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甘蔗脂氧合酶基因ScLOX1的克隆与表达分析 预览
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作者 孙婷婷 王文举 +8 位作者 娄文月 刘峰 张旭 王玲 陈玉凤 阙友雄 许莉萍 李大妹 苏亚春 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1002-1016,共15页
LOX属于脂氧合酶超家族(lipoxygenase superfamily),是脂肪氧化途径的重要因子,广泛参与植物生长发育的调节和对外界刺激的抵御。本研究基于甘蔗(Saccharumspp.)转录组数据库,通过RT-PCR技术,首次从新台糖22号(ROC22)蔗芽中克隆获得ScL... LOX属于脂氧合酶超家族(lipoxygenase superfamily),是脂肪氧化途径的重要因子,广泛参与植物生长发育的调节和对外界刺激的抵御。本研究基于甘蔗(Saccharumspp.)转录组数据库,通过RT-PCR技术,首次从新台糖22号(ROC22)蔗芽中克隆获得ScLOX1基因(GenBank登录号为MK106188)的cDNA全长序列。生物信息学分析显示,ScLOX1基因cDNA序列长度为2813 bp,开放读码框全长2664 bp,编码887个氨基酸,其编码蛋白的理论等电点为6.23,不稳定系数为39.77,亲水性平均值为-0.437,无信号肽和跨膜结构,但含有PLATLH2和Lipoxygenase活性位点,与高粱(Sorghum bicolor) LOX (XP002466613.1)的氨基酸序列相似性高达95.96%。预测ScLOX1基因的编码蛋白为酸性稳定亲水性非分泌蛋白,属于type I类非传统9-LOX。qPT-PCR分析结果显示,ScLOX1基因在蔗芽组织中特异性表达。接种甘蔗黑穗病菌(Sporisorium scitamineum)后, ScLOX1基因的表达量在抗病品种崖城05-179中短暂上升,但在感病品种ROC22中显著下降。分别对瞬时表达ScLOX1基因的本氏烟(Nicotiana benthamiana)植株叶片接种烟草茄病镰刀菌蓝色变种(Fusarium solani var. coeruleum)和青枯菌(Ralstonia solanacearum),表型观察、3,3’-二氨基联苯胺(3,3’-diaminobenzidine,DAB)染色和烟草免疫相关基因的表达情况分析显示,ScLOX1基因的过表达能够增强本氏烟对烟草茄病镰刀菌蓝色变种的防御,但对烟草青枯菌的作用与对照相比无明显差异。研究还发现,ScLOX1基因的表达受茉莉酸甲酯和水杨酸抑制下调,但受脱落酸、氯化钠和聚乙二醇诱导上调。以上结果为深入研究甘蔗ScLOX1基因的功能提供参考资料。 展开更多
关键词 甘蔗 脂氧合酶 生物信息学 实时荧光定量PCR 生物和非生物胁迫
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环形RNA在原发性肝细胞癌中的研究现状及展望 预览
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作者 廖艳 陈谱 廖维甲 《中国实验诊断学》 2019年第1期175-178,共4页
随着高通量测序及生物信息学等领域快速发展,越来越多的环形RNA(CircRNA)在生物体内被发现。CircRNAs具有microRNA(miRNA)“海绵作用”、调控亲本基因表达、与蛋白质相互作用及翻译成蛋白质发挥效应等重要的生物学功能。
关键词 原发性肝细胞癌 蛋白质相互作用 RNA 生物信息学 生物功能 生物体内 基因表达 高通量
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研究生课程免疫信息学的开设及效果初探 预览
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作者 王书峰 吴玉章 陈戬 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期1636-1639,共4页
大数据背景下研究生教育必须转化教育观念和教育模式,以突出研究生创新实践能力以及科研思维的培养。结合当前生命科学的发展趋势、免疫学的自身特点以及作者单位的研究方向,对基础医学专业研究生开设免疫信息学课程。本文就该课程内容... 大数据背景下研究生教育必须转化教育观念和教育模式,以突出研究生创新实践能力以及科研思维的培养。结合当前生命科学的发展趋势、免疫学的自身特点以及作者单位的研究方向,对基础医学专业研究生开设免疫信息学课程。本文就该课程内容的架构、实施方案以及初次开课的效果进行讨论和分析,以期进一步完善免疫信息学课堂教学,并在基础医学专业研究生教育中得到推广。 展开更多
关键词 免疫信息学 生物信息学 研究生教
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生物信息学软件在生物化学蛋白质结构教学中的应用探索 预览
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作者 胡艳瑾 陶阿丽 +2 位作者 卫强 施伶俐 白娟 《信息周刊》 2019年第22期0231-0232,0494共3页
生物化学是药学专业的必修基础课程,蛋白质结构与功能部分是本课程的教学重点之一,对于理解生命现象的本质和蛋白质类药物的设计都是尤其重要的。但这部分内容难度较大,给学生的学习带来很大困难。生物信息学软件是预测蛋白质结构的有... 生物化学是药学专业的必修基础课程,蛋白质结构与功能部分是本课程的教学重点之一,对于理解生命现象的本质和蛋白质类药物的设计都是尤其重要的。但这部分内容难度较大,给学生的学习带来很大困难。生物信息学软件是预测蛋白质结构的有力工具之一,能够直观地看到蛋白质的结构,从而更好地理解结构和功能的关系。本文探索运用生物信息学软件展示学生感兴趣的蛋白质结构,并以hGluRS 2蛋白为例,使用在线软件分析hGluRS 2性质,展示其结构。该方法可提高学生的积极性,有助于深入蛋白质结构,并在后续实践工作中进行蛋白质药物设计有一定引导作用。 展开更多
关键词 生物 蛋白质 结构与功能 生物信息学
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生物技术专业生物信息学课程的教学研究 预览
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作者 王康宇 李晓玲 王志英 《现代交际》 2019年第8期173-174,共2页
生物信息学是随着基因组学和系统生物学发展起来的一门重要的新兴交叉学科,也是很多高校中生物学专业的专业核心课程之一。吉林农业大学生命科学学院已将生物信息学课程纳入生物技术专业本科生人才培养环节,基本建成了完善的以教师授课... 生物信息学是随着基因组学和系统生物学发展起来的一门重要的新兴交叉学科,也是很多高校中生物学专业的专业核心课程之一。吉林农业大学生命科学学院已将生物信息学课程纳入生物技术专业本科生人才培养环节,基本建成了完善的以教师授课为基础、实验操作为核心、学生自主操作与练习为过程、教学效果为目的的教学体系。 展开更多
关键词 生物技术 生物信息学 研究 本科生 虚拟仿真
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扩增子测序分析助力传统发酵食品微生物群落研究 预览
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作者 孙善峰 黄晓宁 +1 位作者 韩北忠 陈晶瑜 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第5期1-5,共5页
高通量测序技术的发展促进了基因组学技术在中国传统发酵食品微生物研究中的应用,而扩增子测序是目前相对成熟且普遍使用的基因组学技术。采用生物信息学方法分析由测序产生的大量序列数据,揭示数据隐藏的生物学信息至关重要。生物信息... 高通量测序技术的发展促进了基因组学技术在中国传统发酵食品微生物研究中的应用,而扩增子测序是目前相对成熟且普遍使用的基因组学技术。采用生物信息学方法分析由测序产生的大量序列数据,揭示数据隐藏的生物学信息至关重要。生物信息学贯穿于扩增子测序数据的收集、存储、处理和分析等各个阶段。该文归纳了目前在扩增子数据分析中常用的数据库、算法及生物信息分析工具,总结了近几年基于扩增子测序的生物信息学方法在中国传统发酵食品研究中的应用,为扩增子测序分析技术的改进和发展提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 扩增子测序 中国传统发酵食品 生物群落 功能预测
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生物信息学教学中本科生创新能力培养探讨 预览
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作者 王亮 朱作斌 +4 位作者 吴响 王竞 朴雪 刘莘 胡俊峰 《继续医学教育》 2019年第7期37-38,共2页
生物信息学是一门医学交叉学科,近年来在教学中正在积极探索新的教学理念和教学方法.在新医改形势下,现代医学对人才的要求发生了变化,人才信息素养和创新能力要求较高,医学教育内容不再局限于医学知识,而且要求掌握通用教育和信息教育... 生物信息学是一门医学交叉学科,近年来在教学中正在积极探索新的教学理念和教学方法.在新医改形势下,现代医学对人才的要求发生了变化,人才信息素养和创新能力要求较高,医学教育内容不再局限于医学知识,而且要求掌握通用教育和信息教育等知识,提高学生对生物数据意义的了解和生物数据处理的能力,故而传统教育模式已无法满足新时代人才培养方案.生物信息学教学中学生创新能力的培养,需要从学生主体性地位、教学方法创新、实践教学改革等方面入手,引入新时代教育教学理念和教学技术,改革传统教育模式,以生物数据和数据处理为核心,加强学生创新能力培养,以计算机平台为主,开展实践教育,提高学生知识应用能力. 展开更多
关键词 生物信息学 生创新能力 创新 教育模式 生物数据处理 实践教
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五加科植物鲨烯合酶核苷酸及其编码氨基酸序列的生物信息学分析 预览
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作者 魏磊 常霞 +5 位作者 全彦涛 陈飞 景炳年 崔炜 朱杰 王伟 《江苏农业科学》 2019年第12期57-62,共6页
鲨烯合酶(squalene synthase,EC2.5.1.21,简称SQS)是三萜类化合物生物合成通路的关键酶之一。采用生物信息学方法对13种五加科植物的SQS核苷酸及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、磷酸化位点、亲/疏水性、信号肽、导肽、跨膜结构域、... 鲨烯合酶(squalene synthase,EC2.5.1.21,简称SQS)是三萜类化合物生物合成通路的关键酶之一。采用生物信息学方法对13种五加科植物的SQS核苷酸及其编码氨基酸序列的结构、理化性质、磷酸化位点、亲/疏水性、信号肽、导肽、跨膜结构域、亚细胞定位、二级结构、功能域、三级结构及进化关系进行初步预测和分析,并构建SQS蛋白家族的系统进化树。结果表明,13种五加科植物的SQS氨基酸序列结构与理化性质基本一致,均表现出亲水性,没有信号肽,具有跨膜结构域;亚细胞定位分析显示,除 Panax sokpayensis 定位于内质网膜上,其余均定位于质膜上。α螺旋和无规则卷曲为SQS二级结构中最主要的结构元件,保守区包括底物结合区、镁离子结合位点、活性位点残基盖、催化残基和2个天冬氨酸富集区,具有典型的多聚异戊二烯基合成酶活性结构域和鲨烯/八氢番茄红素合成酶活性结构域。分析结果可为SQS的酶学特性及三萜类化合物生物合成的分子机制研究提供理论基础。 展开更多
关键词 五加科 生物信息学 鲨烯合酶 三萜生物合成
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8个茶树WRKY转录因子基因的克隆与表达分析 被引量:1
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作者 王鹏杰 陈笛 +5 位作者 林浥 郑知临 郑玉成 杨江帆 岳川 叶乃兴 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期685-693,共9页
目的克隆茶树WRKY转录因子(Cs WRKYs)家族中的8个成员,并对其进行生物信息学和非生物胁迫下的表达分析。方法采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术从'铁观音'茶树品种中克隆8个WRKY基因,运用生物信息学的方法对8个WRKY基因编码的... 目的克隆茶树WRKY转录因子(Cs WRKYs)家族中的8个成员,并对其进行生物信息学和非生物胁迫下的表达分析。方法采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术从'铁观音'茶树品种中克隆8个WRKY基因,运用生物信息学的方法对8个WRKY基因编码的蛋白进行理化性质分析,同时通过与拟南芥同源基因的比较进行进化树的构建、多序列比对及保守基序分析。采用qRT-PCR方法检测8个WRKY基因在低温、干旱和脱落酸(abscisicacid,ABA)胁迫处理下的表达量。结果 8个WRKY转录因子基因开放阅读框(ORF)长度分别为1 407、2 208、1 302、849、978、879、1 443和810 bp,分别编码468、735、433、282、325、292、480和269个氨基酸,GenBank登录号分别为MG298951、MG298952、MG298955、MG298956、MG298957、MG298959、MG298960和MG298963。系统进化树及序列比对分析显示,8个CsWRKYs可以分成了2个大组;除CsWRKY39缺少锌指结构外,其他CsWRKYs均含有WRKYGQK保守七肽结构域及锌指结构组成的WRKY结构域。非生物胁迫下的表达模式显示,CsWRKYs基因在低温、干旱和ABA胁迫处理下均有表达且表达受到不同程度的诱导;CsWRKY2、CsWRKY21、CsWRKY23、CsWRKY44和CsWRKY65基因在低温处理后表达量上调超过2,显著响应低温胁迫;CsWRKY21、CsWRKY23、CsWRKY39和CsWRKY65在干旱胁迫处理12 h及ABA处理6 h时均上调表达。结论克隆获得来自不同组的8个茶树WRKY基因,推测与茶树抗逆密切相关。 展开更多
关键词 茶树 WRKY转录因子 克隆 生物信息学 生物胁迫
SDTW算法在生物信息学中的应用 预览
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作者 张浩男 孔令花 赵万通 《内江科技》 2019年第5期41-42,共2页
随着生物学的发展,涌现了大量的生物信息数据,而我们如何有效地分析它们蕴含的信息,发现他们之间的联系和不同,是学者们乃至全人类需要思考的问题,虽然科学家们已经开发了很多方法,但仍然不能获得最准确的结果。针对这种情况,本文综合... 随着生物学的发展,涌现了大量的生物信息数据,而我们如何有效地分析它们蕴含的信息,发现他们之间的联系和不同,是学者们乃至全人类需要思考的问题,虽然科学家们已经开发了很多方法,但仍然不能获得最准确的结果。针对这种情况,本文综合了国内外发展现状,又运用了生物信息学方面的知识介绍了SDTW算法在生物信息学中的应用—DNA序列相似性的比对。本文首先介绍了SDTW算法的原理和流程,然后又对它应用于DNA序列相似性比对的步骤进行了概述,并通过数据分析了算法的可行性,最后进行了总结。 展开更多
关键词 生物信息学 DTW算法 应用 序列相似性 信息数据 数据分析 DNA 生物
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脓毒症患者骨骼肌细胞基因标志物的特征分析
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作者 田阔 王健健 +4 位作者 刘佩芳 张荟雪 卢晓宇 徐晨 王丽华 《中华危重病急救医学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期293-297,共5页
目的利用生物信息学方法分析脓毒症患者骨骼肌细胞基因标志物的特征。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因表达数据库(GEO)中获取脓毒症患者骨骼肌纤维组织基因芯片表达数据集(GSE13205),利用NCBI网站提供的在线R语言分析工具(G... 目的利用生物信息学方法分析脓毒症患者骨骼肌细胞基因标志物的特征。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)的基因表达数据库(GEO)中获取脓毒症患者骨骼肌纤维组织基因芯片表达数据集(GSE13205),利用NCBI网站提供的在线R语言分析工具(GEO2R)进行基因差异表达分析,用在线生物信息队列研究工具(BART)和美国国家网络生物学资源项目软件Cytoscpe进行数据处理、分析并绘图;应用DAVID基因数据库中的京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集方法和基因本体(GO)功能富集方法对差异表达基因进行在线通路富集分析和GO功能分析;并进一步应用基因与蛋白质相互作用检索数据库(STRING-DB)进行基因数据集相关蛋白质的相互作用分析。结果在GSE13205数据集中提取前250个基因(TOP250),共242个差异表达基因纳入分析,其中上调基因78个,下调基因164个。这些差异表达基因被富集到不同的生物学过程或分子功能的子集中,其中生物学过程主要富集在生长的正负向调控和矿物质的吸收等通路上。在蛋白质相互作用网络图中识别到14个最为密切相关的差异表达基因。结论脓毒症患者差异表达基因主要集中在控制细胞生长凋亡以及介导肿瘤相关免疫功能异常的自身调节等方面。 展开更多
关键词 脓毒症 基因芯片 生物信息学 生物标志物
不同品种灰毡毛忍冬ACS3基因克隆、表达及生物信息学分析
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作者 刘畅宇 陈勋 +4 位作者 陈娅 龙雨青 童巧珍 刘湘丹 周日宝 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期2154-2164,共11页
目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用... 目的分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析。方法筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性;借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(ACS3)基因在不同品种、不同花期灰毡毛忍冬中表达模式。结果从灰毡毛忍冬野生品种及湘蕾品种中分别克隆得Lm-ACS3(GenBank:MH724196)及Lm-XL-ACS3(GenBank:MH724197),开放阅读框长度均为1452bp,编码483个氨基酸,包含保守的Aminotran12结构域,与其他植物的ACC合酶具较高相似度;qRT-PCR结果显示,野生型ACS3基因不同花期间表达差异显著,从花期3开始呈整体明显上升趋势,湘蕾型中花期间表达差异相对较小。结论分别克隆得到灰毡毛忍冬野生型和湘蕾型ACS3基因,该基因在2品种中具不同表达模式;推测ACS3基因或为导致灰毡毛忍冬不同品种间差异表型的可能功能基因之一,为进一步验证该基因在调控蕾期长短及花表型的生物学功能提供实验基础。 展开更多
关键词 灰毡毛忍冬 乙烯生物合成 1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶 基因克隆 生物信息学 实时荧光定量PCR
医学研究生交叉学科思维培养初探 预览
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作者 滑明溪 杜鹏程 +1 位作者 李国力 杜娟 《继续医学教育》 2019年第9期50-51,共2页
细菌感染是临床医院面临的严重问题,尤其是耐药菌感染,呈现复杂性、难治性等特点,严重威胁人类的健康。分子生物学方法是快速检测耐药基因、识别感染细菌的型别的强有力工具之一。由于耐药菌种类增多,临床上感染病原谱越来越复杂,传统... 细菌感染是临床医院面临的严重问题,尤其是耐药菌感染,呈现复杂性、难治性等特点,严重威胁人类的健康。分子生物学方法是快速检测耐药基因、识别感染细菌的型别的强有力工具之一。由于耐药菌种类增多,临床上感染病原谱越来越复杂,传统的分子生物学方法检测能够提供的数据信息不能满足临床诊断的需要。随着生物信息学的发展,宏基因组的检测为临床提供更全面更准确的信息,但传统的分子生物学教育并不涉及宏基因组测序及生物信息学知识的教授。为了满足大数据背景下临床医学研究生教学的培养要求、提高医学研究生的理论和实验技能水平,探索分子生物学与生物信息学交叉学科思维培养的教学方式,提高教学质量,并对医学分子生物学研究生培养改革进行初步探索。 展开更多
关键词 研究生教 感染 细菌耐药 分子生物 生物信息学 交叉
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从源头为“舌尖上的安全”而战——记中国农业大学动物医学院副教授王少林 预览
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作者 刘江 《科学中国人》 2019年第1期52-53,共2页
专家简介:王少林,中国农业大学动物医学院副教授,目前主要从事药理基因组、毒理基因组、微生物相关宏基因组和生物信息学方面的研究。2003年本科毕业于中国农业大学生物学院,2009年获美国奥本大学农学院分子生物学专业博士学位。2009-2... 专家简介:王少林,中国农业大学动物医学院副教授,目前主要从事药理基因组、毒理基因组、微生物相关宏基因组和生物信息学方面的研究。2003年本科毕业于中国农业大学生物学院,2009年获美国奥本大学农学院分子生物学专业博士学位。2009-2010年,任奥本大学水产系鱼类分子生物学实验室助理研究员;2010-2014年,任弗吉尼亚大学医学院神经遗传学和药理基因组学实验室研究员。发表SCI论文80余篇,以第一作者和通讯身份发表文章共20篇。 展开更多
关键词 中国农业大 副教授 动物 生物信息学 分子生物 基因组 安全
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基于长链非编码RNA的生物信息学分析构建膀胱癌预后模型并确定预后生物标志物 预览
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作者 杨飞龙 洪锴 +3 位作者 赵国江 刘承 宋一萌 马潞林 《北京大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期615-622,共8页
目的:构建基于长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的膀胱癌预后模型,并寻找预后生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载膀胱癌转录组及临床数据,Perl软件和R软件用于数据处理和分析。首先... 目的:构建基于长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)的膀胱癌预后模型,并寻找预后生物标志物。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载膀胱癌转录组及临床数据,Perl软件和R软件用于数据处理和分析。首先筛选差异表达lncRNA,继而对筛选结果进行单因素Cox回归分析以初步筛选与预后相关的lncRNA,再进一步用Lasso回归分析筛选影响预后的关键lncRNA,并运用多因素Cox回归分析构建预后模型。根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,运用Kaplan-Meier(K-M)生存分析、受试者接受特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线和C指数对模型进行评价。此外,运用多因素Cox回归分析计算预后模型中各lncRNA的危险比和95%置信区间,并对差异有统计学意义的lncRNA进行K-M生存分析以确定预后生物标志物。结果:单因素Cox回归分析显示,在691个差异表达的lncRNA中,35个可能与预后相关,其中23个经Lasso回归分析确认为影响预后的关键lncRNA。此外,K-M生存分析结果显示低风险组的总生存时间较高风险组长[(2. 85±2. 72)年vs.(1. 58±1. 51)年,P <0. 001],ROC曲线显示3年生存率和5年生存率的曲线下面积分别为0. 813和0. 778,C指数为0. 73。多因素Cox回归表明,23个关键lncRNA中有11个lncRNA差异有统计学意义,进一步的K-M生存分析表明,其中有3个lncRNA可能具有独立的预后价值,包括lncRNA AL589765. 1(P=0. 004),AC023824. 1(P=0. 022)和PKN2-AS1(P=0. 016)。结论:通过生物信息学分析,成功构建了基于23个lncRNA表达水平的膀胱癌预后模型,预测准确性中等,并确定了一个保护性预后生物标志物AL589765. 1,以及两个不利的预后生物标志物AC023824. 1和PKN2-AS1。 展开更多
关键词 长链非编码RNA 预后模型 预后生物标志物 膀胱癌 生物信息学
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大戟科植物鲨烯环氧酶核苷酸及其编码氨基酸序列生物信息学分析 预览
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作者 王学方 景炳年 +2 位作者 周雍 王伟 魏磊 《河南科学》 2019年第7期1082-1089,共8页
鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SQE)是在三萜和甾醇类化合物生物合成通路中的关键酶.主要采用生物信息学方法对17种大戟科植物的SQE核苷酸及其编码氨基酸序列的序列结构、理化特性方面以及空间结构进行了初步预测和分析,并构建SQE蛋白... 鲨烯环氧酶(squalene epoxidase,SQE)是在三萜和甾醇类化合物生物合成通路中的关键酶.主要采用生物信息学方法对17种大戟科植物的SQE核苷酸及其编码氨基酸序列的序列结构、理化特性方面以及空间结构进行了初步预测和分析,并构建SQE蛋白家族的系统进化树.结果表明,17种大戟科植物的SQE氨基酸序列结构与理化性质具有一定差异,多为碱性的疏水性蛋白;多数不具有信号肽,没有导肽分裂位点,却具有导肽,具有0~5个数量不等的跨膜结构域;亚细胞定位预测可能定位在内质网膜、质膜、类囊体膜和线粒体内膜上. SQE二级结构中最主要的结构元件是α螺旋和无规则卷曲,保守区都含有一个PLN02985 superfamily保守结构域,属于鲨烯单加氧酶超家族.分析结果可为SQE的酶学特性及三萜类化合物生物合成的分子机制研究提供理论基础. 展开更多
关键词 大戟科 生物信息学 鲨烯环氧酶 三萜生物合成
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大豆GmANKTM家族非生物胁迫生物信息学分析 预览
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作者 柏锡 王昕奕 +4 位作者 陈云 杨亚男 黄荣梅 郑佳佳 王佳 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期18-27,39共11页
ANKTM(Ankyrin repeats transmembrane)蛋白属锚蛋白超家族,包含ANK基序和跨膜结构域,在非生物胁迫、生物胁迫、诱发衰老中起重要作用。为了解大豆ANKTM(Ankyrin repeats transmembrane)家族成员及其胁迫响应规律,利用生物信息学和q-PC... ANKTM(Ankyrin repeats transmembrane)蛋白属锚蛋白超家族,包含ANK基序和跨膜结构域,在非生物胁迫、生物胁迫、诱发衰老中起重要作用。为了解大豆ANKTM(Ankyrin repeats transmembrane)家族成员及其胁迫响应规律,利用生物信息学和q-PCR方法研究大豆ANKTM家族成员。结果表明,从大豆中鉴定出62个ANKTM家族基因,分为5个亚家族。该家族编码蛋白含346~1 039个氨基酸,分子质量为37.88~114.83 ku,等电点(pI)为4.46~9.61。分析蛋白结构域发现,GmANKTM家族含ANK基序和跨膜结构域,58个基因含PGG结构域,此外还含ACBP、SBP、DHHC、G-PCR等其他结构域。除ANK基序、跨膜结构域和PGG结构域外其他结构域主要集中在第5亚家族。其余亚家族结构域分布位置和数量相近。启动子区域顺式元件分析发现,GmANKTM家族基因含光响应元件、激素响应相关元件和逆境响应相关元件。组织分析发现GmANKTM家族第5亚家族组织表达量高于其他亚家族。利用大豆转录组数据库分析发现,GmANKTM家族基因受盐胁迫和干旱胁迫强烈诱导。 展开更多
关键词 大豆 ANKTM家族 生物信息学 生物胁迫
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基于生物信息学分析参与结核病的关键基因和通路
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作者 吴茜 宋兴勃 +2 位作者 钟慧钰 温阳 应斌武 《华西医学》 CAS 2019年第9期1033-1041,共9页
目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并使用基因本体论... 目的探索结核病的发病机制,为结核病的早期诊断和治疗评估提供新思路。方法从基因表达数据库中获取GSE54992基因表达谱,使用美国国立生物技术信息中心在线实验室筛选差异表达基因(differentially expressed gene,DEG),并使用基因本体论分析、代谢通路分析(pathway分析)、基因信号网络分析、共表达分析的方法对所获得基因进行分析。结果与健康对照相比,在结核病患者中筛选出共3 492个DEG。其中,1 686个基因上调,1 806个基因下调;DEG主要涉及小分子代谢过程、信号转导、免疫反应、炎症反应、先天免疫反应等方面,pathway分析发现主要通路涉及趋化因子信号通路、肺结核、核因子kappa-B信号通路、细胞因子受体相互作用等方面;基因信号网络分析发现核心基因为AKT3、PLCB1、MAPK8、NFKB1;共表达网络分析推测核心基因为PYCARD、TNFSF13、PHPT1、COMT、GSTK1。结论 AKT3、PYCARD、IRG1、CD36等基因及其相关的生物过程可能是结核发生发展过程中的重要参与者,生物信息学有助于全面深入研究疾病发生机制,筛选可能的核心靶点,为临床诊断及治疗结核提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 结核 基因表达数据库 美国国立生物技术信息中心
基于生物信息学技术的生物活性肽研究进展 预览
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作者 周亭屹 高新昌 +2 位作者 党亚丽 潘道东 曹锦轩 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第12期335-340,共6页
传统的生物活性肽分离、纯化过程耗时费力,且鉴定难度较大,同时缺乏快速准确的活性评价方法,如何快速高效的提取制备活性肽仍是目前生物活性肽研究的重点。近年来发展迅速的生物信息学技术可为生物大数据分析提供方法和工具,正逐渐应用... 传统的生物活性肽分离、纯化过程耗时费力,且鉴定难度较大,同时缺乏快速准确的活性评价方法,如何快速高效的提取制备活性肽仍是目前生物活性肽研究的重点。近年来发展迅速的生物信息学技术可为生物大数据分析提供方法和工具,正逐渐应用于生物活性肽的功能研究。本文首先总结了传统生物活性肽的分离、纯化及活性研究方法中的难点,然后重点阐述了生物信息学技术在模拟酶解、酶解产物的功能预测及与前体蛋白的选择,活性肽的识别和预测以及构效关系等方面的应用,以期为生物信息学在活性肽研究中的广泛应用提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 生物活性肽 模拟酶解 活性预测
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白三叶TrMYB1R1全长克隆及转录表达分析 预览
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作者 贾彤 马赛男 +4 位作者 雍斌 张艳 吴星 李州 彭燕 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第1期190-199,共10页
R1-MYB是MYB转录因子家族中的一亚类,可能参与植物非生物胁迫应答。通过RT-PCR和RACE技术,在白三叶(Trifolium repens)中成功克隆出一个MYB转录因子TrMYB1R1,基因全长1403bp,编码297个氨基酸残基。通过生物信息学分析,发现TrMYB1R1蛋白... R1-MYB是MYB转录因子家族中的一亚类,可能参与植物非生物胁迫应答。通过RT-PCR和RACE技术,在白三叶(Trifolium repens)中成功克隆出一个MYB转录因子TrMYB1R1,基因全长1403bp,编码297个氨基酸残基。通过生物信息学分析,发现TrMYB1R1蛋白含有一个MYB结构域,属于MYB-related蛋白,保守域形成3个α-螺旋;亚细胞定位预测该蛋白可能位于细胞核中。同源进化分析结果显示TrMYB1R1蛋白和豆科植物MYB蛋白亲缘较近,蛋白进化符合植物进化分类。非生物胁迫和外源激素处理结果表明,该基因在白三叶根和叶中均受到诱导调节。在聚乙二醇(PEG)水分胁迫、镉胁迫、4℃冷处理及35℃高温处理下,白三叶TrMYB1R1表达受到抑制,且该基因对镉、冷及热处理响应强烈,对PEG处理响应较弱;而在NaCl胁迫处理下该基因受到诱导表达;同时,脱落酸(ABA)处理前期抑制TrMYB1R1表达,但细胞分裂素(CTK)显著诱导该基因表达。这些结果表明,该基因可能参与多种非生物胁迫应答并可能受激素调控,但对TrMYB1R1在白三叶中的功能及调控作用仍需进一步研究。 展开更多
关键词 白三叶 MYB 生物信息学 生物胁迫 激素调节 重金属 水分胁迫
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