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关于引物设计的高中生物学教学
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作者 王坤 上官兴星 《中学生物教学》 2019年第11期51-53,共3页
通过将典型的引物设计、修改引物序列对PCR产物影响等相关知识与高考题、模拟题、教材知识相结合,落实基础知识,拓展学生视野,为教师教学提供参考。
关键词 引物 引物设计原则 引物序列修改
砂糖桔黄龙病3种检测引物灵敏性比较研究砂糖桔黄龙病3种检测引物灵敏性比较研究 预览
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作者 肖婉钰 黄江华 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2019年第3期14-17,共4页
柑橘黄龙病是柑橘毁灭性病害,给世界柑橘产业造成了巨大的损失.利用PCR检测黄龙病病原菌是目前柑橘黄龙病诊断的可靠方法,具有快速、特异、高效灵敏等优点.前期已有文献报道过用于常规PCR检测的黄龙病检测引物,但尚无比较这些引物的灵... 柑橘黄龙病是柑橘毁灭性病害,给世界柑橘产业造成了巨大的损失.利用PCR检测黄龙病病原菌是目前柑橘黄龙病诊断的可靠方法,具有快速、特异、高效灵敏等优点.前期已有文献报道过用于常规PCR检测的黄龙病检测引物,但尚无比较这些引物的灵敏性的报道.为了验证相关文献报道的3对引物检测柑橘黄龙病的灵敏度,本研究选择感病砂糖桔样品作为反应模板,并设置相同PCR反应条件下,分别利用3对特异性引物(P1/P2, P3/P4和OI1/OI2c)对10份砂糖桔感病样本总DNA进行扩增.结果表明,引物P1/P2灵敏度最低,扩增不出条带;引物P3/P4灵敏度较好,扩增条带明显,但个别样品扩增条带不明显;引物OI1/OI2c灵敏度最好,所有样品扩增条带均明显. 展开更多
关键词 柑橘黄龙病 引物 灵敏度
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沙门氏菌LAMP快速检测方法的建立 预览
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作者 郭澍强 贺生芳 +3 位作者 郝俊虎 谈静慧 杨旭光 李婧 《中国兽药杂志》 2019年第8期23-29,共7页
为实现沙门氏菌的快速检测,根据沙门氏菌特异性invE、hilA、invA、hut基因编码区序列,分别设计合成4套引物,通过对引物筛选和反应条件优化,建立了以invA特异性基因设计合成为引物的沙门氏菌环介导等温扩增检测方法。本方法对沙门氏菌定... 为实现沙门氏菌的快速检测,根据沙门氏菌特异性invE、hilA、invA、hut基因编码区序列,分别设计合成4套引物,通过对引物筛选和反应条件优化,建立了以invA特异性基因设计合成为引物的沙门氏菌环介导等温扩增检测方法。本方法对沙门氏菌定性检测灵敏度可达到101CFU/mL(细菌浓度),其灵敏度比普通PCR高10倍且反应结果易于观察。以6种沙门氏菌和8种非沙门氏菌细菌DNA为模板进行LAMP扩增检测,并无交叉反应。结果显示,设计的LAMP引物组和建立的沙门氏菌的LAMP检测方法具有特异性好、灵敏度高、快速、费用低廉等优点,可应用于动物和食品样品中肠道沙门氏菌6个亚种的快速检测。 展开更多
关键词 沙门氏菌 LAMP invA基因 引物 检测方法
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不同16S rDNA高变区选择对细菌性阴道病菌群研究差异比较
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作者 刘瑛 张琼琼 +5 位作者 张蕾 王颖 吕涛 陶址 黄振宇 廖秦平 《现代妇产科进展》 CSCD 北大核心 2019年第11期804-807,共4页
目的:分析不同16S rDNA高变区对细菌性阴道病菌群研究的差异,为选择合适的高变区扩增细菌性阴道病菌群提供理论依据。方法:选取2017年10月至2018年5月于北京清华长庚医院妇科门诊就诊的28例健康女性和10例细菌性阴道病患者,收集患者的... 目的:分析不同16S rDNA高变区对细菌性阴道病菌群研究的差异,为选择合适的高变区扩增细菌性阴道病菌群提供理论依据。方法:选取2017年10月至2018年5月于北京清华长庚医院妇科门诊就诊的28例健康女性和10例细菌性阴道病患者,收集患者的阴道分泌物,提取细菌总DNA,分别用两对引物27F/338R和341F/806R对细菌16S rDNA的V1/V2区和V3/V4区进行PCR扩增后测序,通过分析两个高变区扩增后Alpha和Beta多样性及菌群结构的差异,比较两个高变区在细菌性阴道病菌群研究上的优势。结果:16S rDNA的V3/V4区扩增的引物较V1/V2区能扩增出更多的阴道菌种。V1/V2区扩增BV样本的加德纳菌丰度偏低。通过V3/V4区的扩增,无法将阴道健康样本中卷曲乳杆菌与母鸡乳杆菌区分开。结论:16S rDNA的V3/V4区较V1/V2区更适用于细菌性阴道病菌群结构及丰度分析。 展开更多
关键词 16S rDNA高通量测序 引物 阴道菌群 菌群多样性
6株猪圆环病毒2型全基因组克隆和序列分析
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作者 董亚青 朱爱萍 +3 位作者 郭广富 朱文斗 於敏 曹军平 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第13期74-78,共5页
为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1~TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用D... 为了研究猪圆环病毒2型(PCV-2)不同毒株间的基因序列,试验采用PCR方法对有断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)典型症状发病猪的脾脏、淋巴结和肺脏等6份病料(TZ1~TZ6)进行分段扩增PCV-2全基因序列,测序后与GenBank中已知序列进行比对,并用DNAStar软件进行同源性分析及系统进化树的构建。结果表明:测序结果经与GenBank中已知PCV-2序列比较鉴定,确认PCR扩增的6个序列均为PCV-2序列,其长度均为1 767 bp。所得序列与国内毒株JX982227、 KX814348序列的同源性相对较高,为97.7%~99.0%;与国外毒株DQ915584、HQ231328、EF394779、AY424405序列的同源性相对要低一些,为95.8%~96.5%。6株毒株间的同源性较高,为99.1%~100%;TZ3和TZ5与JX982227亲缘关系最密切,6株毒株序列与KX814348的亲缘关系也较近,而与AY424405、HQ231328、EF394779、DQ915584的亲缘关系相对较远。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 序列分析 克隆 引物 基因 测序
蚊的Cytb基因特异性引物筛选
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作者 王颖 方绍庆 +3 位作者 曲德鑫 段效辉 高娟娟 李金庆 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第2期105-107,110共4页
目的设计、评价蚊Cytb基因特异性引物,建立蚊Cytb基因的分子鉴定方法,为了解蚊的亲缘关系和群体遗传差异提供理论基础。方法使用Premier Primer 5软件设计2对Cytb基因引物,以蚊及其他病媒生物的基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过PCR产物... 目的设计、评价蚊Cytb基因特异性引物,建立蚊Cytb基因的分子鉴定方法,为了解蚊的亲缘关系和群体遗传差异提供理论基础。方法使用Premier Primer 5软件设计2对Cytb基因引物,以蚊及其他病媒生物的基因组DNA为模板进行PCR扩增,通过PCR产物测序对引物的特异性、灵敏性和稳定性进行评价。结果筛选到的1对引物CytbMOSF1/CytbMOSR1可用于鉴定淡色库蚊、三带喙库蚊、白纹伊蚊、中华按蚊和鼠、蝇、蜚蠊、蜱、蚤等无交叉反应。该引物对三带喙库蚊的扩增检测限可达6.8pg/μl,扩增稳定性好。结论设计的Cytb基因引物Cytb MOSF1/CytbMOSR1可进行蚊的分子鉴定,为蚊虫溯源提供数据。 展开更多
关键词 细胞色素B基因 蚊科 引物
李种质资源ISSR反应体系引物筛选 预览
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作者 安佰义 王迦 +5 位作者 王嫚 于慧颖 范爱淇 张艳波 张艳 李锋 《江苏农业科学》 2019年第10期63-65,共3页
以李18个品种种质资源为试验材料,对其开展ISSR反应体系引物筛选,结果表明,从41个随机引物中筛选出25个多态性引物用于PCR扩增,每个多态性引物扩增出的条带数在8~23条之间,扩增出的DNA片段长度大多在150~2 400 bp之间;共扩增出条带数为... 以李18个品种种质资源为试验材料,对其开展ISSR反应体系引物筛选,结果表明,从41个随机引物中筛选出25个多态性引物用于PCR扩增,每个多态性引物扩增出的条带数在8~23条之间,扩增出的DNA片段长度大多在150~2 400 bp之间;共扩增出条带数为385条,其中,样品间相同的条带数有53条;所选引物的多态位点百分率为86.23%。 展开更多
关键词 种质资源 ISSR 引物 多态位点
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兔病毒性出血症快速检测方法的建立
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作者 林颖峥 林士佳 +4 位作者 孙欣 熊炜 张强 王艳 李树清 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1280-1283,1290共5页
兔病毒性出血症是兔的1种传播性极强、致死率极高的重要传染病,针对性地加强该病原的进出境监测将对动物疫病防控具有重要的意义。本研究使用软件分析设计RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR的引物和TaqMan探针,建立了兔病毒性出血症RT-PCR和... 兔病毒性出血症是兔的1种传播性极强、致死率极高的重要传染病,针对性地加强该病原的进出境监测将对动物疫病防控具有重要的意义。本研究使用软件分析设计RT-PCR、实时荧光定量RT-PCR的引物和TaqMan探针,建立了兔病毒性出血症RT-PCR和实时荧光定量RT-PCR方法,并测定其特异性和敏感性。试验结果显示,只有阳性参照样品的DNA出现扩增,其他对照样品均未见扩增产物,证实这些检测方法具有良好的特异性。对阳性样品DNA进行10倍梯度稀释,再分别用新建的2种方法进行试验,结果显示兔病毒性出血症RT-PCR检测的DNA下限量为100pg,实时荧光定量RT-PCR的DNA下限量为100fg,2种方法都具有较高的敏感性。新建的RT-PCR和实时荧光定量RT-PCR方法互补应用,有助于缩短检疫周期、提高检测效率,为出入境口岸部门加强入境试验兔或其他不同用途兔的疫病检测提供技术保障。 展开更多
关键词 兔病毒性出血症 引物 TAQMAN探针 RT-PCR 实时荧光定量RT-PCR
中麻黄叶绿体DNA序列不同引物扩增条件的筛选
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作者 马晓辉 晋玲 朱田田 《中兽医医药杂志》 2019年第3期11-13,共3页
目的:对16个不同居群的中麻黄从23对叶绿体编码区及非编码区DNA片段中筛选具有变异的叶绿体DNA片段。方法:通过试剂盒法提取DNA并梯度优化筛选扩增条件,PCR扩增产物经生物工程有限公司测序获得产物序列。结果:引物[trnS(GCU)-trnG(UCC)... 目的:对16个不同居群的中麻黄从23对叶绿体编码区及非编码区DNA片段中筛选具有变异的叶绿体DNA片段。方法:通过试剂盒法提取DNA并梯度优化筛选扩增条件,PCR扩增产物经生物工程有限公司测序获得产物序列。结果:引物[trnS(GCU)-trnG(UCC)、atpB-rbcL、psbA-trnH、F71-R1516]能扩增出清晰、单一的条带。结论:16个不同居群中30个麻黄个体的叶绿体DNA扩增成功,初步筛选出具有变异的叶绿体DNA片段F71-R1516。 展开更多
关键词 中麻黄 叶绿体 引物 条件筛选
从实际案例探讨专利申请中引物序列的全面检索 预览
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作者 王奇 《科学与信息化》 2019年第19期177-178,共2页
本文分析了引物序列撰写的特点和各个数据库的标引差异,在此基础上,结合实际案例阐述了如何基于专利数据库和非专利数据库检索引物序列的新颖性文件,为引物序列的新颖性文件检索提供了全面高效的检索思路。
关键词 引物 序列 新颖性 检索全面 标引
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基于TaqMan PCR鉴定猪源性成分的引物和探针研发 预览
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作者 郭梁 李春冬 +1 位作者 徐伟良 郭元晟 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期74-79,共6页
为了研发具有自主知识产权的猪源性成分检测的引物和探针,比对猪、牛、羊、马、鸡、鸭、兔、鹅等8种动物的线粒体基因组,筛选并设计猪特异性的引物和探针组合进行荧光定量PCR。研究结果表明,所研发的猪源性成分检测的引物和探针仅对猪相... 为了研发具有自主知识产权的猪源性成分检测的引物和探针,比对猪、牛、羊、马、鸡、鸭、兔、鹅等8种动物的线粒体基因组,筛选并设计猪特异性的引物和探针组合进行荧光定量PCR。研究结果表明,所研发的猪源性成分检测的引物和探针仅对猪相关DNA模板有典型扩增曲线,对其他动物来源的DNA模板无扩增,具有高度的猪源性特异性。灵敏度实验表明,利用此引物和探针的检测方法具有高度的灵敏度,可达1 pg级。肉制品中猪源性定量检测实验说明此方法具有较好的定量检测能力。此引物和探针组合适用于猪源性食品和农畜产品的检验检测。 展开更多
关键词 猪源性成分 引物 探针 TAQ MAN PCR
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小麦2B染色体新SSR标记开发 预览
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作者 李小军 徐鑫 +2 位作者 张自阳 刘明久 茹振钢 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期68-74,共7页
为开发用于小麦育种的新SSR分子标记,利用普通小麦中国春2B染色体25Mb的DNA序列进行了SSR筛选,在检测到的2852个SSR中80.40%是二核苷酸重复。二、三、四、五核苷酸重复序列分别有6,30,17,1种类型。二核苷酸中GA/CT、AG/TC、AT/TA数量最... 为开发用于小麦育种的新SSR分子标记,利用普通小麦中国春2B染色体25Mb的DNA序列进行了SSR筛选,在检测到的2852个SSR中80.40%是二核苷酸重复。二、三、四、五核苷酸重复序列分别有6,30,17,1种类型。二核苷酸中GA/CT、AG/TC、AT/TA数量最多,分别占SSR总数的20.44%,19.00%,17.15%;三核苷酸中CTT/GAA的数量最多,占SSR总数的2.56%;四、五核苷酸重复出现的频率都较低。进一步分析SSR的重复次数,发现二核苷酸重复次数总体较高,重复次数≥10的SSR数量有327个,占所有二核苷酸序列的14.26%,其中,AG/TC、AT/TA的重复次数≥10的SSR数量分别有98,97个。三核苷酸的重复次数总体偏低,重复次数≥8的SSR数量仅有62个,占所有三核苷酸序列的11.55%,其中TTC/AAG的重复次数≥8的SSR数量最多,有12个。四核苷酸中只有ACAT/TGTA、TAGA/ATCT的重复次数分别达到了16,14次,其他重复基元的重复次数主要为5~7次。根据筛选到的SSR位点共设计合成了135对SSR引物,发现有101对(74.81%)引物在小麦品系Cf5019-21和Cf5240-41扩增出清晰的DNA条带,17对引物在二者间表现出差异扩增。 展开更多
关键词 小麦 SSR 引物 2B染色体
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扩增区域对鲊广椒细菌MiSeq测序的影响 预览
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作者 王玉荣 杨成聪 +3 位作者 葛东颖 尚雪娇 张振东 郭壮 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第10期134-140,共7页
在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1~V2区、V3~V4区和V4~V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4~V5区的非特异性序... 在使用引物27F/338R、338F/806R和515F/907R分别对细菌16S rRNA基因的V1~V2区、V3~V4区和V4~V5区进行扩增的基础上,采用MiSeq高通量测序评价扩增区域对鲊广椒细菌多样性分析结果的影响。结果发现,扩增16S rRNA基因V4~V5区的非特异性序列所占比例显著偏低(P<0.05),而扩增V1~V2区样品细菌的Chao 1指数显著偏高(P<0.05)。虽然扩增16S rRNA基因的V3~V4区会导致Cyanobacteria(蓝细菌门)和Pediococcus(小球菌)相对含量显著偏高(P<0.05),但不同扩增区域扩增出的同一样品其微生物群落结构无显著差异(P>0.05)。在对鲊广椒细菌多样性进行解析时,建议选择引物515F/907R扩增16S rRNA基因的V4~V5区。 展开更多
关键词 鲊广椒 引物 扩增区域 MiSeq测序 细菌多样性
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滇西南地区埃及伊蚊种群微卫星标记筛选研究
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作者 刘蓬勃 孙琬琬 +4 位作者 王君 刘起勇 宋秀平 郭玉红 鲁亮 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS 2018年第2期130-133,共4页
目的研究滇西南地区埃及伊蚊种群遗传学特征,针对该地区的埃及伊蚊种群筛选新的微卫星位点。方法从美国国立生物技术信息中心Gen Bank数据库中下载埃及伊蚊全基因组数据,利用Tandem Repeats Finder软件查找全基因组中的微卫星位点,选择... 目的研究滇西南地区埃及伊蚊种群遗传学特征,针对该地区的埃及伊蚊种群筛选新的微卫星位点。方法从美国国立生物技术信息中心Gen Bank数据库中下载埃及伊蚊全基因组数据,利用Tandem Repeats Finder软件查找全基因组中的微卫星位点,选择重复单位为2-4 bp且重复次数〈30的微卫星位点,对其侧链进行BLAST比对,选择在基因组中单拷贝的位点设计引物,再对引物进行BLAST比对,选择扩增产物为单拷贝的引物进行相关筛选。结果从17个全基因组中共获得80条微卫星序列,并成功设计出11对多态性引物,核心序列包括5对2碱基重复,5对3碱基重复以及1对4碱基重复,共有98个等位基因,平均每对引物有9个等位基因,观察杂合度平均值为(0.394±0.026)。结论设计引物可稳定地扩增出目标条带,且多态性较高,可以用于埃及伊蚊的种群遗传学研究。 展开更多
关键词 埃及伊蚊 微卫星 引物
RAPD法探究百草枯对HepG2细胞基因组稳定性的影响 预览
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作者 唐超智 张玉玲 +2 位作者 刘庆荟 张子喻 王雅茹 《河南师范大学学报:自然科学版》 北大核心 2018年第1期108-112,共5页
目的:探讨百草枯(PQ)处理对HepG2细胞基因组稳定性的影响.方法:采用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记技术,选取20种随机引物分析PQ处理24h对HepG2细胞基因组稳定性的影响.结果:引物5’-GGAAGTCGCC-3’、5’-ACGCGCATGT-3’和5’-GAATCGGCCA-... 目的:探讨百草枯(PQ)处理对HepG2细胞基因组稳定性的影响.方法:采用随机扩增多态性DNA(RAPD)标记技术,选取20种随机引物分析PQ处理24h对HepG2细胞基因组稳定性的影响.结果:引物5’-GGAAGTCGCC-3’、5’-ACGCGCATGT-3’和5’-GAATCGGCCA-3’的扩增产物在正常组与7.21、10.67、15.78、22.36和34.57mg/L的PQ处理组间有较明显差异.其中,引物5’-GGAAGTCGCC-3’的2种扩增产物(约2200和2600bp)在所有PQ处理组均缺失;引物5’-ACGCGCATGT-3’的2种扩增产物(约250和1200bp)在高于7.21mg/L的PQ处理组均发生缺失,1种扩增产物(约1500bp)在34.57mg/L的PQ处理组发生缺失,另有2种扩增产物(约400和550bp)在34.57mg/L的PQ处理组含量较低;引物5’-GAATCGGCCA-3’有2种扩增产物(约900和1900bp)在全部PQ处理组均缺失,另2种扩增产物(约530和560bp)新出现在各PQ处理组.结论PQ处理会破坏HepG2细胞基因组的完整性和稳定性. 展开更多
关键词 RAPD 百草枯 HEPG2细胞 基因组稳定性 引物 扩增产物
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猪鼻支原体PCR检测方法的建立 预览
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作者 李石友 胡小九 +3 位作者 吉丽 赵谦 徐英 刘丽仙 《养殖与饲料》 2018年第6期14-16,共3页
采集疑似猪鼻支原体的病猪的肺脏并提取DNA作为模版,根据GenBank的数据库中猪鼻支原体膜蛋白P37的序列设计1对特异性引物,建立猪鼻支原体PCR检测方法。试验结果显示,建立的PCR方法有较强的特异性,为快速准确鉴别猪鼻支原体提供了一个有... 采集疑似猪鼻支原体的病猪的肺脏并提取DNA作为模版,根据GenBank的数据库中猪鼻支原体膜蛋白P37的序列设计1对特异性引物,建立猪鼻支原体PCR检测方法。试验结果显示,建立的PCR方法有较强的特异性,为快速准确鉴别猪鼻支原体提供了一个有效的临诊手段,也对药物的使用具有指导意义。 展开更多
关键词 猪鼻支原体 PCR检测方法 引物
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牛源性成分鉴定的引物和探针 预览
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作者 郭梁 徐伟良 +4 位作者 钱俊平 郭元晟 海小 李春冬 雅梅 《食品研究与开发》 北大核心 2018年第16期153-157,共5页
为研发具有自主知识产权的锡林郭勒盟牛源性检测试剂盒。以8种动物的线粒体全基因组序列为基础,通过比对分析筛选出牛特异的引物和探针组合进行荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)。以所设计的引物和探针为基础... 为研发具有自主知识产权的锡林郭勒盟牛源性检测试剂盒。以8种动物的线粒体全基因组序列为基础,通过比对分析筛选出牛特异的引物和探针组合进行荧光定量聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)。以所设计的引物和探针为基础的牛源性成分检测具有高度的特异性(仅对牛源性样品有典型扩增曲线,对其他动物来源的样品无扩增曲线)。检测灵敏度试验表明,利用此引物和探针的检测方法具有高度的灵敏度,可以检测到1 pg级的模板DNA。牛肉加工制品中牛源性定量检测试验表明,所研发的引物和探针具有较好的定量检测能力。以上研究结果表明此引物和探针组合适用于牛源性成分的定性和定量检测。 展开更多
关键词 牛源性成分 引物 探针 鉴定 TAQMAN 聚合酶链式反应
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扁玉螺转录组SSR信息分析 预览 被引量:1
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作者 卢玮筱 陈永霞 祁鹏志 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2018年第3期215-220,共6页
采用生物信息学方法分析扁玉螺转录组文库EST序列(SSR)位点,并且设计简单重复序列(SSR)引物,以期为扁玉螺分子标记辅助育种提供有力的工具.对扁玉螺进行转录组测序采用IlluminaHiseqTM高通量测序平台,再利用Mi原croSAtellite(MISA... 采用生物信息学方法分析扁玉螺转录组文库EST序列(SSR)位点,并且设计简单重复序列(SSR)引物,以期为扁玉螺分子标记辅助育种提供有力的工具.对扁玉螺进行转录组测序采用IlluminaHiseqTM高通量测序平台,再利用Mi原croSAtellite(MISA)工具,分析扁玉螺转录组中SSR的重复基元及其分布频率.利用Primer3软件设计引物,并且通过SS原RFinder筛选出SSR引物.从233853条Unigenes中找到202337个符合条件的SSRs,发生频率为45.34%,SSR位点的出现频率为86.53%.SSR位点中单核苷酸重复是主要类型,占总SSRs的63.44%,其次为双核苷酸和三核苷酸,分别为24.12%和6.73%.SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T最多,占总SSR的54.15%;其次为双核苷酸AC/GT多,为15.9%.扁玉螺转录组中SSR位点出现频率高,而且类型丰富;大量的SSR分子标记技术有助于扁玉螺分子育种与遗传多样性分析提供更多的依据. 展开更多
关键词 扁玉螺 SSR MicroSAtellite软件 转录组 引物
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基于转录组测序的油梨EST-SSR引物开发 预览 被引量:1
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作者 应东山 唐浩 +5 位作者 韩瑞玺 王文林 王明 王琴飞 汤秀华 张如莲 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2018年第12期2446-2451,共6页
利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签.简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用Illumina二代测序的技术,共获得37639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6419条简单序列重... 利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签.简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用Illumina二代测序的技术,共获得37639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6419条简单序列重复(SSR)。利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并以11份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的EST-SSR的分布频率为17.05%。在油梨EST-SSR中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的37.47%、31.80%和29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AG/CT,占总数的29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为AAG/CTT,占12.01%。随机选择315个SSR位点合成引物,经11份油梨种质筛选鉴定,227对引物可扩增获得产物,有效扩增率为72.06%;其中34对引物表现出良好多态性,占有效引物的12.78%,占总引物的10.79%。在34对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2~12个。利用高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的34个具有多态性的油梨SSR标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。 展开更多
关键词 油梨 转录组 EST-SSR 引物
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平欧杂交榛转录组中SSR信息分析和引物筛选 被引量:3
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作者 程云清 张丽娜 +1 位作者 赵永斌 刘剑锋 《园艺学报》 CSCD 北大核心 2018年第1期139-148,共10页
对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为:10 102(28.37%)、16 543(46.46%)、7 035(... 对平欧杂交榛的转录组数据进行了深入挖掘,以期开发其SSRs标记。在25 649条含SSR序列的Unigene中,共找到35 604条SSR序列;其中,单、二、三核苷酸重复为高频类型,其数量及所占百分比分别为:10 102(28.37%)、16 543(46.46%)、7 035(19.76%);在单核苷酸重复中,A/T重复最多(28.13%);二核苷酸重复中,AG/CT(35.79%)、AT/AT(7.47%)、AC/GT(3.17%)最为丰富;三、四、五、六核苷酸重复中,比例最高的重复序列分别为:AAG/CTT(7.24%)、AAAG/CTTT(0.33%)、AAAAG/CTTTT(0.38%)、AAAAAG/CTTTTT(0.15%)。依据转录组中的SSRs序列信息,随机合成了60对引物,并对含平榛(Corylus heterophylla Fisch)、平欧杂交榛(C.heterophylla×C.avellana)、欧洲榛(C.avellana)及毛榛(C.mandshurica Maxim.)的25份材料进行了PCR扩增和毛细管电泳,找到7对多态性良好的引物,其PIC(Polymorphism Information Content)值为0.35~0.70,获得多态性条带52条;UPGMA(Unweighted Pair Group Method Analysis)聚类结果显示,上述引物可将这些种质进行准确区分。以上研究初步明确了平欧杂交榛转录组中SSR的分布特征,为其遗传连锁图谱构建等研究提供了科学依据。 展开更多
关键词 榛子 转录组 简单序列重复 种质鉴定 引物
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