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冰菜盐胁迫下的转录组分析 预览
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作者 练冬梅 赖正锋 +2 位作者 姚运法 林碧珍 洪建基 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期279-284,共6页
为了解冰菜(Mesembryanthemum crystallinum)叶片抗盐相关基因组学,利用Illumina Hi-seq TM2500高通量测序技术研究冰菜叶片在400mmolL–1NaCl胁迫下转录组基因的差异表达。结果表明,从400mmolL^–1NaCl胁迫和对照的冰菜叶片中共获得13.... 为了解冰菜(Mesembryanthemum crystallinum)叶片抗盐相关基因组学,利用Illumina Hi-seq TM2500高通量测序技术研究冰菜叶片在400mmolL–1NaCl胁迫下转录组基因的差异表达。结果表明,从400mmolL^–1NaCl胁迫和对照的冰菜叶片中共获得13.01Gb Clean data,Q30碱基均大于90.08%。共获得123个差异表达基因(DEGs),包括73个上调基因,50个下调基因,其中功能注释的基因有96个。根据Unigene库序列进行GO、COG和KEGG注释,筛选出8个与抗盐性相关差异表达基因,植物激素代谢相关基因,脱落酸8'-羟基化酶、吲哚-3-乙酰酸酰胺合成酶和茉莉酮酸酯ZIM结构域蛋白基因均下调表达,生长素响应蛋白、细胞分裂素合酶基因则上调表达,糖代谢相关基因棉子糖合成酶基因上调表达,质膜H^+-ATPase基因上调表达,脱水蛋白基因下调表达。这为冰菜耐盐基因组学和分子生物学的研究奠定基础。 展开更多
关键词 冰菜 盐胁迫 叶片 转录组 差异表达基因
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基于GEO数据库分析非酒精性脂肪肝关键分子机制 预览
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作者 吴娜 毛祥坤 许嵩 《江西中医药大学学报》 2019年第5期30-34,共5页
目的:探讨非酒精性脂肪肝中关键分子机制。方法:在GEO数据库下载数据GSE89632进行分析。将筛选出的差异基因(DEGs)输入DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,用Cytoscape软件构建PPI互作分析图,用Cytohubba软件求得10个靶基因。结果:通过筛... 目的:探讨非酒精性脂肪肝中关键分子机制。方法:在GEO数据库下载数据GSE89632进行分析。将筛选出的差异基因(DEGs)输入DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,用Cytoscape软件构建PPI互作分析图,用Cytohubba软件求得10个靶基因。结果:通过筛选后发现124个DEGs(103个上调基因及21个下调基因)。经过DAVID分析后发现TNF信号通路、JAK/STAT信号通路等参与NAFLD的发生发展。结论:JUN、IL6、FOS、MYC、CCL2、IL8、IL1B、ATF3、EGR1、SERPINE1等10个过表达靶基因可作为脂肪肝的潜在生物学标记物,TNF信号通路可能是其关键作用分子机制。 展开更多
关键词 非酒精性脂肪肝 差异基因 信号通路
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慢性酒精中毒大鼠在学习记忆方面差异基因的生物信息学分析
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作者 杜爱林 董家行 +4 位作者 侯佳宝 朱继文 秦浩志 罗晓秋 张瑞岭 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1280-1291,共12页
借助基因芯片获取慢性酒精中毒大鼠海马相关基因的表达数据集,通过生物信息学的分析方法对差异表达基因进行筛选与分析。从分子水平揭示慢性酒精中毒对大鼠大脑海马体的影响,为慢性酒精中毒的损伤机制以及相关疾病发病机制的基础研究与... 借助基因芯片获取慢性酒精中毒大鼠海马相关基因的表达数据集,通过生物信息学的分析方法对差异表达基因进行筛选与分析。从分子水平揭示慢性酒精中毒对大鼠大脑海马体的影响,为慢性酒精中毒的损伤机制以及相关疾病发病机制的基础研究与临床治疗提供新的方向。同时,还通过Y迷宫实验对实验大鼠的学习记忆功能进行了检测,借助电镜拍摄其线粒体。结果显示,我们一共筛选出208个差异表达基因,其中51个表达上调,157个表达下调。其中涉及的主要信号通路有氧化磷酸化通路、D-谷氨酰胺和谷氨酸代谢通路、阿尔茨海默病信号通路、帕金森病信号通路、膀胱癌信号通路、B细胞受体信号通路和亨廷顿病信号通路等。由此我们得出结论,慢性酒精中毒可能影响了海马多个基因的表达,其中包括Rpsa、Wdr31、Rps11、Rps9、Ndufa2、Mrto4、Rpl6、Dap3、Ndufb8、Ndufb6、Ephb2、Cox6c、Prkcd、Rela、Raf1、Ubd、Mrps28、Mrpl35等关键基因,进而损伤了电子传递链复合体Ⅰ,最终损伤线粒体,导致大鼠学习记忆能力的损伤。 展开更多
关键词 慢性酒精中毒 生物信息学 差异表达基因 基因芯片 大鼠
转录组测序技术在植物水淹胁迫研究中的应用
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作者 张健 唐露 +1 位作者 张雅洁 冉启凡 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1191-1202,共12页
水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被... 水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。 展开更多
关键词 植物水淹胁迫 转录组测序 差异表达基因 GO功能富集
红白果肉颜色火龙果果肉转录组分析和基因功能注释
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作者 吴亚维 徐娟 +3 位作者 韩秀梅 张兴无 洪怡 文晓鹏 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期400-410,共11页
为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)... 为探明红肉和白肉火龙果果肉转录组差异,挖掘影响火龙果色素代谢的候选基因。利用Illumina HiSeq测序平台对不同颜色火龙果果肉组织中所有m RNA进行高通量测序,所得序列经质控、组装后比对到Nr (NCBI non-redundant protein sequences)、SWISS-PROT (an annotated protein sequence database)、Nt(NCBI nucleotide sequences)、KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)、COG (clusters of orthologous groups)和GO (gene ontology)数据库,并进行差异表达基因聚类分析和KEGG通路分析,对基于高通量测序拼接获得Unigenes进行SSR (simple sequence repeats)位点分析。结果表明,测序共获得74 033个Unigenes,其中有42 606个得到注释,‘紫红龙’和‘晶红龙’果肉差异表达基因11 958个,在‘紫红龙’果肉中分别有2 674个基因上调表达、9 284个下调表达,找到与甜菜苷代谢相关的差异表达基因25个,DODA、CYP76AD和GT7基因可能在火龙果甜菜苷调控中发挥正调控作用。通过SSR位点信息分析,从74 033个Unigene中共检测到15 770个SSR位点,含SSR标记序列12 988个,出现频率最高的复基元为AG/CT,共获得6 562条SSR引物,按照SSR序列长度大于20 bp的标准筛选得到1 291条SSR引物。本研究结果可为火龙果果肉颜色形成机制的阐明及其遗传育种提供理论依据。 展开更多
关键词 火龙果 转录组 差异表达基因 SSR
应用RNA-Seq技术筛选唾液腺腺样囊性癌嗜神经侵袭相关差异表达基因 被引量:1
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作者 李欢 杨新杰 +1 位作者 王维戚 雷德林 《中国口腔颌面外科杂志》 CAS 2018年第2期114-119,共6页
目的 :应用RNA-Seq技术分析与施万细胞共培养前、后的唾液腺腺样囊性癌细胞(SACC)的基因表达水平变化,明确嗜神经侵袭(perineural invasion,PNI)相关基因。方法:采用腺样囊性癌与SD大鼠施万细胞共培养模型,分析共培养前、后SACC... 目的 :应用RNA-Seq技术分析与施万细胞共培养前、后的唾液腺腺样囊性癌细胞(SACC)的基因表达水平变化,明确嗜神经侵袭(perineural invasion,PNI)相关基因。方法:采用腺样囊性癌与SD大鼠施万细胞共培养模型,分析共培养前、后SACC细胞基因表达变化,对差异表达基因进行聚类分析、GO功能富集分析、KEGG通路富集分析,并采用q RT-PCR对其中6个关键差异表达基因进行验证。采用edge R软件(3.12.1)进行表达差异显著性分析,将P≤0.05、差异表达倍数的绝对值大于1作为差异显著性标准。结果 :在腺样囊性癌单独培养组与共培养组之间发现395个差异表达基因(P≤0.05,|log FC|≥1.0),其中135个基因上调(34.2%),260个基因下调(65.8%)。GO功能富集分析结果表明,这些PNI相关差异表达基因参与了血管再生、细胞外基质的组成、细胞增殖、凋亡和上皮形态发生;KEGG通路富集分析结果表明,这些基因参与组氨酸代谢、肿瘤坏死因子、趋化因子等细胞因子受体相互作用等重要生物学通路。利用q RT-PCR技术对其中6个关键基因进行验证,验证结果与RNA-Seq趋势一致。结论:得到了SACC嗜神经侵袭PNI的相关差异基因,为阐明SACC的嗜神经侵袭机制提供了实验依据。 展开更多
关键词 唾液腺 腺样囊性癌 转录组测序技术 差异表达基因 嗜神经侵袭
黄秋葵花和果荚转录组测序及类黄酮代谢差异表达分析 预览
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作者 姚运法 张少平 +3 位作者 练冬梅 赖正锋 黄慧明 洪建基 《西北植物学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期2000-2009,共10页
采用IlluminaHi-seq2500转录组高通量测序,构建黄秋葵花和果荚转录组文库,并利用测序评估、差异基因功能注释等生物信息学方法进行分析。研究结果表明:(1)分别获得黄秋葵花和果荚有效数据7.12Gb和8.14Gb,碱基百分比(Q30)均达到91.0%以上... 采用IlluminaHi-seq2500转录组高通量测序,构建黄秋葵花和果荚转录组文库,并利用测序评估、差异基因功能注释等生物信息学方法进行分析。研究结果表明:(1)分别获得黄秋葵花和果荚有效数据7.12Gb和8.14Gb,碱基百分比(Q30)均达到91.0%以上。(2)获得差异表达基因(DEGs)1336个,其中上调基因319个,下调基因1017个。(3)获得功能注释的基因有1131个,GO将455注释基因归成41个功能小类,主要涉及代谢过程、催化活性、单一生物过程和细胞过程等过程;KOG注释了472个DEGs,涉及23个功能分类,其中与次生代谢直接相关过程O和Q类别获得111个注释结果;KEGG将372个DEGs注释到80条代谢通路中,获得F3H、F3′5′H、DFR、ANR、ANS、GT、LAR共10个关键差异基因,其中F3H、DFR在黄秋葵花中表现上调效应,F3′5′H、ANR、LAR在黄秋葵果荚中表现显著上调效应,ANS、GT则分别在花和果荚中均有上调或下调效应。(4)实时定量PCR分析显示,其中7个差异表达基因得到的相对表达量与转录组表达谱分析趋势完全一致。(5)类黄酮代谢途径分析表明,黄秋葵花通过F3H、DFR、ANS、GT途径将NAR催化为生成花青素苷;果荚则将NAR通过F3′5′H将催化为DHM,后在FLS催化下生成黄酮醇类物质等;部分NAR在F3H、DFR催化下,生成无色飞燕草素苷元,再分别在ANS、LAR作用下,进入花青素苷元和原花青素合成途径。该研究结果丰富了黄秋葵转录组信息,为黄秋葵类黄酮物质纯化和功能利用提供参考依据。 展开更多
关键词 黄秋葵 转录组 功能注释 差异表达基因 黄酮代谢
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基于mRNA-miRNA相互作用网络研究阿尔茨海默病机理
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作者 臧贵勇 潘开昌 +3 位作者 龙友国 余跃生 官志忠 禹文峰 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第6期2776-2782,共7页
本研究基于表达谱数据系统分析了阿尔茨海默病中的差异表达基因;进一步的GO和KEGG富集分析研究了差异表达基因参与的生物学功能和生物学过程;最后通过mRNA-miRNA相互作用网络,挖掘了阿尔茨海默病中的关键基因和调控机理。研究表明,990... 本研究基于表达谱数据系统分析了阿尔茨海默病中的差异表达基因;进一步的GO和KEGG富集分析研究了差异表达基因参与的生物学功能和生物学过程;最后通过mRNA-miRNA相互作用网络,挖掘了阿尔茨海默病中的关键基因和调控机理。研究表明,990个基因在阿尔茨海默病中差异表达(p-value≤0.01,|log FC|≥2),其中332个基因(33.5%)上调,658个基因(66.5%)下调。功能富集(GO)表明,差异基因参与了Regulation of macrophage activation、Myelin sheath和structural constituent of cytoskeleton等功能。KEGG通路富集分析表明,差异基因参与了,Synaptic vesicle cycle、PI3K-Akt signaling pathway、Nicotine addiction、Dopaminergic synapse和Retrograde endocannabinoid signaling等重要的生物学通路。最后,mRNA-miRNA相互作用网络鉴定了在阿尔茨海默病中6个关键的基因,包括TP53INP1、MET、MBNL3、CEBPB、GNAS和SMARCA4,其中TP53INP1和MET在前人的研究中有报道与阿尔茨海默病密切相关,MBNL3、CEBPB、GNAS和SMARCA4是新发现的一些基因。这些基因可能参与了阿尔茨海默病的发生和发展,可以作为其调控位点和药物靶点。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 生物芯片 差异表达基因 miRNA-mRNA相互作用网络
比较RBRVS和DRGS下医院常用的绩效评价方法 预览
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作者 陈成智 《经济视野》 2018年第7期109-109,111共2页
RBRVS和DRGS都是起源于上世纪八九十年代,为美国老年医保支付的定价工具。目前,这两种方法在我国医院的绩效评价中均有使用,然而,两种方式的优缺点各有什么?哪一种更适合医院进行使用?本文就RBRVS和DRGS下的医院常用的绩效评价方法进行... RBRVS和DRGS都是起源于上世纪八九十年代,为美国老年医保支付的定价工具。目前,这两种方法在我国医院的绩效评价中均有使用,然而,两种方式的优缺点各有什么?哪一种更适合医院进行使用?本文就RBRVS和DRGS下的医院常用的绩效评价方法进行探讨。 展开更多
关键词 RBRVS DEGS 医院 绩效评价
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基于RNA-Seq技术对血链球菌spxA_2敲除株的转录组分析 被引量:1
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作者 徐梦雅 王迪 +2 位作者 李子豪 李婷 郑兰艳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第1期45-50,54共7页
目的 应用RNA测序(RNA-Seq)技术分析spxA2调控的靶基因,以期揭示spx蛋白的转录调控机制,为血链球菌致病机制的深入研究奠定基础。方法 采用高通量测序技术对血链球菌野生株和spxA2突变株进行转录组分析,将测序所产生的数据绘到SK36参... 目的 应用RNA测序(RNA-Seq)技术分析spxA2调控的靶基因,以期揭示spx蛋白的转录调控机制,为血链球菌致病机制的深入研究奠定基础。方法 采用高通量测序技术对血链球菌野生株和spxA2突变株进行转录组分析,将测序所产生的数据绘到SK36参考基因组上,获得各个基因的表达信息,应用基因组比对结果进行基因定量。利用edgeR软件分析△spxA2和WT中的基因差异表达情况。随机抽取若干差异表达基因,通过实时定量PCR对基因的差异表达情况进行验证。应用GOTermFinder软件,找出差异表达基因中显著富集GO条目,并推测差异表达基因行使的主要生物学功能;通过Pathway分析进一步了解差异表达基因所参与的代谢通路及其具体的生物学意义。结果将序列数据与公共数据库COG、GO、KEGG、NR、NT和Swiss-Pro进行BLAST比对,89.1%(1203个)独立基因得到功能注释。其中,859个独立基因注释到COG并被划分到25个功能类别,910个独立基因注释到GO数据库,707个(52.4%)独立基因被归为KEGG中的32条代谢途径。对△spxA2组和WT组进行基因表达差异分析,确定spxA2基因敲除株有17个基因表达上调,5个基因表达下调。GO功能显著性富集和Pathway显著性富集分析,表明筛选到的差异表达基因主要富集在氨基酸代谢生物学过程和酶活性细胞组分,共得到2条显著富集的代谢通路,涉及丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢及牛磺酸和牛磺酸代谢。结论RNA-Seq所得序列数据在测序深度、覆盖率以及与血链球菌SK36标准株基因组的比对结果均较理想,转录组测序结果基本能反映血链球菌的整个转录组情况。spxA2是一个全局性转录调控因子,参与多个基因的转录调控,该蛋白的改变可导致血链球菌丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢以及牛磺酸和牛磺酸代谢通路发生变化,可为深入研究血链球菌致病机制及其与代谢途径之间的联系提 展开更多
关键词 血链球菌 spxA2 转录组测序 转录组分析 差异表达基因
大麦白化颖壳突变体的转录组学分析 预览 被引量:3
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作者 栾海业 臧慧 +5 位作者 沈会权 张英虎 乔海龙 陶红 申玉香 陈和 《核农学报》 CSCD 北大核心 2017年第12期2332-2339,共8页
为了探究大麦白化颖壳突变体形成机理,以白化颖壳突变体(AL)和野生型植株(WT)为试验材料,对2份材料抽穗期的颖壳进行转录组测序分析,通过Illumina Hi SeqTM2500高通量转录组测序技术分别从WT和AL中获得2.7 Gb和4.1 Gb有效数据,拼接... 为了探究大麦白化颖壳突变体形成机理,以白化颖壳突变体(AL)和野生型植株(WT)为试验材料,对2份材料抽穗期的颖壳进行转录组测序分析,通过Illumina Hi SeqTM2500高通量转录组测序技术分别从WT和AL中获得2.7 Gb和4.1 Gb有效数据,拼接组装后得到64 634条通用基因(unigenes),其中长度大于1 kb的有23 696条。通过对2份材料间差异基因的筛选,共得到672个差异表达基因(DEGs),其中139个上调表达,533个下调表达。GO功能富集分析发现,在分子功能类型中注释的差异基因主要与叶绿体相关;KEGG显著富集分析发现差异基因广泛涉及碳代谢、光合作用等调控途径。对其中6个相关基因进行了RT-qPCR验证,表达趋势与RNA-Seq测序结果一致。表明AL的形成可能是由于叶绿体形成和发育相关基因的表达受到抑制,进一步导致了光合作用的下降,该研究结果对深入探究大麦的白化形成机理具有重要的参考价值。 展开更多
关键词 大麦 白化颖壳突变体 转录组测序 差异基因
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钩苞大丁草高通量转录组测序及差异表达分析 预览 被引量:3
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作者 陈菁 郑伟 +2 位作者 王谈笑 王炜 徐晓丹 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期470-477,共8页
该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到... 该研究采用Illumina Hi-Seq2500高通量测序技术,对叶背有纤维和无纤维发育的两组钩苞大丁草(Gerbera delavayi Franch.)叶片样品的cDNA进行转录组测序,分析其叶背毡毛纤维发育机理。测序结果得到了108 694条单基因序列,进一步筛选得到了1 605条差异表达基因,838条差异表达基因在GO数据库具有功能定义,512条差异表达基因在COG分类体系中具有详细的蛋白功能释义,315条差异表达基因注释到了KEGG数据库中。其中,氨基糖和核苷酸糖代谢途径中控制纤维素合成的相关基因,苯丙烷类生物合成途径中控制木质素合成的相关基因,以及激素信号转导途径中控制生长素信号转导的相关基因表达量下调;激素信号转导途径中控制细胞分裂素、脱落酸信号转导的相关基因表达量上调。研究结果在一定程度上丰富了钩苞大丁草的基因信息,并为后续的遗传改良提供了基础数据。 展开更多
关键词 钩苞大丁草 转录组 高通量测序 差异表达基因 纤维发生
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Exploring differentially expressed genes associated with fertility instability of S-type cytoplasmic male-sterility in maize by RNA-seq 预览
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作者 SU Ai-guo SONG Wei +7 位作者 SHI Zi ZHAO Yan-xin XING Jin-feng ZHANG Ru-yang LI Chun-hui LUO Mei-jie WANG Ji-dong ZHAO Jiu-ran 《农业科学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2017年第8期1689-1699,共11页
The germplasm resources for the S-type male sterility is rich in maize and it is resistant to Bipolaris maydis race T and CI, but the commercial application of S-type cytoplasmic male sterility(CMS-S) in maize hybrid ... The germplasm resources for the S-type male sterility is rich in maize and it is resistant to Bipolaris maydis race T and CI, but the commercial application of S-type cytoplasmic male sterility(CMS-S) in maize hybrid industry is greatly compromised because of its common fertility instability. Currently, the existence of multiple minor effect loci in specific nuclear genetic backgrounds was considered as the molecular mechanism for this phenomenon. In the present study, we evaluated the fertility segregation of the different populations with the fertility instable material FIL-H in two environments of Beijing and Hainan, China. Our results indicated that the fertility instability of FIL-H was regulated by multiple genes, and the expression of these genes was sensitive to environmental factors. Using RNA sequencing(RNA-seq) technology, transcriptomes of the sterile plants and partially fertile plants resulted from the backcross of FIL-H×Jing 724 in Hainan were analyzed and 2 108 genes with different expression were identified, including 1 951 up-regulated and 157 down-regulated genes. The cluster analysis indicated that these differentially expressed genes(DEGs) might play roles in many biological processes, such as the energy production and conversion, carbohydrate metabolism and signal transduction. In addition, the pathway of the starch and sucrose metabolism was emphatically investigated to reveal the DEGs during the process of starch biosynthesis between sterile and partially fertile plants, which were related to the key catalytic enzymes, such as ADP-G pyrophosphorylase, starch synthase and starch branching enzyme. The up-regulation of these genes in the partially fertile plant may promote the starch accumulation in its pollen. Our data provide the important theoretical basis for the further exploration of the molecular mechanism for the fertility instability in CMS-S maize. 展开更多
关键词 玉米小斑病菌T小种 细胞质雄性不育 差异表达基因 育性分离 RNA序列 S型 稳定相 淀粉合成酶
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铁皮石斛叶色突变体初步研究 预览 被引量:6
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作者 曹桦 李涵 +9 位作者 苗振 付国宝 杨春梅 吴丽芳 赵培飞 单芹丽 阮继伟 汪国鲜 王继华 李绅崇 《核农学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第3期461-471,共11页
为了探究铁皮石斛叶色突变机理,以铁皮石斛叶色突变体(doyo1)和正常植株(TP35)为试验材料,对其表型、叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明,doyo1与TP35相比,株高、茎粗均较低,生长速度较慢;叶绿素含量下降,仅为T... 为了探究铁皮石斛叶色突变机理,以铁皮石斛叶色突变体(doyo1)和正常植株(TP35)为试验材料,对其表型、叶绿素含量进行测定,并进行无参转录组测序分析。结果表明,doyo1与TP35相比,株高、茎粗均较低,生长速度较慢;叶绿素含量下降,仅为TP35的15%左右,叶绿素a/b比值(Chl a/b)显著升高。利用转录组测序技术分别从doyo1和TP35叶片中获得4.58Gb和4.90Gb有效数据(clean data),de novo组装后得到60 363条通用基因(Unigenes),其中长度大于1kb的有12 390条,N50为1 295bp。对Unigenes进行表达分析,共获得1 560条差异表达基因(DEGs)。对得到的DEGs进行生物学功能注释,获得总注释信息为1 325条。通过对注释信息进行GO和KEGG富集分析,结合定量PCR验证,结果表明,铁皮石斛叶色突变体形成的原因可能是do GLK1低水平表达和do Ftsz不表达导致叶绿体合成和分裂受阻,叶片细胞内叶绿体数量大大降低,进而叶绿素(Chl)和类胡萝卜素(Car)含量整体下降。本试验结果为研究铁皮石斛叶色突变体形成的机理提供了依据,同时,为观叶型铁皮石斛定向育种提供了参考。 展开更多
关键词 铁皮石斛 叶色突变体 无参转录组测序 差异基因
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基于RNA-seq研究胶质母细胞瘤中差异表达基因及蛋白相互作用网络 被引量:1
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作者 刘森 沈野 +1 位作者 于洪飞 王莹 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2017年第4期1280-1287,共8页
本研究基于RNA-seq数据分析了胶质母细胞瘤中的差异表达基因,并对差异表达基因进行了功能(GO term)和通路(KEGG)富集分析。进一步通过蛋白相互作用网络挖掘了胶质母细胞瘤的调控机理。结果表明,405个基因在肿瘤组织中差异表达(p-va... 本研究基于RNA-seq数据分析了胶质母细胞瘤中的差异表达基因,并对差异表达基因进行了功能(GO term)和通路(KEGG)富集分析。进一步通过蛋白相互作用网络挖掘了胶质母细胞瘤的调控机理。结果表明,405个基因在肿瘤组织中差异表达(p-value≤0.05,|log FC|≥1.5),其中216个(53.3%)基因上调,189个(46.6%)基因下调。基因本体(gene ontology,GO)富集结果表明,这些差异表达基因参与了离子转运,神经冲动传递,细胞信号转导和细胞粘附等。此外,KEGG通路富集结果表明,差异基因参与了许多重要的生物学通路,包括ECM受体相互作用、黏着和钙信号等通路。进一步的蛋白相互作用网络分析鉴定了5个关键的hub基因,包括PTK2B、CDK1、FN1、CCND1和FOS。这5个关键基因对于胶质母细胞瘤的发生和发展可能起到了关键作用,可以作为潜在的调控位点和筛选的标志物。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 RNA-SEQ 差异表达基因 蛋白相互作用网络
意大利蜜蜂6日龄幼虫肠道内球囊菌的差异表达基因分析 预览 被引量:2
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作者 杜宇 熊翠玲 +5 位作者 史秀丽 郑燕珍 付中民 徐细建 陈大福 郭睿 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1119-1128,共10页
为检测蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)在胁迫意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫后期的基因表达谱,利用RNA-seq技术对纯培养的球囊菌孢子及球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道进行深度测序。通过比较处理组和对照组得到2... 为检测蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)在胁迫意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫后期的基因表达谱,利用RNA-seq技术对纯培养的球囊菌孢子及球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道进行深度测序。通过比较处理组和对照组得到21 361个差异表达基因(DEGs),包括15 306个上调基因和6 055个下调基因。GO富集分析结果显示,上调基因富集于39个GO条目(term),基因富集数最多的为细胞进程(2 416unigenes)、细胞(2 408 unigenes)和细胞组件(2 408 unigenes);下调基因富集于38个GO term,基因富集数最多的为代谢进程(1 227 unigenes)、细胞进程(1 185 unigenes)和细胞(1 131 unigenes)。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上调基因富集在119个通路,其中基因富集数最多的是核糖体(221 unigenes),其次为内质网中蛋白加工(190 unigenes)和内吞作用(177 unigenes);下调基因富集在113个通路上,基因富集数最多的是核糖体(144 unigenes),其次为RNA转运(113 unigenes)和氨基酸生物合成(108 unigenes)。进一步分析发现,富集在MAPK信号通路上的64个基因上调表达,说明该通路在球囊菌胁迫后期被激活。研究结果不仅为揭示球囊菌在胁迫意蜂幼虫后期的病原-宿主互作提供了重要信息,也为阐明球囊菌致病的分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 球囊菌 意大利蜜蜂 幼虫肠道 差异表达基因 RNA-SEQ
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短丝木犀转录组测序及类胡萝卜素生物合成相关基因表达分析 被引量:4
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作者 陈林 李龙娜 +1 位作者 戴亚平 杨国栋 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期21-28,共8页
短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeqTM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀... 短丝木犀(Osmanthus serrulatus)是我国特有的木犀属香花树种,具有极高的开发应用前景。笔者以短丝木犀为研究材料,应用Illumina HISeqTM2000高通量测序平台,对短丝木犀的花和叶芽进行转录组深度测序和拼接组装,构建和预测了短丝木犀不同组织间的基因表达谱及其代谢通路。转录组测序共获得16.94 G的有效数据,经Trinity从头组装得到92 798条单基因簇(unigenes),其中35 851条unigenes与Nr、Nt、Pfam、KOG、Swiss-Prot、KEGG、PFAM等7大公共数据库比对获得了基因功能注释信息。由KEGG代谢通路分析发现,共有8 779条unigenes参与到262个代谢通路中,其中参与到色素和香味代谢的基因分别有53条和335条。此外,针对6条在短丝木犀花和叶芽间显著差异表达的参与类胡萝卜素生物合成的相关基因,通过实时荧光定量PCR,验证了它们在不同组织间的表达模式。 展开更多
关键词 短丝木犀 香花树种 转录组测序 单基因簇 差异表达基因 实时荧光定量PCR
水稻转座子对低能离子束辐照反应研究 预览 被引量:1
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作者 李勇慧 押辉远 +1 位作者 程彦伟 于相丽 《郑州大学学报:理学版》 CAS 北大核心 2015年第1期107-111,共5页
用不同注量的低能N+离子束辐照水稻种子并培养发芽,根据培养7 d时发芽率、苗高和根长的结果,将辐照后的材料分为非生长抑制组(NGI)和生长抑制组(GI).为探讨水稻应答N+离子束辐照过程中转座子的转录强度,用RNA-seq技术对对照组、NG... 用不同注量的低能N+离子束辐照水稻种子并培养发芽,根据培养7 d时发芽率、苗高和根长的结果,将辐照后的材料分为非生长抑制组(NGI)和生长抑制组(GI).为探讨水稻应答N+离子束辐照过程中转座子的转录强度,用RNA-seq技术对对照组、NGI组和GI组培养3 d的水稻芽体总RNA进行高通量转录组测序,根据水稻基因组比对、表达量的分析及基因功能注释的结果显示:共检测到水稻转录本36 382种,其中3组样品中检测到1 655种TEs有表达,对照、NGI、GI组样品中表达的TEs种类分别为972,818,1 271.由此可知生长抑制的样品中表达的转座因子最多(比对照多299种),说明一定剂量的低能离子束辐照能够促进转座子的转录,增强转座潜能,增加染色体结构改变的可能性,这可能是低能离子束诱变植物的机制之一. 展开更多
关键词 水稻 离子束辐照 RNA-SEQ 转座子 差异表达的基因
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表达谱芯片筛选獭兔毛色相关候选差异表达基因 预览 被引量:1
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作者 施丽娟 秦立志 +3 位作者 王文洲 闫晓荣 翁巧琴 吴信生 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期568-575,共8页
本研究旨在了解青紫蓝色獭兔和白色獭兔毛色形成的分子遗传学机理。试验分为3组,每组包含全同胞青紫蓝獭兔和白色獭兔各1只。利用安捷伦基因芯片技术分析不同分组之间差异基因表达情况,并通过实时荧光定量PCR方法对部分差异显著基因进... 本研究旨在了解青紫蓝色獭兔和白色獭兔毛色形成的分子遗传学机理。试验分为3组,每组包含全同胞青紫蓝獭兔和白色獭兔各1只。利用安捷伦基因芯片技术分析不同分组之间差异基因表达情况,并通过实时荧光定量PCR方法对部分差异显著基因进行验证。差异表达分析结果显示,3组青紫蓝色獭兔对白色獭兔分别筛选出545、1 680和2 092个差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),共有172个共同基因;GO(Gene Ontology)分类结果显示,这些基因主要参与细胞分化、增殖、凋亡、发育、离子转运、免疫应答等生物学过程。通过实时荧光定量PCR技术对Creb1、Wnt2、Gnaq和Gna14基因在组织样中的表达量进行检测,结果与表达谱芯片一致。通过表达谱芯片结果结合生物信息学分析和文献报道,筛选出了Creb1、TH、Wnt2、Gnaq、Dvl1、Mapk12等对毛色形成可能具有重要影响的候选基因。 展开更多
关键词 獭兔 毛色 差异表达基因 基因芯片
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Identification of differentially-expressed genes of rice in overlapping responses to bacterial infection by Xanthomonas oryzae pv.oryzae and nitrogen deficiency 预览
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作者 YU Chao CHEN Hua-min +4 位作者 TIAN Fang BI Yong-mei Rothstein J Steven Leach E Jan HE Chen-yang 《农业科学学报:英文版》 SCIE CSCD 2015年第5期888-899,共12页
Bacterial blight of rice caused by Xanthomonas oryzae pv.oryzae(Xoo) is one of high nitrogen(N) responsive diseases.Rice plants became more disease resistant with decreasing N suggesting that the crosstalk between dis... Bacterial blight of rice caused by Xanthomonas oryzae pv.oryzae(Xoo) is one of high nitrogen(N) responsive diseases.Rice plants became more disease resistant with decreasing N suggesting that the crosstalk between disease resistance and N utilization pathways might exist.However,the co-regulatory components in such crosstalk have not been elucidated.Here,we comparatively analyzed the gene expression profiling of rice under Xoo inoculation,low N treatment,or a combination of both stresses,and identified the differentially-expressed genes(DEGs) in overlapping responses.These DEGs were involved in different biological processes,including innate immunity and nitrogen metabolism.The randomly-selected DEGs expression was validated by quantitative real-time PCR assays.Temporal expression of six genes from different functional categories suggested that N condition was the dominant factor when both stresses were present.These DEGs identified provide novel insights into the coordinated regulatory mechanism in biotic and abiotic stress responses in rice. 展开更多
关键词 水稻白叶枯病菌 基因表达谱 差异表达 细菌感染 缺氮 DEGS 识别 生物过程
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