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肠道微生物群对下消化道疾病的影响 预览
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作者 张致英 梁田 +2 位作者 李岩松 白骕 康龙丽 《国外医学:医学地理分册》 CAS 2019年第3期326-329,共4页
人体肠道是由诸多复杂的肠道微生物群组成,参与机体多种正常生理功能,例如新陈代谢、营养、生理和免疫等过程,对维持人体的健康发挥着重要作用。虽然肠道微生物已经被探索了几十年,但是近年来对于肠道微生物及其产物与机体之间的相互作... 人体肠道是由诸多复杂的肠道微生物群组成,参与机体多种正常生理功能,例如新陈代谢、营养、生理和免疫等过程,对维持人体的健康发挥着重要作用。虽然肠道微生物已经被探索了几十年,但是近年来对于肠道微生物及其产物与机体之间的相互作用引起了人们的广泛关注。肠道微生物的构成改变与某些常见的下肠道疾病有关,如假膜性结肠炎、溃疡性结肠炎(UC)、克罗恩病(CD)和结肠直肠癌(CRC),人体中的肠道微生物群被认为是一种潜在的新疗法。 展开更多
关键词 下消化道 肠道微生物群 宏基因组
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微生物组数据分析方法与应用 预览 被引量:1
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作者 刘永鑫 秦媛 +1 位作者 郭晓璇 白洋 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期845-862,共18页
高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术,如扩增子、宏基因组、宏转录组等,快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多,对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法... 高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术,如扩增子、宏基因组、宏转录组等,快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多,对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法具有一定困难。本文系统概述了微生物组数据分析的基本思想和基础知识,详细总结比较了扩增子和宏基因组分析中的常用软件和数据库,并对高通量数据下游分析中常用的几种方法,包括统计和可视化、网络分析、进化分析、机器学习和关联分析等,从可用性、软件选择以及应用等几个方面进行了概述。本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结,为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析,快速选择研究分析工具,高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考,进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。 展开更多
关键词 微生物 数据分析 扩增子 宏基因组 分析流程
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温度对硝化杆菌(Nitrobacter)活性动力学影响
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作者 于雪 孙洪伟 +4 位作者 李维维 祁国平 马娟 陈永志 吕心涛 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期1426-1430,共5页
为探究温度对亚硝酸盐氧化细菌中硝化杆菌属(Nitrobacter)活性动力学影响,本试验采用序批式活性污泥(SBR)反应器,在通过改变系统进水亚硝态氮(NO2--N)浓度达到富集Nitrobacter基础上,以富含Nitrobacter污泥为对象(宏基因组物种注释和丰... 为探究温度对亚硝酸盐氧化细菌中硝化杆菌属(Nitrobacter)活性动力学影响,本试验采用序批式活性污泥(SBR)反应器,在通过改变系统进水亚硝态氮(NO2--N)浓度达到富集Nitrobacter基础上,以富含Nitrobacter污泥为对象(宏基因组物种注释和丰度分析显示Nitrobacter占细菌总数40. 3%),考察不同NO2--N浓度梯度下亚硝酸盐氧化过程比亚硝态氮氧化速率(SNi OR)变化规律,基于Monod模型考察系统温度对Nitrobacter活性动力学影响,并进行统计学分析.结果表明,30℃条件下SNi OR达到最大(以N/VSS计),为1. 31 g·(g·d)-1.统计学分析结果显示,Monod方程可较好地反映不同温度条件下基质底物浓度对Nitrobacter活性影响.基于菲尔普斯方程计算不同温度区间内温度系数(θ)可知,当系统温度低于25℃或高于30℃时,反应速率随温度变化越敏感. 展开更多
关键词 硝化杆菌 比亚硝态氮氧化速率 动力学 温度系数 宏基因组
宏基因组分析方法探究高精料日粮对奶牛瘤胃产甲烷菌的影响 预览
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作者 薛夫光 施辉毕 +5 位作者 孙福昱 罗清尧 杨亮 楚康康 蒋林树 熊本海 《农业大数据学报》 2019年第1期45-55,共11页
【目的】本研究旨在探究高精料日粮对瘤胃产甲烷菌区系的影响。【方法】利用宏基因组检测手段结合生物信息学分析方法,测定高精料日粮和对照日粮处理下瘤胃产甲烷菌区系的变化。【结果】高精料日粮显著降低奶牛日采食量和产奶量,瘤胃pH... 【目的】本研究旨在探究高精料日粮对瘤胃产甲烷菌区系的影响。【方法】利用宏基因组检测手段结合生物信息学分析方法,测定高精料日粮和对照日粮处理下瘤胃产甲烷菌区系的变化。【结果】高精料日粮显著降低奶牛日采食量和产奶量,瘤胃pH以及瘤胃乙酸的含量(P <0.05);显著提高了瘤胃中丙酸以及氨态氮的含量(P <0.05)。通过分类学分析,总共鉴定出4纲36属108种产甲烷菌约占瘤胃微生物总量的0.37%~0.47%。其中Methanobacteria为产甲烷菌的主要构成部分,约占产甲烷菌总量的50%~55%,Methanobrevibacter为Methanobacteria的主要组成部分。Thermoplasmata在所有产甲烷菌中占据第二多的位置,约占产甲烷菌总量的31%。差异分析结果表明:高精料日粮显著降低了产甲烷菌总量、Methanobacteria和Methanopyri的相对含量(P <0.05),而对Methanococci和Methanomicrobia作用不显著。相关分析结果表明:瘤胃产甲烷菌相对丰度与瘤胃中丙酸含量、氨态氮含量呈负相关关系,与瘤胃乙酸含量呈正相关关系。【结论】高精料日粮降低瘤胃产甲烷菌的相对丰度,但过多饲喂高精料日粮会降低瘤胃pH,造成亚急性瘤胃酸中毒(SARA)。利用宏基因组方法更加准确全面的鉴定出瘤胃产甲烷菌的种类和数量,使得对于产甲烷菌有了更加准确的认识,同时对于降低甲烷排放,促进奶牛生产具有重要的意义。 展开更多
关键词 泌乳奶牛 高精料日粮 产甲烷菌 宏基因组 生物信息学
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苜蓿青贮中微生物种群分析及主要菌种的筛选鉴定 预览
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作者 马召稳 李元晓 +2 位作者 梁含 王占彬 李旺 《草业科学》 CAS CSCD 2019年第11期2980-2988,共9页
苜蓿(Medicago sativa)作为反刍动物最主要的粗饲料蛋白来源,可通过青贮保持其最佳的饲用价值。本研究旨在分析苜蓿青贮的主要微生物组成,并在此基础上筛选到苜蓿青贮的主要菌种,研发适合苜蓿青贮的微生物添加剂。首先利用宏基因组测序... 苜蓿(Medicago sativa)作为反刍动物最主要的粗饲料蛋白来源,可通过青贮保持其最佳的饲用价值。本研究旨在分析苜蓿青贮的主要微生物组成,并在此基础上筛选到苜蓿青贮的主要菌种,研发适合苜蓿青贮的微生物添加剂。首先利用宏基因组测序技术对天然半干苜蓿青贮中的微生物种群数量和群落组成进行分析,然后根据分析结果利用MRS、NA、LB、PDA以及麦氏培养基,采用有氧和厌氧两种培养方式从天然苜蓿青贮饲料中筛选微生物菌种;对筛选到的微生物菌种进行形态学和分子生物学的鉴定确定其种属。结果表明,苜蓿青贮中的主要微生物群落(鉴定到属的水平)为海洋杆菌属(Oceanobacillus)、乳杆菌属(Lactobacillis)和芽孢杆菌属(Bacillis),分别占到24.9%、14.3%、13.9%。在37℃有氧和厌氧条件下以不同培养基共分离出30株菌株。经过形态学和保守序列比对确定,其中15株为植物乳杆菌(L.plantarum),8株为枯草芽孢杆菌(B.subtilis);2株地衣芽孢杆菌(B.licheniformis);乳酸片球菌(Pediococcus acidilactici)、屎肠球菌(Enterococcus faecium)、阿氏芽孢杆菌(B.aryabhattai)、短小芽孢杆菌(B.pumilus)和解淀粉芽孢杆菌(B.amyloliquefaciens)各1株。所筛选菌株和鉴定结果与宏基因组测序的分析结果相一致,表明所筛选的菌种可靠性。 展开更多
关键词 苜蓿青贮 宏基因组 微生物 筛选鉴定
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基于宏基因组长片段的基因预测算法基准 预览
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作者 李瑞琳 尚秋明 +4 位作者 韩鑫胤 张裕 祝海栋 LI Weizhong 牛北方 《计算机应用》 CSCD 北大核心 2019年第A01期143-149,共7页
目前,围绕宏基因组的模拟读长(reads)或片段、全基因组等不同类型的输入数据,新的基因预测算法、软件与工具层出不穷,但存在三方面的问题:一、基于模拟reads或片段得出的结果无法准确反映真实基因的预测效果,而基于全基因组得出的结果... 目前,围绕宏基因组的模拟读长(reads)或片段、全基因组等不同类型的输入数据,新的基因预测算法、软件与工具层出不穷,但存在三方面的问题:一、基于模拟reads或片段得出的结果无法准确反映真实基因的预测效果,而基于全基因组得出的结果不能实现未知物种的预测;二、模拟reads或片段大多小于真实基因的总长度,软件很难预测出完整的基因,甚至丢失部分真实基因;三、长片段基因预测的基准衡量研究较少,大大限制了基因预测在不同领域的应用。针对以上问题,提出基于真实数据长片段基因预测的基准衡量方法。首先,对两个包含20种细菌株的真实序列数据集进行过滤及组装处理;其次,利用组装后得到的长片段支架(scaffolds)作为输入,对6种软件进行基准性能评估;最后,基于评估结果进行错误率上限分析。实验结果表明,在覆盖度较高的数据集上,Prodigal、GeneMarkS-2、MetaGeneAnnotator和FragGeneScan这4种软件错误率接近且最低,在3.5%~22.8%变化;在低覆盖度的数据集上,GeneMarkS-2错误率最低,在27.1%~54.7%变化。 展开更多
关键词 宏基因组 基因预测 开放阅读框 基准衡量
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高通量测序技术临床检测规范化应用北京专家共识(第一版通用部分)
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作者 王清涛 +8 位作者 李金明 樊高威 刘文彬 孟雪红 田婵 王威 魏星 张瑞 张秀艳 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第43期3393-3397,共5页
一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可... 一、前言高通量测序(high-throughput sequencing,HTS)即下一代测序(next generation sequencing,NGS),又称为大规模平行测序(massively parallel sequencing,MPS).相较于传统测序技术,高通量测序单碱基检测成本较低、速度较快、一次可检测大量靶基因,因而广泛应用于染色体非整倍体无创产前筛查、肿瘤靶向治疗基因突变检测、遗传性肿瘤检测、遗传病及罕见病检测、病原微生物及宏基因组检测、胚胎植入前遗传学筛查和胚胎植入前遗传学诊断等领域[1]. 展开更多
关键词 染色体非整倍体 罕见病 高通量测序技术 病原微生物 下一代测序 宏基因组 临床检测
锐翌生物创始人秦楠:人体微生物组的产业化时代到来 肠癌早筛技术迎来政策“风口” 预览
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作者 宋杰 陈惟杉 《中国经济周刊》 2019年第23期66-69,共4页
人体内有两套基因组:一套是人自身的基因组,编码大约2万多个基因;另一套是人体内的共生微生物的基因组,它们所编码的基因有上千万个。两套基因组相互协调、共同发挥作用,共同维护人体健康。在过去十几年中,国际上对人体微生物组研究非... 人体内有两套基因组:一套是人自身的基因组,编码大约2万多个基因;另一套是人体内的共生微生物的基因组,它们所编码的基因有上千万个。两套基因组相互协调、共同发挥作用,共同维护人体健康。在过去十几年中,国际上对人体微生物组研究非常重视,各类研究计划层出不穷,科学界在人体微生物组研究上投入了超过10亿美元,大部分相关的课题研究都来自美国、欧洲、中国等国家和地区。 展开更多
关键词 微生物 感染性疾病 结直肠癌 宏基因组 产业化 创始人
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献血者血液传播性病原体宏基因组检测技术的研究进展
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作者 戴潇青 徐罡 +1 位作者 胡伟 朱发明 《国际输血及血液学杂志》 CAS 2019年第5期369-373,共5页
血液传播性病原体可引起输血传播性疾病。采供血机构对血液传播性病原体检测能力的高低与血液安全水平密切相关,阐明献血者血液传播性病原体的宏基因组学,有助于制定输血传播性疾病的防治策略,提升血液安全。笔者拟就基于高通量测序的... 血液传播性病原体可引起输血传播性疾病。采供血机构对血液传播性病原体检测能力的高低与血液安全水平密切相关,阐明献血者血液传播性病原体的宏基因组学,有助于制定输血传播性疾病的防治策略,提升血液安全。笔者拟就基于高通量测序的血液传播性病原体宏基因组检测技术及其基本流程、献血者血液传播性病原体宏基因组检测情况进行介绍,并且对血液传播性病原体宏基因组检测技术的发展进行展望。 展开更多
关键词 血液传播性病原体 宏基因组 高通量核苷酸测序 血液 血液安全 献血者
基于宏基因组测序技术的糖尿病足骨髓炎微生物群落分析
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作者 蔡玉兰 曹瑛 +5 位作者 范新钊 罗祥蓉 孟健夫 薛耀明 高方 邹梦晨 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第26期2057-2061,共5页
目的分析糖尿病足骨髓炎(DFO)的微生物群落,为DFO病原菌的鉴定提供依据.方法选取2016年9月至2017年4月于南方医科大学南方医院内分泌科住院治疗的5例确诊为DFO患者的感染骨组织,其中男3例,女2例,年龄(55.8±9.5)岁.利用宏基因组测... 目的分析糖尿病足骨髓炎(DFO)的微生物群落,为DFO病原菌的鉴定提供依据.方法选取2016年9月至2017年4月于南方医科大学南方医院内分泌科住院治疗的5例确诊为DFO患者的感染骨组织,其中男3例,女2例,年龄(55.8±9.5)岁.利用宏基因组测序技术分析其微生物特点,并与16SrRNA测序结果进行比较.结果宏基因组测序显示DFO微生物多样性明显,种水平共获得优势细菌22种,丰度最高的菌种是肺炎克雷伯菌(69.66%),其次是小韦永球菌(36.93%)、中间普雷沃菌(34.19%).与16SrRNA测序相比,宏基因组测序能在更少样本的基础上得到更多物种信息.在属水平,两种测序方法均显示DFO以厌氧菌为主.所有样本均为多细菌感染.结论宏基因组测序技术能发现更多DFO菌群微生态的多样性及丰度特点.在种水平,能鉴定出更多16SrRNA测序技术无法分辨的细菌,甚至可以鉴定到菌株.属水平丰度最高的细菌是厌氧菌,种水平丰度最高的细菌是兼性厌氧菌. 展开更多
关键词 宏基因组 序列分析 糖尿病足 骨髓炎 微生态群落
禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰性状、脂代谢及盲肠微生物的影响
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作者 王亚东 孙帅杰 +6 位作者 薛明明 黄涛 周建设 许会芬 王建平 孙桂荣 李明 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1388-1393,共6页
旨在研究禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰指标及脂代谢及盲肠微生物的影响。选取12只平均体质量为(0.91±0.12)kg的28日龄断奶新西兰白兔,随机分为A、B 2组,每组6个重复。其中A组为对照组,正常饲养;B组为试验组,戴项... 旨在研究禁食软粪对新西兰白兔生长性能、毛皮质量、屠宰指标及脂代谢及盲肠微生物的影响。选取12只平均体质量为(0.91±0.12)kg的28日龄断奶新西兰白兔,随机分为A、B 2组,每组6个重复。其中A组为对照组,正常饲养;B组为试验组,戴项圈禁食软粪。预试期7d,正式试验60d,每天称量采食量,每周称1次体质量。结果表明:1)禁食软粪显著降低了生长期新西兰白兔体增重、日增重、料重比(P<0.05)。2)与对照组相比,禁食软粪极显著降低了试验组新西兰白兔毛皮长度、毛皮宽度、毛皮质量(P<0.01),被毛长度和毛皮厚度差异不显著(P>0.05)。3)禁食软粪极显著降低了新西兰白兔全净膛质量和半净膛质量(P<0.01)。4)禁食软粪对新西兰白兔屠宰后45min和24h的pH值、剪切力、蒸煮损失、滴水损失无显著性影响(P>0.05)。5)与对照组相比,禁食软粪对试验组新西兰白兔高密度脂蛋白胆固醇、白蛋白差异极显著(P<0.01),对总胆固醇差异显著(P<0.05),对低密度脂蛋白胆固醇、甘油三酯及总蛋白差异不显著(P>0.05)。6)对2组兔子盲肠微生物进行宏基因组测序,结果表明:与对照组相比,试验组厚壁菌门(Firmicutes)丰度无显著性变化(P>0.05),拟杆菌门(Bacteroidetes)丰度增加,放线菌门(Actinobacteria)丰度减少。综合考虑本试验所测指标,禁食软粪降低了新西兰白兔的生长性能、毛皮质量、屠宰指标及肉品质。这为研究其他小型哺乳动物食粪行为提供了依据。 展开更多
关键词 禁食软粪 新西兰白兔 生长性能 毛皮质量 屠宰性状 肉品质 脂代谢 宏基因组
肾病综合征患者肠道菌群宏基因组学 预览
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作者 刘永平 郑学明 +4 位作者 王茹冰 解冰 孔德华 吴晓蓉 傅行礼 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第24期6080-6083,共4页
目的研究肾病综合征患者肠道菌群与健康人群肠道菌群的差异。方法提取肾病综合征患者和健康人群的粪便标本中DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因的V3~V5区,使用Illumina Miseq平台高通量测序,再运用生物信息学软件分析和注释分类单元(OTU),最... 目的研究肾病综合征患者肠道菌群与健康人群肠道菌群的差异。方法提取肾病综合征患者和健康人群的粪便标本中DNA,PCR扩增细菌16S rDNA基因的V3~V5区,使用Illumina Miseq平台高通量测序,再运用生物信息学软件分析和注释分类单元(OTU),最后对患者组和健康组肠道菌群进行差异统计分析。结果肾病综合征患者的肠道菌群物种多样性显著减少(P<0.05);肾病综合征患者肠道菌群中芽孢杆菌纲及乳杆菌目较健康人明显增多,而belta-变形菌纲、假单胞菌科、假单胞菌目、伯克氏菌目、链孢囊菌目、放线孢菌目显著降低(P<0.05)。结论肾病综合征患者与健康人群在肠道菌群多样性及菌群结构上存在较大的差别。 展开更多
关键词 肾病综合征 肠道菌群 宏基因组 16S rDNA
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基于三代测序技术的微生物组学研究进展 被引量:1
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作者 许亚昆 马越 +1 位作者 胡小茜 王军 《生物多样性》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期534-542,共9页
微生物在人类生活中无处不在,过去人们对微生物的认识仅停留在单菌培养和定性研究上,而测序技术的发展极大地促进了微生物组学的研究。越来越多的证据表明:人体共生微生物、特别是肠道微生物与人类健康息息相关。二代测序技术凭借其高... 微生物在人类生活中无处不在,过去人们对微生物的认识仅停留在单菌培养和定性研究上,而测序技术的发展极大地促进了微生物组学的研究。越来越多的证据表明:人体共生微生物、特别是肠道微生物与人类健康息息相关。二代测序技术凭借其高通量、高准确率和低成本的特点,成为微生物组学研究中的主流测序技术。但是随着研究的深入,二代测序技术的短读长(<450 bp)增加了后续数据分析和基因组拼接难度,也限制了该技术在未来研究中的应用。在此背景下,第三代测序技术应运而生。第三代测序技术又称单分子测序,能够直接对单个DNA分子进行实时测序,而不需要经过PCR扩增。第三代测序技术的平均读长在2–10 kb左右,最高可以达到2.2 Mb,实现了长序列的高通量测序。凭借其超长的测序读长、无GC偏好性等优势,三代测序技术为微生物基因组全长测序,组装完整可靠的基因组提供了新的方法。本文在描述三代测序的技术特点和原理的基础上,重点介绍了三代测序技术在微生物16S/18S rRNA基因测序、单菌的基因组组装以及宏基因组中的研究应用和进展。 展开更多
关键词 微生物 三代测序 16S/18S RRNA 宏基因组
饮用水快速砂滤池优势微生物群落的代谢功能解析
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作者 胡万超 赵琛 +2 位作者 王巧娟 刘锐平 柏耀辉 《环境科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第8期3604-3611,共8页
快速砂滤池广泛应用于饮用水处理中,其净水效能一直被认为是物理化学作用,而对滤池表面附着微生物的净水作用仍不明晰.为了解析滤池中微生物的群落构成和功能特征,研究对国内8个城市的11座饮用水快滤池的进出水和滤料进行采样分析.进出... 快速砂滤池广泛应用于饮用水处理中,其净水效能一直被认为是物理化学作用,而对滤池表面附着微生物的净水作用仍不明晰.为了解析滤池中微生物的群落构成和功能特征,研究对国内8个城市的11座饮用水快滤池的进出水和滤料进行采样分析.进出水水质分析结果表明经过滤池处理,溶解性有机碳(DOC)有少量去除,氨氮(NH4^+-N)显著降低,硝酸盐氮(NO3--N)显著增加,总氮(TN)未发生明显变化.利用宏基因组技术获得了滤池中微生物群落的构成和功能信息,滤池优势菌属(相对丰度占前10%)共14种,包括两类氨氧化细菌Nitrospira和Nitrosomonas.对优势菌属的功能基因信息进行分析,发现优势微生物菌群具有更高的碳水化合物、氮、硫和异生物质代谢功能丰度. Aeromonas的碳水化合物代谢基因相对丰度最高,Bradyrhizobium的氮、硫及异生物质代谢基因的相对丰度最高,说明这两种菌是影响饮用水水质的重要菌属.通过评价各个优势菌属对异生物质的代谢潜能,发现Bradyrhizobium、Sphingomonas、Methyloglobulus、Sphingopyxis和Klebsiella是饮用水快速砂滤池中降解微量有机污染物的关键菌. 展开更多
关键词 饮用水快滤池 宏基因组 优势微生物群落 微生物功能 异生物质
基于宏基因组学分析气调包装中华鳖贮藏期间菌相变化 预览
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作者 过雯婷 陈师师 +2 位作者 何中央 薛静 戴志远 《中国食品学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第8期216-222,共7页
研究气调包装中华鳖贮藏过程中微生物菌相变化,为中华鳖贮藏保鲜提供参考。采用宏基因组学法研究气调包装(50%CO2/50%N2,3 mL∶1 g)的中华鳖4℃贮藏过程中的菌相变化,结果表明:整个贮藏过程中,气调包装样品的群落丰富度逐渐上升,物种多... 研究气调包装中华鳖贮藏过程中微生物菌相变化,为中华鳖贮藏保鲜提供参考。采用宏基因组学法研究气调包装(50%CO2/50%N2,3 mL∶1 g)的中华鳖4℃贮藏过程中的菌相变化,结果表明:整个贮藏过程中,气调包装样品的群落丰富度逐渐上升,物种多样性呈先上升后下降趋势;气调包装的优势腐败菌属为希瓦氏菌属,在贮藏末期占29.68%;气调包装能有效抑制假单胞菌属、黄杆菌属等水产品中常见的腐败微生物,维持产品新鲜品质,是中华鳖包装贮藏的优良选择。 展开更多
关键词 中华鳖 宏基因组 气调包装 优势腐败菌
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宏基因组测序分析男性运动员肠道菌群物种组成及代谢通路特点 预览
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作者 金泽宇 李威 孙宝林 《生物学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期7-13,共7页
通过对32名男性运动员的肠道菌群进行宏基因组测序,采取同地区28名同龄男性大学生样本作为对照,对男性运动员的肠道菌群物种组成及代谢通路组成进行了深入研究。最终发现运动员肠道内厚壁菌门含量相较学生组有所降低,而拟杆菌属和Biloph... 通过对32名男性运动员的肠道菌群进行宏基因组测序,采取同地区28名同龄男性大学生样本作为对照,对男性运动员的肠道菌群物种组成及代谢通路组成进行了深入研究。最终发现运动员肠道内厚壁菌门含量相较学生组有所降低,而拟杆菌属和Bilophila属含量较高,且拟杆菌属、双歧杆菌属以及丙酸杆菌属等益生菌的含量有所上升。同时发现运动员肠道菌群B族维生素合成能力(主要为吡哆醇相关通路)和代谢碳水化合物生成3-磷酸甘油醛的通路均有所上升,3-磷酸甘油醛的下游产物IPP的生成通路也有所增强,但IPP转化异戊二烯的通路有所下降,最终可能导致IPP在肠道内的积累;而NAD合成及L-丙氨酸合成有一定程度的下降。实验结果阐释了男性运动员肠道菌群物种组成及功能组成的特点,为相关研究提供了有价值的参考。 展开更多
关键词 肠道菌群 宏基因组 男性运动员 代谢通路
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黄海西部海域沉积物细菌群落及其对环境因子的响应 预览
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作者 黄备 邵君波 母清林 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第7期1423-1433,共11页
黄海是西太平重要的边缘海。微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用,它们的群落结构、多样性及变化一定程度上反映了沉积物质量的变化。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物... 黄海是西太平重要的边缘海。微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用,它们的群落结构、多样性及变化一定程度上反映了沉积物质量的变化。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。2016年10月对黄海西部海域19个监测站位的微生物群落及环境因子开展了深入调查。应用Illumina MiSeq宏基因组高通量测序技术,共鉴定海域沉积物中微生物41门266属,变形菌门为明显的优势门类,其相对丰度占总数的47%。其他较为丰富的门类包括酸杆菌门(Acidobacteria),放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),浮霉菌门(Planctomycetes)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。各站位细菌多样性非常高,但站位间差异较大。其中Chaol指数均值为7 365.3;Shannon指数平均为9.65;Simpson指数平均为0.995。应用Past软件,采用CCA分析法研究细菌群落与环境因子的相关性,结果显示总磷和沉积物粒径对微生物门水平的群落分布具有显著性影响。计算细菌与环境因子间Pearson相关系数并绘制热图分析,发现酸杆菌、衣原体(Chlamydiae)和硝化螺旋菌(Nitrospirae)与总磷呈较明显的负相关。 展开更多
关键词 宏基因组 高通量测序 海洋沉积物 微生物群落 黄海西部
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特应性皮炎微生态研究进展
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作者 卞亚伟 刘盈 +2 位作者 李云珠 申春平 马琳 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期955-958,共4页
特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)是一种慢性、复发性、炎症性、瘙痒性皮肤病。其发病机制复杂,与遗传、环境、免疫炎症反应、皮肤屏障破坏、皮肤表面微生态异常等有关。近几年 AD患者皮肤微生物群的作用已经被广泛研究。本文就特应性... 特应性皮炎(atopic dermatitis,AD)是一种慢性、复发性、炎症性、瘙痒性皮肤病。其发病机制复杂,与遗传、环境、免疫炎症反应、皮肤屏障破坏、皮肤表面微生态异常等有关。近几年 AD患者皮肤微生物群的作用已经被广泛研究。本文就特应性皮炎微生态做一简要综述。 展开更多
关键词 特应性皮炎 微生态 宏基因组 16SrRNA 金黄色葡萄球菌 链球菌
环境生物气溶胶的采集、分析和控制方法的研究进展
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作者 赵欣 胡孔新 《中国国境卫生检疫杂志》 CAS 2019年第4期301-305,共5页
空气中存在着各种各样的微生物,称为生物气溶胶,包括活的或死的细菌、病毒、真菌及其次生代谢物等,与人类的健康密切相关,采集、定量分析并监测空气中的微生物,确定相关风险暴露阈值等问题亟待解决。本文对环境生物气溶胶的研究和新技... 空气中存在着各种各样的微生物,称为生物气溶胶,包括活的或死的细菌、病毒、真菌及其次生代谢物等,与人类的健康密切相关,采集、定量分析并监测空气中的微生物,确定相关风险暴露阈值等问题亟待解决。本文对环境生物气溶胶的研究和新技术做了调查,希望对相关研究领域有所帮助。 展开更多
关键词 生物气溶胶 微生物 宏基因组 下一代测序
利用单细胞扩增技术解析母婴间肠道微生物构成及功能
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作者 曹晨霞 侯强川 +2 位作者 张杰 张文羿 张和平 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第3期315-326,共12页
微生物在人体中扮演重要角色,而婴儿早期微生物对日后健康发育至关重要.微生物可通过产道和母乳这2种主要途径从母亲传递给婴儿.本研究利用单细胞扩增技术对3对母婴粪便样品(共48份细菌悬液)进行宏基因组测序分析,旨在探究母婴间肠道微... 微生物在人体中扮演重要角色,而婴儿早期微生物对日后健康发育至关重要.微生物可通过产道和母乳这2种主要途径从母亲传递给婴儿.本研究利用单细胞扩增技术对3对母婴粪便样品(共48份细菌悬液)进行宏基因组测序分析,旨在探究母婴间肠道微生物构成并对相关功能基因作出分析.结果显示,每对母婴间微生物尽管含量不同,但种类都高度相似(>99%).三婴儿中,一个顺产婴儿显示与其母亲有相似的高丰度物种,如Roseburia hominis,Roseburia intestinalis,Eubacterium rectale,Eubacterium eligens等;另2个剖腹产婴儿显示与皮肤、口腔相关的高丰度物种,如Propionibacterium acnes,Staphylococcus saprophyticus/S.haemolyticus,Delftia acidovorans等.剖腹产婴儿中拟杆菌少于顺产婴儿,如Bacteroides(B.)fragilis,B.helcogenes,B.salanitronis等.本研究共检测到1283种细菌,除常见的人体肠道微生物外,还检测到4个低丰度物种,分别是Lactobacillus(L.)amylovorus,L.kefiranofaciens,L.sanfranciscensis和Bifidobacterium asteroids.粪便样品功能宏基因组显示,婴儿粪便中富有与碳水化合物相关的磷酸转移酶系统(PTS)和β-葡萄糖苷酶基因.本研究初次使用单细胞扩增技术对母婴间肠道微生物组成及功能做出探索,获得了较高测序深度及物种多样性,发现了之前鲜有报道的低丰度物种,证实单细胞扩增技术可用于后续不同生态环境微生物领域的研究. 展开更多
关键词 母婴粪便 单细胞扩增 宏基因组 细菌多样性 低丰度物种
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