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高效液相色谱法同时测定香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸和2-苯基乙醇 认领
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作者 杨立志 林隆基 +3 位作者 宋燕娇 杨娟 江玉姬 《食品工业科技》 CAS 北大核心 2020年第14期210-215,共6页
为了检测香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸的利用情况和2-苯基乙醇的生成量,建立了一种利用HPLC外标法同时检测香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸和2-苯基乙醇的方法。方法色谱条件为:色谱柱:C18(5μm,250 mm×4.6 mm);柱温30℃;进样量10μL;流速0.... 为了检测香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸的利用情况和2-苯基乙醇的生成量,建立了一种利用HPLC外标法同时检测香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸和2-苯基乙醇的方法。方法色谱条件为:色谱柱:C18(5μm,250 mm×4.6 mm);柱温30℃;进样量10μL;流速0.7 mL/min;DAD检测器,检测波长258 nm;流动相A:0.6%乙酸水溶液;流动相B:甲醇。结果表明:两种物质的浓度分别在1~5和1.02~5.1 g/L范围内与峰面积有良好的线性关系,相关系数r均大于0.999,L-苯丙氨酸检出限和定量限分别为1.023和3.409 mg/L,2-苯基乙醇检出限和定量限分别为0.567和1.890 mg/L,L-苯丙氨酸加标回收率为99.16%~101.58%,RSD(n=6)为0.67%,2-苯基乙醇的加标回收率为98.53%~101.06%,RSD(n=6)为1.22%。该方法操作简便快速、准确度和灵敏度高,可满足对香灰菌发酵液中L-苯丙氨酸和2-苯基乙醇风味物质的同时检测。 展开更多
关键词 香灰菌 发酵液 L-苯丙氨酸 2-苯基乙醇 同时测定 高效液相色谱
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银耳‘Tr2016’的选育报告 认领
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作者 仝宗军 +7 位作者 黄勇云 陈祥珍 周千栋 聂若明 雷良尔 温志强 雷徳赐 谢宝贵 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期1187-1189,共3页
银耳’Tr2016’是由福建省尤溪县枕头山的枯木上发现的一株野生银耳,进行反复多次分离和多年驯化而来。银耳菌丝具锁状联合,可形成白色或淡黄白色菌落;子实体呈雪白色,由多片波浪状卷曲的耳片组成牡丹花状,烘干后为淡黄色。栽培周期从... 银耳’Tr2016’是由福建省尤溪县枕头山的枯木上发现的一株野生银耳,进行反复多次分离和多年驯化而来。银耳菌丝具锁状联合,可形成白色或淡黄白色菌落;子实体呈雪白色,由多片波浪状卷曲的耳片组成牡丹花状,烘干后为淡黄色。栽培周期从接种到采收约45d,鲜耳平均直径13.2cm,高度7.2cm,平均产量为114.0g/瓶,干耳平均产量34.1g/瓶。 展开更多
关键词 银耳 白色品种 驯化 瓶栽
Bacillus amyloliquefaciens KHQH-1的鉴定及其抗菌活性初步研究 认领
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作者 付志英 陈晓波 +3 位作者 潘洁茹 赖腾强 刘彩珍 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2020年第6期89-94,共6页
为了探寻新的具有防腐保鲜功能的微生物资源,前期从柑橘防腐保鲜研究过程中,分离纯化得到1株具有抗菌活性的细菌。该研究对该菌进行了形态、生化和分子生物学等鉴定,确定该菌株属于芽孢杆菌属,命名为Bacillus amyloliquefaciens KHQH-1... 为了探寻新的具有防腐保鲜功能的微生物资源,前期从柑橘防腐保鲜研究过程中,分离纯化得到1株具有抗菌活性的细菌。该研究对该菌进行了形态、生化和分子生物学等鉴定,确定该菌株属于芽孢杆菌属,命名为Bacillus amyloliquefaciens KHQH-1。通过NCBI平台BLAST进行序列比对,结合Clustalw和Mega 7.0等软件进行序列分析和构建系统发育树,确立了该菌株在系统发育上的地位。采用点植法和滤纸片法研究了KHQH-1对几种食品中常见霉菌和细菌的拮抗效果,结果表明,KHQH-1对根霉(Rhizopus spp.)、米曲霉(Aspergillus oryzae)有一定抑制效果,对食品中常见霉菌黄曲霉(Aspergillus flavus)、青霉(Penicillium spp.)、绿色木霉(Trichoderma viride)具有较强抑制效果,其抑菌圈大小分别为13.70、9.30和10.87 mm;KHQH-1对食品中常见细菌金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)和大肠杆菌(Escherichia coli)均有一定抑制作用,其抑菌圈分别为3.20和8.20 mm。这为更进一步探索天然产物防腐保鲜技术和微生物制剂的开发与应用提供了一定的理论与技术参考。 展开更多
关键词 解淀粉芽孢杆菌 系统发育 抗菌活性 分子鉴定 抑菌圈
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毛木耳rDNA序列结构及IGS鉴别菌种初探 认领
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作者 李冰玉 +4 位作者 黄蓉梅 赵琛 文志华 徐伟南 谢宝贵 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2214-2220,共7页
rDNA序列中的ITS作为DNAbarcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序... rDNA序列中的ITS作为DNAbarcode广泛应用于真菌的系统发育与物种辅助鉴定,IGS被认为可以用于种内水平不同菌株的鉴别。有关食用菌rDNA序列的报道较少。本研究对毛木耳Auricularia cornea单核菌株B02进行三代测序与组装,然后用二代测序数据进行校正,得到一个组装效果较好的基因组序列。比对Fibroporia vaillantiir的rDNA序列获得毛木耳rDNA重复单元的完整序列,每个重复单元包含ETS、18S rDNA、ITS1、5.8S rDNA、ITS2、28S rDNA、IGS1、5S rDNA和IGS2,长度分别为398bp、1790bp、156bp、156bp、206bp、3432bp、2247bp、121bp和2135bp,总长度10641bp,毛木耳rDNA有310个串联重复单元,转录组和系统发育分析均支持这一结果。与其他已报道的食用菌不同,毛木耳的IGS1、IGS2序列高度保守,其中IGS1的1400–2200bp区域在各拷贝之间没有多态性、而在品种之间有较高频率的SNP,这一片段序列有望用于品种鉴别研究。 展开更多
关键词 三代测序 转录组 基因间隔区 品种鉴别
一株阴环炭团菌(香灰菌)转化子形态变异的成因 认领
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作者 宋燕娇 林隆基 +4 位作者 杨立志 吴小平 江玉姬 明瑞光 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期2183-2194,共12页
遗传转化方法是基因功能研究的重要方法之一,但在转化过程常出现转化子变异的现象,影响目标基因功能的判断。本文以阴环炭团菌菌落形态特征异常的拟基因TJAS01-V10012900敲除菌株12900-5为研究对象,通过PCR手段验证基因敲除的真实性,基... 遗传转化方法是基因功能研究的重要方法之一,但在转化过程常出现转化子变异的现象,影响目标基因功能的判断。本文以阴环炭团菌菌落形态特征异常的拟基因TJAS01-V10012900敲除菌株12900-5为研究对象,通过PCR手段验证基因敲除的真实性,基因组重测序分析各转化子在基因敲除区域以及基因组其他区域的差异,转录组测序比较12900-5与其他转化子在基因表达层面的差异。比较基因组发现,12900-5与12900-6菌株在潮霉素抗性基因插入位置与片段一致,且不存在多拷贝现象。12900-5菌株有两个特异SNP位于不同的基因,一个与细胞周期S期有关,另一个与囊泡转运有关,两者均与菌丝生长有关。由此推测,转化子12900-5形态特征异常很有可能与这两个非靶标位点突变有关。转录组分析结果发现12900-5菌株在氨基酸代谢通路、翻译过程等多个代谢与信号途径基因的表达量明显下降。本研究例证了转化过程存在的非靶标变异现象,但导致这种变异的原因仍需进一步研究。 展开更多
关键词 基因敲除 菌株特异SNP位点 非靶标点突变 Illumina测序
中国野生发光真菌新记录种Neonothopanus nambi的分离、鉴定及其形态观察 认领
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作者 严俊杰 刘新锐 +1 位作者 谢宝贵 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第9期1703-1709,共7页
【目的】在中国福建地区采集分离一株野生发光真菌,菌种编号为MRC-lf3,对其进行形态观察及分子鉴定以确定其分类地位,并观察其整个生活史的形态特征。【方法】采用组织分离技术获得野生发光真菌纯培养物,结合形态学及ITS进化分析确定该... 【目的】在中国福建地区采集分离一株野生发光真菌,菌种编号为MRC-lf3,对其进行形态观察及分子鉴定以确定其分类地位,并观察其整个生活史的形态特征。【方法】采用组织分离技术获得野生发光真菌纯培养物,结合形态学及ITS进化分析确定该菌的分类地位,应用单反相机记录子实体不同生长时期的形态特征及发光情况。【结果】该发光真菌的菌丝、子实体、孢子的形态均与Neonothopanus nambi最为相似,ITS序列的进化分析结果也支持该发光真菌为Neonothopanus nambi。其子实体颜色深浅和发光强度均受到光照强度的影响,光照可使子实体颜色变暗、发光强度减弱。【结论】从福建省福州市采集分离获得一株大型野生发光真菌,经鉴定该菌为Neonothopanus nambi,是中国首次发现的Neonothopanus属真菌,该发现也将中国大陆的野生发光真菌总数增加至8种。 展开更多
关键词 萤光 担子菌 形态学 ITS 生活史
高通量测序检测金针菇RNAi转化子插入位点及拷贝数 认领 被引量:1
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作者 丑天胜 王威 +3 位作者 施乐乐 卢园萍 谢宝贵 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期694-702,共9页
本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转... 本研究对金针菇Flammulina velutipes的一个RNAi转化子菌株1382R3进行了高通量测序,以本实验室先前获得的野生型W23基因组数据为参考,分析了该转化子的基因插入位点以及拷贝数。转化子菌株1382R3是通过农杆菌介导将fv-hmg1-RNAi载体转化至金针菇菌株并通过PCR检测筛选标记而得到。通过BLAST将转化子测序的reads对外源载体和基因组定位,找到具有基因组序列(GS)和外源载体序列(ES)两种序列的临界reads,并据此使用PERL语言程序成功在转化子1382R3菌株中找到两个插入位点。对两个插入位置的序列分析表明:在插入位点1,T-DNA片段部分插入;在插入位点2,T-DNA全部插入到基因组。两个插入位点都对基因组内源基因的表达造成了一定的干扰。此方法拓宽了高通量测序技术的应用范围,将其运用到遗传转化插入位置和拷贝数的研究中,有利于食用菌的功能基因组及基因工程研究。 展开更多
关键词 基因组重测序 农杆菌介导转化 金针菇 高通量测序
与草菇菌柄伸长相关的bZIP转录因子基因克隆与表达分析 认领 被引量:5
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作者 陈志宏 陶永新 +4 位作者 陈炳智 王威 卢园萍 谢宝贵 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第3期585-590,共6页
本研究分析了草菇子实体原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄的表达谱(DGE),找到一个在伸长期菌柄高表达的基因elnL。PCR克隆测序以及转录组分析结果表明,elnL序列长度1640bp,含有一个内含子,编码526个氨基酸,具有... 本研究分析了草菇子实体原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄的表达谱(DGE),找到一个在伸长期菌柄高表达的基因elnL。PCR克隆测序以及转录组分析结果表明,elnL序列长度1640bp,含有一个内含子,编码526个氨基酸,具有典型的bZIP保守结构域,与双孢蘑菇、双色蜡蘑等担子菌的bZIP转录因子相似性较高。该基因在伸长期菌柄的表达量显著高于其它发育阶段,它可能是一个与草菇菌柄伸长有关的bZIP转录因子。 展开更多
关键词 数字基因表达谱 转录组 bZIP转录因子
三明野生香菇交配型因子分析 认领 被引量:1
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作者 刘新锐 袁滨 +2 位作者 谢宝贵 江玉姬 《食药用菌》 2014年第6期326-328,共3页
以收集自福建三明地区的12个野生香菇菌株分离得到的46个单核体为材料,进行交配型因子分析。结果从样本中鉴定出15个A因子和15个B因子,表明该地区野生香菇有较丰富的交配型因子,为香菇杂交育种打下基础。
关键词 野生香菇 不亲和性因子 遗传多样性
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18个银耳品种栽培比较试验 认领
10
作者 杨琼源 +1 位作者 谢宝贵 朱坚 《食用菌》 2014年第4期17-18,共2页
对全国范围内广泛收集的18个银耳菌株的子实体形态、农艺性状、栽培周期、单朵重等性状比较分析,筛选出了T0011、T0009、T0007、T0040、T0025、T0021等6株在生产上有价值的银耳菌株和T0008、T0001和T0044等3株在品种改良上具有利用潜... 对全国范围内广泛收集的18个银耳菌株的子实体形态、农艺性状、栽培周期、单朵重等性状比较分析,筛选出了T0011、T0009、T0007、T0040、T0025、T0021等6株在生产上有价值的银耳菌株和T0008、T0001和T0044等3株在品种改良上具有利用潜力的菌株。 展开更多
关键词 银耳 农艺性状 品比试验
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农杆菌介导一个内源HMG-box转录因子fvhom1转化金针菇 认领 被引量:8
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作者 施乐乐 van Peer A.F. +5 位作者 郭丽 陈仁良 王威 严俊杰 谢宝贵 《基因组学与应用生物学》 CSCD 北大核心 2014年第6期1268-1274,共7页
利用本实验室金针菇(Flammulina velutipes)基因组、转录组数据对一个内源HMG-box转录因子fvhom1进行了基因结构和表达量分析。通过根癌农杆菌介导转化的方法,以金针菇菌丝球为受体材料转入含该内源HMG-box转录因子的过表达载体,并获得... 利用本实验室金针菇(Flammulina velutipes)基因组、转录组数据对一个内源HMG-box转录因子fvhom1进行了基因结构和表达量分析。通过根癌农杆菌介导转化的方法,以金针菇菌丝球为受体材料转入含该内源HMG-box转录因子的过表达载体,并获得了一个稳定的转化子。该转化子的潮霉素抗性筛选及潮霉素磷酸转移酶基因的PCR扩增结果均证明该过表达载体已整合到金针菇的基因组中。在无选择压力的的PDA固体培养基上继代培养培养5次后仍检测到潮霉素磷酸转移酶基因的存在,表明转入的质粒片段在转基因金针菇中稳定遗传。对该转化子菌丝生长速度测定结果表明,突变体的菌丝生长速度比野生型金针菇菌株显著变慢。实时荧光定量PCR结果表明,突变体中该转录因子表达量与野生型金针菇菌株相比显著上调了100倍左右。该转化子的获得为下一步深入研究金针菇HMG-box转录因子的功能提供了数据支持。 展开更多
关键词 金针菇 HMG-box转录因子 农杆菌介导转化
具有拮抗关系的18个香灰菌株遗传差异性分析 认领 被引量:3
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作者 王庆福 +2 位作者 陈介斌 苏婉真 谢宝贵 《食用菌学报》 北大核心 2014年第2期25-31,共7页
香灰菌(xiang-hui-jun)是银耳(Tremella fuciformis)的伴生菌,对银耳的生长、发育具有至关重要的作用。采用 RAPD、SRAP 和 ISSR 三种分子标记对具有拮抗关系的18个香灰菌菌株进行遗传差异性分析。结果表明:8对 RAPD 引物共扩增出5... 香灰菌(xiang-hui-jun)是银耳(Tremella fuciformis)的伴生菌,对银耳的生长、发育具有至关重要的作用。采用 RAPD、SRAP 和 ISSR 三种分子标记对具有拮抗关系的18个香灰菌菌株进行遗传差异性分析。结果表明:8对 RAPD 引物共扩增出59个位点片段,多态性条带总共为49条,占总片段条数的比率为83%;7对 SRAP 引物共扩增出49个位点片段,多态性条带总共为47条,占总片段条数的比率为96%;6对 ISSR 引物共扩增出60个位点片段,多态性条带总共为50条,占总片段条数的比率为83%。聚类分析表明,当以相异系数0.48为阈值时,可将这些香灰菌株分成7个类群:Hp.sp0006、TR 柏溪、瓦坑野生、TR 枫树和 TR8801枫树分别自成一个类群,Hp.sp0052和69为一个类群,其余11个(Hp.sp0004、Hp.sp0010、T0050、T0048、T0036、TR23、TR5、TR95、71、TR03和 TR86)菌株归为一个类群。 展开更多
关键词 香灰菌 RAPD SRAP ISSR
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早熟金针菇新品种‘农金6号’ 认领 被引量:3
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作者 刘新锐 谢宝贵 +1 位作者 江玉姬 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第2期397-398,共2页
金针菇‘农金6号’是以黄色品种用三亲本杂交选育而来,具有菇形好,生育期短,‘三明一号’与白色品种‘金2l’、‘金3’为亲本,采产量高,易管理,适应性广的突出特点。
关键词 金针菇 三亲本杂交 早熟 品种
草菇磷酸果糖激酶(PFK)基因克隆、结构及不同菌株中表达量分析 认领 被引量:11
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作者 刘朋虎 谢宝贵 +1 位作者 江玉姬 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期253-260,共8页
从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYdl5、PYd21、H15.21的菌丝体分别进行数字... 从福建主栽品种屏优一号PY分离到2个不能正常出菇的单孢菌株PYd21、PYd15,二者配对杂交得到可正常出菇异核菌株H15-21。用solexa测序技术对PYd21基因组从头测序(de novo sequencing),对PYdl5、PYd21、H15.21的菌丝体分别进行数字基因表达谱测序,对8个样品(PYdl5、PYd21、H15-21的菌丝体,H15.2l出菇后的原基、钮扣期菌柄、蛋形期菌柄、伸长期菌柄和成熟期菌柄)mRNA等量混合物进行转录组测序。克隆测序了PYd21与PYdl5中磷酸果糖激酶(PFK)基因,比对结果表明二者序列一致。利用转录组数据对PFK基因结构进行分析,结果表明:该基因全长3,494bp,有12个外显子、11个内含子;开放阅读框(ORF)全长2,457bp,编码818个氨基酸,5’端非翻译区(5'UTR)长度281bp,3’端非翻译区(3'UTR)全长103bp:RNA在加工过程中存在1种可变剪切类型、6个可变剪切位点。数字基因表达谱分析结果表明,PFK基因在PYd21、PYdl5及H15.21中的标准表达量分别为71.08、120.61、251.85(transcriptpermillioncleantags,TPM),表达量依次升高,与菌丝生长速度显著正相关。并且异核菌株H15-21表达量高于2个单孢菌株之和,基因表达存在协同增效作用。采用实时荧光定量PCR技术对基因表达量进行验证,表达谱数据切实可靠。 展开更多
关键词 草菇 基因结构 可变剪切 协同增效 异核体
草菇TPI基因的克隆、结构及其在同核、异核菌株中的表达量 认领 被引量:4
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作者 刘朋虎 +1 位作者 江玉姬 谢宝贵 《福建农林大学学报:自然科学版》 CSCD 北大核心 2013年第1期63-67,共5页
分别从不能出菇的草菇单孢菌株PYd21(基因组测序菌株)和PYd15(重测序菌株)及由PYd21、PYd15配对杂交获得可正常出菇的异核菌株H15-21中克隆测序了磷酸丙糖异构酶(TH)基因,并对TPI基因的结构及其在3个菌株中的表达量进行了分析.... 分别从不能出菇的草菇单孢菌株PYd21(基因组测序菌株)和PYd15(重测序菌株)及由PYd21、PYd15配对杂交获得可正常出菇的异核菌株H15-21中克隆测序了磷酸丙糖异构酶(TH)基因,并对TPI基因的结构及其在3个菌株中的表达量进行了分析.结果表明:PYd21、PYd15中zH基因的序列完全相同;转录组读段定位、双末端分析结果显示,TPI基因全长1015bp,开放阅读框序列全长756bp,编码251个氨基酸,有6个外显子、5个内含子;RNA加工过程中存在两种可变剪切类型和两个可变剪切位点;数字基因表达谱测序的结果表明,PYd.21、PYd15和H15-21中TPI基因的表达量(TPM)分别为30.25、36.49、77.17,同时通过实时荧光定量PCR分析3个菌株中TPI基因的表达情况证实了该结果,表明草菇中TPI基因的表达表现出异核体表达的协同增效作用,预示着异核菌株中两种不同细胞核存在相互作用. 展开更多
关键词 草菇 磷酸丙糖异构酶 可变剪切 协同增效作用
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54株草菇农艺性状比较 认领 被引量:4
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作者 谢宝贵 李刚 +3 位作者 刘新锐 朱坚 江玉姬 《中国食用菌》 2013年第1期31-34,共4页
从全国各地分离和收集了54个草菇菌株,.对它们的菌丝生长速度、抗逆性、原基形成时间、初潮出菇时间、产量和生物学效率等农艺性状进行比较。结果表明,原基形成最早为V0061,6d;抗性最强为V0036、V0060两个品种;生物学效率最高为... 从全国各地分离和收集了54个草菇菌株,.对它们的菌丝生长速度、抗逆性、原基形成时间、初潮出菇时间、产量和生物学效率等农艺性状进行比较。结果表明,原基形成最早为V0061,6d;抗性最强为V0036、V0060两个品种;生物学效率最高为白色品种V0045,达到28.96%,其次是V0053为19.52%,而黑色品种V0032、V0061、V0062的生物学效率分别是19.38%、18.69%、18.53%。 展开更多
关键词 草菇菌株 农艺性状 菌株选育
57株毛头鬼伞遗传多样性分析 认领 被引量:2
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作者 江玉姬 谢宝贵 +2 位作者 刘新锐 江洪 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期25-34,共10页
运用SRAP、RAPD、ISSR3种分子标记技术对来源不同地区的57株毛头鬼伞Coprinuscomatus进行了遗传多样性分析,通过3种分子标记进行聚类分析,当相异系数D为0.48时,可以把57株毛头鬼伞分为4类:I类包括C00001;II类包括C00003III类包括C... 运用SRAP、RAPD、ISSR3种分子标记技术对来源不同地区的57株毛头鬼伞Coprinuscomatus进行了遗传多样性分析,通过3种分子标记进行聚类分析,当相异系数D为0.48时,可以把57株毛头鬼伞分为4类:I类包括C00001;II类包括C00003III类包括Co0005;1V类包括其余54个菌种。供试的57个菌株间的相异系数范围从0-0.72,具有一定的遗传多态性。但其中有许多菌株两者之间的相异系数为0,说明毛头鬼伞菌种存在着比较严重的同种异名现象。 展开更多
关键词 毛头鬼伞 分子标记 遗传多态性
草菇基因组中的tRNA分析 认领 被引量:1
18
作者 陈炳智 谢宝贵 +4 位作者 胡良韬 江玉姬 刘新锐 贵甫 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期594-599,共6页
草菇(Volvariella voluog,e曲,又名中国蘑菇,是一种生长于中国和东南亚的重要经济食用菌。本文基于本实验室的草菇基因组测序结果,分析了草菇基因组中的tRNA情况。草菇基因组的302个框架中,共发现了177个tRNA基因,其中有7个可能... 草菇(Volvariella voluog,e曲,又名中国蘑菇,是一种生长于中国和东南亚的重要经济食用菌。本文基于本实验室的草菇基因组测序结果,分析了草菇基因组中的tRNA情况。草菇基因组的302个框架中,共发现了177个tRNA基因,其中有7个可能的假基因,有2个携带硒代半胱氨酸,一个抑制性tRNA基因和一个未知的异型结构tRNA。除了上述11个特殊的tRNA基因外,166个tRNA可按反密码子类型分成47类。与其它5种担子菌的基因组tRNA比较,草菇的tRNA数量处于第4位,少于鬼伞、裂褶菌、灵芝,多于双孢蘑菇和平菇。通过比较分析草菇及这5种大型真菌的基因组tRNA编码情况,首次报道了几种食用菌tRNA遵守修正的摆动假说的情况。另外,草菇的同功受体tRNA非编码子序列也具有差异性,对tRNA的分析将有助于进一步研究草菇的进化。 展开更多
关键词 草菇基因组 TRNA基因 修正的摆动假设 同功受体tRNA
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草菇菌丝体与原基差异表达基因分析 认领 被引量:5
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作者 刘朋虎 +3 位作者 江玉姬 谢宝贵 王海英 章小寅 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期 147-153,共7页
采用Solexa测序技术,对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱(DGE)测序,在菌丝体和原基文库中分别得到5701781个和5659262个高质量测序标签(cleantags),对应的标签种数(distinct clean tags)分别为85626和95363。将所有高质量测... 采用Solexa测序技术,对草菇菌丝体和原基进行了数字基因表达谱(DGE)测序,在菌丝体和原基文库中分别得到5701781个和5659262个高质量测序标签(cleantags),对应的标签种数(distinct clean tags)分别为85626和95363。将所有高质量测序标签与参考基因库进行比对,在菌丝体和原基文库中,占标签种数的43.32%和52.57%的标签可以唯一定位(map)到参考序列上,占标签种数的21.65%和21.47%的标签可以被定位到基因组序列上。最终,被菌丝体和原基标签唯一定位的基因数(unambiguous tag-mapped genes)分别为14794和15534。差异基因分析显示,两个文库中共有显著性差异表达的基因4163个,其中在原基中上调、下调的基因数分别为2486和1677,只在原基中表达的基因321个。经过Blastnr比对,在原基中特异表达的基因,涉及蛋白质(氨基酸)合成与代谢、糖代谢、脂类代谢和抗逆反应等多个代谢途径。GO功能富集分析结果表明,葡萄糖、己糖和乙醇等代谢途径大部分基因下调表达。Pathway功能富集分析结果表明,合成核糖体蛋白的基因均下调表达,表明原基形成时细胞代谢减弱,蛋白质合成量减小。 展开更多
关键词 草菇 子实体形成 数字基因表达谱 差异表达基因
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应用iTRAQ结合2D LC-MS/MS技术分析草菇同核和异核菌丝蛋白质组 认领 被引量:9
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作者 刘靖宇 江玉姬 +4 位作者 谢宝贵 陈炳智 廖伟 刘朋虎 《食用菌学报》 北大核心 2012年第1期 1-12,F0003,共13页
首次利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合二维液相色谱串联质谱对草菇(Volvariella volvacea)同核和异核菌丝蛋白质组进行研究。采用QExactive质谱鉴定并经MASCO... 首次利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantification,iTRAQ)技术结合二维液相色谱串联质谱对草菇(Volvariella volvacea)同核和异核菌丝蛋白质组进行研究。采用QExactive质谱鉴定并经MASCOT软件搜库,对所有鉴定蛋白进行主成分分析(principal component analysis,PCA)、层次聚类(hierarchical clustering)分析和GO(gene ontology)注释,并进行生物信息学分析。结果共获得2335个不同肽段,鉴定到1039个蛋白,其中1030个蛋白具有定量信息。在同核菌丝中显著上调蛋白83个,下调蛋白97个,表明iTRAQ标记技术结合二维液相色谱串联质谱可有效地分离和鉴定草菇菌丝蛋白质组。该研究结果为更深入全面地研究草菇菌丝蛋白质组学奠定基础。 展开更多
关键词 草菇 蛋白质组 ITRAQ 二维液相色谱 串联质谱
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