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状态序列的统计分析方法及其应用 预览
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作者 王殿玺 《统计与信息论坛》 CSSCI 北大核心 2019年第4期12-18,共7页
序列分析方法是识别和挖掘随时间或年龄变化的状态序列的统计分析工具,基本思路是:首先利用回顾性数据资料构建状态序列,而后通过最优匹配方法计算不同个体状态序列的距离矩阵,同时可以运用熵指数测量状态转换的频度以捕捉状态序列的内... 序列分析方法是识别和挖掘随时间或年龄变化的状态序列的统计分析工具,基本思路是:首先利用回顾性数据资料构建状态序列,而后通过最优匹配方法计算不同个体状态序列的距离矩阵,同时可以运用熵指数测量状态转换的频度以捕捉状态序列的内在复杂性,然后以计算得到的成对距离矩阵为基础运用聚类分析方法形成状态序列的不同类型,聚类分析后得到的状态序列类型亦可以作为事后多元统计分析的基础。序列分析方法具有三项基本功能:利用系列指标描述状态序列的年龄分布与状态序列的轨迹变化形态、综合测度状态序列、识别状态序列轨迹的不同类型。 展开更多
关键词 序列分析 状态序列 最优匹配 聚类分析
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滇龙胆基于叶绿体psbA-trnH、trnL-trnF序列多态性遗传评价
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作者 赵宗苹 严媛 +1 位作者 郑梅梅 刘小莉 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1203-1206,共4页
目的研究云南各地区包括8个居群116个样品的滇龙胆Gentiana rigescens Franch. ex Hemsl.的遗传多样性,分析滇龙胆遗传分化和遗传结构,评价其遗传变异。方法采用试剂盒按照个体提取滇龙胆的DNA,扩增其叶绿体基因psbA-trnH、trnL-trnF并... 目的研究云南各地区包括8个居群116个样品的滇龙胆Gentiana rigescens Franch. ex Hemsl.的遗传多样性,分析滇龙胆遗传分化和遗传结构,评价其遗传变异。方法采用试剂盒按照个体提取滇龙胆的DNA,扩增其叶绿体基因psbA-trnH、trnL-trnF并测序,两个片段拼接后综合分析。结果序列中存在22个变异位点并构成11种单倍体类型,滇龙胆的遗传多样性指数(Hd)为0.737,居群间的遗传分化系数(Gst)为0.37632、基因流(Nm)为0.41,地理区域间Gst为0.19680,Nm为1.02。结论滇龙胆具有较高的遗传多样性,且其遗传变异主要出现在居群间,而2个叶绿体DNA片段在滇龙胆的产地鉴别中意义有限,品质差异的形成可能跟环境因子有较大的关系。 展开更多
关键词 滇龙胆 叶绿体DNA psbA-trnH、trnL-trnF间隔序列 序列分析 遗传变异
豇豆轻斑驳病毒海南分离物全基因组序列测定及分子特征 预览
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作者 杨晓 张宇 +7 位作者 陈莎 李桑桑 龚一诺 张卓 鲁清华 胡荣 刘勇 张德咏 《中国蔬菜》 北大核心 2019年第6期35-38,共4页
从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193bp,与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%~83.22%。系统发育分析结果表... 从海南采集疑似感染豇豆轻斑驳病毒(Cowpea mild mottle virus,CpMMV)的豇豆病叶,采用RT-PCR 结合测序获得其全基因组序列,CpMMV海南分离物(KY420906)基因组全长8 193bp,与其他CpMMV 分离物的同源性为63.00%~83.22%。系统发育分析结果表明,CpMMV海南分离物单独聚为一个亚簇;重组分析结果表明,CpMMV 基因组有一个重组事件,断点为3212~3592 bp。 展开更多
关键词 豇豆轻斑驳病毒 豇豆 基因组序列 序列分析
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H9N2亚型AIV聊城分离株聚合酶基因的序列测定与分析
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作者 王凯莉 司振书 +3 位作者 段文君 殷国政 伊立超 张念琦 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第9期81-84,共4页
为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,试验对2014—2016年从山东省聊城地区分离的4株H9N2亚型AIV测序毒株的聚合酶基因——PB1、PB2、PA基因进行PCR扩增和序列测定,然后绘制基因进化树,并对PB2蛋白氨基酸关键位点进行分析。结... 为了解H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的遗传演化规律,试验对2014—2016年从山东省聊城地区分离的4株H9N2亚型AIV测序毒株的聚合酶基因——PB1、PB2、PA基因进行PCR扩增和序列测定,然后绘制基因进化树,并对PB2蛋白氨基酸关键位点进行分析。结果表明:4株测序毒株的PB2、PB1和PA 3个基因扩增的片段大小分别为1 237,1 200, 1 487 bp;4株测序毒株的PB1和PA基因均属于F/98分支,PB2基因属于DK1分支,所有测序株PB2蛋白上627,701, 714位点分别为甘氨酸、天门冬氨酸和丝氨酸。说明这几年山东省聊城地区鸡群中流行的H9N2亚型AIV的PB1和PA基因较为保守,稳定遗传,PB2基因则易发生重排,测序毒株可能不具有对小鼠等哺乳动物的高致病性特征。 展开更多
关键词 H9N2亚型 禽流感病毒 聚合酶基因 遗传演化 序列测定 序列分析
平邑甜茶生长素响应因子MhARF2基因克隆与表达分析
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作者 姜倩倩 曹慧 +1 位作者 张保仁 张慧玲 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期194-202,共9页
采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malu... 采用RT-PCR技术克隆得到平邑甜茶(Malus hupehensis)生长素响应因子基因MhARF2,该基因开放阅读框(ORF)2 532 bp,编码843个氨基酸残基。基因结构分析表明,MhARF2包含13个内含子和14个外显子;进化分析表明,MhARF2属于ARF2成员,与苹果(Malus domestica)、白梨(Pyrus bretschneideri)、甜樱桃(Prunus avium)ARF2具有较高的同源性;MhARF2含有ARF家族特有的B3 DNA结合域、CTD结构域和Auxin-resp结构域;MhARF2定位于细胞核;MhARF2启动子区域含有光响应元件、生长素应答元件和MeJA响应元件、ABA响应元件等多个顺式作用元件。qRT-PCR结果表明,MhARF2在平邑甜茶叶、根、茎、花和果实中均表达,其中叶片中表达水平最高,根次之。30 mg·L-1 IAA处理下,MhARF2在根中的转录水平受到诱导,6 h时最高;在100mmol·L-1NaCl和200 mmol·L-1甘露醇处理下,根系中MhARF2转录水平均随胁迫时间的延长先上升后降低,这说明MhARF2可能参与调控平邑甜茶生长素信号转导以及渗透胁迫响应的过程。 展开更多
关键词 平邑甜茶 MhARF2 基因克隆 序列分析 表达分析
白木香JAZ1基因全长cDNA克隆及其在愈伤组织中的伤害诱导表达分析
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作者 廖永翠 章文春 +1 位作者 魏建和 黄磊 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期3162-3168,共7页
目的克隆国产沉香基原植物白木香Aquilaria sinensis茉莉酸(JA)信号途径核心抑制蛋白基因(jasmonate-zim-domain protein,JAZ),为深入研究其在沉香倍半萜合成途径中的功能奠定基础。方法以白木香总RNA为模板,采用RACE法和RT-PCR方法,克... 目的克隆国产沉香基原植物白木香Aquilaria sinensis茉莉酸(JA)信号途径核心抑制蛋白基因(jasmonate-zim-domain protein,JAZ),为深入研究其在沉香倍半萜合成途径中的功能奠定基础。方法以白木香总RNA为模板,采用RACE法和RT-PCR方法,克隆JAZ基因cDNA全长,并进行生物信息学的分析;采用实时荧光定量(qR T-PCR)方法分析经茉莉酸甲酯(MeJA)和机械伤害处理的白木香愈伤组织中JAZ基因的表达模式。结果获得白木香JAZ基因全长cDNA,命名为AsJAZ1,GenBank登录号为KP677281。序列分析表明,该基因的序列全长为1507 bp,包含一个990bp的开放阅读框,编码330个氨基酸,蛋白质相对分子质量为34280,等电点为6.89。qRT-PCR结果显示,经MeJA处理0.5h后AsJAZ1基因相对表达量最高,约是对照组(未经MeJA处理的白木香愈伤组织)的27倍,随后显著下降;经机械处理2h后AsJAZ1基因相对表达量最高,约是对照组(未经机械处理的白木香愈伤组织)的17倍,随后又快速降低,到24h基本恢复正常。结论获得AsJAZ1基因全长cDNA序列,该基因对伤害诱导极敏感,且能在伤害早期响应。 展开更多
关键词 白木香 AsJAZ1基因 cDNA快速末端扩增 序列分析 表达分析
水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因的克隆与表达特性分析 预览
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作者 朱胜琪 徐德宝 +4 位作者 王永鑫 冯凯 刘洁霞 仇亮 熊爱生 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期51-58,共8页
[目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量... [目的]本文旨在研究水芹咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶基因(OjCCoAOMT)的序列及其表达特性,了解该基因在水芹木质素代谢中的作用。[方法]利用RT-PCR技术从水芹中克隆OjCCoAOMT基因,用生物信息学方法对获得的序列进行分析,并利用实时荧光定量PCR技术研究该基因在水芹不同组织以及不同贮藏条件下的表达。[结果]序列分析结果表明:OjCCoAOMT基因包含1个长度为726bp的开放阅读框(ORF),编码241个氨基酸,蛋白相对分子质量为27.111×10^3,理论等电点为5.38。OjCCoAOMT蛋白属于疏水性蛋白,无序化比例为12.45%,空间结构主要由8个α-螺旋和7个β-折叠组成。多重比对与系统树分析结果表明:OjCCoAOMT蛋白与同科植物欧芹的进化关系最近。实时荧光定量PCR显示,在‘八卦洲水芹’和‘南选八卦洲紫水芹’的叶片及叶柄中OjCCoAOMT基因的表达量差异显著。在室温(25℃)、低温(4℃)和室温黑暗(25℃)3种贮藏条件下OjCCoAOMT基因表达量差异较大,低温(4℃)下表达量最高。2个品种的基因表达量也具有显著差异。[结论]OjCCoAOMT蛋白有较高的保守性。OjCCoAOMT基因在水芹中的表达具有明显的组织特异性和材料差异性,同时在低温(4℃)条件下表达量最高。 展开更多
关键词 水芹 OjCCoAOMT基因 序列分析 多重比对 表达分析
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鹅ASC基因序列分析与组织表达差异研究 预览
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作者 陈丹霞 邓汝森 +3 位作者 邱金辉 黄雪冰 黄运茂 刘文俊 《仲恺农业工程学院学报》 CAS 2019年第2期6-10,共5页
炎症小体作为固有免疫的重要组分在机体免疫反应和疾病发生过程中具有重要作用,ASC基因是炎症小体中连接胞浆受体和Caspase-1的关键蛋白.为进一步了解鹅的炎症系统,参考NCBI上公布的预测序列(XM_013201308.1)设计引物,克隆了马岗鹅ASC基... 炎症小体作为固有免疫的重要组分在机体免疫反应和疾病发生过程中具有重要作用,ASC基因是炎症小体中连接胞浆受体和Caspase-1的关键蛋白.为进一步了解鹅的炎症系统,参考NCBI上公布的预测序列(XM_013201308.1)设计引物,克隆了马岗鹅ASC基因(go-ASC),并进行了生物信息学分析和组织表达差异研究.结果显示,go-ASC基因完整ORF长663bp,共编码220个氨基酸.同源性分析显示,go-ASC基因序列与哺乳类动物的同源性较低(41.0%~52.6%),结构域也存在较大差异,仅含有CARD结构域,缺乏PYD结构域.组织表达结果显示,go-ASC基因主要在血液和粘膜上皮组织表达,在肌肉组织中表达量最低. 展开更多
关键词 基因克隆 序列分析 表达差异分析
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66例不明原因智力障碍/发育迟缓儿童临床和遗传学分析 预览
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作者 洪晓文 陈燕惠 《福建医科大学学报》 2019年第3期191-195,共5页
目的 探讨不明原因智力障碍/发育迟缓(ID/DD)患儿的临床资料及基因检测结果,为进行明确的病因学诊断、评估患者预后提供遗传学咨询。 方法 收集不明原因ID/DD患儿66例,总结分析患儿的智力测评、神经影像学及视频脑电图检查结果等,选择... 目的 探讨不明原因智力障碍/发育迟缓(ID/DD)患儿的临床资料及基因检测结果,为进行明确的病因学诊断、评估患者预后提供遗传学咨询。 方法 收集不明原因ID/DD患儿66例,总结分析患儿的智力测评、神经影像学及视频脑电图检查结果等,选择遗传学检测技术包括染色体微阵列分析(CMA)、全外显子组基因测序(WES),明确致病性拷贝数变异及基因突变位点。 结果 (1)66例患儿均表现为智力低下,对应年龄阶段发育里程碑事件明显延迟。(2)45例患儿发现遗传变异,检出率为68.2%,其中22例(33.3%)为致病性突变,病因诊断明确。(3)确诊Prader-Willi综合征4例;Williams-Beuren综合征3例;15q部分三体综合征、智力障碍20型各2例;Angelman综合征、4q末端缺失综合征、Phelan-McDermid综合征、9p三体综合征、智力低下6型、Langer-Giedion综合征、1p36缺失综合征及婴儿神经轴索营养不良各1例。 结论 CMA作为不明原因ID/DD或先天性畸形等疾病的首选检测技术,结合WES可为ID/DD的确诊提供较可靠的依据,尤其对临床症状和表型不具特异性患者的诊断有重要意义。 展开更多
关键词 精神发育迟滞 发育障碍 染色体 微阵列分析 外显子 序列分析
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沈阳地区1株猪流行性腹泻病毒S1基因序列测定与分析 预览
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作者 王宏燕 《现代畜牧兽医》 2019年第4期6-11,共6页
利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个... 利用PEDV的S1基因的特异性引物,克隆了沈阳地区1株PEDV流行毒株(LNSY-2017)的S1基因,并通过S1基因序列比对,分析了此病毒株与其他相关毒株的亲缘关系。结果显示:LNSY-2017株S1基因(2 372 bp)与我国疫苗株CV777(2 364 bp)相比,存在16个核苷酸的插入和8个核苷酸的缺失,导致推导的氨基酸序列存在6个氨基酸的插入(56G、59QGVN62和69G)和6个氨基酸的缺失(73N、157FA158、380YL381和521G),且在2个主要中和抗体表位(aa499~637和aa763~770)有11处氨基酸的突变。遗传进化分析结果显示,LNSY-2017与主要的疫苗株同源性较低(91.4%~92.5%),而与2012年韩国毒株、美国2013年毒株以及中国近年来流行毒株同源性最高(97.0%~98.7%),属于基因G2b型。结果表明,沈阳地区的PEDV流行株已经发生很大变异,因此很有必要加强对PEDV变异的监测。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 S1基因 序列分析 遗传进化分析
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棉花两个14-3-3基因的克隆和表达分析
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作者 甄军波 刘迪 +3 位作者 宋世佳 蔡肖 刘琳琳 迟吉娜 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期1422-1429,共8页
14-3-3蛋白是真核生物中一类高度保守的调控蛋白,其在植物生长发育、代谢调控、信号转导以及逆境胁迫应答中发挥着非常重要的作用。本研究从棉花纤维均一化cDNA文库中分离得到2个14-3-3基因,分别命名为Gh14-3-3i和Gh14-3-3j。Gh14-3-3i... 14-3-3蛋白是真核生物中一类高度保守的调控蛋白,其在植物生长发育、代谢调控、信号转导以及逆境胁迫应答中发挥着非常重要的作用。本研究从棉花纤维均一化cDNA文库中分离得到2个14-3-3基因,分别命名为Gh14-3-3i和Gh14-3-3j。Gh14-3-3i开放阅读框全长789 bp,编码262个氨基酸,Gh14-3-3j开放阅读框全长786 bp,编码261个氨基酸,这2个基因均具有高度保守的14-3-3家族蛋白基序,荧光定量PCR表明,Gh14-3-3i和Gh14-3-3j在棉花纤维、根、茎和叶片中均有表达,并且受到高盐、PEG、ABA等非生物胁迫的诱导表达,本研究可为进一步研究14-3-3蛋白在棉花中的功能提供理论依据。 展开更多
关键词 棉花 14-3-3 序列分析 表达分析
河北省奶牛传染性鼻气管炎病毒的分离鉴定与系统进化分析
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作者 陈颖彬 常丽云 +5 位作者 李林 王紫燕 赵越 康茜 赵月兰 秦建华 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第13期84-88,178共6页
为了分离与鉴定河北省牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV),试验对河北省某规模化奶牛场IBRV初检阳性病料进行处理,采用病毒分离培养、分离毒毒价测定、中和试验、PCR扩增、目的基因片段测序、同源性... 为了分离与鉴定河北省牛传染性鼻气管炎病毒(Infectious bovine rhinotracheitis virus, IBRV),试验对河北省某规模化奶牛场IBRV初检阳性病料进行处理,采用病毒分离培养、分离毒毒价测定、中和试验、PCR扩增、目的基因片段测序、同源性分析及系统进化树构建的方法对病毒进行鉴定和分析。结果表明:筛选出一株病变毒株,其TCID(50)为1×10^(-4.7)/0.1 mL,分离株抗原能够被IBRV阳性血清中和,PCR扩增出大小为314 bp的特异性片段,扩增的gB基因片段共编码316个核苷酸,与GenBank中部分IBRV毒株的同源性为99.3%~100%,该毒株与BH81株(DQ006854)亲源关系较近,将其命名为HBXT-IBRV。 展开更多
关键词 奶牛 牛传染性鼻气管炎病毒 分离鉴定 序列分析 系统进化分析
菜粉蝶HSP20基因的克隆及温度胁迫下表达分析 预览
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作者 袁远 张连根 +4 位作者 高熹 吴国星 张慧 龙华 朱家位 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期286-291,共6页
【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软... 【目的】克隆分析菜粉蝶(Pieris rapae)热激蛋白20基因(HSP20),并检测其在温度胁迫下的表达情况,为探析菜粉蝶适应温度胁迫机制提供参考。【方法】以菜粉蝶为试验材料,采用RT-PCR和RACE克隆获得菜粉蝶HSP20基因cDNA全长,并通过生物学软件分析其序列,明确其基因结构特征和亲缘关系;采用实时荧光定量PCR检测菜粉蝶HSP20基因在低温(-20~0℃)和高温(5~45℃)胁迫下的表达响应。【结果】菜粉蝶HSP20基因全长725bp,5'-端非编码区105bp,3'-端非编码区109bp,开放阅读框531bp,编码176个氨基酸,预测蛋白分子量19.5kD,理论等电点6.61;其编码氨基酸序列中含有1个典型的HSP20家族结构域(位于第60~142位氨基酸)、1个α-晶体蛋白(位于第60~157位氨基酸)和1个Allatoallatostatin(位于第14~24位氨基酸);基序列相似度分析其与二化螟、家蚕和甘蓝夜蛾HSP20蛋白氨基酸相似度较高并聚为一族。该基因随环境温度的升高或降低发生变化,在-5和40℃诱发该基因高效表达。【结论】低温和高温均能诱导菜粉蝶HSP20基因高效表达。 展开更多
关键词 菜粉蝶 热激蛋白 HSP20 基因克隆 序列分析 温度胁迫 表达分析
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海岛棉GbAGL15和GbAIL5的克隆及其在低温诱导XH16体胚发生同步化过程中的表达
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作者 周静 郭家雁 +4 位作者 杨瑞思 陈全家 曲延英 高文伟 张霞 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1190-1198,共9页
体细胞胚胎发生的同步化有助于加快作物分子育种的进程,体胚发生过程中Agamous-like15(AGL15)、Aintegumenta-like5 (AIL5)等关键基因特异性表达起着类似开关的作用。为了进一步探明低温诱导体细胞胚胎同步化发生的分子机理,本研究利用... 体细胞胚胎发生的同步化有助于加快作物分子育种的进程,体胚发生过程中Agamous-like15(AGL15)、Aintegumenta-like5 (AIL5)等关键基因特异性表达起着类似开关的作用。为了进一步探明低温诱导体细胞胚胎同步化发生的分子机理,本研究利用同源序列从海岛棉(Gossypium barbadense) XH16胚性愈伤组织中克隆得到GbAGL15 (GenBank No. MK580460)和GbAIL5 (GenBank No. MK591943)核苷酸序列,并利用qRT-PCR技术研究低温处理后胚性细胞中GbAGL15和GbAIL5基因的表达模式。结果表明,GbAGL15基因编码区全长为753 bp,编码250个氨基酸,含有MADS-MEF2-like结构域和K-box保守区,与雷蒙德氏棉(G. raimondii) GrAGL15、亚洲棉(G. arboretum) GaAGL15亲缘关系较近;GbAIL5基因编码区全长为1 626 bp,编码541个氨基酸,含有2个AP2结构域,与陆地棉(G. hirsutum) GhAIL5在同一进化分支上。qRT-PCR显示,在胚性愈伤组织低温处理后GbAGL15基因与对照组相比表达量极显著的降低(P<0.01),GbAIL5基因的表达量呈现缓慢下降的趋势,推测GbAGL15和GbAIL5基因参与体细胞胚胎发生并起调控作用,在低温条件下其基因表达被抑制,致使低温处理下胚性愈伤组织发育分化停滞,从而促进体胚的同步化发生。本研究为揭示海岛棉体细胞同步化发生的分子机制提供了理论依据,有助于海岛棉体细胞胚发生的遗传转化体系的建立。 展开更多
关键词 海岛棉 GbAGL15基因 GbAIL5基因 序列分析 表达分析
基于线粒体COⅡ基因和D-loop区序列对江西安南光唇鱼(Acrossocheilus)物种鉴定及系统发育位置分析 预览
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作者 薛艳洁 潘娜 李明云 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期25-28,共4页
以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15... 以采自江西赣州安南的野生鱼为实验材料,分别设计引物扩增其线粒体DNACOⅡ和D-loop序列并进行序列比对分析,经扩增得到的COⅡ序列全长为691bp,D-loop序列的全长为937~944bp,其中COⅡ序列中A、T、G、C的平均占比分别为31.00%、25.80%、15.30%和27.90%,而D-loop序列的占比则分别为35.60%、32.30%、12.00%和20.00%,两序列都是A+T含量高于G+C,G的含量在4种碱基中最低。COⅡ序列中仅存在6个碱基位点的转换,D-loop则有多个碱基位点存在转换、颠换、缺失或插入,群体内遗传距离分别为0.0075、0.0050。用最大似然法构建的COⅡ和D-loop系统发育树显示赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼(Acrossocheilus hemispinus)亲缘性最近,序列相似性分别为98.70%、98.69%,遗传距离最近分别为0.0130、0.0260,未达到种间分化的水平(0.05)。2个序列分析结果一致,结合外部形态特征观察,可以断定赣州安南光唇鱼与半刺光唇鱼为同一种,研究为江西赣州安南光唇鱼的资源利用提供了资料。 展开更多
关键词 光唇鱼 形态特征 COⅡ D-LOOP 序列分析 系统发育分析
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哈萨克羊INHβA基因克隆及生物信息学分析 预览
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作者 解津刚 巴合提·博代 +1 位作者 热衣扎别克·哈德坎 吾热力哈孜·哈孜汗 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第5期1290-1298,共9页
试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA(inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列(登录号:NM001009458.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增,... 试验旨在克隆哈萨克羊抑制素βA(inhibin beta A,INHβA)基因序列,并探究其序列特征及编码蛋白的结构和功能。根据GenBank中绵羊INHβA基因序列(登录号:NM001009458.1)设计1对特异性引物,通过RT-PCR方法对哈萨克羊INHβA基因进行扩增,将获得的INHβA基因片段插入到pMD19-T载体中进行克隆测序,并结合生物信息学方法预测和分析其核苷酸序列、氨基酸序列、蛋白跨膜、蛋白修饰位点及二级结构、三级结构模型等。结果显示,哈萨克羊INHβA基因长1 278 bp,编码425个氨基酸。哈萨克羊INHβA基因与绵羊、牛、野猪、小鼠、人、大鼠、猫、兔、马的同源性分别为98.6%、97.7%、90.4%、87.9%、91.1%、88.2%、91.8%、89.8%和91.8%,表明INHβA基因在不同物种之间具有较高的保守性。INHβA蛋白分子式为C2072H3325N603O628S26,分子质量为47.57 ku,理论等电点(pI)为7.87,不稳定系数为66.16,脂溶指数为78.47,亲水值为-0.507。INHβA是一种碱性不稳定的亲水性脂溶性蛋白,没有跨膜结构,含有信号肽。二级结构预测显示,INHβA蛋白α-螺旋、β-转角、无规则卷曲、延伸链分别占22.59%、4.47%、54.12%和18.82%。三级结构预测显示,INHβA蛋白以α-螺旋为主,是含有8种蛋白修饰位点的β-桶状蛋白。本试验结果为深入研究哈萨克羊INHβA蛋白功能及探讨INHβA基因对提高哈萨克羊繁殖力的影响提供参考数据。 展开更多
关键词 哈萨克羊 INHβA基因 克隆 序列分析
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黄灯笼辣椒肉桂酰辅酶A还原酶(CCR1)基因的克隆及序列分析
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作者 倪苗 居利香 +5 位作者 雷欣 王龙飞 郝园园 舒黄英 汪志伟 成善汉 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1763-1770,共8页
CCR是调控苯丙烷代谢木质素合成支路的关键酶,其活性对辣椒辣味具有重要影响,本研究通过RT-PCR结合RACE法成功从海南黄灯笼椒茎尖克隆到一个全长CCR1,并通过DNAMAN、DNAStar等软件与网站对该序列进行生物信息学分析,结果表明:黄灯笼辣椒... CCR是调控苯丙烷代谢木质素合成支路的关键酶,其活性对辣椒辣味具有重要影响,本研究通过RT-PCR结合RACE法成功从海南黄灯笼椒茎尖克隆到一个全长CCR1,并通过DNAMAN、DNAStar等软件与网站对该序列进行生物信息学分析,结果表明:黄灯笼辣椒CCR1 cDNA序列全长1 362 bp,含有一个840 bp的完整的ORF,编码279个氨基酸;该基因编码蛋白无跨膜结构域,无信号肽,不是分泌蛋白,亚细胞定位于细胞质,为亲水蛋白;其氨基酸序列与拟南芥、巴西橡胶、番茄、烟草相似度达79.94%,存在一个CCR基因的典型保守序列-KNWYCYGK;CCR1基因与番茄、马铃薯、烟草等茄科植物亲缘关系较近。这为后续进一步分析CCR1功能,通过调控辣椒木质素路径来提高辣椒素含量提供依据。 展开更多
关键词 黄灯笼椒 CCR1 基因克隆 序列分析
2018年福建省输入性基孔肯雅热的病原学特征
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作者 王金章 阚乃鹏 +5 位作者 张拥军 游丽斌 王宇平 邓艳琴 郑奎城 翁育伟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第3期253-256,共4页
目的 了解福建省2018年一起输入性基孔肯雅热(chikungunya fever,CHIK)疫情的病原学特征.方法 通过荧光RT-PCR和ELISA方法对两例CHIK患者发病后不同时间采集的血清标本进行检测,RT-PCR方法扩增病毒E1结构蛋白基因并测序,分析核苷酸序列... 目的 了解福建省2018年一起输入性基孔肯雅热(chikungunya fever,CHIK)疫情的病原学特征.方法 通过荧光RT-PCR和ELISA方法对两例CHIK患者发病后不同时间采集的血清标本进行检测,RT-PCR方法扩增病毒E1结构蛋白基因并测序,分析核苷酸序列特征并做系统进化树分析.结果 自两病例发病后5 d内采集的4份标本可检测到基孔肯雅病毒(chikungunya virus,CHIKV)核酸,最早在发病第5 d的标本中检测到IgM抗体阳性,IgG抗体仅在发病10 d的标本中检测阳性;核苷酸序列分析结果显示病毒E1基因编码的氨基酸与S27-非洲原型株比较,发现12个位置的突变;两例病例的E1基因序列两者完全一致,与2014年菲律宾毒株进化关系最为接近,其基因分型为Asian基因型.结论 该起CHIK疫情是由来源于菲律宾的Asian基因型CHIKV感染后输入福建省,提示福建省应当加强疫区入境人员的监测,防止输入病例引起本地暴发流行. 展开更多
关键词 基孔肯雅病毒 分子流行病学 E1基因 序列分析
猪繁殖与呼吸综合征病毒SDZP P126株GP2基因序列分析及其对病毒增殖的影响 预览
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作者 张倩 苏兆军 +5 位作者 魏凤 毕艳丽 肖跃强 王金良 苗立中 唐娜 《动物医学进展》 北大核心 2019年第8期1-5,共5页
旨在研究1株连续传代的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) SDZP P126 GP2基因的变异情况,以及GP2对病毒增殖的影响。构建GP2基因全长真核载体pEGFP-N1-GP2,利用生物学软件对GP2基因进行核苷酸和氨基酸的同源性分析,并将重组质粒pEGFP-N1-GP... 旨在研究1株连续传代的猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV) SDZP P126 GP2基因的变异情况,以及GP2对病毒增殖的影响。构建GP2基因全长真核载体pEGFP-N1-GP2,利用生物学软件对GP2基因进行核苷酸和氨基酸的同源性分析,并将重组质粒pEGFP-N1-GP2转染到Marc-145细胞上,接毒后检测对病毒增殖的影响。通过GP2基因核苷酸和氨基酸的同源性分析,发现9个碱基的突变,这9个碱基的突变导致了5个氨基酸的突变。其中氨基酸序列中的第10位由亮氨酸突变为苯丙氨酸,这一突变在多株致弱毒株中存在,在Marc-145细胞转染重组质粒pEGFP-N1-GP2对病毒的增殖无显著影响。初步推断SDZP P126 GP2基因的突变对病毒在Marc-145细胞上增殖没有影响。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 GP2基因 序列分析 病毒增殖
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鸡Toll样受体15的生物信息学分析及组织表达 预览
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作者 邢波建 于淼 +3 位作者 吴迪 徐笑 李连艳 刘玉芬 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第1期232-238,共7页
Toll样受体是参与机体天然免疫的一类模式分子,可以识别多种病原体相关分子模式,快速启动有效的免疫应答,在机体的抗感染免疫中发挥重要的作用。为了深入探讨鸡Toll样受体的免疫功能,为禽类相关疾病的预防和控制提供依据,试验通过RT-PC... Toll样受体是参与机体天然免疫的一类模式分子,可以识别多种病原体相关分子模式,快速启动有效的免疫应答,在机体的抗感染免疫中发挥重要的作用。为了深入探讨鸡Toll样受体的免疫功能,为禽类相关疾病的预防和控制提供依据,试验通过RT-PCR技术克隆海兰褐鸡TLR15基因的全长阅读框,同时将其胞外区片段插入载体p ET32a并导入大肠杆菌BL21(DE3)中进行优化表达,经SDS-PAGE和Western Blot法检测融合蛋白,并将融合蛋白作为免疫原免疫昆明鼠后制备多克隆抗体,同时采用免疫组织化学的方法,对ch TLR15的组织表达进行检测。结果表明,海兰褐鸡TLR15编码基因全长2 607 bp,编码868个氨基酸残基,其中胞外区1 962 bp,重组蛋白分子量约为72 ku;免疫小鼠可以产生特异性的抗体,抗体效价为1∶10 000;免疫组化检测结果显示,ch TLR15主要在脾脏中表达,在肝脏和肺部表达较少。研究结果可为禽类TLR15相关的免疫调节机制分析提供物质基础,也可为后续抗感染生物制剂的开发奠定基础。 展开更多
关键词 海兰褐鸡 TLR15 表达 序列分析
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