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髓细胞白血病因子-1抑制剂的三维定量构效关系研究 预览
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作者 李静 邓雅庭 +2 位作者 王俊伟 王娟 林治华 《化学研究与应用》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期192-202,共11页
髓细胞白血病因子-1(Mcl-1)在多种细胞的生存与死亡中发挥着重要的作用,参与多种肿瘤的发生,已经成为新的研究热点。本文针对52个Mcl-1抑制剂2-吲哚酰基磺酰胺类化合物进行三维定量关系(3D-QSAR)研究,研究其结构与活性的关系。为此,基... 髓细胞白血病因子-1(Mcl-1)在多种细胞的生存与死亡中发挥着重要的作用,参与多种肿瘤的发生,已经成为新的研究热点。本文针对52个Mcl-1抑制剂2-吲哚酰基磺酰胺类化合物进行三维定量关系(3D-QSAR)研究,研究其结构与活性的关系。为此,基于分子的共同骨架叠合运用比较分子立场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)两种经典的方法进行了三维定量构效关系的研究,建立相应模型,进行分子结构和抗肿瘤活性的分析。CoMFA模型的交叉验证系数q2为0.714,相关系数r2为0.992,预测相关系数r2pred为0.654,立体场和静电场对活性的贡献为62%和38%。CoMSIA模型的交叉验证系数q2为0.785,相关系数r2为0.984,预测相关系数r2pred为0.763。立体场、静电场、疏水场对活性的贡献为25.1%、41.0%和33.9%。数据证明上述模型都显示出了较好的预测性,为设计新型高活性的小分子抑制剂提供了有效信息。 展开更多
关键词 Mcl-1抑制 3D-QSAR COMFA COMSIA
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HEPT类HIV-1逆转录酶衍生物的CoMFA、CoMSIA及HQSAR分析
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作者 仝建波 雷珊 +1 位作者 王洋 秦尚尚 《精细化工》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第1期57-65,73共10页
采用比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似因子分析法(CoMSIA)和分子全息定量结构关系(HQSAR)对1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类衍生物进行了分子活性构象选择、分子叠合、空间力场范围建立以及相应3D-QSAR模型建立。... 采用比较分子力场分析法(CoMFA)、比较分子相似因子分析法(CoMSIA)和分子全息定量结构关系(HQSAR)对1-[(2-羟乙氧)甲基]-6-苯硫基胸腺嘧啶(HEPT)类衍生物进行了分子活性构象选择、分子叠合、空间力场范围建立以及相应3D-QSAR模型建立。结果表明:该法所建模型对此类化合物具有良好的预测能力。CoMFA模型显示,交叉验证系数(q^2)为0.565,非交互验证系数(r^2)为0.892;CoMSIA模型显示,最佳q^2为0.636,r^2为0.953;最佳的HQSAR模型显示,q^2为0.876,r^2为0.929,最佳全息长度为97。根据三维等势图和HQSAR色码图设计了7个有较高活性的HEPT类化合物。 展开更多
关键词 COMFA COMSIA HQSAR HEPT类衍生物 生物工程
大肠杆菌DXS酶抑制剂的3D-QSAR研究 预览
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作者 戴康 马建 +2 位作者 李天恩 吴吉祥 谭宏飞 《中南民族大学学报:自然科学版》 CAS 2019年第3期404-410,共7页
利用分子对接和叠合构象,在SYBYL软件中运用CoMFA和CoMSIA方法,成功建立了DXS酶抑制剂的3D-QSAR预测模型,其相关参数(CoMFA:q^2=0.617,R^2=0.998,rpred^2=0.640;COMSIA:q^2=0.505,R^2=0.990,rpred^2=0.668,其中q^2为交叉验证系数,R和rp... 利用分子对接和叠合构象,在SYBYL软件中运用CoMFA和CoMSIA方法,成功建立了DXS酶抑制剂的3D-QSAR预测模型,其相关参数(CoMFA:q^2=0.617,R^2=0.998,rpred^2=0.640;COMSIA:q^2=0.505,R^2=0.990,rpred^2=0.668,其中q^2为交叉验证系数,R和rpred为检验模型预测能力的相关系数)均证明模型具有较好的预测能力.该模型研究了DXS抑制剂的三维构效关系,其结构方面的信息有助于研发新的DXS抑制剂. 展开更多
关键词 异戊二烯类似物 1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶 比较分子立场分析 比较分子相似性指数分析 三维定量构效关系
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Comprehensive 3D-QSAR and Binding Mode of DAPY Inhibitors Using R-group Search and Molecular Docking 预览
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作者 仝建波 王洋 +1 位作者 雷珊 秦尚尚 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2019年第1期25-36,1共13页
The diarylpyrimidine(DAPY) compounds are important in the nonnucleoside reverse enzyme inhibitors. The present study is aimed at studying the three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR) of ... The diarylpyrimidine(DAPY) compounds are important in the nonnucleoside reverse enzyme inhibitors. The present study is aimed at studying the three-dimensional quantitative structure-activity relationship(3D-QSAR) of DAPY inhibitors and their binding mode. We build a 3D-QSAR model involving 24 training DAPY inhibitors based on Topomer CoMFA, and 8 molecules are employed to validate the external predictive power of the model obtained. The multiple correlation coefficients of fitting, cross-validation and external validation were 0.979, 0.597 and 0.756, respectively. Topomer Search was employed as a tool for virtual screening in drug-like compounds of ZINC database(2012). Finally, we successfully design 30 new molecules with higher activity than that of all training and test inhibitors. The results indicated that Topomer CoMFA model had both favorable estimation stability and good predictive capability. Topomer Search technology could be effectively used to screen and design new compound, and had good predictive capability to guide the design of new Anti-HIV drugs. The molecular docking method was also used to study the interactions of these drugs by docking the ligands into HIV-1 reverse transcriptase active site, which revealed the likely bioactive conformations. This study showed extensive interactions between the DAPY derivatives and MET230, TRP229, PHE227, TYR318, TYR183, PRO95, GLY99, ILE100,TYR188, VAL106, TYR181, GLY190, GLU138, VAL179, THR139, ASN103 and LYS101 residues in the active site of HIV-1 reverse transcriptase. These results provide useful insights for the design of potent new inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase. 展开更多
关键词 3D-QSAR DAPY INHIBITORS Topomer COMFA Topomer SEARCH molecular DOCKING
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3D-QSAR Study of Melittin and Amoebapore Analogues by CoMFA and CoMSIA Methods 预览
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作者 仝建波 秦尚尚 江国艳 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2019年第2期201-210,165共11页
Peptides are one of the indispensable substances in life. The use of computer aided drug design (CADD) methods to design peptides and peptiodmimetics can short the design cycle, save research funding, improve the leve... Peptides are one of the indispensable substances in life. The use of computer aided drug design (CADD) methods to design peptides and peptiodmimetics can short the design cycle, save research funding, improve the level of whole research to a large extent and guide the discovery of new drugs. In this paper, Melittin and amoebapore three-dimensional quantitative structureactivity relationship (3D-QSAR) models were established by using comparative molecular field analysis (CoMFA) and comparative molecular similarity indices analysis (CoMSIA) method. The result shows that, the correlation coefficient (q^2) was 0.583 and non-cross-validation correlation coefficient (r^2) was 0.972 for the melittin CoMFA model. The q^2 and r^2 were 0.630 and 0.995 for the best CoMSIA model, 0.645 and 0.993 for the amoebapore CoMFA model, and 0.738 and 0.996 for the best CoMSIA model. The statistical parameters demonstrated that the CoMFA and CoMSIA models had both good predictive ability and high statistical stability, and can provide theoretical basis for designing new high activity polypeptide drugs. 展开更多
关键词 3D-QSAR MELITTIN ANALOGUES amoebapore ANALOGUES COMFA COMSIA
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3D-QSAR and Docking Studies of 1,3,4-Thiazolidinone Derivatives Using R-Group Search and Surflex-dock 预览 被引量:1
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作者 仝建波 王洋 +1 位作者 雷珊 秦尚尚 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2019年第3期464-475,共12页
In this paper, a three-dimensional quantitative structure-activity relationships(3 D-QSAR) study for 20 HIV-1 reverse transcriptase(RT) inhibitors was established using Topomer Co MFA. The models were built based on d... In this paper, a three-dimensional quantitative structure-activity relationships(3 D-QSAR) study for 20 HIV-1 reverse transcriptase(RT) inhibitors was established using Topomer Co MFA. The models were built based on different fragment cutting models, with the most effective model of the multiple correlation coefficients of fitting(r2) to be 0.920, cross-validation(q2) of 0.575, and external validation(Qext2) being 0.701. The results indicated that the model obtained has both favorable estimation stability and good prediction capability. Topomer Search was used to search R-group from ZINC database. As a result, a series of R-groups with relatively high activity contribution was obtained. By No. 6 molecule filtering, 3 R1 and 15 R2 groups were selected, and employed to alternately substitute for the R1 and R2 of sample 6. Finally, 45 new compounds were designed, and the Topomer CoMFA model was used to predicate the biological activity, so the Topomer Search is effective in screening and can guide the design of new HIV/AIDS drugs. The molecular docking method was also used to study the interactions of these drugs by docking the ligands into HIV-1 RT active site, which revealed the likely bioactive conformations. This study showed that there are extensive interactions between the 1,3,4-thiazolidinone revertase inhibitors and His84, Asp145, Lys33 and Leu83 residues in the active site of HIV-1 RT. These results provide useful insights for the design of potent new inhibitors of RT. 展开更多
关键词 QSAR RT INHIBITORS Topomer COMFA Topomer SEARCH design of new INHIBITORS molecular docking
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A 3D-QSAR Study of HIV-1 Integrase Inhibitors Using RASMS and Topomer CoMFA 预览
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作者 仝建波 秦尚尚 +1 位作者 雷珊 王洋 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2019年第6期867-881,共15页
Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is a significant human health threat around the world. Therefore, the study of anti-human immunodeficiency virus(HIV) drug design has become an important task for today’s soci... Acquired Immunodeficiency Syndrome(AIDS) is a significant human health threat around the world. Therefore, the study of anti-human immunodeficiency virus(HIV) drug design has become an important task for today’s society. In this paper, a three-dimensional quantitative structure-activity relationships study(3 D-QSAR) was conducted on 53 HIV-1 integrase inhibitors(IN) using random sampling analysis on molecular surface(RASMS) and Topomer comparative molecular field analysis(Topomer CoMFA). The multiple correlation coefficients of fitting, cross-validation, and external validation of two models were 0.926, 0.815 and 0.908 and 0.930, 0.726 and 0.855, respectively. The results indicated that two models obtained had both favorable estimation stability and good prediction capability. Topomer Search was used to search appropriate R groups from ZINC database, and 28 new compounds were designed thereby. The Topomer CoMFA model was subsequently used to predict the biological activity of these compounds, showing that 24 of the new compounds were more active than the template molecule. Ligands of the template molecule and new designed compounds were used for molecular docking to study the interaction of these compounds with the protein receptor. The results show that the ligands would form hydrogen-bonding interactions with the residues LEU58, THR83, GLN62, MET155, LYS119 and ALA154 of the protein receptor generally, thereby providing additional insights for the design of even more effective HIV/AIDS drugs. 展开更多
关键词 3D-QSAR INTEGRASE INHIBITORS RASMS Topomer COMFA molecular DOCKING
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南药溪黄草中二萜类成分的保肝活性及构效关系研究
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作者 刘方乐 林朝展 祝晨蔯 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1409-1415,共7页
目的探讨来自溪黄草3种基原植物的23种二萜类化合物保肝作用的构效关系,为阐明溪黄草保肝药效物质基础及保肝活性先导化合物的发现提供依据。方法建立过氧化氢(H2O2)损伤肝细胞模型,测定23种二萜化合物对细胞存活率(CV)及转氨酶(AST、A... 目的探讨来自溪黄草3种基原植物的23种二萜类化合物保肝作用的构效关系,为阐明溪黄草保肝药效物质基础及保肝活性先导化合物的发现提供依据。方法建立过氧化氢(H2O2)损伤肝细胞模型,测定23种二萜化合物对细胞存活率(CV)及转氨酶(AST、ALT)含量的影响;采用三维定量构效关系(3D-QSAR)方法,以分子结构参数及CV构建比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)模型,分析其构效关系。结果与模型组比较,贝壳杉烷型二萜nodosin、isodocarpin和松香烷型二萜Gerardianol A、Gerardianin E、Gerardianin D、horminone、Graciliflorin E和Fleuryinol B具有良好的保肝降酶作用(P<0.05,P<0.01)。模型分析表明,所测试二萜的结构参数与其保肝作用存在明显的相关性,相关系数R2均大于0.9,且交叉验证相关系数q2均大于0.5,说明模型可靠;贝壳杉烷型和松香烷型二萜的保肝活性差异主要取决于母核上取代基团的位置及类型,母核类型对其活性影响不大。结论二萜类化合物是溪黄草重要的保肝药效物质基础;所构建模型预测的化合物活性的理论值与实测值接近,该模型具有良好的预测能力,可用于同类型二萜保肝活性的预测。 展开更多
关键词 溪黄草 二萜类 保肝作用 定量构效关系 比较分子力场 比较分子相似性指数
TNNI3K抑制剂3D-QSAR的研究及虚拟筛选 预览
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作者 徐闻曦 蔡晓然 +2 位作者 郑小娇 刘根炎 巨修练 《武汉工程大学学报》 CAS 2018年第5期485-493,共9页
通过一系列肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂苯磺酰胺衍生物构建了其3D-QSAR模型,研究其结构与活性关系。所得CoMFA、TopomerCoMFA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.622、0.768,非交叉验证系数r2分别为0.952、0.981,外部验证相关系数R2pred分别... 通过一系列肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂苯磺酰胺衍生物构建了其3D-QSAR模型,研究其结构与活性关系。所得CoMFA、TopomerCoMFA模型的交叉验证相关系数q2分别为0.622、0.768,非交叉验证系数r2分别为0.952、0.981,外部验证相关系数R2pred分别为0.823、0.754,说明模型具有良好的预测性能和稳定性。采用Topomer Search对ZINC数据库进行虚拟筛选,共得到25个分子,其预测活性均高于活性最高的模板分子。最后通过分子对接筛选得到11个分子可作为TNNI3K抑制剂进一步研究。 展开更多
关键词 肌钙蛋白Ⅰ相关激酶抑制剂 COMFA 分子对接 虚拟筛选
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不同电荷场优化咪唑并吡啶类VEGFR-2抑制剂的三维定量构效关系研究 预览
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作者 刘桦 蒲铃铃 +2 位作者 宋海星 曾莉萍 梁桂兆 《化学研究与应用》 CSCD 北大核心 2018年第5期719-727,共9页
运用不同电荷场优化咪唑并吡啶类VEGFR-2抑制剂,挑选出最优电荷场Gasteiger-Marsili,用COMFA和CoMSIA两种方法建立3D-QSAR模型,以分析化合物结构与分子活性之间的关系。COMFA和CoMSIA模型的交叉验证系数分别为q^2=0.673和q^2=0.61... 运用不同电荷场优化咪唑并吡啶类VEGFR-2抑制剂,挑选出最优电荷场Gasteiger-Marsili,用COMFA和CoMSIA两种方法建立3D-QSAR模型,以分析化合物结构与分子活性之间的关系。COMFA和CoMSIA模型的交叉验证系数分别为q^2=0.673和q^2=0.612,拟合验证系数分别为r^2=0.891和r^2=0.973,外部验证复相关系数分别为r2pred=0.669和r2pred=0.658,结果表明两种模型都有良好的可信度和预测能力。COMFA和CoMSIA模型在三维等视图上相互对照和验证,得到的结论与分子对接结果一致,确立了分子结构对抑制剂活性影响的具体作用方式,对指导药物的设计与改造,新VEGFR-2抑制剂的合成提供参考。 展开更多
关键词 VEGFR-2抑制剂 电荷场 COMFA COMSIA 3D-QSAR模型
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抗癌药物α,β不饱和羰基化合物3D-QSAR研究 预览
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作者 陈研君 《四川大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2018年第1期141-146,共6页
采用CoMFA和CoMSIA方法对31个α,β不饱和羰基化合物进行了三维定量构效关系研究,所得模型都具有良好统计学意义.CoMFA:q^2=0.687,R^2=0.956,N=9,SEE=0.090;CoMSIA:q^2=O.756,R^2=0.954,N=9,SEE=0.093.通过三维等值... 采用CoMFA和CoMSIA方法对31个α,β不饱和羰基化合物进行了三维定量构效关系研究,所得模型都具有良好统计学意义.CoMFA:q^2=0.687,R^2=0.956,N=9,SEE=0.090;CoMSIA:q^2=O.756,R^2=0.954,N=9,SEE=0.093.通过三维等值图分析其影响抑制剂分子的活性因素,并设计出了新的活性较高抑制性分子. 展开更多
关键词 构效关系 COMFA COMSIA α β不饱和羰基化合物
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大肠杆菌MurD抑制剂的分子对接与3D-QSAR研究 预览
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作者 李天恩 马建 +1 位作者 覃初新 戴康 《湖北大学学报:自然科学版》 CAS 2018年第5期462-469,共8页
UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸连接酶(MurD)在细胞质中催化D-谷氨酸(D-Glu)和UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala)之间的酰胺键形成UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala-DGlu).由于MurD对D型... UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸连接酶(MurD)在细胞质中催化D-谷氨酸(D-Glu)和UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala)之间的酰胺键形成UDP-N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸-D-谷氨酸(UDP-MurNAc-L-Ala-DGlu).由于MurD对D型氨基酸表现出非常高的特异性,使得它被认为是发现选择性抗菌剂的新靶标之一.通过利用从相关文献中获取的31个大肠杆菌MurD抑制剂建立3D-QSAR预测模型.以分子对接获得的打分较高的活性构象为模版,对选择的分子进行叠合,从中随机选择26个化合物作为训练集建立比较分子场分析(CoMFA)模型,该模型的去一交叉验证(LOO)相关系数q~2=0.515(CoMFA).剩余的5个化合物组成测试集以验证模型的预测性能,相应的相关系数R2press=0.701 8(CoMFA).结果表明建立的CoMFA模型具有较好的预测能力,研究结果将为今后的MurD抑制剂设计和开发提供参考信息. 展开更多
关键词 大肠杆菌MurD抑制剂 分子对接 COMFA 3D-QSAR模型
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新型噻唑-2-乙胺类HAT抑制剂的QSAR研究 预览
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作者 段家喜 赵赛 +1 位作者 易忠胜 聂瑾芳 《桂林理工大学学报》 北大核心 2018年第3期529-536,共8页
采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r2=0.8892)和交叉验证相关系数(q2=... 采用VSMVI变量筛选方法从大量描述符中筛选最优子集,再由MLR回归方法建立了83个噻唑-2-乙胺类化合物与非洲人类锥虫病(HAT)抑制活性之间的二维定量结构-活性相关(2D-QSAR)模型,最优模型的拟合相关系数(r2=0.8892)和交叉验证相关系数(q2=0.8574)表明模型具有良好的稳健性、拟合能力和预测能力。模型的描述符在一定程度上反映了分子的二维结构和疏水性对抑制活性具有重要影响。同时采用基于CoMFA和CoMSIA方法的三维定量结构-活性相关(3D-QSAR)建立了相关性显著、预测能力强的定量模型(CoMFA:r2=0.924,q2=0.516;CoMSIA:r2=0.944,q2=0.531),其中CoMSIA的疏水场贡献率最高,说明了分子的疏水作用对抑制活性的重要影响。 展开更多
关键词 噻唑-2-乙胺类化合物 非洲人类锥虫病(HAT) 二维定量结构-活性相关(2D-QSAR) 基于变量相互作用的变量筛选方法(VSMVI) 比较分子场分析方法(CoMFA) 比较分子相似性指数分析法(CoMSIA)
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Synthesis, Nematicidal Activity, and 3D-QSAR of Novel 1,3,4-Oxadiazole/ Thiadiazole Thioether Derivatives
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作者 Jixiang Chen Xiuhai Gan +5 位作者 Chongfen Yi Shaobo Wang Yuyuan Yang Fangcheng He Deyu Hu Baoan Song 《中国化学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第10期939-944,共6页
关键词 3D-QSAR 衍生物 AVERMECTIN 合成 vivo COMSIA CoMFA 生物鉴定
3D-QSAR Studies on 4-([1,2,4]Triazolo[1,5-a]pyridin-6-yl)-5(3)-(6-methylpyridin-2-yl)imidazole Analogues as Potent Inhibitors of Transforming Growth Factor-β Type I Receptor Kinase 预览
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作者 SUN Li-Qian MENG Li-Qiang +5 位作者 YAN Chao-Qun CUI Dong-Xiao MIAO Jun-Qiu CHEN Jing-Run LIANG Tai-Gang LI Qing-Shan 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2018年第4期517-530,共14页
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Studies on a Series of Coumarin Derivatives for Anticancer Activity against Breast Carcinoma Cell Line MCF-7 and Their Molecular Design 预览
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作者 杨奇 张淑平 江燕 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2018年第12期1891-1898,1844共9页
Breast cancer is one of the most common malignant tumors in women,and is also the focus of researchers.In this article,3D-QSAR (three-dimensional quantitative structure-activity relationship) was performed on 24 molec... Breast cancer is one of the most common malignant tumors in women,and is also the focus of researchers.In this article,3D-QSAR (three-dimensional quantitative structure-activity relationship) was performed on 24 molecules which are a series of coumarin derivatives for their anticancer activity.Our team divided these compounds randomly into the training and test sets to build the CoMFA (comparative molecular field analysis) and CoMSIA (comparative molecular similarity index analysis) models.The coefficients of cross-validation Q2 and non cross-validation R2 for CoMFA model were 0.684 and 0.949,and 0.579 and 0.930 for the CoMSIA model,respectively.The result demonstrates that the model has strong stability and satisfactory predictability.3D contour maps suggest that the electrostatic factor has the greatest impact on activity followed by the H-bonding acceptor and hydrophilic factors.Taking the above results into account,we designed several molecules with high anticancer activity against breast carcinoma cell line MCF-7. 展开更多
关键词 3D-QSAR COMFA COMSIA ANTICANCER COUMARIN
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DFT and 3D-QSAR Studies of Anti-Cancer Agents m-(4- Morpholinoquinazolin-2-yl) Benzamide Derivatives for Novel Compounds Design 预览
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作者 ZHAO Siqi ZHANG Guanglong +1 位作者 XIA Shuwei YU Liangmin 《中国海洋大学学报:英文版》 SCIE CAS CSCD 2018年第3期609-613,共5页
关键词 3D-QSAR 混合物 衍生物 设计 代理人 DFT COMSIA COMFA
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3D-QSAR Studies on a Series of Indoleamide Derivatives as Antiplasmodial Drugs 预览
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作者 YANG Qi ZHANG Shu-Ping ZHAO Shi-Peng 《结构化学》 SCIE CAS CSCD 2018年第7期1015-1024,共10页
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CBP/P300溴结构域联芳基类抑制剂三维定量构效关系研究 被引量:1
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作者 曹洪玉 吴艳华 +2 位作者 任聪 周兴智 蒋革 《化学通报》 CSCD 北大核心 2018年第6期548-554,共7页
CREB结合蛋白(CBP)和与其高度同源的P300蛋白是组蛋白乙酰化酶的两个亚型,两者通过它们的溴结构域(bromodomain,BRD)与染色质结合,目前,CBP/P300已经成为人类在肿瘤靶点领域中的研究热点。本研究基于CBP/P300溴结构域联芳基类抑制... CREB结合蛋白(CBP)和与其高度同源的P300蛋白是组蛋白乙酰化酶的两个亚型,两者通过它们的溴结构域(bromodomain,BRD)与染色质结合,目前,CBP/P300已经成为人类在肿瘤靶点领域中的研究热点。本研究基于CBP/P300溴结构域联芳基类抑制剂建立三维定量构效关系,采用比较分子力场分析法(Co MFA)和比较分子相似性指数分析法(Co MSIA)分别建立35个已知活性抑制剂的3D-QSAR模型,以确定CBP/P300溴结构域联芳基类抑制剂分子结构与生物活性之间的定量关系。Co MFA和Co MSIA模型活性数据p IC50的预测值与实验值基本一致,说明这两个模型具有较高的预测能力和统计学意义。根据Co MFA和Co MSIA模型所提供的立体场、静电场、疏水场、氢键给体场、氢键供体场等信息提出了改善此类抑制剂活性的药物设计思路,为指导设计具有更高活性的新分子和预测更加有效的CBP/P300溴结构域抑制剂提供理论依据。 展开更多
关键词 CBP/P300溴结构域 联芳基类抑制剂 三维定量构效关系 比较分子力场分析法 比较分子相似性指数分析法
咪唑类ALK5抑制剂的3D-QSAR及分子对接研究
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作者 项瑶 赵钟祥 +3 位作者 陈静波 马玉卓 刘鹰翔 熊迪 《云南大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2017年第4期633-642,共10页
TGF—β信号的异常与肿瘤、肾脏和肝脏纤维化等疾病密切相关,其传导通路中的TypeⅠ受体(ALK5)是针对相关疾病的重要作用靶标蛋白.以候选药物EW7197作为模板分子,构建比较分子场分析(CoMFA)模型和比较分子相似性指数分析(CoMSIA... TGF—β信号的异常与肿瘤、肾脏和肝脏纤维化等疾病密切相关,其传导通路中的TypeⅠ受体(ALK5)是针对相关疾病的重要作用靶标蛋白.以候选药物EW7197作为模板分子,构建比较分子场分析(CoMFA)模型和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)模型,对61个咪唑类ALK5抑制剂的结构与其活性的相互关系进行分析,得到2个最佳模型的交叉验证系数q^2分别为0.716、0.704,相关系数r^2分别为0.905、0.976;综合2个模型的势能图发现,氢键受体场和疏水场对抑制剂的活性影响最大.应用分子对接探讨了蛋白靶标和抑制剂之间的结合模式以及重要的相互作用.综合3D-QSAR分析和分子对接结果,希望为设计新型高效、低毒的ALK5抑制剂提供科学依据. 展开更多
关键词 TGF-βⅠ型受体激酶 ALK5抑制剂 咪唑类衍生物 比较分子场分析 比较分子相似性指数分析 分子对接
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