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Comparison of Two Methods to Assess the Size Structure of Phytoplankton Community Assemblages,in Liaodong Bay,China 预览
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作者 SONG Lun WU Jing +3 位作者 DU Jing LI Nan WANG Kun WANG Peng 《中国海洋大学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2019年第5期1207-1215,共9页
Liaodong Bay is one of the largest semi-enclosed bays located in Bohai Sea,in northeast China.It is an important feeding and spawning place,even wintering and breeding migration base for many marine organisms.The size... Liaodong Bay is one of the largest semi-enclosed bays located in Bohai Sea,in northeast China.It is an important feeding and spawning place,even wintering and breeding migration base for many marine organisms.The size structure of phytoplankton communities is a key feature of marine ecosystems and can be used as an indicator for algae disaster,but the methods to evalute is still challenging.Here,we compared the size-fractionated chlorophyll-a method with a high-throughout sequencing method in an evaluation of the size structure of phytoplankton assemblages in Liaodong Bay,China,in 2014.The proportion of picophytoplankton was estimated at just 19%according to the results based on size-fractionated chlorophyll-a,which likely represents a severe underestimation.The sequencing method confirmed that many kinds of phytoplankton species appeared in more than one size-fractionated filter membrane,with some even dominating where the filter membrane pore size was greater than the individual phytoplankton size.According to the sequencing method,the phytoplankton assemblages in Liaodong Bay were dominated by picophytoplankton(average proportion=44%),followed by the nanophytoplankton(average 32%),a composition that is more consistent with other studies.The sequencing method provides a more robust way to assess the size structure and taxonomic diversity of marine phytoplankton communities. 展开更多
关键词 size structure CHLOROPHYLL-A high-throughout SEQUENCING LIAODONG BAY
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基于高通量测序的金钗石斛叶转录组数据分析 被引量:2
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作者 牛俊奇 苏建睦 +1 位作者 王小敏 莫昭展 《分子植物育种》 CSCD 北大核心 2018年第3期747-756,共10页
本研究采用Illumina Hiseq4000对金钗石斛(Dendrobium nobile)叶转录组进行测序,共获得5.6 Gb数据。组装并去冗余后得到61 998个Unigene,其总长度,平均长度,N50以及GC含量分别为53 773 338 bp、867 bp、1 482 bp和43.09%。将Unigene... 本研究采用Illumina Hiseq4000对金钗石斛(Dendrobium nobile)叶转录组进行测序,共获得5.6 Gb数据。组装并去冗余后得到61 998个Unigene,其总长度,平均长度,N50以及GC含量分别为53 773 338 bp、867 bp、1 482 bp和43.09%。将Unigene比对到七大功能数据库进行注释,最终分别有34 250(NR:55.24%),28 010(NT:45.18%)、22 029(Swissprot:35.53%)、13 384(COG:21.59%)、25 754(KEGG:41.54%)、7 731(GO:12.47)以及25 407(Interpro:40.98%)个Unigene获得功能注释。在KEGG数据库中,注释上的与碳水化合物代谢、萜类和黄酮类化合物代谢、以及多糖合成相关的Unigene分别有2 819个、706个和559个。根据注释结果共检测出34 096个CDS,未注释上的Unigene使用ESTScan预测后获得2 108个CDS。检测出7 165个SSR分布于6 264个Unigene中,其中在不同重复基序类型中,出现频率最高的为AG/CT,其次是AAG/CTT、AT/AT和AGG/CCT。同时,预测出1 234个编码转录因子的Unigene。该转录组测序分析为金钗石斛次生代谢和转录组方面研究提供了一定的理论参考。 展开更多
关键词 金钗石斛 转录组 生物信息学分析 功能注释 高通量测序
小叶女贞叶片转录组研究 被引量:1
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作者 江灵敏 谭朝阳 +2 位作者 王碧霞 徐德宏 孟蕾 《中国现代应用药学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第11期1670-1674,共5页
目的探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础。方法采用Illumina/SolexaHiseq2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索。结果共获得4 907 020 800个cleanreads,含4.9... 目的探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础。方法采用Illumina/SolexaHiseq2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索。结果共获得4 907 020 800个cleanreads,含4.90Gb的有效数据。利用生物信息学对cleanreads进行拼接和组装共获得157 450条Unigene,总长度、平均长度和N50分别为115.49 Mb,734 bp和1 510 bp。进一步进行基因功能预测,在GO数据库中共有17 756条Unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程3大类别中,将Unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中大部分Unigene与叶片中物质的合成与转运相关。在KEGG数据库中进行搜索比对,Unigene可定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物苯丙素类、黄酮类和萜类生成的Unigene数目分别为860,216和806条。利用SSR分析软件,在所有的Unigene中共搜索到17593个SSR位点,重复类型以二核苷酸为主。结论本研究首次对小叶女贞转录组进行测序分析,获得的参与次生代谢的关键基因可为研究小叶女贞药用成分的生物合成和调控机制研究奠定基础。 展开更多
关键词 小叶女贞 转录组 高通量测序 基因注释 SSR分析
矮丛蓝莓品种“美登”叶片转录组测序和生物信息学分析
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作者 王云生 文光琴 聂飞 《北方园艺》 CAS 北大核心 2017年第1期101-107,共7页
以矮丛蓝莓品种"美登"为试材,采用第二代测序技术对其嫩叶转录组进行了测序及生物信息学分析,研究了矮丛蓝莓功能基因组信息,以期增加对矮丛蓝莓生长发育分子机理的了解,并为矮丛蓝莓的分子标记辅助育种奠定基础。结果表明:在获得的... 以矮丛蓝莓品种"美登"为试材,采用第二代测序技术对其嫩叶转录组进行了测序及生物信息学分析,研究了矮丛蓝莓功能基因组信息,以期增加对矮丛蓝莓生长发育分子机理的了解,并为矮丛蓝莓的分子标记辅助育种奠定基础。结果表明:在获得的约1G纯净数据,共拼装了41 929条Unigenes,其中被GO数据库成功注释Unigene分别涉及到生物学过程、细胞成分及分子功能相关的共45类生理代谢功能;KOG数据库注释到19 149条Unigenes,共涉及25条代谢通路;KEGG数据库成功注释13 072条Unigenes,共涉及到5个大类、18个中类、129条代谢通路;Nr数据库成功注释30 738条Unigenes,这些Unigenes共对应32 949条蛋白质的编码区。同时,生物信息学分析还显示,全部Unigenes中,有884条编码转录因子,涉及到55个家族;2 261条编码抗性基因,涉及18个家族;检测到6 591个SSR位点,其中2碱基重复的SSR数目最多,占总SSR位点数的70%。 展开更多
关键词 生物信息学 矮丛蓝莓 转录组 高通量测序
茎瘤芥(榨菜)根肿病不同发病时期根际土壤真菌群落变化特征的高通量分析 预览 被引量:3
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作者 王殿东 谭永忠 +3 位作者 田雪亮 张超 秦明一 潘丽梅 《中国蔬菜》 北大核心 2016年第5期33-37,共5页
茎瘤芥(榨菜)根肿病是一种土传病害,与根际土壤真菌群落存在密切关系。本试验采用454高通量测序方法,以土壤真菌的18Sr DNA序列为靶标,研究茎瘤芥根肿病不同发病时期(移栽前、移栽后发病前、发病初期、发病中期、采收后)土壤真菌群... 茎瘤芥(榨菜)根肿病是一种土传病害,与根际土壤真菌群落存在密切关系。本试验采用454高通量测序方法,以土壤真菌的18Sr DNA序列为靶标,研究茎瘤芥根肿病不同发病时期(移栽前、移栽后发病前、发病初期、发病中期、采收后)土壤真菌群落的变化规律。结果表明:经454高通量测序,茎瘤芥根肿病各发病时期的OUT平均数量为1056个。依据OUT所属真菌物种信息对土壤真菌群落结构进行分析,子囊菌亚门真菌在各个时期土壤中均为优势真菌类群,其次为担子菌亚门真菌。移栽后发病前、发病初期和发病中期土壤真菌群落的Shannon和Simpson多样性指数、OTU数量和属的数量均高于移栽前和采收后,表明茎瘤芥根肿病发生发展时期土壤真菌群落多样性较高,这可能与茎瘤芥生长季节根系分泌物旺盛有关。 展开更多
关键词 茎瘤芥 根肿病 土壤真菌 高通量测序 多样性指数
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压力对污泥中微生物种群结构特性的影响研究 预览
6
作者 赵聪 武照远 张鸿斌 《山西建筑》 2016年第19期104-106,共3页
为研究高压条件对微生物的影响,选取稳定运行的A2O工艺中的好氧段污泥与新鲜污水混合进行高压曝气处理污水,待处理效果及微生物达到稳定后,用高通量测序对微生物进行多样性与差异性分析,得到了高压条件对微生物多样性与差异性的影响。
关键词 污水 调压反应器 微生物 高通量测序
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宏基因组学研究方法及其在病原体检测中的应用 被引量:6
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作者 浦绍艳 张鑫磊 +1 位作者 蒋太交 高必达 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期3-14,共12页
在自然环境中存在着大量的微生物。这些微生物种群,尤其是许多新发性病毒,会对人和动物体的健康产生重大影响,而它们大多数都是不可培养的微生物。宏基因组学(metagenomics)的研究对象主要是非培养微生物。在特定环境中,它可有效... 在自然环境中存在着大量的微生物。这些微生物种群,尤其是许多新发性病毒,会对人和动物体的健康产生重大影响,而它们大多数都是不可培养的微生物。宏基因组学(metagenomics)的研究对象主要是非培养微生物。在特定环境中,它可有效地获取微生物种群的遗传组成、群落结构及生态作用等信息。随着高通量测序技术的快速发展,宏基因组学分析方法也已经应用到病毒学领域中,出现了病毒宏基因组学(viral metagenomics)。这一技术在新病毒鉴定等方面都取得了很多重要的研究成果。该综述主要对宏基因组学的发展历史、应用前景、生物信息学分析流程,及其在病毒鉴定中的应用进行简要介绍。 展开更多
关键词 宏基因组学 高通量测序 生物信息学 人体微生物 病毒鉴定
混合测序技术在高通量测序中的应用 预览
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作者 李成 《医疗卫生装备》 2014年第9期116-118,121共4页
介绍了高通量测序在面向大样本时所面临的问题,分析了高通量测序技术的原理和特点及其在解决大样本测序时的技术优势,并总结了检测矩阵的构建方法,指出了混合测序能够应用于部分高通量测序实验并可大幅节约测序成本,展望了混合测序... 介绍了高通量测序在面向大样本时所面临的问题,分析了高通量测序技术的原理和特点及其在解决大样本测序时的技术优势,并总结了检测矩阵的构建方法,指出了混合测序能够应用于部分高通量测序实验并可大幅节约测序成本,展望了混合测序技术在高通量测序中的应用前景。 展开更多
关键词 样本混合 高通量测序 群试 分离矩阵
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油茶花发育转录组测序及相关基因表达分析 预览 被引量:4
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作者 胡玉玲 姚小华 +2 位作者 任华东 王开良 林萍 《林业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第9期36-43,共8页
通过对油茶成花过程的转录组测序及其成花相关基因的表达分析,结果表明:转录组测序总共获得28448847个 reads,5742023480 bp 数据量,GC 含量为46.52%;拼接成大于200 bp 以上的 Unigenes 有94476条,N50长度为806 bp,其中1 kbp以上... 通过对油茶成花过程的转录组测序及其成花相关基因的表达分析,结果表明:转录组测序总共获得28448847个 reads,5742023480 bp 数据量,GC 含量为46.52%;拼接成大于200 bp 以上的 Unigenes 有94476条,N50长度为806 bp,其中1 kbp以上的Unigenes 共12643条,占Unigene总数的13.38%; Unigenes 在各数据库中功能注释数目,在 COG中有9095条,在 GO中有27201条,在 KEGG中有6431条,在 Swissprot中有24534条,在TrEMBL中有36393条,在Nr中有36400条,在Nt中有30858条;茎尖中FLC,FCA和FT基因表达量较 AP1,AP2和 PI 基因低,FT基因( ID:Unigene60063)是油茶成花的关键基因,PI 基因( ID:Unigene56059)与雄蕊发育关系紧密。 展开更多
关键词 油茶 转录组 高通量测序 成花基因 成花途径
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利用Solexa测序技术鉴定甜橙miRNAs 预览 被引量:3
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作者 王永江 李中安 +6 位作者 张振臣 杨方云 周彦 曹孟籍 申晚霞 刘金香 周常勇 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期526-536,I0001共12页
【目的】预测鉴定甜橙miRNA及其作用机制和功能,为深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相关miRNA的作用等提供翔实的基因信息。【方法】利用高通量测序技术、相关的生物信息学软件和数据库,构建甜橙小RNA文库,然后以甜橙基因组为参考基因组,... 【目的】预测鉴定甜橙miRNA及其作用机制和功能,为深入研究挖掘甜橙miRNA及其抗病相关miRNA的作用等提供翔实的基因信息。【方法】利用高通量测序技术、相关的生物信息学软件和数据库,构建甜橙小RNA文库,然后以甜橙基因组为参考基因组,进行甜橙miRNA鉴定和靶基因预测;利用GO和KEGG数据库对靶基因进行功能分析。【结果】成功构建了甜橙小RNA文库:获得12 617 944条小RNA序列分属于3 065 625种小RNA序列,获得序列中24 nt长的序列最多,占到序列的49.3%。鉴定出2 199 561条miRNA,其中已知miRNA638 722条,分属52种miRNA家族,候选miRNA1 560 839条,分属204种miRNA。已知的52种保守miRNA基因预测出927个靶基因位点,候选miRNA中有154种预测出1 777个靶基因位点。GO数据库对靶基因分类显示,甜橙miRNA调控的靶基因主要参与多细胞互作、转录本调控和细胞组成等生物学途经和分子功能方面。KEGG数据库中病原物与寄主互作亚库分析结果显示,靶基因主要与抗性蛋白、转录因子和抗病酶等关联。【结论】预测鉴定出一批甜橙miRNA及其调控的靶基因,为进一步研究提供了参考信息。 展开更多
关键词 甜橙 MIRNA 靶基因 高通量测序
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民猪和大白猪背最长肌差异表达基因的筛选与注释 预览 被引量:2
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作者 张冬杰 刘娣 +2 位作者 汪亮 何鑫淼 王文涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期181-187,共7页
为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析。结果... 为了筛选民猪和大白猪背最长肌中的差异表达基因,本研究采用高通量测序技术,构建了民猪(脂肪型)和大白猪(瘦肉型)背最长肌组织的数字基因表达谱,对差异表达的数字基因进行了筛选与注释,并进行了GO和通路的功能显著性富集分析。结果表明,民猪和大白猪分别获得5 000 000多条可用的标签数据(Clean tag),其中拷贝数大于100的标签所占比例最高,分别为88.62%和84.62%;完全比对到正义链上,且1个标签仅比对到1个基因的分别为2 351 788和2 388 175条。以大白猪为对照组,民猪与之相比,差异倍数在2倍以上的共有1 098个基因,其中44个上调表达,1 054个下调表达,有11个基因只在民猪中表达,256个基因只在大白猪中表达,差异表达基因中包括多个与肌内脂肪含量、脂类代谢、肉色、嫩度和肌肉生长发育相关的基因或转录子。民猪和大白猪分别预测到了23 853个和34 731个定位在猪基因组不同位置的新转录本,其中包含存在1个碱基错配的标签。民猪和大白猪之间的差异基因在细胞所处位置方面显著富集的条目有细胞质、膜旁细胞器、色素粒、水解性液泡、部分细胞内等共计18个;在基因分子功能方面显著富集的条目有蛋白结合和氧化还原酶活性2个;在参与的生物过程方面显著富集的条目有对压力的应答、对活性氧的应答和羧酸代谢过程等14个。显著富集的通路共计11个,按照P值从小到大的顺序,溶酶体、PPAR信号通路和胆汁酸合成通路为差异最显著的3个通路。本研究结果可为今后挖掘新基因和研究影响猪肉品质的遗传因素等提供理论依据。 展开更多
关键词 背最长肌 差异表达 新转录子 高通量测序
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葡萄根际土壤真菌群落多样性分析
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作者 史芳芳 李向泉 《中国农业科技导报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期47-58,共12页
为了解新疆兵团第十二师不同葡萄种植产区根际土壤真菌群落多样性,以十二师五一农场(WY)、三坪农场(SP)、头屯河农场(TTH)、221团(221)、222团(222)及农业科学研究所(NKS)共6个不同区域葡萄根际土壤样品为试验材料,对土壤理化性质和微... 为了解新疆兵团第十二师不同葡萄种植产区根际土壤真菌群落多样性,以十二师五一农场(WY)、三坪农场(SP)、头屯河农场(TTH)、221团(221)、222团(222)及农业科学研究所(NKS)共6个不同区域葡萄根际土壤样品为试验材料,对土壤理化性质和微生物种类进行检测,并对土壤真菌18S RNA V2区进行高通量测序,以分析真菌群落多样性及丰度,并对土壤理化性质与土壤真菌菌群多样性进行相关性分析。结果表明:NKS的土壤肥力最高,各养分含量均在极丰等级。18S RNA测序结果显示,不同区域的真菌组成存在差异,SP和WY、221和222、NKS和TTH两两之间真菌群落结构相似,其中子囊菌门(Ascomycota)真菌占总菌群比例分别约为80%、60%和30%左右,而NKS的担子菌门(Basidiomycota)真菌占比远远高于其他5个地区,占总菌群的47%。Alpha多样性分析显示,222团的土壤真菌群落多样性最高,221团次之,三坪农场多样性最低。Beta多样性分析显示221团和222团的葡萄根际土壤真菌菌群组成最相似。土壤环境因子有机质、碱解氮和有效磷与土壤真菌群落组成存在显著正相关关系,表明可以通过调节土壤养分水平,来改变葡萄土壤真菌群落组成和遗传多样性水平。上述结果对真菌水平上改良土壤和葡萄土壤质量评价具有指导意义,也为十二师葡萄产区今后的施肥策略提供参考依据。 展开更多
关键词 葡萄 土壤微生物 真菌 高通量测序 群落多样性
高通量测序SNP分型技术在无创性产前亲子鉴定中的应用
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作者 史萌 张核子 +1 位作者 操利超 刘博 《热带医学杂志》 CAS 2018年第7期865-868,共4页
目的探索高通量测序SNP分型技术在无创性产前亲子鉴定中的应用条件。方法采集187组家系孕妇外周血(孕7-28周)和假定父亲外周血应用高通量测序SNP分型技术,探索其在无创亲子鉴定中的应用条件。结果孕周7-8周共65组家系,其中8组胎儿DNA... 目的探索高通量测序SNP分型技术在无创性产前亲子鉴定中的应用条件。方法采集187组家系孕妇外周血(孕7-28周)和假定父亲外周血应用高通量测序SNP分型技术,探索其在无创亲子鉴定中的应用条件。结果孕周7-8周共65组家系,其中8组胎儿DNA浓度〈2%,孕周9周以上胎儿DNA浓度均〉2%。8组胎儿DNA浓度〈2%未得到明确结论,未检出率为4.278%;胎儿DNA浓度〉2%检出率为95.722%,血浆的平均测序深度达到300 X以上时,均能得到明确结论(支持/排除)。结论高通量测序SNP分型技术在无创产前亲子鉴定应用条件建议:孕9周以上,保证周胎儿DNA浓度大于2%,测序深度大于300 X的条件下进行。 展开更多
关键词 高通量SNP分型 无创产前亲子鉴定 胎儿浓度 累计父权指数
深度测序分析早产儿坏死性小肠结肠炎肠道菌群多样性变化 被引量:4
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作者 杜喜峰 冯晋兴 +2 位作者 于爱真 吕元红 王雪 《中国妇幼保健》 CAS 2017年第19期4700-4702,共3页
目的 利用深度测序方法分析早产儿坏死性小肠结肠炎(NEC)肠道菌群多样性变化。方法 采集NEC组和匹配对照组各16例早产儿的粪便标本,采用高通量测序技术分析肠道菌群16S rDNA PCR产物,分析早产儿NEC的肠道菌群多样性及其变化。结果 NE... 目的 利用深度测序方法分析早产儿坏死性小肠结肠炎(NEC)肠道菌群多样性变化。方法 采集NEC组和匹配对照组各16例早产儿的粪便标本,采用高通量测序技术分析肠道菌群16S rDNA PCR产物,分析早产儿NEC的肠道菌群多样性及其变化。结果 NEC组的Chao指数值为(57.25±60.5),对照组为(58.19±92.1),两组比较差异无统计学意义(P〉0.05)。两组样本Shannon指数值比较发现,NEC组的Shannon指数值为(0.87±0.65),对照组为(1.31±0.56),NEC组明显低于对照组,差异有统计学意义(P〈0.05)。两组肠道菌群门主要为厚壁菌门和变形菌门两大类。NEC组的Firmicutes占比为(0.40±0.41),对照组为(0.42±0.33),两组比较差异无统计学意义(P〉0.05)。NEC组的Proteobacteria占比为(0.52±0.43),对照组为(0.54±0.35),两组比较差异无统计学意义(P〉0.05)。结论 肠道细菌多样性下降可能与NEC的发生密切相关。 展开更多
关键词 坏死性小肠结肠炎 高通量测序 菌群多样性
人工微宇宙环境下油气指示微生物的异常特征
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作者 梅泽 许科伟 +4 位作者 汤玉平 顾磊 杨帆 殷波 刘和 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第3期415-422,共8页
为了解烃类对微生物的作用机制,通过人工微宇宙装置进行实验室水平模拟,结合培养法和分子生物学检测技术,以典型含油气区块土壤样品中的油气指示微生物为研究对象,探讨在模拟微渗漏条件下,一定驯化周期内不同轻烃组分驯1ZT油气指... 为了解烃类对微生物的作用机制,通过人工微宇宙装置进行实验室水平模拟,结合培养法和分子生物学检测技术,以典型含油气区块土壤样品中的油气指示微生物为研究对象,探讨在模拟微渗漏条件下,一定驯化周期内不同轻烃组分驯1ZT油气指示微生物的数量变化和群落结构演替特征.结果显示,在微量轻烃(1×10-8)持续驯化下,土壤中油气指示微生物数量发生了不同程度的增长,甲烷驯化组中甲烷氧化菌的菌落数量增长了76.5%,pmo/l基因丰度增幅达180.0%;丁烷驯化组中丁烷氧化菌的菌落数量增长了212.0%,bm幽瑾因丰度增幅达285.0%.16SrRNA高通量测序进一步显示,在模拟微渗漏(1X10“)的条件下,油气指示微生物属于低丰度种群,其中Meth3,lococcaceae(甲基球菌)、Methylophilaceae(嗜甲基菌)、Methylocystis(甲基孢囊菌)等微生物与甲烷正相关,Rhodosprillaceae(红螺菌)、Pseudonocardia(伪诺卡式菌)等微生物与丁烷正相关,其他的一些硝化微生物Nitrospira(硝化螺旋菌)、Xanthomonas(黄单胞菌)等则与烃类负相关.本研究深化了关于气态烃对油气微生物作用机制的认识,可为油气微生物勘探技术提供新思路(图6表2参33) 展开更多
关键词 微生物勘探 微宇宙 16S rRNA高通量测序 气态烃
黄海西部海域沉积物细菌群落及其对环境因子的响应 预览
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作者 黄备 邵君波 母清林 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2019年第7期1423-1433,共11页
黄海是西太平重要的边缘海。微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用,它们的群落结构、多样性及变化一定程度上反映了沉积物质量的变化。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物... 黄海是西太平重要的边缘海。微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用,它们的群落结构、多样性及变化一定程度上反映了沉积物质量的变化。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。2016年10月对黄海西部海域19个监测站位的微生物群落及环境因子开展了深入调查。应用Illumina MiSeq宏基因组高通量测序技术,共鉴定海域沉积物中微生物41门266属,变形菌门为明显的优势门类,其相对丰度占总数的47%。其他较为丰富的门类包括酸杆菌门(Acidobacteria),放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes),浮霉菌门(Planctomycetes)和疣微菌门(Verrucomicrobia)。各站位细菌多样性非常高,但站位间差异较大。其中Chaol指数均值为7 365.3;Shannon指数平均为9.65;Simpson指数平均为0.995。应用Past软件,采用CCA分析法研究细菌群落与环境因子的相关性,结果显示总磷和沉积物粒径对微生物门水平的群落分布具有显著性影响。计算细菌与环境因子间Pearson相关系数并绘制热图分析,发现酸杆菌、衣原体(Chlamydiae)和硝化螺旋菌(Nitrospirae)与总磷呈较明显的负相关。 展开更多
关键词 宏基因组 高通量测序 海洋沉积物 微生物群落 黄海西部
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基于高通量测序分析刺梨果渣自然发酵过程中细菌群落结构及多样性 预览
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作者 谢丹 刘晓燕 +5 位作者 毕远林 宋明发 梁芳芳 许粟 何劲 马立志 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2019年第22期110-114,共5页
为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d(每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中... 为分析刺梨果渣自然发酵过程中各阶段的细菌群落结构及多样性,利用MiSeq高通量测序技术检测自然发酵刺梨果渣中细菌的16S rDNA基因V3~V4高变区序列,比较发酵6~60 d(每隔6 d取一次样)时细菌群落的差异。结果显示:10个不同发酵时期样本中共检测而出26个门类、40个纲类群、74个目类群、162个科类群、373个属类群。在整个发酵过程中,主要以葡糖杆菌属和醋酸杆菌属为主。发酵结束后,在门相对水平丰度值依次是变形菌门(Proteobacteria,99.85%)、厚壁菌门(Firmicutes,0.03%)、放线菌门(Actinobacteria,0.02%)和拟杆菌门(Bacteroidetes,0.02%),在整个发酵过程中变形菌门占主要地位;在属相对水平丰度值排前面的葡糖杆菌属(Gluconobacter,65.37%)和醋酸杆菌属(Acetobacter,33.66%)为刺梨果渣发酵过程中绝对的优势菌;发酵后期细菌群落趋于稳定,表明刺梨果渣自然发酵过程中微生物群落结构变化是相对稳定的。 展开更多
关键词 刺梨果渣 自然发酵 高通量 细菌群落 多样性
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椒江化工园区附近潮间带沉积物中微生物群落结构及其对环境因子的响应 被引量:1
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作者 黄备 孟伟杰 +1 位作者 罗韩燕 唐静亮 《湿地科学》 CSCD 北大核心 2018年第2期144-151,共8页
为了研究滨海化工园区附近潮间带沉积环境中的微生物群落结构,揭示化工园区排污对附近沉积环境中微生物的多样性及群落影响,同时也为揭示滨海化工园区附近潮间带环境中微生物群落的多样性和复杂性。选择浙江省台州市椒江化工园区附近潮... 为了研究滨海化工园区附近潮间带沉积环境中的微生物群落结构,揭示化工园区排污对附近沉积环境中微生物的多样性及群落影响,同时也为揭示滨海化工园区附近潮间带环境中微生物群落的多样性和复杂性。选择浙江省台州市椒江化工园区附近潮间带沉积物微生物群落为研究对象,利用Illumina Mi Seq高通量测序技术,在椒江化工园区附近潮间带的沉积物中,共鉴定出古菌和细菌16门43科76属176种,其中,变形菌门丰度最高,其序列数占总序列数的62.4%;ACE指数和Chao指数的平均值分别为232和233,Shannon多样性指数平均值为4.44,Simpson多样性指数平均值为0.033,表明潮间带沉积物中微生物群落的多样性水平较高,化工园区南、北端附近潮间带沉积物中微生物群落的多样性水平差异较小;沉积物中绿弯菌门、浮霉菌门物种数量等与多数环境指标显著负相关,装甲菌门、脱铁杆菌门和待定菌群OD2、TM8物种数量则与多种重金属、多环芳烃和多氯联苯化合物含量显著正相关。 展开更多
关键词 宏基因组 高通量测序 潮间带沉积物 微生物群落 椒江口
基于高通量测序和传统分离研究雪茄外包皮表面细菌多样性及演替
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作者 张鸽 梁开朝 +6 位作者 辛玉华 王娟 李书贵 李爱军 王帆 张海波 刘好宝 《应用与环境生物学报》 CSCD 北大核心 2018年第4期783-788,共6页
细菌在烟叶发酵过程中起着重要作用,为探索烟叶的发酵机理,采用Illumina miseq高通量测序技术(Highthroughput sequencing,HTS)和传统微生物分离方法,对墨西哥不同发酵时期雪茄外包皮表面细菌群落结构、丰富度及演替进行研究.(1)HT... 细菌在烟叶发酵过程中起着重要作用,为探索烟叶的发酵机理,采用Illumina miseq高通量测序技术(Highthroughput sequencing,HTS)和传统微生物分离方法,对墨西哥不同发酵时期雪茄外包皮表面细菌群落结构、丰富度及演替进行研究.(1)HTS获得有效序列条数514 641条,包含65个OTUs,主要种属为棒状杆菌属(Corynebacterium)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、不动杆菌属(Acinetobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)等.HTS结果表明,墨西哥雪茄外包皮表面细菌群落组成丰富,细菌群落结构随发酵进程而变化,优势微生物由棒状杆菌属(44.64%)和假单胞菌属(40.88%)演替为后期的葡萄球菌属(72.78%).α多样性结果表明FJQY-1和FJQY-2样品的细菌群落具有较高的丰富度.β多样性分析发现FJQY-2、FJQY-3和FJQY-4三个样品细菌结构及丰度较为相似.(2)传统分离结果显示,不同发酵时期雪茄外包皮表面细菌主要为芽孢杆菌属(55.10%)和葡萄球菌属(22.45%),与HTS结果比较,单一传统分离方法不能全面反映不同时期雪茄外包皮表面细菌群落结构和演替.本研究表明,在不同发酵时期,雪茄外包皮表面细菌发生着群落演替;HTS测序在揭示微生物群落演替中发挥了重要作用;传统微生物分离鉴定方法不能全面反映微生物多样性及群落演替,但能获得发酵过程中的部分微生物用于后期功能研究. 展开更多
关键词 雪茄外包皮 高通量测序 发酵时期 细菌多样性 群落演替
椒江口海域沉积物微生物群落及其对环境因子的响应 预览 被引量:2
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作者 黄备 邵君波 +2 位作者 周斌 孟伟杰 罗韩燕 《中国环境监测》 CSCD 北大核心 2017年第6期87-94,共8页
微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用。微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。应用Il... 微生物群落在有机污染物生物地球化学循环中起着十分关键的作用。微生物群落结构和多样性及其变化在一定程度上反映了土壤的质量。宏基因组学能够在整体水平解析微生物群落结构,真实地揭示原位环境中微生物群落的复杂性和多样性。应用Illumina Mi Seq宏基因组高通量测序技术,在椒江口海域沉积物中鉴定得到古菌和细菌共33门类,变形菌门为明显的优势门类,其序列数占总数的62.1%。其他较为丰富的门类包括绿弯菌门、放线菌门、拟杆菌门。采用mothur软件计算Ace、Chao、Shannon、Simpson指数,结果发现,Ace、Chao的均值分别为511、518,Shannon在5.0左右,Simpson接近于0.02,显示出海域沉积物中微生物多样性较高且差异较小。通过微生物门类多样性与环境因子的相关性分析发现,PCB101、盐度和γ-氯丹对微生物门水平的群落分布具有显著性影响。计算微生物门类组成与环境因子间Spearman相关系数并绘图分析,温度、盐度、pH与多个微生物门类的组成和分布呈现明显的相关关系。 展开更多
关键词 宏基因组 高通量测序 海洋沉积物 微生物群落 椒江口
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