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贵州武陵山地区19份柚资源的遗传多样性 预览
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作者 王小柯 +3 位作者 罗怿 李文云 柏自琴 李金强 《贵州农业科学》 CAS 2019年第2期75-80,共6页
为保护野生和地方柚品种资源、挖掘优良性状,采集贵州武陵山地区19份柚样品,提取总DNA,利用Illumina HiSeq 4000PE150测序,构建GBS(Genotyping-by-Sequencing)文库;使用Samtools软件进行SNP(SingleNucleotidePolymorphism)检测;基于SNP... 为保护野生和地方柚品种资源、挖掘优良性状,采集贵州武陵山地区19份柚样品,提取总DNA,利用Illumina HiSeq 4000PE150测序,构建GBS(Genotyping-by-Sequencing)文库;使用Samtools软件进行SNP(SingleNucleotidePolymorphism)检测;基于SNP基因分型结果采用邻接法构建系统进化树,对19份柚资源进行遗传多样性分析。结果表明:19份柚资源测序总碱基数5.61Gbp且测序质量较高,平均测序深度10.67,与柚参考基因组的平均比对匹配率为98.47%。共获得79825个高质量的SNP位点,所有SNP位点在柚基因组9条染色体上基本均匀分布。系统进化树显示19份样品被聚为3个主要的类群且遗传差异较小。 展开更多
关键词 单核苷酸多态性 核苷酸多样性 遗传多样性
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侵染红肉火龙果的蟹爪兰X病毒贵州分离物基因组分析
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作者 王小柯 +1 位作者 王壮 马玉华 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期219-225,共7页
通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为6 567... 通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为6 567 nt,5’-UTR和3’-UTR分别为60nt和70nt。含有5个ORF,分别编码复制酶蛋白、TGB1、TGB2、TGB3蛋白和外壳蛋白。ZyVX-GZ与P39和B1分离物基因组序列一致性均为91%。TGB1-3、外壳蛋白基因与大多数分离物核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为95%~99%和96%~100%;复制酶基因的核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为80%~89%和92%~97%。系统进化分析表明,ZyVX群体的遗传分化与寄主种类、地理分布不存在相关性。本研究结果丰富了ZyVX群体的基因组序列信息,为ZyVX的监测和防控提供了基础。 展开更多
关键词 复制酶 外壳蛋白 核苷酸 序列一致性
红肉火龙果(Hylocereus polyrhizus)果实与茎转录组测序分析
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作者 王壮 +1 位作者 蔡永强 马玉华 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期55-64,共10页
为探讨红肉火龙果果实和茎转录组模式及可溶性糖和甜菜苷色素积累的分子基础,采用Illumina HiSeq 4000技术对果实果肉和茎进行转录组测序。共获得28.81 Gb的Clean read,组装获得79 658个Unigene(54.98 Mb),平均长度为690 bp。35 139个Un... 为探讨红肉火龙果果实和茎转录组模式及可溶性糖和甜菜苷色素积累的分子基础,采用Illumina HiSeq 4000技术对果实果肉和茎进行转录组测序。共获得28.81 Gb的Clean read,组装获得79 658个Unigene(54.98 Mb),平均长度为690 bp。35 139个Unigene能够在NR、NT、Swiss-Prot、KEGG、COG、PFAM和GO数据库中注释。大量Unigene参与多条代谢途径,包括碳水化合物和氨基酸代谢、次生代谢、柠檬酸循环、果糖和甘露糖代谢等。在果实果肉中上调表达的Unigene主要参与淀粉、蔗糖代谢途径和谷胱甘肽代谢,在茎中上调表达的Unigene主要参与碳代谢和光合作用代谢。筛选获得5个与果实可溶性糖和甜菜苷色素积累的重要候选Unigene。本研究结果克隆的火龙果果实可溶性糖和甜菜苷色素积累相关功能基因,对探讨基因的生理功能和调控机制,改良火龙果果实品质提供重要基础。 展开更多
关键词 氨基酸 甜菜苷 可溶性糖 代谢
‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征分析 预览
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作者 王小柯 +4 位作者 罗怿 柏自琴 李文云 李金强 蔡永强 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期257-265,共9页
【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组... 【目的】分析贵州地方柑橘品种‘惠水金橘’的叶绿体基因组特征及分子标记,为研究该品种的系统进化关系、丰富柑橘类果树叶绿体分子标记奠定基础。【方法】提取‘惠水金橘’成熟叶片总DNA,构建小片段插入文库并测序,以甜橙叶绿体基因组为参考,筛选叶绿体基因组相关序列组装,开展SSR(simple sequence repeat,简单重复序列)预测、SNP(single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)/InDel(insertion-deletion,插入缺失)分析以及聚类分析。【结果】组装后获得叶绿体基因组全长为160 698 bp,GC含量为38.42%,共有117种基因被注释;检测到92个SSR位点,大部分的SSR位点都偏向于A/T组成;检测到417个SNPs位点、149个InDels位点、InDel的标记密度约为每kb 0.927个。进化树显示该品种与其他宽皮柑橘聚为一大类。【结论】利用高通量测序技术挖掘柑橘叶绿体基因组DNA分子标记是可行的。 展开更多
关键词 柑橘 叶绿体基因组 高通量测序 SSRS SNP/InDels
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火龙果转录组SSR的信息分析及其分子标记开发 预览
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作者 王壮 +3 位作者 成文韬 毛永亚 蔡永强 马玉华 《贵州农业科学》 CAS 2018年第7期1-5,共5页
为火龙果种质资源的遗传多样性评价及品种分子鉴定提供参考,利用MISA软件对获得的Unigene进行筛选,以确定火龙果转录组的SSR位点及分布,进而利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并利用PCR扩增筛选SSR多态性引物,根据SSR扩增产物的多态性,利... 为火龙果种质资源的遗传多样性评价及品种分子鉴定提供参考,利用MISA软件对获得的Unigene进行筛选,以确定火龙果转录组的SSR位点及分布,进而利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并利用PCR扩增筛选SSR多态性引物,根据SSR扩增产物的多态性,利用UPGMA方法对15个火龙果种质材料进行聚类分析。结果表明:在碱基序列总长度为54.975Mb的79 658条Unigene中,筛选得到16 523个SSR位点,分布于13 493条Unigene序列上,SSR位点的出现频率为20.74%,平均每3.33kb出现1个SSR位点;SSR的主要类型是单核苷酸重复、二核苷酸重复和三核苷酸重复,其占比分别为59.58%、26.53%和12.93%;随机筛选获得的37对引物经PCR扩增,有23对引物可扩增出清晰条带,11对引物在15个火龙果种质材料中表现出多态性;UPGMA聚类分析将15个火龙果种质材料分为4类,其中,果肉为紫红色或粉红色的贵州紫红龙、贵州红肉-1和台湾红水晶等8个火龙果种质材料聚为Ⅰ类,果肉为红色或粉红色的贵州红龙、云南红肉-2和云南粉肉3个种质材料聚为Ⅱ类,果肉为白色的云南白肉-1、云南白肉-2和贵州野生白肉3个种质材料聚为Ⅲ类,果肉为紫红色的台湾黑龙火龙果种质材料单独为Ⅳ类。 展开更多
关键词 火龙果 转录组 微卫星标记 多态性
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贵州武陵山区柚种质资源调查及消长分析 预览
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作者 李金强 罗怿 +6 位作者 李文云 阮军 田光华 万太友 邹亚 饶念贤 《贵州农业科学》 CAS 2018年第10期7-10,共4页
贵州武陵山区地方柚资源种植历史悠久,存在很多农家品种优良株系,为给贵州柚新品种选育提供材料,并保护有价值的品种资源,通过文献检索、走访座谈、实地考察、抗病鉴定和分子标记对该地区的柚资源种类进行调查,根据调查结果对该地... 贵州武陵山区地方柚资源种植历史悠久,存在很多农家品种优良株系,为给贵州柚新品种选育提供材料,并保护有价值的品种资源,通过文献检索、走访座谈、实地考察、抗病鉴定和分子标记对该地区的柚资源种类进行调查,根据调查结果对该地区种质资源的消长原因进行分析并提出发展建议。结果表明:共收集到印江红香柚、印江红橙、利王柚、红橙、思南红橙、石阡红香柚、石阡红橙、德江红橙Ⅰ、德江红橙Ⅱ及德江白橙10个农家品种,植株最长树龄达200余年,多数分布于农村房前屋后。收集到的柚农家品种均为晚熟品种,座果率高,丰产,无裂果现象,耐贮和耐寒性强,平均单果重500~1 500 g。在这些种质资源中存在柑橘嵌合体植株(德江红橙)、高抗溃疡病(印江红香柚和利王柚),以及商品性能较好的光滑小果型白橙。造成当地柚资源消长的原因是零星种植的农家品种株系有些商品价值较低,从而使其处于无人管理状态,甚至被砍伐销毁。此外,一些新品种在生产上的推广应用使地方品种逐渐被淘汰。因此,需从保护和弘扬少数民族传统文化以及加大优势资源的研究和开发等方面着手,从而保护和利用当地柚资源。 展开更多
关键词 种质资源 消长分析 武陵山区 贵州
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利用高通量测序分析侵染贵州火龙果的病毒 被引量:1
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作者 王壮 +2 位作者 彭志军 马玉华 蔡永强 《植物病理学报》 CSCD 北大核心 2017年第3期364-369,共6页
对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-... 对疑似感染病毒的火龙果(Hylocereus undatus Britt.)进行高通量测序,分析病毒种类和相对含量,为火龙果病毒诊断和检测提供理论基础。测序reads经拼接和注释,共3 969条contig注释为病毒,包含44 354 147条reads。10条contig注释为CVX-NTU(JF937699),其含有的reads占所有病毒reads数量的85.18%;10条contig注释为ZyVX(AY366208),占所有病毒reads数量的4.97%;6条contig注释为SchVX(AY366207),占所有病毒reads数量的3.75%;6条contig注释为CVX(AF308158),占所有病毒reads数量的0.26%。拼接获得的CVX-NTU序列完全覆盖CVX-NTU(JF937699)基因组,核苷酸序列一致性为97%。编码的5个ORF核苷酸序列与CVX-NTU(JF937699)一致性为97%~98%,氨基酸序列一致性为97%~99%。拼接获得的CVX-NTU序列与CVX、ZyVX和SchVX的核苷酸序列一致性分别为78%、75%和70%。这是首次利用高通量测序检测火龙果病毒的报道。 展开更多
关键词 仙人掌科 基因组 核苷酸 序列一致性
贵州柑橘园土壤与果实的重金属含量特征及其评价 预览 被引量:1
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作者 李金强 罗怿 +4 位作者 柏自琴 李文云 罗素兰 杨兴军 《贵州农业科学》 CAS 2017年第1期99-102,共4页
为探明贵州山地柑橘园土壤与柑橘果实重金属含量特征,为柑橘安全生产提供依据。对贵州省南北盘江、红水河、都柳江和清水江等沿岸的柑橘园进行实地调查取样,分析土壤重金属含量与柑橘果实重金属的含量及其相关性。结果表明:柑橘园土... 为探明贵州山地柑橘园土壤与柑橘果实重金属含量特征,为柑橘安全生产提供依据。对贵州省南北盘江、红水河、都柳江和清水江等沿岸的柑橘园进行实地调查取样,分析土壤重金属含量与柑橘果实重金属的含量及其相关性。结果表明:柑橘园土壤重金属含量依次为Zn〉Cr〉Pb〉Cu〉Ni〉AS〉Cd〉Hg;柑橘果实重金属富集量依次为Zn〉Cu〉Ni〉Cr〉Pb〉As〉Cd〉Hg。柑橘果肉中Zn、Cu、Ni和Pb富集量与土壤中含量呈正相关;柑橘果肉中Cr、Cd、As、Hg富集量与土壤中的含量呈负相关。不同果园和不同土壤质地其重金属含量差异较大,不同品种或同一品种柑橘果肉对重金属的富集量差异较大,且来源不同。采用单项污染指数法和综合污染指数法对样品进行评价,样品均为清洁,试验区适宜发展无公害柑橘果品生产。 展开更多
关键词 柑橘 土壤 重金属 贵州
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“眼镜蛇” 预览
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作者 《语文世界:小学版》 2001年第12期32-32,共1页
关键词 眼镜蛇 保护动物 高音频率 哺乳动物 小熊猫 生理特征 生物课 道德修养 教师地位 抬起头
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