期刊文献+
共找到350篇文章
< 1 2 18 >
每页显示 20 50 100
应用转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤中基因表达与突变的差异
1
作者 王志刚 刘伟 《解剖学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期8-12,共5页
目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软... 目的探讨通过转录组和外显子组测序分析不同年龄组的胶质母细胞瘤的差异。方法多形性胶质母细胞瘤(GBM)数据下载自TCGA项目。将样本分为2组,不高于60岁的样本为中低年龄组,共78例;高于60岁的样本为高年龄组,共76例。使用R语言DESeq2软件包对RNA-seq原始基因水平的reads数目数据进行差异表达分析。使用Cytoscape插件Clue GO进行不同年龄组别差异表达基因功能富集分析。结果 GBM致病基因在两组之间大部分基因表达趋势一致,但存在差异基因。在中低龄组中差异基因主要和神经前体细胞增殖相关,而高年龄组偏重于代谢方面。在两组中高突变的基因有很多重叠。样本突变率不同的基因主要为中低年龄组特有,且具有高样本突变率的基因。结论中低年龄组和高龄组GBM患者在基因表达和基因突变上存在明显差异。 展开更多
关键词 转录测序 年龄 胶质母细胞瘤 全外显子测序
秀珍菇转录组测序和初步分析 预览
2
作者 王伟科 宋吉玲 +2 位作者 闫静 袁卫东 陆娜 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期292-299,共8页
[目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因... [目的]本文旨在了解秀珍菇子实体形成的分子机制,为培育优质、高产、抗逆的秀珍菇品种提供理论基础。[方法]构建秀珍菇高质量cDNA文库,采用illumina高通量测序技术对秀珍菇菌丝体和子实体进行转录组测序,并利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究以及功能基因的预测。[结果]共获得81693个非重复序列基因(universal gene,UniGene),经BLAST比对NR数据库,可比对上的UniGene数量为61306个。NR数据分析显示,秀珍菇已比对的UniGene与糙皮侧耳相似度最高,占总数目的86.1%。同时,对秀珍菇转录组的UniGene进行了生物学通路的注释和预测,共注释14315个UniGene,且部分与糖类代谢、氨基酸代谢、信号传导、翻译相关通路有关,分别为1683、1241、1243和1372个,表明富集在上述通路中的UniGene在秀珍菇子实体形成过程中可能起到重要作用。通过分析SNP突变,发现秀珍菇中分别有10967和10683个位点发生C/T转换和A/G转换,同时,有2102个位点发生A/C颠换。通过查找分析SSR位点发现,共获得7574个SSR位点,占UniGene总数的比例为9.27%。其中,单核苷酸重复在所有SSR重复类型中所占比例最高,为45.14%,其次为三核苷酸重复类型,为31.94%。[结论]通过高通量测序技术获得秀珍菇菌丝体和子实体的转录组数据,结合生物信息学分析,为了解秀珍菇群体遗传多样性、构建遗传连锁图谱和研究其不同生长阶段差异表达基因及其功能奠定基础。 展开更多
关键词 秀珍菇 菌丝体 子实体 转录测序 高通量测序技术
在线阅读 免费下载
单细胞转录组测序技术原理及其应用 预览
3
作者 李丽娟 师书玥 +4 位作者 张村宇 贺花 雷初朝 陈宏 黄永震 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2019年第2期15-21,共7页
基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。常规研究往往建立在细胞群体或者组织上,一般表现出的是细胞的综合反应,难以判断单个细胞的情况,而在肿瘤、疾病预防等方面都需要对少量或单个细胞进行研究,因此,单细胞... 基因转录调控及其机制分析是后基因组时代生物学研究的重点之一。常规研究往往建立在细胞群体或者组织上,一般表现出的是细胞的综合反应,难以判断单个细胞的情况,而在肿瘤、疾病预防等方面都需要对少量或单个细胞进行研究,因此,单细胞研究技术必不可少。常规的基因组扩增技术难以消除内含子的影响,并且无法用来阐述某些类型或某些特殊单个细胞之间基因表达的异质性,而转录组测序从RNA入手,将其反转录为cDNA后再进行