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生物信息学资源及其在医学微生物学教学中应用的体会 认领
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作者 陈艳炯 杨娥 +2 位作者 寻萌 韩蕾 王彪 《医学教育研究与实践》 2020年第3期482-486,共5页
生物信息学是生物医学发展的强劲动力,而生物信息学资源在医学教学和研究过程中具有重要的应用价值。生物信息学资源包括生物信息学数据库和在线的或者商品化的分析工具(软件或者程序)。本文探讨了医学生物信息学的概念及其对提高医学... 生物信息学是生物医学发展的强劲动力,而生物信息学资源在医学教学和研究过程中具有重要的应用价值。生物信息学资源包括生物信息学数据库和在线的或者商品化的分析工具(软件或者程序)。本文探讨了医学生物信息学的概念及其对提高医学生信息素质的意义,以及生物信息学资源在医学微生物学教学中的应用。希望说明借助生物信息学教学可以培养学生不仅对于信息有敏锐的感受力、持久的注意力和对信息价值的判断力、洞察力,而且具备确定信息需求的时机、选择信息源、高效获取信息、处理评估信息和有效利用信息的能力;同时注重知识产权的保护、医学信息使用的伦理和法律规范;最终获得终身学习的能力,在拥有更好的职业生涯的同时为人类健康事业做出更大的贡献。 展开更多
关键词 生物信息学 信息素质 生物信息学 生物
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微量元素硒和铜的生物学效应及生物信息学分析 认领
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作者 倪嘉缵 张焱 +5 位作者 刘琼 都秀波 宋国丽 姜亮 沈立明 张中豪 《中国科技成果》 2020年第6期57-58,共2页
介绍研究团队近些年关于微量元素,特别是硒和铜的生物学效应及生物信息学方面的研究工作.团队工作主要体现在以下几个方面:利用生物信息学先进理论和方法,开展硒和铜的代谢网络、功能与进化规律的系统研究,深入分析硒和铜在生物体中的... 介绍研究团队近些年关于微量元素,特别是硒和铜的生物学效应及生物信息学方面的研究工作.团队工作主要体现在以下几个方面:利用生物信息学先进理论和方法,开展硒和铜的代谢网络、功能与进化规律的系统研究,深入分析硒和铜在生物体中的代谢调控机制及与疾病的关系等重要问题,为在生物医学领域开发新靶点、新理论、新药物提供重要参考. 展开更多
关键词 微量元素 生物信息学 生物
肠道菌群的影响因素研究进展 认领
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作者 刘欣 郭宇冰 +1 位作者 楚治良 高春芳 《结直肠肛门外科》 2020年第4期393-397,共5页
肠道菌群是肠道内微生物群落的总称,是近年来生物学、医学、生物信息学等领域的研究热点之一。众多的研究结果表明,肠道菌群与人体的各大系统疾病均有关联,如炎症性肠病、高血压病、2型糖尿病、心血管疾病、自闭症、多囊卵巢综合征、免... 肠道菌群是肠道内微生物群落的总称,是近年来生物学、医学、生物信息学等领域的研究热点之一。众多的研究结果表明,肠道菌群与人体的各大系统疾病均有关联,如炎症性肠病、高血压病、2型糖尿病、心血管疾病、自闭症、多囊卵巢综合征、免疫类疾病等~([1-7])。肠道微生物与宿主、环境相互作用,通过不同方式影响人类的健康。肠道菌群的结构和功能受多种因素影响,本文就饮食、运动、药物、miRNA这几个方面近几年的研究进展进行综述。 展开更多
关键词 多囊卵巢综合征 自闭症 肠道菌群 心血管疾病 炎症性肠病 肠道微生物 2型糖尿病 生物信息学
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玉米生长调节因子(GRF)家族的全基因组鉴定及在非生物胁迫下的表达研究 认领
4
作者 赵训超 盖胜男 +6 位作者 魏玉磊 许晓萱 丁冬 刘梦 张今杰 邵文静 徐晶宇 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期33-40,47,共9页
以拟南芥作为种子序列进行Blastp序列比对,共鉴定15个ZmGRFs基因,对其理化性质、系统进化关系等在非生物胁迫下的表达进行分析。根据系统发育树分析表明,ZmGRFs基因与单子叶植物水稻亲缘关系较近,15个ZmGRFs基因分别定位在1、2、4、5、6... 以拟南芥作为种子序列进行Blastp序列比对,共鉴定15个ZmGRFs基因,对其理化性质、系统进化关系等在非生物胁迫下的表达进行分析。根据系统发育树分析表明,ZmGRFs基因与单子叶植物水稻亲缘关系较近,15个ZmGRFs基因分别定位在1、2、4、5、6、7、9、10号染色体上且各个基因之间高度同源,每个亚族之间基因结构及保守基序均相对保守。ZmGRFs蛋白二级结构均以α-螺旋和无规卷曲为主。根据磷酸化位点预测分析表明,除ZmGRF6和ZmGRF9不含酪氨酸外,其他ZmGRFs蛋白均含有潜在的丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸位点且各蛋白之间的潜在的磷酸化位点数目差异较大。根据转录组数据分析表明,ZmGRF4和ZmGRF13基因在NaHCO3上调表达,同时发现热、盐和干旱胁迫下ZmGRF4和ZmGRF13基因表达较高,冷胁迫下ZmGRF1/3/4/15基因表达较高。根据不同组织部位表达谱分析显示,ZmGRF4和ZmGRF13在各个部位表达均较高。 展开更多
关键词 玉米 生长调节因子(GRF) 生物胁迫 表达分析 生物信息学
基于生存分析的生物信息学方法筛选乳腺癌枢纽基因和关键通路 认领
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作者 陈思 刘春良 +2 位作者 赵倩 孙海鹏 刘云霞 《上海交通大学学报:医学版》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期294-302,共9页
目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier ... 目的·利用生物信息学分析,将基因表达数据与临床生存分析相结合,以筛选乳腺癌的枢纽基因和关键通路。方法·从GEO数据库(Gene Expression Omnibus)下载了3个乳腺癌基因表达数据集,筛选出乳腺癌中的差异表达基因。Kaplan-Meier plotter数据库进一步筛选出与总体生存期相关的差异表达基因,并对这些基因进行GO(Gene Ontology)功能分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析。通过构建蛋白-蛋白相互作用网络筛选乳腺癌枢纽基因。利用Oncomine数据库和人类蛋白质图谱数据库来验证枢纽基因的表达。实时荧光定量PCR检测人乳腺癌细胞MDA-MB-231和人正常乳腺上皮细胞MCF-10A中枢纽基因的表达情况。结果·筛选到262个差异表达基因与乳腺癌患者的总体生存期显著相关。GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,这些基因与细胞核分裂、细胞分裂和染色体分离相关,并且主要富集在细胞周期、FoxO信号通路和卵母细胞减数分裂等通路上。蛋白质相互作用网络构建确定了10个枢纽基因。经数据库验证,它们在乳腺癌中均高表达;实时荧光定量PCR结果显示,10个枢纽基因中有8个在乳腺癌细胞中高表达。结论·通过基于生存分析的生物信息学方法筛选出了参与乳腺癌发生发展的关键基因和通路,这些基因和通路主要与细胞周期调控和细胞分裂相关。 展开更多
关键词 乳腺癌 生物信息学 枢纽基因 生存分析 生物标志物
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小鼠纹状体与视网膜的比较转录组学分析 认领
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作者 须周恒 朱营利 +4 位作者 孙孟菲 魏志远 潘佳琪 潘旭斌 陈建欢 《深圳大学学报:理工版》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第1期17-24,共8页
已发现以纹状体多巴胺减少为主要病变之一的帕金森综合症(Parkinson’s disease,PD),可能伴有视网膜病理改变.通过分析比较小鼠纹状体及视网膜在转录组水平的基因表达谱异同,探讨PD相关视网膜病理改变的潜在分子基础.对正常成年C57BL/6... 已发现以纹状体多巴胺减少为主要病变之一的帕金森综合症(Parkinson’s disease,PD),可能伴有视网膜病理改变.通过分析比较小鼠纹状体及视网膜在转录组水平的基因表达谱异同,探讨PD相关视网膜病理改变的潜在分子基础.对正常成年C57BL/6小鼠的纹状体和视网膜进行核糖体核糖核酸(ribosomal ribonucleic acid,r RNA)减除法建库、转录组测序和生物信息学分析,比较两者基因表达谱的异同,分析差异基因所富集的基因功能和信号通路.重点比较两者PD信号通路基因表达的异同,并构建相关基因互作网络.比较转录组学分析发现两者显著差异表达的基因共2478个.其中,1579个基因在纹状体中呈高表达;899个基因在视网膜中呈高表达.在纹状体中,高表达基因富集的功能和通路主要与信号转导及膜转运相关;而在视网膜中,则表现为与转录和光转导相关.PD信号通路有11个基因在纹状体高表达,而在视网膜呈现显著低表达,该通路中其他大多数基因则在两种组织间有相似的表达模式.研究结果揭示了小鼠纹状体和视网膜在转录组水平上的基因表达谱的异同,并探索了与PD相关视网膜病变的潜在分子基础. 展开更多
关键词 神经生物 帕金森病 二代测序 转录组 纹状体 视网膜 生物信息学 基因互作网络
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通过生物信息学筛选头颈部鳞状细胞癌差异表达基因及相关生物学特性分析 认领
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作者 王凯 肖剑 +1 位作者 宋业勋 李和清 《中国耳鼻咽喉头颈外科》 CSCD 2020年第7期377-381,共5页
目的利用生物信息学方法,筛选出与头颈鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进而寻找出有助于头颈鳞状细胞癌早期诊断和预后的分子生物标志物。方法整合3个GEO数据库,筛选DEGs,进行GO(gene onto... 目的利用生物信息学方法,筛选出与头颈鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),进而寻找出有助于头颈鳞状细胞癌早期诊断和预后的分子生物标志物。方法整合3个GEO数据库,筛选DEGs,进行GO(gene ontology)功能注释及KEGG(the Kyoto Encyclopedia of Gene and Genomes)通路富集分析,构建蛋白质-蛋白质作用网络(protein-protein interaction,PPI),提取关键基因,验证其差异表达水平及与预后的关系。结果从数据集中共筛选出39个上调基因和44个下调基因;GO分析发现上调的DEGs生物学功能主要是细胞外基质结构活性、结构分子活性等,下调的DEGs主要与代谢、结构分子活性等有关。KEGG分析表明上调的DEGs主要在PI3k-Akt信号通路、粘着斑;下调的DEGs主要集中在化学致癌、药物代谢-细胞色素P450途径。通过PPI筛选出4个关键基因MMP1、PLAU、RBP1、SEMA3C与头颈鳞状细胞癌的无病生存期显著相关,且高表达组的预后显著差于低表达组。结论本研究筛选出MMP1、PLAU、RBP1、SEMA3C与头颈鳞状细胞癌的发生发展和预后相关,为临床诊断和治疗提供了新的靶点。 展开更多
关键词 鳞状细胞 预后 生物信息学 差异表达基因 生物标志物
日本落叶松LoERF017基因的克隆及生物信息学分析 认领
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作者 马苗苗 李成浩 +2 位作者 刘晓 张馨 杨静莉 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期602-612,共11页
从日本落叶松中克隆得到的LoERF017基因,该基因全长624 bp,共编码206个氨基酸。预测该基因所编码的蛋白只包括一个AP2结构域,其二级结构包括α-螺旋(30.43%),无规卷曲(54.11%),延伸链(12.56%),β-折叠(2.9%)。对该基因进行亚细胞定位,... 从日本落叶松中克隆得到的LoERF017基因,该基因全长624 bp,共编码206个氨基酸。预测该基因所编码的蛋白只包括一个AP2结构域,其二级结构包括α-螺旋(30.43%),无规卷曲(54.11%),延伸链(12.56%),β-折叠(2.9%)。对该基因进行亚细胞定位,结果显示LoERF017基因定位在细胞核中。荧光定量PCR结果表明,LoERF017基因在日本落叶松中的表达有一定的组织特异性,该基因在根中的表达量最高,在茎中的表达量最低,在叶中的表达量居中。干旱胁迫下,LoERF017基因的表达量在根中呈上升趋势,复水后,该基因的表达量有下降趋势。可以初步预测该基因主要在日本落叶松根中表达并行使功能,并推测该基因可能与抗旱相关。 展开更多
关键词 日本落叶松 LoERF017基因 生物信息学 生物胁迫
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生物信息学在动物遗传育种中的应用 认领
9
作者 陈晏 《科学技术创新》 2020年第9期140-141,共2页
随着计算机网络技术的发展,生命科学以及信息科学两个领域之间的关联更加密切,这促进了生物信息学的良好发展,并在一定程度上使得现代医药产业和生物工程都得到了进一步的发展。当前我国在生物信息学中的研究进展较为可观,其中在生命科... 随着计算机网络技术的发展,生命科学以及信息科学两个领域之间的关联更加密切,这促进了生物信息学的良好发展,并在一定程度上使得现代医药产业和生物工程都得到了进一步的发展。当前我国在生物信息学中的研究进展较为可观,其中在生命科学中研究所得的核酸与蛋白质两大分子的结构序列,极大地丰富了生物信息学数据库结构和种类。但是在生物信息学在实际应用中,仍然有很大的发展空间,需要与各类科学技术进行结合,以完善我们当前所获取和存储的生命序列信息,并以此促进我们的农业、生物工程、动物遗传育种等方面的应用发展。本文详细研究了当前生物信息学在动物遗传育种中的应用策略,推进动物遗传育种研究的进一步发展。 展开更多
关键词 生物信息学 动物遗传育种 基因组数据库 生物功能组
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基于生物信息学分析丙肝相关肾病潜在生物标志物 认领
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作者 陈志敏 林丹华 《中国免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第17期2064-2070,共7页
目的:利用生物信息学方法寻找丙型肝炎(HCV)和慢性肾脏病(CKD)的共表达差异基因(co-DEGs),并预测HCV相关性肾病潜在的生物标志。方法:在公共基因表达数据库GEO中下载HCV基因芯片数据GSE20948和CKD基因芯片数据GSE15072,利用R语言筛选出... 目的:利用生物信息学方法寻找丙型肝炎(HCV)和慢性肾脏病(CKD)的共表达差异基因(co-DEGs),并预测HCV相关性肾病潜在的生物标志。方法:在公共基因表达数据库GEO中下载HCV基因芯片数据GSE20948和CKD基因芯片数据GSE15072,利用R语言筛选出各自的差异基因,并于Genecards数据库取CKD与HCV差异基因的取交集,得到co-DEGs,随后通过R语言对两组数据的DEGs进行GO富集分析和KEGG通路分析,并对4个co-DEGs行KEGG通路分析。STRING和Cytoscape构建差异基因表达蛋白的互作网络并筛选关键节点基因。通过AmiGO数据库对co-DEGs进行功能条目注释,并使用CTD数据库搜索co-DEGs可能导致的疾病。最后,进一步通过miRDB、mirDIP、TargetScan数据库筛选co-DEGs靶向的miRNA,使用miEAA数据库分析靶向miRNA的功能通路。结果:GSE20948共筛选出122个HCV的差异基因,GSE15072共筛选出235个CKD的差异基因,与Genecards数据库取交集后得到4个HCV和CKD的co-DEGs:GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10,GO富集分析显示HCV的DEGs主要参与的分子生物学过程包括胺代谢过程、内源性细胞凋亡信号通路等;CKD的DEGs主要参与的分子生物学过程包括核转录mRNA分解代谢过程及病毒转录等。KEGG通路分析显示HCV的DEGs主要参与抗生素的生物合成通路及氨基酸代谢等通路;CKD的DEGs主要参与氧化磷酸化及非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)等通路。KEGG通路分析提示co-DEGs在果糖和甘露糖代谢通路中富集。通过筛选3个miRNA数据库共得到10个co-DEGs靶向的miRNA,其参与的功能通路主要与炎症反应有关。结论:共表达基因GLRX、NFIL3、PFKFB3和KLF10通过自身功能调控多条信号通路影响HCV相关肾病的发生和发展,是其潜在的生物标志。 展开更多
关键词 生物信息学 丙肝相关性肾病 生物标志物 基因分析
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机器学习在生物信息学领域的应用与研究进展 认领
11
作者 汤胜男 辛学刚 《人工智能》 2020年第1期84-93,共10页
人工智能是计算机科学领域的一个重要分支,机器学习是人工智能领域重要的组成成分,机器学习使计算机能够模拟人类的学习行为,自发地通过学习来获得知识和生活技能,也能在学习的过程中不断改善自身性能,从而实现自我改善。生物信息学是... 人工智能是计算机科学领域的一个重要分支,机器学习是人工智能领域重要的组成成分,机器学习使计算机能够模拟人类的学习行为,自发地通过学习来获得知识和生活技能,也能在学习的过程中不断改善自身性能,从而实现自我改善。生物信息学是将数学和计算机科学应用于生物分子信息的索引、分类与分析等方面的一门交叉学科,目的是研究生命科学中各种生物信息所代表的生物学意义。由于生物信息学领域数据的特点和需求,人工智能领域特别是机器学习很多算法已经在该领域应用广泛,有力地推进了生物信息学的发展。本文就机器学习技术在生物信息学中的应用及研究进展作一综述。 展开更多
关键词 计算机科 机器 人工智能 交叉 生物信息学 生活技能 生命科 生物分子
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基于生物信息学分析筛选肾上腺皮质癌核心基因 认领
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作者 张德莲 蔡昕添 +3 位作者 洪静 朱晴 吴婷 李南方 《医学研究杂志》 2020年第9期62-66,共5页
目的通过生物信息学方法研究肾上腺皮质癌发生、恶化的核心基因,探索可能的预后评估、筛选诊断的分子生物学标志物,为肾上腺皮质癌潜在治疗靶点提供了生物信息学证据支持。方法从GEO数据库下载GSE14922、GSE19750和GSE90713芯片数据,利... 目的通过生物信息学方法研究肾上腺皮质癌发生、恶化的核心基因,探索可能的预后评估、筛选诊断的分子生物学标志物,为肾上腺皮质癌潜在治疗靶点提供了生物信息学证据支持。方法从GEO数据库下载GSE14922、GSE19750和GSE90713芯片数据,利用一系列生物信息学方法对GSE14922芯片进行处理、分析并筛选差异基因。再通过CytoHuhha插件筛选出核心基因,最后分别利用在线分析工具GEPIA和GSE19750、GSE90713芯片数据对核心基因进行生存分析与诊断试验分析。结果从GSE14922芯片获得90个差异基因。通过CytoHuhha插件获得了6个核心基因分别为BUB1、CDK1、CENPF、NDC80、ASPM和DLGAP5。Kaplan-Meier生存曲线分析的结果表明上述核心基因对肾上腺皮质癌患者的诊断及生存预后具有显著影响。ROC分析的结果表明上述核心基因对肾上腺皮质癌患者具有较好的诊断意义。结论通过生物信息学分析获得6个核心基因在肾上腺皮质癌的发生、进展中发挥重要作用,并为揭示肾上腺皮质癌潜在的诊断、预后标志物和治疗靶点提供了新的理论依据。 展开更多
关键词 肾上腺皮质癌 核心基因 生物标志物 生物信息学
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花烟草NaERF1基因的克隆及在非生物胁迫下的表达模式分析 认领
13
作者 鲁琳 赵希胜 +5 位作者 刘桂雲 刘维东 王艳婷 吴玲莉 任学良 鲁黎明 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期1-8,共8页
AP2/ERF类转录因子,是植物所特有的最大的一类转录因子家族,在植物的生长发育过程中,扮演着重要的角色。探究花烟草ERF转录因子的生理功能,为花烟草抵御逆境的分子机制研究提供借鉴。采用同源克隆的方法进行基因克隆。通过对花烟草进行... AP2/ERF类转录因子,是植物所特有的最大的一类转录因子家族,在植物的生长发育过程中,扮演着重要的角色。探究花烟草ERF转录因子的生理功能,为花烟草抵御逆境的分子机制研究提供借鉴。采用同源克隆的方法进行基因克隆。通过对花烟草进行非生物胁迫,运用qPCR的方法进行基因表达模式分析。从花烟草(Nicotiana alata)中克隆了一个属于ERF家族的基因NaERF1。该基因的开放阅读框全长为819 bp,编码了272个氨基酸。生物信息学分析结果表明,该基因编码的蛋白分子量为30.7 kD,等电点为6.07;具有AP2/ERF类转录因子家族典型的保守结构域;该基因主要定位于细胞质内,并含有多个磷酸化位点。同源性分析的结果显示,NaERF1基因与茄科植物的ERF同源性较高,并且与普通烟草的ERF亲缘关系最近。NaERF1基因的表达具有组织表达特异性,花中表达量最高,茎中次之,根和叶中表达量较低。同时,在高盐、干旱、低温、ABA、低钾及H2O2等非生物胁迫下,NaERF1的表达呈现5种模式。其中,对低钾及ABA胁迫的响应强烈。NaERF1基因属于AP2/ERF类转录因子,可能广泛参与了花烟草包括非生物胁迫响应在内的众多生理过程。 展开更多
关键词 花烟草 转录因子 ERF 生物信息学 基因克隆 生物胁迫
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胶质母细胞瘤关键基因、信号通路和预后生物标志物的筛选研究 认领
14
作者 唐圣桃 王鲲宇 戚晓昆 《北京医学》 CAS 2020年第5期393-398,共6页
目的采用生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)中的关键基因、信号通路和预后生物标志物。方法从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)下载GBM的5个数据集中的基因芯片数据。首先,对原始数据进行预处理,并用... 目的采用生物信息学方法筛选胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)中的关键基因、信号通路和预后生物标志物。方法从高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)下载GBM的5个数据集中的基因芯片数据。首先,对原始数据进行预处理,并用R语言中的limma包分析得到参与GBM发生发展过程中的差异表达基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)。为注释基因的功能,对DEGs进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)分析,对所有基因的表达矩阵进行基因集富集分析(gene set enrich-ment analysis,GSEA)。通过STRING构建DEGs的蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)以注释蛋白质之间的相互作用,分析得到互作强度最高的Hub基因,下载癌症基因图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)中GBM的基因芯片数据和临床预后资料,用COX回归模型评价DEGs的预后价值,并对风险比值(hazard ratio,HR)最高的基因进行总生存(ovarall survival,OS)分析。结果对基因表达矩阵分析得到797个DEGs。GO分析结果显示,DEGs参与了神经递质转运、突触后膜电位的调节和膜电位的调节等生物过程;KEGG分析结果主要富集于细胞周期、ECM-受体、Fox O、HIF-1、P53和PI3K-Akt信号通路;GSEA分析显示NF-κB信号通路和P53信号通路在GBM机制中发挥着重要的作用。并通过PPI网络分析得到10个Hub基因。COX回归模型和OS分析结果表明,ANXA2(HR=1.53,P=0.011),DNAJA4(HR=1.45,P=0.030),P4HB(HR=1.66,P=0.002),VMP1(HR=1.64,P=0.005),MICAL2(HR=1.83,P<0.001),EMP3(HR=1.67,P=0.006),PAK1(HR=1.69,P=0.002)和TIMP1(HR=1.54,P=0.010)的高表达提示患者预后较差。结论通过生物信息学分析定义了参与GBM的重要生物过程,也得到了参与GBM发生发展的关键分子、信号通路和预后生物标志物。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 生物信息学 预后生物标志物 机制
16种微生物蛋白酶的生物信息学分析 认领
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作者 富玉竹 李欣 +3 位作者 李晔 王斯德 金丽华 于然 《江苏农业科学》 2020年第4期65-65,66-72共8页
蛋白酶(protease)是以降解蛋白质为主的糖苷酶,具有丰富的多样性,在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用,具有广泛的研究和应用价值。本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件,对天蓝色链霉... 蛋白酶(protease)是以降解蛋白质为主的糖苷酶,具有丰富的多样性,在生物有机体中发挥着重要而又广泛的作用,具有广泛的研究和应用价值。本研究采用ProtParam、ProtScale、SignalP 4.1 server和NPSA serve等生物信息学软件,对天蓝色链霉菌、普通拟杆菌、金黄色葡萄球菌、枯草杆菌等16种微生物蛋白酶的理化性质、蛋白结构、系统发生树和功能域等进行了分析。结果表明:通过分析16种微生物蛋白酶的稳定性发现,金黄色葡萄球菌、唾液链球菌、短小芽孢杆菌、绿脓杆菌为不稳定蛋白;二级结构由α螺旋、β转角、无规则卷曲和延伸链等结构元件组成;除了节杆菌属、无乳链霉菌、普通拟杆菌、肠杆菌属具有信号肽,其余蛋白酶氨基酸序列不具有信号肽的特点。可以推测出蛋白酶为非分泌性蛋白;只有绿脓杆菌和猪链球菌有跨膜结构,剩下其余几种微生物均没有跨膜结构。具有2个蛋白功能域,分别为Peptidase S8 familyi、Fn35like domain。 展开更多
关键词 生物 蛋白酶 序列分析 生物信息学 理化性质 蛋白结构 信号肽
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微生物生态学教学实践环节设计与实现 认领
16
作者 张晓娟 陆震鸣 +1 位作者 柴丽娟 许正宏 《广东化工》 CAS 2020年第16期234-236,共3页
微生物生态学是一门重要的交叉学科,课程目标是使生物工程与技术领域内学生掌握微生物生态学的基本概念和原理,并熟悉常见自然环境和食品发酵环境中微生物的分布与功能。然而针对为微生物生态学概念抽象、信息复杂的学习特点,需要合理... 微生物生态学是一门重要的交叉学科,课程目标是使生物工程与技术领域内学生掌握微生物生态学的基本概念和原理,并熟悉常见自然环境和食品发酵环境中微生物的分布与功能。然而针对为微生物生态学概念抽象、信息复杂的学习特点,需要合理设计的配套系统实践环节,从分子遗传操作、多元统计分析、微生物纯培养、生物信息学等多角度支撑理论学习进度,降低新技术和数据处理方法的学习门槛。实践环节与理论课程内容交错,时间呼应,经过两年的试开设,学生学习体验得到显著改善,学习效果明显提高。 展开更多
关键词 生物生态 实践教体系 生物信息学
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自建和选用微生物信息学平台辅助“生物信息学”课程教学探索 认领
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作者 李骏 李彤彤 钟卫鸿 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第4期1155-1162,共8页
“生物信息学”课程主要讲授生物信息分析技术及其在动植物和微生物学研究领域中的应用。随着课程涉及的多种信息学分析软件和算法的不断开发和使用,应用领域也在不断拓展,因而其教学内容也需不断发展和更新。本文主要从不断发展和自建... “生物信息学”课程主要讲授生物信息分析技术及其在动植物和微生物学研究领域中的应用。随着课程涉及的多种信息学分析软件和算法的不断开发和使用,应用领域也在不断拓展,因而其教学内容也需不断发展和更新。本文主要从不断发展和自建的微生物信息学平台如何辅助教学角度,探讨研究生“生物信息学”课程的教学模式及其实践效果。我们基于自建微生物信息学分析平台,以强化研究生解决实际问题和创新能力培养为目标,在教学内容、教学手段、授课方式和考核标准4个方面积极探索,建立了适合我校微生物学相关专业研究生培养目标的课程设置、启发式教学模式和成绩评价方式,促进了研究生培养质量和水平的提升。 展开更多
关键词 生物信息学 生物 研究生 课程辅助平台
EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达及临床意义的生物信息学分析 认领
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作者 周杰 张岩 《现代肿瘤医学》 CAS 2020年第20期3489-3494,共6页
目的:通过生物信息学方法分析早期生长反应因子3(early growth response 3,EGR3)在乳腺癌组织中的转录水平表达及其临床意义。方法:利用GEPIA数据库比较EGR3 mRNA在癌旁组织及乳腺癌组织中的表达差异;利用Linked Omics数据库比较不同分... 目的:通过生物信息学方法分析早期生长反应因子3(early growth response 3,EGR3)在乳腺癌组织中的转录水平表达及其临床意义。方法:利用GEPIA数据库比较EGR3 mRNA在癌旁组织及乳腺癌组织中的表达差异;利用Linked Omics数据库比较不同分子分型及临床分期的乳腺癌组织中EGR3 mRNA的表达量,以明确EGR3 mRNA在乳腺癌中表达的临床意义;利用GEPIA数据库评价EGR3 mRNA表达对乳腺癌患者预后的影响,并采用Kaplan-Meier Plotter数据库的大规模验证队列对EGR3 mRNA的预后价值进行验证;最后利用Linked Omics数据库探索EGR3的共相关基因,将相关性最高的前50个基因生成在线热图。结果:在TCGA数据库及匹配了GTEx癌旁组织表达谱的两组队列中,EGR3 mRNA在乳腺癌组织中的表达量显著低于癌旁组织;在更高的T分期、M分期及临床TNM分期的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量明显下调;此外,ER阴性、PR阴性的乳腺癌组织中,EGR3 mRNA的表达量也显著下调;通过分析GEPIA和Kaplan-Meier Plotter数据库的预后信息,表明EGR3 mRNA的低表达与更差的乳腺癌预后密切相关;最后,EGR3共表达基因分析结果分别显示了正、负相关性最高的前50个基因,初步探讨EGR3参与乳腺癌进程的潜在分子机制。结论:EGR3 mRNA在乳腺癌组织中低表达,且初步显示与乳腺癌的发生、发展及预后存在一定相关性,可以作为乳腺癌诊断、预后预测的潜在标志物。 展开更多
关键词 乳腺癌 EGR3 生物标志物 生物信息学
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肺腺癌关键基因的生物信息学研究 认领
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作者 刘冬琦 窦涪琳 杨晓东 《中国实验诊断学》 2020年第4期580-586,共7页
目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因... 目的肺癌是世界上发病率和致死率最高的恶性肿瘤,肺腺癌(LUAD)目前已成为肺癌中最主要的病理类型,占所有肺癌患者的80%-85%。本研究应用生物信息学技术,探究肺腺癌潜在的关键基因,最终服务于肺腺癌的诊断、治疗及预后判断。方法从基因表达综合数据库获取到三个包含肺腺癌及正常组织样本的数据集(GSE33532、GSE40791、GSE19188),应用R软件的Limma包筛选出DEGs。使用DAVID数据库对DEGs进行GO及KEGG富集分析,应用STRING及Cytoscape等工具对DEGs构建蛋白相互作用网络,并筛选出hub genes,应用生存曲线及GEPIA对hub genes进行校验及分析。结果共筛选出1354个DEGs,构建出的PPI模型共包含817个节点和5557条连线,并选出三个核心模块,及八个hub genes,包括CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB,它们都与较差的肺癌预后相关。结论本研究通过生物信息学分析确定了CDK1、CDC20、CCNA2、CCNB1、BUB1、CCNB2、TOP2A及AURKB可能对肺腺癌的发展和预后存在一定影响,可以作为肺腺癌的潜在生物标记物。 展开更多
关键词 肺腺癌 生物信息学 差异表达基因 生存率 生物标志物
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基于转录组测序生物信息学分析的研究进展 认领 被引量:1
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作者 宋尚桥 马围围 +5 位作者 张超龙 曾素先 孙翠翠 李鑫 严瑾 黎宗强 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第2期392-398,共7页
随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获... 随着DNA双螺旋结构的发现,基因组研究开始进行,中心法则也成为了研究生命科学的核心。这对近年来分子生物学及检测技术的迅猛发展提供了良好的开端,随之而来的是基因测序研究成为了生物学上一个新的热点话题。虽然通过转录组测序可以获得海量基因数据,但是数据的深入探索还需要进一步研究,而这些深入的挖掘,需要生物信息学分析手段,从而建立了多组学,通过对其进行不断完善,使得现代生物科学形成了一个完整的系统。这使得生物基因学的研究可以成为一个逐层的分析,将通过整合分析出的信息数据来描述生命活动。因此,功能基因组的研究已经成为了动植物基因组研究的重要方向,特别是对转录组的研究尤为重要。作者通过对转录组学的时代背景、转录组研究的复杂性、DNA测序技术的发展史以及转录组学研究方法进行归纳,简述了转录组学的发展历程,并对转录组研究内容做了一个简单系统的介绍,为更加深入地了解转录组测序奠定了基础。 展开更多
关键词 分子生物 转录组测序 基因数据 生物信息学 DNA测序
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