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转录组测序及其在猪上的研究进展 预览
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作者 石岗 刘刁 +6 位作者 冯韶华 李尚 张正敏 周一彤 施文影 安亚辉 曹洪战 《猪业科学》 2019年第5期110-112,共3页
转录组学是研究基因结构和功能的重要研究方法,其中RNA-seq测序技术的快速发展使得转录组学日益成为分子生物学和功能基因组学的重要组成成员。转录组测序技术是转录组学研究的重要基础,该技术关系着能否高效、准确地识别转录组信息,因... 转录组学是研究基因结构和功能的重要研究方法,其中RNA-seq测序技术的快速发展使得转录组学日益成为分子生物学和功能基因组学的重要组成成员。转录组测序技术是转录组学研究的重要基础,该技术关系着能否高效、准确地识别转录组信息,因而关乎着转录组分析的可行性。基因转录组测序技术的转录组学分析已经在猪、牛等畜种上有所运用,丰富了畜牧学的研究。文章主要对转录组测序的相关概念以及其在猪上的运用进行综述。 展开更多
关键词 转录 转录测序 转录分析 胚胎附植 肉质性状
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果蝇不同细胞组分转录本多样性 预览
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作者 刘秋芳 李华 《生物加工过程》 CAS 2019年第2期166-170,共5页
真核生物基因通过可变转录起始位点、可变剪切和可变多聚腺苷酸化产生多个转录本异构体(transcript isoform)。由于不同转录本异构体的翻译情况有时会有较大的不同,这就导致转录本的多样性和蛋白产物之间的对应关系比较复杂。本文中,笔... 真核生物基因通过可变转录起始位点、可变剪切和可变多聚腺苷酸化产生多个转录本异构体(transcript isoform)。由于不同转录本异构体的翻译情况有时会有较大的不同,这就导致转录本的多样性和蛋白产物之间的对应关系比较复杂。本文中,笔者收集了果蝇早期胚胎细胞转录组数据和翻译组数据,并通过系统的分析展示了不同细胞组分转录本组成异同。通过对转录组数据和翻译组数据进行比较分析,一共发现766个基因的转录本相对表达水平在果蝇不同细胞组分中发生了改变,这表明在果蝇中大量基因的不同转录本的翻译效率差异可能很大。 展开更多
关键词 转录本异构体 转录 翻译 果蝇
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皮肤创伤愈合的转录组学研究进展 预览
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作者 王涛 赵娜 +3 位作者 龙爽 汪国建 冉新泽 粟永萍 《中华损伤与修复杂志(电子版)》 CAS 2019年第2期136-140,共5页
皮肤创伤愈合涉及到复杂的细胞、分子网络调控,愈合障碍导致的慢性难愈创面和增生性瘢痕是棘手的医学难题。转录组学是在整体水平上研究特定时空细胞中全部基因转录本种类、结构和功能及转录调控规律的学科,其相关技术的发展为研究皮肤... 皮肤创伤愈合涉及到复杂的细胞、分子网络调控,愈合障碍导致的慢性难愈创面和增生性瘢痕是棘手的医学难题。转录组学是在整体水平上研究特定时空细胞中全部基因转录本种类、结构和功能及转录调控规律的学科,其相关技术的发展为研究皮肤创伤愈合不同阶段、不同结局的分子机理和调控网络提供了有力工具。本文就转录组学在皮肤创伤愈合中的应用情况、取得成果等方面的研究进行简要综述,旨在为后续的研究提供参考。 展开更多
关键词 皮肤 伤口愈合 转录 转录
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转录组测序技术的研究和应用进展 预览
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作者 崔凯 吴伟伟 刁其玉 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1-9,共9页
转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转... 转录组(Transcriptome)是指特定细胞或组织中全部转录产物,包括信使RNA,核糖体RNA、转运RNA以及非编码RNA。高通量测序技术的快速发展,为从整体水平系统地研究转录组学研究提供快捷可靠的平台。综述了当前主流的高通量测序技术及其在转录组学研究中的应用,并讨论了转录组数据分析中一些值得关注的问题,以及转录组测序技术在生物学研究中的应用方向。 展开更多
关键词 转录 RNA-SEQ 二代测序 三代测序 单细胞转录
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盐胁迫下的3代白木香离体根的转录因子表达分析
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作者 方泽蘅 李文月 +1 位作者 马新业 詹若挺 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期2442-2451,共10页
目的研究3代白木香Aquilaria sinensis离体根在盐胁迫条件下的转录因子表达模式差异,对响应盐胁迫的各代转录因子家族差异基因的变化规律进行分析。方法以组织培养的白木香离体根为材料,采用Illumina Hiseq4000双端PE150测序方法,将所... 目的研究3代白木香Aquilaria sinensis离体根在盐胁迫条件下的转录因子表达模式差异,对响应盐胁迫的各代转录因子家族差异基因的变化规律进行分析。方法以组织培养的白木香离体根为材料,采用Illumina Hiseq4000双端PE150测序方法,将所有白木香Unigene序列与植物转录因子数据库(PlantTFDB)进行比对,对盐胁迫组与对照组间的3代差异转录因子进行重点分析。结果 3代白木香离体根转录组测序片段经de novo拼接共获得48 286条Unigene序列,含有1 156个潜在的白木香转录因子,分布于54个转录因子家族。其中bHLH、ERF、NAC家族是富集最多的3个家族。在第1、2、3代盐胁迫白木香根中分别筛选出290、277、349个差异表达转录因子,NAC、MYB以及WRKY家族上调表达的差异表达基因(DEG)数量随胁迫代数增加而增多,而GRAS家族上调表达的DEG数量随胁迫代数增加而减少。3代共有的差异转录因子有70个,其中8个基因的下调表达倍数随盐胁迫代数增加而递增。结论盐胁迫对白木香转录因子表达影响主要以下调为主。盐胁迫组与对照组的差异转录因子数量随着盐胁迫代数增加而增加。不同转录因子家族基因受盐胁迫诱导表达情况不同,一些基因可能参与了胁迫记忆的传递。该研究有助于在整体水平加深了解白木香转录因子表达特性,为进一步研究白木香胁迫记忆及白木香盐胁迫响应分子机制提供参考。 展开更多
关键词 盐胁迫 白木香 转录因子 离体根 转录
基于转录组分析不同着色桃果皮花青苷表达模式与转录因子
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作者 何平 李林光 +1 位作者 王海波 常源升 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期310-318,共9页
桃(Prunus persica)是我国重要的果树树种之一,其果皮色泽是重要的外观品质。本研究以同期成熟的红色桃‘秋雪’和白里‘肥桃’为试材,基于Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台,采用RNA-seq技术比较分析两个品种桃果实不同发育时期转... 桃(Prunus persica)是我国重要的果树树种之一,其果皮色泽是重要的外观品质。本研究以同期成熟的红色桃‘秋雪’和白里‘肥桃’为试材,基于Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台,采用RNA-seq技术比较分析两个品种桃果实不同发育时期转录组数据。测序共产生16.59 Gb Clean Data测序数据,基于有参或无参转录组序列组装法获得30 211个Unigene,其中3 060个差异表达基因在Nr、Swissprot、GO、COG和KEGG数据库中得到功能注释。在这些注释的差异基因当中有6个KEGG通路得到显著富集,其中包括类黄酮合成通路和光合通路。差异基因与植物转录因子数据库比对,筛选到153个差异表达基因分属于32个转录因子家族,其中包括已报道的参与调控花青苷合成的MYB和bHLH两类转录因子家族。进一步对花青苷代谢途径中的类黄酮合成通路中的关键酶基因进行q-PCR分析发现, CHS、CHI和F3H在‘肥桃’和‘秋雪’桃中表达方式很相似,但DFR、ANS和UFGT表达模式上存在较大差别,尤其是UFGT基因。通过果皮花青苷含量检测分析发现,‘秋雪’桃与‘肥桃’果皮中花青苷含量变化趋势与UFGT基因的表达模式一致。本研究结果有助于阐明桃不同果皮色泽分子遗传差异,为揭示其调控机制奠定基础。 展开更多
关键词 转录 转录因子 果皮色泽 花青苷
烟草‘云烟87’叶片衰老中WRKY转录因子的表达及功能预测
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作者 张柳 何晓健 +3 位作者 林春 李军营 杨焕文 毛自朝 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期2423-2432,共10页
WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子(transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了WRKY基因家族,但是研究烟草中与发育相关的WRKY转录因子功能预测并不多... WRKY基因家族是一类含有WRKY保守结构域的转录因子(transcription factors, TFs),在植物的生长发育、胁迫应答等过程中起着重要的作用。目前,已在多种植物中鉴定了WRKY基因家族,但是研究烟草中与发育相关的WRKY转录因子功能预测并不多。本研究通过对旺长期(P)、成熟期(M)、衰老1期(M1)、衰老2期(M2)的烟草叶片进行转录组测序,共获得122个WRKY转录因子。利用多种生物信息学软件对家族成员进行了去冗余处理后得到26条WRKY转录因子,进行结构域分析、家族分析、系统进化树分析,结果显示,可将26个候选NtWRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ3个亚家族。通过表达量分析显示,在3个亚家族中与逆境胁迫功能相关的WRKY转录因子多与叶片衰老存在正相关,可以预测为衰老相关基因。本研究不仅为研究普通烟草WRKY转录因子在调控生长发育过程中的作用提供了相关的科学依据,也为进一步分析烟草WRKY基因提供了有价值的信息和表达研究。 展开更多
关键词 WRKY转录因子 叶片衰老 转录
亚洲百合MYB转录因子家族的鉴定及调控花粉败育MYB基因的筛选
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作者 王雪倩 袁国振 +2 位作者 吴泽 李茜 滕年军 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期1951-1961,共11页
v-myb禽成髓细胞瘤病毒致癌基因同源物(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog,MYB)转录因子家族在调控植物生殖及生长发育过程中发挥着重要的作用,本研究在转录水平上鉴定出亚洲百合品种'小小的吻'(Lilium Asiati... v-myb禽成髓细胞瘤病毒致癌基因同源物(v-myb avian myeloblastosis viral oncogene homolog,MYB)转录因子家族在调控植物生殖及生长发育过程中发挥着重要的作用,本研究在转录水平上鉴定出亚洲百合品种'小小的吻'(Lilium Asiatic hybrids'Little Kiss')MYB转录因子家族成员并对其进行生物信息学分析,旨在筛选出调控花粉败育的基因,为亚洲百合MYB的功能研究提供基础资料。基于百合转录组数据,利用Pfam31.0和BLASTP等软件对百合MYB蛋白序列进行筛选与鉴定,使用MEGA 7.0、Web Logo 3.0等生物信息学软件,重点对占比最多的R2R3-MYB类转录因子进行保守结构域和系统进化树分析,并用Mev软件对LaMYB基因在小孢子减数分裂时期和单核花粉粒时期的表达水平进行分析。共筛选出69个LaMYB基因,包含50个R2R3-MYB类基因,15个1R-MYB类基因和4个3R-MYB类基因,所有LaMYB蛋白均为亲水性不稳定蛋白;亚细胞定位预测结果表明LaMYB基因编码的蛋白均定位于细胞核;Web logo3.0分析发现R2R3-MYB类蛋白结构域比较保守,但其C-端转录激活域的易变性使其具有功能多样性;系统进化分析将百合R2R3-MYB类蛋白划分为22个亚家族,其中参与花粉败育的拟南芥同源基因主要属于S18、S23、S21和S22亚家族;同时,RNA-Seq数据分析结果表明,和花粉发育的正常时期(减数分裂时期)相比,在花粉败育的关键时期(单核花粉粒时期),69个LaMYB基因中有42个的表达量呈现上调趋势,仅27个基因的表达量呈现下调趋势;qRT-PCR分析结果表明6个候选基因在百合花粉正常时期(减数分裂时期)和败育时期(单核花粉粒时期)的表达量有显著差异。该研究结果表明LaMYB基因在花粉败育过程中发挥重要的调控作用。此研究为深入探究LaMYB基因在花粉败育过程中发挥的功能提供基础资料。 展开更多
关键词 亚洲百合 转录 MYB转录因子 生物信息学分析 表达分析
基于组学技术的鹿茸生物学研究进展
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作者 刘文媛 巴恒星 李春义 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期3024-3029,共6页
鹿茸是唯一可周期性再生的哺乳动物器官,由软骨、骨、血管、神经及皮肤组织构成。鹿茸再生过程是基于干细胞的增殖和分化,且生长速度极快而不发生癌变。其不仅可作为一种肢体再生的生物医学模型,而且也作为一种研究骨组织生长发育的模... 鹿茸是唯一可周期性再生的哺乳动物器官,由软骨、骨、血管、神经及皮肤组织构成。鹿茸再生过程是基于干细胞的增殖和分化,且生长速度极快而不发生癌变。其不仅可作为一种肢体再生的生物医学模型,而且也作为一种研究骨组织生长发育的模型。现代组学技术快速发展,已普遍应用于生物学的各种领域。利用组学技术,在转录和蛋白质水平上,有力地推动了在分子水平上研究鹿茸生物学的进程。本综述拟对组学技术在鹿茸生物学研究中的应用进行总结回顾,并对未来的发展趋势做进一步展望,为鹿茸生物学的深入研究提供参考。 展开更多
关键词 鹿茸 转录 MICRORNA 蛋白质
短密木霉降解咪唑乙烟酸候选基因的筛选 预览
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作者 刘晴 刘宇彤 +2 位作者 邓世林 鲍彤 董爱荣 《华中农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期63-70,共8页
为探明短密木霉(Trichoderma brevicom pactum)降解咪唑乙烟酸的分子机制,通过转录组学和蛋白质组学数据整合分析筛选降解咪唑乙烟酸的候选基因。结果显示:以500mg/kg咪唑乙烟酸驯化后的短密木霉为材料,分别在基础培养基和以咪唑乙烟酸... 为探明短密木霉(Trichoderma brevicom pactum)降解咪唑乙烟酸的分子机制,通过转录组学和蛋白质组学数据整合分析筛选降解咪唑乙烟酸的候选基因。结果显示:以500mg/kg咪唑乙烟酸驯化后的短密木霉为材料,分别在基础培养基和以咪唑乙烟酸为单一碳源的培养基中培养至降解效率最高的第7天,在转录组学中差异表达的基因1329个,其中上调703个,下调626个。用ITRAQ进行蛋白质组学分析,共鉴定到21883条肽段和4003个蛋白质。关联分析中,鉴定出24个在转录组和蛋白质组中均差异表达的基因,其中14个基因上调,10个基因下调。定量蛋白质和基因的表达关联系数为-0.0472,显著差异蛋白质和显著差异基因表达关联系数为-0.1420,蛋白质和表达变化趋势相同的基因关联系数为-0.7413,蛋白质和表达变化趋势相反的基因关联系数为-0.7916。关联分析鉴定的24个基因中,有2个基因具有功能注释,分别为TBU3981A(NCBInr:绿色木霉Gv29-8糖苷水解酶16家族部分mRNA)和TBU1425A(NCBInr:HEX-1),可作为降解咪唑乙烟酸的候选基因。 展开更多
关键词 短密木霉 咪唑乙烟酸 转录 蛋白质 关联分析
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NaCl胁迫下哈茨木霉ACCC32524的转录组和代谢组分析
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作者 向杰 陈敬师 +3 位作者 夏鑫鑫 刘快 李世贵 顾金刚 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第11期2165-2181,共17页
【目的】通过分析NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32524转录组和代谢组数据,研究差异表达基因及次级代谢产物的变化情况,初步探索响应NaCl胁迫的分子机制。【方法】利用Illumina HiSeq XTen高通量测序平台完成0、0.4、0.... 【目的】通过分析NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32524转录组和代谢组数据,研究差异表达基因及次级代谢产物的变化情况,初步探索响应NaCl胁迫的分子机制。【方法】利用Illumina HiSeq XTen高通量测序平台完成0、0.4、0.6 mol/L NaCl浓度胁迫培养下哈茨木霉ACCC32524的转录组测序,GC-TOF-MS技术完成对0mol/L和0.6mol/LNaCl胁迫培养下的差异次级代谢产物检测,利用相关软件及数据库对差异表达基因(DEGs)和次级代谢产物的注释、筛选和分类,并进行RT-qPCR验证。【结果】本研究分别得到0.4 mol/L和0.6 mol/L NaCl胁迫下417和733条差异表达基因;GO富集分析显示,分别有318和582条差异表达基因注释到生物学过程、分子功能和细胞组分3个一级分类和40个二级分类;COG分类结果表明分别有232和414条转录本为20个类别,涉及差异表达基因最多的分别为氨基酸的转运和代谢、一般功能预测、碳水化合物的转运和代谢;KEGG代谢途径分析结果表明,分别有75和96条基因归到25个代谢通路中(P≤0.05),其中涉及差异基因最多的是氨基酸的生物合成和2-氧代羧酸代谢通路。从转录组数据中共筛选出与渗透调节、离子转运、活性氧清除等22个耐盐相关基因。0 mol/L和0.6 mol/L NaCl胁迫下的代谢组数据中共筛选出101个差异次级代谢产物,包括8种积累量上调和93种下调物质,其中36个得到定性,分属于糖类、有机酸和氨基酸等9个分类中。RT-qPCR验证挑选的差异表达基因的表达量变化,均与RNA-seq分析结果一致。【结论】NaCl胁迫下引起哈茨木霉ACCC32524基因及次级代谢产物发生明显变化,细胞代谢途径发生明显偏移,这些进程共同作用减少NaCl对细胞的毒害作用,为木霉菌的耐盐机理研究提供重要信息。 展开更多
关键词 哈茨木霉 NACL 转录 代谢 耐盐机理
基于转录-代谢联合分析哈茨木霉ACCC32527对NaCl胁迫的分子调节 预览
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作者 向杰 陈敬师 +3 位作者 夏鑫鑫 刘快 李世贵 顾金刚 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2079-2091,共13页
【目的】通过NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32527差异转录组和代谢组数据分析,挖掘关键功能型差异表达基因(DEG)及次级代谢产物。【方法】采用RNAseq和GCTOFMS技术分别完成0(T1)、0.4(T2)、0.6(T3)mol·L^-1NaCl... 【目的】通过NaCl胁迫下哈茨木霉(Trichoderma harzianum)ACCC32527差异转录组和代谢组数据分析,挖掘关键功能型差异表达基因(DEG)及次级代谢产物。【方法】采用RNAseq和GCTOFMS技术分别完成0(T1)、0.4(T2)、0.6(T3)mol·L^-1NaCl胁迫下哈茨木霉ACCC32527的差异表达基因和次级代谢产物检测,利用相关软件及数据库(GO、COG、KEGG pathway等)完成对差异表达基因(|log2fold change)|>1&FDR<0.01)和次级代谢产物(P-value≤0.05&VIP>1)的筛选、注释和分类,并进行RTqPCR验证。【结果】NaCl胁迫处理后,ACCC32527的生长受到抑制,繁殖速率明显降低,并在该条件下分别获得T1 vs T2和T1 vs T3比较组637、1570个DEG,获得DEG的16种表达模式,包括9种上调表达模式(950gene)、3种下调表达模式(662gene)和4种不规则表达模式(309gene),共有的GO功能分类为催化活性、结合、细胞器、细胞膜部分、细胞膜、细胞部分、细胞、单组织过程和代谢过程,且占主要比例,约为61%—94%,其中处理前后基因比例差异较大的分类为催化活性。KEGG代谢通路富集分析发现,不同NaCl浓度处理下的DEG富集到的代谢通路种类及数量存在较大差异,分别有225和535个差异基因富集于20条KEGG通路,包括代谢通路、抗生素的合成和次级代谢产物合成,其中T2和T3处理下核糖体的生物合成途径分别有12个和18个相关基因受到抑制。从NaCl胁迫下差异转录组中筛选出活性氧清除、离子转运和细胞壁及胞外结构等共73个相关基因,并且多数为上调表达基因。另外,差异代谢组学分析表明,T3处理下,胞内小分子代谢物出现明显变化,累积量增加的代谢产物有30种,包括氨基酸及其衍生物、糖类及其衍生物和醇类,而减少的代谢物有53种,涉及脂肪酸和有机酸等。其中,甘油是已知的真菌重要渗透保护物,T3处理下ACCC32527胞内甘油水平提高,可参与细胞的渗透调节,维持渗透压平衡。RTqPCR验� 展开更多
关键词 NACL 哈茨木霉 转录 代谢 耐盐机理
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红花EST-SSR分子标记开发与初步验证 预览
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作者 覃瑞 陈贤军 +6 位作者 湛蔚 向妮艳 刘虹 严兴初 黄稳 覃尔岱 李刚 《西南民族大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第2期146-154,共9页
旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR... 旨在开发红花EST-SSR标记,为红花分子辅助育种和种质资源评价提供有力工具.先对红花转录组进行测序,选用MISA软件筛选鉴定SSR位点.在云南红花(YH)转录组中,共获得46 016个SSR位点,分布频率为32.09%,平均每3.11 kb有一个SSR.云南红花SSR位点以二,三核苷酸重复基序为主,其优势重复基序分别为AG/CT(44%)和AAG/CTT(24%).SSR位点重复次数相差较大,其中重复为5次比率最高,SSR位点数为9 369(26.63%),其次为6次(8 148, 23.16%).同时,利用Primer3.0进行引物设计,随机筛选27对引物,在60份不同来源红花种质中进行多态性验证,获得12对具有多态性稳定的引物,多态性引物比率为44.4%.结果表明,基于红花转录组序列开发SSR标记是可行的,开发的标记具有稳定扩增性,丰富多态性等优点,开发的SSR标记将有助于红花功能基因挖掘,遗传连锁图谱构建和遗传多样性分析. 展开更多
关键词 红花 转录 EST-SSR 多态性 遗传多样性
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三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)雌雄性腺的差异转录组分析 预览
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作者 汤玉洁 棘怀飞 +1 位作者 王欢 李晔 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期197-203,共7页
三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是我国东海海域具有重要经济价值的蟹类。为探讨雌雄梭子蟹性腺基因表达差异,挖掘与性腺发育相关基因,利用高通量测序技术对三疣梭子蟹雌雄性腺进行测序和生物信息学分析,为进一步研究其性腺发育及... 三疣梭子蟹(Portunustrituberculatus)是我国东海海域具有重要经济价值的蟹类。为探讨雌雄梭子蟹性腺基因表达差异,挖掘与性腺发育相关基因,利用高通量测序技术对三疣梭子蟹雌雄性腺进行测序和生物信息学分析,为进一步研究其性腺发育及性别分化机制提供基础。测序结果经denovo组装共获得192848个转录本,130054个unigene。差异表达分析发现,其中101742个unigene上调,37588个unigene下调。在差异表达数据库中筛选出EcR、RXR、VTG等6个可能参与三疣梭子蟹的性腺分化发育的基因,并利用荧光定量PCR验证其在雌雄性腺中的表达情况,验证结果与转录组测序结果基本一致,为深入研究三疣梭子蟹性腺分化发育调控分子机理和相关功能基因提供了重要的基因数据资源。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 转录 雌雄性腺 荧光定量PCR 基因表达
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秋水仙碱诱导杉木胚珠基因的表达变化
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作者 潘瑶瑶 吴博慧 +1 位作者 童再康 卢泳全 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期1761-1768,共8页
杉木(Cunninghamia lanceolata)具有胚珠裸露的特点,为秋水仙碱快速进入胚珠内部从而提高诱导效率提供了有利条件。为研究秋水仙碱对胚珠的诱导效果,本研究采用转录组测序技术分析杉木胚珠在秋水仙碱处理后的基因表达变化,并利用qRT-PC... 杉木(Cunninghamia lanceolata)具有胚珠裸露的特点,为秋水仙碱快速进入胚珠内部从而提高诱导效率提供了有利条件。为研究秋水仙碱对胚珠的诱导效果,本研究采用转录组测序技术分析杉木胚珠在秋水仙碱处理后的基因表达变化,并利用qRT-PCR技术对相关基因进行表达验证。结果显示,对于秋水仙碱处理组和对照组,转录组测序分别获得6.39和6.96 Gb原始数据,从头组装共获得60 790条unigenes;两组间共筛选出1 430个差异表达基因,从中获得纺锤体形成相关基因4个,DNA复制相关基因8个,调控细胞周期相关基因6个,都呈现显著下调表达。qRT-PCR分析表明,NEDD1 (neural precursor cell expressed, developmentally down-regulated gene 1)、MCM3 (minichromosome maintenance complex component 3)、MCM7、CDC6 (cell division cycle 6)和ATXR6 (trithorax-related protein 6)基因在秋水仙碱处理前后的表达趋势与转录组测序结果一致。本研究将秋水仙碱直接作用于胚珠并筛选得到差异表达基因,为深入研究秋水仙碱诱导多倍体的分子机理提供了基础资料。 展开更多
关键词 秋水仙碱 杉木 胚珠 转录 基因表达
基于转录组的大头金蝇密码子的偏好性分析 预览
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作者 张玉波 周正湘 +1 位作者 吴小玉 张斌 《江苏农业科学》 2019年第11期78-81,共4页
使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,... 使用Codon W软件分析大头金蝇[Chrysomya megacephala(Fabricius,1794)]转录组10923条全长转录序列的密码子偏好性。结果表明,大头金蝇转录组中的AT含量(61.81%)远大于GC含量(38.19%);PR2(parity rule 2,即密码子偏好性)绘图结果显示,密码子第3位碱基A的使用频率大于碱基T,碱基G的使用频率大于碱基C;中性绘图结果显示,该序列密码子的使用更多地受到选择压力的影响;有效密码子数(effective number of codons,简称ENC)在25.17~61.00个之间,均值为43.16个;密码子适应指数(codon adaptation index,简称CAI)在0.099~0.554之间,均值为0.2158。结果共筛选出29个同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,简称RSCU)>1的密码子和28个最优密码子。 展开更多
关键词 大头金蝇 转录 密码子偏好性 同义密码子
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基于高通量转录组测序阿尔巴斯型绒山羊绒毛生长周期差异表达基因分析
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作者 赵濛 刘志红 +5 位作者 奈日乐 谢遇春 马丽娜 米璐 李金泉 李婕 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期69-81,共13页
为研究绒山羊绒毛生长周期内皮肤基因表达规律以及皮肤差异表达基因的挖掘,采用Illumina HiSeqTM2000高通量转录组测序平台RNA-Seq技术,对3只成年雌性阿尔巴斯型内蒙古绒山羊全年12个月的皮肤样本进行转录组测序,将无参考基因组de novo... 为研究绒山羊绒毛生长周期内皮肤基因表达规律以及皮肤差异表达基因的挖掘,采用Illumina HiSeqTM2000高通量转录组测序平台RNA-Seq技术,对3只成年雌性阿尔巴斯型内蒙古绒山羊全年12个月的皮肤样本进行转录组测序,将无参考基因组de novo拼接组装的unigene运用Nr,GO,COG以及KEGG数据库进行比对注释,并进行差异基因在全年各月份间的变化规律分析。结果显示,测序获得的unigene数为105 854条,比对注释基因55 541个,其中共有51 078条转录本进行了GO注释,21 189条转录本在COG数据库分析得到注释,26 201条预测基因KEGG数据库比对成功。其中皮肤基因GO注释在生物学功能分类中,细胞过程、代谢过程、生物学调控、生物功能调控以及刺激应答方面注释到的转录本比例最大;在分子功能分类中,结合以及催化活性作用方面注释到的转录本比例最大;通过COG数据库的比对注释,看到皮肤表达基因的同源蛋白功能主要集中在基因转录、翻译后修饰、和信号传导机制方面,反而在同工酶转运和代谢、细胞动力、二级代谢生物合成、转运和催化以及核结构方面注释到的基因极少;皮肤转录组数据与KEGG数据库比对,得到皮肤相关转录本较为富集的几条通路分别为MAPK signaling pathway,Wnt signaling pathway,Notch signaling pathway,Hedgehog signaling pathway,TGF-βsignaling pathway,JAK-STAT signaling pathway以及Focal signaling pathway;通过绒山羊不同月份皮肤转录组测序数据进行差异基因分析,得出绒山羊全年皮肤生长周期中基因差异变化规律为绒山羊全年皮肤共有4次较为剧烈的基因差异变化,第1次发生在2月与3月之间,第2次发生在3月与4月之间,第3次发生在6月与7月之间,第4次发生在10月与11月之间,前2次出现的基因差异变化较后2次剧烈得多,说明绒山羊绒毛生长启动时基因变化剧烈,而绒毛生长到休止时的皮肤基因变化较为缓和, 展开更多
关键词 绒山羊 转录 差异表达基因 皮肤 绒毛生长周期
龙眼EST-SSR标记开发及无患子科5个属种质遗传多样性分析
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作者 胡文舜 陈秀萍 郑少泉 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1359-1372,共14页
基于龙眼品种‘香脆’果实的转录组测序数据库,开发龙眼EST-SSR引物,评价其在无患子、红毛丹、荔枝、龙荔等4个近缘属植物上的通用性,并进行无患子科5个属55份种质的遗传多样性分析。在13 934条龙眼Unigene中搜索到SSR位点6 683个,SSR... 基于龙眼品种‘香脆’果实的转录组测序数据库,开发龙眼EST-SSR引物,评价其在无患子、红毛丹、荔枝、龙荔等4个近缘属植物上的通用性,并进行无患子科5个属55份种质的遗传多样性分析。在13 934条龙眼Unigene中搜索到SSR位点6 683个,SSR发生频率为47.96%,平均分布距离为4.48 kb;单、二和三核苷酸重复是主要的SSR类型,分别占52.78%、26.25%和20.19%;设计出4 670对SSR引物,随机合成185对不同重复类型的SSR引物进行验证,有效扩增率为78.92%(146对),其中多态性引物占34.25%(50对),条带多态率50%~100%;龙眼多态性引物在无患子属、韶子属、荔枝属、龙荔属等4个近缘属上的转移率分别为38.30%、38.30%、68.09%和74.47%。UPGMA聚类分析显示,55份材料在遗传相似系数0.561处明显地划分为龙眼、龙荔、荔枝、无患子和红毛丹5个大类。 展开更多
关键词 无患子科 龙眼 SSR 转录
基于转录组挖掘‘云香’水仙萜类合成基因及NaIDI的克隆 预览
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作者 李琳 肖瑶宇 +2 位作者 李科 李欢 陈晓静 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1379-1388,共10页
为深入挖掘中国水仙转录组中萜类合成相关基因,了解中国水仙萜类代谢途径和分子调控机制,该研究以‘云香’水仙为材料,在其盛花期花瓣与副冠转录组测序的基础上,筛选已注释的萜类合成途径基因并利用NCBI blastn进行再注释,通过对部分候... 为深入挖掘中国水仙转录组中萜类合成相关基因,了解中国水仙萜类代谢途径和分子调控机制,该研究以‘云香’水仙为材料,在其盛花期花瓣与副冠转录组测序的基础上,筛选已注释的萜类合成途径基因并利用NCBI blastn进行再注释,通过对部分候选基因的表达量与生物信息分析进一步筛选出代表基因,采用RT-PCR技术克隆了水仙异戊烯基焦磷酸异构酶基因NaIDI,并对其蛋白序列与特异性表达进行分析。结果表明:(1)Blast比对筛选得到52个与萜类合成上游途径相关的Unigenes,二次筛选获得11个显著差异表达的代表基因。(2)NaIDI基因开放阅读框(ORF)长度为858 bp,编码285个氨基酸,其氨基酸序列与‘金盏银台’水仙相似度97.19%;亚细胞定位预测显示该基因定位在叶绿体;系统进化分析表明其与芦笋亲缘关系比较近。(3)实时荧光定量分析结果表明,NaIDI基因在水仙开花的不同时期和不同组织器官中差异表达显著,且在盛花期时副冠中的表达量最高,与中国水仙挥发性萜类化合物在开花不同时期和不同组织器官中的表达规律一致,表明NaIDI在萜类代谢中发挥着一定作用。 展开更多
关键词 '云香’水仙 转录 萜类代谢 异戊烯基焦磷酸异构酶
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美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达分析 预览
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作者 荣敏 张然然 +5 位作者 涂剑峰 王天娇 孙丽敏 杨颖 徐佳萍 邢秀梅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期1589-1603,共15页
旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq^TM2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO... 旨在对美国短毛黑水貂快速生长过程中转录组差异表达进行分析。本试验将美国短毛黑水貂45、90日龄各3只健康公貂的胸肌组织作为试验材料,利用Illumina HiSeq^TM2500高通量测序平台建立转录组文库,对两个生长阶段差异显著性的基因进行GO功能富集和KEGG Pathway分析,寻找调控水貂快速生长期的相关候选基因和代谢通路,并利用qRT-PCR对转录组测序结果进行验证。结果表明,以P<0.05,|log2FC|>1为条件筛选到279个显著差异基因,对这些差异基因进行GO和KEGG分析,筛选到与肌肉生长相关显著富集GO条目有66条、相关差异表达基因44个,其中上调20个,下调24个;与肌肉生长相关显著富集KEGG通路12条,如p53信号通路、PPAR信号通路、FOXO信号通路等。这些差异基因可能在水貂的快速生长过程中起到调控作用,可以作为后续研究水貂生长发育的候选基因。本研究结果为探究水貂生长发育调控机制及培育大体型水貂品种奠定基础。 展开更多
关键词 水貂 肌肉 生长 转录
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