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烟草18S rDNA染色体原位杂交技术优化研究 预览
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作者 王金英 曹帅 +4 位作者 党江波 梁国鲁 杨超 张艳 陈益银 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第2期78-84,共7页
荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)在细胞遗传学中有较多应用,其中重复序列常被作为探针来研究物种进化、分类。但现常用的探针序列均较长(200 bp-500 bp),杂交耗时较多。本研究以烟草(Nictiana tabacum)为材料,... 荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization,FISH)在细胞遗传学中有较多应用,其中重复序列常被作为探针来研究物种进化、分类。但现常用的探针序列均较长(200 bp-500 bp),杂交耗时较多。本研究以烟草(Nictiana tabacum)为材料,克隆并标记18S rDNA保守序列(254 bp),以其为探针对烟草染色体进行FISH,经18 h杂交获得了清晰的信号。在此基础上,利用荧光素直接标记引物序列(寡聚核苷酸),经较短时间(2 h)的杂交,也获得了清晰的信号。以寡聚核苷酸为探针对云烟87四倍体、N.tabacum-N.plumbaginifolia五倍体、烟草六倍体、云烟87八倍体以及N.plumbaginifolia的染色体进行杂交,均获得了良好效果。且杂交液可简化配制,洗脱过程也可简化。18S rDNA寡聚核苷酸探针与5S rDNA寡聚核苷酸探针结合,实现了N.plumbaginifolia的18S rDNA和5S rDNA双色FISH。所以,该寡聚核苷酸序列可以应用于烟草属植物18S rDNA(45S rDNA)位点的分析,且较大程度缩短了操作时间并简化了操作过程。 展开更多
关键词 烟草 18S RDNA 探针 FISH 5S RDNA
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浒苔( Ulva prolifera )核糖体基因簇单元全长序列的克隆与分析 预览
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作者 沈伟杰 缪晓翔 +4 位作者 何渊 韩红宾 王宗灵 穆新武 沈颂东 《海洋科学进展》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期487-494,共8页
核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全... 核糖体基因簇单元全长序列对于藻类分子鉴定与分类具有重要意义,而浒苔(Ulvaprolifera)作为形成我国黄海绿潮的主要物种,其核糖体基因簇单元全长序列的克隆还未见研究报道。本研究通过分子克隆技术成功扩增了浒苔的核糖体基因簇单元全长序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18SrDNA1760bp,28SrDNA3259bp,ITS1205bp,5.8SrDNA160bp,ITS2176bp和IGS3388bp。对各部分序列的碱基组成进行分析后,我们发现ITS1,ITS2和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18SrDNA和28SrDNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS1、ITS2和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。浒苔核糖体基因簇单元全长序列可为其分类及分子鉴定提供有效的工具。 展开更多
关键词 浒苔 18SrDNA 28SrDNA ITS1 ITS2 5.8SrDNA IGS 核糖体基因簇
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传统发酵宫面面团微生物菌群结构研究 预览
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作者 刁翠茹 韩建强 +3 位作者 张玉荣 张栓波 李祥 王浩 《食品研究与开发》 CAS 北大核心 2019年第11期200-204,共5页
以河北石家庄玉桥传统发酵宫面面团为研究对象,利用16SrDNA测序和18SrDNA测序技术研究面团中微生物菌群的多样性,测序结果显示,宫面面团样品中细菌主要有:魏斯氏菌(Weissella)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、乳酸乳球菌(Lactoc... 以河北石家庄玉桥传统发酵宫面面团为研究对象,利用16SrDNA测序和18SrDNA测序技术研究面团中微生物菌群的多样性,测序结果显示,宫面面团样品中细菌主要有:魏斯氏菌(Weissella)、发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、棉籽糖乳球菌(Lactococcus raffinolactis)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)和一些不能培养的细菌(Uncultured Bacterium);面团中含有的酵母菌主要有:热带假丝酵母(Candida tropicalis)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyces anomalus)、东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)和一些不能培养的酵母(Uncultured saccharomycete)。另外,对宫面面团中的乳酸菌和酵母菌进行了平板划线分离鉴定,鉴定得到发酵乳杆菌(Lactobacillus fermentum)、嗜热链球菌(Streptococcus thermophilus)、乳酸乳球菌(Lactococcus lactis)、异常威克汉姆酵母(Wickerhamomyce sanomalus)和东方伊萨酵母(Issatchenkia orientalis)。 展开更多
关键词 宫面面团 16SrDNA 18SrDNA 细菌 酵母菌
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运用18S rDNA克隆文库检测滇池硅藻种群多样性 预览
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作者 胡蝶 皮之云 +3 位作者 张志荣 陈燕祥 邢豫明 程宝文 《法医学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期444-447,共4页
目的构建18S rDNA克隆文库检测滇池硅藻种群的多样性。方法用硅藻18S rDNA特异性引物对滇池6个采集点水样的硅藻进行DNA扩增,构建硅藻18S rDNA克隆文库,随机挑取克隆子进行测序,通过BLAST进行序列比对,分析滇池硅藻种群分布,运用MEGA v7... 目的构建18S rDNA克隆文库检测滇池硅藻种群的多样性。方法用硅藻18S rDNA特异性引物对滇池6个采集点水样的硅藻进行DNA扩增,构建硅藻18S rDNA克隆文库,随机挑取克隆子进行测序,通过BLAST进行序列比对,分析滇池硅藻种群分布,运用MEGA v7.0.14软件构建滇池水域硅藻18S rDNA系统发育树。结果 240个克隆子测序获得167条硅藻序列,包括冠盘藻属、等片藻属、直链藻属等11个硅藻种属,6个采集点间硅藻种群分布存在一定差异。结论滇池硅藻种群分布具有一定特征,硅藻18S rDNA序列分析对法医学溺死地点推断有一定参考价值。 展开更多
关键词 法医病理学 法医遗传学 硅藻 溺死 18S rDNA 滇池
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造纸法再造烟叶浓缩液中微生物群落结构分析及应用 预览
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作者 王充 龙章德 +4 位作者 孟丹丹 苏赞 刘鸿 邹克兴 许春平 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期33-38,共6页
为明确造纸法再造烟叶浓缩液中微生物群落结构与组成,以及微生物发酵对浓缩液特性的影响,以河南卷烟工业烟草薄片有限公司的浓缩液为原料,利用IlluminaMiSeq测序平台对浓缩液内真菌18SrDNA和细菌16SrDNA进行测序分析,获得了浓缩液内真... 为明确造纸法再造烟叶浓缩液中微生物群落结构与组成,以及微生物发酵对浓缩液特性的影响,以河南卷烟工业烟草薄片有限公司的浓缩液为原料,利用IlluminaMiSeq测序平台对浓缩液内真菌18SrDNA和细菌16SrDNA进行测序分析,获得了浓缩液内真菌和细菌的种群组成和丰度,并考察了不同发酵时间(24、48和72h)对浓缩液还原糖和总糖含量和再造烟叶感官品质的影响。结果表明:造纸法再造烟叶的浓缩液中真菌18SrDNA获得了548个OTU,细菌16SrDNA获得5295个OTU,浓缩液微生物的群落结构主要由80.98%的真菌种群和19.02%的细菌种群构成,而真菌种群的丰富度和多样性低于细菌。真菌种群中的优势菌属为酿酒酵母属(Kazachstania)、假丝酵母属(Candida)和Ogataea;而细菌种群优势菌属主要为乳酸杆菌属(Lactobacillus)、链球菌属(Streptococcus)和Aeribacillus。经30℃发酵48~72h时,浓缩液还原糖和总糖含量下降幅度大;发酵72h后的浓缩液制备的再造烟叶,可改善卷烟舒适性,提高卷烟香气量。 展开更多
关键词 再造烟叶 浓缩液 微生物 18SrDNA 16SrDNA 群落结构
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荆州碘泡虫寄生部位种群分化
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作者 王茂 赵元莙 +1 位作者 高磊 杨承忠 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第1期29-36,共8页
【目的】研究荆州碘泡虫(Myxobolus kingchowensis)寄生于同种宿主不同寄生部位的种群分化及系统发育关系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18SrDNA序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT碱基比进行比较,分析了它... 【目的】研究荆州碘泡虫(Myxobolus kingchowensis)寄生于同种宿主不同寄生部位的种群分化及系统发育关系。【方法】对荆州碘泡虫不同种群及相似物种的形态和它们18SrDNA序列的变异位点、相似度、遗传距离、AT碱基比进行比较,分析了它们的系统发育关系。【结果】荆州碘泡虫重庆胆囊种群、武汉肌肉种群和武汉肾脏种群的形态学特征基本一致。各种群18SrDNA序列相似度为98.8%-100.0%,遗传距离为0.000~0.009,变异位点数为3~12个,AT碱基比(53.29%)高于GC碱基比(46.71%)。荆州碘泡虫不同种群及相似物种的系统发育树分为两大枝,孢子前端平滑且钝圆的的物种聚为一枝,孢子前端较尖的物种聚为了另一枝;鳃寄生的碘泡虫整体处于该系统发育树的基部。【结论】寄生于异育银鲫(Carassius auratus gibelio)上不同器官部位的荆州碘泡虫已出现种群分化;孢子形态上相似的碘泡虫物种具有更近的亲缘关系;较之于肌肉、肾脏、胆囊、骨骼肌、鳔和肠寄生的碘泡虫而言,鳃寄生碘泡虫分化较早。 展开更多
关键词 荆州碘泡虫 18S rDNA种群分化 寄生部位
长针线虫Longidorus pinus的形态和分子鉴定 预览
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作者 樊金玲 徐玉梅 +1 位作者 赵增旗 王建明 《山西农业科学》 2019年第1期102-105,共4页
在传统形态学分类鉴定的基础上,结合18S和28S核糖体(rDNA)序列分析方法,对采自山西介休市枣树根际土样中的线虫进行了种类鉴定。结果表明,雌虫热杀死后呈J型或C型,体长3 480~4 366μm,唇区明显缢缩,齿尖针70~82μm,导环距头前端31~34μm... 在传统形态学分类鉴定的基础上,结合18S和28S核糖体(rDNA)序列分析方法,对采自山西介休市枣树根际土样中的线虫进行了种类鉴定。结果表明,雌虫热杀死后呈J型或C型,体长3 480~4 366μm,唇区明显缢缩,齿尖针70~82μm,导环距头前端31~34μm,阴门位于体中部,尾短,圆锥形;雄虫未发现;1龄幼虫的替代口针插入齿托内部,尾短,圆锥形,齿尖针44μm,替代口针长度52μm。其鉴定代码为A23-B1-C23-D4-E1-F2- G23-H23- I1-J2-K6。系统发育研究表明,试验种群的18S和28S区序列与Longidorus pinus相应序列(18S:MF674014~MF674015;28S:MF674016~MF674019)在同一进化枝上,置信度分别达100%和96%。通过形态和分子特征,将该种群鉴定为Longidorus pinus Xu,Ye,Wang &Zhao,2018。Longidorus pinus在枣树上首次报道,枣树为该线虫的新寄主。 展开更多
关键词 长针线虫属 形态学 系统发育 新寄主 18SrDNA 28SrDNA
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基于PCR-DGGE技术对库尔勒香梨“黑头病”病变组织生物群落的初步研究 预览
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作者 程少波 杨焱 +2 位作者 郭敏瑞 江英 陈国刚 《食品与生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期44-49,共6页
为了解库尔勒香梨"黑头病"病变组织中真菌群落结构特征,应用PCR-DGGE技术对库尔勒地区4个不同保鲜库中12个样品真菌群落结构进行了研究。根据DGGE图谱对生物多样性进行了分析。结果表明,所有样品群落结构存在一定的差异,造成... 为了解库尔勒香梨"黑头病"病变组织中真菌群落结构特征,应用PCR-DGGE技术对库尔勒地区4个不同保鲜库中12个样品真菌群落结构进行了研究。根据DGGE图谱对生物多样性进行了分析。结果表明,所有样品群落结构存在一定的差异,造成差异的原因可能与库尔勒香梨的种植环境有关;不同样品的9号条带在整个病变过程中优势度最高,其代表的菌株,可被认为是导致库尔勒香梨"黑头病"的主要致病菌;对DGGE的优势条带序列分析,同源性最高的微生物属于链格孢属(Alternaria)。该研究初步揭示了库尔勒香梨病变组织中微生物群落的变化规律,为库尔勒香梨"黑头病"的研究提供理论依据。 展开更多
关键词 PCR-DGGE 库尔勒香梨 黑头病 18S rDNA
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基于18S rDNA序列鉴定北部湾养殖区引发藻华的一株原甲藻 预览
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作者 覃仙玲 陈宪云 +6 位作者 刘明珠 余庆 牙韩争 朱冬琳 王一兵 陈波 李鹏飞 《广西科学院学报》 2019年第3期225-231,共7页
高度保守的核糖体18S rDNA序列可用于经济快捷且精确地鉴定浮游植物的种类。2018年夏季,广西北部湾近海的对虾养殖区内发生了原甲藻引起的藻华,藻华的优势种密度为5.5×10^5 cells·L^-1,本文采用形态学观察法结合序列分析鉴定... 高度保守的核糖体18S rDNA序列可用于经济快捷且精确地鉴定浮游植物的种类。2018年夏季,广西北部湾近海的对虾养殖区内发生了原甲藻引起的藻华,藻华的优势种密度为5.5×10^5 cells·L^-1,本文采用形态学观察法结合序列分析鉴定的方法来鉴定该藻的种类。结果表明,在形态上,这株分离培养获得的原甲藻(编号BBGA 9003),其大部分细胞类似心形或卵形,少部分细胞近似三角形,鞭毛2条,细胞长和宽分别为(16.55±1.42)μm和(13.84±1.86)μm。该原甲藻经18S rDNA基因序列测定并进行BLAST分析,结果表明该原甲藻序列和GenBank中56株不同种原甲藻具有很高的同源性,在系统进化树上与不同来源的微小原甲藻聚在一大分支上,且与各微小原甲藻间的遗传距离均小于与其他种间的遗传距离。因此,从分子生物学的角度鉴定该株原甲藻属于微小原甲藻,此种藻华的发生意味着北部湾养殖区有害藻华种类多样性的增加。本研究为18S rDNA序列测定用于海洋浮游植物种类鉴定提供了实验依据,也为广西北部湾养殖区有害藻华的防治提供基础资料。 展开更多
关键词 北部湾 养殖区 微小原甲藻 18S rDNA 分子鉴定
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饲用复合酶真菌菌株的筛选鉴定及发酵工艺研究
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作者 吴凡 张春晓 +1 位作者 王丽丽 赵紫华 《饲料研究》 CAS 北大核心 2019年第8期59-62,共4页
研究从玉米面、花生、小米、大米、腐乳、葡萄、蓝莓、土壤等试验材料中筛选出10株高产蛋白酶霉菌菌株,对其进行了菌落观察和显微图像观察,选取蛋白酶产量较高的3株测定其蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶产量,其中E29中3种复合酶活性较高,通过... 研究从玉米面、花生、小米、大米、腐乳、葡萄、蓝莓、土壤等试验材料中筛选出10株高产蛋白酶霉菌菌株,对其进行了菌落观察和显微图像观察,选取蛋白酶产量较高的3株测定其蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶产量,其中E29中3种复合酶活性较高,通过液体发酵测定了E29中3种复合酶活性,分别达到了307.33、42.26、8.65 U/mL。对菌株E29进行18S rDNA序列分析确定为紫红曲霉(Monascus purpureus)。这是国内首次报道筛选出同时产蛋白酶、淀粉酶、脂肪酶的红曲霉菌株,为进行新型饲养复合酶研究奠定基础。 展开更多
关键词 霉菌 复合酶 菌种鉴定 18S rDNA 紫红曲霉
吴李碘泡虫的重描述及其长江流域不同江段株系的比较研究 预览
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作者 杨承忠 张雕雕 赵元莙 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1092-1097,共6页
研究在对吴李碘泡虫Myxobolus wulii(Wu&Li)Landsberg&Lom,1991重描述的基础上,基于形态和分子数据对长江流域不同江段的吴李碘泡虫(重庆株系、湖北株系及江苏株系)进行了比较研究。结果表明:吴李碘泡虫重庆株系孢子及极囊量度... 研究在对吴李碘泡虫Myxobolus wulii(Wu&Li)Landsberg&Lom,1991重描述的基础上,基于形态和分子数据对长江流域不同江段的吴李碘泡虫(重庆株系、湖北株系及江苏株系)进行了比较研究。结果表明:吴李碘泡虫重庆株系孢子及极囊量度比湖北株系略小,重庆株系两极囊等大而湖北株系两极囊大小不等。重庆株系、湖北株系及江苏株系18S rDNA序列相似度为99.2%—99.9%,遗传距离为0.002—0.007。系统发育分析显示:吴李碘泡虫并未形成地理种群特有的进化枝,也并未依宿主种类而聚支,而是依据寄生部位不同分为鳃寄生和肝胰脏寄生2大支系。这表明,相同寄生部位的吴李碘泡虫具有更近的亲缘关系。吴李碘泡虫的2大支系中,鳃寄生种群先分化出来,这可能与体表寄生和体内寄生的演化有关,而鳃寄生的吴李碘泡虫可能是较早定居的群体。 展开更多
关键词 吴李碘泡虫 重描述 长江流域 株系比较 18S rDNA
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2017年锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA 基因种类鉴定及序列分析
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作者 张振 王子江 +6 位作者 毛玲玲 孙英伟 王博 蔡灵琰 白梅 张旭 姚文清 《中华卫生杀虫药械》 CAS 2019年第2期177-180,共4页
目的研究锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。方法收集2017年2例输入性疟疾患者血样,提取血样中的疟原虫DNA,采用巢式PCR对其18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(ne... 目的研究锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。方法收集2017年2例输入性疟疾患者血样,提取血样中的疟原虫DNA,采用巢式PCR对其18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)构建系统进化树。结果 2例患者PCR电泳结果获得片段均为205 bp,是恶性疟原虫感染。从系统进化树中显示,2个检测基因片段与恶性疟原虫形成一个分支,与GenBank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)等7个分离株聚集在一起,具有很高的相似性(98.5%~99.0%),与来自印度(HM014353)的相似性较高(98.0%~98.5%),与其他间日疟原虫、三日虐原虫、卵型疟原虫、诺氏疟原虫基因序列相似性较低(36.4%~64.2%)。结论 2例输入性疟疾患者感染的疟原虫18S rDNA基因变异较小,基因型别较为稳定,均无明显种内差异。 展开更多
关键词 疟原虫 18S RDNA基因 系统发生分析 基因分型
云南不同仓储地复烤烟叶表面醇化期间可培养真菌的动态变化 预览
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作者 白维晓 吴光丽 +6 位作者 王毅 宋鹏飞 马永凯 吴丽君 魏云林 季秀玲 李海燕 《烟草科技》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期23-29,共7页
为了解云南复烤烟叶(K326)异地醇化过程可培养真菌的多样性,通过形态特征观察、18SrDNA序列分析研究了异地醇化过程中真菌菌群的结构。结果表明,从220份复烤烟叶样品中共分离、纯化到2963株可培养真菌。4个醇化地烟叶表面真菌数量随醇... 为了解云南复烤烟叶(K326)异地醇化过程可培养真菌的多样性,通过形态特征观察、18SrDNA序列分析研究了异地醇化过程中真菌菌群的结构。结果表明,从220份复烤烟叶样品中共分离、纯化到2963株可培养真菌。4个醇化地烟叶表面真菌数量随醇化时间的延长呈“下降-上升-下降-趋于平缓”的趋势。结合形态特征和18SrDNA序列的分析结果,共鉴定出39个属(种)的真菌。不同醇化地、不同醇化时间复烤烟叶表面真菌的种群结构及其变化规律均有差异,但根霉属真菌始终为优势菌群。 展开更多
关键词 K326 复烤烟叶 醇化 真菌 18SrDNA 种群结构
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山羊毛虱的形态结构和分子标志研究 预览
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作者 冯莉莉 郭鹏宇 +1 位作者 谭琳 王晓君 《动物医学进展》 北大核心 2019年第2期60-64,共5页
为了解山羊毛虱形态结构和分子标志,用电子显微镜和三维立体显微镜观察了采自山羊的山羊毛虱形态结构,测定了其18SrDNA和cox1基因序列,并基于比对,揭示其序列特点。形态观察发现,触角3节,第1节短粗,第2、3节细长;中胸气门1对,位于前胸两... 为了解山羊毛虱形态结构和分子标志,用电子显微镜和三维立体显微镜观察了采自山羊的山羊毛虱形态结构,测定了其18SrDNA和cox1基因序列,并基于比对,揭示其序列特点。形态观察发现,触角3节,第1节短粗,第2、3节细长;中胸气门1对,位于前胸两侧;腹部有气门6对;跗节3节。序列分析显示,本样虱、山羊毛虱、具边毛虱和牛毛虱四者的18SrDNA基因序列高度相似,不适于做种间鉴定。cox1序列极不保守。 展开更多
关键词 山羊毛虱 形态结构 18SrDNA cox1
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新疆南疆羊蜱蝇基于12SrDNA,16SrDNA和18SrDNA基因的分子生物学鉴定 预览
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作者 何波 李飞 +3 位作者 李凯瑞 张路瑶 赵丽 刘永宏 《西北农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第9期1246-1251,共6页
旨在建立羊蜱蝇的分子生物学鉴定方法,从新疆南疆库车县的绵羊体表采集样品,形态学鉴定初步确定为羊蜱蝇,随后进行羊蜱蝇12S rDNA、16S rDNA和18S rDNA基因的扩增和测序,将所得序列进行Blast在线分析和MEGA 5.0分析。结果表明,12S rDNA... 旨在建立羊蜱蝇的分子生物学鉴定方法,从新疆南疆库车县的绵羊体表采集样品,形态学鉴定初步确定为羊蜱蝇,随后进行羊蜱蝇12S rDNA、16S rDNA和18S rDNA基因的扩增和测序,将所得序列进行Blast在线分析和MEGA 5.0分析。结果表明,12S rDNA序列与云南2016年提交的相似性为100%,16S rDNA序列与丹麦2007年、捷克2017年和新疆2017年提交的相似性均为99%,18S rDNA序列与新疆2016年提交的相似性为99%。羊蜱蝇16S rDNA和18S rDNA序列均能与GenBank数据库中已知羊蜱蝇基因序列聚类,且羊蜱蝇种内K2P遗传距离为0~2.3%,通过12S rDNA、16S rDNA和18S rDNA基因的扩增和测序可准确鉴定羊蜱蝇。 展开更多
关键词 羊蜱蝇 12S RDNA 16S RDNA 18S RDNA 序列分析
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腌蛋盐水中致腐菌的分离鉴定 预览
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作者 陈婷 谷羚毓 韩晓云 《中国农学通报》 2018年第16期151-156,共6页
咸蛋加工厂在高温季节容易发生腌蛋腐败。为探究腌蛋腐败盐水中耐盐菌群,并确定导致腌蛋腐败的菌株,采用平板稀释法和腌蛋反证实验分离筛选腌蛋盐水中致腐菌株,然后对筛选获得菌株进行形态学观察、生理生化检测和分子生物学鉴定。结果... 咸蛋加工厂在高温季节容易发生腌蛋腐败。为探究腌蛋腐败盐水中耐盐菌群,并确定导致腌蛋腐败的菌株,采用平板稀释法和腌蛋反证实验分离筛选腌蛋盐水中致腐菌株,然后对筛选获得菌株进行形态学观察、生理生化检测和分子生物学鉴定。结果表明:在腐败腌蛋盐水中共分离出20株耐盐菌,其中5株腌蛋致腐率高于45%,16S rDNA序列分析鉴定其中3株属于葡萄球菌属(Staphylococcus),1株奇异变形杆菌属(Proteus),18S rDNA序列分析鉴定1株织球壳菌属(Plectosphaerella)。综合实验结果和这5株菌的生长特性,认为腌蛋主要致腐菌株来自于葡萄球菌属、奇异变形杆菌属和织球壳菌属。 展开更多
关键词 腌蛋盐水 致腐菌株 平板稀释法 16S RDNA 18S RDNA
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广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根真菌种类的18S rDNA基因序列分析鉴定及多样性分析 预览
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作者 覃晓娟 廖楠 +4 位作者 张金莲 李冬萍 李松 袁照年 陈廷速 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第11期2241-2249,共9页
为探明广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizal,AM)真菌多样性特点,本研究通过18S rDNA基因序列分析对来自广西红壤蔗区33个样地的甘蔗根系和根际土壤样品的AM真菌种属进行了鉴定,并分析了土壤理化性质对AM真菌侵染... 为探明广西红壤区甘蔗根际土壤丛枝菌根(Arbuscular mycorrhizal,AM)真菌多样性特点,本研究通过18S rDNA基因序列分析对来自广西红壤蔗区33个样地的甘蔗根系和根际土壤样品的AM真菌种属进行了鉴定,并分析了土壤理化性质对AM真菌侵染率和多样性的影响。结果表明:3类红壤类土壤中,赤红壤的根外菌丝量、根内菌丝和丛枝平均侵染率最高,分别为13.59%、24.18%、1.29%;砖红壤的泡囊平均侵染率最高,为19.17%。所构建的AM真菌克隆文库中共发现了24个OTU,分别属于AM真菌的7科12属24种,其中球囊霉科含5属10种,多样孢囊霉科含1属2种、无梗囊霉科含1属1种、巨孢囊霉科含2属2种,近明囊霉科含1属5种,原囊霉科和类球囊霉科各含1属2种;3类土壤的优势科和优势属分别为球囊霉科和根生囊霉属。红壤的AM真菌物种丰富度和香浓维纳指数最高,砖红壤最低。3类土壤的理化因子与AM真菌的物种丰富度均无显著相关。3类土壤的根内菌丝侵染率与pH值均呈正相关,与有机质、总氮及有效磷含量呈负相关。 展开更多
关键词 甘蔗 红壤类土壤 AM真菌 18S rDNA 多样性
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应用PCR-DGGE技术分析稻谷储藏过程中的真菌多样性 预览
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作者 和肖营 都立辉 +2 位作者 陈达民 袁建 刘海荣 《粮食与饲料工业》 CAS 2018年第1期13-16,共4页
采用传统分离培养和基于18SrDNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(PCR_DGGE)的方法对新收获稻谷储藏期间的真菌多样性进行分析。结果表明,运用该法可以快速检出传统培养法不能检出的Rhodotorula mucilaginosa、Saccharomycescerevisia... 采用传统分离培养和基于18SrDNA作为分子标记的变性梯度凝胶电泳(PCR_DGGE)的方法对新收获稻谷储藏期间的真菌多样性进行分析。结果表明,运用该法可以快速检出传统培养法不能检出的Rhodotorula mucilaginosa、Saccharomycescerevisiae、Cryptococcusns、Phomasp、Chaetosartoryacremea、Trichosporoncaseo—rum等霉菌,且该法操作简便,为粮食霉菌的检测提供了一个高效、便捷的方法,同时极大地补充了储粮真菌的真菌库。 展开更多
关键词 稻谷储藏 真菌 PCR-DGGE 18S RDNA 检测
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鲇楚克拉虫Zschokkella parasiluri Fujita,1927的重描述及分子系统学研究 预览
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作者 张雕雕 杨承忠 +1 位作者 高磊 赵元莙 《内江师范学院学报》 2018年第10期59-64,共6页
为确认鲇楚克拉虫Zschokkella parasiluri Fujita,1927的物种有效性,对采自重庆市嘉陵江段的该物种进行了形态学重描述和分子系统学的研究.基于形态特征和18SrDNA对鲇楚克拉虫及其相似种进行变异位点、遗传距离、序列相似度和系统发育分... 为确认鲇楚克拉虫Zschokkella parasiluri Fujita,1927的物种有效性,对采自重庆市嘉陵江段的该物种进行了形态学重描述和分子系统学的研究.基于形态特征和18SrDNA对鲇楚克拉虫及其相似种进行变异位点、遗传距离、序列相似度和系统发育分析.鲇楚克拉虫孢子壳面观呈卵圆形,壳瓣上有7-11条与缝嵴平行的条纹,缝嵴呈"S"形.孢子长11.84±0.32(11.33-12.60)μm,孢子宽5.44±0.15(5.09-5.78)μm.两个极囊等大,呈球形,分布于孢子两端,极囊直径3.82±0.24(3.45-4.22)μm,两极囊间距2.60±0.23(2.23-2.87)μm,极丝明显,盘曲5-6圈.所获鲇楚克拉虫(登陆号为:MH517584)与GenBank库中的鲇楚克拉虫湖北种群(登陆号为:DQ377689)的序列相似度为99%,遗传距离为0.004,两种群序列仅有8个变异位点.重庆为该物种的新分布地区;两极虫科粘孢子虫由海水支系和淡水支系构成,两极虫属和楚克拉虫属混合聚支而表现出两者的非单系性和较近的亲缘关系. 展开更多
关键词 鲇楚克拉虫 重描述 18S RDNA 分子系统学
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口腔碘泡虫宿主新纪录及种群分化研究 被引量:1
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作者 杨生华 赵元莙 +1 位作者 陈围 杨承忠 《重庆师范大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第3期38-44,共7页
【目的】研究口腔碘泡虫(Myxobolus oralis)宿主新记录及种群分化。【方法】基于形态特征、18S r DNA序列相似度、遗传距离、变异位点、系统发育以及18S rRNA序列V4区二级结构的预测,对口腔碘泡虫江西种群和湖北种群进行了比较分析。... 【目的】研究口腔碘泡虫(Myxobolus oralis)宿主新记录及种群分化。【方法】基于形态特征、18S r DNA序列相似度、遗传距离、变异位点、系统发育以及18S rRNA序列V4区二级结构的预测,对口腔碘泡虫江西种群和湖北种群进行了比较分析。【结果】口腔碘泡虫江西种群与湖北种群形态学特征基本一致;两种群18S r DNA序列相似度为99%,变异位点数为6个,遗传距离为0.003,18S rRNA序列V4区二级结构无差异;口腔碘泡虫湖北种群先于江西种群分化出来。【结论】口腔碘泡虫与宿主可能并未经历协同进化的自然历史过程;口腔碘泡虫可能先寄生于异育银鲫(Carassius auratus gibelio),然后少数个体偶然发生宿主转移事件而进入鲫(Carassius auratus auratus)体内并在长期的进化中逐渐适应这种新的寄生关系,最终形成新的种群或亚种。 展开更多
关键词 口腔碘泡虫 宿主新纪录 种群分化 18S RDNA
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