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Comparative proteomes change and possible role in different pathways of micro RNA-21a-5p in a mouse model of spinal cord injury 预览
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作者 Almaghalsa-Ziad Mohammed Hong-Xia Du +3 位作者 Hong-Liang Song Wei-Ming Gong Bin Ning Tang-Hong Jia 《中国神经再生研究:英文版》 SCIE CAS CSCD 2020年第6期1102-1110,共9页
Our previous study found that microRNA-21 a-5 p(miR-21 a-5 p)knockdown could improve the recovery of motor function after spinal cord injury in a mouse model,but the precise molecular mechanism remains poorly understo... Our previous study found that microRNA-21 a-5 p(miR-21 a-5 p)knockdown could improve the recovery of motor function after spinal cord injury in a mouse model,but the precise molecular mechanism remains poorly understood.In this study,a modified Allen's weight drop was used to establish a mouse model of spinal cord injury.A proteomics approach was used to understand the role of differential protein expression with miR-21 a-5 p knockdown,using a mouse model of spinal cord injury without gene knockout as a negative control group.We found that after introducing miR-21 a-5 p knockdown,proteins that played an essential role in the regulation of inflammatory processes,cell protection against oxidative stress,cell redox homeostasis,and cell maintenance were upregulated compared with the negative control group.Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway enrichment analysis identified enriched pathways in both groups,such as the oxidative phosphorylation pathway,which is relevant to Parkinson's disease,Huntington's disease,Alzheimer's disease,and cardiac muscle contraction.We also found that miR-21 a-5 p could be a potential biomarker for amyotrophic lateral sclerosis,as miR-21 a-5 p becomes deregulated in this pathway.These results indicate successful detection of some important proteins that play potential roles in spinal cord injury.Elucidating the relationship between these proteins and the recovery of spinal cord injury will provide a reference for future research of spinal cord injury biomarkers.All experimental procedures and protocols were approved by the Experimental Animal Ethics Committee of Shandong University of China on March 5,2014. 展开更多
关键词 BIOINFORMATICS biomarker inflammation micro RNA MITOCHONDRIA MOUSE pathway analysis PROTEOMICS spinal cord injury STATHMIN
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miR-150-5p抑制TLR-5/NF-κB p65信号通路对大脑中动脉阻塞 模型大鼠的神经保护效应 预览
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作者 谢媛媛 张延军 张晓曼 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第2期223-229,共7页
背景:缺血性脑梗死的病变组织中发生炎症反应,且miR-150-5p表达明显下降,miR-150-5p是否经Toll样受体5/核因子κB途径抑制炎症因子释放并减轻缺血性脑梗死组织损伤尚不清楚。目的:探讨微小RNA-150-5p(miR-150-5p)在大鼠缺血性脑梗死中... 背景:缺血性脑梗死的病变组织中发生炎症反应,且miR-150-5p表达明显下降,miR-150-5p是否经Toll样受体5/核因子κB途径抑制炎症因子释放并减轻缺血性脑梗死组织损伤尚不清楚。目的:探讨微小RNA-150-5p(miR-150-5p)在大鼠缺血性脑梗死中的作用及初步机制。方法:①构建大脑中动脉阻塞模型大鼠,建模后将大鼠分为5组:对照组、miR-150-5p agomir组、agomir control、miR-150-5p antagomir组和antagomir control组;②对照组大鼠给予生理盐水脑室注射,后4组大鼠脑室分别给予miR150-5p agomir(miR150-5p激动剂)、agomir阴性对照、miR150-5p antagomir(miR150-5p抑制剂)和antagomir阴性对照;③干预7 d后进行神经功能缺损程度(mNNS)评分,磁共振检测法测量脑梗死体积,苏木精-伊红染色观察脑组织病理学变化,qRT-qPCR法、ELISA法和免疫印迹法检测分别检测脑组织中miR-150-5p、白细胞介素6、肿瘤坏死因子α、Toll样受体5和核因子κB p65表达情况,通过检索生物信息学网站Targetscan预测miR-150-5p与Toll样受体5的结合位点,荧光素酶试验验证二者的靶向关系。结果与结论:①与对照组比较,miR-150-5p agomir组大鼠神经功能损伤评分、脑组织中白细胞介素6、肿瘤坏死因子α水平及Toll样受体5、核因子κB p65蛋白表达明显降低(P<0.05);miR-150-5p antagomir组生理评分及生化指标均明显升高(P<0.05);②苏木精-伊红染色显示,对照组神经细胞排列紊乱、轮廓模糊不清,神经细胞明显变性坏死;上述病理变化在miR-150-5p agomir组明显减轻,而在miR-150-5p antagomir组中明显加重。而agomir control组和antagomir control组与对照组各指标比较差异均无显著差异(P>0.05);③TargerScan网站预测结果和荧光素酶报告基因分析显示,miR-150-5p与Toll样受体5存在靶向结合位点;④结果证实,miR-150-5p可抑制缺血所致脑损伤过程中Toll样受体5/核因子κB p65炎性信号通路,降低炎性反应,从而减轻 展开更多
关键词 miR-150-5p Toll样受体5/核因子κB p65通路 炎症 缺血性脑梗死 神经功能 脑梗死体积 生物信息学 组织工程
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Bioinformatics a Tool for Biosystematics Studies of <i>Lagenaria siceraria</i>(Mol.) Standl. Complex 预览
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作者 Fortune O. Awala Benjamin C. Ndukwu Ikechukwu O. Agbagwa 《美国植物学期刊(英文)》 2019年第10期1729-1748,共20页
Bioinformatics has been a major tool in the revolution of plant systematics in recent times. The diversity of fruit shapes in Lagenaria siceraria (Mol.) standl. species has been of great concern because of its fruit c... Bioinformatics has been a major tool in the revolution of plant systematics in recent times. The diversity of fruit shapes in Lagenaria siceraria (Mol.) standl. species has been of great concern because of its fruit complexity. This study is based on the application of rubisco enzyme using rbcL marker because of its conservativeness and its ability to discriminate below the specific level hence its usage to sequence the chloroplast genome with ABI, PRISM 377 DNA sequencer. The sequences obtained were viewed using MEGA X software and subsequently subjected to validation through National Center for Biotechnology Information (NCBI) using Nucleotide Basic Local Alignment Search Tool (BLAST N). The result obtained showed that all the sequences belong to Lagenaria siceraria (Mol.) standl. with percentages ranging from 95% to 100% for query cover sequences and 98% to 100% for identity sequences. From the taxonomic report obtained sequence A, C, G, H, J, Q has the highest hits of 44 on Lagenaria siceraria out of 109 total value, sequence O and R has the highest hits of 44 on Lagenaria siceraria out of the total value of 111, sequence V has the highest hits of 44 on Lagenaria siceraria out of 119 total value and sequence X finally has the highest value hits of 44 on Lagenaria sceriania out of 105 total value, based on this report, phylogenetic tree was constructed to show the level of relatedness of the different fruit diversity of L. siceraria complex. This work therefore has aided in the molecular characterization of Lagenaria siceraria (Mol.) standl. landraces found in Nigeria. 展开更多
关键词 BIOINFORMATICS BIOSYSTEMATICS Phylogenetic Diversity Lagenaria siceraria (Mol.) Standl. COMPLEX
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BioAnalyzer: Bioinformatic Software of Routinely Used Tools for Analysis of Genomic Data 预览
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作者 Peter Tharwat Habib Alsamman Mahmoud Alsamman Aladdin Hamwieh 《生命科学与技术进展(英文)》 2019年第3期33-41,共9页
The massive extension in biological data induced a need for user-friendly bioinformatics tools could be used for routine biological data manipulation. Bioanalyzer is a simple analytical software implements a variety o... The massive extension in biological data induced a need for user-friendly bioinformatics tools could be used for routine biological data manipulation. Bioanalyzer is a simple analytical software implements a variety of tools to perform common data analysis on different biological data types and databases. Bioanalyzer provides general aspects of data analysis such as handling nucleotide data, fetching different data formats information, NGS quality control, data visualization, performing multiple sequence alignment and sequence BLAST. These tools accept common biological data formats and produce human-readable output files could be stored on local computer machines. Bioanalyzer has a user-friendly graphical user interface to simplify massive biological data analysis and consume less memory and processing power. Bioanalyzer source code was written through Python programming language which provides less memory usage and initial startup time. Bioanalyzer is a free and open source software, where its code could be modified, extended or integrated in different bioinformatics pipelines. Bioinformatics Produce huge data in FASTA and Genbank format which can be used to produce a lot of annotation information which can be done with Python programming language that open the door form bioinformatics tool due to their elasticity in data analysis and simplicity which inspire us to develop new multiple tool software able to manipulate FASTA and Genbank files. The goal Develop new software uses Genomic data files to produce annotated data. Software was written using python programming language and biopython packages. 展开更多
关键词 Biopython BIOINFORMATICS FASTA GENBANK Multiple Sequence Alignment BLAST NCBI Data Visualization
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血浆hsa-miR-19a-3p与急性冠脉综合征相关性研究及其生物信息学分析 预览
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作者 黄浩 陈文江 +4 位作者 陈国柱 秦芳 刘长召 王玲 华晓芳 《局解手术学杂志》 2019年第4期267-274,共8页
目的分析hsa-miR-19a-3p与急性冠状动脉综合征(ACS)的相关性,并探讨其可能机制。方法选择2014年3月至2015年9月湖北省恩施土家族苗族自治州中心医院心血管病中心收治的118例冠心病患者作为研究对象,并按照冠心病分类分为STEMI组(34例)、... 目的分析hsa-miR-19a-3p与急性冠状动脉综合征(ACS)的相关性,并探讨其可能机制。方法选择2014年3月至2015年9月湖北省恩施土家族苗族自治州中心医院心血管病中心收治的118例冠心病患者作为研究对象,并按照冠心病分类分为STEMI组(34例)、NSTEMI组(25例)、UAP组(22例)和SCAD组(37例),采用实时荧光定量PCR检测血浆hsa-miR-19a-3p的表达,采用生物信息学分析其可能靶基因、生物信息学功能和可能结合非编码RNA(如miRNA、lncRNA、circRNA等);采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)的表达。结果STEMI组和NSTEMI组血浆hsa-miR-19a-3p水平较UAP组和SCAD组明显升高,差异具有统计学意义(P<0.05);hsa-miR-19a-3p的靶基因可能为LRP2,其生物信息功能主要与脂蛋白生物合成过程、脂肪因子信号通路、白介素信号通路、血小板源生长因子信号通路、缺氧诱导因子激活缺氧反应、血管生成、丝/苏氨酸激酶信号通路、丝裂素活化蛋白激酶信号通路、转化生长因子β信号通路和趋化因子信号通路等有关;hsa-miR-557、hsa-miR-507、RP11-70C1.1、CTD-2147F2.2、C9orf106、C1orf198_hsa-circRNA8985、FGFR3_hsa-circRNA5885、CAMK2N1_hsa-circRNA8340、TGFBR3_hsa-circRNA859和BCL3_hsa-circRNA4124等可能为其“海绵”;血浆LRP2水平,STEMI组(1511±212.9)ng/mL、NSTEMI组(1436±400.0)ng/mL和UAP组(587.5±176.0)ng/mL较SCAD组(367.4±47.69)ng/mL明显升高,差异具有统计学意义(P<0.05);血浆hsa-miR-19a-3p与LRP2 Pearson相关系数为0.4881(95%CI:0.3125~0.6314,P=0.0004)。结论hsa-miR-19a-3p与ACS密切相关,通过调控hsa-miR-19a-3p的靶基因LRP2而导致ACS的发生,可能与脂质代谢密切相关。 展开更多
关键词 hsa-miR-19a-3p 急性冠状动脉综合征 低密度脂蛋白受体相关蛋白2 脂质代谢 生物信息学
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基于生物信息学分析丝甘蛋白聚糖对卵巢癌耐药性的影响及作用机制 预览
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作者 许丁文 熊彦 +2 位作者 严慧深 雒森 姚伟娟 《中国药房》 CAS 北大核心 2019年第1期40-45,共6页
目的:研究丝甘蛋白聚糖(SRGN)对卵巢癌耐药性的影响及作用机制。方法:采用基因表达谱交互分析工具(GEPIA)提取卵巢癌相关数据集并分析SRGN mRNA在人类正常卵巢组织与卵巢癌组织的表达差异;基于基因表达数据库(GEO)获取SRGN mRNA在顺铂... 目的:研究丝甘蛋白聚糖(SRGN)对卵巢癌耐药性的影响及作用机制。方法:采用基因表达谱交互分析工具(GEPIA)提取卵巢癌相关数据集并分析SRGN mRNA在人类正常卵巢组织与卵巢癌组织的表达差异;基于基因表达数据库(GEO)获取SRGN mRNA在顺铂敏感性与顺铂耐药性卵巢癌细胞株(A2780)中的表达差异;采用STRING在线数据库筛选SRGN的互作蛋白(置信度为0.900,联结数为10),然后通过生物学信息注释数据库(DAVID)进行京都基因和基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析,预测SRGN调节卵巢癌耐药性的潜在通路;采用医学本体信息检索平台COREMINE挖掘SRGN、卵巢癌、耐药性三者显著关联的生物过程。结果:SRGN mRNA在卵巢癌组织中的表达显著高于正常卵巢组织(P<0.05),在顺铂耐药性卵巢癌细胞株中表达显著高于顺铂敏感性卵巢癌细胞株(P<0.001)。筛选出10个与SRGN互作的蛋白,包括白蛋白、转化生长因子β1、血小板因子4、血纤维蛋白溶酶原、血管内皮生长因子A等;SRGN参与调节卵巢癌耐药性的KEGG代谢通路有缺氧诱导因子1α信号通路、细胞因子-细胞因子受体通路、凝血与补体级联反应信号通路等,生物过程有基因表达、细胞生长、凋亡过程、细胞死亡。结论:SRGN介导卵巢癌耐药可能与缺氧诱导因子1α信号通路、细胞因子-细胞因子受体通路等有关。 展开更多
关键词 丝甘蛋白聚糖 卵巢癌 耐药性 KEGG代谢通路 生物信息学
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小麦TaSABP2基因的克隆及表达分析 预览
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作者 李梦达 左宁 +3 位作者 杜红旭 靳海洋 贺德先 牛洪斌 《麦类作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期140-147,共8页
为挖掘小麦抗逆基因,进一步解析小麦抗逆机制,采用电子克隆结合RT-PCR的方法,从小麦叶片中分离出TaSABP2基因;利用生物信息学手段分析其序列特征;运用实时荧光定量反转录PCR(qRT-PCR)技术检测其在不同条件下的表达情况。结果表明,小麦Ta... 为挖掘小麦抗逆基因,进一步解析小麦抗逆机制,采用电子克隆结合RT-PCR的方法,从小麦叶片中分离出TaSABP2基因;利用生物信息学手段分析其序列特征;运用实时荧光定量反转录PCR(qRT-PCR)技术检测其在不同条件下的表达情况。结果表明,小麦TaSABP2基因的cDNA全长为878bp,包含一个长度为807bp的开放阅读框,编码268个氨基酸。TaSABP2基因的编码蛋白包含Abhydrolase及PLN02211两个结构域及一个酶活性中心(VVLVGHSLGG),属于Abhydrolase超家族的成员。其蛋白二级结构由四种形式构成,包括40.3%的α-螺旋、16.42%的延伸链、4.48%的β转角、38.81%的无规则卷曲。通过与其他植物的氨基酸序列进行多重序列比对,发现功能区域的氨基酸序列较为保守。qRT-PCR结果表明,TaSABP2基因的表达具有较强的组织特异性,植物激素ABA和BR处理及干旱和盐胁迫处理,均能诱导该基因的表达量迅速增加。以上结果表明,TaSABP2基因在小麦抵抗逆境胁迫过程中起到一定作用。 展开更多
关键词 小麦 TaSABP2 基因 基因克隆 生物信息学 表达分析
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谷子HSF转录因子基因鉴定与生物信息学分析 预览
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作者 李雪垠 武懿茂 +2 位作者 张凤洁 韩渊怀 王兴春 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第4期1-8,共8页
[目的]谷子是我国北方重要杂粮作物之一,具有丰富营养和药用价值。谷子耐旱、耐贫瘠,生长周期内经常会面临干热风等不良自然环境。热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF)是植物一类重要转录因子,通过和热激反应相关基因... [目的]谷子是我国北方重要杂粮作物之一,具有丰富营养和药用价值。谷子耐旱、耐贫瘠,生长周期内经常会面临干热风等不良自然环境。热激转录因子(heat shock transcription factor, HSF)是植物一类重要转录因子,通过和热激反应相关基因启动子顺式作用元件结合,精确调控下游基因时空表达,调节植物热激应答。本研究旨在鉴定并分析谷子热激转录因子家族基因。[方法]采用生物信息学方法,在全基因组水平上鉴定谷子HSF转录因子家族成员,并进行系统发育、基因结构、蛋白质模体、启动子顺式作用元件和基因表达分析。[结果]谷子HSF转录因子家族共有27个基因;亲缘关系较近的谷子 HSF 基因的基因结构和蛋白质氨基酸序列也较为相似;谷子绝大多数 HSF 基因只含有2个外显子,绝大多数内含子的相位是0;谷子所有 HSF 基因都含有motif1、motif2和motif3,这3个motif在谷子HSF蛋白质序列最为保守;SiHSF20 等基因启动子区域都含有ABRE、MBS、TC-rich repeats等逆境胁迫响应元件;SiHSF1 、 SiHSF2 和 SiHSF3 基因在干旱处理根组织中表达量都较高,说明这3个基因与干旱诱导表达相关。[结论] SiHSF1 、 SiHSF2 、 SiHSF3 和 SiHSF20 基因可能参与调控谷子热激应答反应。谷子 HSF 基因家族分析有助于进一步鉴定热激应答相关基因,为挖掘抗逆基因资源提供理论依据。 展开更多
关键词 谷子 热激 转录因子 HSF 基因 生物信息学
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拟南芥子叶与真叶差异基因的生物信息分析
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作者 陈健 侯昕 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期3894-3901,共8页
为研究拟南芥子叶与真叶的发育过程,本研究以模式植物拟南芥为研究材料,通过二代测序、富集分析等生物信息学的方法探索子叶与真叶基因表达的不同。在拟南芥真叶相较于子叶的差异基因分析中,共得到了 673个差异基因,其中上调的基因有570... 为研究拟南芥子叶与真叶的发育过程,本研究以模式植物拟南芥为研究材料,通过二代测序、富集分析等生物信息学的方法探索子叶与真叶基因表达的不同。在拟南芥真叶相较于子叶的差异基因分析中,共得到了 673个差异基因,其中上调的基因有570个,下调的基因有103个。进一步富集分析表明,拟南芥的真叶与子叶相比,真叶在光合作用以及细胞结构方面有大量差异基因富集,子叶则在糖原代谢以及一些次级代谢通路有大量差异基因富集。本研究结果为研究子叶特有的代谢通路提供了一定的理论基础。 展开更多
关键词 拟南芥 mRNA 生物信息
基于生物信息学方法预测野葛中的miRNA及其靶基因 预览
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作者 姚怡玮 徐静 +4 位作者 杨萌 李燕呢 何美军 郭坤元 吴斌 《中国现代中药》 CAS 2019年第4期429-437,共9页
目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs(miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块“psRobo... 目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs(miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块“psRobot-mir”将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测。结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100%。基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白。结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 野葛 生物信息学 MICRORNA 靶基因
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大豆HMGR基因家族的鉴定与表达分析 预览
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作者 刁秀楠 斛如媛 +5 位作者 高春艳 张永坡 王敏 杜维俊 赵晋忠 岳爱琴 《山西农业大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第4期9-16,共8页
[目的]3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是大豆皂苷合成途径的关键酶之一。从全基因组水平鉴定大豆 HMGR 基因家族并进行生物信息学和表达模式分析,为研究和利用大豆 HMGR 基因家族生物学功能奠定基础。[方法]根据Pfam数据库中 HM... [目的]3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)是大豆皂苷合成途径的关键酶之一。从全基因组水平鉴定大豆 HMGR 基因家族并进行生物信息学和表达模式分析,为研究和利用大豆 HMGR 基因家族生物学功能奠定基础。[方法]根据Pfam数据库中 HMGR 基因的保守结构域(编号PF00368),利用HMMER3.0、PFAM和SMART软件鉴定大豆基因组中的 HMGR 基因。采用ProtParam等软件对其基因和蛋白序列进行生物信息学分析。利用qRT-PCR方法分析 GmHMGR 基因在苗期根、茎、叶等不同组织中和籽粒不同发育时期的表达情况。[结果]大豆基因组中鉴定得到8个 GmHMGR 基因,分布于8条染色体上,编码80~608个氨基酸,相对分子质量介于8.23~64.96 kD,理论等电点变化为4.89~8.24,二级结构中α螺旋和无规则卷曲所占比重较大,具有保守的基因结构和蛋白功能域。qRT-PCR分析表明,相比于其它 GmHMGR 基因, GmHMGR6 在苗期根、茎、叶中高度表达,籽粒发育过程中 GmHMGR3 基因在开花后40 d表达水平最高,开花后70 d大豆的成熟籽粒中 GmHMGR6 的表达丰度最高。[结论]大豆基因组中含有8个 HMGR 基因,具有保守的功能结构域和基因结构。 GmHMGR 基因家族在苗期根、茎、叶及不同发育时期籽粒中具有多样化的组织表达模式和时空表达特征。 展开更多
关键词 大豆 HMGR基因家族 生物信息学 表达分析
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甘蓝型油菜AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因的鉴定及功能性研究 预览
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作者 姚珺玥 华营鹏 +4 位作者 周婷 王涛 宋海星 官春云 张振华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1146-1157,共12页
液泡是调控植物细胞分化、生长发育的重要部位,AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因调控植物液泡内外离子平衡、离子运输以及能量供应。本研究利用功能已知的拟南芥AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因为参考序列在甘蓝型油菜全基因组数据库、NCBI植物基因... 液泡是调控植物细胞分化、生长发育的重要部位,AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因调控植物液泡内外离子平衡、离子运输以及能量供应。本研究利用功能已知的拟南芥AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因为参考序列在甘蓝型油菜全基因组数据库、NCBI植物基因组注释数据库等鉴定并筛选出9个BnaAVP1、3个BnaVHA-a2和4个BnaVHA-a3,并分析基因拷贝数变异、分子特征、跨膜结构域、保守基序、染色体定位、系统进化树构建、蛋白二级结构及三维结构预测、高通量转录组测序等。发现甘蓝型油菜BnaAVP1和BnaVHA-a3的基因数量明显多于甘蓝和白菜;甘蓝型油菜AVP1、VHA-a2和VHA-a3蛋白属于由酸性氨基酸组成的稳定蛋白;系统进化选择能力的分析表明,甘蓝型油菜AVP1、VHA-a2和VHA-a3家族基因与甘蓝、白菜关系相近。转录组测序表明,低氮处理后,BnaAVP1s基因主要在地上部表达,且低氮3h后地上部表达下调,低氮处理72h根中表达量上调;BnaVHA-a2s和BnaVHA-a3s基因在地上部和根中均有表达,BnaVHA-a2s在低氮处理72h后表达量基本呈上调趋势,BnaVHA-a3s在低氮3h后基本呈下调趋势。低磷处理后,BnaAVP1s根中大部分基因表达上调,地上部表达基本无差异;BnaVHA-a2s表达基本无差异;BnaVHA-a3s地上部和根中均基本为上调趋势。该结果为进一步研究甘蓝型油菜AVP1、VHA-a2和VHA-a3基因生物学功能及AVP1、VHA-a2和VHA-a3蛋白水解ATP提供能量供植物代谢的分子机制奠定基础,为已知大量数据的其他物种家族基因生物信息学研究提供参考。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 AVP基因 VHA基因 生物信息学
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miR-194-5p在微流控芯片筛选的肺癌间质表型亚系的作用
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作者 王洁 于敏 方瑾 《解剖科学进展》 2019年第4期442-445,449共5页
目的分析肺癌间质表型亚系A3细胞中上皮间质转化(EMT)相关的miR-194-5p鉴定、分析及其靶基因功能富集的生物学过程和信号通路。方法使用微流控芯片筛选母系肺癌A549细胞获得间质表型亚系A3细胞,利用miRCURYTM芯片筛选差异性表达的miRNA... 目的分析肺癌间质表型亚系A3细胞中上皮间质转化(EMT)相关的miR-194-5p鉴定、分析及其靶基因功能富集的生物学过程和信号通路。方法使用微流控芯片筛选母系肺癌A549细胞获得间质表型亚系A3细胞,利用miRCURYTM芯片筛选差异性表达的miRNA。利用MTT、Transwell实验检测miR-194-5p对亚系细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响。应用Miranda、MiRBase、TargetScan数据库和DAVID在线软件对miR-194-5p进行靶基因预测及相关信号通路、生物学功能富集分析。结果成功筛选获得具有间质表型亚系A3细胞,与母系A549细胞相比,在A3亚系中miR-194-5p的表达水平显著下调,转染miR-194-5pmimics后细胞迁移和侵袭能力发生显著降低但增殖未受影响;转染miR-194-5pinhibitor后细胞的迁移和侵袭能力增强。miR-194-5p的48个靶基因主要在蛋白质结合等生物学过程中起作用,信号通路显著富集于TGF-β等EMT相关信号转导通路。结论从微流控芯片获得的间质表型细胞亚系成功筛选EMT相关miRNA,其中miR-194-5p抑制肺癌EMT进程,是潜在的治疗靶点。 展开更多
关键词 上皮间质转化 肺癌间质表型亚系 生物信息学 miR-194 微流控芯片
生物信息学实验教学中的网络资源及其利用 预览
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作者 张渝洁 邢晋祎 《安徽农业科学》 CAS 2019年第11期276-278,共3页
生物信息学是一门新兴的交叉学科,生物信息学实验在生物信息学教学中占有重要地位。总结了生物信息学实验教学中网络资源的使用和检索方法,并将其在生物信息学实验教学中进行了应用,取得了良好的教学效果,为培养创新应用型人才奠定了基础。
关键词 生物信息学 实验教学 网络资源
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二氧化硫胁迫下拟南芥miRNA表达谱分析
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作者 李利红 仪慧兰 《环境科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期2392-2397,共6页
以拟南芥为材料,利用高通量测序技术并结合生物信息学分析方法,检测二氧化硫(SO2)处理后拟南芥植株的小分子RNA表达谱,筛选SO2胁迫响应microRNAs(miRNAs)分子,研究植物miRNAs对逆境胁迫的应答机制.结果发现,30 mg·m^-3 SO2处理72 h... 以拟南芥为材料,利用高通量测序技术并结合生物信息学分析方法,检测二氧化硫(SO2)处理后拟南芥植株的小分子RNA表达谱,筛选SO2胁迫响应microRNAs(miRNAs)分子,研究植物miRNAs对逆境胁迫的应答机制.结果发现,30 mg·m^-3 SO2处理72 h后,拟南芥地上组织小分子RNA长度分布发生改变,在对照组和SO2组中均有大量特有的小分子RNA序列,说明SO2胁迫可诱导拟南芥小分子RNA的表达改变.SO2胁迫诱导186个保守miRNA和16个新miRNA分子差异表达,其靶基因主要涉及转录调控、信号转导、代谢、刺激响应等生理过程.差异表达的miR160和miR393可通过生长素信号途径调控植株生长发育,参与植物对SO2的胁迫响应.本研究揭示了植物中参与SO2胁迫应答的miRNA种类及作用机制,进一步阐明了miRNAs在植物抗逆应答过程中的作用. 展开更多
关键词 拟南芥 SO2 MIRNA 高通量测序 生物信息学
苹果MdLsi1基因的克隆及生物信息学分析
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作者 刘海莉 杨蕾蕾 +1 位作者 辛苗苗 刘晶莹 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第9期27-33,共7页
以"秦冠"苹果叶片为试材,采用RT-PCR技术,克隆了苹果硅转运蛋白基因MdLsi1,并应用生物信息学分析其特征,以期为进一步深入研究硅促进苹果植株生长的分子机制提供参考依据。结果表明:MdLsi1基因全长873 bp,编码290个氨基酸,相... 以"秦冠"苹果叶片为试材,采用RT-PCR技术,克隆了苹果硅转运蛋白基因MdLsi1,并应用生物信息学分析其特征,以期为进一步深入研究硅促进苹果植株生长的分子机制提供参考依据。结果表明:MdLsi1基因全长873 bp,编码290个氨基酸,相对分子量为30.456 kDa。MdLsi1蛋白包含已知硅转运蛋白所具有的特征结构,6个跨膜结构域,2个天冬氨酸-脯氨酸-丙氨酸序列(Asn-Pro-Ala,NPA模体),1个由甘氨酸-丝氨酸-甘氨酸-精氨酸(GRGS)组成的ar/R选择性过滤器,并且2个NPA模体之间间隔108个氨基酸。MdLsi1基因起始编码位点前1 500 bp序列中除了包含有基本的基因启动子元件外,还含有与多种逆境胁迫相关的顺式调控元件。以上结果提示MdLsi1在苹果植株硅的积累及植株抵御逆境胁迫中发挥重要功能。 展开更多
关键词 苹果 硅转运蛋白基因 启动子 生物信息学
基于生物信息学分析筛选骨关节炎差异表达基因 预览
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作者 何熠 熊海风 +3 位作者 李毅成 方德鹏 余雪 杨渊 《广西医学》 CAS 2019年第18期2321-2325,共5页
目的基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数... 目的基于生物信息学分析筛选骨关节炎相关的差异表达基因(DEGs),并分析其生物学功能。方法从GEO数据库下载微阵列数据集GSE1919,其包括5个骨关节炎样品和5个匹配的对照样品。利用R语言的Limma工具包进行数据分析,筛选DEGs。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体富集分析,利用京都基因与基因组百科全书数据库对上调DEGs进行信号通路分析。基于STRING数据库的信息识别蛋白质-蛋白质互相作用(PPI),使用Cytoscape软件3.4.0进行PPI网络构建。结果共获得1145个DEGs,包括483个上调的DEGs和662个下调的DEGs。上调的DEGs主要涉及受体活性、细胞黏附分子活性,主要集中于细胞外组分、细胞膜、细胞外间隙等,主要与细胞通信、信号转导有关。上调的DEGs显著富集于肿瘤坏死因子、细胞黏附分子、丝裂原活化蛋白激酶、黏着斑、细胞因子受体相互作用以及磷脂酰肌醇-3-羟激酶-蛋白激酶B等信号通路。白细胞介素(IL)-6、IL-8、胰岛素样生长因子(IGF)和血管紧张素原(AGT)等基因为PPI网络的核心基因。结论IL-6、IL-8、IGF和AGT基因可能是参与骨关节炎发展的重要基因。 展开更多
关键词 骨关节炎 差异表达基因 生物信息学 基因本体富集分析 京都基因与基因组百科全书数据库通路分析 蛋白质-蛋白质互相作用网络
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扩增子测序分析助力传统发酵食品微生物群落研究 预览
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作者 孙善峰 黄晓宁 +1 位作者 韩北忠 陈晶瑜 《中国酿造》 CAS 北大核心 2019年第5期1-5,共5页
高通量测序技术的发展促进了基因组学技术在中国传统发酵食品微生物研究中的应用,而扩增子测序是目前相对成熟且普遍使用的基因组学技术。采用生物信息学方法分析由测序产生的大量序列数据,揭示数据隐藏的生物学信息至关重要。生物信息... 高通量测序技术的发展促进了基因组学技术在中国传统发酵食品微生物研究中的应用,而扩增子测序是目前相对成熟且普遍使用的基因组学技术。采用生物信息学方法分析由测序产生的大量序列数据,揭示数据隐藏的生物学信息至关重要。生物信息学贯穿于扩增子测序数据的收集、存储、处理和分析等各个阶段。该文归纳了目前在扩增子数据分析中常用的数据库、算法及生物信息分析工具,总结了近几年基于扩增子测序的生物信息学方法在中国传统发酵食品研究中的应用,为扩增子测序分析技术的改进和发展提供参考。 展开更多
关键词 生物信息学 扩增子测序 中国传统发酵食品 微生物群落 功能预测
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大肠杆菌茶氨酸合成酶基因γ-GGT的生物信息学分析 预览
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作者 吕晶晶 张天缘 +2 位作者 杨仕梅 宋莉 赵德刚 《山地农业生物学报》 2019年第1期74-78,共5页
γ-谷氨酰转肽酶(γ-GGT)是催化L-茶氨酸合成的关键酶之一,对其编码基因的解析有助于进行茶氨酸的合成调控和异源表达生产研究,本论文利用生物信息学方法,对大肠杆菌(Escherichiacoli)γ-GGT基因的结构和特性进行分析。结果显示,E.coli... γ-谷氨酰转肽酶(γ-GGT)是催化L-茶氨酸合成的关键酶之一,对其编码基因的解析有助于进行茶氨酸的合成调控和异源表达生产研究,本论文利用生物信息学方法,对大肠杆菌(Escherichiacoli)γ-GGT基因的结构和特性进行分析。结果显示,E.coliγ-GGT基因编码580个氨基酸,主要氨基酸为甘氨酸和亮氨酸,γ-GGT酶蛋白等电点为5.38,分子量为61.7kDa,属于酸性不稳定亲水性蛋白,具有信号肽序列和保守功能结构域,在细胞质周质中发挥作用,其二级结构元件主要是α-螺旋和无规卷曲,在微生物中进化较为保守。研究结果为进一步研究γ-GGT基因功能及其应用奠定了基础。 展开更多
关键词 大肠杆菌 γ-谷氨酰胺转肽酶 茶氨酸合成 GGT酶蛋白 生物信息学
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复合杂合性F11基因突变导致的遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症家系分析
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作者 刘媚娜 李小龙 +5 位作者 周星星 金艳慧 杨丽红 潘景业 苏看看 王明山 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期363-367,共5页
目的对一个遗传性凝血因子Ⅺ(coagulation factor Ⅺ,FⅪ)缺陷症患者家系进行表型和基因检测,寻找致病基因并初步探讨其分子致病机制。方法检测先证者及其家系成员的血浆凝血酶原时间(prothrombin time,PT)、活化部分凝血活酶时间(activ... 目的对一个遗传性凝血因子Ⅺ(coagulation factor Ⅺ,FⅪ)缺陷症患者家系进行表型和基因检测,寻找致病基因并初步探讨其分子致病机制。方法检测先证者及其家系成员的血浆凝血酶原时间(prothrombin time,PT)、活化部分凝血活酶时间(activated partial thromboplastin time,APTT)、纤维蛋白原(fibrinogen,FIB)含量、血浆凝血因子Ⅷ活性(coagulation factor Ⅷ activity,FⅧ∶C)、凝血因子Ⅸ活性(coagulation factor Ⅸ activity,FⅨ∶C )、FⅪ活性(FⅪ activity,FⅪ∶C)、凝血因子Ⅻ活性(coagulation factor Ⅻ activity,FⅫ∶C)和狼疮抗凝物(lupus antieoagulation,LA);ELISA法检测FⅪ抗原(FⅪ antigen,FⅪ∶Ag)等指标,明确临床表型诊断。采用DNA直接测序法分析先证者F11基因15个外显子、侧翼序列以及5′端、3′端非翻译区序列,发现突变位点后用反向测序予以证实,并检测家系成员相应的突变位点区域。采用ClustalX-2.1-win软件分析氨基酸突变位点的保守性;用PolyPhen-2 、PROVEAN、SIFT和Mutation Taster 4个在线生物信息学软件分析突变对蛋白质功能的影响;用Swiss-PdbViewer软件对突变位点进行蛋白模型和氨基酸相互作用分析。结果先证者APTT为69.6 s,明显延长,其FⅪ∶C和FⅪ∶Ag均明显下降,分别为6%和10.7%;其母亲、姐姐、大妹、弟弟、女儿和儿子APTT均稍延长,FⅪ∶C和FⅪ∶Ag也均有不同程度下降(为正常对照的50%左右)。基因分析发现先证者F11基因第7外显子的c.738G>A(p.Trp228stop)杂合无义突变及第13外显子的c.1556G>C(p.Trp501Ser)杂合错义突变;其母亲、姐姐和女儿存在p.Trp228stop突变杂合子,大妹、弟弟和儿子存在p.Trp501Ser突变杂合子;其丈夫和小妹均为野生型。保守性分析结果表明,Trp501在同源物种间高度保守。4个生物信息学软件对该突变的预测结果一致:PolyPhen-2评分结果为1.000分,PROVEAN评分结果为-11.565分,均预示此突变是可能致病性的突变;SIF 展开更多
关键词 凝血因子Ⅺ缺陷症 遗传性 生物信息学 模型分析
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