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人肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型B细胞线性表位的生物信息学预测 预览
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作者 高柳莺 祝苗 +1 位作者 戎浩 董长征 《宁波大学学报:理工版》 CAS 2019年第2期54-60,共7页
发展了人肠道病毒B 细胞线性表位(简称线性表位)的生物信息学预测算法,系统性地预测和比较了人肠道病毒71 型(Enterovirus 71, EV71)和柯萨奇病毒A16 型(Coxsackievirus A16,CVA16)的线性表位.结果显示: EV71和CVA16结构蛋白(Viral Prot... 发展了人肠道病毒B 细胞线性表位(简称线性表位)的生物信息学预测算法,系统性地预测和比较了人肠道病毒71 型(Enterovirus 71, EV71)和柯萨奇病毒A16 型(Coxsackievirus A16,CVA16)的线性表位.结果显示: EV71和CVA16结构蛋白(Viral Protein, VP)上都有16 个线性表位,2 种肠道病毒的线性表位的位置高度一致,但氨基酸序列保守性较低,大多数表位都存在至少3个氨基酸残基的差异,提示2 种病毒的线性表位具有血清型特异性,这很可能是两者不能交叉反应的原因.线性表位主要分布在β链之间的环上和C-末端,分别有13 个(81.3%)和2 个(12.5%)表位.与文献报道相比较, 16 个线性表位中,分别有6 个(37.5%) EV71 和12 个(75%) CVA16 的表位已被实验验证.特别是实验研究重点关注的VP1, 6 个预测表位中,分别有4 个(66.7%) EV71的预测表位和5 个(83.3%)CVA16 的预测表位已被实验所验证.说明算法具有较高的预测可靠度.线性表位的实验研究主要集中在VP1,预测结果提示VP2 和VP3 也能形成表位,应该加以重视.生物信息学算法通过预测和筛选潜在的线性表位,能够大大降低实验负荷,为包括EV71 和CVA16 在内的人肠道病毒的研究提供有力支持.对肠道病毒线性表位的预测,有助于更好地监测和预警手足口病疫情,辅助疫苗的研发和准备. 展开更多
关键词 肠道病毒71 柯萨奇病毒A16 B 细胞线性表位 抗原 生物信息学 手足口病
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猪流行性腹泻病毒流行株S蛋白高变区B细胞线性表位肽的鉴定
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作者 刘英杰 李凤平 +4 位作者 董世娟 王瑞阳 于瑞嵩 王燕 李震 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1772-1784,共13页
【背景】对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)经典毒株与流行毒株S蛋白氨基酸序列比对显示,变异位点主要集中在S蛋白的N端。【目的】鉴定PEDV流行毒株S蛋白高变区(S10A,1-496 aa)的B细胞线性表位肽,特别是流行毒... 【背景】对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)经典毒株与流行毒株S蛋白氨基酸序列比对显示,变异位点主要集中在S蛋白的N端。【目的】鉴定PEDV流行毒株S蛋白高变区(S10A,1-496 aa)的B细胞线性表位肽,特别是流行毒株特异性B细胞表位肽。【方法】以SDS-PAGE割胶纯化大肠杆菌表达的PEDV流行株SD2014 S蛋白高变区片段(S10A^SD2014),免疫新西兰大白兔制备多克隆抗体;在E.coli中谷胱甘肽巯基转移酶(Glutathione S-transferase,GST)融合表达覆盖S10A^SD2014序列全长且彼此重叠8个氨基酸残基的系列16肽。以制备的抗S10A^SD2014多抗为一抗,通过Western blot筛选系列16肽中的阳性反应性16肽,鉴定S10A^SD2014上的B细胞线性表位肽;利用抗PEDV经典毒株(CV777)S蛋白高变区片段(S10A^CV777)多抗血清鉴定S10A^SD2014上的保守性B细胞线性表位肽。【结果】重组表达的S10A^SD2014相对分子质量约为72 kD;纯化的S10A^SD2014表位肽能被PEDV阳性血清识别。制备的抗S10A^SD2014多抗可以识别PEDV DR13弱毒株。利用抗S10A^SD2014血清和抗S10A^CV777血清从61个GST融合表达的16肽中鉴定到28个阳性反应16肽,其中13个为2种血清共同识别16肽。对24株PEDV不同亚群代表毒株的对应区域进行同源性分析表明2个阳性16肽为保守性表位肽。【结论】确定了PEDV流行株SD2014 S蛋白高变区的B细胞线性表位肽,B细胞线性表位肽,特别是流行毒株特异性表位肽的确定有助于了解S蛋白的结构与功能,为建立以表位为基础的PEDV感染检测方法打下良好基础。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 纤突蛋白高变区 多克隆抗体 B细胞线性表位
拟态弧菌溶血素VMH蛋白B细胞线性表位的预测与鉴定 被引量:1
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作者 曹际 陶会竹 +2 位作者 赵雨婷 肖宁 李槿年 《安徽农业大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期208-213,共6页
为了定位拟态弧菌热不稳定溶血素VMH蛋白的B细胞线性表位,以VMH蛋白全长氨基酸序列为基础,联合利用ABCpred和BepiPred网络服务器综合分析预测VMH蛋白B细胞线性表位。同时,以霍乱弧菌Cytolysin蛋白为同源建模模板,利用Modeller 9.14... 为了定位拟态弧菌热不稳定溶血素VMH蛋白的B细胞线性表位,以VMH蛋白全长氨基酸序列为基础,联合利用ABCpred和BepiPred网络服务器综合分析预测VMH蛋白B细胞线性表位。同时,以霍乱弧菌Cytolysin蛋白为同源建模模板,利用Modeller 9.14软件构建VMH蛋白的3D结构,并使用PyMol软件展示预测表位,确定其在3D结构中的位置。共预测出6个最有可能的B细胞线性表位,它们分别位于VMH蛋白N端P130-141、P192-203、P236-247、P281-292、P425-436和P464-475区域,且完全或大部分暴露于蛋白3D结构表面。人工合成6条预测表位肽,分别采用肽ELISA、肽抑制性免疫印迹反应和溶血活性试验进行鉴定。结果发现6个预测表位肽均能与兔抗VMH蛋白抗体发生结合反应;除预测表位P281-292外,其余5个预测表位肽能明显抑制兔抗VMH蛋白抗体与VMH蛋白间的免疫印迹反应,且具有溶血活性。结果表明,预测表位P130-141、P192-203、P236-247、P425-436和P464-475是拟态弧菌VMH蛋白的真正B细胞线性表位。 展开更多
关键词 拟态弧菌 VMH蛋白 B细胞线性表位 免疫反应性 溶血活性
HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位预测及分析 被引量:5
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作者 杨恩 张燕 +2 位作者 侯柏龙 杜王琪 张丽芳 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2015年第3期220-223,227共5页
目的对高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus)16型E6蛋白的B细胞线性表位进行预测。方法以HPV16型E6蛋白(P03126)的全长氨基酸序列为基础,采用EXPASY网站上的生物信息学软件和DNAstar软件包中的Protean软件分析E6蛋白的二级结构... 目的对高危型人乳头瘤病毒(Human papillomavirus)16型E6蛋白的B细胞线性表位进行预测。方法以HPV16型E6蛋白(P03126)的全长氨基酸序列为基础,采用EXPASY网站上的生物信息学软件和DNAstar软件包中的Protean软件分析E6蛋白的二级结构,跨膜趋势及其亲水性,表面可及性,抗原性,极性和柔韧性等特性。综合以上参数预测HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位,并进一步进行同源性匹配分析。结果综合多个参数分析显示B细胞线性表位可能位于E6蛋白N端2-7、9-19、30-36、45-49、105-109、119-125和148-158区段及其附近,进一步同源性匹配分析支持其中区段2-7、9-19、119-125及148-158为可能的B细胞线性表位,其中区段148-158(RSSRTRRETQL)为HPV16型E6蛋白所特有的序列,而区段2-7(HQKRTA)、9-19(FQDPQERPRKL)与HPV9型E6蛋白具有同源性,区段119-125(PEEKQRH)与HPV31型E6蛋白具有同源性。结论综合分析预测HPV16型E6蛋白的B细胞线性表位可能位于E6蛋白N端2-7、9-19、119-125及148-158区段,为HPV16型E6蛋白的进一步研究奠定了基础。 展开更多
关键词 HPV16型 E6蛋白 B细胞线性表位 预测 同源性匹配分析
HBeAg的B细胞线性表位预测及鉴定 预览 被引量:9
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作者 杨军 刘妮 +5 位作者 张婷 赵世平 强磊 苏宝山 康安静 李宗芳 《南方医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期253-257,共5页
目的预测并鉴定乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞线性表位,为乙型肝炎的诊断和治疗提供新的依据。方法采用生物信息学分析技术,利用NCBI数据库和免疫表位数据库提供的相应软件预测HBeAg的B细胞线性表位,采用人工合成法合成相应表... 目的预测并鉴定乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)的B细胞线性表位,为乙型肝炎的诊断和治疗提供新的依据。方法采用生物信息学分析技术,利用NCBI数据库和免疫表位数据库提供的相应软件预测HBeAg的B细胞线性表位,采用人工合成法合成相应表位肽并分别将与血蓝蛋白(KLH)偶联,作为免疫原,免疫大白兔制备抗HBeAg抗原表位抗体,ELISA法鉴定抗体的特异性。结果发现了。MDIDPYKEFG^10、^37STLYREALESPEHCSP^50.74SNLEDPAS^81、^127RTPPAyI心PNAPIL^140。等4条新的HBeAg蛋白B细胞线性表位肽,其与KLH的偶联物作为免疫原免疫大白兔,获得特异性高效价抗体,抗体滴度大于1:512000,ELISA实验证实上述抗体均可与HBeAg发生特异性免疫反应。结论采用生物信息学技术成功确认了4个HBeAg蛋白B细胞线性表位肽,为深入研究HBeAg的功能和作用以及乙型肝炎的治疗提供了新依据。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 乙肝e抗原乙型肝炎病毒 抗原预测 B细胞线性表位
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金黄色葡萄球菌SEG蛋白B细胞线性表位的预测与验证
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作者 梁明燕 戚莉芳 +1 位作者 李槿年 张婷婷 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期426-429,共4页
以金黄色葡萄球菌标准株ATCC25923的肠毒素G蛋白(SEG)氨基酸序列为分析材料,应用DNAstar软件对该蛋白的二级结构、柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数进行综合分析,预测出SEG蛋白5个可能的B细胞线性表位,它们分别位于蛋... 以金黄色葡萄球菌标准株ATCC25923的肠毒素G蛋白(SEG)氨基酸序列为分析材料,应用DNAstar软件对该蛋白的二级结构、柔性区域、亲水性、表面可能性和抗原指数等参数进行综合分析,预测出SEG蛋白5个可能的B细胞线性表位,它们分别位于蛋白N端第24~31、37~46、80—84、120~127和141~149区域,且预测的表位2(aa37~46)、表位4(aa120~127)和表位5(aa141~149)位于SEG蛋白三维结构表面。合成位于蛋白三维结构表面的3个预测表位,采用肽ELISA方法加以鉴定。结果表明,它们均能与抗重组SEG蛋白纯化抗体发生特异性结合反应,是SEG蛋白的B细胞线性表位。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 SEG蛋白 B细胞线性表位 预测 肽ELISA
鸡蛋卵转铁蛋白过敏原B细胞线性表位的预测研究 预览 被引量:1
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作者 佟平 高金燕 +3 位作者 陈红兵 李欣 简姗 张银 《食品科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第17期225-229,共5页
为预测鸡蛋过敏原卵转铁蛋白的B细胞线性表位,以GenBank中提供的鸡蛋卵转铁蛋白氨基酸序列为基础,分别用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对鸡蛋卵转铁蛋白的抗原指数、亲水性、蛋白表面可及性及柔韧性进... 为预测鸡蛋过敏原卵转铁蛋白的B细胞线性表位,以GenBank中提供的鸡蛋卵转铁蛋白氨基酸序列为基础,分别用Jameson-Wolf法、Kyte-Doolittle法、Emini法和Karplus-Schulz法对鸡蛋卵转铁蛋白的抗原指数、亲水性、蛋白表面可及性及柔韧性进行预测,并用Chou-Fasman法和Deleage-Roux法预测其二级结构,综合分析以上预测结果,得出鸡蛋卵转铁蛋白可能的B细胞线性表位区。结果表明鸡蛋卵转铁蛋白存在7个潜在表位区,包括蛋白第174~181、215~222、231~240、288~294、332~344、415~429、547~555位可能为B细胞线性表位优势区域。该结果将有助于鸡蛋卵转铁蛋白B细胞表位的进一步精确定位。 展开更多
关键词 卵转铁蛋白 B细胞线性表位 鸡蛋过敏 预测
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鹅细小病毒VP3蛋白B细胞线性表位的精确定位 预览 被引量:1
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作者 郭鹭 鞠环宇 +3 位作者 于天飞 荆志强 马波 王君伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第8期988-994,共7页
本试验旨在利用获得的4株抗鹅细小病毒(GPV)VP3的单克隆抗体,进一步对GPV VP3 B细胞线性抗原表位精确定位。根据笔者实验室已鉴定的线性抗原表位区结果,筛选出单抗所针对的优势抗原表位区。设计并合成互相重叠5 aa的10 aa短肽寡聚核... 本试验旨在利用获得的4株抗鹅细小病毒(GPV)VP3的单克隆抗体,进一步对GPV VP3 B细胞线性抗原表位精确定位。根据笔者实验室已鉴定的线性抗原表位区结果,筛选出单抗所针对的优势抗原表位区。设计并合成互相重叠5 aa的10 aa短肽寡聚核酸片段,退火后,连入pET-32a载体,经转化鉴定,诱导表达后,获得相应的小片段融合蛋白,并利用单抗通过Western blot进行抗原性鉴定。同样方法进行短肽片段两端氨基酸的逐个缺失设计,进一步精确定位,结果鉴定出2个抗原表位,分别为430-435 aa和643-647 aa。 展开更多
关键词 鹅细小病毒 VP3蛋白 单克隆抗体 B细胞线性表位
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Asia1型口蹄疫病毒VP2蛋白B细胞线性表位的鉴定 预览 被引量:3
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作者 徐宗香 高明春 +6 位作者 李勐 李爽 刘思莹 葛兰云 张润祥 马波 王君伟 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期 1508-1513,共6页
为了对Asial型口蹄疫病毒VP2蛋白进行抗原表位作图,设计了7个相互重叠15个氨基酸、覆盖整个VP2蛋白的重叠短肽,经克隆并在大肠杆菌中实现了融合表达。用Asial型121蹄疫感染血清对7个融合蛋白进行免疫印迹分析,结果初步鉴定出VP2蛋白... 为了对Asial型口蹄疫病毒VP2蛋白进行抗原表位作图,设计了7个相互重叠15个氨基酸、覆盖整个VP2蛋白的重叠短肽,经克隆并在大肠杆菌中实现了融合表达。用Asial型121蹄疫感染血清对7个融合蛋白进行免疫印迹分析,结果初步鉴定出VP2蛋白B细胞线性抗原表位位于氨基末端的第1—44氨基酸区域,并且证实0型、A型、C型口蹄疫标准血清和感染SAT2型口蹄疫康复期的牛血清也能识别融合蛋白F1(1—44aa)。在此基础上,针对F1(1—44aa)短肽,设计了6个相互重叠5个氨基酸的短肽片段,进一步鉴定出了VP2蛋白B细胞线性表位位于氨基末端的第6—15氨基酸区域。 展开更多
关键词 口蹄疫病毒 VP2蛋白 B细胞线性表位 鉴定
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土拨鼠肝炎病毒核心蛋白的高效表达和B细胞表位鉴定
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作者 张振华 田拥军 +6 位作者 李磊 陆蒙吉 徐飏 杨东亮 Melanie Fiedle Ernst Sehmid Michael Roggendorf 《中华微生物学和免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期 549-554,共6页
目的 建立高效表达土拨鼠肝炎病毒核心蛋白(WHcAg)的方法并对其B细胞表位进行鉴定。方法分别构建不同截短型WHcAg的质粒以了解能大量表达并形成WHV核心颗粒的区段,利用变性WHcAg制备单克隆抗体以寻找能与WHcAg线性B细胞表位结合的单... 目的 建立高效表达土拨鼠肝炎病毒核心蛋白(WHcAg)的方法并对其B细胞表位进行鉴定。方法分别构建不同截短型WHcAg的质粒以了解能大量表达并形成WHV核心颗粒的区段,利用变性WHcAg制备单克隆抗体以寻找能与WHcAg线性B细胞表位结合的单克隆抗体。结果 WHcAg前144或149氨基酸残基能够大量表达并能形成颗粒样结构。这2种截短型WHcAg能够在大肠杆菌中表达并组装成直径为34肿的核心颗粒,最终纯化获得毫克级的核心蛋白。截短型WHcAg保留了全长WHcAg的抗原性,而且变性WHcAg存在另外的B细胞线性表位,利用变性WHcAg进行免疫制备单克隆抗体获得的5株抗体均针对WHcAg的N末端表位,该表位在WHcAg和HBcAg高度保守。结论 建立了高效表达WHcAg的方法,制备了针对WncAg单克隆抗体。并对WHcAg的线性B细胞表位进行了鉴定,发现WHcAg和HBcAg的N末端存在共同的线性B细胞表位。 展开更多
关键词 土拨鼠肝炎病毒 核心蛋白 单克隆抗体 B细胞线性表位
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