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食源性致病菌核糖体RNA高效去除体系的建立 预览
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作者 黄佳莹 曹林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期358-364,共7页
[目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题。[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交... [目的]本文旨在解决转录组技术研究食源性致病菌致病机制过程中核糖体RNA(rRNA)无法高效去除的问题。[方法]以9种常见食源性致病菌的201条rRNA序列为参考对象,设计每条rRNA编码基因的反向互补配对DNA探针,随后将探针与细菌总RNA进行杂交,在RNaseH和DNaseⅠ的作用下去除rRNA。以大肠杆菌O157:H7 Sakai、单增李斯特菌EGD-e、肠道沙门氏菌CT18以及铜绿假单胞菌PAO1这4株菌的总RNA为模板,分别使用本研究设计的rRNA去除探针以及建立的rRNA去除体系与Ribo-Zero rRNA Removal Kit(Bacteria)进行rRNA去除,随后用相同方法进行转录组文库构建,并使用Illumina HiSeq X测序平台进行相同数据量的测序,最后通过生物信息分析比较rRNA去除效果。[结果]共设计rRNA去除探针541条。当总RNA使用量范围为1~5μg,探针使用量为100pmol,RNase H使用量为2U,DNaseⅠ保持过量为10U时,rRNA去除体系的性能达到最优,去除效率达95%以上。使用本研究构建的rRNA去除体系时,4株食源性致病菌残留rRNA平均占总数据量的1.67%,而相同条件下试剂盒残留的rRNA平均占7.61%。此外,本体系对食源性致病菌低表达丰度基因的检出数目是试剂盒的1.90倍。[结论]该体系可以有效去除9种常见食源性致病菌的核糖体RNA,同时也大大降低了试验成本。 展开更多
关键词 食源性致病菌 核糖体RNA(rRNA) 文库构建 转录组
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水稻硝态氮响应的酵母双杂交文库的构建与分析 预览
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作者 洪广成 陈倩 +2 位作者 刘石锋 张汉马 秦小健 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期18-21,共4页
酵母双杂交是在真核生物酵母细胞体内研究蛋白质之间相互作用的一种高效分子生物学技术。为了研究水稻氮吸收与利用的分子调控机理,以硝态氮(5 mmol/L KNO3)诱导处理的水稻 9311幼苗为材料,构建水稻在高氮响应条件下的酵母双杂交cDNA文... 酵母双杂交是在真核生物酵母细胞体内研究蛋白质之间相互作用的一种高效分子生物学技术。为了研究水稻氮吸收与利用的分子调控机理,以硝态氮(5 mmol/L KNO3)诱导处理的水稻 9311幼苗为材料,构建水稻在高氮响应条件下的酵母双杂交cDNA文库。实验结果表明,构建的氮响应文库滴度为1.7×10^8 cfu/mL,文库的重组率为95%,插入片段大小在 500~1500 bp之间。从文库中随机挑选10个单克隆,测序后通过NCBI比对分析结果显示9个克隆可以从水稻基因库中找到对应序列。文库的构建将为水稻氮素吸收与利用的分子调控机理研究提供帮助。 展开更多
关键词 水稻 氮吸收与利用 酵母双杂交 文库构建
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基于高通量技术的SFTS病毒基因组测序方法的建立
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作者 俞维维 孙逸 +4 位作者 颜浩 姚文武 楼秀玉 茅海燕 张严峻 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第1期89-94,共6页
目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTS)基因组的测序方法。方法提取SFTS病毒核酸,分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法,优化扩增和... 目的建立一种基于高通量测序技术的发热伴血小板减少综合征病毒(severe fever with thrombocytopenia syndrome virus,SFTS)基因组的测序方法。方法提取SFTS病毒核酸,分别采用随机引物和oligo(dT)磁珠特异性抓取核酸的方法,优化扩增和纯化条件并建库,利用二代测序仪检测病毒核酸序列。结果3株病毒采用两种方法测序结果差距较大,利用随机引物建库法获得的数据测序深度和覆盖度明显低于oligo(dT)磁珠抓取建库法。采用oligo(dT)磁珠抓取建库的方法,可对提取的核酸大于300ng的毒株进行测序,3株病毒测序深度都在900以上,覆盖度均超过99%,与NCBI上数据匹配度在90%以上。结论利用oligo(dT)磁珠抓取SFTS病毒核酸的方法进行建库,建立了基于二代测序平台的SFTS病毒基因组检测方法。 展开更多
关键词 发热伴血小板减少综合征病毒 文库构建 高通量测序 基因组
基于工程化转座酶的少量细胞RNA-seq文库构建的研究
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作者 许昊 刘小亮 +4 位作者 胡玲 于海礼 黄毅 李洪涛 万瑛 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期866-870,共5页
目的优化Tn5转座酶纯化和组装过程,建立少量细胞高质量转录组深度测序文库(RNA-Seq)的构建策略。方法构建Tn5转座酶表达载体pSUMO-Tn5,优化Tn5转座酶表达、亲和纯化和组装过程,比较不同组装方式的Tn5转座酶构建少量RAW264.7细胞RNA-seq... 目的优化Tn5转座酶纯化和组装过程,建立少量细胞高质量转录组深度测序文库(RNA-Seq)的构建策略。方法构建Tn5转座酶表达载体pSUMO-Tn5,优化Tn5转座酶表达、亲和纯化和组装过程,比较不同组装方式的Tn5转座酶构建少量RAW264.7细胞RNA-seq文库效率。结果pSUMO-Tn5转化细菌高效表达可溶性Tn5转座酶,亲和纯化获得高纯度Tn5蛋白,超滤纯化的Tn5转座体显著降低少量细胞RNA-Seq中的无效数据(P<0.05)。结论成功表达和纯化Tn5转座酶,超滤后Tn5转座体可降低少量细胞RNA-seq文库构建中的非特异扩增,建立一种高效的少量细胞RNA-Seq策略。 展开更多
关键词 Tn5转座酶 RNA-SEQ 文库构建
功能宏基因组学在新型抗生素耐药基因研究中的应用进展
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作者 何荣 原珂 +4 位作者 林里 杨颖 邹世春 栾天罡 陈保卫 《环境化学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1548-1556,共9页
抗生素耐药性是二十一世纪人类面对的最严峻的环境健康问题之一.抗生素耐药基因(Antibiotics resistance genes, ARGs)被认为是一类新型环境污染物.当前针对ARGs的主要研究方法有细菌分离和培养法、聚合酶链式反应(Polymerase Chain Rea... 抗生素耐药性是二十一世纪人类面对的最严峻的环境健康问题之一.抗生素耐药基因(Antibiotics resistance genes, ARGs)被认为是一类新型环境污染物.当前针对ARGs的主要研究方法有细菌分离和培养法、聚合酶链式反应(Polymerase Chain Reaction,PCR)法、和宏基因组法.然而,仅有功能宏基因组方法能发现新型的ARGs.功能宏基因组方法利用新一代测序技术的高通量的特性,结合分子生物学技术和功能筛选构建有关抗生素耐药性的基因库,通过生物信息学分析高效地发现新型ARGs.本文综述了近来利用功能宏基因组技术筛选新型ARGs的相关研究进展,总结了功能宏基因学相关的技术和方法的优势和限制,并展望了功能宏基因学方法进一步发展的方向. 展开更多
关键词 抗生素耐药基因 功能宏基因组学 文库构建
细菌单杂交方法在筛选甲基营养菌甲醇脱氢酶启动子结合蛋白中的应用 预览
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作者 邹琪琪 齐姗姗 +4 位作者 谢录翰 辛琪 李俊乐 张梦宁 葛欣 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期1705-1714,共10页
为了构建甲基营养菌转录因子亚文库及筛选与甲醇脱氢酶启动子DNA相互作用的蛋白质,对甲基营养菌MP688的基因组和转录组数据进行分析,使用关键词对全基因注释信息和转录组结果进行搜索,找到相关基因的核苷酸序列,通过PCR获得目的片段并... 为了构建甲基营养菌转录因子亚文库及筛选与甲醇脱氢酶启动子DNA相互作用的蛋白质,对甲基营养菌MP688的基因组和转录组数据进行分析,使用关键词对全基因注释信息和转录组结果进行搜索,找到相关基因的核苷酸序列,通过PCR获得目的片段并构建一系列转录因子亚文库,利用细菌单杂交系统筛选转录因子亚文库找到与甲醇脱氢酶启动子具有相互作用的调控因子。成功构建完成含有32个转录因子的亚文库,建立了甲基营养菌中细菌单杂交筛选方法,通过该方法筛选出2个与甲醇脱氢酶启动子具有强相互作用的转录因子基因。对于基因组已测序的细菌来说,构建转录因子亚文库筛选效率要优于构建基因组文库和cDNA文库,细菌单杂交系统能成功用于甲基营养菌,并能快速高效地筛选与启动子具有相互作用的转录因子。这一方法的建立,为阐明甲醇脱氢酶在甲基菌生长和代谢产物合成中的调控机制奠定了基础。 展开更多
关键词 转录因子 文库构建 细菌单杂交系统
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雷蒙德氏棉DNase I高敏感位点(DHSs)文库构建方法 预览
7
作者 王惠敏 刘玉玲 +5 位作者 韦洋洋 张树林 刘震 卢全伟 杨太有 彭仁海 《河南师范大学学报:自然科学版》 北大核心 2018年第3期101-105,共5页
染色质DNA对DNaseI表现出高敏感性的位点(DNase I hypersensitive sites,DHSs)多是顺式作用元件所在的位置,包括启动子、增强子、调节子和衰减子等.研究DHSs位点的数目及其动态变化是探明顺式作用元件功能、揭示基因表达调控机制,乃至... 染色质DNA对DNaseI表现出高敏感性的位点(DNase I hypersensitive sites,DHSs)多是顺式作用元件所在的位置,包括启动子、增强子、调节子和衰减子等.研究DHSs位点的数目及其动态变化是探明顺式作用元件功能、揭示基因表达调控机制,乃至进行基因编辑和创新遗传材料的重要辅助手段.本文借鉴水稻和拟南芥DHSs文库构建方法,通过优化设计,初步建立了二倍体雷蒙德氏棉(Gossypium raimondii D5)的DHSs文库,为深入进行棉花功能基因组研究奠定基础. 展开更多
关键词 雷蒙德氏棉 DNaseI高敏感位点(DHSs) 顺式作用元件 文库构建
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辣椒疫霉侵染拟南芥的酵母双杂交cDNA文库构建及其应用 被引量:1
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作者 汪俭 李敏 +3 位作者 张鹏 纪志远 马立安 乔永利 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期416-421,共6页
辣椒疫霉(Phytophthora capsici)是一种重要的植物病原卵菌,其寄主范围较广,可引起辣椒、番茄、黄瓜、南瓜等多种重要蔬菜作物的疫病。辣椒疫病是一种毁灭性病害,在田间发病经常造成幼苗猝倒、茎秆枯死和果实腐烂,危害相当严重,每年... 辣椒疫霉(Phytophthora capsici)是一种重要的植物病原卵菌,其寄主范围较广,可引起辣椒、番茄、黄瓜、南瓜等多种重要蔬菜作物的疫病。辣椒疫病是一种毁灭性病害,在田间发病经常造成幼苗猝倒、茎秆枯死和果实腐烂,危害相当严重,每年给全世界蔬菜产业造成的损失就高达10亿美元。辣椒疫病1918年在美国首次发生,之后在世界范围内迅速扩展。 展开更多
关键词 辣椒疫霉 酵母双杂交 文库构建 cDNA 拟南芥 应用 侵染 辣椒疫病
可可毛色二孢菌侵染后的烟草酵母双杂交cDNA文库构建 被引量:1
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作者 邢启凯 燕继晔 +3 位作者 张玮 刘梅 富春元 李兴红 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2017年第5期716-720,共5页
葡萄是世界上最重要的经济果树之一,据联合国粮食及农业组织统计,截止到2013年,中国葡萄栽培面积已达715.5万hm^2。葡萄总产量超2300万kg。长期以来,葡萄病害是影响葡萄产业健康发展的重要因素。近年来研究发现由葡萄座腔菌科真菌... 葡萄是世界上最重要的经济果树之一,据联合国粮食及农业组织统计,截止到2013年,中国葡萄栽培面积已达715.5万hm^2。葡萄总产量超2300万kg。长期以来,葡萄病害是影响葡萄产业健康发展的重要因素。近年来研究发现由葡萄座腔菌科真菌(Botryosphaeriaceae)引起的葡萄溃疡病(Botryosphaeria dieback)是葡萄上的主要枝干病害,病原菌主要通过自然孔口或修剪伤口侵入,感病植株出现枝干溃疡、树势减弱、果梗干枯、果实干缩或掉粒等症状,更严重的造成整个植株枯死。 展开更多
关键词 可可毛色二孢菌 酵母双杂交 文库构建 cDNA 葡萄产业 烟草 侵染 枝干病害
用于筛选顺式反应元件的慢病毒启动子报告载体随机文库的构建 预览
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作者 周雪莹 曹铁生 +3 位作者 刘向伟 韦梦影 杨国栋 袁丽君 《西部医学》 2017年第4期455-461,共7页
目的 建立含有随机序列与miniCMV融合的启动子,驱动抗生素耐药基因的表达;用于筛选和寻找不同处理条件下的反应性元件。方法 设计针对Puromycin抗性基因,即嘌呤霉素N-乙酰转移酶基因(puromycin N-acetyltransferase gene,PAC)的引物,... 目的 建立含有随机序列与miniCMV融合的启动子,驱动抗生素耐药基因的表达;用于筛选和寻找不同处理条件下的反应性元件。方法 设计针对Puromycin抗性基因,即嘌呤霉素N-乙酰转移酶基因(puromycin N-acetyltransferase gene,PAC)的引物,扩增目的条带并通过PacI+Pme1限制性内切酶克隆至目的载体pWPI;然后,设计并合成接头序列+20N随机序列+miniCMV的融合片段,通过PCR的方法得到双链序列,并进行酶切,通过Cla1+PacI克隆入前述pWPI-PAC载体。克隆得到的载体组合即为慢病毒反应元件筛选报告载体文库。在此基础上,我们将报告载体文库转染细胞,并进行超声照射。超声照射剂量为10min,100mW/cm2。每天一次,一共照射3天。每次超声照射后,对细胞进行puromycin处理。4天后,收集超声照射存活细胞,提取DNA,PCR扩增含有20N的序列并进行测序鉴定。结果 我们成功设计了一套文库构建方案,初步构建了20N随机序列+miniCMV+Puromycin抗性基因的文库。将该文库转染细胞,超声照射后可以增加转染有对超声反应克隆细胞中抗性基因表达;我们通过获取Puromycin处理后的存活细胞,发现了潜在的对超声反应的调控元件。结论 我们构建的20N随机序列+miniCMV+Puromycin抗性基因文库,可以用于筛选对超声等特定条件有表达调控反应的顺式反应元件;进而为该元件控制基因表达提供依据。 展开更多
关键词 文库构建 顺式反应元件 超声 筛选
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Construction of cDNA Library from the Antenna of Chrysopa pallens( Rambur) 预览 被引量:1
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作者 Wang Juan Zhang Lisheng +3 位作者 Zhang Haiping Liu Chenxi Wang Mengqing Chen Hongyin 《Plant Diseases and Pests(植物病虫害研究:英文版)》 2015年第3期14-19,共6页
A full-length c DNA library from the antenna of Chrysopa pallens( Rambur) was constructed based on switching mechanism at 5’ end of RNA transcript( SMART) system. The purified double-stranded c DNA was ligated to vec... A full-length c DNA library from the antenna of Chrysopa pallens( Rambur) was constructed based on switching mechanism at 5’ end of RNA transcript( SMART) system. The purified double-stranded c DNA was ligated to vector SMART2 IFD,and transformed into Escherichia coli DH5ɑ by electroporation. The library constructed for female and male reached high titers of 2. 1 × 10~6 and 1. 8 × 10~6 pfu / m L,respectively. PCR results showed that the inserts varied from 400 bp to 2 000 bp with the average size larger than 500 bp and the recombination rate over 93. 0%. Further studies on those genes and large scale sequencing of the library may be helpful in screening new olfactory related genes in C. pallens. 展开更多
关键词 全长CDNA文库 淡色库蚊 文库构建 天线 草蛉 相关基因 DNA连接 切换机制
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毛白杨酵母单杂交体系的建立 预览 被引量:2
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作者 刘蕾 胡旭东 +4 位作者 张强 蒋璐瑶 李丽红 要笑云 陆海 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期370-375,共6页
【目的】通过建立酵母单杂交文库筛选出与毛白杨特异性调控元件结合的候选蛋白,为研究毛白杨木材合成相关基因奠定基础。【方法】采用模板基因PCR方法,分别将ABRE-box、AC-box及-317-Box三次重复序列连接至p Ab Ai诱饵质粒上,再将诱饵... 【目的】通过建立酵母单杂交文库筛选出与毛白杨特异性调控元件结合的候选蛋白,为研究毛白杨木材合成相关基因奠定基础。【方法】采用模板基因PCR方法,分别将ABRE-box、AC-box及-317-Box三次重复序列连接至p Ab Ai诱饵质粒上,再将诱饵载体转入酵母中;使用磁珠法获得m RNA,采用SMART技术合成c DNA,以c DNA为模板进行LD-PCR并将产物纯化后与p GADT7-Rec载体共转化诱饵酵母,同时进行文库的构建与筛选。【结果】以p BI121质粒为模板扩增获得的ABRE/AC/-317-GUS片段约为650 bp。以KpnⅠ对重组质粒p Ab Ai-ABRE/AC/-317-GUS进行单酶切,获得约5000 bp的大片段与650 bp的小片段;测序结果表明,插入序列与ABRE/AC/-317序列一致且方向正确。在SD/Ura培养基中,当Ab A为100 ng/m L时,酵母菌落数为0,建库时Ab A为100 ng/m L。c DNA与p GADT7载体共转化的酵母Y1HGold(p AC-Ab Ai)细胞稀释100倍后,在SD/-Leu培养基上长出89个克隆,含AC-box的诱饵酵母所建库容量为1.3×10^6,且无r RNA污染。酵母转化产物在SD/-Leu/Ab A(100 ng/m L)培养基上长出18个克隆,大于250 bp的有13个克隆;测序和同源分析结果表明,成功筛选到5个候选蛋白,主要是蛋白激酶、核小体蛋白及功能未知蛋白,这些蛋白可作为与AC元件结合的候选蛋白。【结论】建立的毛白杨酵母单杂体系可用于进一步筛选与木材合成相关的基因。 展开更多
关键词 毛白杨 酵母单杂交体系 载体构建 文库构建
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人工锌指蛋白文库的构建 预览
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作者 周罡 张龙 +3 位作者 刘中天 任充华 麻丽霞 张智英 《西北农林科技大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2014年第7期1-7,共7页
【目的】以猪基因组为模板,扩增天然锌指,以此建立人工锌指蛋白文库,为猪基因组的定点操作及基因表达研究奠定基础。【方法】利用质粒JMB378和JMB440构建锌指文库骨架载体JMB378-ZF1-MCS,然后根据天然锌指蛋白接头序列的保守性,设计5条... 【目的】以猪基因组为模板,扩增天然锌指,以此建立人工锌指蛋白文库,为猪基因组的定点操作及基因表达研究奠定基础。【方法】利用质粒JMB378和JMB440构建锌指文库骨架载体JMB378-ZF1-MCS,然后根据天然锌指蛋白接头序列的保守性,设计5条简并引物扩增猪基因组中的天然单锌指结构域,将其与JMB378-ZF1-MCS载体上的人工锌指ZF1中识别GGC的锌指蛋白连接,构建二锌指蛋白文库,通过酶切方式再将天然单锌指结构域插入到二锌指蛋白文库中,构建三锌指蛋白文库。测定锌指库容量及阳性率,并通过酶切和测序检测锌指库的多样性。【结果】构建了基于猪天然锌指模块的包含ZF1的三锌指蛋白文库,库容量达到1.5×106 CFU。该文库中含有一个人工锌指蛋白ZF1和2个天然型锌指蛋白,能够对基因组中所有以GGC起始的9bp靶序列进行筛选。【结论】构建了基于天然单锌指模块的三锌指蛋白文库,为构建新型锌指蛋白提供了一种可行的方法。 展开更多
关键词 锌指 天然锌指蛋白 文库构建
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宏基因组学挖掘新型生物催化剂的研究进展 被引量:2
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作者 王魁 汪思迪 +1 位作者 黄睿 刘玉焕 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期 420-431,共12页
微生物蕴藏着大量具有工业应用潜力的生物催化剂。然而,传统培养方法只能从环境中获得不到1%的微生物。宏基因组学是通过提取某一特定环境中的所有微生物基因组DNA、构建基因组文库并对文库进行筛选,寻找和发现新的功能基因的一种方法... 微生物蕴藏着大量具有工业应用潜力的生物催化剂。然而,传统培养方法只能从环境中获得不到1%的微生物。宏基因组学是通过提取某一特定环境中的所有微生物基因组DNA、构建基因组文库并对文库进行筛选,寻找和发现新的功能基因的一种方法。它绕过了微生物分离培养过程,成为研究环境样品中不可培养微生物的有力手段。因此,从宏基因组中挖掘新型生物催化剂一直倍受生物学家的关注。以下主要对宏基因组文库的样品来源、DNA提取方法、文库的构建和筛选策略的选择这4个方面的研究状况进行了综述,列举了近年来利用宏基因组技术所获得的新型生物催化剂,并对其今后的研究方向提出了展望。 展开更多
关键词 宏基因组学 环境微生物 不可培养微生物 环境总DNA 文库构建 文库筛选
宏基因组技术及其在厌氧消化研究中的应用 预览
15
作者 季军远 邢雅娟 郑平 《沈阳大学学报:自然科学版》 2012年第4期1-6,共6页
在介绍基因(组)富集、基因(组)DNA提取、文库构建及筛选等宏基因组技术的基础上,论述了宏基因组技术在厌氧消化研究中应用的重要性,认为该技术可成为研究微生物群落多样性的首选技术之一,有助于了解厌氧消化微生物的多样性、生态功... 在介绍基因(组)富集、基因(组)DNA提取、文库构建及筛选等宏基因组技术的基础上,论述了宏基因组技术在厌氧消化研究中应用的重要性,认为该技术可成为研究微生物群落多样性的首选技术之一,有助于了解厌氧消化微生物的多样性、生态功能和动态变化,揭示厌氧消化微生物学机理,提高厌氧消化效能等.同时宏基因组技术为微生物资源的深层次开发利用提供了技术平台,并在工业、农业、海洋等领域具有广泛的应用前景. 展开更多
关键词 宏基因组技术 文库构建 文库筛选 厌氧消化 微生物群落
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短毛切梢小蠹微卫星富集文库的构建与分析 预览 被引量:1
16
作者 曹荟 朱家颖 +2 位作者 杨璞 赵宁 杨斌 《西南林业大学学报》 CAS 2012年第5期62-65,共4页
采用生物素-磁珠富集法,构建短毛切梢小蠹微卫星富集文库。在该文库中随机挑选100个克隆作测序分析,结果表明:具微卫星位点的克隆占91%;具有10次以上碱基重复次数的微卫星序列占36%,其中最高碱基重复次数为63次;在这些微卫星序... 采用生物素-磁珠富集法,构建短毛切梢小蠹微卫星富集文库。在该文库中随机挑选100个克隆作测序分析,结果表明:具微卫星位点的克隆占91%;具有10次以上碱基重复次数的微卫星序列占36%,其中最高碱基重复次数为63次;在这些微卫星序列中,完美型占47.3%,非完美型占24.2%,混合型占16.5%。表明获得的微卫星文库是高质量的文库,完美型的比例高于不完美型和混合型,与真核生物微卫星序列特征相符。 展开更多
关键词 短毛切梢小蠹 微卫星 文库构建 序列分析
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Pseudomonas sp.1-7中甲基对硫磷水解酶基因的克隆及酶学性质研究
17
作者 许丽 初晓宇 +1 位作者 田健 伍宁丰 《农药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期162-168,共7页
为了研究和分离有机磷降解酶及其编码基因,从农药厂污水处理池的活性污泥中分离出一株可以高效降解甲基对硫磷的细菌1-7,经16S rDNA鉴定为假单胞菌Pseudomonas sp.。通过构建基因组文库的方法克隆了1-7的甲基对硫磷水解酶基因ophc3,该... 为了研究和分离有机磷降解酶及其编码基因,从农药厂污水处理池的活性污泥中分离出一株可以高效降解甲基对硫磷的细菌1-7,经16S rDNA鉴定为假单胞菌Pseudomonas sp.。通过构建基因组文库的方法克隆了1-7的甲基对硫磷水解酶基因ophc3,该基因全长为975 bp,编码324个氨基酸,其中前24个氨基酸残基可能为信号肽序列。将其在大肠杆菌中表达,并对重组甲基对硫磷水解酶(OPHC3)进行纯化和酶学性质的研究结果表明,其酶促反应最适pH值为8.0,在pH 6.0~10.0的范围内放置30 min酶的相对活性均在70%以上;最适反应温度为45℃,但该酶不耐高温,60℃下保温10 min,相对活性降至46.77%。 展开更多
关键词 甲基对硫磷水解酶 文库构建 基因克隆 酶学性质
宏基因组学及其在瘤胃微生物中的应用研究进展 预览 被引量:4
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作者 吴锡川 杨舒黎 +2 位作者 苟潇 冷静 毛华明 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第12期 106-110,共5页
宏基因组学是研究生态群体基因功能的一门崭新的学科。它通过免培方法获得微生物的纯培养,主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选,可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等方面。文章介绍... 宏基因组学是研究生态群体基因功能的一门崭新的学科。它通过免培方法获得微生物的纯培养,主要技术包括DNA的提取、文库的构建和目标基因克隆的筛选,可用于发现新基因、开发新的生物活性物质、研究群落中微生物多样性等方面。文章介绍了宏基因组学的基本方法,并对瘤胃微生物宏基因组学的应用现状进行了综述。 展开更多
关键词 宏基因组学 瘤胃微生态 文库构建
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土壤微生物元基因组技术的应用研究 预览
19
作者 曾艳 郞红 +1 位作者 王敏 高俊莲 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第31期 19059-19061,19064,共4页
对元基因组文库的概念进行了详细的阐述,对国内外利用元基因组技术进行土壤微生物方面的研究进展、文库构建流程及筛选技术进行了综述,以期促进国内这一国际热点领域的研究。
关键词 元基因组 未培养微生物 文库构建 基因筛选
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生物元件的挖掘、改造与标准化 被引量:2
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作者 王钱福 严兴 +3 位作者 魏维 张磊 钱昌丽 周志华 《生命科学》 CSCD 北大核心 2011年第9期860-868,共9页
生物元件是合成生物学中的三大基本要素之一,是合成生物学的基石。现阶段,生物元件的挖掘、鉴定和改造仍然是合成生物学领域的重要研究方向之一。合成生物学与基因工程和代谢工程最显著的差别在于能够将大量的生物元件进行快速、随意... 生物元件是合成生物学中的三大基本要素之一,是合成生物学的基石。现阶段,生物元件的挖掘、鉴定和改造仍然是合成生物学领域的重要研究方向之一。合成生物学与基因工程和代谢工程最显著的差别在于能够将大量的生物元件进行快速、随意的组装,而实现这一目标的前提是将生物元件标准化。目前,已经有大量基因组被解析,通过这些基因组数据库的注释与功能验证,并借助于各种生物信息学软件预测启动子、终止子、操纵了、转录因子和转录因子结合位点、核糖体结合位点以及蛋白质编码区等部件,为合成生物学提供丰富的生物元件信息资源。随着元基因组技术的兴起,大量未培养微生物中的基因和基因簇信息被解析,使得我们可以从占自然界中实际存在微生物总数99%的未知微生物中挖掘更多的生物元件。另外,生物元件可以从自然界分离出来,也可以对天然生物元件进行修饰、重组和改造后得到新的元件。酵母是异源蛋白表达的通用宿主和生物基产品生产的细胞工厂,但其本身可用的启动子非常有限,近年来各国学者在酵母启动子改造和文库构建方面做了很多工作,该文也将概述酵母启动子改造和在合成生物生物学研究领域中的应用方面的研究进展。 展开更多
关键词 合成生物学 生物元件 基因组 元基因组 启动子 文库构建
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