期刊文献+
共找到36篇文章
< 1 2 >
每页显示 20 50 100
萝卜根径发育候选基因的初步筛选 预览 被引量:1
1
作者 杜雪玲 马媛媛 +3 位作者 程洋洋 何军 宋运贤 余如刚 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期567-577,共11页
为了鉴定调控不同萝卜品种间根大小性状差异的关键基因,利用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对2种根直径大小不同的圆球形萝卜‘扬州圆白’(直径大)和‘萨丁’(直径小)进行差异表达基因分析。测序共获得1 468个差异表达转录... 为了鉴定调控不同萝卜品种间根大小性状差异的关键基因,利用基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对2种根直径大小不同的圆球形萝卜‘扬州圆白’(直径大)和‘萨丁’(直径小)进行差异表达基因分析。测序共获得1 468个差异表达转录本。基于基因功能注释分析,共鉴定到参与细胞壁代谢相关的转录本28个,参与蔗糖代谢相关的转录本2个,参与激素合成与信号转导相关的转录本29个。利用RT-qPCR分析对6个细胞壁代谢相关基因的表达模式进行验证,其结果与测序结果基本一致。研究发现参与植物激素合成与激素信号转导相关基因(TIFYs、DELLA、 ERF2和 CYCD3)、蔗糖代谢相关基因( ATBETAFRUCT4和 HK3)和细胞壁代谢相关基因(XTHs、EXPs和COBs)可能是调控‘扬州圆白’和‘萨丁’萝卜根大小品种间差异的关键基因。 展开更多
关键词 数字基因表达谱 萝卜 大小 基因
在线阅读 下载PDF
甘蔗印度种响应干旱胁迫的数字基因表达谱 被引量:1
2
作者 李穆 程志远 +2 位作者 何丽莲 王先宏 李富生 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第7期2099-2106,共8页
本研究以甘蔗印度种的代表品种“春尼”为试材,采用数字基因表达谱(DGE)技术对干旱胁迫后的“春尼”进行差异基因表达分析,共筛选到差异表达基因9 810个,其中上调表达4 687个,下调表达5 123个。GO功能显著性富集分析表明:差异表达基... 本研究以甘蔗印度种的代表品种“春尼”为试材,采用数字基因表达谱(DGE)技术对干旱胁迫后的“春尼”进行差异基因表达分析,共筛选到差异表达基因9 810个,其中上调表达4 687个,下调表达5 123个。GO功能显著性富集分析表明:差异表达基因主要定位于细胞质、质体、叶绿体、类囊体等,主要行使催化活性、氧化还原酶活性、辅因子结合、裂解酶活性等功能,主要涉及小分子代谢、细胞酮体代谢、有机酸代谢、含氧酸代谢、化学刺激应答、非生物刺激应答等生物过程。KEGG显著性富集分析表明:差异表达基因主要涉及植物激素信号转导、RNA转运、次生代谢产物的生物合成、淀粉和蔗糖代谢、泛素化蛋白降解、嘌呤碱代谢等通路。利用实时荧光定量PCR(q RT-PCR)分析2个差异表达上调基因在“春尼”的苗期、伸长期、成熟期受干旱诱导的表达情况,结果均为“上调-上调-上调”模式,验证了DGE测序结果可靠、重复性好。 展开更多
关键词 甘蔗印度种 春尼 干旱 数字基因表达谱 差异表达基因
数字基因表达谱解析草菇子实体的生长发育
3
作者 孟丽 张兰增 +3 位作者 周和云 周森 李玉 谢宝贵 《北方园艺》 北大核心 2018年第8期149-154,共6页
为筛选出与草菇子实体发育相关的转录因子,以不同发育时期的草菇子实体为试材,利用数字基因表达谱对不同发育时期的基因进行表达分析。结果表明:获得8个差异表达的Homeobox转录因子,其中5个在草菇原基期阶段上调表达,3个在伸长期阶段... 为筛选出与草菇子实体发育相关的转录因子,以不同发育时期的草菇子实体为试材,利用数字基因表达谱对不同发育时期的基因进行表达分析。结果表明:获得8个差异表达的Homeobox转录因子,其中5个在草菇原基期阶段上调表达,3个在伸长期阶段下调表达。这些差异表达的转录因子可能参与草菇子实体不同发育阶段的形态建成。 展开更多
关键词 草菇 数字基因表达谱 子实体发育 转录因子
干旱胁迫下丹参数字基因表达谱分析
4
作者 韩娟娟 纪砚耘 +3 位作者 梁晓艳 张媛 王喆之 李星 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2018年第10期4439-4448,共10页
丹参是中国传统大宗药材,具有重要的药用价值,但其品质受干旱胁迫影响较大,而对丹参响应干旱胁迫的应答机制尚不明确。本研究基于数字基因表达谱技术,对干旱胁迫处理后的丹参植株cDNA文库进行了差异基因表达谱分析。分析结果表明,共有5 ... 丹参是中国传统大宗药材,具有重要的药用价值,但其品质受干旱胁迫影响较大,而对丹参响应干旱胁迫的应答机制尚不明确。本研究基于数字基因表达谱技术,对干旱胁迫处理后的丹参植株cDNA文库进行了差异基因表达谱分析。分析结果表明,共有5 740条基因受干旱胁迫诱导差异表达,其中1 143条表达上调,4 597条表达下调。Gene Ontology (GO)功能显著性富集分析表明,干旱胁迫应答基因的生物学功能主要集中在催化活性和结合活性中。Pathway显著性富集分析结果表明,上调基因显著富集在黄酮生物合成途径、核糖体途径、苯基丙酸类生物合成途径、半胱氨酸蛋氨酸代谢途径和植物激素生物合成等途径,下调基因则主要富集在鞘糖脂的合成途径、糖胺聚糖降解途径、卟啉代谢和叶绿素代谢途径上。随机抽取9个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证,其结果与EDG检测结果一致。本研究的分析结果有助于进一步了解丹参响应干旱胁迫的分子机制,为干旱应答功能基因的筛选奠定基础。 展开更多
关键词 丹参 干旱胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因 应答基因
降雨量对‘云烟87’叶片基因表达影响的分析 被引量:2
5
作者 张柳 何晓健 +3 位作者 林春 李军营 杨焕文 毛自朝 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第16期5483-5504,共22页
降雨量作为植物生长过程中的水分补给条件,影响着植物的生长和发育。为了研究烟草在降雨量降低的逆境胁迫下的基因表达情况,本研究对室内模拟条件下和室外大田环境下的不同发育期的烟草叶片进行了转录组分析。根据初步的分析和通过趋势... 降雨量作为植物生长过程中的水分补给条件,影响着植物的生长和发育。为了研究烟草在降雨量降低的逆境胁迫下的基因表达情况,本研究对室内模拟条件下和室外大田环境下的不同发育期的烟草叶片进行了转录组分析。根据初步的分析和通过趋势分析(STEM)研究发现,随着降雨量的减少,干旱胁迫的产生,烟草叶片内部的生命活动受到影响,与水分运输和物质转运相关的基因下调表达,信号转导的能力减弱,但是钙信号传导途径上调表达。同时发现一些与抗旱、离子运输以及次生代谢产物合成相关的基因上调表达。研究中还发现ABC转运体蛋白、CIPK基因、转录因子以及次生代谢相关基因,随着水分的减少,烟草植株的生命活动受到影响,但是研究为进一步选育抗旱品种提供了科学支持,从而能够深入了解降雨量与叶片基因调控的关联。 展开更多
关键词 降雨量 水分 数字表达谱 抗旱
甘薯TPS基因家族分析及IbTPS7a基因克隆与功能研究 预览
6
作者 邵欢欢 郑海燕 +6 位作者 廖若星 徐攀 费雪婷 雍彬 马沁沁 袁向华 王晓燕 《食品与生物技术学报》 CSCD 北大核心 2018年第10期1099-1106,共8页
为了研究甘薯TPS基因家族及功能,采用生物信息学手段分析鉴定了甘薯转录组数据库中7个TPS基因,并对甘薯TPS基因家族编码蛋白进行了进化树分析,结果发现7个IbTPS基因可以分成两个亚家族.IbTPS7a白与Nicotiana sylvestris和Solanum tu... 为了研究甘薯TPS基因家族及功能,采用生物信息学手段分析鉴定了甘薯转录组数据库中7个TPS基因,并对甘薯TPS基因家族编码蛋白进行了进化树分析,结果发现7个IbTPS基因可以分成两个亚家族.IbTPS7a白与Nicotiana sylvestris和Solanum tuberosum的TPS7蛋白亲缘关系最接近。利用RT-PCR技术成功克隆得到全长为2 568 bp的IbTPS7a基因,将IbTPS7a因转化大肠杆菌和酿酒酵母进行过表达,实验结果发现在非生物胁迫下重组菌株的生长趋势或生存率有明显提升。数字表达谱的结果表明IbTPS7a因在甘薯不同组织中的表达量并不相同,其在茎中的表达量最高,在须根中的表达量最低。以上结果表明甘薯中也存在TPS基因家族,IbTPS7a以有助于提升细胞在非生物胁迫下的抗逆能力。 展开更多
关键词 甘薯 海藻糖 抗逆 数字表达谱
在线阅读 下载PDF
核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)诱导的桑树差异表达基因及功能分析 被引量:1
7
作者 殷培峰 郑必平 +2 位作者 曾其伟 何宁佳 谈建中 《蚕业科学》 CSCD 北大核心 2017年第6期898-904,共7页
桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能... 桑椹菌核病是影响桑椹产量和品质的主要病害,核盘菌(Sclerotinia sclerotiorum)是一种新发现的疑似桑椹菌核病的病原真菌。以果桑品种大10为供试材料,利用数字基因表达谱技术,筛选核盘菌侵染相关的差异表达基因(DEGs)并分析其功能与代谢途径。在感染和未感染核盘菌的桑树幼果样品之间检测到了显著差异表达基因1 226个(上调表达基因1 088个,下调表达基因138个),其中包含33类172个抗性相关基因,35类112个转录因子基因。生物信息学分析发现,显著差异表达基因显著富集于4个细胞组分(胞外区、细胞壁、外部封装结构、质外体)、6种分子功能(抗氧化活性、酶催化活性、酶调节活性、核酸结合转录因子活性、营养物质代谢、翻译调控活性等)和6个代谢通路(亚油酸代谢、半胱氨酸和蛋氨酸代谢、植物-病原互作、苯丙氨酸代谢、芳香族氨基酸生物合成、糖类次生代谢产物生物合成)。选取可能与桑树对核盘菌感染应答相关的Fbox等5个基因作为目的基因,进行实时荧光定量PCR检测验证,检测数据与RNA-seq表达谱的分析结果基本一致。研究结果为阐释桑树应答核盘菌侵染的分子机制积累了基础数据。 展开更多
关键词 桑树 桑椹菌核病 核盘菌 数字表达谱 基因差异表达 功能注释 KEGG信号通路 实时荧光定量PCR
秋茄(Kandelia candel L.)响应重金属胁迫的数字基因表达谱 预览 被引量:2
8
作者 袁柳娇 傅梦妮 +4 位作者 余如凤 黎海利 袁长春 陈燕 刘锴栋 《东北林业大学学报》 CSCD 北大核心 2017年第2期22-28,共7页
基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功... 基于高通量测序的数字基因表达谱(DGE)技术,对重金属污水胁迫处理组和对照组秋茄材料进行转录组测序分析。结果表明,重金属污水胁迫处理样品与对照样品相比,共筛选出的3 097个差异表达基因,其中2 202个表达上调,895个表达下调。GO功能显著性富集分析出38个GO分类条目,大量与生长发育,代谢调控,环境刺激响应相关的基因表现为富集。进一步的KEGG代谢途径分析表明,差异表达基因主要与糖类、核酸、蛋白质和脂质等生物大分子代谢、能量代谢以及次生代谢过程有关。转录因子分析发现b HLH,MYB,NAC和WRKY在重金属胁迫中发挥重要作用。此外,重金属胁迫还促进萜类、黄酮类化合物生物合成的关键酶基因(牻牛儿基焦磷酸合酶(Unigene0029352)、黄酮醇合成酶(Unigene0010384))的表达,进而促进秋茄有效成分的积累;显著诱导细胞分裂素相关基因type-b响应调节子ARR2(Unigene0033740)的表达、抑制油菜素内酯的信号转导组分基因BSK(Unigene0008986)的表达,进而提高秋茄对重金属胁迫的适应能力。实验选取了5个与环境刺激响应密切相关的基因,通过qRT-PCR验证了它们在重金属污水胁迫处理下的表达差异,结果与数字基因表达谱分析的结果较为一致,证实了差异表达基因数据的有效性。说明在重金属胁迫处理下,秋茄通过调节基因表达提高自身对污染胁迫的耐受能力。 展开更多
关键词 秋茄 重金属 污水胁迫处理 数字基因表达谱(DEG) 差异表达基因
在线阅读 下载PDF
红砂(Reaumuria soongorica)响应干旱和UV-B辐射双重胁迫的基因转录表达 被引量:2
9
作者 刘丹 刘玉冰 张雯莉 《中国沙漠》 CSCD 北大核心 2017年第4期705-713,共9页
荒漠植物在自然生境中同时遭受多种环境因子的胁迫,但植物对多重胁迫因子的应答响应机理目前仍然未知。利用数字基因表达谱技术分析了荒漠植物红砂(Reaumuria soongorica)在干旱、UV-B辐射以及干旱和UV-B辐射共胁迫下基因在转录水平... 荒漠植物在自然生境中同时遭受多种环境因子的胁迫,但植物对多重胁迫因子的应答响应机理目前仍然未知。利用数字基因表达谱技术分析了荒漠植物红砂(Reaumuria soongorica)在干旱、UV-B辐射以及干旱和UV-B辐射共胁迫下基因在转录水平的表达响应。结果显示:胁迫处理的材料与对照材料相比,差异表达的基因有上调表达基因和下调表达基因,且不同胁迫中下调表达基因总数多于上调的。双重胁迫与单因子胁迫相比,差异表达基因数量明显增加,且上调表达基因的数量增多,单因子胁迫之间的表达谱比双重胁迫与单因子之间的更为相似。双重胁迫诱导了356个上调和248个下调的特异表达基因。从诱导基因的差异表达量来看,多数基因的差异表达量集中在2~5倍,同时也诱导了少数基因的高度表达(高于100倍)。差异表达基因的GO(Gene Ontology)功能富集显著性分析和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢通路分析表明,双重胁迫相比单因子胁迫,固碳作用等生物过程的表达显著性富集,且不同的代谢途径对不同的胁迫处理表现出不同程度的响应。这说明植物在基因转录水平对单因子胁迫和双重胁迫的响应机理在很大程度上存在差异。 展开更多
关键词 红砂(Reaumuria soongorica) 干旱胁迫 UV-B辐射 双重胁迫 数字基因表达谱
雌蕊缺失茶树花3个发育期的数字基因表达谱分析 预览 被引量:2
10
作者 李梅 陈林波 +4 位作者 田易萍 夏丽飞 宋维希 梁名志 江昌俊 《茶叶科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期97-107,共11页
以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因... 以雌蕊缺失茶树花为试材,利用转录组、数字基因表达谱技术,研究了雌蕊缺失茶树花的花芽、花蕾、花3个时期相关基因的表达规律。结果发现,雌蕊缺失茶树花生长发育过程中进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动。生长素信号转导途径的6个基因和ABCDE类识别基因的A类、C类和E类可能与茶树花的雌蕊缺失和雄蕊发育密切相关,并且基因调控过程较复杂;WUS基因中WUS2和WUS8下调可能调控了C类和E类基因,从而导致雌蕊的缺失;KNOX家族中,未检测到KNOXⅡ的同源基因,KNOX I类同源基因下调表达和缺失可能减弱了茶树花雌蕊心皮的启动和雌蕊边缘组织的生长。可以看出,本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解了雌蕊缺失茶树花发育前后的网络途径,为后期对茶树花雌蕊缺失和雄蕊发育的研究,探明茶树花不育和性别决定基因的分子机制提供理论依据。 展开更多
关键词 茶树花 雌蕊缺失 数字基因表达谱 转录组 花器官调控
在线阅读 下载PDF
地黄甲基转移酶/去甲基化酶基因的注释及其在块根发育过程中的表达分析 预览
11
作者 廖登群 祁建军 +1 位作者 李先恩 孙鹏 《中国科技论文》 北大核心 2017年第18期2135-2140,共6页
利用Windows-BLAST软件同源比较分析获得地黄转录组中的DNA甲基转移酶/去甲基化酶基因,同时利用基因表达谱测序方法分析这些基因在地黄不同发育时期块根中的转录子水平。利用拟南芥11个C5-MTase和4个DMase基因的蛋白序列进行同源性比对... 利用Windows-BLAST软件同源比较分析获得地黄转录组中的DNA甲基转移酶/去甲基化酶基因,同时利用基因表达谱测序方法分析这些基因在地黄不同发育时期块根中的转录子水平。利用拟南芥11个C5-MTase和4个DMase基因的蛋白序列进行同源性比对,在地黄转录组中共获得了18个DNA甲基转移酶unigene和11个去甲基化酶unigene。差异表达基因(DEG)分析显示,11个DNA甲基转移酶unigene和5个去甲基化酶unigene在块根的发育过程中表达具有差异,随块根发育成熟转录子表达含量逐渐降低,说明甲基化基因参与调控地黄块根的发育。首次挖掘和分析了地黄基因组中DNA甲基转移酶/去甲基化酶基因的分布和表达,为进一步研究DNA甲基化在地黄块根发育以及连作下块根生长受抑的表观遗传学分子机理奠定了基础。 展开更多
关键词 中药资源 地黄 DNA甲基转移酶 DNA去甲基化酶 转录组 块根发育 数字基因表达谱
在线阅读 下载PDF
太行鸡脾脏SRBC免疫应答基因的筛选与分析 预览 被引量:1
12
作者 耿立英 张传生 +1 位作者 李祥龙 赵书雨 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2016年第1期1-7,共7页
为筛选太行鸡脾脏组织中绵羊红细胞(sheepredbloodcell,SRBC)免疫应答的关键基因和信号通路,本研究采用高通量测序技术,构建了太行鸡SRBC免疫组和对照组脾脏组织的数字基因表达谱,对差异表达的基因进行筛选与注释、GO分析和通路... 为筛选太行鸡脾脏组织中绵羊红细胞(sheepredbloodcell,SRBC)免疫应答的关键基因和信号通路,本研究采用高通量测序技术,构建了太行鸡SRBC免疫组和对照组脾脏组织的数字基因表达谱,对差异表达的基因进行筛选与注释、GO分析和通路的功能显著性富集以及差异基因编码蛋白的互作网络分析。结果表明:太行鸡在免疫6d后的SRBC抗体滴度平均值为7.653;与对照组相比,差异倍数在2倍以上的共有1108个基因,其中496个上调表达,612个下调表达,412个上调基因只在免疫组表达,537个下调基因仅在对照组表达;上调基因主要涉及T细胞激活、淋巴细胞增殖和单核细胞增殖等生物学过程,下调基因主要参与免疫效应、防御效应、炎性效应、先天性免疫效应生物学过程;在分子注释系统数据库中注释到的免疫相关的显著调控通路有12条,包括抗原的加工递呈、Toll样受体信号通路、沙门氏菌感染、HTLV—I感染和单纯疱疹病毒感染等;56个差异基因编码的蛋白产物存在相互作用,其中16个基因位于网络中心节点,部分差异基因与SRBC相关QTL重叠。初步认为抗原加工与递呈的MHCII类分子途径、T细胞激活等调控通路及RAG2、FOS、MHC B-LBII、HSP90AAl、CXCR4和HSPA8等基因可能是参与调控太行鸡SRBC免疫应答的重要信号通路和基因,但其功能和影响还有待于深入研究。 展开更多
关键词 太行鸡 脾脏 绵羊红细胞 数字表达谱 差异表达基因
在线阅读 下载PDF
大豆响应低磷胁迫的数字基因表达谱分析 被引量:4
13
作者 姚敏磊 张璟曜 +5 位作者 周汐 韩少怀 谢凤斌 朱月林 盖钧镒 杨守萍 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第2期213-221,共9页
以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因... 以Os PT6转基因T5代大豆为材料,以其受体亲本东农50为对照,对低磷胁迫处理下的根系c DNA文库进行数字基因表达谱分析,共筛选得到33个差异表达基因。以受体亲本为对照,在Os PT6转基因大豆中上调表达的差异基因有21个、下调表达的差异基因有12个。GO功能显著性富集分析表明,有25个差异表达基因在蛋白、核酸等生物大分子代谢、次生代谢和酶活性调节等过程中表现为富集。KEGG代谢通路分析表明仅有1个过氧化物酶超蛋白家族基因参与到苯丙合成、苯丙氨酸代谢和次生代谢产物合成等次生代谢途径中。综合分析表明:通过光合作用相关酶类活性的调节控制光合作用速率从而影响次生代谢途径可能是大豆适应低磷胁迫的主要途径。以上结果为大豆响应低磷胁迫相关分子机制的深入研究和功能基因的筛选奠定了基础。 展开更多
关键词 大豆 低磷胁迫 数字基因表达谱 差异表达基因
仁用杏花芽3个发育时期转录组表达谱研究 预览 被引量:3
14
作者 宋猜 姜仲茂 +1 位作者 李慧 乌云塔娜 《经济林研究》 北大核心 2016年第4期14-19,共6页
为给仁用杏分子育种提供理论依据,培育仁用杏晚花新品种,通过Illumina Hi SeqTM2000高通量测序——转录组测序(RNA-seq)技术,对采于花芽萌动前后3个发育时期的仁用杏花芽进行转录组测序。经组装分析获得43 469条unigenes;将所得到的un... 为给仁用杏分子育种提供理论依据,培育仁用杏晚花新品种,通过Illumina Hi SeqTM2000高通量测序——转录组测序(RNA-seq)技术,对采于花芽萌动前后3个发育时期的仁用杏花芽进行转录组测序。经组装分析获得43 469条unigenes;将所得到的unigenes与基因库数据进行比较,对unigenes进行功能注释,共22 874条unigenes获得功能注释,并预测出21 910条unigenes蛋白编码区;将3个发育时期仁用杏花芽的花转录组通过GO功能分类,将17 237条unigenes分别归类为46个GO Term;通过将所有unigenes与KOG数据库比对,共有8 379条unigenes与其它植物相似,归为26类,未知功能的unigenes有409条,预测这些基因为仁用杏的新基因;通过与KEGG数据库比对,共获得6 203条unigenes,参与259个代谢途径,其中与植物节律代谢通路相关的unigenes有33条。 展开更多
关键词 仁用杏 花期 转录组分析 数字基因表达谱 开花途径
在线阅读 免费下载
糖化低密度脂蛋白对人脐静脉内皮细胞影响的数字基因表达谱分析
15
作者 张冰雨 曾瑞翔 雷涛 《中华内分泌代谢杂志》 CAS CSCD 北大核心 2016年第11期940-945,共6页
目的:从基因水平探讨糖化低密度脂蛋白( LDL )对血管内皮细胞的作用。方法用20 mmol/L葡萄糖将2 mg/ml LDL在37℃无菌抗氧化条件下孵育4周完成糖化,然后用完全培养基及0.1 mmol/L糖化LDL(gly-LDL)处理人脐静脉内皮细胞(HUVECs)24... 目的:从基因水平探讨糖化低密度脂蛋白( LDL )对血管内皮细胞的作用。方法用20 mmol/L葡萄糖将2 mg/ml LDL在37℃无菌抗氧化条件下孵育4周完成糖化,然后用完全培养基及0.1 mmol/L糖化LDL(gly-LDL)处理人脐静脉内皮细胞(HUVECs)24 h,设普通LDL(n-LDL)组和空白对照组,提取总RNA,进行数字表达谱分析( DGE),并选取部分基因进行实时定量PCR( q-PCR)验证。结果对照组( C)与普通LDL组( N)相比有2287个差异基因;C与糖化LDL组( G)相比有4721个差异基因;N与G相比有442个差异基因;在C与G之间及N与G之间均存在显著性差异,有327个基因在C与G、N和G组间存在显著差异。包括221个下调差异基因和106个上调差异基因。 KEGG富集分析显示C与G的差异基因可映射到199条信号通路中,其中显著性富集(P〈0.05)的有71条,C与N的差异基因可映射到193条信号通路中,显著性富集的有70条,N与G的差异基因可映射到148条信号通路中,显著性富集的有41条。 q-PCR结果与DGE结果相符。结论 Gly-LDL可能影响血管内皮细胞的迁移,同时也影响炎症相关因子的表达,另外gly-LDL可能与糖尿病并发肿瘤相关。 展开更多
关键词 糖尿病 血管病变 糖化低密度脂蛋白 人脐静脉内皮细胞 数字基因表达谱
公鸡弱精症相关候选基因的表达分析 预览 被引量:3
16
作者 富丽 孙研研 +5 位作者 薛夫光 刘冉冉 白皓 常国斌 陈国宏 陈继兰 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期889-895,共7页
为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北... 为了探究公鸡弱精症的发病机理,本研究对前期应用数字基因表达谱技术(Digital gene expression,DGE)及生物信息学分析得到的与公鸡弱精症相关的6个候选基因(COX7B、PTGDS、hPGDS、SPAG6、WNT2、CCNF)进行表达分析。选取300只42周龄的北京油鸡公鸡,进行为期4周的精液品质检测,从中筛出弱精及正常个体各15只。采用RT-qPCR对这6个候选基因在两组个体的睾丸组织的表达量进行相对定量检测。结果发现,COX7B、PTGDS在弱精组个体睾丸的表达量显著高于正常个体(P<0.01),WNT2、hPGDS、CCNF在弱精组个体的表达量显著低于正常个体(P<0.05),SPAG6在两组睾丸中的表达量没有显著差异,该结果与DGE的结果相吻合。通过DGE筛选出与弱精症相关的6个候选基因的表达模式在本研究的群体中得到进一步验证,可作为公鸡弱精症的重要候选基因,进一步进行功能分析与验证,为揭示公鸡弱精症的发病机理提供依据。 展开更多
关键词 弱精症 候选基因 睾丸 数字基因表达谱 实时荧光定量PCR
在线阅读 免费下载
基于高通量测序的数字基因表达谱技术研究进展 被引量:1
17
作者 张渝 刘玉洁 +2 位作者 郭丹妮 李惠敏 秦新民 《北方园艺》 CAS 北大核心 2015年第10期170-176,共7页
数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)是一种全面、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下基因表达情况的高通量测序技术。通过对基因表达谱的生物信息学搜索、比较和分析,可从中获取基因转录、基因调控、信号转... 数字基因表达谱(digital gene expression profiling,DGE)是一种全面、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下基因表达情况的高通量测序技术。通过对基因表达谱的生物信息学搜索、比较和分析,可从中获取基因转录、基因调控、信号转导通路、蛋白质功能等相关信息。该研究主要介绍了数字基因表达谱的原理以及在生物学和医学研究等方面的应用。 展开更多
关键词 数字基因表达谱 高通量测序技术 差异表达基因
仁用杏花芽3个发育时期数字基因表达谱分析 被引量:3
18
作者 宋猜 乌云塔娜 +2 位作者 李慧 许靖诗 刘汝卿 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第8期1559-1568,共10页
以仁用杏‘优一’为试材,运用转录组、数字基因表达谱技术,研究了仁用杏花芽萌动期前后相关基因的表达规律。结果发现,仁用杏花芽在花芽萌动期前后进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动,且4个开花调控途径(光周期途径、春化途径、自主... 以仁用杏‘优一’为试材,运用转录组、数字基因表达谱技术,研究了仁用杏花芽萌动期前后相关基因的表达规律。结果发现,仁用杏花芽在花芽萌动期前后进行着各种旺盛的生物合成和代谢活动,且4个开花调控途径(光周期途径、春化途径、自主途径、GA调控途径)均已启动,光周期途径在花芽萌动时发挥重要作用,涉及到了74条基因,其中有38条差异基因上调表达,29条下调表达;GA途径在花芽萌动期对花芽的生长发育调控表现为抑制作用,涉及到了60条基因,其中有13条差异基因上调,9条差异基因下调;其他两条途径于花芽萌动前作用,其中春化途径涉及到了23个基因,其中有4条差异基因上调,15条差异基因下调;自主途径涉及到了24条基因,其中有3条差异基因上调,11条差异基因下调。本研究通过数字基因表达谱分析,初步了解仁用杏花芽萌动前后的网络途径,为后期对仁用杏花芽相关开花基因的研究、探明仁用杏早花的分子机理及通过分子育种方法培育仁用杏晚花品种提供坚实的理论依据。 展开更多
关键词 仁用杏 花芽 转录组 数字基因表达谱 成花调控途径
利用数字基因表达谱对鸡卵泡发育相关基因的筛选 预览 被引量:1
19
作者 朱桂玉 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2014年第10期117-122,共6页
为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的... 为筛选禽类卵泡募集、等级化维持及排卵过程中的关键基因,通过数字基因表达谱检测鸡卵巢内等级前小白卵泡(SWF)和发育到最大期的等级卵泡(F1)中的差异表达基因。结果显示,随着卵泡的成熟,显著上调表达的基因有784个,显著下调的基因有1526个。基因表达差异倍数达到5倍以上的上调基因包括 PTGS1、TEK、VEGF A 、MMP 3、CDK1等;下调基因包括β cate-nin 、ZO 1、Nectin 3、PTPX15、Gadd45等。对差异表达基因进行基因本体(GO)生物学分析和信号通路显著富集分析发现,差异表达的基因所编码的蛋白主要参与生物学催化反应、分子连接、转移酶活性、水解等生物学过程;主要与细胞黏合通路、p53信号通路、蛋白合成通路及细胞周期通路等信号通路有关。对卵泡发育过程中的基质金属蛋白酶家族(MMPs)的 MMP 3与 MMP 9基因表达变化进行测定发现,MMP 3基因表达量在卵泡发育过程中显著升高,排卵后的卵泡中显著下降;MMP 9基因表达量则持续显著升高,在排卵后第2天的卵泡中下降,但下降不明显。 展开更多
关键词 卵泡 数字基因表达谱 差异表达基因 基质金属蛋白酶
在线阅读 下载PDF
甘薯LEA2基因的克隆与表达分析 被引量:4
20
作者 陈娇 姜玉松 +1 位作者 张义正 谭雪梅 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期204-210,共7页
胚胎发育晚期丰富蛋白(Late embryogenesis abundant,LEA)是植物在逆境胁迫下产生的一种应激蛋白质,具有较高的亲水性和热稳定性,与植物抗逆功能密切相关,研究LEA家族基因对于甘薯抗逆性分子育种具有重要意义.通过对甘薯(徐薯1... 胚胎发育晚期丰富蛋白(Late embryogenesis abundant,LEA)是植物在逆境胁迫下产生的一种应激蛋白质,具有较高的亲水性和热稳定性,与植物抗逆功能密切相关,研究LEA家族基因对于甘薯抗逆性分子育种具有重要意义.通过对甘薯(徐薯18)转录组数据库搜寻时发现编码LEA2的转录本,随后对该转录本进行了克隆和测序分析,利用数字表达谱(Digital Gene Expression Profiling,DGE)和半定量RT-PCR分析了Ib-LEA2在不同组织和不同发育阶段的表达图谱.为进一步了解Ib—LEA2在生物体响应盐胁迫中的作用,将Ib-LEA2连接原核表达载体pET-32a,用大肠杆菌BL21(DE3)菌株进行盐胁迫的耐受分析.结果显示:Ib—LEA2完整的开放阅读框(ORF)长度为942bp,编码313个氨尽酸残基.进一步研究发现,在甘薯组织内同时存在3个高度同源的L翻2基因型(核苷酸序列〉99%),分别命名为Ib-LEA2a、Ib-LEA2b和Ib-LEA2c.数字表达谱和半定量RT-PCR的结果显示Ib—LEA2在不同组织和发育阶段具有不同的表达图谱,在茎中的表达量远远高于叶和根.大肠杆菌BL21(DE3)菌株盐胁迫的结果显示.较之对照菌株,表达Ib—LEA2的菌株能够更好地耐受高浓度的NaCl.研究表明,Ib-LEA2对盐胁迫有一定的响应能力,能够保护细胞免受高盐的毒害.图6表2参25 展开更多
关键词 甘薯 LEA2 基因克隆 数字表达谱 盐胁迫
上一页 1 2 下一页 到第
使用帮助 返回顶部 意见反馈