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改进的无需比对的DNA序列分类算法 预览
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作者 张文影 昌攀 钟诚 《计算机工程与设计》 北大核心 2018年第11期3415-3419,3455共6页
针对现有方法容易导致因序列重排或碱基丢失而影响分类精度、敏感度和特异性等问题,提出一种改进的无需比对DNA序列分类算法。通过对不等长的DNA序列功率谱采取匹配加权值的方法提取特征值,将任意长度的DNA序列映射成等长的特征向量,准... 针对现有方法容易导致因序列重排或碱基丢失而影响分类精度、敏感度和特异性等问题,提出一种改进的无需比对DNA序列分类算法。通过对不等长的DNA序列功率谱采取匹配加权值的方法提取特征值,将任意长度的DNA序列映射成等长的特征向量,准确计算不同类DNA序列特征向量之间的距离,利用计算得到的距离值,通过K-NN(K-Nearest Neighbor)分类器完成DNA序列分类。在核小体DNA序列数据集CE、DM和HM上的实验结果表明,与已有的同类方法相比,该算法总体上获得了较高的分类精度、敏感度和特异性。 展开更多
关键词 DNA序列 分类 无需比对 特征提取 离散傅里叶变换
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通过DFT变换提取DNA序列特征聚类物种 被引量:1
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作者 昌攀 钟诚 《小型微型计算机系统》 CSCD 北大核心 2018年第3期463-467,共5页
利用离散傅里叶变换(Discrete Fourier Transformation,DFT)可以在不丢失信息的情况下揭示DNA序列隐藏信息的特性,通过挖掘DNA序列中子序列种类、含量和位置3种生物特征,将任意长度的DNA序列提取成等长的特征向量,使用欧式距离计... 利用离散傅里叶变换(Discrete Fourier Transformation,DFT)可以在不丢失信息的情况下揭示DNA序列隐藏信息的特性,通过挖掘DNA序列中子序列种类、含量和位置3种生物特征,将任意长度的DNA序列提取成等长的特征向量,使用欧式距离计算DNA序列相似度,给出一种改进的应用于物种聚类的无需比对的DNA序列相似度计算算法AFCS-DFT.实验结果表明:与已有的同类方法相比,AFCSDFr算法计算得到了更准确的DNA序列相似度,利用此相似度对物种聚类,可以更准确地构建出反映物种聚类特征的系统进化树,揭示了进化水平越相近的物种的DNA序列越相近的特性. 展开更多
关键词 DNA序列 聚类 相似度 无需比对 离散傅里叶变换
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