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脓毒症患者中性粒细胞差异表达基因及信号通路的生物信息学分析
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作者 何诚成 张迎春 +7 位作者 段勇 余江 罗波 江南 梁雨 曾静媛 郑小莉 鲜玉军 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期481-490,共10页
目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包... 目的寻找脓毒症患者中性粒细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法从基因表达汇编(GEO)数据库下载GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143个实验组样本及65个对照组样本的基因芯片数据。采用R软件的相关程序包筛选鉴定出中性粒细胞差异表达基因(DEG)。通过两两交集,得到共93个DEG,进一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果确定中性粒细胞最重要的关键DEG,包括Toll样受体2(TLR2)、原癌基因SRC、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素1受体2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白细胞介素1受体相关激酶3(IRAK3)、白细胞介素18受体1(IL18R1)、白细胞介素18受体相关蛋白(IL18RAP)、丝氨酸/苏氨酸激酶17b(STK17B);发现了一些涉及脓毒症患者致病相关的通路以及免疫相关的生物学过程。结论这些基因可能通过多种信号通路引起脓毒症的发生发展。 展开更多
关键词 脓毒症 中性粒细胞 差异表达基因 关键基因 蛋白相互作用网络 功能富集分析
基于GEO芯片数据的肝癌特征基因生物信息学及预后关联性分析
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作者 郁乐 张轶雯 +3 位作者 辛文秀 潘宗富 钟里科 黄萍 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第17期2177-2182,共6页
目的通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集... 目的通过生物信息学方法利用GEO芯片数据分析肝癌组织中的特征基因及预后的相关性。方法在GEO数据库中获取肝癌芯片数据,并利用GEO2R工具分析肝癌组织与正常肝组织之间的差异表达基因;利用GO数据库和KEGG数据库对差异表达基因进行富集和功能注释;基于STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白质互相作用网络(protein-protein interaction,PPI),分析其关键基因;用在线工具Kaplan Meier-Plotter对这些关键基因进行生存分析;用The Human Protein Atlas数据库对这些关键基因在肝癌组织中的蛋白质表达进行免疫组化分析。结果共鉴定出338个差异表达基因,其中97个为上调基因,241个为下调基因。其中上调的差异表达基因显著富集在细胞核有丝分裂、细胞分裂、有丝分裂成对染色单体分离、成对染色单体凝聚等生物过程;下调的差异表达基因显著富集在环氧化酶P450途径、氧化还原过程、外源性药物分解代谢过程等生物过程。根据PPI网络,对关键模块的24个关键基因进行鉴定,发现这些关键基因的高表达与肝癌患者的生存率低有相关性,并截取关键差异表达基因免疫染色代表性图像。结论本研究发现的关键差异基因有助于更全面地了解肝癌发生的分子机制,可作为肝癌预后的生物标志物以及潜在的肝癌治疗分子靶点。 展开更多
关键词 肝癌 差异表达基因 生物信息学分析 关键基因
阿尔茨海默病差异表达基因的生物信息学分析
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作者 朱士胜 张丽 +4 位作者 代亚磊 张怡 徐妍 石雪萍 廖勇 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期434-440,共7页
目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression ... 目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE28146,使用在线分析工具GEO2R分别筛选AD轻度组、中度组和重度组与正常对照组比较的DEGs。运用DAVID数据库对筛选出的DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件筛选关键基因。结果:AD轻度组、中度组和重度组分别筛选出881、896和1142个DEGs。GO功能富集显示:轻度组与凋亡相关过程的激活、调节免疫反应、蛋白质磷酸化等生物过程密切相关,中度组与炎症反应、凋亡调节、钙离子的释放等生物过程密切相关,重度组与NF-κB的激活、蛋白质磷酸化和去磷酸化、细胞外基质的降解等生物过程密切相关。KEGG分析显示:轻度组主要富集到p53和TGF-β等信号通路,中度组主要富集到癌症途径、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞黏附分子等信号通路,重度组主要富集到细胞周期、Hippo信号通路、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。蛋白互作网路分析各组富集程度最高的前5个关键基因:轻度组为GART、EHMT2、KRAS、ESR1、CD44;中度组为CBLB、HERC1、UBE2G1、UBE2M、HECW2;重度组为UBE2C、SOCS3、FBXW7、UBE3B、UBA6。结论:采用生物信息学方法分析不同病情程度的AD,所富集的信号通路和筛选出的关键基因可能在AD发生发展过程中起重要作用,为进一步深入研究AD提供了依据和思路。 展开更多
关键词 阿尔茨海默病 差异表达基因 生物信息学 蛋白质相互作用 关键基因
PPBP基因是非小细胞肺癌治疗的一个新的潜在靶标 预览
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作者 黄河 彭燕 +2 位作者 卢娜 姜洪波 李成长 《中国老年学杂志》 CAS 北大核心 2019年第18期4448-4452,共5页
目的利用生物信息学方法对非小细胞肺癌(NSCLC)的基因表达谱进行研究,筛选出与该病发生发展有关的关键基因。方法从GEO数据库中检索女性非吸烟肺癌患者的基因芯片数据,利用美国国立卫生研究院(NCBI)提供的GEO2R在线分析工具进行差异表... 目的利用生物信息学方法对非小细胞肺癌(NSCLC)的基因表达谱进行研究,筛选出与该病发生发展有关的关键基因。方法从GEO数据库中检索女性非吸烟肺癌患者的基因芯片数据,利用美国国立卫生研究院(NCBI)提供的GEO2R在线分析工具进行差异表达基因分析,用数据库DAVID对差异基因进行GO功能富集分析,将差异富集的基因输入string数据库进行KEGG通路富集分析并构建蛋白互作网络,将互作数据导入到Cytoscape软件并利用插件cytohubba分析网络拓扑结构,基于MCC算法选择排名前十位的关键基因,对关键基因进行Kaplan Meier生存分析。结果在NSCLC发病过程中,共鉴定出268个差异表达基因,其中有216个下调,52个上调。MCC算法所选取排名前十位的关键基因分别是:IL6、COL1A1、TIMP1、PPBP、MMP1、SPP1、CXCR2、CXCL2、CXCL13、COL11A1,其中PPBP在NSCLC患者发病过程中的作用尚未有报道,其余基因高表达的患者有较差的预后。结论利用生物信息学方法可有效选取NSCLC发病的关键基因,PPBP可能是NSCLC治疗的一个新靶标。 展开更多
关键词 PPBP 非小细胞肺癌 关键基因 基因表达谱
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应用生物信息学方法筛选结直肠癌关键基因 预览
5
作者 朱义芳 戴红梅 +6 位作者 张峪涵 魏丹凤 潘逼然 刘蕾 张彤彤 郭元彪 刘华伟 《国际检验医学杂志》 CAS 2019年第14期1721-1725,共5页
目的 采用4个芯片数据集来挖掘结直肠癌差异基因,通过基因注释和蛋白相互作用网络构建找到关键基因。方法 下载GEO芯片数据GSE4398、GSE21815、GSE32323、GSE44076,筛选结直肠癌和正常组织间差异表达的基因,采用R3.4.4软件进行数据处理... 目的 采用4个芯片数据集来挖掘结直肠癌差异基因,通过基因注释和蛋白相互作用网络构建找到关键基因。方法 下载GEO芯片数据GSE4398、GSE21815、GSE32323、GSE44076,筛选结直肠癌和正常组织间差异表达的基因,采用R3.4.4软件进行数据处理和分析,通过取交集获得候选的差异基因,通过Funrich软件进行基因功能分析,通过String和Cytoscape软件进行基因编码蛋白的相互作用分析。结果 通过差异基因分析并取4个GEO数据集的交集,一共获得430个差异表达基因,其中表达上调的基因277个,表达下调的基因153个。基因富集分析发现,表达上调的基因主要位于细胞核、细胞浆、微管、中心体和细胞外;主要参与纺锤体组装;主要参与调节趋化因子活性,在细胞周期、有丝分裂G1-G1/S期、M-M/G1期、G2/M期、DNA破坏关键节点及DNA复制等信号通路中富集。153个表达下调的基因主要富集在细胞外、参与代谢过程,发挥的分子功能主要是催化活性和配体依赖性核受体活性,下调基因没有富集在某条信号通路上。通过蛋白互作网络初步鉴定了CDK1、CCNB1、TOP2A、MAD2L1、TTK、BUB1B、AURKA、RRM2、UBE2C、ASPM等结直肠癌相关的关键基因。结论 通过基因芯片结合生物信息学方法,发现了结直肠癌相关的关键基因,有助于明确结直肠癌发病的分子机制,这些关键基因也可作为结直肠癌的治疗靶点。 展开更多
关键词 结直肠癌 基因芯片 关键基因 生物信息学
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短乳杆菌和植物乳杆菌产γ-氨基丁酸及其关键基因的研究 预览
6
作者 韩啸 于雷雷 +5 位作者 翟齐啸 崔树茂 赵建新 张灏 田丰伟 陈卫 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期1-8,共8页
为研究乳杆菌γ-氨基丁酸(γ-aminobutyric acid,GABA)的产量以及其与谷氨酸脱羧酶系统关键基因表达的相关性,实验结合GABA产量、基因组学调查和谷氨酸脱羧酶(glutamate decarboxylase,GAD)系统基因的扩增结果,发现产GABA的菌株在短乳... 为研究乳杆菌γ-氨基丁酸(γ-aminobutyric acid,GABA)的产量以及其与谷氨酸脱羧酶系统关键基因表达的相关性,实验结合GABA产量、基因组学调查和谷氨酸脱羧酶(glutamate decarboxylase,GAD)系统基因的扩增结果,发现产GABA的菌株在短乳杆菌、植物乳杆菌中分布较多,这2个种属可作为产GABA菌株的主要筛选对象.通过qRT-PCR研究短乳杆菌和植物乳杆菌不同生长时期GAD相关基因转录情况,结果表明,短乳杆菌的gadB和gadC的表达量变化情况相似,且在对数后期或稳定前期达到高峰.文中的短乳杆菌高产GABA可能与其gadC和gadB的高表达有关.植物乳杆菌的gadB表达变化与短乳杆菌类似,但是与GABA的产量之间相关性较弱,可能存在其他因素的影响.该研究为产GABA菌株的筛选,乳杆菌中GAD基因的表达调控,GABA发酵工艺的优化提供了理论基础. 展开更多
关键词 乳杆菌 Γ-氨基丁酸 谷氨酸脱羧酶 关键基因 基因表达
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短时低氧处理后表皮细胞差异表达基因及相关通路分析 预览
7
作者 燕荣帅 周鑫 +2 位作者 陈鑫 樊东力 张一鸣 《中华细胞与干细胞杂志(电子版)》 2019年第2期86-91,共6页
目的探讨短时低氧处理后表皮细胞HaCaT 转录组差异并找出低氧微环境下表皮细胞关键调控基因。方法本研究分低氧组和常氧对照组,低氧组在1 ﹪浓度低氧孵箱中培养30 min,常氧组在常规孵箱中培养30 min,其后采用Trizol 法提取总RNA,采用基... 目的探讨短时低氧处理后表皮细胞HaCaT 转录组差异并找出低氧微环境下表皮细胞关键调控基因。方法本研究分低氧组和常氧对照组,低氧组在1 ﹪浓度低氧孵箱中培养30 min,常氧组在常规孵箱中培养30 min,其后采用Trizol 法提取总RNA,采用基因芯片技术筛选差异基因,进一步对差异基因采用GO 及KEGG Pathway 分析关键调控基因。同时采用qRT-PCR 对结果进行验证。结果与对照组相比,低氧微环境处理后表皮细胞上调基因5 416个,下调基因5 060 个;GO 及KEGG Pathway 分析显示差异基因涉及氧化应激、免疫应答、转录因子调控、细胞迁移、信号转导通路及趋化性等。进一步的分析发现,显著调控的基因DDIT3、CCL20 以及IL6 基因在低氧调控中起着重要作用。同时qRT-PCR 验证结果与芯片结果一致。结论低氧微环境下表皮细胞除氧化应激外,细胞迁移相关基因扮演着重要作用,同时发现表皮细胞能上调基因CCL20 以及IL6、下调基因DDIT3 在大部分调控中均发挥着重要作用,这些分子对揭示表皮细胞迁移调控及创面愈合机理具有重要的研究价值。 展开更多
关键词 表皮细胞 短时 低氧 基因芯片 关键基因
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柚皮素合成关键基因表达水平对目标产物积累水平的量化影响
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作者 焦亭亭 周景文 徐沙 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期1256-1265,共10页
柚皮素是一种天然黄酮类化合物,具有抗炎、抗氧化、抗病毒、预防动脉粥样硬化等多种药理活性,也是其他黄酮类化合物合成的重要前体,具有重要的应用价值。目前,微生物法生产柚皮素等黄酮类化合物由于代谢通路不平衡等原因导致产量较低,... 柚皮素是一种天然黄酮类化合物,具有抗炎、抗氧化、抗病毒、预防动脉粥样硬化等多种药理活性,也是其他黄酮类化合物合成的重要前体,具有重要的应用价值。目前,微生物法生产柚皮素等黄酮类化合物由于代谢通路不平衡等原因导致产量较低,在很大程度上限制了其工业应用。文中以一株产柚皮素的酿酒酵母菌株Y-01为研究对象,利用启动子和拷贝数控制柚皮素合成代谢途径关键酶4-香豆酸:CoA连接酶(4CL)、查尔酮合成酶(CHS)和查尔酮异构酶(CHI)编码基因的表达水平,考察这些基因的表达水平对目标产物积累水平的量化影响。结果表明,柚皮素产量与4CL或CHI编码基因的表达量之间关联性较低,而与chs基因的表达量存在显著的正相关性。通过调控chs基因的表达水平,获得一株高产柚皮素的酿酒酵母工程菌株Y-04,产量较出发菌株Y-01提高了4.1倍。研究结果表明,CHS是柚皮素合成过程的关键调控靶点,合理调控CHS表达可以显著促进酿酒酵母积累柚皮素。相关结果为采用代谢工程强化微生物合成柚皮素等重要黄酮类化合物提供了重要的理论参考。 展开更多
关键词 柚皮素 表达量 关键基因 启动子 拷贝数
沙棘果实发育阶段苹果酸代谢关键基因的表达分析
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作者 李贺 阮成江 +2 位作者 李景滨 王莉 田兴军 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期65-71,共7页
为探讨沙棘果实苹果酸积累与相关基因表达间的关系,以偏低酸品种‘橙色’和偏高酸品种‘芬兰’不同发育期(D1-D5期)的果实为试材,测定可溶性固形物和苹果酸含量,采用实时荧光定量PCR分析苹果酸代谢关键基因的表达模式。结果表明,第一,... 为探讨沙棘果实苹果酸积累与相关基因表达间的关系,以偏低酸品种‘橙色’和偏高酸品种‘芬兰’不同发育期(D1-D5期)的果实为试材,测定可溶性固形物和苹果酸含量,采用实时荧光定量PCR分析苹果酸代谢关键基因的表达模式。结果表明,第一,可溶性固形物含量在果实发育过程中呈上升趋势,成熟时(D5期)最高,‘橙色’比‘芬兰’高;苹果酸含量的变化与之相反,果实发育阶段呈下降趋势,成熟时最低,‘橙色’比‘芬兰’低。第二,果实发育过程中,与苹果酸合成相关的PEPC基因表达水平呈下降趋势,且在成熟期(D4-D5期)‘橙色’比‘芬兰’下降迅速;cytMDH基因在‘芬兰’果实的表达整体上呈先升后降趋势,转色期(D3期)为转折点,在‘橙色’各时期的表达水平变化较小。第三,NADP-ME基因在整个果实发育阶段的表达呈上升趋势,‘橙色’比‘芬兰’明显;PEPCK基因的表达在两个品种间存在显著差异,在‘芬兰’中的表达水平变化较小;在‘橙色’中呈现升-降-升-降的趋势,转色期后迅速表达至峰值,与NADP-ME共同作用促进苹果酸在成熟期含量迅速降低,可溶性固形物含量迅速提高。本研究结果为进一步深入探讨沙棘苹果酸代谢调控基因的功能及表达提供科学依据。 展开更多
关键词 沙棘 苹果酸 关键基因 表达分析
子宫内膜癌相关基因的生物医学文本分析研究 预览
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作者 张凯 刘玲玲 薛凤霞 《中华医学图书情报杂志》 CAS 2019年第6期1-8,共8页
目的:寻找与子宫内膜癌发生、发展相关的关键基因。方法:从医学信息检索平台Coremine Medical中筛选出与子宫内膜癌关系最为密切的几种关键基因,再利用生物医学文本挖掘工具Chilibot对从Pub Med中获取的相关文献摘要进行分析,深入探究... 目的:寻找与子宫内膜癌发生、发展相关的关键基因。方法:从医学信息检索平台Coremine Medical中筛选出与子宫内膜癌关系最为密切的几种关键基因,再利用生物医学文本挖掘工具Chilibot对从Pub Med中获取的相关文献摘要进行分析,深入探究关键基因与子宫内膜癌之间的相互关系,并通过UALCAN在线工具分析关键基因的表达水平和甲基化水平。结果:确定了与子宫内膜癌关系最密切的5种关键基因。在子宫内膜癌组织中,MLH1基因的甲基化水平比正常子宫内膜组织的甲基化水平要高(P<0. 001),MLH1基因甲基化的发生导致了DNA错配修复基因的突变,从而促进了子宫内膜癌的发生。与正常子宫内膜组织相比,MSH2基因和PMS2基因在子宫内膜癌组织中表达量较高(P<0. 001),MSH6基因和抑癌基因PTEN在子宫内膜癌组织中的表达均比正常子宫内膜组织表达要低(P<0. 001)。错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6以及PMS2的突变,促进了相应修复蛋白的缺失,进而导致了子宫内膜癌的发生、发展。结论:错配修复基因MLH1、MSH2、MSH6、PMS2以及抑癌基因PTEN是子宫内膜癌发生、发展的关键基因。 展开更多
关键词 生物医学文本挖掘 子宫内膜癌 关键基因 Coremine MEDICAL Chilibot
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基于GEO数据库的Luminal B型乳腺癌基因表达谱分析及其对预后的影响 预览
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作者 翁霆耀 凌雅萍 《临床医药文献电子杂志》 2019年第26期26-28,共3页
目的初步探索分析LuminalB型乳腺癌差异靶基因,为LuminalB型乳腺癌治疗提供新靶点。方法从GEO公共数据库中检索LuminalB型乳腺癌的数据芯片,利用GEO2R在线分析差异表达基因,分别对差异表达基因和预测靶基因进行GO富集分析及KEGG通路分... 目的初步探索分析LuminalB型乳腺癌差异靶基因,为LuminalB型乳腺癌治疗提供新靶点。方法从GEO公共数据库中检索LuminalB型乳腺癌的数据芯片,利用GEO2R在线分析差异表达基因,分别对差异表达基因和预测靶基因进行GO富集分析及KEGG通路分析。结果共鉴定出1641个上调DEGs和3个下调DEGs。其中,挑选出10个具有高度连通性的关键基因。这些关键基因的过度表达与LuminalB型乳腺癌的不良预后相关。结论与正常乳腺组织相比,CDC20,KIF2C,CENPE,KIF2A,BUB3,BUB1B,BUB1,NUF2,AURKB和NDC80在LuminalB型乳腺癌中过表达,而KIF2C,SSK1,KNTC2,STK12,BUB1和NUF2的过表达是LuminalB型乳腺癌患者不利的预后因素。需要进一步研究以探讨KIF2C,SSK1,KNTC2,STK12,BUB1和NUF2在LuminalB乳腺癌治疗中的价值。 展开更多
关键词 LuminalB乳腺癌 关键基因 表达谱分析数据 KIF2C
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数字化是网络货运平台的关键基因
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作者 杨云飞 《中国物流与采购》 2019年第16期22-24,共3页
伴随着4月1日交通运输部发布《网络平台道路货物运输经营管理办法(征求意见稿)》,曾经那些对'无车承运'模式有所怀疑的人彻底调整了心态。在万亿规模的智慧物流市场机遇下,越来越多的网络货运平台正凭借各自优势,步入行业巨头之... 伴随着4月1日交通运输部发布《网络平台道路货物运输经营管理办法(征求意见稿)》,曾经那些对'无车承运'模式有所怀疑的人彻底调整了心态。在万亿规模的智慧物流市场机遇下,越来越多的网络货运平台正凭借各自优势,步入行业巨头之列,并且这场巨头之间的资源争夺战事正酣。 展开更多
关键词 朱光辉 承运人 个体运输户 金融牌照 供应链 以票控税 电子发票 物流行业 无车承运 关键基因
基于网络药理学和生物信息学的辛伐他汀分子生物学机制研究
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作者 刘慧 陆嘉骏 +4 位作者 樊璐 雒舒雅 王天宇 肖庆桓 刘美 《中国临床药理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期1510-1513,共4页
目的通过生物信息学分析研究辛伐他汀作用前后的差异表达基因,找出参与辛伐他汀体内作用的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从美国国立生物技术信息中心公共基因芯片数据平台下载辛伐他汀对人外周血单核细胞-巨噬细胞基... 目的通过生物信息学分析研究辛伐他汀作用前后的差异表达基因,找出参与辛伐他汀体内作用的关键基因,并对其所涉及的功能进行分析预测。方法从美国国立生物技术信息中心公共基因芯片数据平台下载辛伐他汀对人外周血单核细胞-巨噬细胞基因表达谱影响的mRNA基因芯片数据集GSE4883,包含辛伐他汀给药组6个样本及对照组3个样本,用R语言Limma函数包筛选差异表达的mRNA,并用Benjamini&Hochberg错误发现率对原始P值进行多重矫正,并进一步用DAVID数据库对靶基因进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析,之后用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,同时用Cytoscape对模块中的基因共表达关系进行可视化,筛选关键基因。结果共筛选出214个辛伐他汀作用前后差异表达的基因。GO分析显示,差异表达基因生物学功能主要涉及免疫反应、细胞对白细胞介素-1、干扰素的反应和单核细胞趋化性。KEGG分析显示,差异表达基因主要和细胞因子与细胞因子受体相互作用、类风湿关节炎和趋化因子信号通路等有关。蛋白质相互作用网络筛选出KIF11、CDK1、NDC80、RRM2、NCAPG、NUF2、MAD2L1、KIF15、TOP2A和HELLS 10个关键基因。结论生物信息学能有效筛选和分析辛伐他汀作用后的相关差异表达基因,通过对辛伐他汀作用后的表达谱进行分析,为进一步探讨辛伐他汀作用的分子机制及靶点提供思路,同时为他汀类药物的潜在应用探索提供理论依据。 展开更多
关键词 辛伐他汀 关键基因 蛋白互作网络 生物信息学
基于网络药理学探讨加味桃核承气汤防治糖尿病肾病的作用机制
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作者 周海 吴晓玲 +1 位作者 林明欣 朱章志 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第23期176-186,共11页
目的:运用计算机网络药理学技术预测加味桃核承气汤治疗糖尿病肾病的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治糖尿病肾病的基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台Bioinformatics Analysis Toolfor Molecular mech ANism of ... 目的:运用计算机网络药理学技术预测加味桃核承气汤治疗糖尿病肾病的作用靶点和信号通路,进一步分析其防治糖尿病肾病的基础和作用机制。方法:运用中药系统药理学成分分析平台Bioinformatics Analysis Toolfor Molecular mech ANism of TCM(BATMAN-TCM)数据库获取加味桃核承气汤的有效成分及作用靶标基因,从Comparative Toxicogenomics Database(CTD)数据库收集糖尿病肾病的靶标基因,将两者取交集后得到疾病-药物蛋白靶基因,运用STRING构建蛋白质间相互作用网络,并通过Cytoscape软件将结果进行网络可视化展示,通过网络结构和节点间加权重联系的计算分析算法筛选出作用的关键基因。借助DAVID在线工具进行疾病-药物交集靶基因的基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并采用Cytoscape软件BiNGO插件和ClueGO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于KEGG通路富集分析的可视化展示。最后利用CTD数据库并结合文献学习,获取关键基因于糖尿病肾病的疾病治疗作用。结果:加味桃核承气汤的621个化合物中有581个靶点与糖尿病肾病相互关联。其中NOS3,OAT,NT5C2,ACACB,AGXT,PDE3B等关键基因主要通过调控神经组织的传递、胆碱能突触通路、钙离子通道、代谢通路、嘌呤代谢通路、血管紧张素-神经突触通路、环磷酸腺苷信号通路以及环磷酸鸟苷/环磷酸鸟苷酸依赖的蛋白激酶(cGMP/PKG)信号通路等路径,在质膜、突触后膜、线粒体等分子反应中发挥作用。结论:网络药理学方法科学预测加味桃核承气汤防治糖尿病肾病的关键靶标及其参与的相关通路,提示该方剂对糖尿病肾病的防治作用为多靶点、多通路、多选择的复杂机制,并且多与抗炎、氧化磷酸化及介导嘌呤代谢等机制相关。 展开更多
关键词 桃核承气汤 糖尿病肾病 网络药理学 关键基因 降糖三黄片
基于R语言的前列腺癌样本的关键基因数据挖掘 预览
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作者 孙泽坤 袁钱图 胡建新 《智能计算机与应用》 2019年第5期30-34,39共6页
为寻找前列腺癌组织与正常前列腺组织的关键基因,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载前列腺癌样本基因表达谱数据集GSE69223。进行芯片标准化处理后设置阈值|log2(FC)|>2且pvalue<0.05筛选出差异表达的基因,选择其中高表达... 为寻找前列腺癌组织与正常前列腺组织的关键基因,从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库下载前列腺癌样本基因表达谱数据集GSE69223。进行芯片标准化处理后设置阈值|log2(FC)|>2且pvalue<0.05筛选出差异表达的基因,选择其中高表达的41个基因进行GO和KEGG分析,得出8个关键基因:FFAR2、THBS4、TRPM4、CLDN3、CLDN8、HPN、PLA2G2A和FOLH1基因。再经UALCAN生存分析的到3个上调后患者生存可能性降低的基因:FFAR2、HPN和FOLH1。得出的8个关键基因主要富集在细胞趋化性、细胞-细胞连接、脂肪酸代谢等通路,这些通路与前列腺癌的发生发展有着密切联系。除文献已经报道的与前列腺癌有密切联系的基因外,研究推测:CLDN3、CLDN8和FFAR2基因可能与前列腺癌特别是处于T2、T3分期的前列腺癌有着潜在的联系。 展开更多
关键词 R语言 数据挖掘 前列腺癌 关键基因
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基于生物信息学分析胰腺癌的关键基因 预览
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作者 黎越 林丹丹 +1 位作者 何晓琴 徐细明 《医学研究杂志》 2019年第10期33-37,共5页
目的利用生物信息学分析胰腺癌发生、发展的关键基因,为胰腺癌的早期诊断、预后评估及靶向治疗提供理论依据。方法从GEO数据库中获取GSE15471基因芯片数据集,在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析... 目的利用生物信息学分析胰腺癌发生、发展的关键基因,为胰腺癌的早期诊断、预后评估及靶向治疗提供理论依据。方法从GEO数据库中获取GSE15471基因芯片数据集,在线分析工具GEO2R筛选差异表达基因,并对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析和蛋白互作网络分析,利用Cytoscape软件的cytoHubba插件筛选出关键基因,通过GEPIA数据库对关键基因再次验证。结果从GSE15471基因芯片中共筛选出267个显著差异表达基因,其中上调基因232个,下调基因35个。富集分析显示差异表达基因主要涉及细胞黏附、PI 3K-Akt信号通路、蛋白水解、炎性反应、胶原分解代谢、免疫反应等。通过蛋白互作网络筛选出11个关键基因,下调基因ALB、EGF,上调基因MMP2、CXCL8、FN1、COL1A1、SPP1、MMP1、ITGA2、COL3A1、CRP。GEPIA数据库中关键基因表达情况与基因芯片分析结果一致,生存分析显示胰腺癌患者总生存时间与MMP1、ITGA2基因表达高低相关。结论生物信息学筛选出的11个关键基因在胰腺癌的发生、发展中有重要作用,是潜在的胰腺癌特异肿瘤分子学标志物和靶向治疗新位点。 展开更多
关键词 生物信息学 胰腺癌 关键基因 肿瘤分子标志物 靶向治疗
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胃癌化疗抵抗基因PMP22下游的生物信息学机制 预览 被引量:1
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作者 汪圣毅 张永红 +3 位作者 闫亚飞 李旭升 程彦 李永翔 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第4期509-514,共6页
目的探寻外周髓磷脂蛋白22(PMP22)的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗(CTx)抵抗的分子机制提供基础。方法基因表达数据库(GEO)获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列(GSE)数据GSE94714,数据库R语言(GEO2R)分析差异表达基... 目的探寻外周髓磷脂蛋白22(PMP22)的下游关联基因及其通路,为揭示胃癌化疗(CTx)抵抗的分子机制提供基础。方法基因表达数据库(GEO)获取短发夹核糖核酸敲减和未敲减PMP22的数据库系列(GSE)数据GSE94714,数据库R语言(GEO2R)分析差异表达基因,筛选后行富集和通路分析,互作基因检索工具(STRING)数据库建立蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,细胞图景(Cytoscape)的分子复合物探测(MCODE)模块分析,细胞核心插件(CytoHubba)筛选网络中的关键基因,癌症药物敏感性基因组学(GDSC)数据库分析基因与药物敏感性的关系。结果PMP22下游10倍变化的差异基因314个,上调283个,下调31个,主要富集于细胞黏着连接、细胞-细胞黏附、多聚腺嘌呤核糖核苷酸结合和细胞周期通路。PPI中4个亚模块主要与剪接体、泛素介导的蛋白水解通路(P<0.01)和3个反应组学(REACTOME)通路(P<0.05)关联,最大集团中心性(MCC)算法得到包括肽基脯氨酰异构酶E(PPIE)、核内不均一性核糖核蛋白A1(HNRNPA1)、Y框结合蛋白1(YBX1)的关键基因10个,富含腺嘌呤胸腺嘧啶(AT)蛋白质1A交互域(ARID1A)、死亡盒(DExH)解旋酶9(DHX9)与癌细胞对顺铂的敏感性有关。结论PMP22主要通过多种细胞组分、分子功能、生物过程和通路参与胃癌CTx抵抗,ARID1A等关键基因和细胞周期、剪接体、泛素介导的蛋白水解通路是治疗胃癌PMP22相关CTx抵抗的潜在靶点。 展开更多
关键词 胃癌 化疗抵抗 外周髓磷脂蛋白22 生物信息学分析 关键基因
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通过生物信息学方法构建调控网络筛选前列腺癌关键基因 预览
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作者 叶芸 刘冰 +3 位作者 相莲 袁小华 王雨琛 李苏亮 《山西医科大学学报》 CAS 2019年第10期1345-1351,共7页
目的利用生物信息学方法揭示和研究与前列腺癌(PCa)相关的分子机制中潜在功能基因。方法从GEO数据库的GSE64318和GSE46602数据集获得原始基因表达谱,使用以R软件limma包为基础在线工具GEO2R对两组基因表达进行差异分析。通过预测差异表... 目的利用生物信息学方法揭示和研究与前列腺癌(PCa)相关的分子机制中潜在功能基因。方法从GEO数据库的GSE64318和GSE46602数据集获得原始基因表达谱,使用以R软件limma包为基础在线工具GEO2R对两组基因表达进行差异分析。通过预测差异表达的miRNA,mRNA和lncRNA之间的相互作用及作用靶基因,构建mRNA-miRNA-lncRNA相互作用网络。对差异表达的miRNA和miRNA的靶基因进行GO分析和KEGG通路富集分析并构建蛋白质互作网络。结果研究结果表明60个miRNAs、1 578个mRNAs和61个lncRNAs在PCa中有差异表达。mRNA-miRNA-lncRNA网络由5个miRNA、13个lncRNA和45个mRNA组成。差异表达基因主要富集于细胞核和细胞质,参与调控转录,与序列特异性DNA结合相关,并且参与调控PI3K-Akt信号通路,这些通路与癌症和局灶性粘连信号通路有关。此外,6个mRNA(EGFR、VEGFA、PIK3R1、DLG4、TGFBR1和KIT)在相互作用网络中发挥着重要的调控作用。结论通过建立和分析前列腺癌调控网络,为进一步研究前列腺癌的发生过程及其发展提供了有价值的线索。 展开更多
关键词 前列腺癌 调控网络 关键基因 生物信息学
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胃癌脂代谢通路基因表达的转录组学高通量分析 预览
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作者 向丽娟 汪圣毅 +3 位作者 包楚阳 张焱 韩坤 刘虎 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2019年第1期5-9,共5页
目的探讨胃癌(GC)脂代谢(LM)通路的基因表达情况。方法转录组测序筛选8例GC及4例癌旁组织之间的差异表达基因,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析GC脂代谢相关通路中的关键基因(KGS)。结果高通量测序获得3198个长度大于200bp的差... 目的探讨胃癌(GC)脂代谢(LM)通路的基因表达情况。方法转录组测序筛选8例GC及4例癌旁组织之间的差异表达基因,京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析GC脂代谢相关通路中的关键基因(KGS)。结果高通量测序获得3198个长度大于200bp的差异表达基因。KEGG富集分析发现6个显著富集代谢通路,其中脂肪消化与吸收代谢通路有9个基因(MOGAT3、FABP2、FABP1、APOA4、NPC1L1、PLA2G2A、ABCG5、PLA2G4A、PLA2G12B)显著上调,2个基因(LIPF、PLA2G1B)显著下调。结论GC脂代谢关键基因表达的异常状态为寻求胃癌诊断标志物提供了线索。 展开更多
关键词 胃肿瘤 转录组测序 脂代谢 关键基因
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HBV感染者肝细胞样本的关键基因和信号 预览
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作者 李林芝 谢君 朱乃硕 《生物信息学》 2018年第4期214-221,共8页
为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis Bvirus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Om-nibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达... 为探究乙型肝炎病毒(Hepatitis Bvirus,HBV)感染后肝细胞基因表达和信号通路的改变情况,从Gene Expression Om-nibus(GEO)数据库中下载了HBV感染者肝细胞样本制作的基因表达谱数据集GSE83148,进行质量检测、数据标准化后筛选出差异表达基因,进一步做GO和KEGG富集分析以及基因网络相互作用分析,筛选关键基因和信号通路。从HBV感染样本中筛选出fold change≥2,p-value<0.05的上调差异表达基因44个,GO分析获得关键基因B4K1和TP63,差异表达基因网络互作获得5个位于枢纽位置的基因:NDUFS1、NDUFS2、COX7B、ATP5B、OPA1。KEGG分析获得关键信号通路有:乙型肝炎信号通路、病毒癌变信号通路、FoxO信号通路、PI3K-Akt信号通路。本研究筛选出的多数基因与线粒体和氧化呼吸链有关,造成这一现象的具体机制还需进一步探究。 展开更多
关键词 HBV 差异表达基因 关键基因 关键信号通路
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