术为高盐高浓度难降解有机废水沼气池淤泥细菌群落多样性的研究提供了科学有效的数据资源。 展开更多
关键词 糖蜜酒精废液 高盐高浓度有机废水 沼气池 细菌群落多样性 高通量测序
基于Miseq测序技术分析高脂膳食对不同性别SD大鼠盲肠菌群的影响
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作者 夏雪娟 李冠楠 +3 位作者 廖丽婷 曾岚清 郑炯 阚建全 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期223-232,共10页
为研究高脂膳食对不同性别大鼠盲肠菌群的影响,采用Illumina Miseq测序技术分析普通膳食和高脂膳食Sprague-Dawlay大鼠盲肠菌群的变化。结果表明,高脂膳食后雌、雄大鼠肾周脂肪质量和脂肪系数显著性增加(P<0.05)。在门分类水平上,厚... 为研究高脂膳食对不同性别大鼠盲肠菌群的影响,采用Illumina Miseq测序技术分析普通膳食和高脂膳食Sprague-Dawlay大鼠盲肠菌群的变化。结果表明,高脂膳食后雌、雄大鼠肾周脂肪质量和脂肪系数显著性增加(P<0.05)。在门分类水平上,厚壁菌门和拟杆菌门在所有样本中总相对丰度>82%,且雌性大鼠盲肠中厚壁菌门相对丰度高于雄性大鼠。高脂膳食后雌、雄大鼠厚壁菌门相对丰度均降低,拟杆菌门均升高。在属分类水平上,高脂膳食后雌、雄大鼠盲肠中普氏菌属、未分类瘤胃菌科、Blautia、拟杆菌属和未分类紫单胞菌科的相对丰度均降低,分类位置未定的属和Alloprevotella的相对丰度均升高。雌性大鼠盲肠中未分类普氏菌科、考拉杆菌属和未分类毛螺菌科的相对丰度降低,而雄性大鼠盲肠中上述3属菌相对丰度升高。高脂膳食对雌、雄大鼠肠道菌群的影响存在一定差异,研究结果对于探讨不同性别大鼠盲肠菌群参与脂质代谢的机理研究具有一定参考价值。 展开更多
关键词 高脂膳食 不同性别 盲肠 微生物 高通量测序
利用网格计算加速基因大数据分析的方法实现 预览
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作者 杨双浩 《计算机与现代化》 2019年第8期85-91,共7页
为解决基因测序数据量大、数据分析时间长,搭建FPGA、GPU计算平台成本高昂且计算软件兼容不足的问题,运用分布式计算思想设计高通量测序数据分析架构Sequence Grid(SeqGrid)。该架构安装centos开源操作系统,利用网格引擎Sun Grid Engine... 为解决基因测序数据量大、数据分析时间长,搭建FPGA、GPU计算平台成本高昂且计算软件兼容不足的问题,运用分布式计算思想设计高通量测序数据分析架构Sequence Grid(SeqGrid)。该架构安装centos开源操作系统,利用网格引擎Sun Grid Engine(SGE)、普通CPU、机械硬盘和SSD硬盘,通过并发调度生物信息软件bwa、GATK等实现数据分析。结果表明:单人全外显子组30GB数据分析时间从15h缩短至1h,计算速度达到串行流程的15倍,有效提高了数据分析效率。 展开更多
关键词 网格计算 高性能计算集群 生物信息 高通量测序
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芝麻香型酒醅堆积过程中微生物结构变化分析
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作者 曹润洁 何宏魁 +5 位作者 葛向阳 袁志强 胡传旺 李冬冬 刘国英 李安军 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1371-1380,共10页
【背景】高温堆积发酵过程是芝麻香型白酒生产过程中的一个重要环节,是芝麻香型白酒典型风格形成的关键工序。【目的】解析堆积发酵过程中原核和真核微生物群落的演替规律。【方法】分别对高温堆积酒醅样本的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌... 【背景】高温堆积发酵过程是芝麻香型白酒生产过程中的一个重要环节,是芝麻香型白酒典型风格形成的关键工序。【目的】解析堆积发酵过程中原核和真核微生物群落的演替规律。【方法】分别对高温堆积酒醅样本的细菌16S rDNA V3-V4区和真菌ITS2区进行Illumina高通量测序,解析高温堆积过程中酒醅的真菌和细菌菌群结构变化规律,同时解析发酵过程中温度、水分、酸度、淀粉、还原糖的变化规律。【结果】酒醅堆积初期0-6 h,占优势的原核微生物菌属是Bacillus、Weissella和Acetobacter。堆积20 h后微生物群落结构变化显著,Weissella的比例降低,Acetobacter的比例显著增加。堆积初期,占优势的真核微生物菌属是Aspergillus、Saccharomyces和Pichia。堆积6 h后,Aspergillus比例下降,而Pichia和Saccharomyces则逐步增多,其绝对优势地位一直保持至堆积结束。酒醅微生物群落结构受翻堆操作的短暂影响(堆积20 h时),最终恢复至平衡状态。高温堆积36 h以后,酒醅中的原核和真核微生物群落均趋于稳定。还原糖数据显示堆积前期微生物糖化作用迅速,36 h后糖化趋于稳定,温度、酸度、淀粉含量参数基本平稳。【结论】酒醅高温堆积发酵过程中,原核微生物和真核微生物有其不同的变化规律。原核微生物的变化是以20 h时的翻堆为结点,翻堆前的优势菌属是Bacillus、Weissella和Acetobacter;堆积后的优势菌属是Weissella和Acetobacter,其中后者占绝对优势。与原核微生物相比,真菌微生物的结构逐步集中,到发酵结束时毕赤酵母和酵母两者占真菌总量的93%以上。芝麻香型白酒发酵过程的高温堆积环节,原核和真核微生物的菌种繁殖以及相应的菌群结构变化为稍后的高温发酵奠定了微生物基础。 展开更多
关键词 高通量测序 高温堆积 微生物群落结构 理化指标
基于16S rRNA基因序列对不同土壤细菌群落的差异性分析 预览
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作者 宋国庆 李辉 +4 位作者 马克 赵雪莹 沈忆文 谢建辉 周怀谷 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第2期187-193,共7页
目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息... 目的研究不同土壤细菌群落的结构和差异,探索16S rRNA基因测序技术在不同土壤鉴定中的有效性。方法采集上海市7个地区的土壤样本,提取土壤细菌基因组DNA,采用高通量测序技术对16S rRNA基因序列高变区片段进行测序,测序结果通过生物信息学软件量化或可视化后,比较分析草地、树林和沙滩3类土壤样本间细菌群落多样性和丰度的差异。结果草地、树林和沙滩土壤样本细菌群落的alpha多样性指数差异具有统计学意义,三类土壤细菌群落的物种相对丰度和多样性差异明显,草地土壤中酸杆菌门相对丰度较高,树林土壤中变形菌门相对丰度较高,沙滩土壤中放线菌门相对丰度较高。但人工草地、天然草地和工业区草地土壤细菌群落差异无统计学意义。结论基于16S rRNA基因序列测序可以有效区分不同类别土壤,该方法有望为刑事案件第一犯罪现场判读提供线索。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 土壤微生物学 DNA 细菌 RNA 核糖体 16S 生物多样性 高通量测序
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岩溶地区不同土地利用方式土壤固碳细菌群落结构特征
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作者 张双双 靳振江 +1 位作者 贾远航 李强 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期412-420,共9页
固碳细菌是土壤碳循环重要的微生物群落,研究其群落结构特征对认识土壤生态系统的固碳机制具有重要意义.以桂林毛村岩溶实验场的岩溶区、混合区与非岩溶区为研究样区,采集稻田、玉米和柑橘园表层土壤,以cbbLR为固碳细菌的指示基因,采用... 固碳细菌是土壤碳循环重要的微生物群落,研究其群落结构特征对认识土壤生态系统的固碳机制具有重要意义.以桂林毛村岩溶实验场的岩溶区、混合区与非岩溶区为研究样区,采集稻田、玉米和柑橘园表层土壤,以cbbLR为固碳细菌的指示基因,采用高通量测序方法,对比在三类区域土壤中固碳细菌的群落丰度、组成及多样性特征的异同.结果表明,三类区域土壤中固碳细菌属于变形菌门和放线菌门.其中,变形菌门的α-变形菌纲(α-Proteobacteria,24.6%)为三类区域土壤中的优势纲,以根瘤菌为主的兼性自养菌是主要的固碳细菌.在岩溶区,伯克氏菌目(Burkholderiales)、红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)、固氮螺菌属(Azospirillum)、费氏根瘤菌(Sinorhizobium fredii HH103)、豌豆根瘤菌(Rhizobium leguminosarum bv.trifolii)等微生物的丰度均高于混合区和非岩溶区;而慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)为混合区与非岩溶区土壤中的优势种群.冗余分析(redundancy analysis)表明,pH、土壤有机碳(SOC)、可溶性有机碳(DOC)、总氮(TN)和阳离子交换量(CEC)等土壤因子是影响固碳细菌群落结构差异的主要生态因子.以上结果表明,岩溶区的土壤特性对固碳细菌的群落结构有显著影响. 展开更多
关键词 岩溶区 固碳细菌 cbbLR基因 根瘤菌 高通量测序
散发型Ⅰ型神经纤维瘤的基因突变鉴定与家系分析
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作者 畅荣妮 谭建强 +2 位作者 潘莉珍 袁德健 蔡稔 《中国优生与遗传杂志》 2019年第1期19-21,24共4页
目的对一例先证者为Ⅰ型神经纤维瘤病的患儿进行基因突变鉴定与家系研究。方法采用高通量测序技术对NF1基因进行点突变和基因拷贝数检测,应用MLPA技术对患者NF1、NF2基因进行大片段变异研究,采用STR连锁分析对先证者及其父母进行亲缘关... 目的对一例先证者为Ⅰ型神经纤维瘤病的患儿进行基因突变鉴定与家系研究。方法采用高通量测序技术对NF1基因进行点突变和基因拷贝数检测,应用MLPA技术对患者NF1、NF2基因进行大片段变异研究,采用STR连锁分析对先证者及其父母进行亲缘关系鉴定,对其父母进行体格检查和表型分析,采用Sanger测序方法对高通量测序点突变进行先证者和家系验证。结果高通量测序检出患者NF1基因致病变异c.1013A>G,该突变为已报道的Ⅰ型神经纤维瘤致病突变,其生物学父母未见神经纤维瘤表型且无上述突变。结论该神经纤维瘤患儿是由NF1新发突变所致,高通量测序技术对检测致病基因含较多外显子的遗传性疾病具有显著优势。 展开更多
关键词 Ⅰ型神经纤维瘤 牛奶咖啡斑 错义突变 高通量测序
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