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沙葱萤叶甲海藻糖磷酸酶基因GdTPP的克隆、原核表达及对温度胁迫的响应
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作者 路标 周晓榕 +3 位作者 庞保平 董瑞文 娜布其亚 那仁满都呼 《应用昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期253-262,共10页
【目的】海藻糖磷酸酶(Trealose-6-phosphate phosphatase,TPP)是参与昆虫海藻糖合成的关键酶之一。本研究旨在克隆和表达沙葱萤叶甲Galeruca daurica海藻糖磷酸酶基因,分析其对不同温度胁迫的响应,以期为进一步揭示其在沙葱萤叶甲生长... 【目的】海藻糖磷酸酶(Trealose-6-phosphate phosphatase,TPP)是参与昆虫海藻糖合成的关键酶之一。本研究旨在克隆和表达沙葱萤叶甲Galeruca daurica海藻糖磷酸酶基因,分析其对不同温度胁迫的响应,以期为进一步揭示其在沙葱萤叶甲生长发育及抗寒、耐热中的作用奠定基础。【方法】根据沙葱萤叶甲转录组数据,通过cDNA末端快速扩增(Rapid-amplification of cDNA ends,RACE)技术克隆沙葱萤叶甲TPP的全长cDNA序列,并对该基因进行生物信息学分析;将该基因与pET28a载体链接构建表达载体,导入大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3)使其表达;利用实时荧光定量PCR(qPCR)检测TPP基因在沙葱萤叶甲2龄幼虫不同温度下的表达格局。【结果】克隆获得1条沙葱萤叶甲TPP基因cDNA全长序列(GdTPP,GenBank登录号:MG431210),该基因全长1 372 bp,开放阅读框(ORF)864 bp,编码287个氨基酸;蛋白预测分子量为32.32 ku,等电点(pI)为6.19;无信号肽和跨膜结构;包含2个N-糖基化位点;蛋白质亚细胞定位预测该蛋白位于细胞质中。同源性分析表明,GdTPP与马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata TPP亲缘关系最近。成功构建原核表达载体pET28a-GdTPP,经IPTG诱导,GdTPP在大肠杆菌Escherichia coli BL21(DE3)中高效表达。qPCR结果表明,低于25℃对照时,GdTPP表达量随着温度下降而上升,﹣10℃时达到最高值,为对照的1.82倍;高于25℃对照时,GdTPP表达量随着温度上升而上升,40℃时达到最高值,为对照的1.68倍。【结论】沙葱萤叶甲幼虫通过上调GdTPP的表达来应对高温和低温胁迫,该结果为进一步揭示TPP在昆虫应对温度胁迫过程中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 沙葱萤叶甲 海藻糖磷酸酶 基因克隆 温度胁迫 原核表达 表达分析
核桃V-ATPase c亚基基因(JrVHAc4)的克隆和抗旱功能分析
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作者 李大培 王艺 +4 位作者 张尚昆 赵翔 赵焕元 刘玉梅 杨桂燕 《南京林业大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期79-85,共7页
【目的】V-ATPase是植物逆境响应的重要酶,有必要了解V-ATPase相关亚基参与核桃响应逆境胁迫的功能机制。【方法】从‘香玲’核桃转录组中克隆获得1条V-ATPase c亚基基因(命名为JrVHAc4),通过分析启动子预测其逆境响应功能。对JrVHAc4... 【目的】V-ATPase是植物逆境响应的重要酶,有必要了解V-ATPase相关亚基参与核桃响应逆境胁迫的功能机制。【方法】从‘香玲’核桃转录组中克隆获得1条V-ATPase c亚基基因(命名为JrVHAc4),通过分析启动子预测其逆境响应功能。对JrVHAc4基因进行干旱胁迫下的表达分析,同时构建JrVHAc4酵母表达载体转入酵母表达系统研究其抗旱功能。【结果】JrVHAc4基因开放读码框(ORF)全长495 bp,拟推导的蛋白分子量为16 527.61 u,包含164个氨基酸,理论等电点为8.62;其上游1 047 bp启动子包含MYC、DOF、MYB等与干旱响应相关的顺式作用元件。干旱胁迫下,JrVHAc4基因在核桃叶和根中均被显著诱导,并存在差异。对JrVHAc4转基因酵母进行不同浓度甘露醇胁迫,与对照酵母相比,发现JrVHAc4基因的表达能显著提高转基因酵母的生长活性。【结论】JrVHAc4基因能响应干旱胁迫,并能提高酵母的抗旱能力,JrVHAc4可作为核桃抗逆重要候选基因。 展开更多
关键词 核桃 干旱胁迫 V-ATPASE 表达分析 酵母表达系统
红花bHLH转录因子基因的克隆、表达分析及植物表达载体构建
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作者 姚娜 刘建雨 +3 位作者 田媛媛 董园园 刘秀明 李海燕 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期278-282,共5页
克隆红花花瓣中bHLH(basic helix-loop-helix)基因,研究其在红花不同开花时期花瓣中的表达量并构建其植物表达载体。利用红花基因组测序结果中富集到的bHLH家族中的基因CtbHLH1的开放阅读框,设计特异性引物进行PCR扩增。利用RT-PCR法分... 克隆红花花瓣中bHLH(basic helix-loop-helix)基因,研究其在红花不同开花时期花瓣中的表达量并构建其植物表达载体。利用红花基因组测序结果中富集到的bHLH家族中的基因CtbHLH1的开放阅读框,设计特异性引物进行PCR扩增。利用RT-PCR法分析在红花不同开花时期花瓣中bHLH1基因的表达量,同时构建植物表达载体p BASTA-bHLH1。获得bHLH1基因全长897 bp,编码298个氨基酸。红花bHLH1与其他物种氨基酸具有一定的同源性,其与烟草的氨基酸序列相似性最高。实时荧光定量PCR分析表明,CtbHLH1基因在红花不同组织及不同开花时期的花瓣中表达水平具有显著差异,其在花瓣中表达量高,开花第3天表达量最高,末花期表达量低。另外其在根中有表达,在茎、叶中表达量极低。该研究成功地对bHLH1基因进行克隆及表达分析,并构建植物表达载体p BASTA-bHLH1。 展开更多
关键词 红花 bHLH基因 类黄酮 表达分析 植物表达载体
杭菊CHI基因的克隆及原核表达
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作者 王蕊 邹庆军 +2 位作者 郭巧生 汪涛 程搏幸 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期3015-3021,共7页
从杭菊转录组数据库中筛选并通过PCR技术成功克隆得到3条杭菊査尔酮异构酶基因(Cm CHI)分别命名为:CmCHI1,Cm CHI2,Cm CHI3。生物信息学分析表明:Cm CHI1~3开放阅读框的碱基数分别为708,633,681 bp分别编码235,210,226个氨基酸。利用原... 从杭菊转录组数据库中筛选并通过PCR技术成功克隆得到3条杭菊査尔酮异构酶基因(Cm CHI)分别命名为:CmCHI1,Cm CHI2,Cm CHI3。生物信息学分析表明:Cm CHI1~3开放阅读框的碱基数分别为708,633,681 bp分别编码235,210,226个氨基酸。利用原核表达技术成功诱导得到3条30 k Da左右的融合蛋白,同时使用Ni-NTA树脂柱分离纯化得到相应的重组融合蛋白。聚类分析表明,筛选得到的3条Cm CHI与菊科植物同源性较高,Cm CHI1与Cm CHI3属于Ⅰ型CHI;Cm CHI2属于Ⅳ型CHI。以β-actin为内参基因,使用RT-qPCR检测并分析Cm CHI1~3基因在杭菊中的表达量差异,结果表明Cm CHI1,Cm CHI3表达量较高,Cm CHI2表达量较低;淹水处理能显著促进Cm CHI1,Cm CHI3基因的表达,而对Cm CHI2无调控作用,由此得出CmCHI1,Cm CHI3是主要参与杭菊黄酮类化合物合成的查尔酮异构酶基因,Cm CHI2为辅助基因。以上研究结果为进一步研究CHI基因在杭菊黄酮类化合物代谢中的分子调控机制提供依据,从而为提高杭菊黄酮含量及最终提高杭菊药用品质奠定基础。 展开更多
关键词 杭菊 黄酮类化合物 查尔酮异构酶 原核表达 表达分析
茶树体胚APX基因克隆及其在体胚发生过程中的表达与酶活性分析 预览
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作者 郭玉琼 黄道斌 +7 位作者 李小桢 朱晨 张舒婷 傅海峰 周承哲 欧阳明秋 陈兰 赖钟雄 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期922-931,共10页
以铁观音茶树体胚为材料,克隆了茶树抗坏血酸过氧化物酶基因CsAPX(Genbank登录号为MG799534.1)。CsAPX基因包含一个长度为753 bp的开放阅读框(ORF),共编码250个氨基酸,并对其进行相关生物信息学分析。APX酶活性测定结果表明在球形胚至... 以铁观音茶树体胚为材料,克隆了茶树抗坏血酸过氧化物酶基因CsAPX(Genbank登录号为MG799534.1)。CsAPX基因包含一个长度为753 bp的开放阅读框(ORF),共编码250个氨基酸,并对其进行相关生物信息学分析。APX酶活性测定结果表明在球形胚至子叶胚阶段APX酶活性呈现下降趋势,并在子叶胚阶段到达最低值,随着体胚进一步的分化,在子叶胚、成熟胚和萌发胚阶段,茶树APX酶活性不断上升,总体呈"先降后升"的趋势。在体胚发生过程中CsAPX基因的表达分析显示,CsAPX基因在茶树体胚发生的5个阶段均存在显著差异表达,总体呈"升-降-升"的趋势,其中在萌发胚阶段的CsAPX基因的表达水平显著高于其他4个阶段,推测CsAPX基因在体胚发生过程中的萌发胚阶段发挥着重要的作用。 展开更多
关键词 茶树体胚 抗坏血酸过氧化物酶 基因克隆 表达分析 酶活性分析
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龙眼Dlf3h基因的克隆、表达及其生物信息学分析
6
作者 郑威 董学明 +4 位作者 张秋颖 于雪飞 陈宁 季宇彬 李文兰 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第15期4944-4953,共10页
本研究应用聚合酶链式反应(PCR)技术对龙眼黄烷酮-3-羟化酶基因(Dlf3h)进行克隆;运用实时荧光定量PCR (Quantitative real time PCR)技术对Dlf3h基因在龙眼根、茎、叶组织中的表达进行分析;采用生物信息学方法对Dlf3h蛋白理化性质、信... 本研究应用聚合酶链式反应(PCR)技术对龙眼黄烷酮-3-羟化酶基因(Dlf3h)进行克隆;运用实时荧光定量PCR (Quantitative real time PCR)技术对Dlf3h基因在龙眼根、茎、叶组织中的表达进行分析;采用生物信息学方法对Dlf3h蛋白理化性质、信号肽、亚细胞定位、亲疏水性、二级结构、三级结构等进行预测。结果表明:成功克隆获得一条长度为1 098 bp的Dlf3h基因,由366个氨基酸组成;该基因在根中表达量最高,其次为叶,在茎中表达量最低;生物信息学分析表明Dlf3h没有信号肽和跨膜结构,是一种可溶性亲水蛋白,定位于细胞核内;二级结构元件主要由α-螺旋和无规则卷曲组成,具有卷曲螺旋;Ramachandran评估表明应用SWISS-MODEL构建的三级结构模型可靠,其配体结合位点为217 His和275 His。本研究结果为进一步研究龙眼类黄酮合成的分子调控机制提供依据。 展开更多
关键词 龙眼(Dimocarpus longan) Dlf3h 生物信息学分析 基因克隆 表达分析
陆地棉TLP基因家族的全基因组鉴定及表达分析 预览
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作者 张华崇 张文蔚 +1 位作者 简桂良 李蔚 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期381-393,共13页
【目的】类甜蛋白(Thaumatin-like proteins,TLP)参与多种植物病原真菌侵染后的防御反应。本研究通过在全基因组分析TLP基因,为深入探究其在介导棉花抗黄萎病通路中的分子机理提供基础。【方法】分别利用生物信息学方法和荧光定量聚合... 【目的】类甜蛋白(Thaumatin-like proteins,TLP)参与多种植物病原真菌侵染后的防御反应。本研究通过在全基因组分析TLP基因,为深入探究其在介导棉花抗黄萎病通路中的分子机理提供基础。【方法】分别利用生物信息学方法和荧光定量聚合酶链式反应技术对陆地棉中的TLP基因进行全基因组鉴定和响应棉花黄萎病菌侵染表达分析。【结果】共鉴定出88个TLP基因;通过系统发育分析和序列特征分析可将棉花TLP家族分为10类。TLP基因家族外显子数量介于1~5之间,内含子介于0~4之间,同组成员具有相似的基因结构。大部分TLP含有5个保守的motif,具有相同的基序组织模式,均为Motif 5_4_2_3_1。染色体定位显示87个TLP基因定位于陆地棉20条染色体上,其中A亚组和D亚组各分布有42和45个,其在染色体上的分布存在串联重复现象。响应病原菌侵染表达分析显示,黄萎病菌侵染可以诱导6个候选基因的表达,不同抗性品种相对表达量达到峰值的时间不同,且耐病品种(GZ-1)上述基因表达量比感病品种(86-1)有增高的趋势。【结论】该研究结果有助于了解棉花TLP基因家族的进化与功能。 展开更多
关键词 陆地棉 TLP基因 全基因组分析 表达分析
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小麦GRAS基因家族的全基因组鉴定与分析 预览
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作者 李亚飞 阳文龙 +2 位作者 顾晶晶 张爱民 詹克慧 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期549-559,共11页
GRAS基因是一类转录因子基因,在植物的生长和发育中起关键作用。本研究利用最新的小麦基因组数据,对小麦GRAS基因进行了全基因组鉴定和分析。结果从小麦中鉴定出153个GRAS基因,这些基因不均匀分布在小麦21条染色体上。系统发育分析将这... GRAS基因是一类转录因子基因,在植物的生长和发育中起关键作用。本研究利用最新的小麦基因组数据,对小麦GRAS基因进行了全基因组鉴定和分析。结果从小麦中鉴定出153个GRAS基因,这些基因不均匀分布在小麦21条染色体上。系统发育分析将这些基因分为12个亚家族,片段复制和串联重复是导致该基因家族扩张的主要原因。蛋白质序列分析发现不同亚家族间氨基酸数目、分子量存在一定差异;二级结构预测表明,小麦GRAS基因的氨基酸序列均以α-螺旋、随机卷曲为主要组成部分。通过对小麦GRAS基因在不同组织和不同逆境胁迫下的表达分析发现,GRAS基因在不同组织和逆境胁迫下存在明显的差异表达,表明GRAS基因具有组织或器官表达特异性,且可能在对逆境胁迫的响应中起重要作用。这些结果为进一步研究小麦GRAS基因的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 小麦 GRAS基因家族 系统发育分析 表达分析
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基于转录组的'黄花2号'水仙ARF基因家族分析
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作者 李全超 刘洋 +3 位作者 肖瑶宇 李琳 杨征帆 陈晓静 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期687-694,共8页
生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用... 生长素反应因子(Auxin response factors,ARFs)在植物生长发育过程调节生长素响应基因表达中发挥着重要的作用.为了解多花水仙ARF家族,基于转录组数据,通过NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库、NCBI网站和在线软件SMART的注释筛选,利用ExPASy-ProtParam tool、SOPMA、Prot Comp、MEME、MAGA和Heml软件进行氨基酸理化性质、蛋白二级结构、亚细胞定位、保守基序、系统进化树和小鳞茎萌发不同时期的表达模式分析.共筛选得到21个ARF家族基因,生物信息学分析12个全长基因蛋白长度在193-1 096 aa之间,预测的分子量(Mr)为20.46-122.2,等电点为5.19-7.97,全部为不稳定的亲水蛋白,亚细胞定位预测均位于细胞核中.进化树和基序分析表明,21个NtARF蛋白分为3个大组,GlassⅢ进一步被分为3个亚组,分支相近的ARF转录因子具有相同或相近的基序. NtARF8、NtARF13、NtARF15、NtARF17和NtARF21都展现较高的表达模式,可能是通过正向调节生长素的含量来促进小鳞茎的萌发.本研究表明,NtARF家族可能在多花水仙扦插繁殖过程中发挥着重要作用,结果可为将来深入研究多花水仙ARF基因家族的功能奠定基础. 展开更多
关键词 水仙 转录组测序 ARF家族 生物信息学分析 表达分析
茶树CsMDHAR基因的克隆与非生物胁迫响应分析 预览
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作者 林士佳 李辉 +4 位作者 刘昊 滕瑞敏 刘婧愉 王爽 庄静 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期495-505,共11页
基于茶树转录组数据,以龙井43茶树cDNA为模板,克隆得到开放阅读框(ORF)长度为1 305 bp,编码434个氨基酸的茶树单脱氢抗坏血酸还原酶基因,命名为CsMDHAR。蛋白序列特征和基因表达模式分析表明,CsMDHAR蛋白含有FAD结合功能域,属于FAD依赖... 基于茶树转录组数据,以龙井43茶树cDNA为模板,克隆得到开放阅读框(ORF)长度为1 305 bp,编码434个氨基酸的茶树单脱氢抗坏血酸还原酶基因,命名为CsMDHAR。蛋白序列特征和基因表达模式分析表明,CsMDHAR蛋白含有FAD结合功能域,属于FAD依赖的吡啶核苷酸-硫基氧化还原酶(Pyr-redox-2)家族。该蛋白有两个无序化区域,而且包含有32个磷酸化位点,理论相对分子量为47.21 kDa,pI为5.99,属于亲水性蛋白;CsMDHAR蛋白二级结构以α-螺旋和随机卷曲为主。通过PlantCARE和PLACE对启动子上游调控元件进行分析预测,结果显示,CsMDHAR基因启动子上游1 000 bp中含有多个与光、激素以及植物抗逆有关的顺式作用元件。利用荧光定量PCR方法检测龙井43和迎霜的CsMDHAR、CsAO和CsAPX在4种不同非生物胁迫下的表达水平,结果表明,在低温(4℃)胁迫下,两个茶树品种的CsMDHAR、CsAO和CsAPX的表达均受抑制,且品种间的差异较小;在高温(38℃)和干旱(200 g·L^-1 PEG)胁迫下龙井43中的CsMDHAR表达均上调,分别在8 h和2 h时达到最大值,为对照的1.49倍和1.85倍;盐(200 mmol·L^-1 NaCl)胁迫下,CsAO和CsAPX在两种茶树品种中的表达量变化趋势相似,但变化幅度不同,可能与品种间不同的抗逆性有关。 展开更多
关键词 茶树 CsMDHAR 抗坏血酸 非生物胁迫 启动子元件分析 表达分析
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水稻OsVQ20基因生物信息学及表达分析
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作者 骆鹰 何福林 +5 位作者 李治章 张斌 刘永昌 谭炎宁 刘小文 张超 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1731-1737,共7页
植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子... 植物VQ蛋白作为植物体内一类重要的辅助调控因子,对植物生长发育、基因调控以及响应外界环境变化方面发挥重要作用。探讨激素及非生物胁迫下OsVQ20基因的表达模式,为水稻的品种改良提供理论依据。通过PlantCARE数据对OsVQ20基因启动子元件进行分析,利用水稻激素芯片及荧光定量PCR分析OsVQ20基因的表达模式。结果表明,OsVQ20基因启动子含有干旱(MBS)、低温(LTR)、脱落酸(ABRS)、生长素(AuxRR-core)等多种应答元件;OsVQ20基因的表达受油菜素内酯(BL)、茉莉酸(JA)的诱导,受生长素(IAA)、细胞分裂素(CTK)以及脱落酸(ABA)的抑制作用,在赤霉素(GA)处理下无明显变化。在非生物胁迫下,OsVQ20基因明显受干旱和盐胁迫的诱导,受低温和氧化胁迫的抑制,高温胁迫下无显著变化。该研究为进一步研究OsVQ20基因的生物学功能及水稻抗逆育种提供理论依据。 展开更多
关键词 水稻 OsVQ20基因 生物信息学分析 表达分析
平邑甜茶生长素响应因子MhARF2基因克隆与表达分析
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作者 姜倩倩 曹慧 +1 位作者 张保仁 张慧玲 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期194-202,共9页
采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malu... 采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malus domestica)、白梨(Pyrus bretschneideri)、甜樱桃(Prunus avium)ARF2具有较高的同源性;MhARF2含有ARF家族特有的B3 DNA结合域、CTD结构域和Auxin-resp结构域;MhARF2定位于细胞核;MhARF2启动子区域含有光响应元件、生长素应答元件和MeJA响应元件、ABA响应元件等多个顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,MhARF2在平邑甜茶叶、根、茎、花和果实中均表达,其中叶片中表达水平最高,根次之。30 mg·L-1 IAA处理下,MhARF2在根中的转录水平受到诱导,6 h时最高;在100mmol·L-1NaCl和200 mmol·L-1甘露醇处理下,根系中MhARF2转录水平均随胁迫时间的延长先上升后降低,这说明MhARF2可能参与调控平邑甜茶生长素信号转导以及渗透胁迫响应的过程。 展开更多
关键词 平邑甜茶 MhARF2 基因克隆 序列分析 表达分析
白木香JAZ1基因全长cDNA克隆及其在愈伤组织中的伤害诱导表达分析
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作者 廖永翠 章文春 +1 位作者 魏建和 黄磊 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期3162-3168,共7页
目的克隆国产沉香基原植物白木香Aquilaria sinensis茉莉酸(JA)信号途径核心抑制蛋白基因(jasmonate-zim-domain protein,JAZ),为深入研究其在沉香倍半萜合成途径中的功能奠定基础。方法以白木香总RNA为模板,采用RACE法和RT-PCR方法,克... 目的克隆国产沉香基原植物白木香Aquilaria sinensis茉莉酸(JA)信号途径核心抑制蛋白基因(jasmonate-zim-domain protein,JAZ),为深入研究其在沉香倍半萜合成途径中的功能奠定基础。方法以白木香总RNA为模板,采用RACE法和RT-PCR方法,克隆JAZ基因cDNA全长,并进行生物信息学的分析;采用实时荧光定量(qR T-PCR)方法分析经茉莉酸甲酯(MeJA)和机械伤害处理的白木香愈伤组织中JAZ基因的表达模式。结果获得白木香JAZ基因全长cDNA,命名为AsJAZ1,GenBank登录号为KP677281。序列分析表明,该基因的序列全长为1507 bp,包含一个990bp的开放阅读框,编码330个氨基酸,蛋白质相对分子质量为34280,等电点为6.89。qRT-PCR结果显示,经MeJA处理0.5h后AsJAZ1基因相对表达量最高,约是对照组(未经MeJA处理的白木香愈伤组织)的27倍,随后显著下降;经机械处理2h后AsJAZ1基因相对表达量最高,约是对照组(未经机械处理的白木香愈伤组织)的17倍,随后又快速降低,到24h基本恢复正常。结论获得AsJAZ1基因全长cDNA序列,该基因对伤害诱导极敏感,且能在伤害早期响应。 展开更多
关键词 白木香 AsJAZ1基因 cDNA快速末端扩增 序列分析 表达分析
茶树CsCIGR基因克隆及表达特性分析 预览
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作者 王爽 王永鑫 +3 位作者 王瑜 李辉 滕瑞敏 庄静 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期867-875,共9页
该研究以茶树基因组数据库为基础,采用RT-PCR技术,从茶树‘龙井43’中克隆得到基因CsCIGR。序列分析显示,CsCIGR基因开放阅读框长度为1677bp,编码588个氨基酸。进化分析表明,CsCIGR属于GRAS家族的PAT1亚家族。多序列比对显示,茶树CsCIG... 该研究以茶树基因组数据库为基础,采用RT-PCR技术,从茶树‘龙井43’中克隆得到基因CsCIGR。序列分析显示,CsCIGR基因开放阅读框长度为1677bp,编码588个氨基酸。进化分析表明,CsCIGR属于GRAS家族的PAT1亚家族。多序列比对显示,茶树CsCIGR蛋白与其他植物的GRAS蛋白氨基酸序列具有很高的相似性。氨基酸理化性质分析显示,CsCIGR转录因子属于亲水性蛋白。亚细胞定位预测显示,CsCIGR可能位于细胞核中。启动子预测分析发现,CsCIGR启动子区域包含胁迫响应元件(STRE)、干旱应答元件(MYC)、厌氧诱导元件(ARE)等多种与逆境响应相关的顺式作用元件。荧光定量PCR分析结果显示,CsCIGR基因在低温(4℃)、高温(38℃)、干旱(200g·L^-1PEG)、高盐(200mmol·L^-1NaCl)胁迫下均能诱导表达,且对高盐,低温和高温胁迫响应更为明显,推测CsCIGR基因在茶树响应逆境胁迫中发挥重要作用。该研究为茶树抗性育种筛选基因提供了重要理论依据。 展开更多
关键词 茶树 CsCIGR 进化分析 非生物胁迫 表达分析
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银杏bHLH家族转录因子生物信息学及表达分析 预览
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作者 冯磊 石元豹 +1 位作者 汪贵斌 曹福亮 《江苏农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第2期400-411,共12页
以银杏基因组数据为基础,对银杏bHLH转录因子进行筛选和分析,从银杏基因组中鉴定出72条bHLH转录因子。进一步分析发现,不同bHLH转录因子序列长度和分子量差异较大,而理论等电点及亲水性等比较接近;各家族成员均含有N端碱性氨基酸区和C... 以银杏基因组数据为基础,对银杏bHLH转录因子进行筛选和分析,从银杏基因组中鉴定出72条bHLH转录因子。进一步分析发现,不同bHLH转录因子序列长度和分子量差异较大,而理论等电点及亲水性等比较接近;各家族成员均含有N端碱性氨基酸区和C端的螺旋-环-螺旋区;该家族可分为17个亚家族,相同亚家族成员保守基序的类型十分相似。通过启动子分析发现,多数银杏bHLH基因启动子均含有光响应元件、激素响应元件和逆境胁迫响应元件等。表达分析结果显示,有7条银杏bHLH基因的表达具有组织特异性,有6条基因在各组织中表达水平都比较高,预测其在银杏生物学过程中具有十分重要的作用。 展开更多
关键词 银杏 bHLH转录因子 进化分析 表达分析
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高粱基因组DCL家族的系统进化与表达分析 预览
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作者 张腾 尹梦娇 +10 位作者 郭红媛 姜晓东 贾举庆 王艳胜 温贺 梁月秀 赵立松 赵威军 吕晋慧 李艳锋 张春来 《山西农业科学》 2019年第6期950-956,共7页
从高粱转录组数据筛选获得SbDCLs基因全长序列,并结合生物信息学方法在高粱的全基因组中鉴定出了6个SbDCLs基因,分布于SBI-01,SBI-03和SBI-06上。其中,SbDCL2a和SbDCL2b在SBI-01上串联重复排列,比较二者基因结构和蛋白质结构域推测SbDC... 从高粱转录组数据筛选获得SbDCLs基因全长序列,并结合生物信息学方法在高粱的全基因组中鉴定出了6个SbDCLs基因,分布于SBI-01,SBI-03和SBI-06上。其中,SbDCL2a和SbDCL2b在SBI-01上串联重复排列,比较二者基因结构和蛋白质结构域推测SbDCL2a很可能是由SbDCL2b小范围复制所致。SbDCLs蛋白质均为两性蛋白且没有信号肽,亚细胞定位均在细胞核上,二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主。通过对高粱、水稻、玉米、拟南芥、大豆、小麦、藜麦、甜菜、谷子的DCL蛋白质序列进行系统进化分析,结果表明,DCL存在4个分枝:DCL1,DCL2,DCL3和DCL4;DCL在进化上出现了单双子叶的分化;DCL蛋白编码基因进化具有纯化效应。对SbDCLs基因进行表达分析,结果显示,SbDCLs在高粱穗部、茎节中部、花梗和旗叶茎节表达都比较强烈;SbDCL2a,SbDCL1和SbDCL3a是高度表达基因,而且在生殖器官或组织中相对于营养器官具有更高的表达水平,说明SbDCLs基因对高粱营养生长和生殖发育具有调控作用。SbDCL2b在高粱的整个生育期表达水平均较低,但是在胚珠和花粉中拥有较高的表达水平,可能参与生殖发育调控。 展开更多
关键词 高粱 DCL基因 系统进化分析 表达分析
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白花丹参Cu/Zn SOD基因的克隆和表达分析
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作者 赵法兴 李艳玲 郝岗平 《中药材》 CAS 北大核心 2019年第3期519-523,共5页
目的:获取白花丹参Cu/Zn SOD基因的全长cDNA序列,并分析其序列特征和不同外源胁迫下的表达特征。方法:利用已有白花丹参cDNA全长文库,随机测序获得SmCu/Zn SOD全长序列。BLAST进行序列比对,Motif Scan软件分析氨基酸序列的功能区段,RT-... 目的:获取白花丹参Cu/Zn SOD基因的全长cDNA序列,并分析其序列特征和不同外源胁迫下的表达特征。方法:利用已有白花丹参cDNA全长文库,随机测序获得SmCu/Zn SOD全长序列。BLAST进行序列比对,Motif Scan软件分析氨基酸序列的功能区段,RT-PCR技术分析基因表达特征。结果:获得ORF为459 bp的SmCu/Zn SOD全长cDNA序列,编码氨基酸152个,氨基酸序列分析发现其具有典型的Cu/Zn SOD PROSITE pattern,RT-PCR分析其在叶片中表达量最高。水分亏缺、盐胁迫、低温和ABA处理均能较强的诱导该基因的表达。结论:本研究首次获得白花丹参Cu/Zn SOD全长基因序列,该基因可能参与对干旱、盐碱和低温等非生物胁迫的抵抗。 展开更多
关键词 白花丹参 SmCu/Zn SOD基因 序列分析 表达分析
葡萄全基因组WRKY转录因子鉴定和分析 预览
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作者 苏玲 王鹏飞 +3 位作者 杨阳 任凤山 王咏梅 陈万钧 《黑龙江农业科学》 2019年第1期13-22,共10页
为鉴定和分析葡萄全基因组中WRKY家族转录因子基因,利用生物信息学的方法,分析葡萄全基因组WRKY转录因子类型、进化分析、染色体定位、基因结构、保守元件和基因表达模式。结果表明:葡萄全基因组中有56个WRKY转录因子。序列比对和系谱... 为鉴定和分析葡萄全基因组中WRKY家族转录因子基因,利用生物信息学的方法,分析葡萄全基因组WRKY转录因子类型、进化分析、染色体定位、基因结构、保守元件和基因表达模式。结果表明:葡萄全基因组中有56个WRKY转录因子。序列比对和系谱进化表明,分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ三个组,Ⅱ组分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e五个亚组。染色体定位表明,存在串联复制和分布不均现象,但是在3号染色体上无该家族基因定位。结构域和保守元件分析都说明葡萄WRKY(VvWRKY)家族的WRKY结构域是高度保守的。葡萄叶片中基因表达模式分析表明,VvWRKY家族的部分基因参与非生物胁迫。 展开更多
关键词 葡萄 WRKY 转录因子 进化分析 表达分析
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水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因的克隆与表达特性分析 预览
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作者 朱胜琪 徐德宝 +4 位作者 王永鑫 冯凯 刘洁霞 仇亮 熊爱生 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期51-58,共8页
[目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量... [目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量PCR技术研究该基因在水芹不同组织以及不同贮藏条件下的表达。[结果]序列分析结果表明:OjCCoAOMT基因包含1个长度为726bp的开放阅读框(ORF),编码241个氨基酸,蛋白相对分子质量为27.111×10^3,理论等电点为5.38。OjCCoAOMT蛋白属于疏水性蛋白,无序化比例为12.45%,空间结构主要由8个α-螺旋和7个β-折叠组成。多重比对与系统树分析结果表明:OjCCoAOMT蛋白与同科植物欧芹的进化关系最近。实时荧光定量PCR显示,在‘八卦洲水芹’和‘南选八卦洲紫水芹’的叶片及叶柄中OjCCoAOMT基因的表达量差异显著。在室温(25℃)、低温(4℃)和室温黑暗(25℃)3种贮藏条件下OjCCoAOMT基因表达量差异较大,低温(4℃)下表达量最高。2个品种的基因表达量也具有显著差异。[结论]OjCCoAOMT蛋白有较高的保守性。OjCCoAOMT基因在水芹中的表达具有明显的组织特异性和材料差异性,同时在低温(4℃)条件下表达量最高。 展开更多
关键词 水芹 OjCCoAOMT基因 序列分析 多重比对 表达分析
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13个苹果NAC转录因子基因的克隆与表达分析
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作者 李慧峰 董庆龙 +1 位作者 赵强 冉昆 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1041-1051,共11页
利用同源比对和RT-PCR技术,从紫弘富士苹果(Malus domestica (Suckow)Borkh.‘Zihong Fuji’)中克隆了13个NAC转录因子基因:MdNAC40~45,MdNAC47~53(GenBank登录号为MG099877~MG099882,MG099884~MG099890)。序列分析表明,其开放阅读框(OR... 利用同源比对和RT-PCR技术,从紫弘富士苹果(Malus domestica (Suckow)Borkh.‘Zihong Fuji’)中克隆了13个NAC转录因子基因:MdNAC40~45,MdNAC47~53(GenBank登录号为MG099877~MG099882,MG099884~MG099890)。序列分析表明,其开放阅读框(ORF,open reading frame)分别为1470 bp、1065 bp、912 bp、885 bp、948 bp、1041 bp、1182 bp、639 bp、705 bp、1830 bp、1980 bp、747 bp和1137 bp。进化分析表明,MdNAC41属于AtNAC3组,MdNAC40、MdNAC42~43和MdNAC45~53属于NAM组,MdNAC44属于VND组。亚细胞定位预测结果显示,MdNAC40~45、MdNAC47~50和MdNAC52~53可能定位于细胞核中;MdNAC51可能定位在细胞质或细胞核中。Array结果显示,13个MdNAC基因在16个被检测组织中均有不同程度的相对表达水平。RNA-seq结果显示,MdNAC43、MdNAC45、MdNAC47、MdNAC49和MdNAC51的表达明显受斑点落叶病菌(AAAP,Alternaria alternata apple pathotype)侵染的诱导。实时荧光定量PCR分析表明,在150 mmol/L NaCl处理下,嘎啦组培苗中MdNAC45、MdNAC47和MdNAC52的转录水平受到诱导,而MdNAC40、MdNAC48和MdNAC51的转录水平下调;在300 mmol/L甘露醇处理下,MdNAC50转录水平受到诱导,MdNAC41转录水平下调。这表明MdNAC基因多呈组成型表达,并受斑点落叶病菌(AAAP)、NaCl和甘露醇诱导或下调,可能参与调控苹果生长发育和逆境胁迫等过程。 展开更多
关键词 苹果 NAC转录因子 基因克隆 序列分析 表达分析
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