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云南玉龙与青藏高原鼠疫菌差异序列的比对研究
1
作者 王梅 唐新元 +6 位作者 海荣 东征 梁莹 张恩民 张志凯 申小娜 李伟 《中华地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第7期530-535,共6页
目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉... 目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证。菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室。结果119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13 × 10^6 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差异,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异。差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布。结论云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在. 展开更多
关键词 鼠疫(耶尔森氏)杆菌 自然疫源地 编码序列 基因比对
鼠疫菌基因组差异编码序列的筛选研究 被引量:2
2
作者 王梅 唐新元 +6 位作者 粱莹 张志凯 张恩民 申小娜 赵忠智 东征 海荣 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2017年第2期115-118,共4页
目的 对喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型已测序鼠疫耶尔森菌株的全基因组编码序列进行比对,寻找青藏高原型鼠疫菌中存在的差异编码序列。方法 应用BLAST软件、Perl编程及Excel软件等,对青藏高原型全基因测序鼠疫耶尔森菌株与测序... 目的 对喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型已测序鼠疫耶尔森菌株的全基因组编码序列进行比对,寻找青藏高原型鼠疫菌中存在的差异编码序列。方法 应用BLAST软件、Perl编程及Excel软件等,对青藏高原型全基因测序鼠疫耶尔森菌株与测序鼠疫菌“默认编码序列数据库”进行编码序列比对和统计分析。结果 初步比对喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌编码序列有418个差异编码序列,其与鼠疫菌“默认编码序列数据库”中存在差异的编码序列有135个,最终确定在鼠疫菌全基因组数据库中真实有差异的编码序列共86个。结论 喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地2株青藏高原型鼠疫菌编码序列存在差异,真实有差异的编码序列是鼠疫菌存在差异的编码序列集合,为研究青藏高原型鼠疫菌的遗传特征提供了资料信息。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 青藏高原型 编码序列 BLAST比对
鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌基因鉴别方法的建立及评价
3
作者 石国祥 张政 +10 位作者 梅玲玲 陈劲华 梅盛华 金大智 张志凯 王宇萌 张孝和 罗芸 孙继民 东征 夏连续 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期496-500,共5页
目的建立鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌基因鉴别方法。方法依据鼠疫菌、假结核菌特有的基因组序列[“疫岛(PeI)”和“假岛(Psi)”],与已公布的12株鼠疫菌和4株假结核菌全基因序列进行比对,设计特异性的引物,对鼠疫菌、假结核菌... 目的建立鼠疫耶尔森菌和假结核耶尔森菌基因鉴别方法。方法依据鼠疫菌、假结核菌特有的基因组序列[“疫岛(PeI)”和“假岛(Psi)”],与已公布的12株鼠疫菌和4株假结核菌全基因序列进行比对,设计特异性的引物,对鼠疫菌、假结核菌和其他肠道细菌进行鉴定。结果用52株鼠疫菌、57株假结核菌和其他肠道菌株进行验证,结果显示,5对鼠疫菌的鉴定引物中,2对(PeI2和PeI11)仅在52株鼠疫菌中扩出目的条带,另3对引物(PeIl、PeI3和PeI12)除鼠疫菌外在部分假结核菌株中也扩出目的条带;5对假结核菌鉴定引物中,1对引物(Psi1)在52株鼠疫菌和57株假结核菌株中扩出目的条带,4对引物(Psi7、Psi16、Psi18和Psi19)仅在57株假结核菌株中均扩出目的条带,在鼠疫菌中未扩出目的条带。结论用鼠疫菌和假结核菌共有的Psil序列、鼠疫菌特有的PeI2和PeIll序列及假结核菌特有的Psi7、Psi16、Psi18和Psi19序列组成的基因鉴别方法,可以用于鼠疫菌和假结核菌的基因快速鉴别。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 假结核耶尔森菌 基因 鉴别
鼠疫菌素抗体检测方法的应用研究
4
作者 王梅 唐新元 +5 位作者 张爱萍 梁莹 于守鸿 杨永海 东征 海荣 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2013年第3期200-203,共4页
目的检测宿主动物血清中鼠疫菌素(Pesticin,Pst)抗体,探究Pst作为鼠疫抗体检测诊断试剂的可能性。方法采用重组Pst和鼠疫F1抗体间接ELISA法,对351份不同来源的鼠疫宿主动物血清样本进行检测。结果在鼠疫感染的宿主动物体内可以检测到... 目的检测宿主动物血清中鼠疫菌素(Pesticin,Pst)抗体,探究Pst作为鼠疫抗体检测诊断试剂的可能性。方法采用重组Pst和鼠疫F1抗体间接ELISA法,对351份不同来源的鼠疫宿主动物血清样本进行检测。结果在鼠疫感染的宿主动物体内可以检测到Pst抗体,Pst抗体水平随着F1抗体水平的升高而明显升高,鼠疫患者血清中20个月时ELISA检测A值为0.438,Pst抗体维持在可检出水平。结论 Pst抗体检测方法可以与传统鼠疫F1抗体检测相结合,使鼠疫抗体检测方法更具可靠性。 展开更多
关键词 鼠疫菌素 血清抗体 宿主动物
我国鼠疫耶尔森菌单核苷酸多态性特征研究 被引量:1
5
作者 王娜 申小娜 +10 位作者 东征 夏连续 魏建春 蔡虹 徐冬蕾 陈晨 崔志刚 梁莹 徐大琴 雒涛 海荣 《中国地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期476-481,共6页
目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性(SNP)特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对,选择其中的13个基因片段(19个SNP位点)在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序,并对... 目的了解我国不同鼠疫自然疫源地鼠疫耶尔森菌的单核苷酸多态性(SNP)特征。方法利用Mummer程序对已知全基因组序列的9株鼠疫菌进行全基因组比对,选择其中的13个基因片段(19个SNP位点)在国内133株鼠疫菌中进行PCR扩增、测序,并对序列进行UPGMA聚类分析。结果全基因组比对共筛查出3780处序列差异位点。通过对不同SNP位点组合的聚类分析发现我国鼠疫菌具有明显的地理区域性和生态型聚集性特征。结论SNP作为一种比较稳定的遗传标记,可以较好地反映我国不同鼠疫自然疫源地耶尔森鼠疫菌的基因组特征。 展开更多
关键词 耶尔森菌 鼠疫 多态性 单核苷酸 聚类分析
鼠疫菌起始板块编码序列分析
6
作者 东征 王宇萌 《疾病监测》 CAS 2012年第7期508-511,共4页
目的验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。方法选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位... 目的验证核糖体结合部位(RBS)定位的可靠性。方法选取了鼠疫菌基因组中一个具有特征性的板块,采用传统及RBS方法确定其中含有的编码序列(CDS)数量,比较其一致性,并通过对10株不同来源的鼠疫菌全基因组序列的比较,确定突变发生的位置及对CDS的影响,从而判断RBS基因判定方法的可靠性。结果利用RBS定位鼠疫菌起始板块中的蛋白质编码序列,CO92序列在该板块范围内共标注了47个基因的CDS,按本研究的方法可发现74个CDS,其中与原标注完全相符24个,部分相符8个。发现9个CDS具有多个翻译起点。发现42个新CDS,多编码不足100个氨基酸的短肽。分析了10株鼠疫菌的突变,以判断突变对CDS的影响。在该板块范围内共出现SNP及插入或缺失突变36处,按原CO92基因标注,这些突变对12个CDS发生影响,但按照RBS的标注方法,受到影响的CDS减少至9个,还有3个CDS减轻了影响的程度。结论 RBS可以成为认定基因确实存在的最重要指标,但目前尚不能取代以马尔科夫模型为基础的基因标注方法。 展开更多
关键词 核糖体结合部位 编码序列 板块 突变
鼠疫耶尔森菌基因组核糖体结合部位识别
7
作者 王宇萌 东征 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2012年第6期503-505,511共4页
目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16SrRNA3′端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RB... 目的通过统计分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)CO92株中核糖体结合位点(RBS)与翻译起始位点的距离,探索最适合翻译起始的RBS与起始位点的距离。方法通过对鼠疫菌所有拷贝的16SrRNA3′端,及已经通过实验确定的177处RBS进行分析,确定鼠疫菌RBS的序列特征。统计鼠疫菌CO92株中存在的所有RBS序列的位置和数量,及RBS序列与翻译起始序列ATG(GTG,TTG,CTG)的距离。观察已经公布的CO92株的编码序列(CDS)片段前20个碱基序列的特征。结果在CO92的全基因组序列中搜索,共发现可能的RBS结构5081个,2909个后面一段距离内存在开放读码框架,其中1541与标注的CDS相符,535与标注的CDS终止位点相同,但起始位点不同。CO92序列中的3887CDS前面20个碱基中,57.7%含有RBS序列。结论 RBS序列与起始位点间隔7个碱基和8个碱基出现的次数最多;RBS可能作为基因识别的重要指征。 展开更多
关键词 核糖体结合位点 翻译起始 鼠疫耶尔森菌
鼠疫与假结核耶尔森菌基因组比较分析 被引量:3
8
作者 东征 《疾病监测》 CAS 2011年第10期 760-765,共6页
为了在流行静息期间建立鼠疫监测,比较自网上下载的10株鼠疫菌及3株假结核菌的全基因组序列。发现依照鼠疫菌CO92株划分的68个"板块",67个在假结核菌中完整或大部出现,确定了这些板块在假结核菌基因组中的连接顺序。确定了假结核菌具... 为了在流行静息期间建立鼠疫监测,比较自网上下载的10株鼠疫菌及3株假结核菌的全基因组序列。发现依照鼠疫菌CO92株划分的68个"板块",67个在假结核菌中完整或大部出现,确定了这些板块在假结核菌基因组中的连接顺序。确定了假结核菌具有与鼠疫菌同样的7拷贝rRNA基因簇,并由此引起最初的基因组重排。假结核菌与鼠疫菌分野前已在16个位置插入了4种插入序列,这些插入序列在假结核菌中尚未引起重排。确定了20处鼠疫菌特有的"疫岛(PeI)"与39处假结核菌特有的"假岛(PsI)"序列,这些序列可在监测中遇到非典型菌株时,用于鉴别鼠疫菌与假结核菌。 展开更多
关键词 鼠疫 假结核耶尔森菌 基因组
初步研究我国土拉菌的亚种及遗传进化关系 被引量:3
9
作者 王艳华 海荣 +5 位作者 张志凯 夏连续 蔡虹 梁莹 申小娜 东征 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2011年第1期8-10,共3页
目的研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行... 目的研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行3种特异基因的PCR,然后测序;这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp.novicida,应用MEGA4软件,进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果采用2种型特异引物C1C4和RD1,鉴定10株土拉菌均为B型亚种;根据MEGA4构建的进化树,我国10株土拉菌可以分为2种基因型,410108、410109和410111为B1型,另外7株土拉菌为B2型;而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主,对于土拉菌B型亚种的起源,我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。 展开更多
关键词 土拉弗朗西斯菌 系统进化分析 基因型 聚合酶链反应
鼠疫菌全基因组单核苷酸多态性研究进展 被引量:2
10
作者 王娜(综述) 海荣 东征(审校) 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2011年第2期190-193,共4页
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和非同义SNPs(non?synonymous SNPs,nSNPs)。随着测序技术的迅速发... 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性,包括同义SNPs(synonymous SNPs,sSNPs)和非同义SNPs(non?synonymous SNPs,nSNPs)。随着测序技术的迅速发展,获得了大量细菌全基因组序列,使得通过测序技术及生物信息学方法寻找潜在的SNPs位点成为可能。并且,由于SNPs本身的特性,使其作为一种新的分子标记,在细菌分型与进化、流行病学调查研究中得到广泛应用。该文主要阐述基于全基因组寻找SNPs位点,并建立以SNPs数据为基础的鼠疫菌微进化研究分析的研究进展状况。 展开更多
关键词 鼠疫菌 全基因组 单核苷酸多态性
家鼠型鼠疫监控措施的研究与应用
11
作者 马永康 李镜辉 +7 位作者 王国良 李天元 李贵昌 董兴齐 刘京立 李俊勇 杨亮 东征 《中国科技成果》 2011年第3期17-19,共3页
云南省在研究证明家鼠型鼠疫流行病学特征的基础上,探索适合我国国情的家鼠型鼠疫监控模式,达到控制家鼠鼠疫流行的目的,采取鼠疫监控基础研究与鼠疫监控模式研究相结合、实验室研究与现场研究相结合的方法。该项目研究证明了家鼠鼠... 云南省在研究证明家鼠型鼠疫流行病学特征的基础上,探索适合我国国情的家鼠型鼠疫监控模式,达到控制家鼠鼠疫流行的目的,采取鼠疫监控基础研究与鼠疫监控模式研究相结合、实验室研究与现场研究相结合的方法。该项目研究证明了家鼠鼠疫流行病学特征;经系统试验筛选了毒杀黄胸鼠的适合云南的化学药物,筛选出配制毒饵用高效、廉价基饵;制定了云南省鼠疫应急处理预案;家鼠型鼠疫监控模式研究取得多项成果。通过该项目的研究,云南省家鼠型鼠疫的基本情况已经了解,适合我国国情的家鼠型鼠疫监控模式已经找到,推广应用该模式,以达到有效控制家鼠型鼠疫流行的目标。 展开更多
关键词 家鼠型鼠疫 黄胸鼠 监控措施 监控模式
我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析 被引量:5
12
作者 申小娜 王琪 +16 位作者 夏连续 张恩民 梁莹 徐冬蕾 蔡虹 魏建春 张慧娟 王艳华 张志凯 王宇萌 王娜 武利涛 宋志忠 张洪涛 陈晨 东征 海荣 《中国地方病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期476-480,共5页
目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株(耶尔森菌)的全基因组序列,探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株... 目的测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株(耶尔森菌)的全基因组序列,探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序.并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行,基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果鼠疫菌株D106004、D182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒,菌株间染色体、质粒特征基本相似;3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇(COG)功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义(x2值分别为3.03、0.257,P均〉O.05)。菌株间编码序列、单核苷酸多态性(SNPs)和基因组重排结果显示,在3株菌株中,有2882个基因具有100%的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个,90%以上相似的基因有240个;与Z176003菌株一致的基因有3113个,90%以上相似的基因有200个;D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个,非同义SNPs数为104、203个;D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段,较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性,D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近.玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。 展开更多
关键词 耶尔森菌 鼠疫 比较基因组学分析
鼠疫耶尔森菌rRNA基因识别特征研究
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作者 张慧娟 魏建春 +8 位作者 张恩民 申小娜 梁莹 朱晓宇 徐冬蕾 孙丽娜 张建华 东征 海荣 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第4期366-369,共4页
目的分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征。方法通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5SrRNA及... 目的分析鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的rRNA基因识别特征。方法通过比较基因组学方法,利用Clustal W软件,对目前已完成全基因组测序的9株鼠疫菌的rRNA基因序列进行分析,分别比对rRNA基因簇两侧的2000bp序列、基因簇内16S、23S、5SrRNA及16S~23S基因间隔区序列,以确定鼠疫菌rRNA基因的识别特征。结果菌株D182038、D106004、Z176003和C092分别有6个rRNA基因簇拷贝(6拷贝菌株),菌株91001、KIM、Nepa1516、Antiqua和PestoidesF分别有7个rRNA基因簇拷贝(7拷贝菌株)。按照两侧2000bp序列不同,可将鼠疫菌rRNA基因簇分成13种类型,并可将6拷贝与7拷贝菌株进行区分;16S-23SrRNA基因间隔区含有4种不同种类和数量的tRNA基因,可将6拷贝菌株和7拷贝菌株分别进行区分;23SrRNA基因在不同菌株间及不同rRNA拷贝问的碱基突变数方差分析显示,各菌株间F=0.548,P=0.815〉0.05;各拷贝间F=5.228,P〈0.01。结论鼠疫菌rRNA基因簇两侧序列、间隔区tRNA基因和23SrRNA基因可作为识别不同菌株和不同rRNA基因簇拷贝的指标,将鼠疫菌不同菌株进行分类。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 RRNA基因 识别特征
鼠疫耶尔森菌caflM基因的克隆表达及其产物免疫学评价 被引量:1
14
作者 王鹏 石国祥 +3 位作者 程苏云 王海滨 东征 张建中 《疾病监测》 CAS 2010年第1期60-64,共5页
目的原核表达有免疫学活性的重组cafMl蛋白(rCaflM),并以此建立检测鼠疫抗体的辅助诊断方法。方法将去掉信号肽编码序列的c妒M基因片段与载体pGEX4t-1通过Nco Ⅰ和XhoⅠ双酶切位点进行连接,构建重组质粒caflM—pGEX4t-1;将c41M—pG... 目的原核表达有免疫学活性的重组cafMl蛋白(rCaflM),并以此建立检测鼠疫抗体的辅助诊断方法。方法将去掉信号肽编码序列的c妒M基因片段与载体pGEX4t-1通过Nco Ⅰ和XhoⅠ双酶切位点进行连接,构建重组质粒caflM—pGEX4t-1;将c41M—pGEX4t-1转化入E.coli B121(DE3)中诱导表达;表达产物以aCaflM经亲和层析进行纯化;以纯化rCaflM及天然兀抗原喷制鼠疫抗体双检测NC膜,并以浙江各6份F1抗体阳性及阴性人血清标本进行应用评价。结果含有重组质粒caflM—pGEX4t-1的BL21,经诱导产生了分子量约为55×10^3的rCaflM融合蛋白;rCaflM融合蛋白与鼠疫菌免疫血清有较好反应;在浙江人血清标本的检测中,rCaflM与Fl抗体阳性者有明显反应,与F1抗体阴性者无反应。结论本研究制备的rCaflM,与鼠疫菌免疫血清具有良好的免疫反应性,该rcaflM可用于鼠疫辅助免疫学检测。 展开更多
关键词 鼠疫 caflM基因 rCaflM融合蛋白 克隆表达 免疫学活性
鼠疫耶尔森菌carf1基因的克隆表达及其产物免疫学评价
15
作者 王鹏 石国祥 +2 位作者 王海滨 东征 张建中 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期69-72,共4页
目的表达具有免疫学活性重组F1抗原(rF1),并以其构建检测鼠疫抗体胶体金试纸条。方法将去掉信号肽编码序列的caf1基因片段与载体质粒pET32a(+)通过BamHl和NotⅠ双酶切位点进行连接,将重组质粒[caf1-pET32a(+)]转化入BL21(DE... 目的表达具有免疫学活性重组F1抗原(rF1),并以其构建检测鼠疫抗体胶体金试纸条。方法将去掉信号肽编码序列的caf1基因片段与载体质粒pET32a(+)通过BamHl和NotⅠ双酶切位点进行连接,将重组质粒[caf1-pET32a(+)]转化入BL21(DE3)中进行诱导表达,表达产物经亲和层析纯化,以纯化rF1及天然F1抗原制备双检测鼠疫抗体胶体金标试纸条,并对浙江省528份人血清标本进行检测。结果含caf1-pET32a(+)的BL21(DE3),经诱导产生相对分子质量(Mτ)约为35.5×10^3的rF1融合蛋白;rF1融合蛋白检测鼠疫抗体的敏感性等同甚至超越天然F1抗原;在528份人血清标本的检测中,rF1与天然F1的符合率为97.9%(κ=0.466),有较好一致性。结论制备的rF1,具有良好免疫学活性,该rF1可替代天然F1抗原,用于鼠疫免疫学检测。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 重组F1抗原 oaf1基因 克隆表达 免疫学活性
4种鼠疫F1抗原/抗体检测方法的初步评价 被引量:6
16
作者 王艳华 海荣 +3 位作者 夏连续 蔡虹 梁莹 东征 《中国媒介生物学及控制杂志》 CAS CSCD 2010年第1期39-42,共4页
目的客观评价血凝试验、胶体金试验、ELISA和PCR4种检测方法的灵敏性。方法对于血清学方法中的F1抗体检测,评价检出的全菌免疫兔抗血清最低稀释度;F1抗原检测,评价检出的最低浓度。对于分子生物学方法,评价同时检出fra基因和pla基因的... 目的客观评价血凝试验、胶体金试验、ELISA和PCR4种检测方法的灵敏性。方法对于血清学方法中的F1抗体检测,评价检出的全菌免疫兔抗血清最低稀释度;F1抗原检测,评价检出的最低浓度。对于分子生物学方法,评价同时检出fra基因和pla基因的模板最低浓度。结果对于F1抗体检测,间接血凝试验检出的最低稀释度是1∶64,胶体金试验是1∶1000,ELISA是1∶204800。对于F1抗原检测,反向血凝试验检出的最低浓度是2ng/ml,胶体金试验是50ng/ml。fra、pla基因同时检出,模板的最低浓度是0.21ng/μl。结论在以抗体IgG为主的血清中,ELISA法对于F1抗体检测的灵敏性较高。反向间接血凝试验对于F1抗原检测的灵敏性较高。为减少误诊率,采用PCR诊断鼠疫菌要求最低模板浓度是0.21ng/μl。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 血凝试验 胶体金试验 酶联免疫吸附试验 聚合酶链反应
鼠疫菌基因组“默认编码序列”数据库的建立与初步研究 被引量:1
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作者 张恩民 王琪 +3 位作者 申小娜 陈晨 东征 海荣 《疾病监测》 CAS 2010年第6期436-438,446共4页
目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序... 目的对8株鼠疫耶尔森菌全基因组间编码序列进行比对,寻找鼠疫菌中最普遍存在的编码序列,建立"默认编码序列"数据库。方法应用Blast软件、Perl编程及Excel软件等,对8株已测序全基因组编码序列进行比对和统计。结果建立了"默认编码序列"数据库,共有4271个编码序列。其中8株鼠疫菌核苷酸(氨基酸)完全一致的编码序列为1176个;对应的编码序列只存在1种"默认编码序列"的是2465个;存在2种"默认编码序列"的是630个。结论 "默认编码序列"数据库是鼠疫菌中最普遍存在的编码序列集合,为进一步深入研究鼠疫菌的遗传特征提供了可靠信息。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 序列分析 编码序列
三种方法转染绿色荧光蛋白质粒的效果评价 预览 被引量:4
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作者 孙丽娜 魏建春 +3 位作者 张慧娟 张恩民 东征 海荣 《医学研究杂志》 2010年第1期 27-29,F0003,共4页
目的比较常见的真核细胞转染技术,评价采用绿色荧光蛋白为报告基因来观察细胞转染效率高低的方法。方法 分别采用磷酸钙法、电穿孔法和脂质体法将pEGFP-C1质粒转染COS-7细胞,对每种方法的转染效率及对细胞的毒性进行评价。结果脂质体... 目的比较常见的真核细胞转染技术,评价采用绿色荧光蛋白为报告基因来观察细胞转染效率高低的方法。方法 分别采用磷酸钙法、电穿孔法和脂质体法将pEGFP-C1质粒转染COS-7细胞,对每种方法的转染效率及对细胞的毒性进行评价。结果脂质体法的转染率为67%,电穿孔的转染率为43%,磷酸钙法的转染率为28%。脂质体法转染对细胞的毒性最小。结论采用绿色荧光蛋白为报告基因的真核细胞转染技术中,脂质体法是效率高、安全性大的方法。 展开更多
关键词 绿色荧光蛋白 转染 脂质体
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鼠疫耶尔森菌基因组重排研究进展
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作者 谢芳(综述) 海荣(审校) 东征(审校) 《疾病监测》 CAS 2010年第5期390-393,共4页
介绍细菌基因组重排现象的发现、特点以及重排后对细菌遗传和进化所产生的影响。经研究发现鼠疫菌基因组中的插入序列和重复序列是造成鼠疫菌基因组频繁重排的重要原因,不同来源鼠疫菌基因组的重排有一定的规律性,它们之间的遗传学距离... 介绍细菌基因组重排现象的发现、特点以及重排后对细菌遗传和进化所产生的影响。经研究发现鼠疫菌基因组中的插入序列和重复序列是造成鼠疫菌基因组频繁重排的重要原因,不同来源鼠疫菌基因组的重排有一定的规律性,它们之间的遗传学距离以及基因之间相应的连接方式是识别和鉴定鼠疫菌的重要指标。 展开更多
关键词 鼠疫耶尔森菌 基因组重排 研究进展
云南省玉龙鼠疫疫源地宿主及媒介监测结果分析 被引量:12
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作者 李贵昌 蔡文凤 +10 位作者 张福新 鲁亮 梁云 王国良 张正飞 和映天 陈志军 刘起勇 宋志忠 东征 王健 《疾病监测》 CAS 2009年第2期114-117,共4页
目的分析云南省玉龙鼠疫疫源地宿主动物和媒介蚤类的组成、数量,探讨其疫源地性质,为鼠疫防治提供科学依据。方法2007年2-12月在疫源地及周边地区设9个监测点,室外采用鼠夹法,室内鼠笼法捕获小兽类,梳捡体蚤,鉴别种类。结果共捕获鼠型动... 目的分析云南省玉龙鼠疫疫源地宿主动物和媒介蚤类的组成、数量,探讨其疫源地性质,为鼠疫防治提供科学依据。方法2007年2-12月在疫源地及周边地区设9个监测点,室外采用鼠夹法,室内鼠笼法捕获小兽类,梳捡体蚤,鉴别种类。结果共捕获鼠型动物3目5科11属19中,共2390只,绒鼠(Eothenomys spp.)47.28%,齐氏姬鼠(Apodemus chevrieri)37.11%。其中的绒鼠经头骨鉴定大绒鼠(E.miletus)、玉龙绒鼠(E.proditor)和黑腹绒鼠(E.melanogaster)分别占19.09%,79.25%,1.66%,玉龙绒鼠在鹿子村、玉龙雪山是主要鼠种,其他监测点以大绒鼠为主。检获鼠体蚤2科6属6种共625只,方叶栉眼蚤(Ctenophthalmus quadratus)和特新蚤(Neopsylla specialis)数量最多,分别为62.08%和22.56%。棕形额蚤(Frontopsylla spadix)和缓慢细蚤(Leptopsylla segnis)占8.16%和5.28%,未发现印鼠客蚤(Xenopsylla cheopis)。结论该疫源地鼠型动物和鼠体蚤类构成与剑川疫源地类似,但也有其独特性。 展开更多
关键词 鼠疫 疫源地 宿主 媒介 监测
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