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辣椒疫霉MAPK基因家族的鉴定及生物信息学分析
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作者 朱彤彤 杨磊 孙文秀 《生物技术》 2018年第5期460-466,共7页
[目的]筛选鉴定辣椒疫霉MAPK基因家族的成员,探讨其基因结构、功能域分布和进化关系。[方法]以辣椒疫霉基因组数据库为平台,搜索MAPK家族成员,并利用生物信息学手段对其基因结构、蛋白功能域及系统进化进行分析。[结果]辣椒疫霉MAPK家... [目的]筛选鉴定辣椒疫霉MAPK基因家族的成员,探讨其基因结构、功能域分布和进化关系。[方法]以辣椒疫霉基因组数据库为平台,搜索MAPK家族成员,并利用生物信息学手段对其基因结构、蛋白功能域及系统进化进行分析。[结果]辣椒疫霉MAPK家族包含16个基因,且在基因组中随机分布,每个基因都含有高度保守的激酶结构域;其中5个不含内含子,4个为非典型磷酸化唇序列,3个含有PH、WW、EF-H等与细胞信号转导相关的功能域;在进化关系上,辣椒疫霉MAPK较真菌相对独立。[结论]首次对辣椒疫霉MAPK基因家族进行鉴定和生物信息学分析,该家族共有16个成员,含有激酶结构域、磷酸化唇序列及信号转导相关蛋白功能域,进化上独立于真菌。 展开更多
关键词 辣椒疫霉 蛋白激酶 系统进化 保守基序 功能域
甜荞热激转录因子基因家族的鉴定及生物信息学分析 预览
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作者 李洪有 梁成刚 +3 位作者 杨丽娟 蔡芳 霍冬敖 陈庆富 《湖南农业大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第4期369-375,共7页
利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DN... 利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域(DNA–binding domain,DBD)和不保守的寡聚化结构域(oligomerization domain,OD)。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸(Ser)和苏氨酸(Thr)磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。 展开更多
关键词 甜荞 热激转录因子 生物信息学分析 保守基序 系统发育分析
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兰州熊蜂气味受体家族鉴定及分析 预览 被引量:1
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作者 王烨 韩蕾 +2 位作者 董捷 黄家兴 吴杰 《中国农业科学》 CSCD 北大核心 2017年第10期1904-1913,共10页
【目的】了解兰州熊蜂(Bombus lantschouensis)基因组中气味受体基因(odorant receptors,Ors)情况,为进一步分析气味受体功能提供信息,从而为研究该基因家族在熊蜂觅食、交尾、通讯等行为中的重要功能打下基础。【方法】提取兰州熊... 【目的】了解兰州熊蜂(Bombus lantschouensis)基因组中气味受体基因(odorant receptors,Ors)情况,为进一步分析气味受体功能提供信息,从而为研究该基因家族在熊蜂觅食、交尾、通讯等行为中的重要功能打下基础。【方法】提取兰州熊蜂胸部基因组DNA,进行Illumina高通量测序,对测序所得原始序列进行质控并拼接获得基因组序列,然后使用本地blast 2.2.28+对构建兰州熊蜂基因组本地数据库,使用已知的地熊蜂(Bombus terrestris)和意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica)的气味受体蛋白序列作为种子序列搜索数据库获得兰州熊蜂的气味受体序列;使用EMBOSS1.5对气味受体蛋白序列进行基本理化分析,利用GSDS2.0对家族序列的内含子与外显子位置进行分析,然后使用MEME 4.11.2对氨基酸序列进行保守基序分析,最后利用Clusta W 2.1、Trim Al 1.2、Phy ML3.0对兰州熊蜂、地熊蜂和意大利蜜蜂气味受体家族序列进行系统进化分析。【结果】共获得165个兰州熊蜂气味受体基因,包括1个非典型气味受体(olfactory receptor co-receptor,Orco)、5个假基因和159个气味受体。基因结构分析发现,气味受体家族外显子数目从4个到9个不等。其中Or 47—57的序列中外显子数量最少,为4个;Or 128—161中外显子的数量最多,为9个。根据基因结构的不同,将气味受体分为10大类型,每个类型中的序列都有相似的外显子长度与数量。Or 1—38、Or 69—85、Or 128—164这3大类所包含成员数较多(分别为38、17、37),其他7类包含成员个数都约10个,且每个类型中序列在染色体上都呈串联排布,其中Or 1—38中都包含一个较长的第一外显子。保守基序分析发现,在检索的10个保守基序中,除基序5为未知基序外,其他9个基序均包含在其保守结构域(7tm_6 domain)中。Or1—38与Or 39—46多数成员包含全部10个保守基序,基序2、3、4、9广泛存在于该 展开更多
关键词 兰州熊蜂 气味受体 基因结构 保守基序 进化分析
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Sox基因在神经胶质瘤中的研究进展 预览
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作者 伍文达 伍倩倩 《临床神经病学杂志》 CAS 北大核心 2016年第4期310-312,共3页
Sox基因家族是一类含有能与DNA特异性结合的高度保守基序HMG家族。目前,从人体内发现的20个Sox家族成员,根据HMG序列特征将其分成8组(A-H组)[1],包括A(Sry)、B1(Sox1,2,3)、B2(Sox14,21)、C(Sox4,11,12)、D(Sox5,6,13)、E(... Sox基因家族是一类含有能与DNA特异性结合的高度保守基序HMG家族。目前,从人体内发现的20个Sox家族成员,根据HMG序列特征将其分成8组(A-H组)[1],包括A(Sry)、B1(Sox1,2,3)、B2(Sox14,21)、C(Sox4,11,12)、D(Sox5,6,13)、E(Sox8,9,10)、F(Sox7,17,18)、G(Sox15)和H(Sox30)。由于同一组内的成员超过80%的HMG结构域序列一致,同时还彼此分享其他保守区域, 展开更多
关键词 神经胶质瘤 SOX 肿瘤干细胞 基因对 胶质细胞 胶质瘤细胞 保守基序 序列特征 瘤细胞凋亡 保守区域
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棉花与模式植物DGAT1基因的鉴定与比较分析(英文) 预览
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作者 郭宁 胡利宗 +4 位作者 解恒昌 袁明月 王秋霞 周琳 王红星 《农业科学与技术:英文版》 CAS 2016年第7期1546-1550,1626共6页
二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。对棉花与其他植物DGAT1基因进行鉴定与比较分析,序列分析结果表明,棉花与大多数模式植物DGAT1基因有16个外显子,内含子长度高度变异,但其相位极其保守;这些基因编码的蛋... 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。对棉花与其他植物DGAT1基因进行鉴定与比较分析,序列分析结果表明,棉花与大多数模式植物DGAT1基因有16个外显子,内含子长度高度变异,但其相位极其保守;这些基因编码的蛋白具有7个保守基序,核心保守基序与功能结构域相互重叠。系统进化分析显示:基因树与物种树具有较高的一致性,DGAT1基因进化能真实反映物种系统发生关系;棉花DGAT1基因以单拷贝形式存在,但在玉米、水稻、杨树与小立碗藓中均存在至少两个DGAT1基因。选择压力检测结果显示:除了Pt DGAT1a/Pt DGAT1b受制于正选择作用外,剩余4对同源基因均受控于纯净选择;在基因亚群水平共检测到17个正选择位点,这说明在显著水平下各个亚群中均未检测到正选择位点。这些结果可为进一步研究棉花及植物DGAT1基因的功能提供基础。 展开更多
关键词 二酰甘油酰基转移酶 保守基序 棉花 同源基因 进化
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棉花与模式植物DGAT2基因的鉴定与分析 预览 被引量:2
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作者 张晓琼 乔琳 +4 位作者 胡利宗 廖立冰 王秋霞 解恒昌 周琳 《江苏农业科学》 北大核心 2016年第10期69-73,共5页
二脂酰甘油酰基转移酶Ⅱ(DGAT2)是催化三酰甘油生物合成的关键酶,利用生物信息学手段在二倍体棉花和6种模式植物中共鉴定出25个DGAT2基因,详细剖析这些基因的结构、序列和进化特征。基因结构分析表明,绝大多数植物包含8个或9个外显子... 二脂酰甘油酰基转移酶Ⅱ(DGAT2)是催化三酰甘油生物合成的关键酶,利用生物信息学手段在二倍体棉花和6种模式植物中共鉴定出25个DGAT2基因,详细剖析这些基因的结构、序列和进化特征。基因结构分析表明,绝大多数植物包含8个或9个外显子,且内含子相位高度保守,说明该基因结构起源于陆生植物。蛋白序列分析显示,核心保守基序1、2、3与功能结构域相互重叠,说明功能结构域起源于藻类植物。进化分析显示:在棉花中,DGAT2基因发生特异性扩增,其分子机制为串联重复;结合滑动窗口方法和位点模型选择压力检测结果,DGAT2蛋白均受制于负选择作用。这些结果为棉花及模式植物DGAT2的功能研究提供帮助。 展开更多
关键词 二酰甘油酰基转移酶 保守基序 棉花 模式植物 进化
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无乳链球菌VicRK双组分信号转导系统的功能预测 预览
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作者 郭桂英 徐圣杰 +5 位作者 徐港 侯国峰 蒲文渊 杨诺 曾纪峰 郑继平 《热带农业工程》 2016年第1期28-33,共6页
VicRK可调控细胞壁代谢,是部分低G+C值革兰氏阳性菌中最为关键的双组分信号转导系统。为预测该系统在无乳链球菌中的具体功能,依据VicR蛋白与调控基因启动子结合的17 bp保守基序,采用perl语言编写生物信息学软件,对中国鱼源无乳链球菌G... VicRK可调控细胞壁代谢,是部分低G+C值革兰氏阳性菌中最为关键的双组分信号转导系统。为预测该系统在无乳链球菌中的具体功能,依据VicR蛋白与调控基因启动子结合的17 bp保守基序,采用perl语言编写生物信息学软件,对中国鱼源无乳链球菌GD201008-001全基因组进行双向探查。结果显示,在该基因组中,oppA、deoR、acpP、NPD、cas9和pcsB等11个基因启动子中存在Vic R结合位点,通过结合各基因的生物学功能进行预测可知,VicRK双组分信号转导系统在无乳链球菌中可能具有调节渗透压、脂肪酸代谢和细胞壁代谢等功能,同时具有参与细菌免疫和细菌毒力等重要作用。 展开更多
关键词 无乳链球菌 双组分信号转导系统 VicRK 保守基序 生物信息学
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中华按蚊CPF家族表皮蛋白基因的全基因组鉴定及其特征分析 被引量:2
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作者 刘柏琦 乔梁 +2 位作者 许柏英 郑学令 陈斌 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期622-631,共10页
【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis基因组上的CPF家族表皮蛋白基因,分析其基因结构和特征,推测其可能的生物学功能;同时比较研究代表性蚊种的CPF家族基因,提供CPF家族基因的信息框架。【方法】基于中华按蚊An.sinensis、冈比亚按... 【目的】鉴定中华按蚊Anopheles sinensis基因组上的CPF家族表皮蛋白基因,分析其基因结构和特征,推测其可能的生物学功能;同时比较研究代表性蚊种的CPF家族基因,提供CPF家族基因的信息框架。【方法】基于中华按蚊An.sinensis、冈比亚按蚊An.gambiae、微小按蚊An.minimus、埃及伊蚊Aedes aegypti、致倦库蚊Culex quinquefasciatus和黑腹果蝇Drosophila melanogaster全基因组序列,以冈比亚按蚊CPF家族基因序列为询问序列,采用BLASTP,TBLASTN和HMM方法鉴定这些物种的CPF家族基因;利用生物信息学方法预测中华按蚊CPF家族基因的结构、剪切模式、信号肽、跨膜区、结构域和3D结构等;采用最大似然法(maximum likelihood,ML)构建这些物种的系统发生关系,推断CPF家族基因的起源和进化。【结果】中华按蚊、冈比亚按蚊、微小按蚊、埃及伊蚊、致倦库蚊和黑腹果蝇全基因组共有4,4,4,3,3和3个CPF家族基因。中华按蚊的CPF基因被分别命名为As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4,这些As CPF基因的全长c DNA序列分别为736,2 021,531和1 001 bp,分别编码219,345,148和185个氨基酸。As CPF1,As CPF2和As CPF3仅含有一个内含子,但As CPF4含有3个内含子,所有内含子均为0位内含子。As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4分别有3,2,1和2个不同的选择性剪切子。As CPF3的表达量最高,其次是As CPF4,As CPF2和As CPF1。推测的As CPF1,As CPF2,As CPF3和As CPF4的理论分子量分别为22.86,36.47,15.08和18.66 k D,等电点分别为9.08,8.97,9.44和9.16。As CPF家族蛋白含有保守的44个氨基酸基序和C-末端基序;As CPF1,As CPF3和As CPF4具有信号肽,为分泌型蛋白,而As CPF2缺乏信号肽,为非分泌蛋白。二级结构分析显示,4个As CPF均具有α-螺旋,无规卷曲和延伸链,只有As CPF4有一段跨膜片段,位于第5-27位氨基酸。系统发育分析显示,CPF3基因可能是最早分化出来的CPF家族基因,CPF1和CPF2基因可能是同一祖先基因 展开更多
关键词 中华按蚊 表皮蛋白 CPF家族 保守基序 进化
烟草脉带花叶病毒基因组序列分析 预览
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作者 蔡联合 陈媛媛 +10 位作者 谢小东 魏攀 张剑锋 王忠 李锋 魏春阳 王燃 武明珠 罗朝鹏 杨军 林福呈 《中国烟草学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第6期113-120,共8页
为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析。结果表明:(1)YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征... 为了探明烟草脉带花叶病毒危害和流行的机制,使用RT-PCR技术扩增获得TVBMV云南分离物YN9.1基因组全序列,并进行了基因组结构、序列同源性、氨基酸保守基序、系统进化和重组分析。结果表明:(1)YN9.1基因组具有Potyvirus属病毒典型特征,含有在Potyvirus属病毒中较为少见的NIb/CP切割位点Q/N;(2)YN9.1与其它分离物核苷酸序列同源性为90.5-91.1%,氨基酸序列同源性为95.2-96.2%。与YND核苷酸和氨基酸序列同源性最高;(3)对HC-Pro和CP保守基序进行了分析。YN9.1具有RITC、PTK、DAG等病毒蚜虫传播保守基序,其中RITC在Potyvirus属病毒中常见形式为KITC;(4)系统进化树分析结果显示,TVBMV进化形成2个组,云南分离物独立进化形成一组,TVBMV进化与地域具有明显的相关性;(5)重组分析发现PY为ZC1和YN的组内重组体,重组位点位于HC-Pro 3’末端和NIb 5’端。 展开更多
关键词 烟草脉带花叶病毒 保守基序 序列分析 进化分析 重组分析
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棉花与模式植物DGAT1基因的鉴定与比较分析 预览 被引量:1
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作者 郭宁 胡利宗 +4 位作者 解恒昌 袁明月 王秋霞 周琳 王红星 《广东农业科学》 2015年第15期98-104,共7页
二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。对棉花与其他植物DGAT1基因进行鉴定与比较分析,序列分析结果表明:棉花与大多数模式植物DGAT1基因有16个外显子,内含子长度高度变异,但其相位极其保守;这些基因编码的蛋... 二酰甘油酰基转移酶(DGAT)是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。对棉花与其他植物DGAT1基因进行鉴定与比较分析,序列分析结果表明:棉花与大多数模式植物DGAT1基因有16个外显子,内含子长度高度变异,但其相位极其保守;这些基因编码的蛋白具有7个保守基序,核心保守基序与功能结构域相互重叠。系统进化分析显示:基因树与物种树具有较高的一致性,DGAT1基因进化能真实反映物种系统发生关系;棉花DGAT1基因以单拷贝形式存在,但在玉米、水稻、杨树与小立碗藓中均存在至少两个DGAT1基因。选择压力检测结果显示:除了Pt DGAT1a/Pt DGAT1b受制于正选择作用外,剩余4对同源基因均受控于纯净选择;在基因亚群水平共检测到17个正选择位点,这说明在显著水平下各个亚群中均未检测到正选择位点。这些结果可为进一步研究棉花及植物DGAT1基因的功能提供基础。 展开更多
关键词 二酰甘油酰基转移酶 保守基序 棉花 同源基因 进化
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甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因鉴别和表达模式 预览
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作者 柳琼 黄毅 +4 位作者 陶章生 黄顺谋 王新发 黄邦全 刘贵华 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期562-571,共10页
植物TFⅢA型锌指蛋白的锌指区含有保守的QALGGH区,属于C2H2型转录因子,参与调控植物生长发育和逆境胁迫应答.参照拟南芥AtZFP基因的C2H2结构域氨基酸序列,采用生物信息学方法鉴定了46个甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因,分析了基因结构、... 植物TFⅢA型锌指蛋白的锌指区含有保守的QALGGH区,属于C2H2型转录因子,参与调控植物生长发育和逆境胁迫应答.参照拟南芥AtZFP基因的C2H2结构域氨基酸序列,采用生物信息学方法鉴定了46个甘蓝型油菜TFⅢA型锌指蛋白基因,分析了基因结构、生化特性、进化关系和基因表达模式.结果表明:42个基因为单锌指蛋白基因,4个为多锌指蛋白基因;40个基因不含内含子,6个基因含内含子;46个基因的氨基酸序列同源性变幅为9.0% ~99.2%,氨基酸序列保守性差异明显,亚类成员间包含相同的保守基序,亚类间的保守基序不同;PlantCARE分析发现其启动子区富含激素、非生物胁迫及特定生理过程响应的顺式作用元件;RNA-seq分析表明,部分基因在甘蓝型油菜品种中双11号的根、初花期雌蕊和角果中特异表达. 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 TFⅢA型锌指蛋白基因 基因结构 保守基序 表达模式
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玉米大斑病菌 MAPK 超家族的全基因组鉴定及途径模型建立 预览 被引量:11
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作者 巩校东 张晓玉 +8 位作者 田兰 王星懿 李坡 张盼 王玥 范永山 韩建民 谷守芹 董金皋 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期1715-1724,共10页
【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeriaturcica)的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功... 【目的】从全基因组水平鉴定玉米大斑病菌(Setosphaeriaturcica)的MAPK超家族基因,并对其进行系统进化、基因结构、多重序列比对及保守位点分析,构建玉米大斑病菌中的MAPK级联途径模型,为深入研究该植物病原菌中MAPK级联途径的功能奠定基础。【方法】利用玉米大斑病菌基因组数据库,通过基于隐马尔科夫模型的HMMER3.0软件搜索基因组,鉴定并获得MAPK超家族成员序列、基因组定位信息;采用MEGA5.0软件进行系统进化分析;通过GSDS工具进行基因结构分析;利用Clusta IX、MEME工具分析MAPK蛋白激酶区的保守性及保守位点。【结果】在玉米大斑病菌基因组中发现了4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。系统进化分析将MAPK分为Kss1/Fus3、slt2、Hog1及Ime24类;MAPKK分为Pbs2、sre7及Mkk1 3类;MAPKKK分为stell、Bck1及Ssk23类。基因组定位及基因结构分析表明,MAPK超家族散布在基因组中,且MAPK基因的结构最为复杂多样,MAPKK次之,MAPKKK结构最简单。多重序列比对与保守位点分析表明,玉米大斑病菌MAPK超家族的激酶结构域均高度保守,其中MAPK具有保守的“-TxY-”磷酸化位点,MAPKK含有保守的“-SD[V/I]WS-”磷酸化位点,MAPKKK含有“-G[S/T][VIP][F/M][W/Y]M[A/S]PEV-”特异性保守位点。【结论】全基因组分析表明,玉米大斑病菌中包括4个MAPK基因、3个MAPKK基因和3个MAPKKK基因。通过系统进化、基因结构及多重序列比对和保守位点分析,在玉米大斑病菌中构建了Fus3/Kss1-homolog、slt2-hom010g、Hogl-homolog和Ime2-homoIog4条MAPK级联途径,其中Ime2homolog为一条新发现的MAPK级联途径。该信息为深入解析植物病原真菌MAPK超家族的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米大斑病菌 MAPK基因超家族 系统进化 保守基序
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哺乳动物抗凝血酶基因的分子特征、微共线性与适应性进化 预览
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作者 张国俊 胡利宗 +1 位作者 李书粉 宋向凤 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期 104-110,共7页
抗凝血酶(AT)是哺乳动物体内重要的天然抗凝血因子之一,它隶属于丝氨酸蛋白酶抑制物家族,主要参与并调节复杂的血凝过程。基于比较基因组学手段,共挖掘出17个哺乳动物抗凝血酶基因(AT),并剖析了它们的基因结构、微共线性、保守基序... 抗凝血酶(AT)是哺乳动物体内重要的天然抗凝血因子之一,它隶属于丝氨酸蛋白酶抑制物家族,主要参与并调节复杂的血凝过程。基于比较基因组学手段,共挖掘出17个哺乳动物抗凝血酶基因(AT),并剖析了它们的基因结构、微共线性、保守基序、功能结构域、以及系统进化关系。基因结构与微共线分析表明,哺乳动物AT基因具有5-12个外显子,大多数是7个外显子;不同物种AT基因所处区段之间具有较好的共线性。哺乳动物AT蛋白特征分析显示,SERPIN功能结构域与保守基序1、2、3、4、5、8和9存在相互重叠的部分。AT基因进化树揭示基因进化和通常认为的物种进化几乎一致。同时,利用PAML中Codeml的位点特异模型在AT基因中发掘了1个正选择位点328D。 展开更多
关键词 哺乳动物 抗凝血酶 微共线性 保守基序 进化
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电压感受蛋白的保守基序及其序列分析
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作者 王昌河 谢振丽 +2 位作者 吕建伟 于志丹 邵淑丽 《生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期379-386,共8页
本文旨在研究电压感受蛋白(voltage sensing proteins, VSPs)的保守基序、分析其序列特点并组建其电压感受模型。在UniProt数据库中的检索结果显示,现有的VSPs主要为电压门控型离子通道及电压依赖性磷酸激酶,其共同特点是均含有一个4... 本文旨在研究电压感受蛋白(voltage sensing proteins, VSPs)的保守基序、分析其序列特点并组建其电压感受模型。在UniProt数据库中的检索结果显示,现有的VSPs主要为电压门控型离子通道及电压依赖性磷酸激酶,其共同特点是均含有一个4次跨膜区,分别称为S1~S4 (Segment 1-4)。S1区主要负责其上膜与转运,S2~S4区是其感知膜电位变化的核心。profile-to-profile序列比对结果表明VSPs各跨膜区的保守基序非常相似,尤其是S4跨膜区均含基序[RK]-X(2)-R-X(2)-R-X(2)-[RK],其特点是带正电荷的精氨酸残基(R)与两个疏水性或不带电荷的氨基酸残基交替排列,这是VSPs感知膜电位变化的核心区域。同时,四个跨膜区内均含大量具有较高α-螺旋结构形成倾向性的疏水性氨基酸残基,这可能是VSPs(尤其是带有大量正电荷的S4区域)能在胞膜上稳定存在的主要原因。此外,S3区内带负电荷的天冬氨酸残基(D)的保守性对VSPs感知膜电位变化具有重要意义,天冬氨酸残基与S4区的静电作用还可增加S4区在膜上的稳定性。 展开更多
关键词 膜电位 电压感受蛋白 保守基序 电压门控型离子通道 电压依赖性磷酸激酶
桉树葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)的全基因组分析与进化研究 预览
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作者 林元震 张志毅 +1 位作者 林善枝 刘纯鑫 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2011年第29期 17804-17805,17906,共3页
[目的]对桉树基因组中葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)进行全基因组分析与进化研究。[方法]利用巨桉(Eucalyptus grandsis)全基因组数据,采用BLAST等生物信息学软件分析桉树G6PDH的基因特性、蛋白序列、系统进化树以及启动子特征。[结果... [目的]对桉树基因组中葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)进行全基因组分析与进化研究。[方法]利用巨桉(Eucalyptus grandsis)全基因组数据,采用BLAST等生物信息学软件分析桉树G6PDH的基因特性、蛋白序列、系统进化树以及启动子特征。[结果]桉树基因组内存在6个G6PDH基因,其编码蛋白中,1个为胞质型G6PDH,5个为质体型G6PDH,而且桉树G6PDH均含有保守基序motif 1、motif 2、motif 3、motif 7、motif 9和motif 11。此外,桉树G6PDH启动子序列中均存在TATA框、增强子与涉及光应答、激素应答、胁迫应答等调控元件。[结论]可为下一步研究桉树G6PDH家族基因的分子功能提供参考。 展开更多
关键词 桉树 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 进化分析 保守基序
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三种豆科植物DGAT1基因家族的分子特征与进化分析 预览 被引量:7
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作者 朱红霞 胡利宗 +1 位作者 邓小莉 蔺芳 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第10期 163-166,共4页
二脂酰甘油酰基转移酶广泛存在于动物、植物及酵母中,是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。在大豆、苜蓿和百脉草基因组中共挖掘到7个DGAT1基因,并剖析该基因的分子特征与进化关系。基因结构分析表明,3种豆科植物DGAT1基因的外显子数目... 二脂酰甘油酰基转移酶广泛存在于动物、植物及酵母中,是催化三脂酰甘油生物合成的关键酶。在大豆、苜蓿和百脉草基因组中共挖掘到7个DGAT1基因,并剖析该基因的分子特征与进化关系。基因结构分析表明,3种豆科植物DGAT1基因的外显子数目变异大,其范围为3-16。蛋白特征分析显示,3种豆科植物分享8个保守基序,同时发现2个大豆物种特有的保守基序。EST数目统计分析结果表明,该基因在3种植物的根、茎、叶、花、子叶与体细胞胚中表达,其中花器官表达量最高,EST数目占了34%。进化分析揭示了DGAT1基因是一个古老的基因家族,在植物演化历程中基因数目发生扩增现象,但其功能区仍然保持较高的保守性。 展开更多
关键词 豆科植物 基因 保守基序 进化
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桉树葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)的全基因组分析与进化研究 预览 被引量:3
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作者 林元震 张志毅 +1 位作者 林善枝 刘纯鑫 《农业科学与技术:英文版》 CAS 2011年第9期 1276-1278,共3页
[目的]对桉树基因组中葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)进行全基因组分析与进化研究。[方法]利用巨桉(Eucalyptus grandsis)全基因组数据,采用BLAST等生物信息学软件分析桉树G6PDH的基因特性、蛋白序列、系统进化树以及启动子特征。[结果... [目的]对桉树基因组中葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PDH)进行全基因组分析与进化研究。[方法]利用巨桉(Eucalyptus grandsis)全基因组数据,采用BLAST等生物信息学软件分析桉树G6PDH的基因特性、蛋白序列、系统进化树以及启动子特征。[结果]桉树基因组内存在6个G6PDH基因,其编码蛋白中,1个为胞质型G6PDH,5个为质体型G6PDH,而且桉树G6PDH均含有保守基序motif1、motif2、motif3、motif7、motif9和motif11。此外,桉树G6PDH启动子序列中均存在TATA框、增强子与涉及光应答、激素应答、胁迫应答等调控元件。[结论]可为下一步研究桉树G6PDH家族基因的分子功能提供参考。 展开更多
关键词 桉树 葡萄糖-6-磷酸脱氢酶 进化分析 保守基序
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高粱生长素反应因子(ARF)基因的全基因组分析与进化研究 被引量:10
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作者 江海洋 魏巍 +2 位作者 刘艳 朱苏文 程备久 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第3期395-400,共6页
生长素在植物发育中的各个阶段都起着重要作用,而生长素反应因子(auxin response factors,ARF)特异性的调节生长素反应基因的表达,是植物细胞中重要的一类转录因子家族。在拟南芥、玉米、水稻等模式作物中先后克隆了一些ARF基因,但是... 生长素在植物发育中的各个阶段都起着重要作用,而生长素反应因子(auxin response factors,ARF)特异性的调节生长素反应基因的表达,是植物细胞中重要的一类转录因子家族。在拟南芥、玉米、水稻等模式作物中先后克隆了一些ARF基因,但是高粱作为一种重要的经济作物,这方面的研究未见报道。随着高粱全基因组序列的公布,利用基因组序列分析ARF基因的数目、结构、进化具有重要的意义。利用公布的高粱全基因组数据,利用DNATOOLS、BLAST、MEGA4.0以及Genomepixelizer等生物信息学软件对高粱(Sorghum bicolor)生长素反应因子ARF基因的数量、物理位置、系统进化树、氨基酸序列及保守基序(motif)的保守性等进行分析。结果表明,在高粱全基因组中共有26个ARF基因,26个ARF基因根据其进化关系分为A、B、C 3类;通过对全基因组内ARF基因进行物理位置和基因家族分析,发现高粱基因组中ARF基因存在明显的基因复制现象,基因的复制对高粱基因组中ARF基因数量扩张起到了重要的作用。 展开更多
关键词 高粱 ARF基因 进化分析 保守基序
大豆MIKC型MADS—box基因家族分析 预览 被引量:11
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作者 胡瑞波 范成明 +2 位作者 李宏宇 林辰涛 傅永福 《分子植物育种》 CAS CSCD 2009年第3期 429-436,共8页
根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM(hidden markov model)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC^+型基因又分为两个进化支。控制... 根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM(hidden markov model)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC^+型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因(如AP1,AG,AP3和PI等)和重要的控制开花时间的基因(如SVP和SOCl)在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明,大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序,还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守,多数基因具有7~8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。 展开更多
关键词 大豆 MIKC型MADS—box 保守基序
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番茄抗病毒基因Tm-2^2及其等位基因tm-2氨基酸差异分析
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作者 刘丹 陈天元 刘玉乐 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期767-774,共8页
番茄抗病蛋白Tm-2^2与其等位感病蛋白tm-2在序列上相对保守但也有一定的差异性,研究这些差异对于了解Tm-2^2抗病蛋白的结构和功能起着重要作用。本研究构建了不同的Tm-2^2/tm-2置换突变体,在本生烟草上利用农杆菌注射法共表达突变体... 番茄抗病蛋白Tm-2^2与其等位感病蛋白tm-2在序列上相对保守但也有一定的差异性,研究这些差异对于了解Tm-2^2抗病蛋白的结构和功能起着重要作用。本研究构建了不同的Tm-2^2/tm-2置换突变体,在本生烟草上利用农杆菌注射法共表达突变体及其效应因子MP或TMV—GFP载体。通过对植物坏死表型以及病毒量变化的观察。发现Tm-2^2ARC结构域中RNBS—D保守基序中的第413位甘氨酸突变成tm-2中的丝氨酸后,Tm-2^2介导的对烟草花叶病毒属病毒的抗性减弱。这说明RNBS-D保守基序对于Tm-2^2行使其抗病功能是至关重要的。 展开更多
关键词 抗病蛋白Tm-2^2 感病蛋白tm-2 烟草花叶病毒属 RNBS—D保守基序
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