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苦玄参转录组EST-SSR引物开发及群体遗传多样性分析 被引量:1
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作者 闫国跃 杨帆 +4 位作者 白燕远 李耀燕 吴梦丽 阿里穆斯 谢阳姣 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期195-202,共8页
目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100... 目的研究18个苦玄参种群的遗传多样性及亲缘关系,为苦玄参的资源评价及开发利用提供依据。方法采用EST-SSR引物开发技术,利用SSR分子标记,分析18个种群的遗传多样性,并基于遗传距离对其进行聚类分析,明确各种群间的亲缘关系。结果从100对EST-SSR标记中,筛选出具有多态性的引物48对。随机抽取20对具有多态性的引物对18个种群进行扩增,共扩增出71个等位基因,平均每对引物3.55个。各引物间多态位点百分数(P)为0~40.7%,平均19.9%;多态信息含量(PIC)为0~0.794 1,平均0.397 7;Shannon信息指数(I)为0~1.814 3,平均0.808 4。观测杂合度(Obs_Het)为0~0.442 3,平均值0.212 7;预期杂合度(Exp_Het)变化范围0~0.826 9,平均值0.455 8。18个种群群内近交系数(Fis)值为-0.095 3~0.663 9,平均0.159 2;总群体内亚群间近交系数(Fit)值为0.062 6~0.858 7,平均0.537 2;遗传分化系数(Fst)为0~0.686,平均0.449 6。基因流(Nm)在0.114 4~0.759 4,平均值为0.306 1。各种群基因多样性指数(Nei)为0~0.401 6、I为0~0.620 9,广西梧州最高,云南普洱龙潭乡最低。云南景洪勐龙镇和云南景洪景哈乡遗传距离最近,仅0.031 9;广西龙州和云南勐海县打洛镇遗传距离最大,为0.963 8。在遗传距离0.321 3处,可将18个种群分成4个群体,其中广西3个种群归入同一群体,云南勐满镇、勐伦镇及勐遮镇归为同一个群体,第3个群体为云南勐海县勐宋乡,其余种群归入第4个群体。结论 18个种群遗传分化水平不一致,各种群杂合度差异较大。种群间Nm较小,群体基因交换不大;群体内存在一定的近交率,种群亲缘关系受地理隔离影响较大。 展开更多
关键词 苦玄参 SSR 引物开发 EST-SSR 遗传多样性
沙棘7个亚种与26个重要品种的遗传多样性 预览
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作者 王罗云 何彩云 +3 位作者 罗红梅 张建国 段爱国 曾艳飞 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期670-677,共8页
利用14个微卫星标记分析了沙棘Hippophae rhamnoides 7个亚种和26个大果沙棘品种的遗传多样性,采用系统发育树和贝叶斯聚类方法分析了这些个体的聚类情况。结果显示:中国沙棘H.rhamnoides subsp.sinensis和云南沙棘H.rhamnoides subsp.y... 利用14个微卫星标记分析了沙棘Hippophae rhamnoides 7个亚种和26个大果沙棘品种的遗传多样性,采用系统发育树和贝叶斯聚类方法分析了这些个体的聚类情况。结果显示:中国沙棘H.rhamnoides subsp.sinensis和云南沙棘H.rhamnoides subsp.yunnanensis遗传多样性水平最高,高加索沙棘H.rhamnoides subsp.caucasica最低。系统发育树将所有个体聚为2个大支:亚洲分支和欧洲分支。大部分大果沙棘品种与亚洲的蒙古沙棘H.rhamnoides subsp.mongolica聚为1支,少量个体位于亚洲分支和欧洲分支之间。贝叶斯聚类分析将所有个体划分为3组或7组:分3组时,中国沙棘和云南沙棘为一组,蒙古沙棘和大部分大果沙棘品种为一组,溪生沙棘H.rhamnoides subsp.fluviatilis,高加索沙棘和海滨沙棘H.rhamnoides subsp.rhamnoides为一组;分7组时,除海滨沙棘由溪生沙棘组和高加索沙棘组共同构成外,其他亚种和大果沙棘品种各自为一组,并发现少量组间混合基因型。表明沙棘种下亚种间分化明显,亚洲和欧洲分布的沙棘亚种间的分化尤为明显;大果沙棘品种大部分源于蒙古沙棘亚种,个别品种可能为蒙古沙棘和欧洲沙棘亚种间的杂交后代。 展开更多
关键词 林木育种学 沙棘亚种 大果沙棘品种 简单序列重复(SSR) 遗传多样性 遗传分化
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黑果枸杞转录组SSR信息分析及分子标记开发 预览
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作者 尹跃 安巍 +3 位作者 赵建华 王亚军 樊云芳 曹有龙 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期422-428,共7页
分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重... 分析黑果枸杞Lycium ruthenicum转录组中简单重复序列(SSR)位点信息,开发SSR分子标记。采用MISA软件在黑果枸杞转录组中共检测到73 896个SSR位点,分布于56 170条单基因簇(unigenes)中,出现频率为26.36%,平均分布距离为3.55 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的74.33%, 13.30%和11.81%;共发现84种重复基序,重复次数为5~33次,其中出现频率最高的基序为A/T, AG/CT, AT/AT, C/G和AAC/GTT。针对SSR位点设计了12 674对引物,随机挑选128对引物进行多态性验证,其中74对(57.8%)得到清晰的扩增产物;用其中的28对高多态性引物对24份枸杞种质进行扩增,共检测到等位基因256个,平均为9.1个。平均主效等位基因频率、观察杂合度、期望杂合度和多态信息量分别为0.432, 0.439, 0.712和0.678。以上结果表明:基于黑果枸杞转录组测序得到的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源,获得的大批量SSR标记可为枸杞遗传多样性分析和遗传图谱构建提供可靠的标记选择。 展开更多
关键词 林木育种学 黑果枸杞 转录组 简单重复序列(SSR)
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水稻遗传多样性及其农艺性状与SSR标记的关联分析 预览
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作者 王复标 石军 +3 位作者 郑卓 司二杰 黄廷友 孙惠敏 《四川大学学报:自然科学版》 CAS CSCD 北大核心 2019年第5期976-982,共7页
分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和... 分析水稻材料的遗传多样性,寻找与农艺性状相关联的分子标记,为水稻杂交组合的配置及分子标记辅助育种提供依据.利用60对分布于水稻12条染色体组的SSR标记对190份水稻材料进行遗传多样性分析与群体遗传结构分析,并采用Tassel3.0的GLM和MLM进行标记与农艺性状的关联分析.结果显示,190份水稻材料的遗传相似系数(GS)变异范围为0.62~0.97,平均值为0.86.按群体遗传结构可将供试材料分为3个亚群.以GLM分析,发现8个与穗长、一次枝梗数、一次枝梗穗粒数、二次枝梗数、二次枝梗穗粒数、总穗粒数和饱满穗粒数相关联的标记,各标记对表型变异的解释率为0.0648;以MLM分析显示,8个标记对表型变异的解释率在0.0378~0.0648.本研究获得的这8个农艺性状相关的分子标记可以作为辅助育种培育高产水稻品种的分子标记. 展开更多
关键词 SSR 遗传多样性 群体遗传结构 关联分析
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基于SSR分子标记的药用黄芪遗传多样性与遗传结构分析 预览
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作者 刘亚令 耿雅萍 +2 位作者 解潇冬 王芳 张鹏飞 《草地学报》 CSCD 北大核心 2019年第5期1154-1162,共9页
为了能更好的了解药用黄芪(Astragali Radix)遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平(I=2.112,H=0.781),... 为了能更好的了解药用黄芪(Astragali Radix)遗传多样性及遗传结构,本试验利用10对SSR引物对来自17个产地共380个样本的蒙古黄芪、膜荚黄芪进行遗传多样性及结构分析,结果显示药用黄芪具有较高程度的遗传多样性水平(I=2.112,H=0.781),其中蒙古黄芪遗传多样性水平(I=2.241,H=0.804)要高于膜荚黄芪(I=1.982,H=0.757),且两种黄芪的遗传变异主要发生在居群内;UPGMA聚类分析及STRUCTURE居群遗传结构分析可将其分为3组,即膜荚黄芪为单独一组,蒙古黄芪分为两组,其中来自山西产区的大部分居群分为一组,来自内蒙产区及部分山西产区的居群分为另一组。本研究结果对药用黄芪种质资源的有效利用、遗传多样性的保护、育种及开发优质黄芪种质资源提供一定的理论基础。 展开更多
关键词 黄芪 SSR 遗传多样性 遗传结构
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基于RIL群体鉴定棉花抗黄萎病相关QTLs 预览
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作者 鲁宁宁 赵云雷 +6 位作者 王红梅 陈伟 赵佩 龚海燕 崔艳利 桑晓慧 张凯 《棉花学报》 CSCD 北大核心 2019年第3期254-262,共9页
【目的】鉴定出能够稳定表达的棉花抗黄萎病相关数量性状位点(Quantitative trait loci,QTLs)。【方法】以抗落叶型黄萎病棉花品种常抗棉和感黄萎病品种TM-1为亲本配制的111个重组自交系家系为作图群体,筛选出多态性简单序列重复(Simple... 【目的】鉴定出能够稳定表达的棉花抗黄萎病相关数量性状位点(Quantitative trait loci,QTLs)。【方法】以抗落叶型黄萎病棉花品种常抗棉和感黄萎病品种TM-1为亲本配制的111个重组自交系家系为作图群体,筛选出多态性简单序列重复(Simple sequence repeat,SSR)标记,并用于构建遗传图谱。用完备复合区间作图法对该群体在安阳大田、新疆重病地及病圃等多个环境下的黄萎病病情指数进行QTLs检测。【结果】构建了1张含有12个连锁群、40个标记、总长212.5 cM(厘摩)的遗传图谱。获得了6个与抗黄萎病基因相关的QTLs,对数优势比(Logarithm of the odd score,LOD)分布在2.51~5.55,贡献率最大为20.34%,最小为6.93%。其中,qVR-D05-1能够在安阳大田2015年7月15日和新疆南疆重病地2016年7月9日2个环境中检测到,贡献率分别为12.96%和20.34%。【结论】本研究得到的qVR-D05-1能够为定位出稳定的棉花抗黄萎病相关QTLs提供参考。 展开更多
关键词 棉花 SSR 黄萎病 遗传图谱 数量性状位点
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东海带鱼(Trichiurus japanicus)肝脏转录组SSR和SNP特征分析 预览
7
作者 章霞 柳敏海 +4 位作者 李凌刚 徐志进 李伟业 殷小龙 傅荣兵 《渔业研究》 2019年第4期269-277,共9页
本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个。SSR片段长度11~374bp。重复长... 本研究以东海带鱼转录组测序数据为基础,采用MISA软件进行SSR筛选,利用Samtools和GATK进行SNP筛选,并进行SSR和SNP的特征分析。结果共获得SSR49311个,其中完整的微卫星共有44625个,复合型SSR数目为4687个。SSR片段长度11~374bp。重复长度小于20bp的序列,有30997条,其中长度在12~20bp的SSR为7523个,约占总数的29.35%,呈中等多态性,重复长度大于20bp长序列为13627个,约占总数的53.18%,呈较高多态性;共获得SNP位点数876199个,其中颠换335218个,转换540981个,转换、颠换比例为1.61∶1。在非编码区的SNP数量为578020个;在编码区的SNP总数298179个,在编码区的碱基转换类型中C→T占比最高,为22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10对。研究结果可为今后带鱼的分子标记开发、遗传连锁图谱构建以及种质资源保护等提供基础数据。 展开更多
关键词 东海带鱼 转录组 SSR SNP
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利用SSR构建甜菜品种的分子身份证 预览
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作者 栗媛 王茂芊 +1 位作者 邳植 吴则东 《中国糖料》 2019年第4期46-49,共4页
为了实现快速鉴定甜菜品种真实性以及纯度的目的,本研究利用SSR分子标记技术对国内已登记的部分甜菜品种进行了指纹图谱构建。利用17对带型清晰、重复性好、多态性高、易于识别的引物作为核心引物对39份甜菜品种的基因组DNA进行扩增。... 为了实现快速鉴定甜菜品种真实性以及纯度的目的,本研究利用SSR分子标记技术对国内已登记的部分甜菜品种进行了指纹图谱构建。利用17对带型清晰、重复性好、多态性高、易于识别的引物作为核心引物对39份甜菜品种的基因组DNA进行扩增。结果表明,只需利用以下5对核心引物:LNX38、LNX95、SB06、SSD6和SB13,便可完全鉴别出39个甜菜品种。利用SSR引物构建甜菜品种的分子身份证,真正达到了快速、高效地鉴定品种纯度以及真实性的目的,也更有效地维护了甜菜品种市场的秩序,并保护了育种家的利益。 展开更多
关键词 甜菜 SSR 分子标记 核心引物 指纹图谱 品种鉴定
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小黑杨基因组的初步组装及SSR信息分析 预览
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作者 周玉敏 王遂 +2 位作者 刘轶 李开隆 由香玲 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期156-160,共5页
小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关... 小黑杨是人们以小叶杨和欧洲黑杨为亲本培育出的杂交种,兼具双亲生长速度快、抗性强的优点。本研究通过二代测序技术,对小黑杨进行全基因组测序,初步组装出小黑杨基因组,并以此为基础,识别分析其SSR序列,为小黑杨品种划分、表型性状关联等提供参考。结果表明,共组装得到了366876条总计368.96Mbp的contig序列;对其中不小于2000bp的21788条的非冗余contig进行SSR分析,共识别出18111条SSR序列,其中一、二、三核苷酸重复基序较多。对得到的SSR序列设计引物,共得到12838对引物,供今后实验使用。 展开更多
关键词 小黑杨 基因组 SSR
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基于转录组的曼氏无针乌贼SSR与SNP位点信息分析 预览
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作者 孙扬 郭宝英 +3 位作者 祁鹏志 陈宇 唐祖蓉 刘硕博 《浙江海洋大学学报:自然科学版》 CAS 北大核心 2019年第2期100-106,共7页
利用IlluminaHiseq平台对曼氏无针乌贼进行了转录组测序,采用生物信息学方法分析了转录组序列中的SSR、SNP位点信息并设计了SSR引物。利用MISA工具筛选了转录组测序获得的127 575条Unigene序列,共得到分布于50 626条序列中的SSR位点108 ... 利用IlluminaHiseq平台对曼氏无针乌贼进行了转录组测序,采用生物信息学方法分析了转录组序列中的SSR、SNP位点信息并设计了SSR引物。利用MISA工具筛选了转录组测序获得的127 575条Unigene序列,共得到分布于50 626条序列中的SSR位点108 685个,SSR发生率39.68%,出现频率为85.19%。平均每949 bp含有1个SSR位点。在50 626条含有SSR位点的Unigene序列中,有25 548条Unigene包含SSR位点数目在2个及以上。其中单碱基重复是EST微卫星序列的主要形式(42.84%),其次是二碱基重复(28.73%),三碱基重复(14.93%)和四碱基重复(12.79%)。在所有微卫星序列所包含的重复单元中,优势重复基元类型为A/T(占总SSRs的42.23%),其次为AT/AT (13.33%),AC/GT (9.32%),AAAG/CTTT (10.00%)。运用Primer premier 5软件共设计了46 520对SSR引物。在12 323条Unigene中发掘出SNP位点64 732个,每条Unigene平均含5.25个SNP位点。其中转换(Transition) 45 975个(71.02%),颠换(Transversion) 18 757个(28.98%)。本研究通过第二代高通量测序技术,结合生物信息学方法对曼氏无针乌贼进行了SSR位点与SNP位点的开发,为其遗传多样性分析、分子辅助育种和增殖放流效果评估等提供了有力研究工具。 展开更多
关键词 曼氏无针乌贼 转录组测序 SSR SNP
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澳洲坚果杂交F1代的SSR鉴定
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作者 李志强 吴超 +4 位作者 陶丽 陶亮 宫丽丹 耿建建 贺熙勇 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第14期4704-4707,共4页
以澳洲坚果优良种质A4(Hidden Valley A4)作为父本,D4(Renown)为母本,杂交得到110株F1代。通过正交设计建立澳洲坚果的SSR反应体系,利用SSR分子标记技术对该杂交后代的真实性进行分子鉴定。实验表明,20μL反应体系为:2.0μL 10×Buf... 以澳洲坚果优良种质A4(Hidden Valley A4)作为父本,D4(Renown)为母本,杂交得到110株F1代。通过正交设计建立澳洲坚果的SSR反应体系,利用SSR分子标记技术对该杂交后代的真实性进行分子鉴定。实验表明,20μL反应体系为:2.0μL 10×Buffer,2.5 mmol/L Mg^2+,0.25 mmol/L dNTPs,2.0 U Taq聚合酶,0.5μmoL/L primer,DNA模板20 ng。利用文献中公开的31对SSR引物,从中筛选出在亲本间具有特异性位点且稳定的2对引物用于杂种鉴定。2对引物一共可以从110株A4×D4的杂交后代中鉴定出103株真杂种,鉴定效率为93.6%。其中引物MinuS0007可以鉴定出52株真杂交种,引物MinuS0016鉴定出100株真杂种。31对SSR引物中未发现纯合显性标记。该研究可为澳洲坚果杂种的真实性鉴定提供参考,为进一步研究澳洲坚果杂交后代群体的遗传变异提供了科学依据。 展开更多
关键词 澳洲坚果 杂交F1代 SSR
花椒cpSSR标记开发及在种间、种内的通用性分析 预览
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作者 李思巧 韦伊 +4 位作者 刘洪妤 张志东 张野 王丽华 刘玉林 《浙江农林大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1241-1246,共6页
叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复(SSR)标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛... 叶绿体基因组为母系遗传,保守性高,因此叶绿体基因组中的简单序列重复(SSR)标记可在更高分类水平上进行种质资源鉴定和群体遗传结构分析。利用TRF软件和SSR Hunter软件相结合对花椒Zanthoxylum bungeanum叶绿体基因组中的SSR位点进行筛选。结果显示:花椒叶绿体基因组中共有144个SSR位点,位点间的平均分布距离为1 100.00 bp。基于检测软件设置参数,SSR重复类型主要集中在一、三核苷酸重复,二者占SSR位点总数的91.67%。此外,随机设计合成30对SSR引物对10份花椒种质、5份竹叶花椒Zanthoxylum armatum种质和1份日本花椒Zanthoxylum piperitum种质进行PCR扩增检测,共筛选出10对多态性引物,其中单核苷酸重复位点的多态性高于多核苷酸重复位点。本研究开发的叶绿体SSR标记可有效区分花椒、竹叶花椒和日本花椒,但在花椒种内并未检测出多态性。表明花椒叶绿体基因组的SSR标记可用于花椒属Zanthoxylum不同种间的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 植物学 花椒 叶绿体基因组 简单序列重复(SSR) 多态性分析
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辣椒C.baccatum×C.frutescens种间杂种的获得与鉴定 预览
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作者 张凯 刁卫平 +4 位作者 郭广君 潘宝贵 戈伟 刘金兵 王述彬 《江西农业学报》 CAS 2019年第8期1-5,13共6页
种间杂交已被广泛用于扩大作物的遗传背景和优良性状改良。运用有性杂交的方法,以Capsicum baccatum PI441570为母本,Capsicum frutescens PI634826为父本进行杂交试验,成功获得杂交种子。对杂种F 1植株20个农艺性状进行观察比较,发现... 种间杂交已被广泛用于扩大作物的遗传背景和优良性状改良。运用有性杂交的方法,以Capsicum baccatum PI441570为母本,Capsicum frutescens PI634826为父本进行杂交试验,成功获得杂交种子。对杂种F 1植株20个农艺性状进行观察比较,发现其生长势具有明显的杂种优势,果型则小于双亲,其他表型大部分介于双亲之间,但是花粉可染率仅为4.9%,远低于母本的42.0%和父本的87.0%。同时应用EST-SSR分子标记证实了杂种的真实性。C.baccatum×C.frutescens杂种的获得,不仅扩大了辣椒遗传背景,而且为下一步通过三元杂交改良一年生辣椒C.annuum奠定了基础。 展开更多
关键词 C.baccatum C.frutescens 种间杂交 表型性状 SSR
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基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建 预览
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作者 林兴娥 牛俊海 +4 位作者 陈莹 明建鸿 高宏茂 葛宇 周兆禧 《热带作物学报》 CSCD 北大核心 2019年第4期708-714,共7页
本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.3... 本研究利用筛选出的10对多态性高、条带清晰的SSR引物,以海南岛68份红毛丹种质为材料,进行遗传多样性分析和SSR指纹图谱的构建。结果表明:10对引物在供试材料中共检测出20个等位位点,多态性条带比例为100%,平均多态性信息含量(PIC)为0.393;对68份红毛丹种质做聚类分析,遗传相似系数为0.290~0.664;采用引物?带型组合法构建了68份红毛丹种质的指纹图谱。该结果为今后红毛丹种质鉴定和分子育种提供重要依据。 展开更多
关键词 红毛丹 SSR DNA 指纹图谱
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大白菜(Brassica campestris)新品种‘秋白75’纯度的SSR鉴定
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作者 陈霖 张杰 +2 位作者 薛一花 张敏娟 张鲁刚 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2019年第19期6378-6382,共5页
为了加快大白菜新品种‘秋白75’的推广,建立了一种可快速鉴定大白菜新品种‘秋白75’杂种一代纯度的方法。从72对SSR引物中筛选出‘秋白75’的特异扩增引物SSRA31和SSRA710,在杂交一代‘秋白75’中可扩增出父母本互补的差异带型,可将... 为了加快大白菜新品种‘秋白75’的推广,建立了一种可快速鉴定大白菜新品种‘秋白75’杂种一代纯度的方法。从72对SSR引物中筛选出‘秋白75’的特异扩增引物SSRA31和SSRA710,在杂交一代‘秋白75’中可扩增出父母本互补的差异带型,可将杂交种和亲本有效区分开,其扩增稳定性强,可重复性好。利用筛选出的特异引物对50株‘秋白75’植株进行分子鉴定,其分子标记鉴定结果与田间鉴定结果一致。本研究筛选出的引物可用于大白菜‘秋白75’新品种纯度的早期鉴定,有利于缩短大白菜纯度鉴定周期,对加快新品种推广具有重要意义。 展开更多
关键词 大白菜(Brassica campestris) SSR '秋白75' 纯度鉴定
大花序桉的遗传多样性分析 预览
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作者 邓紫宇 陈健波 +2 位作者 郭东强 李昌荣 卢翠香 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2019年第4期41-46,共6页
[目的]揭示大花序桉的遗传多样性,为大花序桉群体资源的保存和育种潜力的评估提供理论基础。[方法]利用14个简单重复序列(SSR)标记对大花序桉4个主要分布地区进行变异检测,分析位点多态性和群体多样性,计算地区间的分化系数和遗传相似... [目的]揭示大花序桉的遗传多样性,为大花序桉群体资源的保存和育种潜力的评估提供理论基础。[方法]利用14个简单重复序列(SSR)标记对大花序桉4个主要分布地区进行变异检测,分析位点多态性和群体多样性,计算地区间的分化系数和遗传相似性以及地区间和地区内的分子方差分量,基于遗传相似性进行聚类分析。[结果]14个SSR标记共检测到249个等位片段,平均每个标记检测到18个等位片段。基于所有标记,大花序桉各地区的Shannon′s信息指数平均为1.785 4,观测杂合度平均为0.510 0,期望杂合度平均为0.788 2,表明遗传多样性较高。地区间平均遗传分化系数为0.071 6,分子方差分析(AMOVA)中群体间方差分量仅为6.8%,表明遗传分化水平中等、遗传变异主要存在于群体内。非加权分组算术平均法(UPGMA)聚类分析将大花序桉4个主要分布地区划分为北部和南部2大类。[结论]种质资源保存要优先考虑多样性较高的地区。大花序桉遗传多样性较高,进一步选育的潜力较大。 展开更多
关键词 大花序桉 SSR 遗传多样性
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基于SSR标记的华南野生蓖麻遗传多样性分析
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作者 汪亚菲 陆建农 +4 位作者 施玉珍 陈森 李文秀 何晓琳 殷学贵 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期910-916,共7页
国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检... 国内外研究表明蓖麻是一个遗传多样性很低的物种,利用野生材料拓宽遗传基础对蓖麻育种至关重要。本研究用72对多态性SSR标记对从广东、广西和海南三省(区)收集的240份野生蓖麻材料进行了的遗传多样性分析。结果表明,平均每个SSR位点检测到等位基因4.819个、有效等位基因2.410个,平均多态性信息含量(PIC)为0.481,平均Shannon’s信息指数(I)为1.007,平均期望杂合度(He)为0.525,均高于以往报道结果。按地理来源分析,来自广东的材料遗传多样性最高,广西的次之,海南的最低。群体遗传结构分析将240份材料划分为3个类群,每个类群遗传背景独特,与地理分布基本一致,类群间存在一定程度的基因交流。聚类分析在遗传相似系数为0.404时,将240份材料分为4个组,组间亲缘关系与地理分布没有直接联系,但随着遗传相似系数的增大,同一地区的材料有聚到一起的趋势。以上结果证明中国华南野生蓖麻材料遗传多样性较为丰富,是比较独特的一类蓖麻种质资源,应进一步加强保护、研究和利用。本研究对华南野生蓖麻的高效保护和研究利用提供了数据参考。 展开更多
关键词 蓖麻 遗传多样性 群体结构 聚类分析 SSR
基于石榴全基因组序列的SSR标记开发及鉴定
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作者 洪文娟 郝兆祥 +5 位作者 刘康佳 罗华 毕润霞 苑兆和 宗世祥 王君 《北京林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第8期38-47,共10页
【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷... 【目的】利用cDNA文库筛选的石榴SSR多态性标记数量有限,为进一步推动石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究,有必要系统开发高效稳定的分子标记位点。【方法】本研究根据已发表的石榴基因组测序数据利用MISA软件对1~6核苷酸重复的SSR位点进行了查找,分析了不同类型SSR位点的序列特征,进而设计引物并检测了引物的有效性和多态性。【结果】(1)石榴基因组中共检测到146 445个SSR位点,其中以单核苷酸重复型SSR最多(占51.95%),六核苷酸重复型最少(仅占0.38%);SSR序列以A/T碱基占主导,具有偏向性。(2)石榴基因组SSR序列长度变化范围为10~252 bp,平均长度15.48 bp。不同长度重复单元类型的SSR序列长度存在丰富变异,呈现随着重复次数增多,SSR序列丰度减少的趋势。(3)根据不同类型SSR位点设计并合成引物140对,其中119对在12份石榴种质中可扩增出有效条带,41对可产生多态性条带,PIC值在0.007~0.566之间;从中筛选出多态性较高、稳定性好的引物15对,共检测到等位基因44个,平均每个SSR位点检测到2.933 3个等位基因。【结论】利用石榴全基因组序列可实现SSR标记的大规模开发,并可鉴定出大量适用于石榴遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定等研究的SSR引物。相关研究为石榴的遗传育种研究提供了丰富的SSR序列信息和标记资源。 展开更多
关键词 石榴 基因组 SSR 标记开发 多态性
香椿染色体核型分析及SSR分子标记开发
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作者 于鹏飞 孙晓健 +3 位作者 李晨晨 张旭 郑威 刘常金 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第6期1172-1182,共11页
对香椿进行染色体核型分析和SSR分子标记的开发。染色体核型分析发现两个居群的香椿染色体数都是56条,为2A型,香椿的染色体较为原始,变异较小。转录组测序结果共获得66921条Unigene,从中检索得到13 324个SSR位点,分布于11 184条Unigene... 对香椿进行染色体核型分析和SSR分子标记的开发。染色体核型分析发现两个居群的香椿染色体数都是56条,为2A型,香椿的染色体较为原始,变异较小。转录组测序结果共获得66921条Unigene,从中检索得到13 324个SSR位点,分布于11 184条Unigene中,SSR出现频率为19.91%,平均分布距离为3.84 kb。优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR总数的62.33%、19.66%和15.99%,单核苷酸A/T为优势重复基元,占总SSR的62.23%,二核苷酸以AG/CT为主要重复基元,占总位点的10.31%,三核苷酸以AAG/CTT为主要重复基元,占4.85%。利用Primer 3.0设计了8 218对引物,随机选取了19对引物对17个香椿种质进行PCR扩增,6对引物显示出可重复的多态性。 展开更多
关键词 香椿 染色体 核型分析 SSR 转录组
基于SSR标记的食荚菜豆指纹图谱构建
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作者 陈其福 李艳美 +3 位作者 李佳荫 胡燕秋 王焕丽 冯国军 《北方园艺》 CAS 北大核心 2019年第9期1-7,共7页
以14个食荚菜豆品种为试材,采用SSR分子标记技术,对其进行遗传多样性研究,并建立了特异性指纹图谱,以期为今后食荚菜豆的品种鉴定建立新的参考依据,同时也为菜豆种质资源的分类和筛选提供分子生物学的参考方法。结果表明:74对SSR引物中... 以14个食荚菜豆品种为试材,采用SSR分子标记技术,对其进行遗传多样性研究,并建立了特异性指纹图谱,以期为今后食荚菜豆的品种鉴定建立新的参考依据,同时也为菜豆种质资源的分类和筛选提供分子生物学的参考方法。结果表明:74对SSR引物中有18对引物在供试样品中表现出多态性,筛选出其中5对具有良好多态性SSR引物(BM200、PVBR269、PVBR6、BM141、BM154)用于构建指纹图谱,并对14个食荚菜豆品种进行聚类分析。在相似系数为0.64时,14个食荚菜豆品种被分为2个类群,聚类结果显示"黑珍珠"和"黄金钩"的相似度最高,相似系数为0.98。最终构建菜豆指纹图谱,对深入挖掘菜豆种质资源,减少亲本选配的盲目性,提高育种工作效率,并对品种鉴定和知识产权保护均具有重要的应用意义。 展开更多
关键词 SSR 食荚菜豆 指纹图谱 聚类分析
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