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科研信息化助力合理药物设计新发展 被引量:2
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作者 胡骏驰 徐盼 +10 位作者 陈彦韬 刘婷婷 陆冬 徐圆 阳怀宇 罗小民 朱维良 郑明月 罗成 蒋华良 《中国科学院院刊》 CSCD 2016年第6期624-638,共15页
大数据时代,超级计算机促进了合理药物设计研发,这种药物研究模式的转变推动了创新新药发现又一个春天的到来。科研信息化基础设施的升级,包括高性能计算机处理器技术的不断更新,新的资源模式的出现,使得超算技术与计算生物学、计算化... 大数据时代,超级计算机促进了合理药物设计研发,这种药物研究模式的转变推动了创新新药发现又一个春天的到来。科研信息化基础设施的升级,包括高性能计算机处理器技术的不断更新,新的资源模式的出现,使得超算技术与计算生物学、计算化学密切结合,进一步为传统的药物发现和计算机辅助药物设计增添了新功能,加速了分子动力学模拟和虚拟筛选等的研究进程。文章从药物设计学方法研究、药代动力学模型设计和药物设计方法的具体应用三个方面对当今合理药物设计领域的新发展进行了评述,详尽阐释了科研信息化在提高效率、降低成本、加快进程、管控风险及提升研发价值和创新能力方面的优势。 展开更多
关键词 科研信息化 合理药物设计 计算机辅助药物设计
数据到知识的沉淀——以信息化的手段驱动药物研发的新一轮创新 被引量:1
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作者 刘婷婷 《科研信息化技术与应用》 2016年第1期44-52,共9页
计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了以信息化的手段驱动药物研发的新一轮创新,并作为案例,介绍了中国科学院上海药物所的"新药研发集成化平台",该平台将信息情报系统、GRP实验管理系统、... 计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了以信息化的手段驱动药物研发的新一轮创新,并作为案例,介绍了中国科学院上海药物所的"新药研发集成化平台",该平台将信息情报系统、GRP实验管理系统、GLP新药申报系统、和新药研发标准化流程管理系统进行整合,形成的新药研发信息管理支持平台,具有显著的技术集成创新性,可以从整体上提高药物研发的进度和质量。 展开更多
关键词 药物研发 信息学 信息管理平台
计算预知未来——基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区
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作者 金钟 刘倩 +1 位作者 肖景发 《科研信息化技术与应用》 2016年第4期89-92,共4页
基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区得到了国家十三五重点研发专项的继续支持,通过项目实施将进一步推进高性能计算在生物信息和药物研发领域的应用服务。项目将从生物医药应用服务社区、精准医疗和个性化药物应用示范两个... 基于国家高性能计算环境的生物医药应用服务社区得到了国家十三五重点研发专项的继续支持,通过项目实施将进一步推进高性能计算在生物信息和药物研发领域的应用服务。项目将从生物医药应用服务社区、精准医疗和个性化药物应用示范两个课题开展社区建设和应用服务推广的研究,为患者量身设计出最佳治疗方案,以期达到疗效最大化和副作用最小化;为医院临床研究提供可能的更精准更个性化的医疗解决方案,产生经济和社会效益。 展开更多
关键词 高性能计算环境 应用服务 精准医疗
高性能计算在药物设计中的应用 被引量:1
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作者 刘婷婷 《科研信息化技术与应用》 2015年第4期60-70,共11页
计算机药物设计是高性能计算应用的一个重要领域。本文针对药物设计领域,简要介绍了高性能计算技术在蛋白质分子动力学模拟、药物虚拟筛选、药靶反向对接、个性化药物设计中的应用。
关键词 高性能计算 计算机药物设计 分子动力学模拟 虚拟筛选 反向对接 个性化药物设计
新药研发网格中药物分子的对接方法
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作者 李正夫 康玲 +1 位作者 王希诚 《华中科技大学学报:自然科学版》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第S1期205-208,共4页
建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中... 建立药物分子优化的粗略和精细对接模型,通过最小化分子间的相互作用得到最优的药物分子取向和构型.粗略对接只考虑配体的柔性信息,将配体小分子的运动处理为平移、转动和柔性键旋转3部分,而受体为刚性;精细对接则是在粗略对接模型中引入残基基团的概念,将蛋白质受体划分成若干个残基基团,通过这些残基基团的运动近似表征整个蛋白质的柔性.一个自适应的遗传算法被用于求解上述优化模型,该算法采用多种群遗传策略、信息熵控制的空间减缩搜索技术以及拟精确罚函数方法,能够快速而稳定地逼近最优解.将基于上述模型的粗略对接程序AGAsDock和精细对接程序FlexGAsDock用于新药研发网格,测试结果表明:这些程序能够有效地用于药物分子设计,并具有较高的网格计算效率. 展开更多
关键词 网格计算 药物分子设计 对接 优化 受体 配体 虚拟筛选 蛋白质柔性
DDGrid:一种大规模药物虚拟筛选网格 预览 被引量:2
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作者 李祖华 张军 +1 位作者 王永剑 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2009年第A01期 312-314,323,共4页
化合物活性筛选是创新药物研究的起点和具有决定意义的步骤,利用网格计算技术进行药物虚拟筛选能够极大提高药物筛选的有效性,同时可以大量减少新药研制的成本和时间。新药研发网格DDGrid是中国国家网格CNGrid的重要支持项目,通过实... 化合物活性筛选是创新药物研究的起点和具有决定意义的步骤,利用网格计算技术进行药物虚拟筛选能够极大提高药物筛选的有效性,同时可以大量减少新药研制的成本和时间。新药研发网格DDGrid是中国国家网格CNGrid的重要支持项目,通过实施主从模式架构并在网格资源监控中使用适配器模式,DDGrid可以对超过10万规模的化合物分子数据库进行虚拟筛选。 展开更多
关键词 药物发现 虚拟筛选 网格监控
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一种提供容错性保障的药物设计网格环境 预览
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作者 王永剑 任一楠 +5 位作者 陈婷 黄远强 栾钟治 蒋华良 钱德沛 《西安交通大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第12期 21-25,共5页
针对药物虚拟筛选操作运行时间长、易出错等问题,设计并实现了药物设计网格(DDGrid),有效聚合了中国国家网格环境中闲散的资源,形成了支持高通量药物虚拟筛选的网格环境.所设计的DDGrid网格实现了基于复杂事件处理技术的有状态故... 针对药物虚拟筛选操作运行时间长、易出错等问题,设计并实现了药物设计网格(DDGrid),有效聚合了中国国家网格环境中闲散的资源,形成了支持高通量药物虚拟筛选的网格环境.所设计的DDGrid网格实现了基于复杂事件处理技术的有状态故障检测机制,通过持续分析节点间交互的事件流,定位可能的故障场景并触发相应的补偿操作来减少故障导致的损失,为系统提供了容错性保陬实验结果表明,有故障检测机制可以通过监测筛选任务运行情况对超时阀值进行动态调整,使得任务实际完成时间和理论完成时间之间的差值保持在10%以内,同时提高了底层计算资源的利用率. 展开更多
关键词 虚拟筛选 容错 有状态故障检测 复杂事件处理
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上海药物所药物研发信息管理平台简介
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作者 廖国平 +1 位作者 陈湘萍 冯华 《科研信息化技术与应用》 2009年第3期70-76,共7页
介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发... 介绍了药物研发信息管理平台的现状,重点介绍了上海药物所自行设计开发的新平台的特点及其应用前景。该平台由GRP实验管理系统、GLP新药申报系统和新药研发标准化流程管理系统组成。该平台的开发、建设将为国内制药行业在建立药物研发信息平台方面积累宝贵的经验,具有十分重要的推广价值。 展开更多
关键词 药物研发 信息学 信息管理平台
寡聚物在高分子母体中的扩散——分子动力学模拟研究 预览 被引量:8
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作者 李泽生 +1 位作者 李志儒 孙家锺 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2002年第7期 1327-1330,共4页
应用分子动力学模拟研究甲基丙烯酸甲酯寡聚物(从单聚体到十聚体)在高分子量的聚甲基丙烯酸甲酯母体中的扩散. 随着寡聚物的聚合度的增加, 发现其扩散系数从单聚体到三聚体迅速减小, 而从四聚体到十聚体其扩散系数几乎保持不变, 与实验... 应用分子动力学模拟研究甲基丙烯酸甲酯寡聚物(从单聚体到十聚体)在高分子量的聚甲基丙烯酸甲酯母体中的扩散. 随着寡聚物的聚合度的增加, 发现其扩散系数从单聚体到三聚体迅速减小, 而从四聚体到十聚体其扩散系数几乎保持不变, 与实验得到的数值在趋势上符合得很好. 展开更多
关键词 寡聚物 高分子母体 分子动力学 模拟 聚甲基丙烯酸甲酯 扩散
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金属铜与聚苯酰亚胺表面相互作用的理论模拟 预览 被引量:1
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作者 张秀斌 李泽生 +2 位作者 吕中元 孙家钟 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2001年第12期 2081-2084,共4页
利用分子力学模拟研究了单层金属铜在三层聚苯酰亚胺(PMDA-ODA)表面模型上的静态行为. 结果单层铜在PMDA-ODA 表面上形成了聚集体. 分析表明铜原子之间的内聚能大于铜与PMDA-ODA 表面之间的着附能. 在内聚能中范德华力起重要作用, 而在... 利用分子力学模拟研究了单层金属铜在三层聚苯酰亚胺(PMDA-ODA)表面模型上的静态行为. 结果单层铜在PMDA-ODA 表面上形成了聚集体. 分析表明铜原子之间的内聚能大于铜与PMDA-ODA 表面之间的着附能. 在内聚能中范德华力起重要作用, 而在着附能中静电作用是决定因素. 通过分子动力学模拟研究了温度对铜与PMDA-ODA 表面相互作用的影响. 展开更多
关键词 理论模拟 金属/聚合物界面 相互作用 聚苯酰亚胺 分子力学 内聚能 范德华力
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刚性环状低聚物的二维有序单分子膜结构 预览
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作者 贲腾 陈春海 +9 位作者 孙辉 曹晖 刘新才 王兴 裘赫 吴忠文 张万金 夏清涛 危岩 《高等学校化学学报》 SCIE EI CAS CSCD 北大核心 2001年第8期 1428-1430,共3页
近十年来, 为了解决耐高温高分子材料加工温度高、熔体粘度大等问题, 材料学家们研制和开发了一系列刚性环状齐聚物, 如环状聚芳醚酮[1]、环状聚芳醚砜[2]和环状聚苯硫醚[3]等. 但早期人们主要把含有刚性链段的环状齐聚物(RCO)作为结构... 近十年来, 为了解决耐高温高分子材料加工温度高、熔体粘度大等问题, 材料学家们研制和开发了一系列刚性环状齐聚物, 如环状聚芳醚酮[1]、环状聚芳醚砜[2]和环状聚苯硫醚[3]等. 但早期人们主要把含有刚性链段的环状齐聚物(RCO)作为结构材料研究. 1993年, Miyashita[4]等发现, 含有近似刚性的酰胺键的手性环状二苯胺低聚物具有与经典LB分子相似的双亲性, 可以获得手性LB膜. 展开更多
关键词 LB膜 AFM 有机纳米功能材料 刚性环状低聚物 结构 二维有序单分子膜
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Theoretical study on second-order nonlinear optical properties of unsymmetric bis (phenylethynyl) benzene series derivatives
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作者 付伟 封继康 +4 位作者 任爱民 崔勐 李耀先 孙家钟 《中国化学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2000年第2期175-181,
On the basis of ZINDO methods, according to the sum-overstates (SOS) expression, the program for the calculation of the second-order nonlinear optical susceptibilities βijk and βμ of molecules was devised, and th... On the basis of ZINDO methods, according to the sum-overstates (SOS) expression, the program for the calculation of the second-order nonlinear optical susceptibilities βijk and βμ of molecules was devised, and the structures and nonlinear optical properties of unsymmetric bis (phenylethynyl) benzene series derivatives were studied. The influence of the molecular conjugated chain lengths, the donor and the acceptor on βμ was examined. 展开更多
关键词 Unsymmetric BIS ( phenylethynyl) BENZENE series DERIVATIVES SECOND-ORDER nonlinear optical susceptibility ZINDOSOS
全文增补中
Theoretical studies on NLO properties of push-pull multi-cycle electro-optical polymer intermediates including thiophene ring
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作者 付伟 封继康 +3 位作者 任爱民 王江洪 沈玉全 《中国化学:英文版》 SCIE CAS CSCD 2000年第6期820-827,
The second-order nonlinear optical susceptibilities βijk,βμ and third-order non-linear optical susceptibilities γijkl,【γ】 of a series of the novel push-pull multi-ring electro-photo polymer intermediates have... The second-order nonlinear optical susceptibilities βijk,βμ and third-order non-linear optical susceptibilities γijkl,【γ】 of a series of the novel push-pull multi-ring electro-photo polymer intermediates have been calculated.The influences of molecular structure,donor,acceptor and the frequency of external field on P and v,and the relationship between V and the number of thiophene rings(i.e.conjugated chain length)have been studied using UNDO/SCI methods combined with sum-overstate(SOS)formula.The calculated results show that γ is proportional to 2.69 power of the chain length of the conjugated molecular bonds when the length is not quite long. 展开更多
关键词 PUSH-PULL MULTI-CYCLE electro-photo POLYMER INTERMEDIATES second-order NONLINEAR optical SUSCEPTIBILITY third-order NONLINEAR optical SUSCEPTIBILITY ZINDO-SOS
全文增补中
氯化铁催化合成苯甲酸酯及其分析检测 预览 被引量:12
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作者 张鲁西 俞善信 《吉首大学学报》 1998年第2期 67-70,共4页
报道了在氯化铁(FeCl3·6H2O)催化剂存在下由苯甲酸和各种醇合成系列苯甲酸酯,测定了苯甲酸与醇的摩尔比在0.05:0.15(或0.20)下,反应时间为3.0h,FeCl3·6H2O催化剂用量0.50g的苯甲酸的转化率,测定了合成的苯甲酸酯的沸... 报道了在氯化铁(FeCl3·6H2O)催化剂存在下由苯甲酸和各种醇合成系列苯甲酸酯,测定了苯甲酸与醇的摩尔比在0.05:0.15(或0.20)下,反应时间为3.0h,FeCl3·6H2O催化剂用量0.50g的苯甲酸的转化率,测定了合成的苯甲酸酯的沸点、元素组成、红外光谱、核磁共振谱。 展开更多
关键词 氯化铁 催化剂 苯甲酸酯 合成 分析检测 合成香料 工业溶剂 酯化反应
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