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蛋白质结构域划分方法及在线服务综述 预览
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作者 王燕 石强 薛志东 《广州大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第1期20-29,共10页
蛋白质结构域是研究蛋白质结构、功能与进化的基本单位,不同的结构域可组合出更为复杂的蛋白质分子.划分蛋白质结构域后,可以从结构域的角度研究蛋白质的结构、功能与进化,降低了研究复杂度.根据已知结构的蛋白质统计,有约40%的为多结... 蛋白质结构域是研究蛋白质结构、功能与进化的基本单位,不同的结构域可组合出更为复杂的蛋白质分子.划分蛋白质结构域后,可以从结构域的角度研究蛋白质的结构、功能与进化,降低了研究复杂度.根据已知结构的蛋白质统计,有约40%的为多结构域蛋白质,其中还存在一级结构上不临近的氨基酸序列出现在同一个结构域的情况,即不连续结构域.文章给出了当前国内外有关蛋白质结构域边界预测、不连续结构域检测及结构域数据库与在线服务的研究进展,供相关研究者参考. 展开更多
关键词 蛋白质 结构域 不连续结构域 预测 在线服务
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人Autotaxin基因3个蛋白亚型的生物信息学比较分析 预览
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作者 曹睿 潘薇薇 +1 位作者 赵邑 谢海军 《生物学通报》 2019年第4期61-64,F0004共5页
同一基因编码产生的不同蛋白质亚型通常发挥着不同的生物学功能,利用公共数据库及各类预测软件,对Autotaxin基因编码产生的3个蛋白亚型ATX-α、ATX-β、ATX-γ进行生物信息学分析,从蛋白质的序列、二级结构、理化性质、亲疏水性、结构... 同一基因编码产生的不同蛋白质亚型通常发挥着不同的生物学功能,利用公共数据库及各类预测软件,对Autotaxin基因编码产生的3个蛋白亚型ATX-α、ATX-β、ATX-γ进行生物信息学分析,从蛋白质的序列、二级结构、理化性质、亲疏水性、结构域、跨膜区域等方面进行比较,结果发现三者在各个方面有很大的相似性,除了跨膜区域外,三者各个方面均存在差异,这些差异可能导致3个蛋白亚型在功能上的不同。 展开更多
关键词 ATX-α ATX-β ATX-γ 蛋白质亚型 二级结构 理化性质 亲疏水性 结构域 跨膜区
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水稻三结构域多铜氧化酶基因家族生物信息学分析
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作者 王有成 谭炎宁 +4 位作者 张超 殷小林 何强 肖应辉 邓华凤 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1385-1392,共8页
三结构域多铜氧化酶是生物体内非常重要的金属氧化酶,对机体生长和发育具有重要影响。为了系统地了解水稻三结构域多铜氧化酶基因家族的基本情况,本研究运用生物信息学方法对其成员进行了预测和分析;研究发现,以拟南芥三结构域多铜氧化... 三结构域多铜氧化酶是生物体内非常重要的金属氧化酶,对机体生长和发育具有重要影响。为了系统地了解水稻三结构域多铜氧化酶基因家族的基本情况,本研究运用生物信息学方法对其成员进行了预测和分析;研究发现,以拟南芥三结构域多铜氧化酶基因At5g21105为靶序列,利用BlastP为工具在水稻基因组中共搜索到38个同源基因;这些基因的蛋白产物都依次含有Cu-oxidase3、Cu-oxidase和Cu-oxidase2三种结构域,各结构域中含有铜离子结合位点,二级结构具有α-螺旋和β-转角等基本特征,特推断它们都属于三结构域多铜氧化酶家族成员;进一步地,根据同源性程度将水稻多铜氧化酶基因家族成员划分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚家族,其中ClassⅠ包含31个基因,ClassⅡ包含7个基因。这些研究结果为进一步研究水稻多铜氧化酶基因家族成员的功能提供了参考依据。 展开更多
关键词 水稻 多铜氧化酶 基因家族 结构域 生物信息学分析
基于结构域理化性质的蛋白质相互作用方向预测 预览
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作者 卫博翔 焦雄 《太原理工大学学报》 CAS 北大核心 2019年第4期536-540,共5页
为了更好地理解蛋白质相互作用,用蛋白质相互作用间信号传递方向进一步注释蛋白质相互作用网络,提出了一种基于结构域理化性质预测蛋白质相互作用方向的方法。首先提取蛋白质结构域的10种理化性质,构成表示方向信息的特征向量;然后建立... 为了更好地理解蛋白质相互作用,用蛋白质相互作用间信号传递方向进一步注释蛋白质相互作用网络,提出了一种基于结构域理化性质预测蛋白质相互作用方向的方法。首先提取蛋白质结构域的10种理化性质,构成表示方向信息的特征向量;然后建立支持向量机预测模型,并利用网格搜索对模型进行参数寻优;最后用拥有最优参数的模型进行预测。实验结果表明,该模型准确率达到88.17%,AUC值为0.837.与PIDS方法比较结果表明,蛋白质结构域的10种理化性质能够有效用于蛋白质相互作用方向的预测,为预测蛋白质相互作用方向提供了一种新思路。 展开更多
关键词 蛋白质 相互作用 结构域 理化特性 支持向量机 方向预测
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细胞分裂周期蛋白42结构域突变真核表达质粒的构建与鉴定 预览
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作者 李振玲 王帝 +1 位作者 宋远见 王玉兰 《解剖学杂志》 CAS 2019年第3期249-252,共4页
目的:构建细胞分裂周期蛋白(Cdc42)的结构域突变质粒,即鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)结构域突变质粒。方法:根据NCBI中小鼠Cdc42全长cDNA序列找到结构域GEF,将GEF的氨基酸突变成丙氨酸,根据突变后的序列设计引物,PCR扩增得到目的片段588bp... 目的:构建细胞分裂周期蛋白(Cdc42)的结构域突变质粒,即鸟嘌呤核苷酸交换因子(GEF)结构域突变质粒。方法:根据NCBI中小鼠Cdc42全长cDNA序列找到结构域GEF,将GEF的氨基酸突变成丙氨酸,根据突变后的序列设计引物,PCR扩增得到目的片段588bp,限制性内切酶EcoRI和HindⅢ双酶切后插入到编码红色荧光蛋白(RFP)和his标签的真核表达载体PM-his-RFP中,构建PM-his-Cdc42(GEF)-RFP重组质粒,进行酶切电泳及DNA测序验证。用脂质体介导方法将重组质粒瞬时转染HT22细胞,通过荧光显微镜观察转染效率。结果:经酶切及测序结果显示突变后结构域插入的位置和序列正确,成功构建Cdc42蛋白GEF结构域突变质粒;荧光结果表明,重组质粒顺利转染HT22细胞。结论:成功构建的Cdc42结构域突变质粒为Cdc42蛋白的功能研究提供有效的操作工具。 展开更多
关键词 细胞分裂周期蛋白 鸟嘌呤核苷酸交换因子 结构域 真核表达质粒 突变
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凡纳滨对虾白斑综合征病毒防治研究进展(二) 预览
6
作者 刘敏 李色东 +2 位作者 张海涛 王卓铎 孙广文 《当代水产》 2019年第2期80-83,共4页
凡纳滨对虾经WSSV侵染后,其自噬相关基因lvatg6在对虾鳃和肝胰脏组织中均出现明显的表达变化。这说明LvATG6蛋白参与的细胞自噬可能在W S S V病毒感染增殖过程中发挥了重要作用。凡纳滨对虾网格重链蛋白(CHC)的2个功能结构域Clathtin Pr... 凡纳滨对虾经WSSV侵染后,其自噬相关基因lvatg6在对虾鳃和肝胰脏组织中均出现明显的表达变化。这说明LvATG6蛋白参与的细胞自噬可能在W S S V病毒感染增殖过程中发挥了重要作用。凡纳滨对虾网格重链蛋白(CHC)的2个功能结构域Clathtin Propel Repeat (LvCHC1)和Clathrin Heavy Chain Repeat Homology(LvCHC2),都能与VP26和VP37结合. 展开更多
关键词 携带者 亚硝酸氮 VP 结构域 对虾养殖 白斑综合征病毒
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溴结构域及超末端结构抑制剂治疗前列腺癌的研究
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作者 宋晚妹 赵继明 +4 位作者 高德轩 黄智龙 孙茂峰 李辰生 刘帅 《中华泌尿外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期153-155,共3页
近年来,溴结构域及超末端结构 (BET) 亚家族成员已成为前列腺癌治疗的热门研究靶点。研究结果表明BET蛋白能调控癌基因转录因子信号通路,受其调控的基因包括雄激素受体靶基因、ERG和c-myc基因等。BET抑制剂通过抑制这些通路实现强大的... 近年来,溴结构域及超末端结构 (BET) 亚家族成员已成为前列腺癌治疗的热门研究靶点。研究结果表明BET蛋白能调控癌基因转录因子信号通路,受其调控的基因包括雄激素受体靶基因、ERG和c-myc基因等。BET抑制剂通过抑制这些通路实现强大的抗肿瘤效应,然而前列腺癌对BET抑制剂的敏感性不一限制了其临床应用,其耐药机制与锌指结构域蛋白(SPOP)突变体和重组人环己二乙酰胺诱导蛋白1(HEXIM1)相关。本文主要论述BET抑制剂治疗前列腺癌的作用机制及潜在耐药机制。 展开更多
关键词 前列腺癌 结构域 抑制剂 治疗 基因转录因子 C-MYC基因 诱导蛋白 信号通路
红平红球菌复苏促进因子基因克隆及功能域分析
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作者 岳靓 陈吉祥 +3 位作者 杨智 李彦林 芮文鸿 王永刚 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第1期286-295,共10页
复苏促进因子(Rpf)广泛存在于高G+C含量的革兰氏阳性细菌中,与细菌生长及抵抗不良环境有关,不同细菌Rpf种类和数量有一定差异。红平红球菌(Rhodococcus erythropolis)KB1分离自石油污染土壤,具有高效石油降解能力和环境适应性。为... 复苏促进因子(Rpf)广泛存在于高G+C含量的革兰氏阳性细菌中,与细菌生长及抵抗不良环境有关,不同细菌Rpf种类和数量有一定差异。红平红球菌(Rhodococcus erythropolis)KB1分离自石油污染土壤,具有高效石油降解能力和环境适应性。为探索Rpf在红平红球菌KB1适应环境过程中作用,设计了复苏因子基因特异引物,从红平红球菌KB1基因组DNA扩增出4种rpf基因。序列分析发现4种基因分别与藤黄微球菌(Micrococcus luteus)rpf基因,结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)rpfB、rpfC及链霉菌(Streptomyces coelicolor)rpfB相似性较高。4个rpf基因编码蛋白都有一个类似Mt细胞复苏促进因子Rpf域,由大约70个氨基酸组成。其中Rpf-1与结核分枝杆菌、链霉菌RpfC相似,只含1个Rpf结构域;Rpf-2与结核分枝杆菌RpfB相似,含有1个Rpf域、1个G5域和2个DUF348;Rpf-3与链霉菌RpfB相似,含有1个Rpf域、G5域和3个DUF348;Rpf-4与藤黄微球菌Rpf相似,含1个Rpf域和1个LysM域。Rpf-2、Rpf-3含信号肽序列,Rpf-1、Rpf-4不含信号肽。 展开更多
关键词 红平红球菌 复苏促进因子 基因 结构域 非可培养
大豆UV-B光受体GmUVR8基因的生物信息学分析
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作者 罗秋兰 王潮岗 胡章立 《大豆科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期192-196,共5页
UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水... UV-B影响大豆的生长发育,降低大豆的产量,但能够促进大豆类黄酮化合物合成,提高植物对病虫害的抵抗力。本研究利用生物信息学方法系统分析了大豆UV-B光受体UVR8基因及其编码蛋白质的特性。结果显示,大豆中存在4个GmUVR8蛋白质,均为亲水性蛋白质,位于细胞核中,尽管它们在大小上存在差异,但是都包含多个保守的RCC1结构域,形成了完整或不完整的七叶β-折叠的结构,与拟南芥的折叠方式极为相似。大豆基因组中这4个CmUVR8编码基因长度不一,分别位于4条染色体上,含有相同的外显子数,具有相同的编码方式。同源序列比对显示GmUVR8c与拟南芥最为相似,而聚类分析显示GmUVR8具有一定特异性。本研究为后期系统分析大豆UV-B光形态建成分子机制和CmUVR8基因功能提供了理论依据。 展开更多
关键词 大豆 紫外光B UVR8光受体 结构域 进化树分析
细胞焦亡效应蛋白的作用机制及相关疾病的研究进展
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作者 程兴博 梁洪生 张相彤 《解剖科学进展》 2018年第4期432-437,共6页
细胞焦亡是一种促炎的程序性细胞死亡方式,并同时具有凋亡和坏死的特点。Toll样受体(Toll like receptors,TLRs)可以感受及识别不同的刺激,并传递信号至依赖半胱氨酸天冬氨酸酶-1(caspase-1)的经典焦亡途径或依赖半胱氨酸天冬氨酸酶... 细胞焦亡是一种促炎的程序性细胞死亡方式,并同时具有凋亡和坏死的特点。Toll样受体(Toll like receptors,TLRs)可以感受及识别不同的刺激,并传递信号至依赖半胱氨酸天冬氨酸酶-1(caspase-1)的经典焦亡途径或依赖半胱氨酸天冬氨酸酶-11(caspase-11)的非经典焦亡途径。炎性体在激活信号下的装配是诱导焦亡途径的核心环节,其中NLRP3炎性体是目前研究最多的,是其典型代表。激活的炎性体可以活化炎性caspases,后者进一步促进白细胞介素-1β/18(IL-1β/18)的成熟和释放。焦亡的执行蛋白GSDMD可以在细胞膜上形成膜孔,最终导致细胞渗透溶胀和裂解,同时将炎症因子释放到细胞外,进一步加重炎症反应。 展开更多
关键词 结构域 ASC 炎性体 细胞焦亡 相关疾病 白介素 白细胞介素
Vigilin:一种多功能的RNA结合蛋白
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作者 郭冰冰 廖宏庆 +2 位作者 陈赛男 谢远杰 莫中成 《解剖科学进展》 2018年第5期558-562,共5页
Vigilin是一种高度保守的RNA结合蛋白,也是tRNAs的核-质转运体,可通过影响染色体的功能、调控蛋白质的翻译而参与多种疾病的发生发展。Vigilin可通过调节apoB的翻译影响体内脂质代谢,还可作为肿瘤抑制因子,抑制乳腺癌细胞的侵袭和转移。... Vigilin是一种高度保守的RNA结合蛋白,也是tRNAs的核-质转运体,可通过影响染色体的功能、调控蛋白质的翻译而参与多种疾病的发生发展。Vigilin可通过调节apoB的翻译影响体内脂质代谢,还可作为肿瘤抑制因子,抑制乳腺癌细胞的侵袭和转移。Vigilin可调控肝癌细胞的增殖、迁移,影响肿瘤生长。 展开更多
关键词 KH 结构域 Vigilin RNA 异染色质 细胞核
TLRs受体家族及TLR4受体的功能研究 预览
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作者 孔维欢 王晶晶 +2 位作者 代蓉 万鹏程 石国庆 《畜牧兽医科学(电子版)》 2018年第11期5-9,共5页
Toll样受体及其家族成员TLR4是一类天然免疫受体,最初发现于果蝇胚胎背、腹侧和人类细胞表面提示与胚胎、细胞等发育相关.所有的TLRs都有着15?29个亮氨酸重复序列(LRR)的胞外结构和保守的TIR^构域的胞内结构,它是TLR识别某些病原体... Toll样受体及其家族成员TLR4是一类天然免疫受体,最初发现于果蝇胚胎背、腹侧和人类细胞表面提示与胚胎、细胞等发育相关.所有的TLRs都有着15?29个亮氨酸重复序列(LRR)的胞外结构和保守的TIR^构域的胞内结构,它是TLR识别某些病原体或其产物所具有的特殊结构.TLR4家族受体通过PAMP配体识别模式与相应的配体识别、结合,并引发一系列的信号转导,进而导致炎性介质的释放,并最终激活获得性免疫系统.能够调控许多细胞的功能,如细菌性炎症引起的细胞迁移、血管形成导致的肿瘤性疾病和妊娠胚胎发育过程中的生殖性免疫应答等.文章就TLRs受体家族及TLR4受体功能研究进行了综述. 展开更多
关键词 TLRS TLR4 结构域 PAMP 信号转导
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PID1基因在白洗猪不同组织器官中的表达研究及生物信息学分析
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作者 苑洪霞 冯文武 +1 位作者 孙振梅 陈祥 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2018年第7期83-87,248共6页
为了探究PID1基因在白洗猪各组织器官中的表达水平及其结构和功能特性,为PID1基因对猪脂肪沉积的作用及其蛋白质特性研究提供理论基础,试验以白洗猪为研究对象,运用实时荧光定量PCR和Nest PCR法分析PID1基因mRNA在白洗猪9个不同组织器... 为了探究PID1基因在白洗猪各组织器官中的表达水平及其结构和功能特性,为PID1基因对猪脂肪沉积的作用及其蛋白质特性研究提供理论基础,试验以白洗猪为研究对象,运用实时荧光定量PCR和Nest PCR法分析PID1基因mRNA在白洗猪9个不同组织器官中的表达水平,运用T克隆、蓝白斑筛选等技术克隆PID1基因的CDS区,进一步运用生物信息学软件分析PID1蛋白的生物特性。结果表明:PID1基因mRNA表达量在肝脏中最高,心脏中最低,其表达水平依次为肝脏〉肾脏〉肺脏〉小肠〉胃〉脾脏〉大肠〉肌肉〉心脏;白洗猪PID1基因的克隆CDS区与NCBI上传的序列一致;白洗猪PID1基因编码217个氨基酸,分子质量为24.8 ku,属亲水性蛋白,在PID1蛋白的二级结构中α螺旋比率较大,跨膜区预测分析未发现跨膜区域。 展开更多
关键词 白洗猪 PID1 荧光定量PCR 二级结构 结构域
杨树TLP基因家族的生物信息学分析 预览
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作者 孙伟博 马晓星 诸葛强 《南方农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第7期1265-1272,共8页
【目的】分析预测杨树类甜蛋白(TLP)基因家族功能,为杨树TLP蛋白的差别研究、功能基因发掘及遗传性状改良提供理论依据。【方法】从Phytozome数据库搜索杨树TLP基因家族序列,并依据Pfam数据库进行筛选鉴定,利用生物信息学方法对其编码... 【目的】分析预测杨树类甜蛋白(TLP)基因家族功能,为杨树TLP蛋白的差别研究、功能基因发掘及遗传性状改良提供理论依据。【方法】从Phytozome数据库搜索杨树TLP基因家族序列,并依据Pfam数据库进行筛选鉴定,利用生物信息学方法对其编码的蛋白氨基酸序列进行预测分析。【结果】从Phytozome数据库中筛选获得50个TLP基因家族序列,其编码的蛋白分子量10.19~74.09kD,氨基酸数量98~672个,等电点(pI)4.15~9.12,大部分为亲水性蛋白和不稳定性蛋白,在细胞内外均有分布,并具有thaumatin蛋白家族的保守结构域,其中42个成员能形成与抑菌有关的酸性侧翼区域,且大多数成员具有FFmotif结构和5个保守的REDDD氨基酸残基,但少数氨基酸残基发生改变。50个杨树TLP基因家族成员可分为4个进化组,各进化组成员的蛋白理化特性和亚细胞定位不完全一致,且功能域结构和motif结构也具有多样性,各进化组成员间差异与进化程度总体上呈正相关。根据motif结构和功能域结构可将所有成员分别分为7组和4组,但分组结果与系统发育进化结果并不完全一致。【结论】杨树TLP蛋白家族成员存在序列保守性和进化性,特异表达呈多样性,具有抗菌活性,但作用机制存在差异。 展开更多
关键词 杨树 类甜蛋白(TLP) 生物信息学 系统发育进化 结构域 功能预测
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登革病毒E蛋白Ⅲ区:需要重新重视的结构域 预览
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作者 郎欣月 陈佩 +2 位作者 戴程谷秋 谢茜 赵卫 《新发传染病电子杂志》 2018年第2期80-83,共4页
登革病毒(dengue virus,DENV)属于黄病毒科(flaviviridae)黄病毒属(flavivirus),有四种血清型(DENV1-4)。其导致的登革热是一种在热带及亚热带地区最常见的蚊媒传播疾病。临床表现从无症状感染到危及生命的重症登革热,主要特征为血管通... 登革病毒(dengue virus,DENV)属于黄病毒科(flaviviridae)黄病毒属(flavivirus),有四种血清型(DENV1-4)。其导致的登革热是一种在热带及亚热带地区最常见的蚊媒传播疾病。临床表现从无症状感染到危及生命的重症登革热,主要特征为血管通透性增加、血小板减少、出血性症状和休克^[1]。据估计,每年约有3.9亿DENV感染病例,其中9600万例有显著临床症状^[2]。 展开更多
关键词 登革病毒 结构域 E蛋白 亚热带地区 无症状感染 血管通透性 血小板减少 黄病毒属
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珍稀药用铁皮石斛4个CIPKs基因的鉴定与表达分析
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作者 李依民 张娜 +4 位作者 沈霞 李欢 黑小斌 郭顺星 张岗 《药学学报》 CSCD 北大核心 2018年第2期304-312,共9页
类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4... 类钙调磷酸酶B蛋白(calcineurin B-like protein,CBL)互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase,CIPK)通过感应钙信号,在植物生长发育、逆境生理等生命活动中发挥重要作用。本研究利用RACE技术首次从珍稀药用铁皮石斛中克隆到4个CIPK基因c DNA全长,Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4(Gen Bank注册号KT957557、KT957558、KT957559和KT957560),编码蛋白分别含473、449、451、440个氨基酸,分子质量依次为53.50、50.93、51.50、50.16 k Da,等电点7.99、9.25、8.81、9.11;与多种植物CIPKs蛋白一致性在70%~90%、69%~80%、78%~93%、66%~82%之间;各含1个蛋白激酶的保守结构域(分别为第21~275、14~268、16~271、12~266位氨基酸)、1个CIPK家族特有的NAF/FISL结构域(335~391、313~370、310~369、305~362)和多个功能基元;4个蛋白均无信号肽或跨膜域,预测主要分布在质膜、内质网等亚细胞水平,与拟南芥At CIPK24三维结构类似;Do CIPK1、Do CIPK3分别隶属于拟南芥和水稻CIPKs分子进化树的E、A类群,Do CIPK2和Do CIPK4属于C类群;Do CIPK1基因在石斛叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量为叶中的0.35倍;Do CIPK3转录本在茎和根中的丰度分别为叶中3.36倍和3.47倍;Do CIPK2与Do CIPK4的表达模式相似,二者在叶和茎中的相对表达量无显著差异,根中表达量分别为叶中的2.08倍和7.86倍。Do CIPK1、Do CIPK2、Do CIPK3和Do CIPK4基因克隆、生物信息特征及表达特性为下一步研究基因在铁皮石斛生理适应中的分子功能奠定基础。 展开更多
关键词 铁皮石斛 激酶 定量PCR 钙信号 结构域
茄科植物木糖转移酶家族基因挖掘与进化分析
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作者 王鹏 李慧 +2 位作者 简熠 吕勇志 盖江涛 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第1期332-338,共7页
木糖转移酶在植物多糖合成以及蛋白糖链修饰中起重要作用。本研究试图从全基因组水平上系统鉴定植物木糖转移酶基因保守结构域,并挖掘茄科植物中木糖转移酶家族基因新成员。研究中选取了5种茄科植物,分析鉴定了茄科植物中的木糖转移酶... 木糖转移酶在植物多糖合成以及蛋白糖链修饰中起重要作用。本研究试图从全基因组水平上系统鉴定植物木糖转移酶基因保守结构域,并挖掘茄科植物中木糖转移酶家族基因新成员。研究中选取了5种茄科植物,分析鉴定了茄科植物中的木糖转移酶基因及其保守结构域,并构建得到了系统发育树。系统鉴定获得了54条木糖转移酶家族基因。其中,矮牵牛基因组中含有6条家族成员,而在本氏烟中含有11条成员。本家族成员可分为5个亚家族,其中的两个亚家族各自能进一步分为两个显著的独立枝。在鉴定得到的基因中,仅有2条拟南芥基因功能得到了鉴定,分别参与蛋白糖基化和种皮多糖合成。拟南芥每条木糖转移酶基因仅含有1个保守结构域,而此结构域覆盖各基因大片区域。各基因编码蛋白分子量较大,且表现较强的疏水性。本研究为今后针对茄科植物木糖转移酶的深入研究提供了基因靶标。 展开更多
关键词 茄科 木糖转移酶 基因家族 结构域
CUEDC2与肿瘤发生发展关系研究进展 预览
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作者 汪锋 包灵灵 +1 位作者 王靖 钗丽干 《中国实验诊断学》 2018年第8期1480-1482,共3页
CUEDC2(CUE domain-containing protein-2)是一个含CUE结构域的蛋白,新近被报道,在多种肿瘤中异常表达,与肿瘤的发生发展相关。多项研究发现,CUEDC2在几个主要的信号通路发挥重要作用~([1])。具体途径:(1)参与核因子κB(NF-κB... CUEDC2(CUE domain-containing protein-2)是一个含CUE结构域的蛋白,新近被报道,在多种肿瘤中异常表达,与肿瘤的发生发展相关。多项研究发现,CUEDC2在几个主要的信号通路发挥重要作用~([1])。具体途径:(1)参与核因子κB(NF-κB)信号通路调控肿瘤的发展;(2)细胞周期调控,通过Cdk1磷酸化的CUEDC2引起APC/cdc20早期活化,造成染色体错误分裂和非整倍体出现。 展开更多
关键词 肿瘤发生发展 细胞周期调控 信号通路 异常表达 早期活化 CDK1 非整倍体 结构域
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毛竹E2F/DP转录因子基因家族的鉴定及表达分析
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作者 闫新阳 江涛 +2 位作者 王夏琴 邱思婧晖 刘伯斌 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第21期6997-7003,共7页
E2F/DP是动植物细胞持续或停止细胞分裂中的一个重要调节因子。本研究鉴定了毛竹全基因组中的编码E2F/DP的家族基因,对其进行进化、结构域和表达模式进行了初步的分析,为毛竹E2F/DP基因的功能研究与利用提供依据。本研究首先通过生... E2F/DP是动植物细胞持续或停止细胞分裂中的一个重要调节因子。本研究鉴定了毛竹全基因组中的编码E2F/DP的家族基因,对其进行进化、结构域和表达模式进行了初步的分析,为毛竹E2F/DP基因的功能研究与利用提供依据。本研究首先通过生物信息学的方法从毛竹基因数据库中获得12个PhE2F/DP转录因子家族基因;通过进化分析发现毛竹E2F/DP转录因子家族可分为三个E2F、DP和DEL单个进化分支,具有进化上的保守性。对PhE2F/DP转录因子家族结构域分析发现PhDPA1和PhDPA2在进化中丢失了与PhE2F分支形成二聚体的亮氨酸拉链结构域,而PhDEL获得了DNA结合结构域,暗示了毛竹细胞周期调控中PhE2F/DP可能发挥特异的调控功能。进一步对PhE2F/DP转录因子家族的表达模式发现,PhE2F/DP家族基因在愈伤组织中只有PhDPA2得到了上调表达,PhDPA2在分化的愈伤组织中表达。由于PhDPA1和PhDPA2关键结构域的丢失有可能是毛竹再生困难的原因。故本研究初步对毛竹PhE2F/DP基因家族进行分析,揭示了毛竹PhE2F/DP转录因子结构域在进化中的特点,为后续深入研究毛竹再生和分子育种提供科学依据。 展开更多
关键词 毛竹 E2F/DP 愈伤组织 结构域
辣椒RWP-RK转录因子分析
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作者 李菲 龚记熠 +2 位作者 何小红 张习敏 乙引 《安徽农业大学学报》 CSCD 2018年第1期187-194,共8页
RWP-RK基因家族是植物特有的转录因子家族。该家族在植物氮元素信号传导和配子体发育过程中起核心的调控作用。使用公开的中国重要栽培品种遵辣1号及其野生亲本墨西哥辣椒种"Chiltepin"的基因组序列,鉴定出辣椒基因组中含有RWP-RK结... RWP-RK基因家族是植物特有的转录因子家族。该家族在植物氮元素信号传导和配子体发育过程中起核心的调控作用。使用公开的中国重要栽培品种遵辣1号及其野生亲本墨西哥辣椒种"Chiltepin"的基因组序列,鉴定出辣椒基因组中含有RWP-RK结构域的基因,并进行系统进化、染色体定位、保守序列和可能功能等分析。遵辣一号基因组中与拟南芥氮代谢重要调控因子AtNLP7同源的是CaZunla01g000097、CaZunla01g004485和CaZunla00g000405。遵辣1号的2个基因Capana03g001990和Capana03g000787与拟南芥卵细胞形成相关转录因子AtRKD1、AtRKD2和AtRKD4同源。这些基因在栽培品种遵辣1号和其野生祖先品种基因组中保持了高度的保守性。此外,辣椒基因组中存在特有的RWP-RK转录因子亚家族。这一亚家族的蛋白质氨基酸序列中含有独特的保守序列。这些序列在拟南芥RWP-RK转录因子中并不存在。辣椒栽培品种遵辣1号中有在其野生祖先"Chiltepin"中不存在的RWP-RK转录因子基因。鉴定出了分别与拟南芥RWP-RK转录因子高度相似、存在重大差异以及辣椒野生种和栽培种之间存在差异的RWP-RK转录因子成员,为后期辣椒RWP-RK转录因子家族的克隆和功能研究提供了重要的信息。对这些基因进行功能研究,会极大的促进辣椒对氮元素匮乏环境响应以及辣椒配子体发育的分子机制研究。 展开更多
关键词 辣椒 RWP-RK转录因子 结构域 亚家族 氮元素
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