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原发性肝细胞癌GOLM1基因异常表达和相关miRNA和lncRNA预测 预览
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作者 王蕾 +10 位作者 刘宗文 王健 张中冕 张玲 张芳 周士霞 张萌迪 邢仪通 孙甜甜 段芳龄 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2019年第2期141-146,共6页
目的通过GOLM1(GP73)在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达,分析其作为HCC诊断标志物的可行性,并预测其相关RNA。方法分析在线数据库HCC中GOLM1 mRNA表达,用含90对HCC组织和癌旁正常组织的组织芯片和免疫组化方法检... 目的通过GOLM1(GP73)在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达,分析其作为HCC诊断标志物的可行性,并预测其相关RNA。方法分析在线数据库HCC中GOLM1 mRNA表达,用含90对HCC组织和癌旁正常组织的组织芯片和免疫组化方法检测GOLM1蛋白表达;用TCGA转录组数据预测GOLM1相关的miRNA和lncRNA。结果 HCC中GOLM1 mRNA 的表达高于癌旁正常组织,与HCC患者临床分期、肿瘤分级和总生存时间相关。GOLM1蛋白在HCC与癌旁组织中的表达差异无统计学意义( P >0.05)。生物信息学分析预测到与GOLM1存在可能调控关系的lncRNA 6个、miRNA 48个。结论 GOLM1 mRNA可作为HCC的诊断和预后标志物,成功预测到与GOLM1相互作用的lncRNA 6个、miRNA 48个。 展开更多
关键词 肝细胞癌 GOLM1 非编码RNA
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TCGA数据库中肝癌相关差异长链非编码RNA筛选和功能预测 预览
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作者 孙金旗 +3 位作者 任凯凯 李南 李雨濛 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2019年第2期147-153,共7页
目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(fold... 目的通过数据库挖掘寻找肝癌差异长链非编码RNA并预测其调控机制。方法从TCGA数据库中下载374例肝癌样本和50例正常样本lncRNA、miRNA、mRNA的测序数据,筛选出差异基因后构建ceRNA网络关系图,对差异基因进行生存分析。设置差异倍数(foldChange)≥2,P<0.01。结果在差异基因中发现77个lncRNA与miRNA相关,其中6个(HTR2A-AS1、AC073352.1、AL359878.1、AP002478.1、C2orf48、MYLK-AS1)与肝癌的总生存期相关;并发现了以hsa-mir-424和hsa-mir-519d为关键节点的ceRNA调控网络。结论通过对TCGA肝癌基因数据的分析,筛选了6个lncRNA与肝癌的生存期有关,hsa-mir-424和hsa-mir-519d是重要的ceRNA调控网络节点。 展开更多
关键词 肝癌 lncRNA ceRNA
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利用GEO在线数据构建脑胶质母细胞瘤ceRNA网络 预览
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作者 王蕾 +4 位作者 阎东明 周博 邢仪通 李丹丹 《中国实用神经疾病杂志》 2019年第11期1168-1172,共5页
目的 构建胶质母细胞瘤(GBM)ceRNA调控网络,探讨其发病机制。方法 利用GSE103229数据集的芯片数据,分析GBM中异常表达的lncRNA、mRNA和miRNA,差异基因判定标准为logFC>1,P<0.05。通过数据库分析三者之间的靶向调控关系,构建ceRNA... 目的 构建胶质母细胞瘤(GBM)ceRNA调控网络,探讨其发病机制。方法 利用GSE103229数据集的芯片数据,分析GBM中异常表达的lncRNA、mRNA和miRNA,差异基因判定标准为logFC>1,P<0.05。通过数据库分析三者之间的靶向调控关系,构建ceRNA网络并用Cytoscape软件可视化。结果 GBM差异基因中,lncRNA1326个,癌组织中上调743个,下调583个;差异mRNA3743个,癌组织中上调1865个,下调1878个;差异miRNA33个,上调9个,下调24个。构建了包含miR124、miR128、miR138和miR193b的GBM的ceRNA网络。结论 成功构建了GBM相关的ceRNA网络,其中miR124、miR128、miR138和miR193b是重要的节点基因。 展开更多
关键词 脑胶质母细胞瘤 非编码RNA 竞争内源性RNA 基因
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胃腺癌中ceRNA网络的构建和miR-204-5p、HOXC8基因的表达及其相关性检测 预览
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作者 王蕾 任凯凯 +5 位作者 陈小华 张萌迪 李丹丹 李晓娜 《郑州大学学报:医学版》 CAS 北大核心 2019年第5期737-740,共4页
目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表... 目的:构建胃腺癌竞争性内源RNA(ceRNA)网络,并观察miR-204-5p和HOXC8 mRNA之间的相关性。方法:利用生物信息学方法和TCGA转录组数据库筛选胃腺癌差异基因,构建ceRNA网络,检测了miR-204-5p和HOXC8 mRNA在胃腺癌组织和SGC7901细胞株中的表达,并分析了两基因间的相互关系。结果:成功构建胃腺癌ceRNA网络,miR-204-5p是重要节点基因,并预测到其靶基因HOXC8;在32例胃腺癌中检测到miR-204-5p低表达,HOXC8高表达,两者呈负相关关系;上调胃腺癌SGC7901细胞中miR-204-5p的表达可以抑制HOXC8 mRNA的表达。结论:miR-204-5p和HOXC8可能是潜在的胃腺癌诊断指标,两者可能存在ceRNA调控关系。 展开更多
关键词 胃腺癌 竞争性内源RNA网络 miR-204-5p HOXC8
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TCGA数据库中不同种族肝细胞癌相关lncRNAs的筛选及功能预测 预览
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作者 任凯凯 +6 位作者 李雨濛 李南 张玲 王健 孙金旗 周博 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第10期1037-1042,共6页
目的lncRNAs在不同种族肝细胞癌中的表达异同目前并不明确。文中旨在分析TCGA数据库中黄色人种、白色人种和黑色人种肝细胞癌共有和特有lncRNAs差异谱并预测其功能和调控机制。方法通过对黄色人种、白色人种和黑色人种的HCC患者的癌和... 目的lncRNAs在不同种族肝细胞癌中的表达异同目前并不明确。文中旨在分析TCGA数据库中黄色人种、白色人种和黑色人种肝细胞癌共有和特有lncRNAs差异谱并预测其功能和调控机制。方法通过对黄色人种、白色人种和黑色人种的HCC患者的癌和癌旁组织进行差异分析得到各自的差异的lncRNAs,并比较3个人种差异lncRNAs基因谱情况,用韦恩图找出3个人种共有的差异lncRNAs。并对筛选出的差异lncRNAs进行生存分析、ceRNA网络构建和靶基因预测并对靶基因行GO、KEGG富集分析和转录因子预测,从而预测其调控机制。结果3个人种共有的肝细胞癌差异lncRNAs 49个,白色人种和黑色人种重叠基因21.5%,白色人种与黄色人种、黑色人种与黄色人种差异lncRNAs重叠率仅为7.8%和5.8%。3个人种共有的LINC01224可预测到靶基因,行GO富集分析显示,其功能和DNA复制、转位、基因表达调控、表观遗传、miRNAs基因沉默及RNA转录后基因沉默等有关;KEGG分析显示,LINC01224和细胞周期调控、DNA复制相关。白色人种生存相关的的11个lncRNAs基因中未预测到靶基因。黄色人种肝细胞癌生存相关的6个lncRNAs中,AC093609.1的靶基因通过GO富集后结果显示,其功能和离子通道活性如钙通道活性、被动跨膜转运蛋白活性有关;KEGG结果显示其参与心肌病、心肌细胞肾上腺素能等信号通路的调控;AC126118.1的靶基因通过GO富集后发现,其靶基因和多种代谢功能相关;KEGG结果也显示其参与脂肪酸降解、ABC转运蛋白、氨基酸代谢等信号通路。结论白色人种和黑色人种lncRNAs表达谱相似性较高,而黄色人种和白色人种、黑色人种差异较大,其中3个人种共有的LINC01224可能参与了调控肿瘤生长;黄色人种特有lncRNA(AC093609.1、AC126118.1)在肿瘤代谢等方面起了重要作用,为后续肝细胞癌的基因验证实验和功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 肝细胞癌 长链非编码RNA TCGA ceRNA 生存分析 人种
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食管鳞癌差异表达基因鉴定及亚洲人食管鳞癌预后lncRNA功能分析 预览
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作者 李雨濛 +5 位作者 任凯凯 侯明宇 蔺小艳 刘宗文 袁翎 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2019年第5期532-537,共6页
目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对... 目的用生物信息学方法分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中转录组差异表达RNA,筛选和预测特异lncRNA的功能。方法通过TCGA数据库筛选ESCC差异表达基因并构建相关ceRNA网络,在GEO中对差异lncRNA进行验证,并对筛选出的差异lncRNA进行生存分析。利用GO、KEGG和蛋白互作网络进一步分析与预后相关lncRNA的功能。结果通过TCGA数据库共筛选出差异表达mRNA2064个,lncRNA1160个,miRNA69个,并成功构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。GEO、TCGA共有差异表达lncRNA26个,其中AC009264.1、PGM5-AS1及LINC00460与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG、PPI分析表明这3个预后相关lncRNA可能参与ESCC的形成与进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,发现一批预后相关lncRNA,有望为ESCC的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。 展开更多
关键词 ESCC ceRNA网络 生存分析 GO及KEGG PPI
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胰腺癌生存相关lncRNA的筛选和验证 预览
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作者 赵雪 +7 位作者 李雨濛 任凯凯 张中冕 刘宗文 胡晓冬 吕梦 王健 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2019年第5期559-562,共4页
目的通过生物信息学分析筛选出与胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者生存相关的长链非编码RNA(lncRNA),并预测其靶基因及相关信号通路。方法通过肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载PDAC及... 目的通过生物信息学分析筛选出与胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma,PDAC)患者生存相关的长链非编码RNA(lncRNA),并预测其靶基因及相关信号通路。方法通过肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载PDAC及癌旁组织的表达谱数据及相应的临床资料,并对这些数据进行生存分析,然后通过共表达分析及基因富集分析找到与差异lncRNA表达相关的mRNA和信号通路。最后通过细胞实验验证AC015660.1、CASC8在PDAC细胞中的表达。结果通过TCGA筛选出4个在PDAC中差异表达的lncRNA,其中AC015660.1和CASC8表达上调,对其进行共表达分析,分别预测出2个靶基因mRNA;对进行单基因GSEA分析,预测出8条CASC8可能的作用通路。细胞实验显示,AC015660.1和CASC8均在PDAC细胞中高表达。结论通过生物信息学分析筛选出与PDAC生存相关的lncRNA,为胰腺癌的预后评估提供了潜在靶点。 展开更多
关键词 胰腺导管腺癌 lncRNA 生物标志物
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食管鳞癌和腺癌转录组差异基因综合分析 预览
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作者 李雨濛 +5 位作者 任凯凯 李南 王健 孙金旗 张亚丽 《医学研究生学报》 CAS 北大核心 2019年第7期715-719,共5页
目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管... 目的食管鳞癌和腺癌在分组特征方面有多大的差异目前并不明确。文中旨在分析食管鳞癌、食管腺癌转录组分子特征的差异性。方法下载TCGA数据库中食管鳞癌和腺癌转录组数据,筛选癌及癌旁组织差异表达的RNA(mRNA、lncRNA、miRNA),构建食管鳞癌和腺癌相关的竞争性内源RNA(ceRNA)网络,对重要miRNA进行靶基因预测及GO、KEGG分析,利用生存分析显示食管鳞癌和腺癌共有差异基因。结果ceRNA网络显示:PVT1、LINC00524、miR-204、miR-383、HOXC8、NTRK2等在食管鳞癌和腺癌中均起重要调控作用。miR-204-5p经miRWalk共预测到13227个调控靶基因,在targetscan,miRDB数据库共筛选出232个靶基因。GO功能分析显示38个富集,主要参与细胞-基质粘附的调节、细胞膜投射形态发生、β-连环蛋白结合等过程。KEGG分析显示4个相关通路:Hedgehog信号通路、寿命调节通路、雌激素信号通路、松弛素信号通路。生存分析结果显示,食管鳞癌中与患者生存相关的差异lncRNA包括LINC00261、MLIP-IT1、LINC00504,差异miRNA包括hsa-mir-338,未发现与生存相关的mRNA。食管腺癌中与生存相关的差异lncRNA包括CYP1B1-AS1、HOTAIR,差异mRNA包括IL11、NTRK2、ANGPT2、PBK。食管鳞癌和腺癌共有的差异lncRNA上调占15.4%(150个),下调占26.8%(158个);miRNA上调占24.2%(22个),下调占27.6%(8个);mRNA上调占20.5%(234个),下调占23.7%(418个)。结论食管鳞癌和腺癌存在明显的分子差异,lncRNA、miRNA及mRNA有望为食管癌的治疗和预后预测提供新的靶点与分子标志物。 展开更多
关键词 食管鳞癌 食管腺癌 转录组 分子特征 ceRNA网络 生存分析
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食管鳞癌中miR-204、miR-205相关ceRNA网络构建及部分lncRNA功能分析 预览 被引量:3
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作者 李雨濛 +7 位作者 李南 任凯凯 张进 苏彦河 袁翎 段芳龄 《胃肠病学和肝病学杂志》 CAS 2018年第3期314-318,共5页
目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR... 目的用生物信息学方法预测食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)组织中miR-204、miR-205相关竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法通过TCGA数据库筛选癌及癌旁组织差异表达的mRNA、长链非编码RNA(lncRNA)和miRNA,构建miR-204、miR-205相关ceRNA网络,并对筛选出的差异基因进行生存分析,利用GO、KEGG和PPI进一步分相关lncRNA的功能。结果以log FC〉2且P〈0.05为标准,筛选出和miR-204、miR-205相关差异表达mRNA 13个,lncRNA 38个,并构建了lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。LINC00504、FER1L6-AS1与亚洲人ESCC患者生存相关。GO、KEGG和PPI分析显示:7个同时调节miR-204、miR-205的lncRNA可能参与ESCC的形成和进展。结论通过分析ESCC转录组测序数据,预测出以miR-204和miR-205为节点的调控网络,可能是ESCC重要的调控机制和诊疗靶点。 展开更多
关键词 食管鳞癌 竞争性内源RNA miR-204 miR-205
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不同治疗方法对消化道肿瘤患者外周血中MDSCs亚群的影响
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作者 李南 +6 位作者 韩德平 李雨濛 任凯凯 张中冕 韩娜 《免疫学杂志》 CSCD 北大核心 2018年第2期151-157,共7页
目的 探讨不同治疗方案对消化道肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)中髓源性抑制细胞(MDSCs)亚群水平的影响。方法 选取郑州大学第二附属医院消化道肿瘤患者40例和健康体检者10例,收集其化疗、手术、手术联合化疗前、后的外周血标本,... 目的 探讨不同治疗方案对消化道肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)中髓源性抑制细胞(MDSCs)亚群水平的影响。方法 选取郑州大学第二附属医院消化道肿瘤患者40例和健康体检者10例,收集其化疗、手术、手术联合化疗前、后的外周血标本,用流式细胞术检测消化道肿瘤患者外周血粒细胞样MDSCs(G-MDSCs)和单核细胞样MDSCs(M-MDSCs)的表达,ELISA检测其功能因子Arg-1和iNOS。结果 消化道肿瘤患者外周血中G-MDSCs和M-MDSCs的水平显著高于健康对照组。化疗、手术及联合治疗后外周血中G-MDSCs和M-MDSCs水平均降低,化疗、手术后MDSCs释放iNOS下降。G-MDSCs在有淋巴结转移、肿瘤直径≥5 cm的患者中较高;M-MDSCs在分化程度低的患者中较高。结论 消化道肿瘤患者外周血中G-MDSCs和M-MDSCs亚群水平升高,手术、化疗以及二者联合可降低MDSCs亚群水平,并且降低MDSCs功能。G-MDSCs与肿瘤直径、淋巴结转移有关,M-MDSCs与分化程度有关。 展开更多
关键词 消化道肿瘤 髓源抑制性细胞 化疗 手术
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