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可变剪切事件在胰腺癌中的发生及其临床意义 预览
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作者 帕成周 张贯启 邬善敏 《疑难病杂志》 CAS 2020年第2期155-159,共5页
目的探索胰腺癌(PAAD)中存在的差异RNA剪接模式,分析可变剪切(AS)事件与胰腺癌临床预后的关系。方法自癌症基因组图谱(TCGA)中下载RNA-seq数据、临床数据资料,提取剪接因子(SF)表达量;采用TCGA SpliceSeq工具下载提取AS事件数据,评估7... 目的探索胰腺癌(PAAD)中存在的差异RNA剪接模式,分析可变剪切(AS)事件与胰腺癌临床预后的关系。方法自癌症基因组图谱(TCGA)中下载RNA-seq数据、临床数据资料,提取剪接因子(SF)表达量;采用TCGA SpliceSeq工具下载提取AS事件数据,评估7种可变剪切类型在胰腺癌病例中的发生情况;采用Kaplan-Meier分析及Cox回归分析评估AS事件风险值和生存时间之间的相关性,并探索PAAD的独立危险因素;采用Cytoscape构建基于生存相关的AS事件与SF的调控关系网络。结果PAAD中与生存相关的AS事件以外显子跳跃(ES)类型多见,外显子互斥(ME)类型较少;各亚型AS事件对生存影响不同,低风险组的预后较好,且风险值可作为PAAD独立预后因素(P<0.01,AUC=0.765)。剪接网络提示PAAD患者中剪接因子的表达与AS事件之间具有相关性。结论AS事件风险值可作为PAAD的独立预后因子,且SF对AS事件的调控呈多样性,SF可能会作为PAAD治疗的潜在靶点。 展开更多
关键词 胰腺癌 可变剪切 癌症基因组图谱 剪接因子 预后
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金定鸭卵巢组织转录组SNPs和可变剪接分析
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作者 朱志明 缪中纬 +5 位作者 章琳俐 李丽 辛清武 林顺东 郑嫩珠 黄勤楼 《中国家禽》 北大核心 2020年第2期11-16,共6页
为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299927852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示... 为分析不同产蛋期金定鸭卵巢组织的SNPs和可变剪接,试验选取开产期和产蛋高峰期金定鸭各3只,对其卵巢转录组进行测序,得到299927852条高质量序列(Clean reads)。对筛选的SNPs进行了功能统计、位点区域统计和影响统计。功能统计结果显示,开产期共获得错义突变71276个、无义突变153个、同义突变共287148个,产蛋高峰期共获得错义突变65620个、无义突变138个、同义突变共269749个;位点区域统计结果显示,开产期外显子区域共获得401030个SNPs、内含子区域共242685个SNPs,产蛋高峰期外显子区域共获得362557个SNPs、内含子区域共219548个SNPs。影响统计结果显示,开产期共获得3141个危害程度高的SNPs,294815个危害程度低的SNPs和72772个危害程度中等的SNPs。高产期共获得2583个危害程度高的SNPs,276568个危害程度低的SNPs和67024个危害程度中等的SNPs。对开产期与产蛋高峰期进行可变剪接(AS)分类及差异AS分析。结果表明,SE事件最多涉及到15419个基因,MXE涉及到1601个基因,A5SS涉及到1211个基因,A3SS涉及到1740个基因,RI涉及到653个基因。进一步对差异AS进行显著性分析,开产期与产蛋高峰期显著差异的SE有1085个基因,MXE有219个,A5SS有199个,A3SS有288个,RI有136个。研究结果为进一步完善蛋鸭的基因组信息提供基础数据。 展开更多
关键词 转录组 金定鸭 卵巢 SNPS 可变剪接
猪NR1H3基因可变剪接体的克隆及表达特性研究 预览
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作者 张雪莲 晋大鹏 +7 位作者 吴怡琦 李文霞 秦本源 蔡春波 高鹏飞 郭晓红 李步高 曹果清 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期43-54,共12页
旨在克隆猪NR1H3基因的可变剪接体,并预测编码蛋白的结构与功能,研究其转录本的表达特性。本试验以马身猪为研究对象,采用RT-PCR及克隆测序技术对猪NR1H3基因CDS区进行扩增和克隆,采用生物信息学方法分析NR1H3蛋白的生物学特性,采用qRT-... 旨在克隆猪NR1H3基因的可变剪接体,并预测编码蛋白的结构与功能,研究其转录本的表达特性。本试验以马身猪为研究对象,采用RT-PCR及克隆测序技术对猪NR1H3基因CDS区进行扩增和克隆,采用生物信息学方法分析NR1H3蛋白的生物学特性,采用qRT-PCR技术检测NR1H3基因在心、肝、脾、肺、肾、胃、小肠、股二头肌、腰大肌和皮下脂肪组织中的表达谱及在脂肪组织中的发育性表达规律。结果表明,本研究成功克隆出猪NR1H3基因的两个转录本NR1H3-1和NR1H3-2,其中NR1H3-2为新发现的转录本(MN082630),其CDS区全长1203 bp,编码的蛋白质含400个氨基酸,属于中性不稳定蛋白;与NR1H3-1相比,NR1H3-2缺失了长度为95 bp的第9外显子,编码的蛋白质NR1H3-2比NR1H3-1少了一个肝X受体的配体结合结构域;氨基酸的相似性分析发现,猪NR1H3蛋白氨基酸序列与北大西洋小须鲸、山羊、绵羊、抹香鲸、长江江豚等物种的相似性较高。NR1H3-1和NR1H3-2在所检测组织中均有表达,且在不同组织间的表达量具有显著差异(P<0.05);NR1H3-1转录本在小肠中表达量最高,其次是脾、肝、股二头肌等,在心脏中表达量最低;NR1H3-2则在肝中表达量最高,其次是脾、小肠、胃和股二头肌等,在心脏中表达量最低。在各组织中(除小肠、心、肺),NR1H3-2的表达量均高于NR1H3-1,其中在肝和皮下脂肪组织中,NR1H3-2的表达量极显著高于NR1H3-1(P<0.01),在胃中差异达显著水平(P<0.05)。随着日龄的增加,皮下脂肪组织中NR1H3-1和NR1H3-2的表达量整体呈上升趋势,推测该基因对猪的脂肪沉积有调控作用。本试验成功克隆了猪NR1H3基因的两个可变剪接体,并推测其对猪脂质代谢及脂肪生成具有重要的生理作用。 展开更多
关键词 NR1H3基因 可变剪接 生物信息学 表达特征
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低温胁迫对意大利蜜蜂化蛹时差异可变剪接基因的影响 预览
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作者 姚丹 徐新建 +2 位作者 周姝婧 周冰峰 朱翔杰 《福建农林大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2020年第2期217-222,共6页
基于前期低温胁迫3日龄封盖子不同时间的转录组数据,对可变剪接基因(ASG)作数量、种类统计和表达谱等分析,进一步解释低温对蜜蜂化蛹影响的分子机制;同时利用rMATS软件及Omicshare在线工具对T18、T36处理组(在20℃低温下分别处理18和36... 基于前期低温胁迫3日龄封盖子不同时间的转录组数据,对可变剪接基因(ASG)作数量、种类统计和表达谱等分析,进一步解释低温对蜜蜂化蛹影响的分子机制;同时利用rMATS软件及Omicshare在线工具对T18、T36处理组(在20℃低温下分别处理18和36 h)及CK(没有低温处理)的差异基因进行可变剪接(AS)事件分析.结果表明,在各组别(CK与T18、CK与T36、T18与T36)中鉴定出4 971个ASG,产生58 017个AS事件,以外显子跳跃、外显子选择性跳跃和可变3′端剪接3种剪接类型为主.各组别间的共有ASG为4 027个,其基因本体(GO)分类结果显示,这些ASG富集在41条GO条目上;KEGG代谢通路富集分析显示,这些ASG共富集在132条代谢通路上,极显著富集的有Wnt、Hippo、TGF-beta和胞吞作用等信号通路.上述结果表明,低温胁迫可通过ASG介导代谢、生长发育和免疫等多重功能调控蜜蜂的化蛹过程. 展开更多
关键词 低温 意大利蜜蜂 可变剪接 发育
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多聚嘧啶区结合蛋白1(PTBP1)在选择性剪接、糖酵解和肿瘤发生中的作用
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作者 Wei ZHU Bo-lun ZHOU +9 位作者 Li-juan RONG Li YE Hong-juan XU Yao ZHOU Xue-jun YAN Wei-dong LIU Bin ZHU Lei WANG Xing-jun JIANG Cai-ping REN 《浙江大学学报:B卷英文版》 SCIE CAS CSCD 2020年第2期122-136,共15页
多聚嘧啶区结合蛋白1(PTBP1)在多种疾病,尤其是在某些癌症中发挥作用。为明确PTBP1在人体的生物学功能,本文汇总了调控PTBP1相关的mi RNA、长链非编码RNA(lnc RNA)和RNA结合蛋白。另外,我们重点阐述了PTBP1充当糖酵解、细胞凋亡、增殖... 多聚嘧啶区结合蛋白1(PTBP1)在多种疾病,尤其是在某些癌症中发挥作用。为明确PTBP1在人体的生物学功能,本文汇总了调控PTBP1相关的mi RNA、长链非编码RNA(lnc RNA)和RNA结合蛋白。另外,我们重点阐述了PTBP1充当糖酵解、细胞凋亡、增殖、肿瘤发生、侵袭和迁移的调节剂,并为制定有用的癌症治疗策略做出了潜在贡献。 展开更多
关键词 多聚嘧啶区结合蛋白1(PTBP1) 选择性剪接 糖酵解 丙酮酸激酶M2亚型(PKM2) 癌症
位于可变内含子区域microRNA的特征分析 预览
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作者 马名阳 安雯雯 +1 位作者 景芙蓉 周学 《中小企业管理与科技》 2020年第2期156-157,共2页
MicroRNA(简称miRNA)是一类长度为22nt的编码小分子RNA,在基因表达调控中发挥重要作用。miRNA在基因组中存在位置偏好性,一部分miRNA位于基因间区,而另一些miRNA基因位于蛋白质编码基因的内含子中,少数位于外显子中,称之为基因内miRNA... MicroRNA(简称miRNA)是一类长度为22nt的编码小分子RNA,在基因表达调控中发挥重要作用。miRNA在基因组中存在位置偏好性,一部分miRNA位于基因间区,而另一些miRNA基因位于蛋白质编码基因的内含子中,少数位于外显子中,称之为基因内miRNA。可变剪接(也称选择性剪接,alternative splicing,AS)是指对同一基因的mRNA前体的不同剪接方式,即一种基因能产生多种mRNA。研究发现,miRNA与基因的选择性剪接密切相关,有些miRNA位于基因的可变剪接区域。论文利用生物信息学方法对位于可变剪接区域miRNA特征进行分析。 展开更多
关键词 MICRORNA 可变剪接 特征 生物信息学
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甲状腺激素受体基因调控动物繁殖的研究进展 预览 被引量:1
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作者 李华振 刘武军 +7 位作者 刘秋月 王翔宇 胡文萍 夏青 李春艳 贺小云 狄冉 储明星 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期243-252,共10页
甲状腺激素(thyroid hormone,TH)及其受体除了参与调控机体正常发育和代谢平衡外,还在动物繁殖活动中发挥重要的生物学作用。甲状腺激素受体α(thyroid hormone receptor alpha,TRα)和甲状腺激素受体β(thyroid hormone receptor beta... 甲状腺激素(thyroid hormone,TH)及其受体除了参与调控机体正常发育和代谢平衡外,还在动物繁殖活动中发挥重要的生物学作用。甲状腺激素受体α(thyroid hormone receptor alpha,TRα)和甲状腺激素受体β(thyroid hormone receptor beta,TRβ)属于配体依赖性核受体超家族成员,分别由THRA和THRB两个基因编码,这两个基因的选择性剪接或转录起始位置不同可导致不同组织中存在多种受体亚型。本文首先介绍了TRs的基本特征;然后以下丘脑-垂体-性腺轴(hypothalamic-pituitary-gonadalaxis,HPGA)为主线,综述了TRs通过参与促性腺激素释放激素(gonadotropin-releasing hormone,GnRH)脉冲释放、促性腺激素水平、促性腺激素受体和性激素受体的表达实现对性腺轴系统的繁殖调控;最后,从TH-GnRH通路、TH/TRs在哺乳动物季节性繁殖中的作用及在鸟类季节性繁殖中的作用3个方面概述了TH/TRs对动物季节性繁殖的调控作用,有助于深入了解动物季节性繁殖的分子机制,为季节性发情的人工调控提供新思路。 展开更多
关键词 甲状腺激素受体 HPGA TH-GnRH通路 季节性繁殖 可变剪接
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基于差异可变剪接的德保矮马垂体内体高相关基因的筛选
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作者 潘静 房君 +4 位作者 刘春霞 曹俊伟 邢燕平 周欢敏 张焱如 《农业生物技术学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1410-1422,共13页
可变剪接使单个基因产生多个mRNA,从而增强蛋白质的多样性,这与生物的生长发育过程密切相关。在中国丰富的马(Equus caballus)品种资源中,德保矮马和蒙古马具有明显的体高差异。本研究利用与马体尺大小密切相关的垂体组织,经RNA-seq和... 可变剪接使单个基因产生多个mRNA,从而增强蛋白质的多样性,这与生物的生长发育过程密切相关。在中国丰富的马(Equus caballus)品种资源中,德保矮马和蒙古马具有明显的体高差异。本研究利用与马体尺大小密切相关的垂体组织,经RNA-seq和生物信息学分析,检测出可变剪接事件137 449个,主要以内含子保留(intron retention, IntronR)、可变的3’剪切位点(alternative 3’splice site, A3SS)、可变的5’剪切位点(alternative 5’splice site, A5SS)和外显子跳跃(exon skipping, ES)四种可变剪接类型为主。不同品种、不同生长时期马垂体的差异可变剪接基因共37种,其中,幼年德保矮马与幼年蒙古马的差异可变剪接基因23种,成年德保矮马与成年蒙古马的差异可变剪接基因1种,幼年德保矮马与成年德保矮马的差异可变剪接基因5种,幼年蒙古马与成年蒙古马的差异可变剪接基因8种。而幼年德保矮马垂体中WDR35(WD repeat-containing protein 35 gene)基因的外显子盒(cassette exon)可变剪接和OSBPL6 (oxysterol binding protein like 6)基因的ES可变剪接则被鉴别为影响德保矮马身高矮小的重要因素。此外,在德保矮马和蒙古马幼年至成年的发育阶段的垂体中,CPEB1、TCF12、CCDC28B、KIT、FAM129A、PTPRF、EPHA5、OGDH、USP28、EMID1、ANKHD1、KIDINS220和INF2共13种发生差异可变剪接的基因也被筛选作为马矮小性状的候选基因。上述矮小相关基因为进一步靶向马体高的分子育种提供了基础资料。 展开更多
关键词 可变剪接 德保矮马 蒙古马 矮小性状
环状RNA的研究进展 预览 被引量:1
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作者 靳也 郭杰 魏福兰 《口腔医学》 CAS 2019年第5期450-454,共5页
共价闭合的环状RNA(circular RNA, circRNA)主要是由真核生物中数千种基因的外显子的前体mRNA的3’和5’端反向剪接而成,是区别于大多数线性RNA的一类特殊的非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)。由于其结构的特殊性,circRNA具有高度的保... 共价闭合的环状RNA(circular RNA, circRNA)主要是由真核生物中数千种基因的外显子的前体mRNA的3’和5’端反向剪接而成,是区别于大多数线性RNA的一类特殊的非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)。由于其结构的特殊性,circRNA具有高度的保守性和稳定性,使其具有许多潜在的功能,例如充当微小RNA(microRNA, miRNA)或者RNA结合蛋白(RNA binding protein, RBP)的海绵。该文主要论述circRNA的发现、特征、形成、分类和主要功能以及在疾病方面的研究进展。 展开更多
关键词 环状RNA 非编码RNA microRNA海绵 可变剪接
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120日龄文昌鸡RNA-Seq基因结构及SNP分析
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作者 顾丽红 李金明 +3 位作者 张细权 邱峰芳 邢增杨 林哲敏 《中国家禽》 北大核心 2019年第12期5-11,共7页
为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到... 为了深入挖掘文昌鸡RNA-Seq数据,进一步完善文昌鸡基因组的注释信息,试验采用生物信息学的方法对120日龄文昌鸡的高质量序列(Clean data)数据进行单核苷酸多态性(SNP)的查找、可变剪接(AS)筛查、基因结构优化和新转录本预测。结果共得到78 564个可靠的SNP位点,22 227个可变剪接,优化基因9 546个,预测新转录本593个。研究结果为文昌鸡分子育种提供了新的靶点。 展开更多
关键词 文昌鸡 RNA测序 可变剪接 单核苷酸多态性 新转录本
石刁柏两性花与雄花的抗氧化酶活性及其相关基因可变剪接的差异分析
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作者 黄玲 赖佳 +6 位作者 韦树谷 代顺冬 李琼英 张骞方 曾华兰 刘佳 叶鹏盛 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期1231-1238,共8页
石刁柏(Asparagus officinalis),别名芦笋,其两性株是培育石刁柏全雄品种的重要资源材料。为探明引起石刁柏两性花与雄花之间性别差异的原因,首先测定了两性花与雄花性别分化前期、中期、后期三个时期花蕾的过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶... 石刁柏(Asparagus officinalis),别名芦笋,其两性株是培育石刁柏全雄品种的重要资源材料。为探明引起石刁柏两性花与雄花之间性别差异的原因,首先测定了两性花与雄花性别分化前期、中期、后期三个时期花蕾的过氧化物酶(POD)、过氧化氢酶(CAT)和超氧化物歧化酶(SOD)的活性,同时采用转录组测序(RNA-seq)技术,分析了两性花与雄花三个不同发育时期花蕾中抗氧化酶基因的可变剪接及表达量的差异。结果发现,抗氧化酶活性与两性花、雄花的发育关系密切。在性别分化前期,两性花蕾中POD和SOD的活性均低于雄花蕾,CAT活性略高于雄花蕾,但在性别分化的中、后期,两性花蕾中POD和SOD的活性均高于雄花蕾,其中POD活性分别高出雄花蕾1.1和2.4倍,CAT活性略低于雄花蕾。通过RNA-seq及基因功能分类(GO)分析,表明其中有35个抗氧化活性相关基因只在两性花蕾中发生可变剪接,并且在石刁柏花器官性别分化前、中期,这35个抗氧化活性相关基因中分别有62.9%和65.7%的基因表达量高于雄花蕾。以上两方面的变化可能同时引起了石刁柏两性花蕾中抗氧化酶活性的升高。由此说明,抗氧化酶活性及相关基因的可变剪接与石刁柏两性花、雄花的发育紧密相关。 展开更多
关键词 石刁柏 两性花 雄花 抗氧化酶 可变剪接
水稻OsHDT703基因的可变剪接体分析 预览
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作者 邹志明 邹海霞 +3 位作者 张焕 李绍波 王鑫 欧阳解秀 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期9-15,共7页
为了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可变剪接体。利用生物信息学分析,结合RT-PCR、TA克隆和测序等方法,鉴定1个水稻中全新的HD2蛋白成员(OsHDT703)。结构域分析发现,在其N端含有HD2家族的NPL保守结构域。选取来源于7个物种... 为了克隆水稻HD2蛋白基因OsHDT703,并分析其存在的可变剪接体。利用生物信息学分析,结合RT-PCR、TA克隆和测序等方法,鉴定1个水稻中全新的HD2蛋白成员(OsHDT703)。结构域分析发现,在其N端含有HD2家族的NPL保守结构域。选取来源于7个物种的16个HD2蛋白,构建蛋白进化树,结果发现,OsHDT703蛋白与OsHDT702蛋白处于同一分支;OsHDT701则处于另一分支,说明水稻中HD2家族蛋白可能存在功能分化。根据预测的不同剪接体设计4对特异性引物,以粳稻中花11叶片和幼穗cDNA为模板,利用RT-PCR扩增,结合TA克隆,通过测序比对,成功鉴定到4种不同可变剪接体序列。由于3号(OsHDT703.3)和4号(OsHDT703.4)剪接体的CDS序列完全相同,所以证明OsHDT703至少存在4种不同可变剪接体。综上所述,鉴定到水稻中1个全新的HD2蛋白,命名为OsHDT703,并且鉴定出至少4种存在可变剪接体,为后续深入研究该基因生物学功能奠定基础。 展开更多
关键词 水稻 组蛋白去乙酰化酶(HDAC) HD2蛋白家族 可变剪接 生物信息学
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SRSF3调控CTLA-4外显子3的可变剪接的研究 预览
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作者 黄珺 郭继华 樊明文 《口腔医学研究》 CAS 北大核心 2019年第1期94-97,共4页
目的:研究在肿瘤中高表达的可变剪接因子SRSF3对肿瘤免疫治疗相关因子CTLA-4外显子3的可变剪接的调控作用。方法:在人胚胎肾上皮细胞293细胞中分别共转染CTLA-4模拟基因和SRSF3特异性siRNA,CTLA-4模拟基因和SRSF3过表达质粒来敲低和过表... 目的:研究在肿瘤中高表达的可变剪接因子SRSF3对肿瘤免疫治疗相关因子CTLA-4外显子3的可变剪接的调控作用。方法:在人胚胎肾上皮细胞293细胞中分别共转染CTLA-4模拟基因和SRSF3特异性siRNA,CTLA-4模拟基因和SRSF3过表达质粒来敲低和过表达SRSF3,然后用逆转录PCR检测SRSF3敲低和过表达后对CTLA-4的两种可变剪接亚型,跨膜型CTLA-4(flCTLA-4)和可溶性CTLA-4(sCTLA-4)表达的影响。结果:在293细胞中抑制SRSF3的表达时,flCTLA-4可变剪接亚型的表达增加,sCTLA-4可变剪接亚型的表达降低,在293细胞中过表达SRSF3时,得到了相反的结果。结论:SRSF3作为肿瘤中高表达的原癌基因参与调控CTLA-4外显子3的可变剪接,并使flCTLA-4可变剪接亚型的表达降低,sCTLA-4可变剪接亚型的表达增加。 展开更多
关键词 SRSF3 CTLA-4 可变剪接
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玉米ZmcpSRP54基因可变剪接分析 预览
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作者 关海英 何春梅 +5 位作者 王娟 刘铁山 董瑞 刘春晓 刘强 汪黎明 《山东农业科学》 2019年第6期1-9,34共10页
cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用。本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析。结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种... cpSRP54基因在植物叶绿体发育中发挥重要作用。本研究用生物信息学方法对玉米ZmcpSRP54蛋白进行了进化分析,利用RT-PCR方法对玉米ZmcpSRP54基因全长cDNA进行了克隆,进而对其进行可变剪接分析。结果表明,玉米ZmcpSRP54蛋白与其它7个物种的cpSRP54蛋白有很高的相似性。鉴定到玉米ZmcpSRP54基因25个不同转录本,1个为标准剪接转录本,其它24个为可变剪接转录本。24个可变剪接转录本共使用了17种非标准剪接位点,4种可变剪接方式,主要以可变的3′端位点、可变的5′端位点和外显子跳跃3种可变剪接方式为主。预测出18种不同长度的ORF,编码18种不同长度的多肽。11个多肽其保守结构域氨基酸序列发生部分缺失,6个多肽其保守结构域氨基酸序列发生全部缺失,1个编码全新的多肽。这些结果将为玉米ZmcpSRP54基因的功能研究提供重要信息。 展开更多
关键词 玉米 ZmcpSRP54基因 RT-PCR 可变剪接
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环状RNA的产生、研究方法及功能 预览
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作者 刘旭庆 高宇帮 +5 位作者 赵良真 蔡宇晨 王汇源 苗苗 顾连峰 张航晓 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期469-485,共17页
随着高通量测序技术的发展,环状RNA(circular RNAs,circRNAs)逐渐成为非编码RNA研究领域的热点。本文系统综述了环状RNA侧翼内含子自身互补配对驱动、RNA结合蛋白驱动以及套索驱动这3种环状RNA形成模型,并从高通量文库构建、生物信息学... 随着高通量测序技术的发展,环状RNA(circular RNAs,circRNAs)逐渐成为非编码RNA研究领域的热点。本文系统综述了环状RNA侧翼内含子自身互补配对驱动、RNA结合蛋白驱动以及套索驱动这3种环状RNA形成模型,并从高通量文库构建、生物信息学鉴别和常用的实验验证等3个方面对环状RNA的研究方法进行了介绍。同时,本文详细归纳了环状RNA作为microRNA(miRNA)或蛋白的海绵体、调控宿主基因的选择性剪接和表达、翻译成多肽等多种功能。最后通过系统综述植物环状RNA的特征及最新研究进展,为环状RNA在植物学中的进一步研究提供了新的视野。 展开更多
关键词 环状RNA 反向剪接 选择性剪接 海绵体
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昆虫线性单链DNA病毒表达策略研究进展
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作者 李瑞 于倩 +1 位作者 胡朝阳 姚勤 《生命科学》 CSCD 北大核心 2019年第8期833-841,共9页
昆虫线性单链DNA(linear single-stranded DNA,linear-ssDNA)病毒感染的昆虫种类很广泛。它们主要归属于细小病毒科(Parvoviridae)的浓核病毒亚科(Densovirinae)和二分DNA病毒科(Bidnaviridae)。近年来,随着宏基因组学方法的发展,越来... 昆虫线性单链DNA(linear single-stranded DNA,linear-ssDNA)病毒感染的昆虫种类很广泛。它们主要归属于细小病毒科(Parvoviridae)的浓核病毒亚科(Densovirinae)和二分DNA病毒科(Bidnaviridae)。近年来,随着宏基因组学方法的发展,越来越多的昆虫linear-ssDNA病毒被发现,其基因组转录模式也逐渐被解析。昆虫linear-ssDNA病毒的基因组具有双义和单义两种类型,因此,该文将阐述双义和单义两种类型基因组的表达策略特征。总结来讲,其主要是通过未剪接(unsplicing)、选择性剪接(alternative splicing)、选择性多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation)等转录方式产生多种转录本,采用选择性起始(alternative initiation)、漏扫描(leaky scanning)或移框(frameshifing)等方式表达蛋白质。现综述昆虫linearssDNA病毒的表达模式类型和研究进展,为研究其他的linear-ssDNA病毒的表达策略提供理论参考。 展开更多
关键词 线性单链DNA病毒 表达模式 选择性剪接 选择性多聚腺苷酸化 选择性起始 漏扫描 移框
绵羊皮肤组织VEGF-A基因可变剪切体存在的证实与鉴定 被引量:1
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作者 张立春 李梦姝 +5 位作者 柳俭强 曹阳 孙福亮 朴庆林 金海国 张明新 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第11期20-24,共5页
为了克隆绵羊血管内皮生长因子A(VEGF-A)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,试验采用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-A基因mRNA并对其进行生物信息学分析。结果表明:以皮肤组织cDNA为模板,RT... 为了克隆绵羊血管内皮生长因子A(VEGF-A)基因,探寻该基因与绵羊毛囊发育及毛用性状形成的潜在关系,试验采用RT-PCR方法从小尾寒羊与新吉细毛羊皮肤组织克隆出VEGF-A基因mRNA并对其进行生物信息学分析。结果表明:以皮肤组织cDNA为模板,RT-PCR扩增出3条特异性条带;克隆测序结果显示所有条带均为VEGF-A基因序列,片段长度依次为828,825,756,624bp。828bp和825bp片段属于全长VEGF-A,其中825bp片段在3′非编码区缺失3个碱基;756bp和624bp片段由可变剪切产生,分别为外显子6缺失和外显子6,7双缺失,编码蛋白与人类VEGF-A165和VEGF-A121类似;核苷酸序列比对发现,VEGF-A基因mRNA仅存在3个SNP位点;蛋白结构域分析发现,三种类型VEGF-A蛋白均含有完整的血小板衍生生长因子(PDGF)结构域。说明试验成功地从绵羊皮肤组织中克隆到VEGF-A基因并证实可变剪切突变体的存在。 展开更多
关键词 血管内皮生长因子A 新吉细毛羊 小尾寒羊 基因克隆 可变剪切
疼痛应答中背根神经节可变剪接的鉴定与分析 预览
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作者 邓秀玲 王海生 +3 位作者 叶纪诚 张建宇 孙计桃 苑红 《中国继续医学教育》 2019年第23期149-151,共3页
目的鉴定和分析完全佛氏佐剂诱导绵羊炎性疼痛后背根神经节(DRG)发生的可变剪接事件和差异剪接基因,从转录后调控水平揭示大型动物对慢性疼痛应答调控的分子机制。方法实验组采用完全弗氏佐剂建立炎性疼痛模型,对照组则不建立疼痛模型,... 目的鉴定和分析完全佛氏佐剂诱导绵羊炎性疼痛后背根神经节(DRG)发生的可变剪接事件和差异剪接基因,从转录后调控水平揭示大型动物对慢性疼痛应答调控的分子机制。方法实验组采用完全弗氏佐剂建立炎性疼痛模型,对照组则不建立疼痛模型,对2组绵羊的DRG组织进行转录组测序,利用Tophat软件鉴定和分析绵羊DRG中发生可变剪接事件和可变剪接差异基因,并对差异基因进行GO功能富集分析。结果测序结果显示,对照组和实验组DRG中分别鉴定出8 527和6 212个可变剪接事件,其中内含子保留为最多事件,鉴定出360个显著的差异剪接基因(P<0.05)。GO功能富集分析显示,差异剪接基因显著富集到电压门控离子通道、钠离子结合和钠离子运输相关及钙离子运输、钙离子通道、调控Ras蛋白信号转导的基因、调控Ras-GTP酶活性等功能上。其中HCN,CLCN3,KCNC4,CACNA2D1,TRPC4,CACNA2D1,ACAP2,GIT2,TRIO基因的可变剪接模式存在显著差异。结论可变剪接在疼痛应答调控中发挥重要作用,特别是电压门控离子通道相关基因可能通过可变剪接模式的改变来参与疼痛应答。 展开更多
关键词 炎性疼痛 背根神经节 转录组测序 可变剪接 离子通道 疼痛应答
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拟南芥种子萌发过程中差异表达基因的识别和pre-mRNA可变剪接图谱的构建
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作者 邢永强 王延新 +6 位作者 何泽学 崔向军 刘国庆 孟虎 赵宏宇 赵秀娟 蔡禄 《科学通报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第36期3844-3855,共12页
种子的萌发是植物新生命的开始,也是决定植物种群更新、物种延续的关键环节和影响粮食作物产量的重要因素.种子萌发事件是一个极其复杂的过程,其调控机制至今仍未完全知晓.本文基于拟南芥种子不同萌发过程的RNA-seq测序数据,分别从基因... 种子的萌发是植物新生命的开始,也是决定植物种群更新、物种延续的关键环节和影响粮食作物产量的重要因素.种子萌发事件是一个极其复杂的过程,其调控机制至今仍未完全知晓.本文基于拟南芥种子不同萌发过程的RNA-seq测序数据,分别从基因表达和pre-mRNA可变剪接层面系统地剖析了种子萌发过程中的组学特征和调控机制.首先,通过组学数据分析方法得到拟南芥的基因表达矩阵,系统地识别了种子不同萌发阶段间的差异表达基因,并解析了其生物学功能.结果显示,随着种子的萌发,一方面大量与糖酵解、DNA合成等代谢过程密切相关的基因被激活,保证了种子新陈代谢和基本的细胞活性的重新激活;另一方面,与氧化应激胁迫响应、有毒物质响应、热响应、水响应等相关的基因活性被抑制,保证了种子能够从休眠态顺利活化.其次,使用rMATS系统描绘了种子萌发过程中各阶段的pre-mRNA可变剪接图谱,鉴定了不同萌发阶段间的差异可变剪接事件,并分析了种子萌发过程中的可变剪接特征及差异可变剪接事件的生物学功能.该工作的开展将进一步促进种子萌发过程中的调控机制的阐明,并为相关实验工作的开展提供一定的帮助. 展开更多
关键词 拟南芥 种子 差异表达基因 可变剪接 富集分析
ESRPs在上皮间质转化中的作用及其调控机制研究进展 预览
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作者 王白鹤 孙建方 《中国麻风皮肤病杂志》 2019年第2期115-119,共5页
上皮-间质转化(EMT)是将极化上皮细胞转化为具有间充质细胞的过程,它由EMT相关转录因子调节,同时还在转录后水平受可变剪接调控。本文对上皮剪接调节蛋白(ESRPs)在EMT进程中的作用及其调控机制研究进行综述。
关键词 上皮间质转化 上皮剪接调节蛋白 可变剪接
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