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江浙沪地区EV71的分子流行病学特征
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作者 王磊 崔大伟 +5 位作者 戴玉柱 徐莉 杨先知 谢国良 郑书发 陈瑜 《中华医院感染学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第19期4321-4324,共4页
目的研究江浙沪地区EV71-VP1遗传变异特征,了解江浙沪地区EV71病毒基因突变及抗原变异规律,为EV71的预防、治疗提供帮助。方法从GenBank上下载了江浙沪地区2009-2014年共79株EV71的VP1区段序列与各亚型参考株序列,用MEGA7.0软件构建进化... 目的研究江浙沪地区EV71-VP1遗传变异特征,了解江浙沪地区EV71病毒基因突变及抗原变异规律,为EV71的预防、治疗提供帮助。方法从GenBank上下载了江浙沪地区2009-2014年共79株EV71的VP1区段序列与各亚型参考株序列,用MEGA7.0软件构建进化树,分析江浙沪地区EV71-VP1分子流行病学特征;用疫苗株FY23株做为参考株比较江浙沪地区EV71毒株的氨基酸变异情况。结果通过进化树与序列同源分析,发现79株毒株均为C4a亚型,江浙沪地区EV71毒株可分为两个大簇与数个小簇,两个大簇间没有发现明显的序列差异,江浙沪三个地区的毒株在进化树上的分布不存在明显的差异。79株毒株共存在34个氨基酸位点突变,其中与病毒致病及疫苗接种效果相关的98、145、289位点发生多株突变,7株发生了病毒与受体结合相关的E145G/Q突变,7株发生了位于病毒表面BC环内的E98K突变,5株发生了与临床症状表现相关的A289T/V突变,未发现2009-2014年有明显的EV71毒株氨基酸变异差异。结论虽然2009-2014年江浙沪地区的EV71毒株流行亚型没有改变,也不存在明显地区间的流行差异,但是病毒的基因及氨基酸突变较为多见,仍应关注该地区的病毒基因及抗原变异,以便更好的预防EV71疫情。 展开更多
关键词 EV71 C4亚型 VP1基因 进化树 突变
以主要流行EV71 VP1基因高度保守区为靶点的TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立 预览 被引量:1
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作者 胡晓星 彭杰 +3 位作者 冯悦 刘丽 张阿梅 夏雪山 《生命科学研究》 CAS CSCD 2016年第3期189-195,共7页
在我国,肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)C4型是引起手足口病的主要流行基因型。为建立EV71C4型TaqMan荧光定量PCR检测方法,在C4型EV71VP1基因的高保守区.设计合成引物和TaqMan探针。将包含此目的区段的基因片段克隆到peDNA3.1... 在我国,肠道病毒71型(enterovirus71,EV71)C4型是引起手足口病的主要流行基因型。为建立EV71C4型TaqMan荧光定量PCR检测方法,在C4型EV71VP1基因的高保守区.设计合成引物和TaqMan探针。将包含此目的区段的基因片段克隆到peDNA3.1+载体中,通过体外转录获得标准品,并以梯度稀释的标准品为模板建立工作曲线.进而在优化反应条件的基础上建立TaqMan荧光实时定量PCR检测方法。实验中,所设计引物、探针的高度保守性保证了C4型EV71的高效扩增。经反应条件优化.引物和探针的最佳工作浓度分别为300nmol/L和200nmol/L,在1×103-1×109拷贝数检测范围内具有良好的线性关系(R2=1),灵敏度可达到102 copies/μL。通过对该方法进行检验发现,批间和组间重复实验的变异系数均小于0.5%,且该方法对柯萨奇A16(coxsackievirus A16,CA16)、柯萨奇B1(coxsackievims B1,CB1)、人轮状病毒(human rotavirus,HRV)、单纯疱疹病毒2型(herpes simplex virus type2,HSV-2)均无交叉反应,对6份EV71阳性样本检出率为100%。以上数据表明,文中建立的TaqMan荧光定量PCR方法可为我国主要流行C4型EV71感染的快速诊断及疾病监控提供有效途径. 展开更多
关键词 肠道病毒71型 VP1基因 高保守区 TAQMAN探针 荧光定量PCR 检测
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渭南市2016年手足口病病原学及EV 71型基因特征分析 被引量:1
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作者 魏明敏 王露婕 +7 位作者 李通情 张系忠 刘玮 郭欣 刘腾 魏慧琴 焦莉萍 沈托 《华南预防医学》 2017年第5期406-411,共6页
目的 了解2016年渭南市手足口病病原学特征和肠道病毒71型(EV 71)基因特征。方法 收集渭南市2016年疑似手足口病病例咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR法进行核酸分型检测,同时对2株EV 71型病毒株VP1片段进行核苷酸序列测定以及同源性... 目的 了解2016年渭南市手足口病病原学特征和肠道病毒71型(EV 71)基因特征。方法 收集渭南市2016年疑似手足口病病例咽拭子样本,采用实时荧光定量PCR法进行核酸分型检测,同时对2株EV 71型病毒株VP1片段进行核苷酸序列测定以及同源性及系统进化分析。结果共检测手足口病病例咽拭子样本1 019份,检出肠道病毒阳性689份,总阳性率为67.62%;各型别病毒阳性率由高到低依次为其他肠道病毒26.89%、EV 71型24.63%和Cox A16型16.09%,差异有统计学意义(P〈0.01)。病毒核酸检出阳性主要集中在5―10月,占总阳性数的91.04%(549/603)。病毒核酸检出阳性病例男女性别比为1.26∶1;年龄集中在5岁以下儿童,占93.90%(647/689);散居儿童占67.94%,托幼儿童占32.06%。重症病例以EV 71阳性率最高(72.22%),普通病例以其他肠道病毒阳性率最高(29.04%),差异有统计学意义(P〈0.01)。2株EV 71毒株VP1区序列与C4a基因亚型核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为96.6%~96.7%和99.3%;系统进化树分析显示,2株EV 71毒株与福建流行株(KU595899.1)同源性最高。结论 2016年渭南市手足口病主要病原体为其他肠道病毒,EV 71是引起渭南市手足口病重症病例的优势病毒型别,渭南市EV 71型毒株属于C4a基因亚型。 展开更多
关键词 手足口病 病原 肠道病毒71型 C4基因亚型
福州市手足口病病原构成及肠道病毒71型VP1基因特征分析 被引量:1
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作者 蒋晓虹 姚栩 +3 位作者 关振华 谢迺鸿 张彩云 张晓阳 《中国卫生检验杂志》 CAS 2016年第2期260-263,共4页
目的探讨福州地区手足口病(HFMD)病原谱构成及肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法采集临床诊断为手足口病患者的咽拭子或肛拭子标本1 235例,通过real-time PCR法确定所有标本的肠道病毒型别。获取EV71型分离株,并对VP1基因片段进... 目的探讨福州地区手足口病(HFMD)病原谱构成及肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法采集临床诊断为手足口病患者的咽拭子或肛拭子标本1 235例,通过real-time PCR法确定所有标本的肠道病毒型别。获取EV71型分离株,并对VP1基因片段进行测序,利用DNAStar和Mega 5.1软件进行核苷酸、氨基酸同源性分析并构建系统发生树。结果共检测出932份肠道病毒阳性标本,其中EV71、柯萨奇A16型(Cox A16)和其他肠道病毒的阳性率分别为34.5%(426/1 235)、9.8%(121/1 235)、31.2%(385/1 235)。40株EV71型分离株的VP1基因核苷酸同源性为91.0%~100.0%,氨基酸同源性为95.0%~100.0%。40株病毒基因在系统发生树上与C4基因亚型最为相近,属于C4a基因亚型。结论 EV71是引起福州地区手足口病流行的主要病原体,EV71型病毒株均属于C4a基因亚型,与同期中国大陆EV71参考株基因型相似。 展开更多
关键词 手足口病 肠道病毒71型 VP1区 C4基因亚型
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