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河南省小黄黝鱼群体遗传多样性 预览 认领
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作者 汪曦 曾会玲 +7 位作者 孟晓林 王先锋 宋东蓥 张建新 顾钱洪 汤永涛 周传江 聂国兴 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期96-105,共10页
小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江... 小黄黝鱼[Micropercops swinhonis (Günther, 1873)]是中国特有的一种小型淡水虾虎鱼类,广泛分布于长江及以北各水系,其中在河南省各水系均有分布。为评估河南省小黄黝鱼种质资源现状及其遗传多样性,本研究对河南省境内黄河、长江、淮河和海河4个水系77尾小黄黝鱼样品进行线粒体COI基因的扩增。结果显示,河南省小黄黝鱼的平均单倍型多样性(Hd)为0.89088,平均核苷酸多样性(π)为0.00361,其中淮河水系华行村种群(HXC)核苷酸多样性最高(π=0.00433),黄河水系马颊河种群(MJH)核苷酸多样性最低(π=0.00078);系统发育树和单倍型网络图结果均显示小黄黝鱼并未按照水系形成明显的地理遗传支系;根据4个水系进行分组, AMOVA分析显示仅16.00%的变异来自于水系间,而78.43%遗传变异来自各群体内部;同样地,未预先设定分组情况的SAMOVA分析也得到了相似的结果,不支持小黄黝鱼具有明显的地理遗传结构的假设;种群历史动态分析显示,河南省小黄黝鱼种群呈逐步增长趋势;Fu’s FS中性检验与错配分析表明,河南小黄黝鱼种群可能经历过近期群体扩张事件,且该过程可能与气候变为暖湿型有关。 展开更多
关键词 河南省 小黄黝鱼 COI基因 遗传多样性 群体遗传结构
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基于线粒体DNA控制区序列的短棘鲾群体遗传学 预览 认领
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作者 高天翔 高兵兵 +2 位作者 李忠炉 单斌斌 宋娜 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第5期715-722,共8页
物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个... 物种的遗传结构对推断群体历史动态如有效群体大小、地理分布变迁、基因流、遗传分化等具有重要意义。本实验采用线粒体DNA控制区高变区序列对采自我国海南和台湾的3个短棘鲾群体进行了遗传学比较研究。结果显示,92尾个体共检测到32个单倍型,其中共享单倍型7个;单倍型多样性指数的范围为0.61±0.12~0.86±0.05;核苷酸多样性指数的范围为0.0033±0.0024~0.0053±0.0034;32个单倍型构建的邻接关系树和最小跨度树均可分为2个单倍型类群,单倍型类群A共有22个单倍型,全部由海南文昌和三亚新村群体构成,单倍型类群B共有10个单倍型,除Hap13外,其余全部由台湾新竹群体构成;台湾新竹群体与海南2个群体之间存在显著差异,但海南文昌群体和三亚新村群体之间无显著差异;中性检验与核苷酸不配对分布分析的结果均显示,短棘鲾2个单倍型类群可能发生了群体扩张事件,扩张时间分别为52500~105000和67600~135200年前。 展开更多
关键词 短棘鲾 控制区 遗传多样性 群体遗传结构 隔离
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基于SNP芯片分析青峪猪保种群体的遗传结构 预览 认领
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作者 刘彬 沈林園 +5 位作者 陈映 李强 廖坤 郭芝忺 张顺华 朱砺 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第2期260-269,共10页
为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行... 为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.2604±0.0252),26头种公猪的遗传距离为(0.2633±0.0237)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity,ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 展开更多
关键词 SNP芯片 青峪猪 群体遗传结构
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水稻遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析 预览 认领
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作者 王复标 石军 +3 位作者 郑卓 司二杰 黄廷友 孙惠敏 《四川大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期976-982,共7页
分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和... 分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62~0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378~0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记. 展开更多
关键词 SSR 遗传多样性 群体遗传结构 关联分析
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基于CR及Cytb基因序列的大泷六线鱼野生群体遗传多样性分析 预览 认领
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作者 赵文溪 刘莹 +5 位作者 于超勇 王丽娟 宋爱环 刘洪军 张树东 官曙光 《广西科学院学报》 2019年第4期308-318,共11页
为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野... 为进一步了解山东省内大泷六线鱼(Hexagrammos otakii)群体遗传背景和分化情况,合理保护与开发利用渔业资源,选取线粒体控制区(CR)和细胞色素b基因(Cytb)对分布于山东省近海沿岸的3个大泷六线鱼野生群体以及北黄海1个离岸大泷六线鱼野生群体的线粒体基因序列进行对比,分析它们的序列特征、遗传多样性和种群历史动态情况。经PCR扩增得到大泷六线鱼野生群体的CR和Cytb基因序列,全长分别为485bp和651bp。基于CR基因序列共检测到40个多态位点,单倍型多样性平均值为0.908,核苷酸多样性平均值为0.006,定义了53种单倍型。基于Cytb基因序列检测到56个多态位点,转换颠换比值为19.04,种内单倍型多样性平均值为0.934,核苷酸多样性平均值为0.005,定义了38种单倍型。对比分析表明,4个大泷六线鱼野生群体均具有高单倍型多样性和低核苷酸多样性。NJ系统进化树、群体间/内平均遗传距离、Fst值、基因流及AMOVA分析结果显示:山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传差异不显著,群体间存在频繁的基因交流,未形成显著的遗传分化。种群动态结果表明大泷六线鱼于更新世晚期经历了快速扩张,并形成了现有遗传格局。山东省内近海沿岸大泷六线鱼野生群体和北黄海离岸野生群体遗传结构之间不存在显著的地理隔离,这可能与人为增殖放流和秋冬季节黄海沿岸流及暖流有关,从而使得群体之间基因交流广泛。 展开更多
关键词 大泷六线鱼 线粒体DNA 遗传多样性 线粒体基因控制区 细胞色素B基因 群体遗传结构
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糯玉米自交系SSR标记遗传多样性及群体遗传结构分析 预览 认领 被引量:2
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作者 卢媛 艾为大 +5 位作者 韩晴 王义发 李宏杨 瞿玉玑 施标 沈雪芳 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期214-224,共11页
为了解糯玉米种质的遗传基础,利用29对SSR标记对87份糯玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测出180个等位变异,平均每个位点6个等位变异,多态性信息含量变幅为0.308~0.915,平均为0.572。材料间遗传相似系数为0.49~0.93,平均为0.66。通过... 为了解糯玉米种质的遗传基础,利用29对SSR标记对87份糯玉米自交系进行遗传多样性分析,共检测出180个等位变异,平均每个位点6个等位变异,多态性信息含量变幅为0.308~0.915,平均为0.572。材料间遗传相似系数为0.49~0.93,平均为0.66。通过聚类分析UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)方法在遗传相似系数0.64处将87份糯玉米自交系划分为4个类群,分别包含9、66、10和2份材料。此外,利用Structure群体遗传结构分析也将87份糯玉米自交系分为4个类群,分别包含24、25、19和19份材料;进一步分析表明,供试群体中大部分糯玉米自交系的遗传变异较单一。本研究为糯玉米新品种选育和遗传进化分析提供了种质基础和理论依据。 展开更多
关键词 糯玉米 遗传多样性 群体遗传结构
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南沙群岛密斑马面鲀群体遗传多样性分析 预览 认领
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作者 高天翔 王志杨 +1 位作者 宋娜 宋林 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期159-165,共7页
密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,8... 密斑马面鲀Thamnaconustessellatus是在我国南海海域较为常见的一种马面鲀属鱼类。本研究基于线粒体DNA控制区序列对南沙群岛密斑马面鲀3个群体的遗传结构及其遗传多样性进行了分析。研究结果显示,密斑马面鲀的控制区序列变异程度较大,86尾个体序列的变异位点数为38个,共定义了28个单倍型;3个密斑马面鲀群体的单倍型多样度和核苷酸多样度均较高,且相差不大;密斑马面鲀群体间未检测到显著的群体遗传结构,分子方差分析表明,99.67%的遗传差异来自于群体内,群体间遗传差异仅为0.33%。贝叶斯树和最大似然树均显示出密斑马面鲀单倍型间松散的分布,未检测到显著的谱系结构。群体历史动态分析结果表明密斑马面鲀的群体经历了更新世的群体扩张事件。 展开更多
关键词 密斑马面鲀 南沙群岛 控制区 遗传多样性 群体遗传结构
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广西地方鸡品种群体遗传结构及其遗传关系分析 认领
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作者 杨秀荣 蒋和生 +8 位作者 徐文文 贾银海 杨祝良 孙甜甜 曾令湖 邹乐勤 肖聪 王娟 邓继贤 《中国家禽》 北大核心 2019年第3期6-9,共4页
为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种... 为探讨广西地方鸡品种遗传关系及群体遗传结构,利用21对荧光标记微卫星引物对广西三黄鸡(SH)、霞烟鸡(XY)、广西麻鸡(GXM)、南丹瑶鸡(NDY)、龙胜凤鸡(LSF)、灵山香鸡(LSX)、凌云乌鸡(LYW)、东兰乌鸡(DLW)和六画山鸡(LHS)等广西地方品种的平均等位基因数(NA)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态信息含量(PIC)、品种的杂交情况和群体间的遗传距离进行分析,构建了基于NJ和UPGMA的进化树。结果显示:广西9个地方品种的平均等位基因数为5.26~8.86;观察杂合度最高的是XY,而期望杂合度最高的是GXM;多态信息含量最高的是GXM,最低的是LHS。除了LHS的PIC小于0.5外,其它品种均高于0.5;品种归属分析显示,NDY、LSF、LSX和LHS 4个品种的归属比率都为100%;XY、GXM、LYW和SH。9个品种中SH、XY、LSX和DLW处于Hardy-Weinberg不平衡。群体进化树分析显示,龙胜凤鸡和六画山鸡是一个相对独立的类群,其余7个品种聚为一个较为复杂的大类群。结果表明,广西大部分地方鸡品种的保种效果较理想,保种方案可行,广西地方品种形成与品种所处的地理环境可能存在某种联系。 展开更多
关键词 广西 地方鸡品种 群体遗传结构 微卫星分子标记 遗传多样性
海南橡胶树白粉菌的群体遗传结构研究 预览 认领
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作者 曹学仁 车海彦 罗大全 《植物保护》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期121-124,共4页
白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)... 白粉病是海南橡胶树上发生最严重的叶部病害,为了明确海南橡胶树白粉菌群体的遗传结构,本研究对海南7个市(县)的橡胶树白粉菌的ITS序列进行分析。结果表明,95个病菌样品可推导出5种单倍型,其中单倍型H1包含样品数为88个,且在7个市(县)均有分布;三亚种群的单倍型多样性和核苷酸多样性最高。总体和各地理群体的中性检验结果显示,群体扩张遵循中性进化,群体大小保持相对稳定。遗传分化指数(Fst)表明三亚种群与白沙、儋州、海口和琼中等四市(县)种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的89.66%。因此海南橡胶树白粉菌菌株间虽存在一定的遗传分化,但整体遗传多样性偏低。 展开更多
关键词 橡胶树白粉病 橡胶树粉孢 ITS序列 群体遗传结构
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中国不同地区群体遗传结构差异及调整策略研究 认领
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作者 朱猛 吕筠 +9 位作者 余灿清 靳光付 郭彧 卞铮 Robin Walters Iona Millwood 陈铮鸣 沈洪兵 胡志斌 李立明 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期20-25,共6页
目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘... 目的描述中国不同地区群体遗传结构特征,探索并评价不同分析方案控制队列样本群体遗传结构混杂因素的效果。方法通过中国慢性病前瞻性研究(CKB)队列10个地区4500例样本的全基因组关联研究数据,通过主成分分析提取样本第一、二主成分,绘制主成分二维图,并与样本地区来源相比较,分析我国不同地区样本的遗传结构特征。以CKB队列数据为基础,生成存在遗传结构差异、亲缘关系等队列样本特征的模拟数据集,探索并评价不同分析策略对膨胀因子(λ)的控制效果。结果我国不同地区人群存在显著的群体遗传结构差异,人群遗传结构主成分分布与项目地区的地理分布基本一致,第一主成分对应不同地区的纬度,第二主成分对应不同地区的经度。生成的模拟数据集,直接进行关联分析假阳性率较高(λ=1.16),即使调整遗传结构主成分或根据地区进行亚组分析仍无法有效控制λ(λ>1.05);使用混合线性模型引入亲属关系矩阵作为随机效应量后,无论是否进一步调整遗传结构主成分,λ均得到有效控制(λ=0.99).结论我国不同地区人群遗传结构存在较大差异,在分子流行病学研究中需要谨慎处理群体遗传结构造成的研究偏倚;针对大队列数据遗传结构复杂、亲缘关系广泛等特征,需要使用混合线性模型进行关联分析。 展开更多
关键词 分子流行病学 群体遗传结构 地区差异 混合线性模型
广东省现有5个地方猪种基于SNP芯片的遗传多样性分析 预览 认领
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作者 黄树文 张哲 +3 位作者 陈赞谋 袁晓龙 李加琪 张豪 《中国畜牧杂志》 北大核心 2018年第6期33-37,共5页
本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗... 本研究以广东省现有的5个地方猪品种为对象,利用SNP芯片进行SNP分型,对比欧洲野猪、亚洲野猪以及4个西方商业猪种,对广东省现有地方猪品种的遗传多样性、遗传距离以及群体结构进行分析。结果表明:两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性低于西方商业猪种以及粤东黑猪和梅花猪;广东省地方猪与亚洲野猪遗传距离较近,与西方猪种遗传距离较远;作为大花白猪一个类群的梅花猪与大花白猪遗传距离较远,主成分分析以及Structure分析表明梅花猪与大花白猪遗传差异较大,梅花猪具有独特的遗传结构并存在西方猪血液的渗入;粤东黑猪与西方猪种遗传距离较近,粤东黑猪也存在西方猪种血液的渗入。综上所述,两广小耳花猪、大花白猪和蓝塘猪的遗传多样性较低,梅花猪和粤东黑猪存在西方猪种血液的渗入。 展开更多
关键词 地方猪 SNP芯片 遗传多样性 遗传距离 群体遗传结构
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丹霞梧桐群体遗传结构及其遗传分化 认领
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作者 武星彤 陈璐 +5 位作者 王敏求 张原 林雪莹 李鑫玉 周宏 文亚峰 《生物多样性》 CSCD 北大核心 2018年第11期1168-1179,共12页
丹霞梧桐(Firmiana danxiaensis)是分布于我国韶关地区北部丹霞地貌的特有物种, 其分布范围狭窄, 种群数量小。本文利用EST-SSR分子标记位点, 分析丹霞梧桐群体(丹霞山组群和南雄组群)的遗传多样性和遗传结构, 研究群体的分化历史, 探... 丹霞梧桐(Firmiana danxiaensis)是分布于我国韶关地区北部丹霞地貌的特有物种, 其分布范围狭窄, 种群数量小。本文利用EST-SSR分子标记位点, 分析丹霞梧桐群体(丹霞山组群和南雄组群)的遗传多样性和遗传结构, 研究群体的分化历史, 探讨该物种的可能分布和科学保护策略。结果表明: 丹霞梧桐总的遗传多样性中等(Ht = 0.631), 群体内遗传多样性较高(Hs = 0.546), 遗传变异主要存在于群体内(79.66%), 但不同地理组群间存在显著的遗传分化(FST = 0.150)。长期地理隔离和现代人为干扰是形成丹霞梧桐当前遗传变异模式的主要原因。STRUCTURE分析可将研究群体划分为清晰的两个基因库(gene pool), 其遗传结构与系统发育地理格局之间有密切关系。丹霞梧桐不同地理群体经历了独立的进化路线, 但丹霞山群体的杂合性高, 遗传背景更为复杂。近似贝叶斯运算法(Approximate Bayesian Computation, ABC)分析表明, 丹霞山和南雄地理群体在10万年前由同一个祖先群体分化而来, 分化时有效群体大小分别为7,290和5,550。结合丹霞梧桐的遗传变异和生态位信息, 可推测丹霞梧桐曾广泛分布于南岭地区, 受第四纪第三次亚冰期的影响, 南岭北部的丹霞梧桐群体因气候剧烈变化而灭绝, 仅在南岭南部适宜的环境中得以保存并繁衍至今, 丹霞山和南雄是丹霞梧桐最主要的两个冰期避难所。在全面掌握丹霞梧桐的自然分布, 开展就地保护的基础上, 通过建立种质资源圃、人工种苗扩繁、自然回归试验等措施, 对于该物种的异地保护、种群恢复和开发利用具有重要意义。 展开更多
关键词 群体遗传结构 遗传分化 遗传多样性 近似贝叶斯算法 微卫星标记 丹霞梧桐
河南境内四水系宽鳍鱲野生群体的遗传多样性 预览 认领
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作者 刘慧芬 张超 +8 位作者 王静 顾钱洪 周传江 孟晓林 张建新 宋东蓥 李学军 孔祥会 聂国兴 《中国水产科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期269-277,共9页
为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体COI基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性... 为准确掌握河南野生宽鳍鱲(Zacco platypus)群体遗传结构,本研究利用线粒体COI基因检测了海河、黄河、淮河和长江水系宽鳍鱲群体的遗传多样性和种群分化情况。110个样品共检测出40个单倍型,平均单倍型多样性为0.92077,平均核苷酸多样性为0.02439。AMOVA分析显示,大多数遗传变异存在于宽鳍鱲群体间(60.59%),群体内的遗传变异为37.67%。系统发育树结果表明,长江水系宽鳍鱲群体遗传分化较大,一部分群体单独聚为一支,另外一部分群体与海河、黄河、淮河水系宽鳍鱲聚在一起,没有显示出明显的南北分化格局。种群历史动态结果推测宽鳍鱲群体经历过瓶颈效应,且该过程可能与第四纪中更新世气候波动有关。建议对河南境内的宽鳍鱲种群,特别是遗传多样性低的种群(海河水系)进行保护。 展开更多
关键词 宽鳍鱲 COI 遗传多样性 群体遗传结构
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基于线粒体Cyt b和COⅠ基因序列的华南鲤群体遗传结构分析 预览 认领
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作者 王桢璐 姚东林 +3 位作者 谢少林 范兰芬 邹记兴 周爱国 《江苏农业科学》 2018年第18期179-183,共5页
运用线粒体Cyt b和COⅠ基因序列测定技术,分析华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus Lacepede)3个种群的群体遗传结构及其变异。结果表明,海南鲤、珠江鲤、榕江鲤平均遗传距离分别为0.003 1(Cyt b)、0.003 0(COⅠ);52尾个体分别检测出13(... 运用线粒体Cyt b和COⅠ基因序列测定技术,分析华南鲤(Cyprinus carpio rubrofuscus Lacepede)3个种群的群体遗传结构及其变异。结果表明,海南鲤、珠江鲤、榕江鲤平均遗传距离分别为0.003 1(Cyt b)、0.003 0(COⅠ);52尾个体分别检测出13(Cyt b)、12(COⅠ)个单倍型,总群体单倍型多样性(Hd)分别为0.874(Cyt b)、0.770(COⅠ),核苷酸多样性指数(π)分别为0.004 15(Cyt b)和0.003 38(COⅠ),平均核苷酸差异数(K)分别为3.027(Cyt b)和1.835(COⅠ)。构建NJ系统进化树发现,各种群间未形成明显的谱系结构,未发现明显的地理结构。海南鲤与珠江鲤、榕江鲤的分化约在2.50万、2.65万年前,而珠江鲤和榕江鲤之间的的分化年代约在1.50万年前。珠江鲤和榕江鲤的遗传分化指数差异不显著,2个种群间的交流更加频繁。 展开更多
关键词 华南鲤 CYT B基因 COⅠ基因 群体遗传结构 遗传距离 多样性指数 分化年代
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基于线粒体COI基因分析钩手水母的群体遗传结构 认领
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作者 刘青青 董志军 《生物多样性》 CSCD 北大核心 2018年第11期1204-1211,共8页
钩手水母(Gonionemus vertens)为大西洋和太平洋广布种, 是我国习见的有毒水母种类之一。本文对采自黄渤海海域4个地理群体的104个钩手水母线粒体COI基因序列进行扩增, 并结合GenBank上其他182个钩手水母同源序列进行序列变异分析。在28... 钩手水母(Gonionemus vertens)为大西洋和太平洋广布种, 是我国习见的有毒水母种类之一。本文对采自黄渤海海域4个地理群体的104个钩手水母线粒体COI基因序列进行扩增, 并结合GenBank上其他182个钩手水母同源序列进行序列变异分析。在286个基因序列中共检测出52个多态位点, 定义了14种单倍型。总群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.743 ± 0.012和1.046% ± 0.097%, 与其他几种大型水母相比, 钩手水母总群体的遗传多样性处于较高水平。AMOVA结果显示, 60.17%的分子变异源于群组间, 13.37%的分子变异源于群体内, 26.46%的分子变异源于组内群体间, 群组间、群体内和组内群体间的遗传分化均极显著。Fst值统计检验表明, 中国厦门群体与乐亭、东营、烟台、大连群体间存在显著的遗传分化, 大连与东营、烟台群体间也存在显著的遗传分化。系统分析结果显示, 钩手水母群体间存在2个明显的单倍型谱系分支。不同的钩手水母地理群体间具有复杂的遗传模式, 钩手水母复杂的生活史、扩散能力、地理隔离和海流分布可能是影响钩手水母遗传结构的重要因素。 展开更多
关键词 钩手水母 线粒体COI DNA条形码 群体遗传结构 遗传分化
海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体遗传结构分析 预览 认领
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作者 曹学仁 车海彦 罗大全 《植物保护》 CSCD 北大核心 2018年第4期70-73,86共5页
暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍... 暹罗刺盘孢菌Colletotrichum siamense是引起海南橡胶树炭疽病的重要病原之一,为了明确海南橡胶树暹罗刺盘孢菌群体的遗传结构,本研究对海南5个市(县)的橡胶树暹罗刺盘孢菌的ITS序列进行分析。结果表明,58个病菌样品可推导出11种单倍型,其中单倍型H11包含样品数最多且在5个市(县)均有分布,其次为单倍型H4,在4个市(县)有分布。遗传分化指数(Fst)表明保亭种群与其他种群的遗传分化较大。AMOVA分析显示,遗传变异主要发生在种群内,占总变异的93.9%。对所有地理种群病原菌ITS序列的核苷酸不配对进行分析,表明病菌未经历过大规模的种群扩张。系统发育分析表明,来自相同地区的病菌单倍型并没有聚在一起。研究结果表明海南橡胶树暹罗刺盘孢菌种群具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 橡胶树炭疽病 暹罗刺盘孢菌 ITS序列 群体遗传结构
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南繁区稻瘟病菌遗传多样性和群体遗传结构的AFLP分析 预览 认领 被引量:1
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作者 朱名海 皮磊 +1 位作者 舒灿伟 周而勋 《中国水稻科学》 CSCD 北大核心 2017年第3期320-326,共7页
【目的】为了明确南繁区稻瘟病菌(Magnaportheoryzae)的遗传分化情况,【方法】采用AFLP分子标记技术对南繁核心区(三亚、乐东和保亭)和非核心区(琼中、屯昌和定安)共60个稻瘟病菌菌株的遗传多样性和群体遗传结构进行了比较分析。【结... 【目的】为了明确南繁区稻瘟病菌(Magnaportheoryzae)的遗传分化情况,【方法】采用AFLP分子标记技术对南繁核心区(三亚、乐东和保亭)和非核心区(琼中、屯昌和定安)共60个稻瘟病菌菌株的遗传多样性和群体遗传结构进行了比较分析。【结果】聚类分析表明,几乎所有菌株都聚在同一个谱系里,并且该谱系没有明显的亚群;群体遗传结构分析表明,核心区群体的多态性位点百分率、Shannon信息指数和基因流分别为87.89%、0.2738和4.2897,高于非核心区群体的81.37%、0.2703和3.5892;然而,核心区群体的Nei基因多样性指数和基因分化系数分别为0.1657和0.1044,低于非核心区群体的0.1662和0.1223。【结论】这些结果表明核心区和非核心区菌株都存在丰富的遗传多样性,不同群体间均存在较多的基因交流,但遗传变异均主要来自群体内;相比之下,核心区菌株的遗传多样性和遗传分化程度较高。 展开更多
关键词 南繁区 稻瘟病菌 遗传多样性 群体遗传结构 AFLP
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巴马小型猪和贵州小型猪封闭群的遗传结构分析 认领 被引量:4
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作者 王思珍 郭闯 +4 位作者 郭猛 贺宽军 曹颖霞 杜小燕 陈振文 《中国兽医学报》 CSCD 北大核心 2017年第7期1389-1393,共5页
巴马小型猪(Bama,BM)和贵州小型猪(Guizhou,GZ)是我国自行培育的2个重要的小型猪封闭群,但长期以来对其群体遗传结构状况并不十分清楚。本试验应用本实验室筛选的32个微卫星位点组合对这2个小型猪封闭群进行了遗传结构分析。结果显... 巴马小型猪(Bama,BM)和贵州小型猪(Guizhou,GZ)是我国自行培育的2个重要的小型猪封闭群,但长期以来对其群体遗传结构状况并不十分清楚。本试验应用本实验室筛选的32个微卫星位点组合对这2个小型猪封闭群进行了遗传结构分析。结果显示:BM封闭群的平均观察等位基因数和有效等位基因数分别是5.750 0和2.572 7,GZ封闭群的相应参数为6.187 5和3.783 7;2个猪群的平均杂合度分别是0.542 8(BM)和0.697 8(GZ),多态信息含量分别是0.546 9(BM)和0.729 6(GZ)。结果表明:GZ猪群的遗传变异程度略高于BM猪群,但它们都是比较好的封闭群群体,符合封闭群小型猪的遗传要求。 展开更多
关键词 巴马小型猪 贵州小型猪 遗传多样性 微卫星DNA 群体遗传结构
中国香菇主栽品种遗传多样性的SSR分析及指纹图谱构建 认领 被引量:4
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作者 董慧 章炉军 +5 位作者 张美彦 姜宁 于海龙 宋春艳 尚晓冬 谭琦 《微生物学通报》 CSCD 北大核心 2017年第6期1427-1436,共10页
【目的】香菇(Lentinulaedodes)是世界第二大食用菌,研究我国现有栽培种群体的遗传多样性和遗传构成以及准确鉴定品种是新品种开发和产业健康发展的基础。【方法】采用多态性的SSR(Simple sequence repeat)分子标记对中国历年来使... 【目的】香菇(Lentinulaedodes)是世界第二大食用菌,研究我国现有栽培种群体的遗传多样性和遗传构成以及准确鉴定品种是新品种开发和产业健康发展的基础。【方法】采用多态性的SSR(Simple sequence repeat)分子标记对中国历年来使用主栽品种进行遗传多样性及群体结构分析,比较其谱系来源,解析中国主栽品种的群体多样性构成,并构建指纹图谱用于品种鉴定。【结果】24对多态性SSR引物对51份香菇菌株都具有多态性。聚类分析在相似系数0.69处可将栽培种群体分为4个类群,野生种驯化或参与杂交获得的菌株位于类群Ⅲ和Ⅳ,其他菌株位于另外两个类群Ⅰ和Ⅱ。群体结构分析可将栽培群体分为6个遗传构成,显示L808、L135等代表性菌株在各自的构成中参与了其他菌株的选育过程,解释了以其为亲本的部分品种的谱系来源。依据筛选出的9对条带清晰的SSR引物组合构建了多位点SSR指纹图谱,可对45个香菇商业菌种进行辨识。【结论】我国香菇主栽品种亲缘关系较近,育种多围绕L808、L135、9015等核心代表性品种进行,本研究可为选育具有自主知识产权、适应不同栽培模式的新品种提供依据;指纹图谱的构建也能为香菇品种的准确鉴定提供保证。 展开更多
关键词 微卫星序列 群体遗传结构 品种谱系
贵州小麦条锈菌群体遗传结构分析 预览 认领
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作者 袁文娅 孙振宇 +5 位作者 梁丹 时晓伟 陈静 张梅茹 马占鸿 刘秀峰 《山东农业科学》 2017年第6期95-100,共6页
为了解贵州省小麦条锈菌群体的遗传多样性,本研究采用扩增片段长度多态性标记(AFLP)对其进行研究。结果显示:贵州省6个县市分离到的128个小麦条锈菌单孢子堆分离物中共获得32个AFLP基因型,没有检测到频率占绝对优势的AFLP基因型,其中... 为了解贵州省小麦条锈菌群体的遗传多样性,本研究采用扩增片段长度多态性标记(AFLP)对其进行研究。结果显示:贵州省6个县市分离到的128个小麦条锈菌单孢子堆分离物中共获得32个AFLP基因型,没有检测到频率占绝对优势的AFLP基因型,其中1个AFLP基因型(zy6)频率(0.195)较高,AFLP基因型频率介于0.050~0.100的有3个,其余28个AFLP基因型的频率均低于0.050。香农系数及Φpt方法均显示亚群体间遗传差异不明显;Mantel test显示小麦条锈菌贵州群体遗传差异程度与地理距离无关;最大简约树步长评估结果显示小麦条锈菌贵州群体自由重组的可能性较低。表明,贵州省小麦条锈菌群体具有丰富的遗传多样性。 展开更多
关键词 小麦条锈菌 群体遗传结构 AFLP标记
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